• 1) 전열 기구류 제조 및 판매업 등을 영위하던 원고는 사업경쟁력 강화 및 경영효율성 증대를 위해 원고가 생산한 가전제품의 판매 및 사후 서비스 업무를 담당하던 회사(이하 “피합병법인”)를 2012.11.30.자로 흡수 합병하였다.
• 2) 이에 따라 피합병법인이 보유하던 원고의 발행주식 165,085주가 원고에게 이전되었고 2014.3. 24. 액면분할을 거쳐 1,650,850주가 되었다.

• 1) 원고는 2014.8.6. 자기주식 1,650,850주 중 45,346주(이하 “이 사건 주식”)를 4,692,404,080원에 양도한 후 2014사업연도 법인세 신고 시 이 사건 주식의 양도차익 2,888,463,089원(양도가액 4,692,404,080원 － 장부가액 1,803,940,991원)을 익금에 가산하였다.
• 2) 추가적으로 2015.6.2. 자 수정신고로 위 주식매각분에 관한 유보추인액 1,592,389,121원을 익금에 가산하였다.

• 1) 원고는 2016.8.29. 피고에게 양도차익 2,888,463,089원과 수정신고로 익금에 가산한 1,592,389,121원 합계 4,480,852,210원이 자본의 증감과 관련된 거래에서 발생하였으므로, 이를 2014사업연도 소득금액 계산상 익금에서 제외하여야 한다고 주장하면서 2014사업연도 법인세 1,018,434,402원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 2) 피고는 2016.9.28. 법인세법 시행령 제11조 제2호의 2에 따라 이를 익금에 산입하여야 한다는 사유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.

과거 대법원은 합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식(협의의 자기주식)을 취득하게 된 경우 그 처분이익을 법인세법이 정한 합병차익에 해당한다고 보아 익금에서 제외한다고 판시하여 왔는데, 2009.2.4. 자 법인세법 시행령 개정으로 위 판시에 반하여 협의의 자기주식 양도금액을 익금으로 산입하도록 규정하였다(법인세법 시행령 제11조 제2호의 2 중 괄호 부분, 이하 “이 사건 시행령 규정”). 그러나 이러한 자기주식처분이익은 구 법인세법(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것, 이하 “법인세법”) 제17조 제1항 제5호 또는 제1호가 정한 합병차익 내지 주식발행액면초과액에 해당하므로 익금불산입하여야 하므로, 이 사건 시행령 규정은 모법인 법인세법의 위임 범위를 벗어나거나 조세법률주의에 반하여 무효이므로 이에 근거하여 이루어진 처분은 위법하다고 원고는 주장하고 있다.

설령 이 사건 시행령 규정이 유효하더라도, 합병등기일 이전에 피합병법인이 보유하고 있던 이 사건 주식은 원고의 자기주식이 아니었고, 이 사건 주식의 당초 취득가액과 합병기일 당시 시가의 차액은 익금불산입 대상에 해당하는 합병차익에 해당하므로, 익금에 산입되는 금액은 이 사건 주식의 양도차익 중 양도가액과 합병기일 당시 시가의 차액 부분에 한정되어야 한다고 추가적으로 주장하고 있다.

원심은 협의의 자기주식은 피합병법인의 자산으로서 법인세법 제17조 제1항 제5호가 정한 합병차익을 산정하는 요소가 되기는 하지만 합병 이후 합병법인이 이를 처분하는 행위는 합병과는 구별되는 후속 거래로서 순수한 자본거래에 해당한다고 보기 어려우며, 협의의 자기주식 역시 양도성과 자산성을 가질 뿐만 아니라 합병에 따라 자기주식을 자산으로 취득하였다가 처분하여 이익을 얻는 것이 다른 사유로 자기주식을 취득하였다가 처분하여 이익을 얻는 것과 본질적으로 다르지 아니하므로 협의의 자기주식 처분이익은 법인세법 제15조 제1항이 익금에서 제외되는 것으로 정한 대상이나 법인세법 제17조 제1항 제5호가 정한 합병차익에 해당한다고 볼 수 없다고 판단하였다. 이와 같은 원심 판결의 판단근거를 정리하면 아래와 같다. 법인세법 제15조 제1항은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 발생하는 수익을 익금으로 하고 있고, 같은 조 제3항은 수익의 범위와 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정할 것을 위임하고 있다. 이와 같은 모법의 위임에 따라 제정된 법인세법 시행령 제11조 제2호의 2는 합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 취득하게 된 경우를 포함한 자기주식의 양도금액을 익금산입대상으로 규정하고 있다. 그런데 이와 같은 협의의 자기주식은 피합병법인의 자산으로서 법인세법 제17조 제1항 제5호가 정한 합병차익을 산정하는 요소가 되기는 하지만, 합병 이후 합병법인에 의하여 이루어지는 자기주식의 처분행위는 합병거래와는 구별되는 후속거래일 뿐만 아니라, 합병으로 승계취득하는 자기주식의 처분이익에는 합병 이후 합병법인의 영업활동으로 인한 가치증가분이 포함되어 있으므로, 합병 당시 합병법인이 피합병법인으로부터 인계받는 순자산의 가액과 존속법인의 증자액 등의 차액으로 정의되는 합병차익의 범위에 이러한 자기주식처분이익이 모두 포섭된다고 보기 어렵다. 협의의 자기주식이 종전부터 합병법인이 보유하고 있던 주식이 아니라 합병을 통한 자산의 포괄승계로 인하여 부득이 취득하게 된 사정을 감안하면, 협의의 자기주식을 처분함으로써 얻는 이익은 다른 법인의 주식 또는 자산의 처분이익과는 구별되는 면이 있다. 그러나 합병으로 인하여 취득하는 자기주식 역시 양도성과 자산성을 가질 뿐만 아니라, 합병법인의 입장에서는 자기주식을 자산으로 취득하였다가 처분하여 이익을 얻는 것이 영업전부 양수 등과 같은 사유로 자기주식을 취득하여 처분하는 경우와 본질적으로 다르지 아니한 점, 회사가 자기주식을 부득이하게 취득하였다는 사정은 주주가 주식매수청구권을 행한 경우에도 역시 마찬가지인 점 등에 비추어, 합병으로 협의의 자기주식을 취득하는 것과 상법상 여타의 사유로 자기주식을 취득하는 것을 구별하여 전자의 경우에만 그 처분거래가 오직 자본의 납입에 관한 것으로서 순수한 자본거래에 해당한다고 단정하기는 어렵고, 손익거래로서의 성질을 가지고 있는 것으로 평가할 수 있다. 이러한 사정들에 비추어 협의의 자기주식에 관한 처분이익을 이 사건 시행령 규정에서 익금산입대상으로 정하였더라도, 그것이 반드시 법인세법 제15조 제1항에서 익금에서 제외하는 자본 또는 출자의 납입에 해당한다거나 같은 법 제 17조 제1항 제5호가 정한 합병차익에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 시행령 규정이 모법인 위 법률조항의 위임 범위를 벗어났다거나 조세법률주의에 반하여 무효라고 볼 수 없다. 원고는 이 사건 주식의 합병기일과 양도시점 사이의 차액 부분이 법인세법 제17조 제1항 제1호의 주식발행액면초과액에 해당하여 익금불산입하여야 한다고도 주장한다. 그러나 주식발행액면초과액이란 위 법률조항의 문언 그대로 액면금액 이상으로 주식을 발행한 경우 그 액면금액을 초과한 금액을 의미하므로, 이 사건과 같이 이미 발행된 자기주식의 처분이익을 주식발행액면초과액이라고 볼 수 없다.

원심은 이 사건 합병 당시 피합병법인은 이를 적격합병으로 보고 양도손익 없는 것으로 법인세를 신고하고 원고도 이 사건 주식을 피합병법인의 기존 장부가액으로 승계하였으므로, 이 사건 주식의 양도로 원고의 2014 사업연도 익금에 산입될 부분은 과세이연된 부분을 포함한 이 사건 주식의 양도금액에서 원고가 승계한 이 사건 주식의 장부가액을 차감한 금액 전체라고 판단하였다. 이와 같은 원심 판결의 판단근거를 정리하면 아래와 같다. 법인세법 제44조, 제44조의 3, 구 법인세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것) 제80조의 4 제1항에 의하면, 이른바 합병매수차익 내지 합병양도차익은 과세하되, 적격합병과 같이 과세이연 요건을 갖추는 경우 피합병볍인은 자산을 순자산 장부가액으로 합병법인에 양도하는 것으로 하여 양도손익을 없는 것으로 할 수 있고, 합병법인은 그 자산을 장부가액으로 양도받는 것으로 하며 자산양도 시 감가상각자산 외 자산에 설정된 자산조정계정의 경우 장부가액과 양도가액의 차익은 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금으로 산입된다. 위와 같은 적격합병 및 과세이연 규정에 따라 피합병법인은 합병 당시 양도가액을 순자산장부가액으로 하여 양도손익이 없는 것으로 신고하고 원고는 이를 장부가액으로 양도받았으며, 원고는 이 사건 주식을 승계취득한 이후 타에 양도하면서 이 사건 주식의 장부가액과 시가의 차이에 관하여 자산조정계정으로 조정하여 주식양도 시 유보로 추인한 바 없다. 따라서 앞서 본 법인세법령에 따라 이 사건 주식의 처분일이 속하는 2014사업연도에는 과세이연된 부분을 포함하여 이 사건 주식의 양도금액과 승계취득 당시의 장부가액, 즉 이 사건 주식의 양도차익 전액이 익금으로 산입되어야 한다. 원고는, 법인세법령상 과세이연 및 익금산입 규정은 익금에 해당하는 양도차익을 전제로 양도차익을 어느 시점에 과세할 것인가라는 과세시기의 문제에 불과할 뿐 익금에 해당하지 아니한 양도차익은 적격합병 요건의 충족 여부에 따라 그 성질이 익금에 해당하는 것으로 바뀔 수 없다고 주장한다. 그러나 앞서 보았듯이 협의의 자기주식을 처분한 이익은 법인세법령에 따른 익금으로 보아야 하므로, 이와 다른 전제에 있는 위 주장은 받아들일 수 없다. 또한 원고는 합병기일 이전에는 이 사건 주식이 원고의 자기주식이라고 할 수 없어 당초 취득가액과 합병기일 당시 시가의 차액 상당액은 과세할 수 없다거나 해당 부분은 합병차익에 해당한다고 주장한다. 그러나 이 사건 주식에 관한 양도시가와 장부금액의 차액이 익금산입대상이 된 것은 원고가 이 사건 주식을 취득할 당시 이를 장부가액으로 승계한 것에서 기인한 것이지, 이를 두고 자기주식이 아닌 주식에 과세하였다거나 합병차익에 과세한 것이라고 볼 수 없다. 만약 원고가 합병 당시 이 사건 주식을 시가로 승계하였다면, 합병 시의 시가평가금액과 장부가액의 차액은 합병등기일이 속하는 사업연도의 익금으로, 합병 이후 주식처분 시 위 익금산입대상을 제외한 나머지 처분이익은 처분일이 속하는 사업연도의 익금으로 산입되는바, 가액평가방법에 따라 익금에 산입되는 전체 금액의 범위가 달라진다고 볼 수 없다.

대법원은 다음과 같은 이유로 이 사건 시행령 조항이 모법의 위임 범위를 벗어나거나 조세법률주의에 반하여 무효라는 원고의 주장을 배척한 원심판결은 잘못이 없다고 판시하였으며, 원고가 상고이유에서 들고 있는 대법원 판결들은 이 사건 시행령 조항이 신설된 2009.2.4. 이전의 구 법인세법 시행령의 해석에 관한 것으로 이 사건에 적절한 것이 아니라고 하였다. 협의의 자기주식은 피합병법인의 자산으로서 법인세법 제17조 제1항 5호가 정한 합병차익을 산정하는 요소가 되기는 하지만 합병 이후 합병법인이 이를 처분하는 행위는 합병과는 구별되는 후속 거래로서 순수한 자본거래에 해당한다고 보기 어렵다. 또한 협의의 자기주식 역시 양도성과 자산성을 가질 뿐만 아니라 합병에 따라 자기주식을 자산으로 취득하였다가 처분하여 이익을 얻는 것이 다른 사유로 자기주식을 취득하였다가 처분하여 이익을 얻는 것과 본질적으로 다르지 아니하다. 이러한 사정 등에 비추어 보면, 협의의 자기주식처분이익은 법인세법 제15조 제1항이 익금에서 제외되는 것으로 정한 대상이나 법인세법 제17조 제1항 제5호가 정한 합병차익에 해당한다고 볼 수 없다.

각 규정의 내용을 종합하면, 합병법인이 적격합병으로 취득한 협의의 자기주식을 양도한 경우 그 양도차익은 양도금액에서 해당 주식의 합병등기일 당시의 시가를 차감한 가액에 합병 당시 자산조정계정으로 계상되었던 금액을 가감하는 방식으로 계산된다. 원심은, 이 사건 합병 당시 피합병법인이 이를 적격합병으로 보고 그로 인한 양도손익이 없는 것으로 법인세를 신고하고 원고도 이 사건 주식을 피합병법인의 기존 장부가액으로 승계하였으므로, 이 사건 주식의 양도로 원고의 2014사업연도 익금에 산입될 부분은 과세이연된 부분을 포함한 이 사건 주식의 양도금액에서 원고가 승계한 이 사건 주식의 장부가액을 차감한 금액 전체라고 판단하였다. 대법원은 원심판결 이유를 앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 협의의 자기주식의 양도차익 산정에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다고 판시하였다.