목 차
의의
사업자가 면세농산물등을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우에는 면세농산물등의 매입가액에 일정한 율을 곱한 금액을 매입세액으로 간주하여 공제하는데, 이를 의제매입세액이라고 한다(부법 §42 ①). 의제매입세액공제는 면세사업자가 과세사업자 사이에 있는 경우에 발생하는 누적효과와 환수효과를 완화ㆍ제거하기 위한 제도이다.
의제매입세액의 공제요건
사업자가 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물ㆍ소금(이하 “면세농산물등”)1)을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우(면세를 포기하고 영세율을 적용받는 경우 제외)에는 의제매입세액 공제를 받을 수 있다. 1) 면세로 공급받은 단순가공식품도 의제매입세액공제대상이다(재소비 46015-63, 2002.3.15).
1. 과세사업자일 것
의제매입세액 공제를 받는 사업자는 과세사업자이어야 한다. 면세사업자는 의제매입세액 공제대상이 아니다. 과세재화를 수출하여 영세율이 적용되는 경우에는 의제매입세액 공제대상이다. 그러나 면세를 포기하고 영세율을 적용받는 경우로서 면세농산물등을 그대로 또는 단순(1차)가공을 거쳐 수출하는 경우에는 의제매입세액공제 대상이 아니나 면세농산물등을 제조ㆍ가공한 후 수출하여 영세율이 적용되는 경우에 의제매입세액공제 대상이다(부집 28－57－1 ). 간이과세자는 종전에는 제조업과 음식점업에 대하여 의제매입세액공제를 적용하였으나 2021.7.1. 이후 공급받은 분부터는 의제매입세액공제를 폐지하였다(부령 §113 ①).
2. 면세농산물등을 공급받거나 자가생산하였을 것
사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받거나 수입한 면세농산물등이거나 사업자가 제조ㆍ채취ㆍ채굴ㆍ재배ㆍ양식, 그 밖의 이와 유사한 방법에 의하여 취득한 면세농산물등이어야 한다.
3. 면세농산물등을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화나 창출한 용역이 과세대상일 것
면세농산물등을 원재료로 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 부가가치세 과세대상이어야 한다. 면세농산물등으로 면세재화를 생산하거나 면세농산물등을 그대로 양도하는 경우에는 의제매입세액 공제를 받을 수 없다(부령 §84 ④). 이 경우 원재료란 다음에 해당하는 것을 말한다(부집 42－84－4). ① 재화를 형성하는 원료와 재료 ② 재화를 형성하지는 아니하나 해당 재화의 제조ㆍ가공에 직접적으로 사용되는 것으로서 화학반응을 하는 물품 ③ 재화의 제조ㆍ가공과정에서 해당 물품이 직접적으로 사용되는 단용원자재④ 용역을 창출하는 데 직접적으로 사용되는 원료와 재료
4. 부가가치세 신고 시 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 제출할 것
제출서류
의제매입세액 공제는 사업자가 예정신고 및 확정신고와 함께 의제매입세액 공제신고서와 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 다음의 서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다(부법 §42 ②, 부령 §84 ⑤).
* 농어민은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류상의 농업 중 작물 재배업, 축산업, 작물재배 및 축산 복합농업에 종사하거나 임업, 어업 및 소금 채취업에 종사하는 개인을 말한다(부령 §84 ⑥).
| 구분 | 제출서류 |
|---|---|
| 제조업 | ① 매입처별 계산서합계표 ② 신용카드매출전표 등 수령명세서 ③ 농어민*으로부터 면세농산물등을 직접 공급받는 경우에는 의제매입세액 공제신고서만 제출함. |
| 기타 사업 | ① 매입처별 계산서합계표 ② 신용카드매출전표 등 수령명세서 |
의제매입세액 공제시기
1. 면세농산물등을 구입하거나 수입한 경우의 공제시기
의제매입세액공제는 면세농산물등을 공급받은 날이 속하는 예정신고기간이나 과세기간의 부가가치세 신고 시 적용한다. 다만, 사업자가 타인이 재배ㆍ사육ㆍ양식 중에 있는 면세농산물등을 구입한 때에는 해당 농산물등을 생산 처리 또는 벌목 등을 하여 과세재화의 제조ㆍ가공 또는 과세용역의 창출에 사용하거나 사용할 수 있는 때를 공제시기로 한다(부집 42－84－10). 매입세액 공제는 수익비용대응원칙을 적용하지 않으므로 면세농산물등을 원재료로 하여 생산한 재화나 창출한 용역을 공급할 때 의제매입세액을 공제받는 것이 아니라, 면세농산물등을 공급받은 날이 속하는 과세기간에 공제한다. 의제매입세액 공제를 받은 면세농산물등을 과세재화의 생산이나 과세용역 창출에 사용하지 아니하고 다른 용도로 전용하면 전용한 과세기간에 당초 공제받은 의제매입세액을 재계산한다.
2. 자가 재배한 경우의 공제시기
사업자가 면세농산물등을 직접 재배ㆍ사육ㆍ양식한 경우에는 해당 농산물 등을 생산 처리 또는 벌목 등을 하여 과세재화의 제조ㆍ가공 또는 과세용역의 창출에 사용하거나 사용할 수 있는 때를 공제시기로 한다(부집 42－84－10).
3. 면세사업에서 구입한 면세농산물등을 과세사업으로 전용한 경우의 공제시기
과세ㆍ면세 겸영사업자가 면세사업에서 구입한 면세농산물등을 과세되는 재화의 제조ㆍ가공에 전용하여 사용하는 때에는 과세되는 재화의 제조ㆍ가공에 전용하여 사용하는 때에 의제매입세액을 공제할 수 있다(부가 46015-2203, 1993.9.10., 부가22601-1826, 1987.9.2., 참조).
의제매입세액공제를 받지 못한 경우 구제절차
사업자가 예정신고 시에 의제매입세액 공제 관련 서류를 제출하지 못하여 공제받지 못한 의제매입세액은 확정신고 시 제출하여 공제받을 수 있으며, 예정 또는 확정신고 시에 공제받지 못한 의제매입세액은 해당 서류를 다음과 같이 제출하는 경우 의제매입세액을 공제받을 수 있다(부집 42－84－11 ①). ① 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우 ② 경정청구서와 함께 제출하여 경정기관이 경정하는 경우 ③ 기한후 과세표준신고서와 함께 제출하여 관할 세무서장이 결정하는 경우 ④ 과세관청의 경정 시 발급받은 계산서 또는 신용카드매출전표 등 수령명세서를 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우
의제매입세액공제 사업장
둘 이상의 사업장이 있는 사업자가 의제매입세액 공제대상 원재료를 공급받은 경우에는 공급받은 사업장별에서 의제매입세액을 공제한다. 다만, 의제매입세액 공제대상 원재료를 공급받은 사업장과 과세대상 최종 제품을 완성하는 장소가 따로 있는 경우에는 최종 제품을 완성하는 사업장에서도 공제할 수 있다(법규부가 2014-249, 2014.7.10.).
| 구분 | 의제매입세액 공제 사업장 |
|---|---|
| 구입한 사업장에서 사용하는 경우 | 구입한 사업장에서 공제 |
| 구입한 사업장 외의 사업장에서 최종 제품을 완성하는 경우 | 최종 제품을 완성하는 사업장에서도 공제 가능 |
의제매입세액 계산구조
1. 의제매입세액의 계산식
의제매입세액은 다음과 같이 계산한다(부법 §42 ①).
의제매입세액＝면세농산물등의 매입가액 × 의제매입세액 공제율
매입가액
① 국내매입분 : 국내매입분인 경우에는 운임 등의 부대비용을 제외한 순수 매입가액. 운임 등 부대비용은 세금계산서를 발급받아 매입세액 공제를 받을 수 있기 때문에 의제매입세액 공제대상에서 제외한다. 그러나 면세사업자가 면세농산물등을 운반하고 농산물 등의 가격에 운임을 포함하여 받은 경우에는 운임은 농산물가격에 포함되는 부수용역이므로 운임을 포함한 전체 농산물가격을 매입가액으로 한다. ② 수입분 : 관세의 과세가격(관세는 포함되지 않음) ③ 자가생산분 : 사업자가 제조ㆍ채취ㆍ채굴ㆍ재배ㆍ양식 기타 이와 유사한 방법으로 취득한 면세원재료는 「소득세법 시행령」 제89조 제1항 또는 「법인세법 시행령」 제72조 제2항에 따라 계산된 「소득세법」과 「법인세법」의 취득가액(부집 42－84－5). 이 경우 취득가액은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ 공과금ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액을 말한다(소령 §89 ① 2호, 법령 §72 ① 2호).
의제매입세액 공제율(부법 §42 ①)
| 구분 | 의제매입세액공제율 | |
|---|---|---|
| ① 음식점업 | ㉮ 「개별소비세법」 제1조 제4항에 따른 과세유흥장소의 경영자 | 102분의 2 |
| ㉯ 가목 외의 음식점을 경영하는 사업자 중 개인사업자 | 108분의 8(과세표준 2억원 이하인 경우에는 2023.12.31.까지 109분의 9)1) | |
| ㉰ 위 ‘㉮’ 및 ‘㉯’ 외의 사업자 | 106분의 6 | |
| ② 제조업 | ㉮ 과자점업, 도정업, 제분업 및 떡류 제조업 중 떡방앗간을 경영하는 개인사업자 | 106분의 6 |
| ㉯ 위 ‘㉮’ 외의 제조업을 경영하는 사업자 중 「조세특례제한법」 제5조 제1항에 따른 중소기업2) 및 개인사업자 | 104분의 4 | |
| ㉰ 위 ‘㉮’ 및 ‘㉯’ 외의 사업자 | 102분의 2 | |
| ③ 위 ‘①’ 및 ‘②’ 외의 사업 | 102분의 2 | |
(1) 사건의 개요 대형할인매장에서 베이커리류(빵류), 생선류(초밥 등)를 제조ㆍ판매하는 사업은 제조업과 음식점업 중 어떤 업종인가? 의제매입세액 공제율은 제조업인 경우 2/102(중소기업 4/104), 음식점업인 경우에는 6/106이므로 의제매입세액공제액에 차이가 많이 난다. 이와 관련하여 다음과 같이 납세자와 국세청 간에 여러 건의 다툼이 있었다.
조세심판원에서는 여섯 건의 심판청구 중 한 건은 인용결정하고 다섯 건은 기각결정을 하였다. 기각결정된 사건 중 두 건에 대하여 행정소송이 제기되었는데, 한 건은 1심에서 납세자가 승소하여 사건이 종결되었고 또 다른 한 건은 납세자가 고등법원에서 승소하여 사건이 종결되었다. (2) 서울행정법원의 판결(서울행법 2015구합65780, 2016.4.1.) ① 원고가 이 사건 음식물을 직접 조리하고 소포장하여 판매하고 있는데, 원고의 매출액 중 최종소비자에 대한 매출액의 비중에 비추어 보면, 위 음식물의 대부분은 최종소비자에게 판매되고 있다. ② 접객시설이 이 사건 음식물 판매대 바로 앞에 위치하지 않은 것은 맞지만, 이를 구매한 고객은 원하는 경우 같은 건물 내에 원고가 설치한 이 사건 접객시설을 이용하여 아무런 제한 없이 이 사건 음식물을 취식할 수 있다. 음식물의 값을 치른 이후에 취식이 가능하다고 하더라도, 이는 산업분류에 어떠한 영향을 미치는 요소라고 볼 수 없다. 할인마트라는 장소적 특성상 고객들이 접객시설을 이용하지 않고 포장된 이 사건 음식물을 집으로 가져가는 경우가 대부분이라고 하더라도, 이 사건 접객시설을 갖추고 있는 이상 고객의 실제 이용 여부는 음식점업의 요건이 아니므로 그에 따라 음식점업인지를 달리 볼 수 없다. 또한 원고가 이 사건 음식물에 대하여 접객시설을 갖추지 못한 것으로 보더라도, 한국표준산업분류 실무 적용을 위한 분류설명서 4.의 [4－3] 개요 (2) ③항이 ‘접객시설 없이 고객이 주문한 특정음식을 즉시 소비할 수 있는 상태로 직접 조리하여 고객에게 제공(배달)하는 경우’를 음식점업으로 보고 있고, 이를 간략히 ‘접객시설, 고객이 주문한 음식을 직접 조리제공(배달)⇒음식점’으로 표시하고 있는 점에 비추어 보면, 접객시설을 갖추지 않은 경우라도 고객으로부터 주문받은 음식을 직접 조리하여 제공하는 경우에는 음식점업에 해당하는 것으로 볼 수 있다. 한국표준산업분류도 ‘즉석식의 빵, 케익, 생과자 등을 직접 구워서 일반 소비자에게 판매’하는 산업활동은 ‘제과점업’(56191), ‘피자, 햄버거, 샌드위치, 토스트 및 유사 음식을 직접 조리하여 일반소비자에게 판매’하는 산업활동은 ‘피자, 햄버거, 샌드위치 및 유사 음식점업’(56192)으로서 음식점업에 해당하는 것으로 규정하고 있다. ③ 원고가 고객으로부터 선주문을 받기 이전에 이 사건 음식물을 조리하여 판매대에 두고 있는 경우가 대부분인 것은 맞지만, 결국 고객이 직접 이 사건 음식물을 선택하여 구매함으로써 주문의 의사를 표시한 것이라고 볼 수 있고, 산업분류 내용에도 주문과 조리의 선후를 정하고 있지는 않다. 일반 음식점에서 당일 수요를 예측하여 음식을 미리 조리해두었다가 고객이 내점하였을 때 이를 즉시 내주는 경우와 달리 볼 수 없고, 남은 음식을 보관해둔다고 하여도 이 점이 산업활동 분류에 어떠한 영향을 미친다고 볼 근거가 없다. ④ 원고는 이 사건 음식물 조리 및 판매를 시작할 당시 관할 지방자치단체장으로부터 식품위생법에 따라 식품접객업 중 휴게음식점업을 영위하는 것으로 영업신고를 하였다. ⑤ 한국표준산업분류는 ‘도시락 및 식사용 조리식품 제조업’(10798)은 “육류, 채소, 곡물 등의 각종 재료를 혼합, 배합하여 식사용 도시락, 김밥, 피자, 만두 및 기타 식사용 조리식품을 제조하는 산업활동을 말한다.”고 하면서 ‘직접 조리한 도시락 및 김밥을 최종소비자에게 소매하는 경우’는 음식점업(561)에 해당한다는 이유로 제외하는 것으로 정하고 있다. 즉, 도시락 등을 제조하는 경우는 제조업에 해당하나, 직접 조리한 도시락 등을 ‘최종소비자’에게 판매하는 것은 음식점업을 영위하는 것으로 보아야 한다. 위 규정 내용에 비추어 매장 내에서 조리되고 주로 최종소비자에게 판매까지 이루어지는 이 사건 산업활동을 식품 제조업이라고 보기는 어렵다. 또한, 한국표준산업분류 실무 적용을 위한 분류설명서에는 ‘접객시설 없이 즉시 소비할 수 있는 음식을 구입하여 판매’하는 경우는 도ㆍ소매업, ‘즉시 소비할 수 있는 음식을 직접 조리하여 음식점, 소매업자 및 기타 사업체에 공급’하는 경우는 제조업으로 각 분류한다고 기재되어 있다. 원고는 이 사건 음식물을 직접 조리하여 일반 소비자들에게 판매하고 있으므로 위 각 항목에 해당하지 않는다. 달리 이 사건 산업활동이 한국표준산업분류상 다른 산업에 해당한다고 볼 근거가 제출된 것이 없다. ⑥ 의제매입세액 공제율 중 음식점업의 공제율을 우대하는 취지가 영세 음식점업계의 부가가치세 부담 완화를 위한 것이었다고 보더라도, 이러한 입법의 취지가 법령의 문언 해석을 넘어설 수는 없다. ⑦ 한국표준산업분류는 ‘달리 분류되지 않은 기타 음식점을 운영하는 산업활동’을 ‘그 외 기타 음식점업(56199)’으로 분류하고 있다. 이 사건 산업활동과 동일한 형태의 산업활동을 규정한 음식점업 분류가 없다고 하더라도, 적어도 ‘그 외 기타 음식점업’에 해당하는 것으로 보는 것이 자연스럽다. 따라서 이와 다른 전제에서 내려진 이 사건 처분은 위법하다.
| 조세심판원 | 행정소송 | ||
|---|---|---|---|
| 지방법원 | 고등법원 | 대법원 | |
| (조심 2013중3750, 2014.8.8.)기각 | (수원지법 2014구합58045, 2016.5.18.)국패 | (서울고법 2016누49503, 2016.12.20.)국패 | |
| (조심 2015중559, 2015.3.17.)기각(완료) | |||
| (조심 2015서544, 2015.3.17.)기각(완료) | |||
| (조심 2015서538, 2015.3.17.)기각(완료) | |||
| (조심 2016서1480, 2015.3.17.)기각 | (서울행법 2015구합65780, 2016.4.1.)국패(완료) | ||
2. 의제매입세액 공제 한도
의의
종전에는 의제매입세액 공제 한도가 없었으나, 부당한 과다 공제를 방지하기 위하여 의제매입세액 공제 한도를 도입하여 2014.1.1. 이후 구입분부터 적용하고 있다. 식품 제조업계 및 외식업계의 경영 부담을 완화하기 위해 면세농산물등에 대한 의제매입세액 공제 한도율을 10%p씩 상향조정하여 2022.7.1. 이후 부가가치세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우부터 적용하도록 하였다(2022.6.30. 부령 개정 부칙 §3).
의제매입세액 공제 한도율
확정신고 시 의제매입세액 공제액을 계산할 때 면세농산물등의 가액은 해당 과세기간의 면세농산물등 관련하여 공급한 과세표준3)에 다음의 한도율을 곱한 금액에 한도로 한다(부령 §84 ②). 이는 면세농산물의 매입액이 면세농산물등 관련하여 공급한 과세표준에 한도율을 곱한 금액을 초과하면 초과하는 금액에 대하여는 의제매입세액 공제를 하지 않는다는 의미이다. 3) 한도액 계산 시 과세표준에 대한 사례 ① 참치를 원료로 하여 과세 재화인 참치통조림을 생산하는 사업자가 통조림 제조과정에서 필수적으로 부수하여 생산되는 부산물을 공급하는 경우, 해당 부산물은 부수재화의 공급에 해당하는 것이며, 같은 부가가치세법 시행령 제84조 제2항에 따른 과세표준에 포함하는 것임(서면-2016-부가-6103[부가가치세과-2720], 2016.12.21.). ② 항공기에 의한 외국항행용역을 제공하는 사업자가 면세로 구입한 면세농산물등을 원료로 기내식을 제조하여 항공기 탑승객에게 자기의 사업에 부수하여 공급하는 경우, 의제매입세액공제 한도액을 계산함에 있어 “해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준”은 외국항행용역의 과세표준이 되는 것임(서면법령부가-21630, 2015.02.13.).
| 의제매입세액 공제 한도율 | |||||
|---|---|---|---|---|---|
| 구분 | 해당 과세기간의 과세표준 | 2018년 2기분 ~ 2021년 | 2022년 ~ 2023년 | 2024년 이후 | |
| 개인사업자 | 음식점업 | 1억원 이하 | 65% | 75% | 50% |
| 1억원 초과 2억원 이하 | 60% | 70% | |||
| 2억원 초과 | 50% | 60% | 40% | ||
| 기타업종 | 2억원 이하 | 55% | 65% | 50% | |
| 2억원 초과 | 45% | 55% | 40% | ||
| 법인사업자 | 모든 법인 | 40% | 50% | 30% | |
의제매입세액 공제액 계산방법4)
4) 공제한도 적용방법 ① 사업자단위과세사업자 : 의제매입세액으로 공제할 수 있는 금액의 한도는 사업자 단위 과세사업자 전체의 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준을 한도로 하는 것임(사전법령부가-86, 2016.03.15.). ② 총괄납부사업자 : 주사업장 총괄납부사업자가 “A” 공장에서 면세농산물등을 구입하여 생산한 과세재화의 일부를 직매장에 반출하여 판매하고 잔여 재화는 "B"공장으로 반출되어 추가가공을 거쳐 직매장에 반출되어 해당 과세재화가 판매되는 경우 의제매입세액공제 한도액을 계산함에 있어 “해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준”에는 해당 과세기간에 “A”공장에서 직매장으로 반출되어 판매된 과세표준액과 “B”공장으로 반출되어 가공 후 판매장에서 판매된 과세표준의 합계액으로 하는 것임(법규부가2014-249, 2014.7.10.). 의제매입세액 공제 한도는 조기환급신고와 예정신고 시에는 적용하지 아니하고 확정신고 시에만 적용한다. 확정신고 시에는 해당 과세기간의 공급가액 합계액에 한도율을 곱한 금액과 해당 과세기간의 농산물 등의 매입액 중 작은 금액에 의제매입세액 공제율을 곱해서 과세기간의 의제매입세액 공제를 계산하고, 그 금액에서 조기환급신고나 예정신고 시 이미 공제한 의제매입세액 공제를 차감한 금액을 확정신고 시의 의제매입세액 공제액으로 한다. 확정신고를 할 때 정산한 결과 추가로 납부할 세액이 발생하는 경우에는 해당 세액을 일반과세자 부가가치세 신고서(「부가가치세법 시행규칙」 별지 제21호 서식) 제4쪽 중 3쪽 (43)번 의제매입세액란에 음수(－)로 적는다(별지 제15호 서식). I 확정신고 시 의제매입세액 공제액 I
사례 1 음식점업(과세유흥장소 아님)을 영위하는 ㈜해원의 2022년 제2기 과세기간의 다음 자료에 의하여 예정신고와 확정신고 시 의제매입세액 공제액을 구하시오.
해답 (1) 예정신고 시 : 132,500,000 × ( 6 / 106 ) ＝ 7,500,000 (2) 확정신고 시 : Min[954,000,000 × 50%, 302,100,000] × ( 6 / 106 ) － 7,500,000 ＝ 9,600,000
| 구분 | 2022.7.1. ~ 2022.9.30. | 2022.10.1. ~ 2022.12.31. | 합계 |
|---|---|---|---|
| 면세농산물등 관련 과세표준 | 530,000,000원 | 424,000,000원 | 954,000,000원 |
| 면세농산물등 매입가액 | 132,500,000원 | 169,600,000원 | 302,100,000원 |
사례 2 다음은 제조업을 영위하는 ㈜왕라면(중소기업이 아님)의 2022년 제2기 과세기간의 다음 자료에 의하여 예정신고와 확정신고 시 의제매입세액 공제액을 구하시오.
해답 (1) 예정신고 : 371,000,000 × ( 2 / 102) ＝ 7,274,509 (2) 확정신고 : Min[954,000,000 × 50%, 434,400,000] × ( 2 / 102) － 7,274,509 ＝ 1,243,138
| 구분 | 2022.7.1. ~ 2022.9.30. | 2022.10.1. ~ 2022.12.31. | 합계 |
|---|---|---|---|
| 면세농산물등 관련 과세표준 | 530,000,000원 | 424,000,000원 | 954,000,000원 |
| 면세농산물등 매입가액 | 371,000,000원 | 63,400,000원 | 434,400,000원 |
3. 매입시기 집중 제조업에 대한 1역년 단위 의제매입세액 공제 한도 특례
의의
의제매입세액 공제 한도를 과세기간별로 적용하면 1역년 중 한 과세기간에 면세농산물등을 집중적으로 매입하여 제품을 제조하는 사업자는 한 과세기간에는 한도미달액이 발생하고 또 다른 과세기간에는 한도초과액이 발생한다. 이에 따라 1역년 중 면세농산물의 매입시기가 한 과세기간에 집중되는 제조업에 대하여는 1역년을 기준으로 한도액을 계산하는 제도를 도입하여 2015.1.1. 이후 개시하는 과세기간부터 적용하고 있다.
1역년 단위 한도 계산 요건
다음 요건을 모두 총족하는 사업자는 제2기 과세기간에 대한 확정신고할 때 1역년(歷年)을 기준으로 의제매입세액 공제액을 계산할 수 있다(부령 §84 ③). ① 제1기 과세기간에 공급받은 면세농산물등의 가액을 1역년에 공급받은 면세농산물등의 가액으로 나누어 계산한 비율이 75% 이상이거나 25% 미만일 것 ② 해당 과세기간이 속하는 1역년 동안 계속하여 제조업을 영위하였을 것
1역년 단위로 한도를 계산하는 경우 제2기 의제매입세액 공제액 계산
1역년을 기준으로 의제매입세액 공제한도를 적용하는 경우 제2기의 의제매입세액 공제액은 다음과 같이 계산한다(별지 제15호 서식). I 제2기 확정신고 시 의제매입세액 공제액 I
* 1역년에 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준 합계액에 다음의 한도율을 적용한다(부령 §84 ③).
| 구분 | 해당 1역년의 과세표준 | 2018년 제2기~2021년 | 2022년~2023년 | 2024년 이후 |
|---|---|---|---|---|
| 개인사업자 | 4억원 이하 | 55% | 65% | 50% |
| 4억원 초과 | 45% | 55% | 40% | |
| 법인사업자 | 모든 법인 | 40% | 50% | 30% |
사례 다음은 봄에만 나오는 나물로 장아찌를 제조하여 판매하는 중소기업인 ㈜甲의 2022년도의 면세농산물 과세표준 및 매입 내용이다. 이 자료로 제1기와 제2기의 의제매입세액 공제액을 구하시오.
해답 (1) 제1기 과세기간 : Min[520,000,000 × 50%, 362,000,000] × ( 4 / 104) ＝ 10,000,000 (2) 제2기 과세기간 : Min[832,000,000 × 50%, 362,000,000] × ( 4 / 104) － 10,000,000 ＝ 3,923,076
| 구분 | 제1기 | 제2기 | 합계 |
|---|---|---|---|
| 면세농산물등 관련 과세표준 | 520,000,000원 | 312,000,000원 | 832,000,000원 |
| 면세농산물등 매입가액 | 362,000,000원 | - | 362,000,000원 |
과세ㆍ면세겸영사업자의 의제매입세액공제
과세ㆍ면세 겸영사업자가 면세농산물등을 구입한 경우에는 그 과세기간 종료일까지 실지귀속에 따라 의제매입세액 공제대상인지 판단하고, 실지귀속이 불분명한 것은 공통매입세액의 안분계산규정을 준용하여 해당 과세기간의 공급가액비율로 안분계산한다(부칙 §56 ④). 다만, 해당 과세기간의 총공급가액 중 의제매입세액 공제대상이 아닌 공급가액이 5% 미만이거나 과세기간의 공통되는 면세농산물등의 매입가액이 50만원 미만인 경우에는 안분계산을 생략하고 면세농산물등 전체에 대하여 의제매입세액 공제를 한다(대법원 83누225, 1984.7.24., 국심 86전1807, 1986.12.31.)
해당 과세기간의 의제매입세액 공제대상 사업의 공급가액과 공제대상이 아닌 사업의 공급가액이 모두 없거나 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에는 매입가액비율, 예정공급가액비율의 순서로 안분계산한다. 의제매입세액을 안분계산한 후 그 후 면세공급가액비율이 증가한 경우에도 의제매입세액을 재계산하지 아니한다(부가 46015-916-1, 1995.5.22.). 의제매입세액의 안분계산을 하는 경우 공통매입세액의 안분계산규정을 준용하므로 예정신고 시에는 예정신고기간의 공급가액비율로 안분계산하고, 확정신고 시 정산한다.
| 과세사업의 원재료인 면세농산물등＝면세농산물등 매입가액 × | 당기 과세공급가액 |
| 당기 총공급가액 |
의제매입세액 재계산
1. 재계산대상인 경우
의제매입세액 공제를 받은 후 다음 사유가 발생하였을 때에는 의제매입세액을 재계산하여 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다(부령 §84 ④). ① 면세농산물등을 그대로 양도하는 경우 ② 면세농산물등을 면세사업을 위하여 사용ㆍ소비하는 경우 ③ 면세농산물등을 개인적 공급 또는 사업상 증여한 경우 ④ 면세농산물등이 부패되어 제조에 사용하지 못하는 경우(부가 22601-1206, 1989.8.23.) ⑤ 면세농산물등을 시험용으로 사용하는 경우(부가 22601-84, 1990.1.25.)
2. 의제매입세액 재계산대상이 아닌 경우
면세로 공급받은 농산물 등이 부패되어 과세재화의 제조ㆍ가공에 사용하지 아니한 경우에는 의제매입세액 공제를 받을 수 없다. 다만 면세로 공급받은 농산물 등을 과세재화의 제조ㆍ생산에 사용하였으나, 생산된 과세재화가 부패하여 폐기되거나 화재로 소실된 경우에는 의제매입세액 공제를 받을 수 있다(부집 42-84-7, 부가 1265-153, 1983.1.16.). 면세농산물등을 과세재화의 생산에 사용해야만 의제매입세액 공제를 받을 수 있으므로 과세재화의 생산에 사용하지 않은 상태에서 면세농산물이 부패되어 폐기한 경우에는 의제매입세액 공제를 받을 수 없다. 그러나 과세재화의 생산에 투입한 후 생산된 과세재화가 부패되어 폐기한 경우에는 과세재화의 생산에 투입하였으므로 의제매입세액을 공제받을 수 있다. 면세농산물등을 과세재화의 생산에 사용하면 일단 의제매입세액을 공제하고, 생산된 과세재화를 거래처에 증정하거나 개인적으로 소비해도 당초 공제받은 의제매입세액을 추징하지 아니한다. 그 대신 과세재화를 거래처에 증정하거나 개인적으로 소비하면 재화공급의 특례(간주공급)규정에 따라 매출세액을 과세한다.
3. 재계산방법
재계산사유가 발생한 날이 속하는 예정 또는 확정신고 시 재계산한 의제매입세액과 당초 공제받은 세액과의 차액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 이 경우 양도한 부분의 취득가액을 구분할 수 없거나 합리적인 구분기준이 없는 때에는 양도한 부분의 양도가액을 기준으로 하여 계산할 수 있다(부집 42－84－8).
의제매입세액에 대한 회계처리
의제매입세액이 공제되는 원재료의 기말재고에 대한 평가는 공급받은 가액에서 의제매입세액 공제상당액을 차감하여 평가한다(법집 42－74-3).
예제 음식점을 하는 甲 법인이 면세 농산물을 1,060,000원에 현금으로 구입하고 현금영수증을 수취하였다. 甲 법인이 의제매입세액으로 60,000원을 공제받은 경우 원재료 매입과 의제매입세액에 대한 회계처리를 하시오. 해답
| (차) | 재료비 | 1,060,000 | (대) | 현 금 | 1,060,000 |
| 부가세대급금 | 60,000 | 재료비 | 60,000 |