ㆍ(국심2006중3543, 2007.3.30.)(인용) 청구법인이 2002.10.29. 벤처기업유효기간이 만료된 후 2002사업연도 종료일까지 2개월 동안 벤처기업으로 확인받지 못한 사정에 대하여 보면, 청구법인이 2002사업연도가 종료되기 전인 2002.12.5. OOO에게 벤처기업 갱신신청을 하여 2003.1.17.벤처기업임을 통보받았다는 점에서 청구법인이 벤처기업 갱신신청을 늦게 함에 따라 발생된 절차적 문제로 벤처기업의 요건을 갖추지 못함에 따라 발생된 실체적 문제는 아니었으며, OOO이 2003.1.17. 이후 심리일 현재까지 벤처기업임을 확인하고 있다는 점에서 청구법인에 대한 벤처기업 확인은 2002사업연도 종료일 현재 취소되지 아니하고 계속 유지된 것으로 보아야 할 것이다. 또한, 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 2에서는 벤처기업유효기간에 대한 기간만료 사유를 벤처기업 확인의 취소사유로 규정하고 있지 않으며, 조세특례제한법 제6조 제2항에서도 창업벤처기업이 감면기간 중에 벤처기업의 확인이 취소된 경우에 한해 그 취소일이 속하는 과세연도부터 법인세 감면을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으므로 처분청이 2002사업연도 종료일 현재 벤처기업 확인이 취소되지 아니한 청구법인에게 벤처기업에 해당되지 않는다 하여 법인세 감면세액을 추징한 처분은 잘못이라고 판단된다. ㆍ(조심2008서4180">조심2008서4180">조심2008서4180">조심2008서4180, 2009.6.23.)(인용) 청구인이 동일한 특허로 2003.11.3.과 2006.6.3.에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조의 규정에 의하여 서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업임을 확인받은 사실과 단지 갱신신청이 지연되었다는 청구주장 및 2005사업연도를 제외한 2003사업연도부터 2007사업연도까지 창업벤처기업으로 법인세액을 감면받은 사실 등을 감안할 때, 청구인에 대한 벤처기업 확인은 2005사업연도 종료일 현재 취소되지 아니하고 계속 유지된 것으로 보아야 할 것이다. 또한, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조의 2에서는 벤처기업 유효기간에 대한 기간만료 사유를 벤처기업 확인의 취소사유로 규정하고 있지 않으며, 「조세특례제한법」 제6조 제2항에서도 창업벤처기업이 감면기간 중에 벤처기업의 확인이 취소된 경우에 한해 그 취소일이 속하는 과세연도부터 법인세 감면을 적용하지 아니한다고 규정하고 있음을 볼 때 처분청이 2005사업연도 종료일 현재 청구인이 벤처기업에 해당되지 않는다 하여 법인세 감면세액을 추징한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다. ㆍ(조심2012서5377, 2013.5.16.)(인용) 청구법인은 2011년도 종료일 현재 벤처기업확인이 안된 것은 담당직원의 업무미숙 등으로 갱신신청을 늦게 함에 따른 것이라고 주장하는 가운데 청구법인은 2009.6.16. 등에 벤처기업 확인서를 교부받은 뒤 2011.6.15. 벤처기업 확인서 유효기간이 만료된 후 다시 2012.5.30. 벤처기업확인서를 교부받았고 2009사업연도 결손 이후 2010사업연도에도 창업벤처기업으로 법인세액을 감면받은 사실 등을 감안할 때, 청구법인에 대한 벤처기업 확인은 2011사업연도 종료일 현재 취소되지 아니하고 계속 유지된 것으로 보아야 할 것이다. 또한, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조의 2에서는 벤처기업 유효기간에 대한 기간만료 사유를 벤처기업 확인의 취소사유로 규정하고 있지 않으며, 조특법 제6조 제2항에서도 창업벤처기업이 감면기간 중에 벤처기업의 확인이 취소된 경우에 한해 그 취소일이 속하는 과세연도부터 법인세 감면을 적용하지 아니한다고 규정하고 있는 점 등을 감안할 때, 처분청이 2011사업연도 종료일 현재 청구법인이 벤처기업인지 확인할 수 없다 하여 창업벤처기업 법인세 감면에 대한 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다[(조심2008서4180">조심2008서4180">조심2008서4180">조심2008서4180, 2009.6.23.) 등 참조]. ㆍ(조심2016중1262">조심2016중1262, 2016.10.24.)(인용) 2014.12.31. 기준으로 유효기간 만료일이 14일 경과하였다고 하여 벤처기업의 실체가 바뀌었다고 보기는 어려운 점, 당초 벤처기업확인을 받을 당시 기술보증기금의 기술성 평가기준인 경영주 기술능력ㆍ기술성ㆍ사업성은 유지되거나 향상되었으며, 「조세특례제한법」 제6조 제2항과 「벤처기업법」 제25조의 2에서 청구법인과 같이 창업벤처기업이 감면기간 중 유효기간 만료된 경우에는 법인세 감면을 적용하지 아니한다고 규정하고 있지 아니한 점 등을 감안할 때, 2014사업연도 종료일 현재 청구법인이 벤처기업 유효기간이 만료되었다는 사유만으로 청구법인에게 한 이 건 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다. ㆍ(조심2018서2607">조심2018서2607, 2018.12.27.)(인용) 처분청은 청구법인에 대한 벤처기업 확인서의 유효기간이 만료되어 창업중소기업 세액감면을 적용할 수 없다는 의견이나, 「조세특례제한법」 제6조 제2항에 의하면 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 벤처기업으로 확인받은 경우 세액을 감면하되, 그 확인이 취소된 경우 세액을 감면하지 아니한다고 규정되어 있는바, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」상 벤처기업 확인서의 유효기간 만료는 취소사유에 해당하지 아니하는 점, 청구법인은 벤처기업 확인이 취소된 것이 아니라 관리소홀로 그 확인(갱신)을 누락한 것으로 나타나고 다시 벤처기업으로 확인받은 사실로 볼 때 법인 실체가 그 사이에 변경된 것으로는 보이지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 벤처기업 확인서의 유효기간이 만료되었다는 이유만으로 창업중소기업 세액감면을 부인하고 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다[(조심2008서4180">조심2008서4180">조심2008서4180">조심2008서4180, 2009.6.23.) 등 같은 뜻임]. ㆍ(조심2020지541, 2020.12.22.)(인용, 대상심판결정 이후의 심판결정) 「지방세특례제한법」 제58조의 2 제2항 제1호에서 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감하도록 규정하면서 그 단서규정으로 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징하도록 규정하고 있고, 같은 호 나목에서 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우를 규정하고 있는바, 청구법인에 대하여 벤처기업확인이 취소된 것이 아니라 관리소홀로 그 확인이 누락된 것으로 나타나고 이후 다시 벤처기업으로 확인받은 사실로 미루어 볼 때 청구법인의 실체가 그 사이에 변경된 것으로는 보이지 않는 점[(조심2018서2607">조심2018서2607, 2018.12.27.), 같은 뜻임], 지방세법령에서 벤처기업확인서상 유효기간이 만료된 경우 지식산업센터 등에 대한 취득세 등의 감면을 배제하겠다는 규정이 없으므로 기 감면받은 취득세 등을 추징하는 것은 타당하지 않은 점 등에 비추어 이 건 부동산이 그 취득일부터 5년 이내에 다른 용도로 사용된 것으로 보아 기 감면된 취득세 등을 부과한 이 건 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.