사업을 시작하는 단계에서 가장 먼저 결정해야 할 사항은 개인사업자로 시작할지 법인사업자로 시작할지 여부이다. 우선 개인사업자로 시작하는 경우 다음과 같은 장점과 단점이 있을 수 있다.

개인사업자로 사업을 시작하는 경우 기업자체의 소득이 기업주의 소득으로 귀속되기 때문에 법인사업자처럼 소득에 대한 별도의 배분절차(배당, 상여 등)가 필요하지 않다. 상대적으로 가볍게 시작할 수 있는 장점이 있고 기업활동이 자유로우며, 신속하게 사업계획을 수립하고 변경할 수 있다.

사업체의 규모가 커져 큰 규모의 이익이 발생하는 경우 재투자 등을 이유로 기업에 유보하고 싶더라도 이익에 대해 높은 세율로 세금을 납부해야 해서 세부담이 급격하게 증가할 수 있다. 그리고 법인사업자에 비해 상대적으로 가벼운 이미지로 인해 대외적인 이미지 제고에 불리하며 인재채용 측면에서도 불리한 점이 있을 수 있다. 또한 개인사업자는 주식투자의 개념이 성립하지 않기 때문에 투자를 필수적으로 요구하는 벤처기업의 성격에 맞지 않을 수 있다. 법인사업자의 경우 다음과 같은 장점과 단점이 있을 수 있다.

관리체계를 갖출 경우 장기적으로 회사의 성장에 유리하며 영업과 금융기관, 정부지원 등의 측면에서 개인사업자에 비해 이미지 제고에 유리하다. 또한 법인의 소득을 인출하지 않는 이상 법인 자체의 이익에 대한 세율이 개인사업자에 비해 낮아 법인 사업에 재투자하기가 용이하다.

벤처기업이 사업을 시작하는 단계에서는 매출보다는 비용이 발생하는 경우가 많다. 벤처기업은 기술개발, 상품화 등에 시간이 소요되어 통상 사업 개시 후 3~5년간 투자만 하다가 이후부터 본격적인 수익이 발생하는 경우가 많기 때문이다. 이러한 특성으로 인해 당장에 세금의 납부가 없기 때문에 기업주는 회사의 장부를 비롯한 세무관리를 소홀하게 하는 경우가 많다. 그러나 세금의 납부가 없더라도 사업자등록을 한 이상 1년에 4번 부가가치세 신고를 해야 하며 연 1회 법인세 신고를 해야 한다. 결산에 대한 세금신고가 의무인 이상 한번 세무당국에 신고를 해두면 나중에 잘못된 것이 발견되더라도 수정하는 절차가 쉽지 않다. 벤처기업이 사업초기 단계에 주로 간과하는 실무적인 내용은 다음과 같다.

법인사업을 처음 시작하는 경우 법인에 자본금이 부족하기 때문에 지출을 해야 하는 경우 법인 통장에서 지출했다가 기업주의 개인통장에서 이체했다가 하는 등 일관성이 없게 자금을 집행하는 경우가 많다. 이런 지출방식 자체가 문제가 되는 것은 아니지만 증빙관리를 제대로 하지 않아 세무기장이 제대로 되어 있지 않다면 추후에 문제가 되어 소명하기가 매우 어렵다. 수년이 지난 후에는 기업주 본인도 어떤 통장에서 어떤 명목으로 자금이 집행되었는지를 모르는 경우가 많기 때문이다. 일례로 법인통장에서 돈이 지급되면 그에 따른 세금계산서 등 지출증빙 법인 명의로 들어와야 하지만 법인통장에서 돈이 지급되었으나 세금계산서는 없다거나, 기업주의 개인통장에서 자금이 지급되었는데 법인으로 세금계산서를 받는 일이 누적되어 세무대리인이 기장할 때 이러한 실질을 제대로 파악하지 못한다면 법인통장에서 나간 돈은 가지급금이라는 가계정으로 정리가 된다. 가지급금은 말 그대로 법인통장에서 돈이 지출되었으나 이게 무엇인지 모르는 경우 발생하는 것으로 소명이 안 되면 기업주가 인출한 것으로 보고 이에 따른 세무처분 등 불이익이 발생할 수 있다. 한편 사업초기에는 마이너스가 발생하더라도 이를 충실히 관리해두면 나중에 이익이 발생할 때 발생하는 이익에서 이월결손금이라는 명목으로 차감하여 절세효과를 얻을 수 있다. 절세효과를 누릴 수 있는 부분에 대해 잘못 관리한다면 이익은커녕 페널티가 부과될 수 있는 것이다. 세무적인 부분뿐만 아니라 국가정책사업에 지원한다거나 추후 VC 등을 통해 투자를 유치하는 경우에도 기업의 장부에 이러한 가계정이 많다면 당연히 건전한 재무관리를 하고 있다는 평가를 받기 어려워 다른 불이익을 감수해야 할 수도 있다. 그러므로 사업초기라고 하더라도 반드시 법인통장을 통해서 거래하는 습관을 가져야 하고 통장거래에 대해서는 귀찮더라도 어떤 명목으로 입금이 되고 지출되었는지를 꼼꼼하게 정리하는 것이 좋다.

사업자는 재화 또는 용역의 거래가 세금계산서 발행대상 거래인 경우 세금계산서를 발행하고 수취해야 할 의무가 있다. 이러한 세금계산서는 세법에서 정하는 바에 따라 발급시기를 정확하게 작성하여 발급해야 하는데 워낙 거래가 많다 보니 이런 의무를 간과하는 경우가 있다. 바빠서 발행하지 못하였다거나 실수로 잘못 발행하였다 하더라도 이런 금액이 6개월에 5억원을 초과하면 세금계산서 질서를 어지럽게 한 것으로 보아 조세범칙조사의 대상자가 될 수 있으니 매우 조심해야 한다. 조세를 포탈하고자 하는 의도가 없었음에도 세금계산서를 잘못 발행한 것만으로도 범죄로 보아 처벌받을 수 있는 것이기 때문이다. 특히 세금계산서는 처음에 한번 잘못 발행되는 방식으로 세팅하면 계속 그런 방식으로 누적되어 나중에는 걷잡을 수 없을 만큼 큰 화를 부를 수 있다. 세금계산서 발급과 수취는 내 의도와 관계없이 잘못되고 있을 수 있으니 각별한 주의가 필요하다.

재무상태표, 손익계산서, 자본변동표, 현금흐름표 등 재무제표는 기업의 얼굴이라고도 표현한다. 기업의 1년간 재무성과를 한눈에 볼 수 있는 자료이기 때문이다. 벤처기업들은 금융기관, 외부투자자, 국가 등을 대상으로 재무제표를 제출해야 하는 경우가 빈번하게 발생한다. 금융기관의 경우 기업의 신용을 평가하는 용도로 사용할 것이고, 외부투자자는 투자한 자금이 어떻게 집행되고 있는지를 감사하기 위한 용도로 사용할 것이며, 국가는 정책적으로 지원을 해도 되는 기업인지를 평가하기 위한 용도로 사용할 것이다. 그만큼 제대로 작성된 재무제표는 벤처기업에게 매우 중요한 요소 중 하나이다. 실무에서 잘못 작성된 재무제표는 항상 중요한 순간에 앞길을 막는다. 투자를 유치하기 직전에 재무제표에 문제가 발견되었다거나 재무제표로 인해 대출을 받지 못하게 되거나 국가정책자금을 지원받기로 했다가 재무제표가 문제가 되어 못 받는 일들이 자주 발생한다. 예를 들어 연구개발활동을 주로 하는 기업인데 수년간 연구개발활동에 사용된 비용을 복리후생비용으로 기장한다거나 플랫폼 비즈니스를 하는 기업이 플랫폼에서 발생한 매출을 잘못 체크하여 작성한다는 등의 문제에 대해 지적을 받는 경우 이를 후속적으로도 제대로 소명하지 못해서 재무제표를 허위로 작성한 것이 되어 중요한 순간에 걸림돌이 되는 식이다. 법인의 정책과 규정 정비 – 상여금 측면 벤처기업의 사업이 성숙되어 성장하고 있다면 구매, 인사, 회계, 세무, 노무 등 기업의 다양한 영역에서 각각의 관련 법을 준수하는 규정이 마련되어야 한다. 특히 세무와 관련해서는 다음의 몇 가지 규정을 반드시 정비해야 한다. 「법인세법」 제26조(과다경비 등의 손금불산입)에서는 법인의 지출 중 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액에 대해서는 손금으로 인정하지 않는다. 규제대상이 되는 지출은 인건비, 복리후생비, 여비 및 교육훈련비 등인데 실무에서 특히 자주 문제가 되는 경우는 임원에게 지급하는 상여금이다. 「법인세법 시행령」 제43조(상여금등의 손금불산입) 제2항에서는 법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관ㆍ주주총회ㆍ사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다고 정하고 있고 제3항에서는 법인이 지배주주등인 임원 또는 직원에게 정당한 사유 없이 동일 직위에 있는 지배주주 등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다고 정하고 있다. 벤처기업의 경우 사업초기에는 제대로 수익을 가져가지 못하다가 사업이 성장하면 별다른 근거 없이 성과금을 높여 받는 경향이 있다. 그간 고생한 부분에 대한 지급이라고 투자자가 인정했다고 하더라도 「법인세법」에서 정하는 바와 같이 정관, 주주총회 또는 이사회의 결의에서 정한 기준을 초과하는 경우는 인정받지 못하며 주주인 임직원에게 다른 임직원보다 초과보수를 지급하는 경우도 손금으로 인정받을 수 없게 된다. 기업 내에서는 당연히 받을 사람이 받았다고 생각하는 경향이 있겠지만 과거에 있었던 일을 추후에 입증해야 하는 세무조사단계에서는 이를 인정받기 어려운 경우가 생각보다 많다. 그러므로 반드시 주주총회 회의록, 이사회 의사록, 임직원 급여규정은 절차에 맞게 작성한 후 보관해두어야 하며 일관성 있게 시행해야 한다. 법인의 정책과 규정 정비 – 중간배당 「상법」 제462조의 3에서는 연 1회의 결산기를 정한 회사가 영업연도 중 1회에 한하여 이사회의 결의로 일정한 날을 정하여 그날의 주주에 대하여 이익을 배당할 수 있음을 정관으로 정할 수 있도록 중간배당에 관하여 규정하고 있다. 한편 국세청 유권해석(서면인터넷방문상담2팀-231, 2008.2.5.)에 따르면 법인이 당해 법인의 주주에게 상법절차(상법 제462조의 3 중간배당의 요건)에 의하지 아니하고 임시 주주총회결의에 의하여 지급한 중간배당금액에 대하여는 「법인세법」 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관계없이 지급한 가지급금으로 보아 인정이자의 계상 등 부당행위계산부인이 적용되는 것으로 해석하고 있다. 즉, 정관에 중간배당에 관한 규정이 정확하게 존재하지 않고 중간배당 절차를 위반하는 경우 「법인세법」상 부당행위로 보아 중간배당으로 지급한 금액을 법인의 가지급금으로 보는 것으로 기업의 입장에서는 큰 페널티가 아닐 수 없다. 그러므로 중간배당에 관하여도 정관에 규정을 잘 정비해둘 필요가 있다. 법인의 정책과 규정 정비 – 지출증명서류 관리시스템 보완 「법인세법」 제116조(지출증명서류의 수취 및 보관)에 따르면 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증명서류를 작성하거나 받아서 법인세 신고기한이 지난날부터 5년간 보관하여야 한다고 정하고 있다. 세무조사가 발생하는 경우 가장 먼저 제출을 요구하는 서류 중 하나가 지출에 대한 증빙서류인 만큼 지출증명서류에 대한 관리시스템을 구비해두는 것은 중요하다. 견적서, 제안서, 계약서, 세금계산서 등이 대표적인 지출증명서류이며 직원들이 사용한 지출에 대해서는 기안서, 신용카드 영수증 등 서류를 잘 관리할 수 있도록 체계를 갖추어야 한다. 「법인세법」을 준수하는 목적 외에도 증빙관리가 되어야 지출을 통제할 수 있어 기업을 운영하는 입장에서는 자금계획의 수립을 원활하게 할 수 있다. 그러므로 지출증명에 대한 자체적인 관리시스템을 구축하는 것이 좋다.

「조세특례제한법」에서는 기업을 지원하기 위하여 각종 세액공제와 세액감면 혜택을 부여하고 있다. 특히 「조세특례제한법」은 기업의 투자, 인력채용, 연구개발활동 등 국가성장에 기여할 수 있는 기업의 활동에 대해 세제혜택을 부여하는 경우가 많으므로 벤처기업은 이러한 투자가 있을 때마다 관련법을 살펴보아 할 필요가 있다. 벤처기업에서 알아두어야 할 대표적인 세제지원 정책은 다음과 같다.

거주자가 2022년 12월 31일까지 벤처기업에 투자하는 경우 출자 또는 투자한 금액 중 3천만원 이하는 100%, 3천만원 초과분부터 5천만원 이하분까지는 70%, 5천만원 초과분은 30%를 해당 거주자의 종합소득금액에서 공제한다. 벤처기업의 자금유치에 도움이 되도록 이러한 혜택을 부여하는 것이며 벤처기업은 우리 회사에 투자하는 경우 투자자에게 이러한 혜택을 줄 수 있다는 점에 대해서 잘 알고 안내할 필요성이 존재한다.

창업 후 3년 이내에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 2024년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받는 경우 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일로부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 법인세의 50%의 세액을 감면한다. 그러므로 벤처기업은 이런 점을 잘 활용하여 회사에 소득을 유보시켜 재투자할 수 있도록 준비해야 한다.

가. 2023년 12월 31일까지 창업하는 벤처기업이 창업일로부터 3년 이내에 벤처기업으로 확인받는 경우 최초로 확인받은 날부터 4년 이내(청년창업벤처기업은 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 75%를 경감한다. 나. 2023년 12월 31일까지 창업하는 벤처기업이 창업일로부터 3년 이내에 벤처기업으로 확인받는 경우 최초로 확인받은 날부터 4년 이내(청년창업벤처기업은 5년 이내)에 취득하는 부동산 중 창업당시의 업종에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 창업일로부터 3년간 재산세를 면제하고 이후 2년간은 재산세의 50%를 경감한다.

기계장치를 비롯한 사업용 유형자산 등에 투자하는 경우 투자금액의 10%(중견기업 3%)와 투자금액이 직전 3년간 평균 투자 또는 취득금액을 초과하는 경우 해당금액의 3%를 추가공제율로 하여 세액을 공제한다.

연구인력개발비의 일정 금액을 해당 과세연도의 법인세 또는 소득세에서 공제한다.