• 1) 원고는 회사1로부터 2006년 하반기에, 회사2(이하 회사1 및 회사2를 ‘거래상대방’)로부터 2007년 상반기에 각각 차량용 내비게이션을 공급받는 거래(이하 ‘이 사건 거래’)를 하였음을 전제로 2006, 2007 사업연도 각 법인세와 2006년 제2기분, 2007년 제1기분 각 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다. 　
　
• 2) 고양세무서장(이하 ‘피고’)은 이 사건 거래를 실물거래 없이 이루어진 가공거래로 보고 원고에 대하여 2017년 1월 2일 2006 사업연도 법인세와 2006년 제2기분 부가가치세를, 2018년 2월 12일 2007사업연도 법인세를 경정 고지하였다(이하 각 법인세 부과처분을 ‘이 사건 법인세 부과처분’, 부가가치세 부과처분을 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다).
　

제1 및 제3 상고인 실물거래에 대한 주장 및 매출부분 감액에 대한 주장에 대해서는 판결문에서 언급한 바와 같이 다툼의 여지가 없으니 제2 상고인 부과제척기간에 대해서만 살펴보도록 하겠다. 구 국세기본법 제26조의 2 제1항 3호는 상속세ㆍ증여세 이외의 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 ‘당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간’으로 규정하고 있다. 다만, 제1호에서 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 규정하고 있는데, 여기서의 쟁점은 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우를 어떻게 해석해야 하느냐이다. 이 사건에서 원고는 거래상대방으로부터 사실과 다른 세금계산서를 수령하고 이를 증빙자료로 법인세와 부가가치세를 허위 신고하였는데, 대상 판결문을 읽어보면 대법원은 원심과 달리 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우’를 법인세법에 따른 행위와 부가가치세법에 따른 행위를 동일하게 적용하지 않고 각각 다르게 심리하고 있음을 알 수 있다. 먼저 법인세 부과 처분에 대한 근거³⁾를 살펴보면, 구 국세기본법 제26조의 2 제1항 제1호의 ‘사기 기타 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않고, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다고 하였다. 따라서 사실과 다른 세금계산서를 수취하고 이를 증빙자료로 하여 법인세를 허위로 신고한 사실은 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당한다고 보아야 하며, 원심과 같은 취지에서 구 국세기본법 제262조의 2 제 1항 제1호가 정한 10년의 부과제척기간이 적용된다고 대법원은 판단하였다. 다만 이 사건 부가가치세 처분에 대해서는 아래와 같이 설명하였는데, 납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의 2 제1항 제1호에서 규정한 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위해서는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고ㆍ납부하거나 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고ㆍ납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다고 하였다.⁴⁾ 따라서 원고가 거래상대방으로부터 사실과 다른 세금계산서를 교부 받아 매입세액을 공제 또는 환급받았더라도 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의 2 제1항 제1호에서 정한 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우’에 해당하려면, 거래상대방이 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세를 신고ㆍ납부하는 등으로 해당 부가가치세 납부의무를 면탈하였어야 하고, 아울러 원고에게 그에 대한 인식이 있어야 한다. 그런데 원심은 이에 관하여 심리하지 않은 채 원고가 거래상대방과 합의하에 사실과 다른 세금계산서를 교부받았다는 이유만으로 국가의 조세수입이 감소할 것을 의도 내지 인식하였다고 보아 이 사건 부가가치세 부과처분이 구 국세기본법 제26조의 2 제1항 제1호가 정한 10년의 부과제척기간 내에 이루어져 적법하다고 판단하였으며 원심의 이러한 판단은 잘못되었다고 하였다. 이처럼 부과제척기간에 대한 법인세와 부가가치세를 다르게 심리한 것은 법인세의 경우 부가가치세와 달리 법인 스스로가 사실과 다른 세금계산서를 근거로 가공경비를 장부 기록하여 법인세를 신고하면 그 즉시 세금 포탈효과가 발생하기 때문이다. 다만, 부가가치세의 경우 비록 사실과 다른 세금계산서를 근거로 거래를 하였더라도, 매출자가 매출세액을 납부함과 동시에 매입자가 매입세액 공제를 받으면 결과적으로 국가의 조세수입은 감소하지 않아 조세포탈 행위가 발생하지 않는다. 따라서 판결문에서도 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고ㆍ납부하거나 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고ㆍ납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 함을 강조하는 것이다. 최근 유사한 사례에 대한 다른 대법원 판결⁵⁾에서도 동일한 이유로 법인세의 경우에는 부정행위에 해당하나, 부가가치세는 부정행위에 해당하지 않는다고 하였다. 판결문 내용을 요약하면 다음과 같은데, 계약서를 작성하고 허위계약서에서 정한 금액을 지급한 뒤 세금계산서를 발행하고 부가가치세 및 법인세 신고를 한 경우, 법인세에 대해서는 허위 손금산입을 통한 과세표준 과소신고를 하였으므로 부정행위에 해당하나, 부가가치세에 대해서는 상대방이 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다면 부정행위를 통해 과세표준을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 때에 해당한다고 볼 수 없다고 하였다.