원고의 이 사건 소제기에 대하여, 피고는 ‘본안 전 항변’으로서 “이 사건 결손금 감액경정 통지는 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하지 않으므로 이 사건 소는 각하되어야 한다.”는 주장을 하였다. 이에 대하여 원고는 “법인세의 과세표준에 관한 규정인 법인세법 제13조 제1호가 2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되어 신설됨에 따라, 과세관청의 결손금 감액경정이 있는 경우 이후 사업연도 법인세의 이월결손금 공제와 관련하여 종전의 결손금 감액경정이 잘못되었다거나 과세관청이 경정한 결손금 외에 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 할 수 없게 되므로, 이러한 과세관청의 결손금 감액경정은 납세의무자의 권리 또는 의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서, 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 된다고 보아야 한다.”는 주장을 하였다. 결국 이 사건에서는 개정된 법인세법이 적용되는 이 사건 감액경정 통지가 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는지 여부가 문제된다.

이 사건 결손금 감액경정은 그 자체로는 원고에게 법규에 의한 권리의 설정 또는 의무의 부담을 명하거나 기타 법률상의 효과를 직접 발생하게 한다고 볼 수 없는 행위로서 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하지 아니한다고 볼 수밖에 없고, 이 점을 지적하는 피고의 본안 전 항변은 이유 있다. 즉, 원고는 이 사건 결손금 감액경정에 잘못이 있는 경우 이를 근거로 하여 원고에 대하여 이루어진 후행 과세처분의 효력을 다투는 절차에서 그러한 잘못을 주장할 수 있다[(서울고법2017누50777, 2017.9.13.) 판결, (인천지법2016구합53450, 2017.4.28.) 판결].

구 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제13조는 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각 호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.”라고 규정하면서, 제1호에서 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액’을 이월결손금으로 공제한다고 규정하고 있었다. 그런데 위 법률 제9898호로 일부 개정되어 2010.1.1. 시행된 법인세법(이하 ‘개정 법인세법’이라 한다)은 제13조 제1호 후문으로 “이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 국세기본법 제45조에 따라 수정 신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다.”라는 규정을 신설하였다[2010.12.30. 법률 제10423호로 개정된 법인세법 제13조 제1호 후문도 동일한 취지이고, 2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 현행 법인세법 제13조 제1항 제1호는 개정 법인세법 제13조 제1호 후문의 내용을 (나)목에서 규정하고 있다]. 위와 같은 개정 법인세법 제13조 제1호 후문 규정은 원칙적으로 공제가 가능한 이월결손금의 범위를 신고ㆍ경정 등으로 확정된 결손금으로 축소하여 법적 안정성을 도모하기 위한 것이다. 이와 같은 관련 규정의 개정 경위와 개정 법인세법 제13조 제1호 후문의 문언 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 개정 법인세법이 시행된 2010.1.1. 이후 최초로 과세표준을 신고한 사업연도에 발생한 결손금 등에 대하여 과세관청의 결손금 감액경정이 있는 경우, 특별한 사정이 없는 한 납세의무자로서는 결손금 감액경정 통지가 이루어진 단계에서 그 적법성을 다투지 않는 이상 이후 사업연도 법인세의 이월결손금 공제와 관련하여 종전의 결손금 감액경정이 잘못되었다거나 과세관청이 경정한 결손금 외에 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 할 수 없다고 보아야 할 것이므로, 이러한 과세관청의 결손금 감액경정은 이후 사업연도의 이월결손금 공제와 관련하여 법인세 납세의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서, 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 봄이 타당하다.

항고소송의 대상이 되는 행정처분의 의미에 대하여, 행정소송법은 “행정청이 행하는 구체적 사실에 관한 법집행으로서 공권력의 행사 또는 그 거부와 그 밖에 이에 준하는 행정작용을 말한다.”고 규정하고 있고(행정소송법 제2조 제1항 제1호), 대법원은 이를 보다 구체화하여 “행정청의 공법상의 행위로서 특정 사항에 대하여 법규에 의한 권리의 설정 또는 의무의 부담을 명하거나 기타 법률상의 효과를 직접 발생하게 하는 등 국민의 구체적인 권리ㆍ의무에 직접 관계가 있는 행위를 가리키는 것이고, 상대방 또는 기타 관계자들의 법률상 지위에 직접적인 법률적 변동을 일으키지 않는 행위 등은 항고소송의 대상이 되는 처분이 될 수 없다.”고 판시하고 있다[(대법원2008두2583, 2008.5.15.) 판결 등].

개정 전 법인세법 제13조는 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.”고 규정하면서, 제1호에서 “각 사업연도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액”을 이월결손금으로 공제할 수 있도록 규정하고 있었다. 위 규정에 따르면, 어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액은 모두 법인세법상 결손금에 해당하는 것이고, 납세의무자의 과세표준 확정신고 또는 과세관청의 조사ㆍ결정에 따른 과세표준의 확정 시에 결손금으로 조사된 금액만이 결손금에 해당하는 것이 아니었다. 즉, 개정 전 법인세법하에서는 공제가 가능한 이월결손금의 범위에 제한이 없었다. 그렇다면, 어느 사업연도에 이월결손금이 공제되지 아니하고 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 그 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 납세의무자는 확정된 부과처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다투면서 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 법인세법의 관계 규정에 따라 공제할 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있었다. 따라서 앞서 살펴본 항고소송의 대상이 되는 행정처분의 의미에 대한 법리에 비추어 볼 때, 개정 전 법인세법하에서 과세관청의 결손금 감액경정은 그 자체로는 납세의무자의 권리ㆍ의무 또는 법률상의 지위에 직접적인 영향을 미치는 행위라 볼 수 없으므로 그 처분성을 부정하는 것이 일견 타당하다고 할 것이고, 종전 대법원 판례 역시 결손금 감액경정의 처분성을 부정하는 입장이었다[(대법원95누12842, 1996.9.24.) 판결, (대법원2001두2652, 2002.11.26.) 판결 등].

2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되어 2010.1.1.부터 시행된 개정 후 법인세법은 제13조 제1호 후문으로 “이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 ㉠ 제60조에 따라 신고하거나 ㉡ 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, ㉢ 국세기본법 제45조에 따라 수정 신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다.”라는 규정을 신설하였다. 위 규정에 따르면, 공제가 가능한 이월결손금의 범위가 (종전에는 제한이 없었는데) 위 ㉠, ㉡, ㉢에 해당하는 경우만으로 축소됨에 따라, 어느 사업연도에 이월결손금이 공제되지 아니하고 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 그 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 된 경우, 납세의무자는 그 결손금이 ㉠, ㉡, ㉢에 해당하는 경우에만 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다투면서 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 법인세법의 관계 규정에 따라 공제할 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 할 수 있게 되었다. 따라서 개정 후 법인세법하에서 납세의무자는 종전과 달리 과세관청의 결손금 감액경정 그 자체를 항고소송의 대상이 되는 행정처분으로 보아 그 효력을 직접 다툴 필요성이 발생하게 되었다. 이에 대상판결은 “(개정 후 법인세법하에서) 과세관청의 결손금 감액경정이 있는 경우, 특별한 사정이 없는 한 납세의무자로서는 결손금 감액경정 통지가 이루어진 단계에서 그 적법성을 다투지 않는 이상 이후 사업연도 법인세의 이월결손금 공제와 관련하여 종전의 결손금 감액경정이 잘못되었다거나 과세관청이 경정한 결손금 외에 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 할 수 없다고 보아야 할 것이므로, 이러한 과세관청의 결손금 감액경정은 이후 사업연도의 이월결손금 공제와 관련하여 법인세 납세의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서, 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 봄이 타당하다.”고 판시하여 결손금 감액경정의 처분성을 인정하였다.

대상판결은 개정 후 법인세법하에서, 과세관청의 결손금 감액경정은 납세의무자의 권리ㆍ의무 또는 법률상의 지위에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당한다고 판단한 최초의 판결이라는 점에서 의미가 있다. 이에 따라 개정 후 법인세법하에서 과세관청의 결손금 감액경정에 잘못이 있는 경우 이를 소송상 어떤 방법으로 다투어야 하는지에 대한 실무상 논란이 해결되었고, 결손금 감액경정에 대한 불복 시점을 앞당김으로써 납세의무자가 신속하게 권익을 구제받고 법률관계를 조기에 종결시킬 수 있게 되었다. 다만, 위 법률 개정으로 공제가 가능한 이월 결손금의 범위가 축소됨에 따라 납세자가 실제로 과거에 결손이 난 부분에 대해서 (신고하지 않았단 이유로) 이후 과세기간에 이월결손금 공제를 받지 못하게 되는 불이익이 납세자에게 돌아가게 된 부분은 아쉬움이 남고, 더구나 대상판결로 인하여 결손금 감액경정에 대한 처분성이 인정됨에 따라 납세의무자의 입장에서는 90일이라는 불복기한을 놓치는 경우 이를 다툴 수 있는 기회가 원천적으로 박탈되는 게 아닌가 하는 부분도 안타깝다. 한편, 대상판결로 인하여 새로운 소송형태가 인정된 만큼, 과세관청으로서는 결손금 감액경정 결정을 납세의무자에게 즉시 통지하고, 납세의무자로서는 통지를 받은 후 불복기간 내에 이를 다투어, 서로 불측의 손해를 입지 않도록 각별히 유의하여야 할 것이다.