분할신설법인의 중소기업 유예기간 적용

1. 사건의 개요
조세특례제한법(이하 “조특법”)은 조세의 감면 또는 중과 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 도모하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 하고 있는데1), 특히 중소기업의 경우에는 조특법 제5조의 2부터 제8조의 4까지 별도로 규정된 중소기업에 대한 조세특례를 적용받을 수 있도록 규정하고 있을 뿐만 아니라, 연구 및 인력개발비 세액공제, 각종 투자세액공제의 적용에 있어 대기업, 중견기업과 비교하여 상대적으로 높은 세액공제율의 적용이 가능하도록 하고 있다. 이와 같이, 조특법상 중소기업에 해당하는 경우 여러 가지 과세특례를 적용받을 수 있으므로 중소기업 해당 여부는 엄격하게 판단하여야 한다. 또한, 조특법은 중소기업의 규모 확대나 법령상 기준의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에도 조세정책적 고려에서 일정 기간 세제혜택을 부여하기 위하여 “중소기업 유예기간”을 규정하고 있는데, 이러한 중소기업 유예기간 동안은 조특법상 중소기업으로 보아 중소기업 과세특례의 적용이 가능하므로 해당 유예기간의 요건 충족 여부에 대해서도 엄격하게 판단하여야 한다. 대상결정은 중소기업 유예기간을 적용받은 내국법인이 물적분할하여 분할신설법인을 설립한 경우, 해당 분할신설법인이 중소기업 유예기간을 적용받을 수 있는지 여부가 쟁점이 된 사안으로, 이하에서는 대상결정의 사실관계 및 판단과 그 의의에 대해 살펴보도록 한다.
2. 이 사건의 사실관계
- 가. 주식회사 AAA(이하 “분할법인”)는 1999.7.16. 설립되어 반도체 부품 제조업 등을 영위하는 법인으로 2006∼2009사업연도에 조특법 시행령 제2조 제2항에 따른 중소기업 유예기간을 적용받았고, 이후 2013.8.13. 반도체 및 LCD 관련 정밀부품의 정밀세정 및 재생업 부문에 관한 물적분할을 하여 청구법인을 설립하였다.
- 나. 청구법인은 물적분할 당시 조특법 시행령상의 중소기업 규모기준을 충족하지 못하였으나, 2015년에 조특법 시행령상의 중소기업 판정기준이 매출액 단일요건으로 개정됨에 따라 중소기업 기준을 충족하였으며, 2018년에 다시 중소기업 기준을 충족하지 못하자 2018~2019사업연도 법인세 신고 시 ‘최초로 중소기업에 해당하지 않는 것으로 보아 중소기업 유예기간 적용대상으로 하여 조특법에 따른 조세특례를 적용’하였다.
- 다. OOO청장(이하 “조사청”)은 청구법인의 신고내용을 확인한 결과, 분할법인이 2006∼2009사업연도에 중소기업 유예기간을 이미 적용받았으므로 분할신설법인인 청구법인이 중소기업 유예기간을 재차 적용받을 수 없는 것으로 보아 중소기업투자세액공제 등의 적용을 부인하는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이를 반영하여 2021.4.5. 청구법인에게 2018~2019사업연도 법인세 합계 OOO원(2018사업연도분 OOO원 및 2019사업연도분 OOO원)을 경정ㆍ고지하였다.
- 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.6.25. 심판청구를 제기하였다.
3. 이 사건의 쟁점 및 관련 법령
가. 이 사건의 쟁점
중소기업 유예기간을 적용받은 내국법인이 물적분할하여 분할신설법인을 설립한 경우, 해당 분할신설법인이 중소기업 유예기간을 적용받을 수 있는지 여부
나. 관련 법령
조세특례제한법시행령 제2조 【중소기업의 범위】
- ① 법 제6조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 않는다.
- 1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준(“평균매출액등”은 “매출액”으로 보며, 이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것
- 3. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제31조 제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 국내 계열회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사에 해당하지 않으며, 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 나목의 주식 등의 간접소유 비율을 계산할 때 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 “평균매출액 등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업”은 “매출액이 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 않는 기업”으로 본다.
- 4. 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것
- ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 해당 사유가 발생한 날(제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일로 한다)이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.
- 1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
- 2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우
- 3. 제1항 제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우
- 4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
4. 대상결정의 요지
조세심판원은, 청구법인은 2013.8.13. 분할법인의 반도체 부품 관련 세정사업부문에 대한 물적분할로 설립되었으므로 분할법인과는 독립된 법인인 점, 물적분할이 법인세법 제46조 제2항 각 호의 요건을 모두 갖춘 적격분할에 해당하여 청구법인의 사업이 분할 전의 사업과 실질적인 동일성 및 지분관계의 계속성이 유지된다 하더라도 조세특례를 적용함에 있어 분할신설법인을 분할법인으로 동일하게 취급한다는 등의 별도의 규정을 두고 있지 아니한 이상 분할법인과 분할신설법인을 동일시하여 규정을 적용하기는 어려운 점, 조특법 시행령 제2조 제2항의 중소기업에 대한 유예기간 적용 규정에서 분할법인이 중소기업 유예기간을 적용받은 경우 분할신설법인의 중소기업 유예기간 적용 여부와 관련하여 분할로 인해 이미 유예기간을 적용받은 것으로 본다는 규정이 존재하지 않는 점, 조특법 제6조의 창업중소기업에 대한 감면규정은 중소기업의 사업초기(창업)에 조세부담을 완화하여 국내 제조업 등의 산업기반을 강화하고자 고용창출 및 시설투자를 수반하는 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것만을 지원하고자 하는 데 그 입법취지가 있는 반면, 조특법 시행령 제2조 제2항의 중소기업 유예기간제도는 중소기업의 규모 확대나 법령상 기준의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에도 조세정책적 고려에서 일정 기간 세제혜택을 부여하기 위한 것에 그 취지가 있는 것인바, 이와 같이 두 규정 간의 입법취지 및 규정내용이 다름에도 ‘창업중소기업에 대한 감면규정’에서 분할을 창업에서 제외하도록 하고 있다 하여 해당 규정을 ‘중소기업 유예기간 적용 규정(조특법 시행령 제2조 제2항)’에까지 확대적용하여 중소기업 유예기간 적용 규정상 분할설립을 새로운 설립에 해당하지 않는 것으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 중소기업이었던 청구법인을 2018년에 최초로 중소기업에 해당하지 아니한 경우로 보아 중소기업 유예기간을 적용하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 분할신설법인인 청구법인이 중소기업 유예기간을 재차 적용받을 수 없는 것으로 보아 청구법인에게 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단하였다.
5. 대상결정에 대한 평석
가. 조세법률주의에 따른 엄격해석의 원칙
국세기본법은 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 규정2)함으로써, 세법의 해석ㆍ적용은 납세자의 재산권 보장을 위하여 엄격히 해석하여야 하고 유추해석이나 확장해석은 금지하도록 하고 있다. 대법원 역시 “조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 것”으로 판단3)하였다. 따라서 세법은 조세법률주의에 따른 엄격해석의 원칙에 근거하여 법문언 자체에 충실하도록 해석하여야 하며, 확장해석 혹은 유추해석은 배제되어야 한다. 한편, 조특법은 ① 규모기준4), ② 독립성기준5), ③ 업종기준6)의 요건(이하 “중소기업 요건”)을 모두 충족하는 경우 중소기업으로 인정하고 있으며, 중소기업이 규모의 확대 등의 사유7) 또는 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정에 의하여 중소기업에 해당되지 아니하게 된 경우8) 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도(이하 “중소기업 유예기간”)까지는 중소기업으로 보도록 규정하고 있다. 이와 같이, 조특법은 규모의 확대 등의 사유가 발생한 시점에 즉시 중소기업에서 제외시킨다면 중소기업에 대한 세제지원의 취지를 효과적으로 살릴 수 없는 것으로 보아 중소기업 유예기간을 부여하고 있다. 조특법상 중소기업에 해당될 경우, 조특법 제5조의 2부터 제8조의 4까지 규정된 중소기업에 대한 조세특례를 적용받을 수 있을 뿐만 아니라, 연구 및 인력개발비 세액공제, 각종 투자세액공제의 적용에 있어 대기업, 중견기업과 비교하여 상대적으로 높은 세액공제율을 적용받을 수 있다. 즉, 조특법은 중소기업의 원활한 성장을 지원하기 위한 측면에서 다양한 세제지원제도를 운용하고 있는데, 중소기업 해당 여부가 조특법상 세제혜택을 받을 수 있는지 여부와 직결되므로, 조세법률주의의 엄격해석 원칙에 따라 중소기업 유예기간 대상 여부를 포함한 중소기업 해당 여부는 법문대로 해석해야 하고 합리적 이유 없는 확장해석 또는 유추해석은 배제되어야 한다.
3) (대법원68누161, 1968.10.8.) 판결 등 다수
4) 업종별 매출액이 중소기업기본법 시행령 별표 1에 따른 규모 기준(“평균매출액 등”은 “매출액”으로 봄) 이내에 해당하여야 하며, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니함(조특법 시행령 제2조 제1항 제1호)
5) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제31조 제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 국내 계열회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사에 해당하지 않으며, 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우, 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목의 주식 등의 간접소유 비율을 계산할 때 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 “평균매출액 등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업”은 “매출액이 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 않는 기업”으로 봄(조특법 시행령 제2조 제1항 제3호)
6) 조특법 시행령 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것(조특법 시행령 제2조 제1항 제4호)
7) 조특법 시행령 제2조 제2항
8) 조특법 시행령 제2조 제5항
나. 분할의 법적 성격
상법은 분할회사, 단순분할신설회사는 분할 전의 분할회사 채무에 관하여 연대하여 변제할 책임이 있으며, 단순분할신설회사는 분할회사의 권리와 의무를 분할계획서에서 정하는 바에 따라 승계하도록 규정하고 있다.9) 즉, 분할에 의하여 분할회사의 권리의무가 분할신설회사에 포괄적으로 이전되는데, 이는 분할의 법적 성격을 회사재산의 부분적 포괄승계와 그 대가로서의 사원권의 부여를 본질적 요소로 하는 조직법ㆍ단체법상의 행위 내지 제도로 보고 있기 때문이다.10)
10) 주석 상법(제6판), 제531면
다. 분할신설법인의 중소기업 유예기간 적용
1) 중소기업 유예기간을 적용받을 수 있는 대상
조특법은 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 조특법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 중소기업 유예기간이 경과한 후에는 과세연도별로 중소기업 해당 여부를 판정하도록 규정하고 있다. 따라서 중소기업 유예기간을 적용받을 수 있는 대상은 규모의 확대 등의 사유로 “최초”로 중소기업 요건을 갖추지 못한 “중소기업”이다.
2) 분할신설법인의 중소기업 유예기간 적용 관련 과세관청의 입장
과세관청은 “분할신설법인이 분할 당시 중소기업 규모를 초과한 경우 분할법인의 잔존 유예기간 승계 여부”에 대한 질의에 “조특법 시행령 제2조 제2항 본문에 따라 ‘유예기간’의 적용을 받던 법인이 법인세법 제46조 제1항 각 호의 요건을 갖춰 분할함에 있어, 분할신설법인이 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제1호의 ‘규모기준’을 초과한 경우에 해당하더라도 분할 당시의 분할법인의 잔존 ‘유예기간’ 내에 종료하는 각 과세연도까지는 중소기업으로 보는 것”으로 회신11)하였다.즉, 과세관청은 분할의 법적 성격에 근거하여 분할법인의 권리의무가 분할신설법인에게 포괄적으로 이전되어 분할법인과 분할신설법인은 동일성, 계속성, 연속성을 가지므로, 분할신설법인 역시 분할법인의 잔존 유예기간을 적용받을 수 있는 것으로 판단하였다.결국, 과세관청은 분할법인이 분할 전에 중소기업 유예기간을 이미 적용받았다면 분할신설법인 역시 이미 중소기업 유예기간을 적용받은 것으로 보아 분할 이후에는 재차 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없다는 입장을 취하고 있는 것으로 보인다.
11) (법인세과-776, 2010.8.20.), (기획재정부 조세특례제도과-145, 2008.5.9.)
3) 중소기업 유예기간 판단의 기산점
앞서 살펴본 바와 같이, 중소기업 유예기간을 적용받을 수 있는 대상은 규모의 확대 등의 사유로 “최초”로 중소기업 요건을 갖추지 못한 “중소기업”이다. 즉, 중소기업 유예기간 판단의 기산점은 “최초”로 중소기업에 해당하지 아니한 사유가 발생하게 된 시점이다. 대상결정에서 처분청은 분할의 경우 분할법인과 분할신설법인인 청구법인은 동일성과 계속성, 연속성을 가지므로 이미 중소기업 유예기간을 적용받은 것으로 볼 수 있는 청구법인에게 중소기업 유예기간을 재차 적용할 수는 없다고 주장하였다. 다만, 아래와 같은 이유를 근거로 분할신설법인의 중소기업 유예기간 판단의 기산점은 처분청의 주장과 달리 분할 이후로 판단하여야 한다.
- ① 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는데, 분할법인이 중소기업 유예기간을 적용받은 경우 분할신설법인의 중소기업 유예기간 적용 여부와 관련하여 분할로 인해 이미 유예기간을 적용받은 것으로 본다는 명문의 규정은 존재하지 않는다.
- ② 처분청은 법인세법상 적격분할에 해당할 경우 분할법인과 분할신설법인은 동일성, 계속성, 연속성을 가지므로 분할신설법인은 중소기업 유예기간을 재차 적용받을 수 없다고 주장하고 있으나, 적격분할 요건을 충족하지 못할 경우에는 중소기업 유예기간의 적용이 가능한지에 대한 판단이 없을 뿐만 아니라 이와 같이 적격분할 여부에 따라 중소기업 유예기간 적용 여부가 달라지는 해석은 타당하지 않다.
- ③ 조특법은 중소기업 유예기간 적용 배제 대상 중 하나로 “창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우”를 규정12)하고 있는데, 중소기업 유예기간 판단의 기산점을 분할 전으로 보기 위하여 중소기업 유예기간 적용 대상 “중소기업”을 분할신설법인뿐만 아니라 분할법인으로 확장하여 해석한다면 위 “창업일”은 분할신설법인의 창업일이 아닌 분할법인의 창업일로 해석해야 하는데, 이와 같은 해석은 분할신설법인이 해당 규정을 적용받는 상황을 상정하기 어렵게 만든다.
- ④ 합병의 경우에도 분할과 동일하게 피합병법인의 권리의무가 포괄적으로 합병법인으로 이전되는데, 처분청의 주장과 같다면 합병 전에 중소기업 유예기간 규정을 적용받은 피합병법인이 합병법인과 합병을 한 이후에도 중소기업 요건을 충족하다가 일정기간이 경과하여 중소기업 요건을 충족하지 못할 경우, 중소기업 유예기간 규정을 적용받을 수 없는 범위는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득으로 한정하여야 하나, 현행 법령상 법인을 사업별로 구분하여 중소기업 해당 여부를 판단하고 있지는 않으며 실무적으로도 이를 구분하여 중소기업 유예기간을 적용하는 것은 어렵다.
12) 조특법 시행령 제2조 제2항 제4호.
라. 결 론
조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는데, 중소기업에 대한 유예기간 적용 규정에서 분할법인이 중소기업 유예기간을 적용받은 경우 분할신설법인의 중소기업 유예기간 적용 여부와 관련하여 분할로 인해 이미 유예기간을 적용받은 것으로 본다는 규정이 존재하지 않는 점 등의 사유로, 분할신설법인이 중소기업 유예기간 규정을 적용받을 수 있다고 판단한 조세심판원의 결정은 타당한 것으로 보인다. 처분청은 유예기간을 이미 적용받은 법인으로부터 분할로 인해 신설된 법인에게도 유예기간을 재차 적용해주게 된다면, 계속하여 분할을 통해 중소기업 유예기간을 적용하는 등의 특혜를 취하는 편법을 용인해주는 결과를 초래하다는 점을 주장하고 있는데, 관련 법령에서 명확하게 규정하고 있지 않는 이상 이는 입법의 측면에서 해결할 사항일 뿐이다.