• 1) 원고는 자동차 부품 및 선박 건설용 잭 볼트 너트류 등 제조를 목적으로 설립된 회사이고, A는 원고의 대표이사이자 사내이사이다. 원고는 5개의 특허권(이하 각 특허권을 순번으로 특정하고, 전체 특허권은 ‘이 사건 특허권’)을 취득하였다.
• 2) 원고는 임시주주총회에서 이 사건 특허권 중 제3특허권을 제외한 제1, 2, 4, 5특허권의 50% 지분을 A에게 이전하기로 결의하였고, 2016.10.4. A에게 50% 지분을 이전하였다. 그 후 2016.9.30. 자 주주총회에서 직무발명보상제도를 도입하였다.
• 3) 제 1, 3, 5 특허권(이하 ‘가지급금 상계 관련 특허권’)과 관련하여, A는 원고에게 위 특허권의 발명사실을 신고하였고, 원고의 직무발명심의위원회는 출석위원 전원의 찬성으로 위 특허권이 직무발명에 해당함을 승인하였으며, 보상금을 지급하기로 한 후 위 직무발명보상금 상당액을 무형자산(특허권)으로 계상하면서 대표이사 가지급금과 상계 처리하였고, 해당 무형자산에 대해서는 매 사업연도 감가상각비를 비용으로 회계처리하였다.
• 4) 원고는 제 2, 4 특허권(이하 ‘현물출자 관련 특허권’) 50%를 현물출자받아 보통주를 교부하여 원고에 대한 A 주식의 지분율이 40%에서 58.75%로 증가하였다.
• 5) 감사청은 원고에 대한 정기감사를 실시하여 원고가 당초 소유한 이 사건 특허권 지분 일부를 A의 명의로 변경한 후 이를 다시 원고의 명의로 변경하면서 직무발명보상금 지급과 현물출자를 통해 법인의 자금을 부당하게 유출하였으므로 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 직무발명보상금 상당액과 현물출자 상당액을 손금불산입해야 한다는 감사결과를 피고인 B세무서장에게 통보하였고, 피고는 이에 따라 원고에게 법인세 과세예고통지를, A에게는 소득금액변동통지를 하였다.
• 6) 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2020.1.3. 심판청구를 제기하였으나 원고의 청구는 기각되었다.

특허법 제33조 제1항 본문은 발명을 한 자 또는 그 승계인은 특허법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다고 규정하고 있는데, 특허법 제2조 제1호는 ‘발명’이란 자연법칙을 이용하여 기술적 사상을 고도로 창작한 것을 말한다고 규정하고 있으므로, 특허법 제33조 제1항 본문에서 정하고 있는 ‘발명을 한 자’는 바로 이러한 발명행위를 한 사람을 가리킨다. 따라서 발명자가 되기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나, 연구자를 일반적으로 관리하였거나, 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 하였거나 또는 자금ㆍ설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원ㆍ위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시ㆍ부가ㆍ보완한 자, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화한 자, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언ㆍ지도를 통하여 발명을 가능하게 한 자 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다[(대법원2011다77313">대법원2011다77313, 2014.11.13.)(대법원2022다77320, 2014.11.13.) 판결 등]. 위 법리에 비추어 보건대 이 사건 특허권의 실질적인 귀속권자는 원고라고 봄이 타당하므로 이를 전제로 한 피고의 이 사건 각 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 모두 이유 없다. 이 사건 특허권의 내용을 구체적으로 살펴보면, 제1특허권은 ‘냉간단조 방법으로 투피스 플랜지너트용 고정와셔 및 제조방법’, 제2특허권은 ‘알루미늄 자동차용 잭과 나사봉 및 제조방법’, 제3특허권은 ‘냉ㆍ온간 복합단조방법에 의한 차량용 타이로드엔드, 차량용 견인고리의 제조방법’, 제4특허권은 ‘자동차용 일체형 스크루 너트’, 제5특허권은 ‘와셔부에 홈을 형성하고 자석을 매설한 고장력 마그네틱 볼트 조립체’로서, 단순한 구상만으로는 개발이 어렵고, 기술의 실현 가능성, 효율성, 안전성 등을 검증하기 위하여 시제품의 제작 및 다양한 실험이 필요하며, 그 과정에서 상당한 설비 및 비용이 소용될 것으로 보여 개인이 모두 고안해 내는 것이 어렵다고 보인다. 이에 대하여 원고는 이 사건 특허권이 A의 새로운 착상 또는 프로그램 시뮬레이션만으로 발명이 가능하여 특별히 지출된 개발비용이 없다고 주장하나, 원고가 기업부설연구소를 통하여 자동차 부품 및 제조공정의 개발에 매년 수억 원 이상의 연구비를 지출한 사실에 비추어 보아 위 주장은 믿기 어렵다. 원고는 2007년부터 현재까지 자동차 부품의 연구 및 개발을 위하여 기업부설연구소를 설립하여 운영 중이다. 원고는 2007년부터 이 사건 특허권이 모두 출원된 2013년까지 기업부설연구소의 연구비로 898,538,637원을 지출하였고, 기업부설연구소 설립 후 현재까지 합계 11개의 새로운 특허를 출원 및 등록하였다. 이와 같이 원고는 기업부설연구소를 통하여 제3, 4, 5특허권을 포함한 자동차 부품연구개발을 지속적으로 한 것으로 보인다. 또한 원고의 기업부설연구소가 설립되기 전 출원 및 등록이 이루어진 제 1, 2 특허권에 관하여 살펴보더라도, 앞서 살펴본 바와 같이 제1, 2특허권은 개인이 구상만으로 발명하기 어렵고, 원고 회사의 설비 및 인력을 통하여 위 특허권이 발명된 것으로 보이는 점, 실제로 2002년경부터 기업부설연구소 설립 전까지 제1, 2 특허권 이외의 다른 특허권(서머스타트 컵 제조방법, 내경나사 가공장치, 유니온볼트 측면구멍 가공장치)도 모두 원고 명의로 출원 및 등록이 이루어진 점 등에 비추어 보면, 위 특허권도 원고가 발명한 것으로 보이고, A 개인이 발명한 것으로 보기는 어렵다. 한편, 원고가 A의 이 사건 특허권 발명 입증자료로 제출한 연구노트를 살펴보아도, A가 회사에서 매일 작성한 업무일지 중 일부 자동차 부품 개발에 관련된 내용이 기재되었을 뿐이고, 자동차 부품 등 개발을 위한 별도의 연구노트는 존재하지 아니하는 것으로 보인다. 따라서 위와 같은 기재만으로 A가 이 사건 특허권과 관련하여 아이디어를 제공한 것을 넘어 특허법상 발명의 요건인 ‘기술적 사상의 창작행위’에 실질적으로 기여하였다고 인정하기 어렵다. 설령 A가 ‘기술적 사상의 창작행위’에 일부 관여하였다고 하더라도, 앞서 든 여러 사정들과 A가 원고의 대표이사 또는 사내이사인 점, 원고가 그동안 A가 발명자인 특허와 관련하여 원고의 이름으로 특허권을 출원 및 등록해온 점 등을 감안하면, 원고가 제출한 증거만으로는 A가 원고와 별개의 지위에서 독자적으로 이 사건 특허권을 발명하였다고 인정하기는 어렵다. 아울러 ① 이 사건 특허권 중 제1, 2 특허권은 각 2005년 및 2006년 원고 회사 명의로 특허권 등록이 이루어졌는데, 발명자가 A임에도 불구하고 당시 위 특허권과 관련하여 아무런 회계처리가 이루어지지 않았으며, 직무발명보상금 지급도 검토하지 아니하다가 약 10년 이후에 갑자기 A에게 지분을 이전하게 된 점, ② 원고가 A의 독자적인 발명을 주장하면서도 이 사건 특허권 중 50%의 지분만을 A에게 이전하였는데, 위 경위에 관하여 적법한 법적 테두리 내에서 진행하고자 보수적으로 50%의 지분만 이전한 것이라고 주장하나, 위 주장은 받아들이기 어렵고 원고 스스로도 이 사건 특허권의 지분 양도가 법인자금의 부당유출에 해당할 가능성이 있음을 인식하고 위와 같이 이 사건 특허권 중 50%의 지분만 A에게 이전하였던 것으로 봄이 상당한 점 등과 같이 이 사건 특허권의 이전 경위에 비추어 보더라도, 이 사건 특허권은 당초부터 원고에게 귀속된 것으로 봄이 타당하다.

이 사건 특허권은 원고가 그 기업부설연구소를 통하거나 기업부설연구소 설립 전에는 원고 회사의 설비와 인력을 통하여 발명한 것으로 그 실질적인 귀속권자는 원고라고 봄이 타당하고, 원고가 당심에서 지적하거나 추가로 제출하는 자료만으로는 A를 이 사건 특허권의 발명자로 볼 수 없다는 판단을 비롯하여 이 부분 관련 위 인용부분에서의 사실관계 인정이나 판단을 뒤집기에는 부족하므로, 이에 반하거나 이와 다른 전제에 선 항소이유에 관한 원고 주장은 모두 받아들일 수 없다. 위 인용 부분에서 살펴본 것처럼 2007년부터 2013년까지 위 기업부설연구소의 연구비 지출액이 623,848,160원에 달하는 점, 제1심 판결에서 적시한 위 기업부설연구소의 연구실적 및 그와 이 사건 특허권과의 관련성 등에 비추어, 위 부설연구소가 실제로는 연구가 아닌 납품 제품의 품질테스트 업무만 수행하였다는 취지의 원고 주장은 받아들일 수 없다. 원고는 2015년 세무조사에서 기업부설연구소로 인한 세제혜택이 모두 부인되었으므로, 기업부설연구소의 존재를 이유로 이 사건 특허권에 관한 A의 공헌도를 부인하고 있는 제1심의 판단은 부당하다는 주장도 하나, 위 세무조사에서 부인된 금액을 제외하고도 위에서 본 바와 같이 2007년부터 2013년까지의 기업부설연구소의 연구비 지출액이 623,848,160원에 달할 뿐만 아니라 그 세액공제액도 159,510,304원에 이르는 점, 또한 위에서 본 기업부설연구소의 연구실적 및 그와 이 사건 특허권과의 관련성 등에 비추어 위 주장 취지처럼 위 세무조사로 인해 이 사건 특허권과 관련한 기업부설연구소의 존재가 별다른 의미를 가질 수 없게 되었다고는 보기 어렵다.

사건의 핵심은 이 사건 특허권의 소유자가 누구였냐는 것이다. 피고인 세무서장은 이 사건 특허권의 원시취득자를 원고(법인)로 판단하였기 때문에, 원고가 당초 소유한 이 사건 특허권 지분 일부를 대표이사인 A의 명의로 변경한 후 이를 다시 원고의 명의로 변경하면서 직무발명보상금 지급과 현물출자를 통해 법인의 자금을 부당하게 유출하였다고 보았다. 반대로 원고는 이 사건 특허권은 A가 발명자이자 소유권자이므로 국세청의 과세처분은 부당하다고 주장하고 있다. 이처럼 이 사건 특허권의 소유권자에 따라 과세처분이 달라지므로 원심에서는 특허권의 소유권자를 결정하기 위해 대법원 판례³⁾를 인용하여 특허를 받을 수 있는 권리자의 요건을 먼저 제시한 후 그 요건에 부합하는지 검토하였다. 먼저 대법원 판례에서 제시한 특허권자에 대한 요건은 다음과 같다. 특허법 제33조 제1항 본문은 발명을 한 자 또는 그 승계인은 특허법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다고 규정하고 있는데, 특허법 제2조 제1호는 ‘발명’이란 자연법칙을 이용하여 기술적 사상을 고도로 창작한 것을 말한다고 규정하고 있으므로, 특허법 제33조 제1항 본문에서 정하고 있는 ‘발명을 한 자’는 바로 이러한 발명행위를 한 사람을 가리킨다. 따라서 발명자가 되기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나, 연구자를 일반적으로 관리하였거나, 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 하였거나 또는 자금ㆍ설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원ㆍ위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시ㆍ부가ㆍ보완한 자, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화한 자, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언ㆍ지도를 통하여 발명을 가능하게 한 자 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다. 이처럼 특허권 권리자가 되려면 단순히 아이디어 제시 및 경제적 지원 등에 그치지 않고, 사실상 연구 및 개발 등에 참여하여 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하여야 한다는 것을 알 수 있는데, 판결문 내용을 읽어보면 회사의 대표이사인 A는 이를 충족하지 못하였음을 알 수 있다. 우선, 자동차 부품의 연구 및 개발 업무 특성상 이 사건 특허권의 경우 단순한 구상만으로 개발이 어렵고, 기술의 실현 가능성, 효율성, 안전성 등을 검증하기 위하여 시제품의 제작 및 다양한 실험이 필요하며, 그 과정에서 상당한 설비 및 비용이 소요될 것으로 보여 개인이 이를 모두 고안해 내는 것은 생각하기 어렵다. 나아가 원고는 이 사건 특허권이 A의 새로운 착상 또는 프로그램 시뮬레이션만으로 발명이 가능하여 특별히 지출된 개발비용이 없다고 주장하나, 원고가 기업부설연구소를 통하여 자동차 부품 및 제조공정의 개발에 매년 수억 원 이상의 연구비를 지출한 사실에 비추어 보아 위 주장은 믿기 어렵다고 보았다. 마지막으로 원고가 A의 이 사건 특허권 발명 입증자료로 제출한 연구노트를 살펴보아도, 회사에서 매일 작성한 업무일지 중 일부 자동차 부품 개발에 관련된 내용이 기재되었을 뿐이고, 자동차 부품 등 개발을 위한 별도의 연구노트는 존재하지 아니하는 것으로 보인다. 위와 같은 이유로 원심판결은 A가 이 사건 특허권과 관련하여 특허법상 발명의 요건인 ‘기술적 사상의 창작행위’에 실질적으로 기여하였다 보기는 어렵다고 판결하였으며, 2심에서도 제1심 판결은 정당하다고 하였다. 이와 같이 특허권의 귀속권자에 따라 과세논리가 달라짐에도 불구하고 사전검토 없이 대표이사 명의로 특허권을 등록하고 이를 법인에 양도시키는 행위를 통해 가지급금을 해결 하려하거나 법인자금을 인출을 시도하려는 사례 및 광고 등을 쉽게 접할 수 있는데, 이와 같은 행위가 세무 이슈 없이 이루어지려면 특허권의 실제 소유권자에 대한 검토가 사전에 이루어져야 할 것이다.