주택을 건설하여 분양하는 경우 부가가치세가 면세된다. 따라서 면세사업자로 사업자등록을 한다. 문제는 면세사업자로 등록을 했는데 나중에 과세되는 경우이다. 면세사업자로 사업자등록을 하여 부가가치세가 면세되는 주택을 건설하여 분양하여 면세수입이므로 부가가치세를 신고하지 않았으나 관할 세무서는 동 주택건설이 과세사업에 해당한다고 직권으로 과세사업자로 등록하고 부가가치세를 추징한 것이다. 이런 경우 면세사업자로 등록을 했는데 나중에 과세로 확인되는 경우 매입세액을 공제받을 수 있을 것인지가 문제된다. 또한 가산세가 부과될 것인지도 문제가 된다. 아래 판례는 면세 주택을 공급하는 사업자가 꼭 명심하여야 할 내용이다. 매입세액을 공제받으려면 일정한 기간 내에 사업자등록을 하여야 한다. 여기서 사업자등록이란 부가가가치세 과세사업자로 등록하는 것을 말한다. 따라서 면세사업자로 등록한 경우는 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없다는 점이다. 면세사업자로 사업자등록을 하였는데 나중에 과세사업으로 확인되더라도 발생한 매입세액은 사업자등록 전의 매입세액에 해당하여 과세기간 종료 후 20일 내 등록하지 아니하는 한 이를 매출세액에서 공제할 수 없다(조심 2021중673, 2021.8.26., 및 대법원 2002두5146, 2004.3.12., 판결 같은 뜻임). 이것은 중요한 판례이므로 잘 기억해야 한다. 면세사업자로만 등록하지 말고 과세사업자로 등록하는 것이 좋다. 앞에서 말했듯이 사업자등록은 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 관할 세무서장에게 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립된다. 사업자등록을 하면서 면세로 기재하고 등록신청서를 제출한 경우에는 과세사업자로 등록신청을 한 것으로 볼 수 없다. 또한 관할 세무서에서 신청에 따라 면세사업자로 사업자등록증을 발급하였다는 사실만으로 과세관청이 면세사업에 해당한다는 공적견해를 표명한 것으로 보기도 어렵다(조심 2021중6709, 2022.4.8., 같은 뜻임). 이렇게 잘못된 면세사업자등록으로 인한 가산세도 피할 수가 없다. 가산세는 정당한 사유 없이 위반한 납세자에게 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나 또는 그 의무의 이행을 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때에는 이를 부과할 수 없다. 2017년 12월 20일 조세심판관합동회의 결정이 있기 전까지는 공부상 업무시설로 되어 있는 오피스텔의 공급이 부가가치세 면제대상인지 여부에 대하여 견해의 대립이 있었다. 그러나 이 가산세의 전제가 되는 2019년 제1기 부가가치세의 과세표준 신고기한은 결정일 이후에 도래하여서 가산세 부과는 정당하다(조심 2021중0673, 2021.8.26., 같은 뜻임; 조심2022부1860">조심2022부1860, 2022.6.7.).