
1. 개요
정부는 2022.12.31. 「조세특례제한법」을 개정하여 종전의 고용지원을 위한 세액공제제도인 경력단절여성 고용 기업에 대한 세액공제(조특법 §29의 3 ①), 육아휴직 복귀자 세액공제(조특법 §29의 3 ②), 고용증대 세액공제(조특법 §29의 7), 중소기업 사회보험료 세액공제(조특법 §30의 4), 정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제(조특법 §30의 2)를 통합하여 통합고용세액공제를 신설하였다. 종전의 정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제(조특법 §30의 2), 경력단절여성 고용 기업에 대한 세액공제 및 육아휴직복귀자 세액공제(조특법 §29의 3)는 2022년 말로 일몰되어 2023.1.1. 이후 개시한 사업연도에는 적용되지 않으므로 통합고용세액공제의 추가공제를 받아야 하며, 적용기한이 2024년 말인 고용증대 세액공제(조특법 §29의 7)와 사회보험료 세액공제(조특법 §30의 4)는 통합고용세액공제 기본공제와 선택하여 적용할 수 있다.
<개정이유> 기업의 고용확대 지원 <적용시기> 2023.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용
<개정이유> 기업의 고용확대 지원 <적용시기> 2023.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용
종 전 | 개 정 |
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□ 고용지원 관련 세액공제 제도 ➊ 고용증대세액공제(조특법 §29의 7) ㅇ (적용대상) 모든 기업* * (제외) 소비성서비스업 : 고용증가인원 × 1인당 세액공제액
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□ “통합고용세액공제”로 통합ㆍ단순화 ㅇ (적용대상) 모든 기업* * (제외) 소비성서비스업 ㅇ (기본공제) (조특법 §29의 8 ①) : 고용증가인원 × 1인당 세액공제액
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➌ 경력단절여성 고용기업에 대한 세액공제(조특법 §29의 3 ①) ㅇ 세액공제액 : 경력단절여성채용자 인건비 × 공제율
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ㅇ (추가공제) (조특법 §29의 8 ③ㆍ④) : 정규직 전환ㆍ육아휴직 복귀자 인원 × 공제액 * 전체 상시근로자 수 미감소 시
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□ 중복지원 배제(조특법 §127 ⑪) 「조세특례제한법」제29조의 8 제1항(통합고용증대 세액공제의 기본공제)은 제29조의 7(고용증대 세액공제) 또는 제30조의 4(중소기업 사회보험료 세액공제)에 따른 공제를 받지 아니한 경우에만 적용 → 중복적용배제 □ 조세특례의 제한 등 ㅇ 최저한세 : 적용대상 ㅇ 미공제 세액공제의 이월기간 : 10년 ㅇ 농어촌특별세 과세 여부 : 과세 |
I 통합고용세액공제 세부사항(조특령 §26의 8) I
종 전 | 개 정 |
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<신설> | □ 적용제외 업종* * 고용증대 세액공제 요건과 동일 ㅇ 「조세특례제한법 시행령」제29조 제3항에 따른 소비성서비스업(유흥주점업, 호텔ㆍ여관업 등) □ 상시근로자의 범위* * 고용증대 세액공제 요건과 동일 ㅇ 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자* * 다음의 근로자는 제외 ① 근로계약기간이 1년 미만인 근로자 ② 단시간근로자(1개월간 60시간 이상 근로자는 제외) ③ 임원, 최대주주, 최대출자자 및 그 배우자, 직계존비속 등 □ 우대공제 대상인 청년등상시근로자의 범위 ㅇ 청년(15 ∼ 34세) 정규직* * 상시근로자 중 기간제 및 단시간근로자, 파견근로자 등 제외 ㅇ 장애인, 상이자, 5ㆍ18민주화운동부상자, 고엽제후유의증환자로서 장애등급 판정을 받은 자 ㅇ 근로계약 체결일 현재 연령이 60세 이상인 근로자 ㅇ 「조세특례제한법」제29조의 3 제1항에 따른 경력단절여성 □ 상시근로자 및 청년등상시근로자의 수 계산방법* * 고용증대 세액공제의 계산방법과 동일 ㅇ 해당 과세연도 매월 말 상시근로자(청년등상시근로자) 수의 합 ÷ 해당 과세연도의 개월 수 □ 기본공제 추징세액 계산방법* * 고용증대 세액공제의 추징세액 계산방법과 동일 ① 1년 이내 감소하는 경우 ⅰ) 전체 상시근로자(‘청년등’ + ‘그 외’) 감소 시 - 청년등 감소인원(ⓐ) ≥ 전체 상시근로자 감소인원(ⓑ) [‘그 외’ 증가인원(ⓐ - ⓑ)이 ‘청년등’ 감소인원(ⓐ)에 비해 적어 ‘전체’ 감소(ⓑ) 등] : (ⓐ - ⓑ) × [우대공제액(청년등) - 일반공제액(그 외)] + ⓑ × 우대공제액 - 그 밖의 경우 : 청년등 감소인원 × 우대공제액 + 그 외 감소인원 × 일반공제액 ⅱ) 전체 상시근로자 유지ㆍ증가 & 청년등 감소 : 청년등 감소인원 × (우대공제액 - 일반공제액) ② 1 ~ 2년 기간 중 감소하는 경우 - ‘①’과 같은 방법으로 추징, 2년간 공제받은 금액 추징 - ‘①’에 따른 기추징세액은 차감 □ 세액공제 적용 제외대상* 특수관계인의 범위** * 법률에서 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자)를 제외 ** 기존 정규직 전환 및 육아휴직 복귀자 세액공제 범위와 동일 ㅇ 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자와 「국세기본법」에 따른 친족관계인 사람 □ 원천징수 사실 확인 방법* * 기존 육아휴직 복귀자 세액공제와 동일 ㅇ 근로소득원천징수부를 통하여 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되는 경우 □ 세액공제 신청방법* * 고용증대 세액공제 신청방법과 동일 ㅇ 과세표준 신고 시 세액공제신청서(기획재정부령으로 규정)를 납세지 관할 세무서장에게 제출 |
2. 통합고용세액공제 기본공제
(1) 통합고용세액공제 기본공제
내국법인(소비성서비스업1)을 경영하는 내국법인 제외)이 2023.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 2025.12.31.이 속하는 사업연도까지의 기간 중에 해당 사업연도의 상시근로자의 수가 직전 사업연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에 해당 사업연도와 해당 사업연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 사업연도까지의 법인세에서 공제한다(조특법 §29의 8 ①). 1) 소비성서비스업 : 다음 중 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다(조특령 §26의 8 ①, §29 ③). ① 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업은 제외) ② 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 「식품위생법 시행령」제21조에 따른 단란주점 영업만 해당하되, 「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외)
*1 청년등상시근로자 : 청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자, 경력단절여성 *2 청년등상시근로자의 증가인원 수는 전체 상시근로자의 증가인원 수를 한도로 하고, 청년등 외 상시근로자 증가인원 수도 전체 상시근로자의 증가인원 수를 한도로 함 *3 수도권이란 서울특별시, 인천광역시, 경기도를 말함(조특법 §2 ① 9호, 수도권정비계획법 §2 1호, 수도권정비계획법 시행령 §2)
구 분 | 중소기업 | 중견기업 | 대기업 | |
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수도권*3 내의 지역 | 수도권 밖의 지역 | 전국 | 전국 | |
청년등상시근로자*1ㆍ*2 | 1,450만원 | 1,550만원 | 800만원 | 400만원 |
청년등 외 상시근로자*2 | 850만원 | 950만원 | 450만원 | - |
【예제】 상시근로자 증가인원 수 계산 수도권 내에 소재한 중소기업의 2023년 통합고용세액공제액을 구하시오.
【해답】 청년등상시근로자 : Min[청년등 증가인원 수 3명, 전체 상시근로자 증가인원 수 2명] × 1,450만원 = 2,900만원
구 분 | 2022년 | 2023년 |
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청년등상시근로자 수 | 10명 | 13명 |
청년등 외 상시근로자 수 | 10명 | 9명 |
전체 상시근로자 수 | 20명 | 22명 |
(2) 사후관리
법인세에서 통합고용세액공제 기본공제를 공제받은 내국법인이 최초로 공제를 받은 사업연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 사업연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 사업연도부터 통합고용세액공제 기본공제를 적용하지 아니하고, 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 ‘(1)’의 청년등상시근로자에 대한 세액공제를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액[‘(1)’에 따른 공제금액 중 공제받지 못하고 이월된 금액이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 후의 금액을 말함]을 법인세로 납부하여야 한다(조특법 §29의 8 ②).
【예제】 상시근로자 수 변동 시 통합고용세액공제 기본공제 추가적용 여부 통합고용세액공제를 적용받은 사업연도의 종료일부터 2년 이내에 상시근로자 수가 다음과 같이 변동된 경우 추가공제 여부는?
【해답】 (case 1) 추가공제 가능 (case 2) 추가공제 가능 (case 3) 청년등상시근로자에 대한 추가공제 불가능 (case 4 ~ case 6) 추가공제 불가능

기획재정부 (조세특례제도과-214, 2023.3.6.) 【질의】 1. 사실관계 질의인이 운영하는 수도권 내 중소기업은 2020년 사업연도에 청년등 상시근로자 수 4명 증가 포함 전체 상시근로자 수 3명 증가 - 2020년에 청년등 증가인원에 대해 우대공제액을 적용하여 세액공제 : 3명* × 1,100만원 = 3,300만원 * 전체 근로자 수 증가인원을 한도로 함. - 그 후 사후관리 기간인 2021년에 청년 수가 2020년에 비해 감소하였으나, 그 외 근로자 수 증가로 전체 근로자 수는 증가 2. 질의요지 (질의1) 사후관리 기간 중 청년 근로자 수는 감소하고, 그 외 근로자의 수는 증가하여 전체 근로자의 수는 증가 또는 유지한 경우, 잔여 공제기간에 대해 우대공제액이 아닌 일반공제액이 적용되는지 여부 (질의2) 기업의 고용 자체는 변동이 없으나, 나이가 들어 청년에 해당하지 않아 청년 근로자 수가 감소한 경우 잔여 공제기간 공제방법 【회신】 내국인이 해당 과세연도의 청년 등 상시근로자 증가인원에 대해 「조세특례제한법」제29조의 7 제1항 제1호에 따른 세액공제를 적용받은 후 다음 과세연도에 청년 등 상시근로자의 수는 감소(최초 과세연도에는 29세 이하였으나, 이후 과세연도에 30세 이상이 되어 청년 수가 감소하는 경우를 포함)하였으나 전체 상시근로자의 수는 유지되는 경우, 잔여 공제연도에 대해서는 제29조의 7 제1항 제2호의 공제액을 적용하여 공제가 가능함.
(3) 상시근로자 수의 계산
상시근로자의 범위(조특령 §23 ⑩ 준용)
상시근로자는 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자로 한다. 다만, 다음 중 어느 하나에 해당하는 사람은 제외한다(조특령 §26의 8 ②, §23 ⑩).
- ① 근로계약기간이 1년 미만인 근로자(근로계약의 연속된 갱신으로 인하여 그 근로계약의 총 기간이 1년 이상인 근로자는 제외한다)
- ② 「근로기준법」제2조 제1항 제9호에 따른 단시간근로자.2) 다만, 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자는 상시근로자로 본다. 2) “단시간근로자”란 1주 동안의 소정근로시간이 그 사업장에서 같은 종류의 업무에 종사하는 통상 근로자의 1주 동안의 소정근로시간에 비하여 짧은 근로자를 말한다(근기법 §2 ① 9호).
- ③ 「법인세법 시행령」제40조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 임원3) 3) 임원이란 다음 중 어느 하나에 해당하는 직무에 종사하는 자를 말한다(법령 §40 ①). ① 법인의 회장, 사장, 부사장, 이사장, 대표이사, 전무이사 및 상무이사 등 이사회의 구성원 전원과 청산인 ② 합명회사, 합자회사 및 유한회사의 업무집행사원 또는 이사 ③ 유한책임회사의 업무집행자 ④ 감사 ⑤ 그 밖에 ①부터 ④까지의 규정에 준하는 직무에 종사하는 자
- ④ 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자와 그 배우자
- ⑤ ‘④’에 해당하는 자의 직계존비속(그 배우자 포함) 및 「국세기본법 시행령」제1조의2 제1항에 따른 친족관계4)인 사람 4) 친족관계란 다음에 해당하는 관계를 말한다(국기령 §1의 2 ①). ① 4촌 이내의 혈족 ② 3촌 이내의 인척 ③ 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자를 포함함) ④ 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자ㆍ직계비속 ⑤ 본인이 「민법」에 따라 인지한 혼인 외 출생자의 생부나 생모(본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 사람 또는 생계를 함께하는 사람으로 한정함)
- ⑥ 「소득세법 시행령」제196조에 따른 근로소득원천징수부에 의하여 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되지 아니하고, 다음 중 어느 하나에 해당하는 금액의 납부사실도 확인되지 아니하는 자 ㉮ 「국민연금법」제3조 제1항 제11호 및 제12호에 따른 부담금 및 기여금 ㉯ 「국민건강보험법」제69조에 따른 직장가입자의 보험료
청년등상시근로자의 범위
청년등상시근로자란 다음 중 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다(조특령 §26의 8 ③).
- ① 청년 정규직 근로자 : 15세 이상 34세 이하인 사람 중 다음의 어느 하나에 해당하는 사람을 제외한 사람. 다만, 해당 근로자가 병역5)을 이행한 경우에는 그 기간(6년 한도)을 현재 연령에서 빼고 계산한 연령이 34세 이하인 사람을 포함한다(조특령 §26의 8 ③ 1호). ㉮ 「기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 기간제근로자 및 단시간근로자 ㉯ 「파견근로자보호 등에 관한 법률」에 따른 파견근로자 ㉰ 「청소년 보호법」제2조 제5호 각목에 따른 업소6)에 근무하는 같은 조 제1호에 따른 청소년 5) 병역의 범위(조특령 §27 ① 1호) ① 「병역법」제16조 또는 제20조에 따른 현역병(같은 법 제21조, 제25조에 따라 복무한 상근예비역 및 의무경찰ㆍ의무소방원을 포함한다) ② 「병역법」제26조 제1항에 따른 사회복무요원 ③ 「군인사법」제2조 제1호에 따른 현역에 복무하는 장교, 준사관 및 부사관 6) 청소년 유해업소로서 청소년 출입ㆍ고용금지업소와 청소년고용금지업소를 말한다. 예를 들면, 일반게임제공업, 사행행위영업, 단란주점영업 및 유흥주점영업, 비디오물감상실업, 제한관람가비디오물소극장업, 복합영상물제공업, 무도학원, 무도장업 등(그 밖에도 많음)이 청소년유해업소에 해당된다.
- ② 장애인근로자 : 「장애인복지법」의 적용을 받는 장애인과 「국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률」에 따른 상이자, 「5ㆍ18민주유공자예우에 관한 법률」제4조 제2호에 따른 5ㆍ18민주화운동부상자와 「고엽제후유의증 등 환자지원 및 단체설립에 관한 법률」제2조 제3호에 따른 고엽제후유의증환자로서 장애등급 판정을 받은 사람
- ③ 60세 이상인 근로자 : 근로계약 체결일 현재 연령이 60세 이상인 사람
- ④ 경력단절 여성 : 다음의 요건을 모두 충족하는 여성을 말한다. ㉮ 해당 기업 또는 해당 기업과 한국표준산업분류상의 중분류를 기준으로 동일한 업종의 기업에서 1년 이상 근무(근로소득원천징수부를 통하여 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되는 경우로 한정함)한 후 다음의 결혼ㆍ임신ㆍ출산ㆍ육아 및 자녀교육의 사유로 퇴직하였을 것 ⓐ 퇴직한 날부터 1년 이내에 혼인한 경우(가족관계기록사항에 관한 증명서를 통하여 확인되는 경우로 한정함) ⓑ 퇴직한 날부터 2년 이내에 임신하거나「모자보건법」에 따른 보조생식술을 받은 경우(의료기관의 진단서 또는 확인서를 통하여 확인되는 경우에 한정함) ⓒ 퇴직일 당시 임신한 상태인 경우(의료기관의 진단서를 통하여 확인되는 경우로 한정함) ⓓ 퇴직일 당시 8세 이하의 자녀가 있는 경우 ⓔ 퇴직일 당시 「초ㆍ중등교육법」제2조에 따른 학교에 재학 중인 자녀가 있는 경우 ㉯ ㉮에 따른 사유로 퇴직한 날부터 2년 이상 15년 미만의 기간이 지났을 것 ㉰ 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자나 그와 「국세기본법 시행령」제1조의 2 제1항에 따른 친족관계인 사람이 아닐 것
상시근로자 수와 청년 등 상시근로자 수의 계산방법
- ① 상시근로자 수와 청년등상시근로자 수의 계산 : 이 규정을 적용할 때 상시근로자 수, 청년등상시근로자 수는 다음 구분에 따른 계산식에 따라 계산한 수(100분의 1 미만의 부분은 없는 것으로 함)로 한다(조특령 §26의 8 ⑥).
① 상시근로자 수 = 해당 사업연도의 매월 말 현재 상시근로자 수의 합 해당 사업연도의 개월 수 ② 청년등상시근로자 수 = 해당 사업연도의 매월 말 현재 청년등상시근로자 수의 합 해당 사업연도의 개월 수 - ② 사업연도의 개월 수 계산 : “사업연도”란 「법인세법」에 따른 사업연도를 말하므로(조특법 §2 ① 2호), 신설 내국법인은 「법인세법」제6조에 따른 사업연도 개시일(설립등기일)부터 종료일까지의 개월 수를 의미한다(서면법인-7994, 2022.04.21.).
단시간근로자
「근로기준법」제2조 제1항 제9호에 따른 단시간근로자7)는 상시근로자 수 계산 시 다음과 같이 한다(조특령 §26의 8 ⑦, §23 ⑪). 7) “단시간근로자”란 1주 동안의 소정근로시간이 그 사업장에서 같은 종류의 업무에 종사하는 통상 근로자의 1주 동안의 소정근로시간에 비하여 짧은 근로자를 말한다(근기법 §2 ① 9호).
* 지원요건(조특령 §26의 8 ⑦, §23 ⑪ 2호) ① 해당 사업연도의 상시근로자 수(1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자는 제외한다)가 직전 사업연도의 상시근로자 수(1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자는 제외한다)보다 감소하지 아니하였을 것 ② 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결하였을 것 ③ 상시근로자와 시간당 임금(「근로기준법」제2조 제1항 제5호에 따른 임금, 정기상여금ㆍ명절상여금 등 정기적으로 지급되는 상여금과 경영성과에 따른 성과금을 포함한다), 그 밖에 근로조건과 복리후생 등에 관한 사항에서 「기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」제2조 제3호에 따른 차별적 처우가 없을 것 ④ 시간당 임금이 「최저임금법」제5조에 따른 최저임금액의 130%(중소기업은 120%) 이상일 것
구 분 | 상시근로자 수 |
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1개월간의 소정근로시간이 60시간 미만인 경우 | 0명 |
1개월간 소정근로시간이 60시간 이상인 경우 | 0.5명 |
일정한 지원요건*을 모두 충족하는 경우 | 0.75명 |
【예제】 상시근로자 수의 계산 제조업을 영위하는 ㈜한공의 매월 말 상시근로자는 다음과 같다. ㈜한공은 2022년 7월 2일에 설립등기를 하였으며, 중소기업에 해당한다. 다음 자료로 2022년과 2023년의 청년등상시근로자 수, 청년 등외 상시근로자 수와 전체 상시근로자 수를 구하시오. 다만, ㈜한공의 정관상 사업연도는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지이다.
【해답】


해당 사업연도에 창업 등을 한 내국인의 경우 상시근로자 수의 계산(조특령 §23 ⑬)
해당 사업연도에 창업 등을 한 내국인의 경우에는 다음의 구분에 따른 수를 직전 또는 해당 사업연도의 상시근로자 수로 본다(조특령 §26의 8 ⑧, §23 ⑬).
- ① 창업(조특법 제6조 제10항 제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하는 경우는 제외함)한 경우의 직전 사업연도의 상시근로자 수 : 0
<조특법 제6조 제10항 제1호부터 제3호까지 규정> 1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. 가. 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지와 감가상각자산의 총가액에서 차지하는 비율이 30% 이하인 경우 나. 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이 사업을 개시하는 경우로서 다음 요건을 모두 갖춘 경우 ⓐ 기업과 사업을 개시하는 해당 기업의 임직원 간에 사업 분리에 관한 계약을 체결할 것 ⓑ 사업을 개시하는 임직원이 새로 설립되는 기업의 대표자로서 「법인세법 시행령」제43조 제7항에 따른 지배주주등에 해당하는 해당 법인의 최대주주 또는 최대출자자일 것 2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우 3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우
- ② 「조세특례제한법」제6조 제10항 제1호(합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수 등을 통하여 종전의 사업을 승계하는 경우는 제외한다)부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 사업연도의 상시근로자 수 : 종전 사업, 법인전환 전의 사업 또는 폐업 전의 사업의 직전 사업연도 상시근로자 수
- ③ 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 또는 해당 사업연도의 상시근로자 수 : 직전 사업연도의 상시근로자 수는 승계시킨 기업의 경우에는 직전 사업연도 상시근로자 수에 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수로 하고, 승계한 기업의 경우에는 직전 사업연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하며, 해당 사업연도의 상시근로자 수는 해당 사업연도 개시일에 상시근로자를 승계시키거나 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 한다. ㉮ 해당 사업연도에 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수 등에 의하여 종전의 사업부문에서 종사하던 상시근로자를 승계하는 경우 ㉯ 「법인세법 시행령」제2조 제5항 및 「소득세법 시행령」제98조 제1항에 따른 특수관계인으로부터 상시근로자를 승계하는 경우. 이 경우 「법인세법 시행령」제2조 제5항 제2호의 소액주주등을 판정할 때 「법인세법 시행령」제50조 제2항 중 “100분의 1”은 “100분의 30”으로 본다.
(4) 상시근로자 수 또는 청년등상시근로자 수 감소 시 추가납부
법인세를 공제받은 내국법인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소하거나 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 다음과 같이 계산한 금액(공제금액 중 공제받지 못하고 이월된 금액이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 후의 금액을 말함)을 해당 사업연도의 법인세로 납부하여야 한다(조특령 §26의 8 ④). 이 규정을 적용할 때 최초로 공제받은 사업연도에 청년등상시근로자에 해당한 자는 최초로 공제받은 과세연도 이후의 과세연도에도 청년등상시근로자로 보아 청년등상시근로자 수를 계산한다(조특령 §26의 8 ⑤).
[사후관리의 case별 분석] (최초 공제받은 사업연도 대비 상시근로자 수)

1년 이내 전체 상시근로자 수 또는 청년등상시근로자 수가 감소하는 경우
다음의 구분에 따라 계산한 금액(해당 사업연도의 직전 1년 이내의 사업연도에 공제받은 세액을 한도로 함) ❶ 전체 상시근로자 수가 감소하는 경우 : 다음의 구분에 따라 계산한 금액 ❶ - 1 청년등상시근로자의 감소 인원 수가 전체 상시근로자의 감소 인원 수 이상인 경우
* 최초로 공제받은 사업연도에 청년등상시근로자의 증가한 인원 수를 한도로 함. 이는 청년등상시근로자는 감소, 청년등 외 상시근로자는 증가, 전체 상시근로자는 감소한 경우를 말한다. 예를 들어, (case ❶-1)에서 청년등상시근로자는 3명이 감소하고 청년등 외 상시근로자는 2명이 증가하여 전체 상시근로자 수가 1명이 감소하였다. 이 경우 청년등상시근로자 2명은 청년등 외 상시근로자로 교체되었으므로 청년등상시근로자에 대한 세액공제액과 청년등 외 상시근로자에 대한 세액공제액의 차액으로 추가납부세액을 계산하고, 청년등상시근로자 1명(전체 상시근로자 감소분임)은 청년등에 대한 세액공제액으로 추가납부세액을 계산해야 한다. ❶-2 그 밖의 경우 : 다음의 계산식에 따라 계산한 금액
* 상시근로자의 감소한 인원 수를 한도로 함. 이는 다음 두 가지 경우를 말한다. ① 청년등상시근로자는 증가하였으나 청년등 외 상시근로자가 감소하여 전체 상시근로자가 감소한 경우(case ❶-2) ② 청년등상시근로자와 청년등 외 상시근로자가 모두 감소한 경우(case ❶-3) ❷ 전체 상시근로자 수는 감소하지 않았으나 청년등상시근로자 수가 감소한 경우 : 다음의 계산식에 따라 계산한 금액
* 최초로 공제받은 사업연도에 청년등상시근로자의 증가한 인원 수를 한도로 함. 예를 들어, (case ❷)와 같이 청년등상시근로자 수는 2명이 감소하고 청년등 외 상시근로자 수는 3명이 증가하여 전체 상시근로자가 1명이 증가한 경우가 있다. 이 경우 청년등상시근로자 중 2명은 청년등 외 상시근로자로 교체되었으나 그 세액공제액 차액에 대하여 추가납부세액을 계산한다.



2년 이내 전체 상시근로자 수 또는 청년등상시근로자 수가 감소하는 경우
다음의 구분에 따라 계산한 금액[(1)에 따라 계산한 금액이 있는 경우 그 금액을 제외하며, 해당 사업연도의 직전 2년 이내의 사업연도에 공제받은 세액의 합계액을 한도로 한다] ❶ 전체 상시근로자 수가 감소하는 경우 : 다음의 구분에 따라 계산한 금액 ❶ - 1 청년등상시근로자의 감소한 인원 수가 전체 상시근로자의 감소한 인원 수 이상인 경우 : 다음의 계산식에 따라 계산한 금액
* 최초로 공제받은 사업연도에 청년등상시근로자의 증가한 인원 수를 한도로 함. ❶-2 그 밖의 경우 최초로 공제받은 사업연도 대비 청년등상시근로자 및 청년등상시근로자 외 상시근로자의 감소한 인원 수(상시근로자의 감소한 인원 수를 한도로 한다)에 대해 직전 2년 이내의 사업연도에 공제받은 세액의 합계액 ❷ 상시근로자 수는 감소하지 않으면서 청년등상시근로자 수가 감소한 경우 : 다음의 계산식에 따라 계산한 금액
* 최초로 공제받은 사업연도에 청년등상시근로자의 증가한 인원 수를 한도로 함.


사업연도 중 30세가 되는 청년정규직근로자를 고용한 후 다음 사업연도에 추가 납부 시, 청년 상시근로자 수 산정방법(기준법령법인-135, 2021.08.20.) 【질의】 1. 사실관계 A법인은 수도권 내에 소재하는 중소기업으로서 2019.1.1. 29세인 청년근로자 1명을 추가 고용하였고 해당 근로자는 2019.4.1. 30세가 되었음. A법인은 2019사업연도에 대한 법인세 신고 시 「조세특례제한법」제29조의 7 제1항 제1호 및 제2호에 따른 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제를 적용받았음. 이후, A법인은 2020사업연도에 전체 상시근로자의 수 또는 청년 등 상시근로자의 수가 감소함에 따라 「조세특례제한법」(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것) 제29조의 7 제2항에 따른 추가납부세액을 계산하는 경우 사업연도 중 30세 이상이 되는 상시근로자에 대해 같은 법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 개정된 것) 제26조의 7 제5항 및 제6항에 따른 청년등 상시근로자의 수 산정방법에 대해 질의함. 2. 질의요지 내국법인이 당해 사업연도에 기간의 경과로 30세가 되는 29세의 청년정규직근로자를 고용하고 「조세특례제한법」제29조의 7에 따른 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제를 적용받았으나다음 사업연도에 상시근로자의 수가 감소함에 따라 추가납부세액을 계산하는 경우 청년등상시근로자(이하 “청년근로자”)의 수 산정방법 (제1안) 청년근로자를 고용한 사업연도와 동일하게 다음 사업연도에도 청년근로자 또는 청년 외 상시근로자(이하 “일반근로자”)로 봄. 이하, 2019.1.1. 고용된 29세 청년근로자는 2019.4.1. 30세가 되며, 2021.3.16. 개정된 조특법 제29조의 7 제5항 단서(2020.12.31.이 속하는 사업연도는 추징하지 않음)가 적용되지 않음을 가정
(제2안) 청년근로자를 고용한 사업연도는 월별로 청년근로자 수를 계산하고 그 다음 사업연도부터 모두 청년근로자로 봄.
(제3안) 청년근로자를 고용한 날이 속하는 월부터 모두 청년근로자로 보아 청년근로자 수를 계산함.
【답변내용】 내국법인이 사업연도 중에 30세 이상이 되는 청년 정규직 근로자를 고용하고 「조세특례제한법」제29조의 7 제1항에 따른 세액공제를 적용 받은 후 다음 사업연도에 전체 상시근로자 또는 청년 등 상시근로자의 수가 감소함에 따라 같은 법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 개정된 것) 제26조의 7 제5항을 적용할 때 질의요지의 (제1안)과 같이 최초로 공제받은 사업연도의 일부 기간 동안 같은 조 제3항 제1호에 따른 청년 등 상시근로자에 해당한 자는 이후 사업연도에도 최초로 공제받은 사업연도와 동일한 기간 동안 청년 등 상시근로자로 보아 청년 등 상시근로자 수를 계산하는 것임.



고용증대 세액공제 적용 시 청년 정규직근로자 해당 여부 【질의】 질의법인은 수도권 소재 중소기업으로 2019년에 고용이 증가함에 따라 고용증대 세액공제 신청. 2019년 10월 입사한 A근로자가 만 29세로 입사 당시 청년에 해당하여 청년 상시근로자 수에 산입하여 공제 신청. A근로자는 2020.1월말까지는 29세였으나, 2월 말에는 만 30세가 됨. 만 29세로서 청년이었던 근로자가 다음 사업연도에 만 30세가 된 경우 다음 사업연도에 청년 상시근로자로 보아 제도를 적용하는지 여부 【답변내용】 직전 사업연도에 29세(직전사업연도 중에 30세 이상이 되는 경우를 포함)인 청년 정규직 근로자가 해당 사업연도에 30세 이상이 되는 경우 「조세특례제한법」제29조의 7 제1항 제1호의 “청년등상시근로자 수” 계산 시 같은 법 시행령 제26조의 7 제6항의 규정이 적용되지 아니하는 것이며, 같은 법 시행령 제26조의 7 제5항을 적용할 때 최초로 공제받은 사업연도에 청년등상시근로자에 해당한 자는 이후 사업연도에도 청년등상시근로자로 보아 청년등상시근로자 수를 계산하는 것입니다.
3. 통합고용세액공제의 추가공제
(1) 정규직 전환 추가공제
중소기업 또는 중견기업이 2022년 6월 30일 당시 고용하고 있는 「기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 기간제근로자 및 단시간근로자(이하 “기간제근로자 및 단시간근로자”라 한다), 「파견근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 파견근로자, 「하도급거래 공정화에 관한 법률」에 따른 수급사업자에게 고용된 기간제근로자 및 단시간근로자를 2023년 12월 31일까지 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자로 전환하거나 「파견근로자 보호 등에 관한 법률」에 따라 사용사업주가 직접 고용하거나 「하도급거래 공정화에 관한 법률」제2조 제2항 제2호에 따른 원사업자가 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결하여 직접 고용하는 경우(이하 “정규직 근로자로의 전환”이라 한다)에는 정규직 근로자로의 전환에 해당하는 인원[해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자나 그와 「국세기본법 시행령」제1조의 2 제1항에 따른 친족관계에 있는 사람은 제외함]에 1,300만원(중견기업의 경우에는 900만원)을 곱한 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다(조특령 §26의 8 ⑨). 다만, 해당 과세연도에 해당 중소기업 또는 중견기업의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 공제하지 아니한다(조특법 §29의 8 ③).
(2) 육아휴직 복귀자 추가공제
중소기업 또는 중견기업이 다음의 요건을 모두 충족하는 사람(이하 “육아휴직 복귀자”라 한다)을 2025년 12월 31일까지 복직시키는 경우에는 육아휴직 복귀자 인원에 1,300만원(중견기업은 900만원)을 곱한 금액을 복직한 날이 속하는 사업연도의 법인세에서 공제한다. 다만, 해당 사업연도에 해당 중소기업 또는 중견기업의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 공제하지 아니한다(조특법 §29의 8 ④). ① 해당 기업에서 1년 이상 근무하였을 것(근로소득원천징수부를 통하여 해당 기업이 육아휴직 복귀자의 근로소득세를 원천징수하였던 사실이 확인되는 경우로 한정함) ② 「남녀고용평등과 일ㆍ가정 양립 지원에 관한 법률」제19조 제1항에 따라 육아휴직한 경우로서 육아휴직 기간이 연속하여 6개월 이상일 것 ③ 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자나 그와 「국세기본법 시행령」제1조의 2 제1항에 따른 친족관계에 있는 사람이 아닐 것 ※ 육아휴직 복귀자에 대한 추가공제는 육아휴직 복귀자의 자녀 1명당 한 차례에 한정하여 적용한다.
(3) 추가공제에 대한 사후관리
정규직 전환 추가공제 또는 육아휴직 복귀자 추가공제규정에 따라 법인세를 공제받은 자가 각각 정규직 근로자로의 전환일 또는 육아휴직 복직일부터 2년이 지나기 전에 해당 근로자와의 근로관계를 종료하는 경우에는 근로관계가 종료한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 공제받은 세액에 상당하는 금액(공제금액 중 공제받지 못하고 이월된 금액이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 후의 금액을 말함)을 법인세로 납부하여야 한다(조특법 §29의 8 ⑥).
4. 공제신청
이 규정에 따라 세액공제를 적용받으려는 과세표준 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서 및 공제세액계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다(조특법 §29의 8 ⑧; 조특령 §26의 8 ⑪).
【예제】 통합고용세액공제(3년간 계속 증가, 3년 이내 전체상시근로자 수 감소) 제조업을 영위하는 중소기업인 ㈜한공(수도권 소재)의 사업연도는 매년 1월 1일부터 12월 말까지이다. ㈜한공의 상시근로자 수는 다음과 같은 경우 2023년부터 2025년까지 고용증대 세액공제액과 추가납부세액을 계산하시오. 정규직 전환 근로자와 육아휴직복귀자는 없다고 가정한다.
【해답】 (1) 2023년 고용증대분(2023년부터 2025년까지 3년간 공제가능) 2023년(1차 연도)
* 창업한 경우의 직전 사업연도의 상시근로자 수는 0으로 함(조특령 §23 ⑬ 1호). 2024년(2차 연도) ① 공제요건 검토
2024년의 상시근로자 수가 최초로 공제받은 사업연도(2023년)에 비하여 감소하지 않았고, 청년등상시근로자 수도 감소하지 않았으므로 공제 가능하다. ② 세액공제액 : 315,000,000원(1차 연도에 공제받은 금액) 2025년(3차 연도) ① 공제요건 검토
2025년의 상시근로자 수가 최초로 공제받은 사업연도에 비하여 감소하지 않았고, 청년등상시근로자 수도 감소하지 않았으므로 공제 가능하다. ② 세액공제액 : 315,000,000원(1차 연도에 공제받은 금액) (2) 2024년 고용증대분(2024 ~ 2026년까지 공제가능) 2024년(1차 연도)
2025년(2차 연도) ① 공제요건 검토
2025년의 상시근로자 수가 최초로 공제받은 사업연도에 비하여 감소하였으므로 감소한 사업연도(2025년)부터는 고용증대세액공제를 적용하지 않는다. ② 추가납부세액 차 연도인 2025년에 최초 공제받은 사업연도(2024년) 대비 상시근로자가 3명 감소하였으므로 다음 금액을 추가납부해야 한다. 1명 × 14,500,000 + 2명 × 8,500,000 = 31,500,000 (3) 2025년 고용증대분(1차 연도)
2025년의 상시근로자 수가 2024년(직전 사업연도)에 비하여 감소하였으므로 고용증대 세액공제를 적용하지 않는다. (4) 고용증대 세액공제액 및 추가납부세액 정리 고용증대 세액공제액
추가납부세액
구 분 | 2023년(설립) | 2024년 | 2025년 |
---|---|---|---|
청년등상시근로자 | 10 | 14 | 13 |
청년등 외 상시근로자 | 20 | 21 | 19 |
전체 상시근로자 | 30 | 35 | 32 |
구 분 | 2022년② | 2023년① | 증가인원 수 ③(① - ②) | 1인당 세액공제액④ | 세액공제액(③ × ④) |
---|---|---|---|---|---|
청년등상시근로자 | 0* | 10 | 10 | 14,500,000 | 145,000,000 |
청년등 외 상시근로자 | 0* | 20 | 20 | 8,500,000 | 170,000,000 |
합 계 | 0* | 30 | 30 | 315,000,000 |
구 분 | 2023년(최초로 공제받은 사업연도) | 2024년 | 증 감 | 최초로 공제받은사업연도 대비 감소 여부 |
---|---|---|---|---|
청년등상시근로자 | 10 | 14 | +4 | 감소하지 않음 |
청년등 외 상시근로자 | 20 | 21 | +1 | - |
전체 상시근로자 | 30 | 35 | +5 | 감소하지 않음 |
구 분 | 2023년(최초로 공제받은 사업연도) | 2025년 | 증 감 | 최초로 공제받은사업 연도 대비 감소 여부 |
---|---|---|---|---|
청년등상시근로자 | 10 | 13 | +3 | 감소하지 않음 |
청년등 외 상시근로자 | 20 | 19 | -1 | - |
전체 상시근로자 | 30 | 32 | +2 | 감소하지 않음 |
구 분 | 2023년② | 2024년① | 증가인원 수 ③(① - ②) | 1인당 세액공제액④ | 세액공제액(③ × ④) |
---|---|---|---|---|---|
청년등상시근로자 | 10 | 14 | +4 | 14,500,000 | 58,000,000 |
청년등 외 상시근로자 | 20 | 21 | +1 | 8,500,000 | 8,500,000 |
합 계 | 30 | 35 | +5 | 66,500,000 |
구 분 | 2024년(최초로 공제받은 사업연도) | 2025년 | 증 감 | 최초로 공제받은사업 연도 대비 감소 여부 |
---|---|---|---|---|
청년등상시근로자 | 14 | 13 | -1 | 감소 |
청년등 외 상시근로자 | 21 | 19 | -2 | - |
전체 상시근로자 | 35 | 32 | -3 | 감소 |
구 분 | 2024년② | 2025년① | 증가인원 수 ③(① - ②) | 1인당 세액공제액④ | 세액공제액(③ × ④) |
---|---|---|---|---|---|
청년등상시근로자 | 14 | 13 | -1 | 14,500,000 | - |
청년등 외 상시근로자 | 21 | 19 | -2 | 8,500,000 | - |
합 계 | 35 | 32 | -3 |
구 분 | 2023년의 세액공제액 | 2024년 세액공제액 | 2025년 세액공제액 |
---|---|---|---|
2023년 고용증대분 | 315,000,000원(1차 연도) | 315,000,000원(2차 연도) | 315,000,000원(3차 연도) |
2024년 고용증대분 | 66,500,000원(1차 연도) | 0원(2차 연도) | |
2025년 고용증대분 | 0원(1차 연도) | ||
합 계 | 315,000,000원 | 381,500,000원 | 315,000,000원 |
구 분 | 2023년 추가납부세액 | 2024년 추가납부세액 | 2025년 추가납부세액 |
---|---|---|---|
2024년 고용증대분 | 31,500,000원 | ||
2025년 고용증대분 | - | ||
합 계 | 31,500,000원 |
5. 고용증대 세액공제에 대한 조세특례의 제한 등
구 분 | 내 용 |
---|---|
세액감면과의 중복적용 여부 | 조특법 제6조(창업중소기업에 대한 세액감면)의 제7항(고용증가분에 대한 세액감면)에 따라 법인세를 감면받은 경우 고용증대세액공제 또는 통합고용세액공제 기본공제를 동시에 적용하지 아니함(조특법 §127 ④). |
고용증대세액공제, 중소기업 사회보험료 세액공제와 중복적용배제 | 통합고용세액공제 기본공제(조특법 §29조의 8 ①)는 고용증대세액공제(조특법 §29의 7) 또는 중소기업 사회보험료 세액공제(조특법 §30의 4)에 따른 공제를 받지 아니한 경우에만 적용함(조특법 §127 ⑪). |
추계 시 적용배제 | 「법인세법」제66조 제3항 단서에 따라 추계(推計)를 하는 경우에는 고용증대세액공제를 적용하지 아니함(조특법 §128 ①). |
최저한세 적용 여부 | 고용증대세액공제는 최저한세대상임(조특법 §132 ① 3호). |
세액공제의 이월공제 | 해당 사업연도에 납부할 세액이 없거나 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 통합고용세액공제는 그 다음 사업연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 이월된 사업연도의 법인세에서 공제함(조특법 §144 ①). |
농어촌특별세 과세 여부 | 통합고용세액공제는 농어촌특별세 과세대상임. |