원래 비영리법인이 출연받은 재산에 대해서는 증여세가 발생한다. 다만, 「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각 호의 어느 하나에 해당하는 의료법인, 사회복지법인 등 공익법인이 출연받은 재산에 대해서는 증여세 납부의무를 면제한다. 공익성을 감안한 조치에 해당한다. • 「상속세 및 증여세법」상 공익법인등에 해당하는 경우 → 증여세 납부의무 없음. • 「상속세 및 증여세법」상 공익법인등에 해당하지 않는 경우 → 증여세 납부의무 있음.

비영리법인이 법인이 토지(나대지 등)를 취득하는 경우 취득세율은 다음과 같이 적용된다(단, 이외에 농특세, 지방교육세 등도 발생할 수 있음). 이러한 취득세율은 일반영리법인과 같다. ☞ 참고로 비영리법인이 고유목적사업을 위해 취득한 부동산에 대해서는 「지방세특례제한법」제50조 등에서 취득세를 면제하고 있다. 이하 재산세도 마찬가지다.

영리법인도 일반영리법인처럼 토지를 보유하면 재산세와 종부세가 과세될 수 있다. 이때 토지에 대한 재산세가 별도합산과세(80억원)되거나 종합합산과세(5억원)되면 재산세와는 별도로 종부세가 부과될 수 있다. ☞ 다만, 고유목적사업과 관련해 보유한 토지에 대해 재산세가 비과세되거나 감면이 적용되면 종부세도 이에 맞춰 비과세 또는 감면이 된다.

일반영리법인과 마찬가지로 농지와 임야, 목장용지는 별도의 요건을 두고 있고 기타의 토지는 재산세 과세방식에 따라 판단을 하고 있다. 예를 들어 기타의 토지가 별도합산과세토지이면 사업용 기간으로 인정하고, 종합합산토지이면 비사업용 기간으로 간주하나 예외적으로 사업에 관련된 토지는 사업용 기간으로 인정해준다. ☞ 사례의 나대지는 비사업용 토지에 해당될 것으로 보인다.

비영리법인이 고유목적사업용으로 “직접” 3년 이상 사용한 자산에 대해 비과세가 적용된다. 이를 표로 정리하면 아래와 같다. * 법인세가 과세되는 경우에는 소득금액의 50 ~ 100％까지 고유목적사업준비금을 쌓아 손비처리하면 법인세를 줄일 수 있다. 물론 이 준비금은 향후 5년 이내에 고유목적사업에 사용해야 된다. 참고로 법인이 아닌 개인이 보유한 부동산은 고유목적사업 여부에 관계없이 양도세가 과세되는 것이 원칙이다. 개인에게는 고유목적사업준비금제도가 없다.

아니다. 고유목적사업용으로 사용한 것이 아니기 때문이다.

비영리법인이 토지를 취득하여 양도하는 것은 법인세가 과세되는 수익사업과 관련된다. 또한 비사업용 토지에 대해서는 추가법인세도 내야 한다. * 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지의 취득가격(법인세법 제55조의 2 제6항) 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. 다만, 비영리 내국법인이 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지등 양도소득은 양도금액에서 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」제60조와 같은 법 제61조 제1항에 따라 평가한 가액 중 큰 가액을 뺀 금액으로 할 수 있다.(2014.12.23. 단서 신설)

위에서 각 사업연도소득에 부과되는 일반법인세는 0원이고, 추가법인세는 1천만원이 발생했다. 그런데 현행 세법은 비영리법인의 재원축소를 방지하는 관점에서 전자에 대해 고유목적사업준비금제도를 두고 있는데, 사례의 경우에는 이 법인세가 0원이 되므로 이 제도를 활용할 수가 없다. 한편 후자의 법인세에 대해서는 이러한 제도가 적용되지 않는다. ☞ 만일 일반 법인세가 발생한 경우에는 고유목적사업준비금을 50 ~ 100% 내에서 설정하면 법인세를 50 ~ 100% 줄일 수 있다.

수익사업에서 발생한 법인세는 영리법인과 같은 방식으로 법인세를 신고하게 된다. 하지만 「법인세법」제4조 제3항 각 호(제조업 등 계속ㆍ반복적인 사업을 말함)에 규정하는 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인은 “토지 등 양도소득”에 한하여 「법인세법」제60조 규정의 법인세 신고 대신 「소득세법」의 규정을 준용하여 계산한 세액을 법인세로 신고ㆍ납부할 수 있다. 아래의 내용을 참조하기 바란다.