법인이 얻은 소득에 법인세를 과세하고 그 세후소득을 배당하면 다시 주주에게 법인세(개인주주는 소득세)를 과세한다. 이것이 배당소득에 대한 이중과세인지에 대하여는 독립과세론과 통합과세론의 두 가지 견해가 대립하고 있다. 독립과세론은, 법인기업은 개인기업에 비하여 자본조달이 용이하고 유한책임과 같은 이점이 있으므로 법인세 과세는 정당하며, 이중과세가 아니라는 견해이다. 반면에 통합과세론은, 법인은 주주 집합체로서 도관(conduit)에 불과하므로 주주는 법인단계와 주주단계에서 이중으로 세금을 부담한다고 보는 견해이다. 우리나라에서는 통합과세론에 따라 배당소득에 대하여 이중과세가 되는 것으로 보아 이중과세를 조정하고 있다. 배당소득에 대한 이중과세조정제도는 법인단계조정제도와 주주단계조정제도로 나뉜다. 법인단계조정제도는 법인단계에서 법인세를 과세하지 않는 제도로서 동업기업 과세특례제도와 배당소득공제제도가 있다. 주주단계조정제도는 법인단계에서 법인세를 과세하되, 주주단계에서 이중과세를 조정하는 제도로서 수입배당금액 익금불산입제도와 배당세액공제제도가 있다.

종전에 우리나라는 기업의 문어발식 확장에 의한 경제력 집중을 막기 위하여 법인이 받은 수입배당금액에는 이중과세조정을 하지 않았다. 1997년 한보철강, 삼미그룹, 해태그룹 등의 많은 재벌들이 연쇄부도가 발생하여 IMF의 관리를 받게 되면서 기업 지배구조의 투명성을 제고할 필요성이 높아졌다. 이에 따라 1999년 공정거래법을 개정하여 설립이 금지되었던 지주회사의 설립을 허용하였다. 지주회사는 주식의 소유를 통해 다른 회사를 지배하는 것을 사업목적으로 하므로 배당금이 주된 수입원이다. 자회사가 사업을 하여 돈을 벌면 자회사에게 과세하고, 그 소득을 재원으로 배당을 하면 다시 지주회사에게 과세한다. 이러한 배당소득에 대한 이중과세가 지주회사 설립의 걸림돌이 되므로 지주회사의 설립을 세제상 지원하기 위하여 지주회사가 자회사로부터 받은 수입배당금액에 대한 익금불산입제도를 도입하여 2000년부터 시행하게 되었다.  지주회사에 대한 수입배당금액 익금불산입제도가 도입되자, 지주회사가 아닌 일반법인들이 지주회사와 일반법인 간의 배당소득에 대한 과세의 불형평 문제를 제기하여, 2001년부터 일반법인에 대한 수입배당금액 익금불산입제도를 추가로 도입하였다. 이에 따라 수입배당금액에 대한 익금불산입제도는 지주회사 규정과 내국법인 규정의 두 가지가 되었다. 지주회사는 일반법인보다 지배구조가 투명하므로 일반법인을 지주회사로 전환하도록 유도하기 위하여 일반법인보다 지주회사에 더 많은 혜택을 주었다. 그러나 2022.12.31. 「법인세법」 개정 시 국제기준에 맞추어 법인의 이중과세조정제도를 합리화하기 위하여 지주회사 수입배당금액의 익금불산입제도와 내국법인 수입배당금액의 익금불산입제도를 통합하고, 피투자법인의 상장ㆍ비상장에 따른 차별도 폐지하여 2023.1.1. 이후 배당받는 분부터 적용하도록 하였다.

내국법인(고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인 제외¹⁾)이 다른 내국법인으로부터 수입배당금액을 받은 경우에 수입배당금액 중 일정액을 익금불산입을 할 수 있다(법법 §18의 2 ①). 비영리법인은 수입배당금액에 대하여 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있으므로 수입배당금액 익금불산입을 적용하면 이중혜택을 받게 된다. 이에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리법인을 수입배당금액 익금불산입대상에서 제외한 것이다(법령 §17의 2 ④). 1) 비영리내국법인이 배당소득 중 일부 금액에 대해 고유목적사업준비금 설정으로 손금산입하는 경우에는 수입배당금액 익금불산입의 적용을 배제한다(기획재정부, 법인세제과－1241, 2017.9.25.). 그러나 비영리내국법인이 다른 내국법인으로부터 받은 의제배당에 대해 고유목적사업준비금을 손금에 산입하지 않은 경우 수입배당금의 익금불산입 규정을 적용할 수 있다(사전법령법인-53, 2016.04.06.).

내국법인이 다른 법인으로부터 받은 수입배당금액은 배당금지급법인별로 구분하여 다음 계산식에 따라 익금불산입액을 계산한다(법법 §18의 2 ①). 익금불산입액이 0(영) 이하인 경우 0(영)으로 한다(서이 46012－10666, 2002.3.29.).

내국법인이 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액을 말한다(법법 §18의 2 ②). 다만, 다음 중 어느 하나에 해당하는 수입배당금에 대하여는 익금불산입대상이 아니다(법법 §18의 2 ②; 법령 §17의 2 ⑨).

• ① 법인단계에서 이중과세조정을 한 경우 ㉮ 동업기업 과세특례(조특법 §100의 15 ①)를 적용받는 법인으로부터 받은 수입배당금액 ㉯ 유동화전문회사 등에 대한 소득공제(법법 §51의 2) 또는 프로젝트금융투자회사에 대한 소득공제(조특법 §104의 31)에 따라 지급받은 배당에 대하여 소득공제를 적용받는 법인으로부터 받은 수입배당금액. 그러나 PFV가 요건 불충족으로 “유동화전문회사 등에 대한 소득공제”를 받지 못하는 경우, 해당 PFV의 법인주주인 내국법인은 PFV로부터 받은 배당금에 대하여 수입배당금액의 익금불산입 규정을 적용받을 수 있다(서면법규－598, 2014.6.17.). ㉰ 법인과세신탁에 대한 소득공제(법법 §75의 14)를 적용받는 법인과세 신탁재산으로부터 받은 수입배당금액
• ② 최저한세가 배제되는 다음의 감면이 적용되는 법인으로부터 받은 수입배당금액(감면율이 100%인 사업연도에 한한다) ㉮ 수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 등(조특법 §63의 2) : 다음의 경우에는 수입배당금액 익금불산입을 적용받을 수 있다. • 법인이 「조세특례제한법」제63조의 2에 따른 감면을 적용받는 법인인 경우에도 해당 사업연도에 주주에게 지급하는 배당의 재원이 되는 잉여금이 감면이 적용되기 이전 사업연도에 발생한 것으로서 법인세가 과세된 경우(서면법령법인-1555, 2015.10.18., 서면법령해석-97, 2015.2.2.) • 감면율이 100%인 사업연도는 배당의 재원이 되는 잉여금이 발생한 사업연도를 기준으로 판단하며, 감면비율이 100%인 경우에도 과세표준에 감면 제외 대상 소득이 포함되어 있어 해당 배당금 지급법인이 부담하여야 할 총 법인세액의 일부만을 감면받는 경우(사전법령법인-421, 2021.05.18.) ㉯ 제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면(조특법 §121의 8) ㉰ 제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 법인세 등의 감면(조특법 §121의 9)
• ③ 배당기준일 전 3개월 이내에 취득한 주식등에서 발생한 수입배당금액. 이 경우 동일 종목의 주식 중 일부를 양도한 경우에는 선입선출법에 따라 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다.
  배당기준일 전 3개월 이내 취득한 주식에 대한 규제 배당기준일 후에 주식을 취득한 주주는 배당금을 받을 수 없으므로 배당기준일 다음 날의 주가는 전일의 주가보다 배당금만큼 하락하는데, 이를 배당락이라고 한다. 배당기준일 직전에 주식을 취득한 후 배당기준일 직후에 주식을 처분하면 배당금을 받으나, 배당락으로 인하여 배당금만큼 주가가 하락하여 주식처분손실이 발생하므로 배당금수익과 주식처분손실이 상쇄되어 당기순이익에는 변동이 없다. 이 경우에 수입배당금액 익금불산입을 적용하면 각 사업연도 소득이 감소하여 수입배당금액 익금불산입제도를 조세회피수단으로 악용할 수 있으므로 배당기준일 전 일정한 기간(현재 3개월) 이내 취득한 주식에서 발생한 배당금수익에는 수입배당금액 익금불산입을 하지 않는다.
  <배당기준일과 배당확정일에 대한 이해> 법인이 배당을 하는 경우에는 일정한 날의 주주에게 배당금을 지급하는데, 그 일정한 날을 배당기준일이라고 하며, 주주총회에서 배당금을 결정한 날을 배당확정일이라고 한다. 예를 들어, 20×2.3.1.에 개최된 정기주주총회에서 20×1.12.31. 현재의 주주에게 20×1년에 대한 배당금을 지급하기로 결의한 경우 20×1.12.31.이 배당기준일이고 20×2.3.1.이 배당확정일이다.
  

출자비율은 배당기준일 현재 3개월 이상 계속하여 보유하고 있는 주식등을 기준으로 계산한다. 수입배당금 익금불산입 계산 시 지분비율계산은 우선주를 포함한 발행주식총수를 기준으로 한다(서면2팀－582, 2006.4.5.). 만일 사업연도 중 법인의 불균등 증자 또는 불균등 감자로 인하여 출자비율이 달라진다하더라도, 수입배당금의 익금불산입액을 계산함에 있어서 지분비율계산은 출자받은 내국법인의 배당기준일 현재 3개월 이상 계속하여 보유하고 있는 주식등을 기준으로 계산한다(서이 46012－10072, 2002.1.11.). 그리고 법인이 배당기준일 현재 3개월 이상 계속하여 보유하고 있던 자회사의 주식을 처분한 경우에도, 수입배당금에 대한 익금불산입액은 주식처분의 손익에 영향을 미치지 아니한다(법인－818, 2010.8.30.).

내국법인에게 해당 사업연도에 발생한 차입금의 이자가 있는 경우에는 지주회사가 자회사로부터 받은 수입배당금액 익금불산입의 지급이자차감액의 규정을 준용하여 배당금지급법인별로 다음 계산식에 따라 계산한 금액의 합계액을 익금불산입대상 수입배당금액에서 차감한다(법법 §18의 3 ① 3호; 법령 §17의 2 ③).

• ① 내국법인의 차입금이자 내국법인의 차입금이자는 배당확정일이 속하는 사업연도의 지급이자(구매자금대출이자 포함)를 말하나, 다음 중 어느 하나에 해당하는 금액은 지급이자에 포함하지 아니한다(법령 §17의 2 ②). ㉮ 「법인세법」상 손금불산입된 지급이자 ㉯ 현재가치할인차금의 상각액(서면2팀－1983, 2004.9.23.) ㉰ 연지급수입에 있어서 취득가액과 구분하여 지급이자로 계상한 금액(법기통 18의2－17의2－3 ③) ㉱ 금융회사의 수신자금의 이자(서면2팀－1735, 2004.8.19.) ㉲ 금융회사 등이 예금증서를 발행하거나 예금계좌를 통하여 일정한 이자지급 등의 대가를 조건으로 불특정다수의 고객으로부터 받아 관리하고 운용하는 자금의 이자(서면법령법인-22121, 2015.05.07.)
• ② 해당 피출자법인의 주식등의 장부가액 적수 해당 피출자법인의 주식등의 장부가액 적수는 익금불산입대상인 수입배당금액이 발생한 주식(국가 및 지방자치단체로부터 현물출자받은 주식은 제외한다)의 세무상 장부가액의 적수를 말한다. 익금불산입대상인 수입배당금액이 발생하지 않은 주식은 주식 적수 계산에 포함하지 아니한다.
• ③ 내국법인의 사업연도 종료일 현재 재무상태표상 자산총액의 적수 내국법인의 사업연도 종료일 현재 재무상태표상 자산총액의 적수는 내국법인의 당기말 재무상태표의 자산총액의 적수를 말한다. 재무상태표상 자산총액에 의하므로 사업연도 중의 변동을 무시하고, 유보도 고려하지 아니한다.
• ④ 익금불산입률 수입배당금액에 적용한 익금불산입률을 말한다.

내국법인이 외국에 진출하는 방식에는 지점방식과 자회사방식이 있다. 외국에 지점방식으로 진출하는 경우에는 지점이 얻은 소득에 외국에서 법인세를 과세하고, 그 소득을 본점에서 합산하여 신고하고 지점이 납부한 세액은 외국납부세액공제를 받는다. 그러나 외국에 자회사방식으로 진출하는 경우에는 외국자회사의 소득에 외국에서 법인세를 과세하고, 그 소득을 모회사인 내국법인에게 배당하면 본점에서 배당을 합산하여 신고한다. 이 경우 배당금은 국외에서 이미 과세된 소득이므로 이중과세문제가 발생한다. 이러한 외국자회사 수입배당금액에 대한 이중과세를 조정하기 위한 제도에는 외국납부세액공제제도와 외국소득면제제도가 있다. 외국납부세액공제제도는 국내에서 얻은 소득이든 외국에서 얻은 소득이든 같은 조세부담을 지므로 국내기업 간에 조세형평성을 유지할 수 있는 제도인 반면, 외국소득면제제도는 내국기업이 외국에서 외국 기업과 동일한 조세부담을 지므로 내국법인과 외국기업 간에 조세형평성을 유지할 수 있는 제도이다. 그러나 외국납부세액공제제도는 수입배당금액이 어떤 잉여금에서 발생했는지를 파악해야 하므로 잉여금을 계속 관리해야 하고, 외국납부세액공제 한도액의 계산이 복잡하여 적용에 어려움이 많은 반면에 외국소득면제방식은 적용이 간편하다. OECD 회원국(38개 국가) 중 대부분은 다음 도표와 같이 외국소득면제제도를 채택하고 있고, 우리나라를 포함한 6개국만 외국납부세액공제제도를 채택하고 있다. 종전에 우리나라는 외국자회사 수입배당금액에 대한 이중과세제도로 외국납부세액공제제도를 적용하였으나, 2023.1.1. 이후 배당받는 분부터는 외국자회사 수입배당금액의 95%를 익금불산입(익금불산입을 하면 면제효과가 발생함)하는 제도로 전환하였다. 익금불산입률을 95%로 정한 것은 외국자회사 수입배당금액과 관련하여 발생한 비용은 손금에 산입되므로 수입배당금액에서 관련비용을 차감해서 익금불산입해야 하나 그 비용을 정확하게 공제하면 종전의 외국납부세액공제 한도액 계산과 같은 복잡한 비용배분 문제가 발생하므로 수입배당금액의 5% 정도를 비용으로 간주하여 95%를 익금불산입하도록 한 것이다.

내국법인(간접투자회사 등²⁾은 제외함)이 해당 법인이 출자한 외국자회사로부터 받은 수입배당금액(이익의 배당금 또는 잉여금의 분배금과 의제배당)의 95%에 해당하는 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다(법법 §18의 4 ①). 여기서, 외국자회사란 내국법인이 직접 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 10% (해외자원개발사업을 하는 외국법인의 경우에는 5%) 이상을 배당기준일 현재 6개월 이상 계속하여 보유³⁾하고 있는 외국법인을 말한다(법법 §18의 4 ①, 법령 §18 ①). 2) 간접투자회사 등이란 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자회사, 투자목적회사, 투자유한회사, 투자합자회사(기관전용 사모집합투자기구 제외), 투자유한책임회사, 부동산투자회사법에 따른 기업구조조정부동산투자회사, 위탁관리부동산투자회사 및 내국법인으로 보는 신탁재산을 말한다. 3) 내국법인이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할, 적격현물출자에 따라 다른 내국법인이 보유하고 있던 외국자회사의 주식을 승계받은 때에는 그 승계 전 다른 내국법인이 외국자회사의 주식을 취득한 때부터 해당 주식을 보유한 것으로 본다(법령 §18 ①).

• ① 「국제조세조정에 관한 법률」제27조 제1항 및 제2항에 따라 특정외국법인(Controlled Foreign Company, CFC)의 유보소득에 대하여 내국법인이 배당받은 것으로 보는 금액(배당간주금액) 및 해당 유보소득이 실제 배당된 경우의 수입배당금액에 대해서는 익금불산입을 적용하지 아니한다(법법 §18의 4 ③). 여기서 특정외국법인은 다음의 요건을 모두 충족하는 외국법인을 말한다(국조법 §27 ①). ㉮ 본점, 주사무소 또는 실질적 관리장소를 둔 국가 또는 지역에서의 실제부담세액이 “외국법인의 실제발생소득 × 법인세법 제55조에 따른 세율 중 최고세율의 70%” 이하일 것 ㉯ 해당 법인에 출자한 내국법인과 「국제조세조정에 관한 법률」에 따른 특수관계에 있을 것
• ② “특정외국법인의 유보소득에 대한 합산과세제도(CFC과세제도, 국조법 §27 ①)가 적용되는 특정외국법인 중 실제부담세액이 실제발생소득의 15% 이하인 특정외국법인의 해당 사업연도에 대한 다음의 금액 ㉮ 이익잉여금 처분액 중 이익의 배당금(해당 사업연도 중에 있었던 이익잉여금 처분에 의한 중간배당 포함) 또는 잉여금의 분배금 ㉯ 의제배당액
• ③ 혼성금융상품(자본 및 부채의 성격을 동시에 가지고 있는 금융상품으로서 다음의 구분에 따른 요건을 모두 갖춘 금융상품을 말함)의 거래에 따라 내국법인이 지급받는 수입배당금액 ㉮ 우리나라의 경우 : 우리나라의 세법에 따라 해당 금융상품을 자본으로 보아 내국법인이 해당 금융상품의 거래에 따라 거래상대방인 외국자회사로부터 지급받는 이자 및 할인료를 배당소득으로 취급할 것 ㉯ 외국자회사가 소재한 국가의 경우 : 그 국가의 세법에 따라 해당 금융상품을 부채로 보아 외국자회사가 해당 금융상품의 거래에 따라 거래상대방인 내국법인에 지급하는 이자 및 할인료를 이자비용으로 취급할 것 외국법인이 발행한 혼성금융상품(외국법인이 소재한 외국에서는 동 금융상품을 부채로, 우리나라에서는 자본으로 분류하는 금융상품)을 내국법인이 취득한 경우, 외국에서는 동 금융상품에 대한 지급이자를 손금으로 인정하여 외국의 과세소득에서 공제하고, 우리나라에서는 동 금융상품에 대한 수입배당금액에 대하여 익금불산입하는 경우 우리나라의 과세소득에 불포함되어 어느 국가에서도 과세되지 않는 국제적 이중 비과세 문제가 발생한다. 이에 따라 우리나라에서는 이러한 혼성금융상품에서 받는 배당금에 대하여 익금불산입을 적용하지 않는 것이다.
• ④ 위 ‘①’ 및 ‘②’와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 수입배당금액

내국법인이 해당 법인이 출자한 외국법인(외국자회사인 경우에는 ‘(2)’에 따라 익금불산입함)으로부터 자본준비금을 감액하여 받는 배당으로서 익금에 산입되지 아니하는 배당에 준하는 성격의 수입배당금액을 받는 경우 그 금액의 95%에 해당하는 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다(법법 §18의 4 ②). 따라서 외국법인의 자본준비금 감액으로 인한 배당은 외국자회사가 아닌 경우에도 95% 익금불산입규정이 적용된다.