청구법인은 부동산개발 및 시행 등을 주업으로 하고 있는 법인으로, 2018년부터 2019년에 걸쳐 특수관계에 있는 건설회사(이하 “특수관계법인”)에게 공사도급금액 약 180억원(이하 “쟁점 도급금액”)으로 건설공사용역을 주었다. 특수관계법인은 다른 공동수급체(이하 “공동수급체”)와 연합하여 대표로 건설공사용역계약을 체결하고, 다른 공동수급체와 건설공사를 나누어 진행하였다. 청구법인은 위와 같이 공사도급금액을 지급함에 따라 2018년 과세표준은 10억원, 2019년 과세표준은 -30억원, 2020년 과세표준은 30억원을 기록하였다.²⁾ 그러나 처분청은 청구법인과 특수관계법인 사이에 쟁점 도급금액이 과대평가되었고, 적정 시가는 청구법인의 공사원가에 직전연도 동종업종 평균 매출원가율을 반영하여 계산된 약 110억원이라고 하면서 그 차액인 약 70억원을 부당행위계산부인으로 손금불산입처리하였고, 2018년 사업연도 법인세 부과처분, 2019 사업연도 결손금 감액처분, 2020 사업연도 법인세 부과처분을 하였다.

대상결정은 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위, 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 말하고, 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야만 하는 것은 아니라 할 것이라는 대법원 판례를 언급하면서(대법원2006두125, 2006.11.10., 판결), 청구법인은 특수관계법인 사이에 당초 약 110억원의 공사비용을 합의한 바가 있었고, 이후 사업상 필요에 의하여 약 70억원을 증액하였는데, 아무리 사업상 필요에 의하더라도 당초 약정하였던 약 110억원에 비하여 증액된 70억원의 규모는 경제적 합리성을 갖춘 거래로 보기 어렵고, 특수관계법인에 대한 부당지원으로서 인정하기 어려우므로, 이는 부당행위계산부인 대상에 해당한다고 결정하였다. 청구법인은 공사비 증액분 가운데 공동수급체에게 지급된 금액이 있다고 주장하였으나, 조세심판원은 해당 금액이 원래 약정된 총공사예정원가 약 110억원에 반영되어 있을 가능성도 존재하므로 청구법인의 주장을 받아들이지 않았고, 과세관청이 동종업종의 평균 매출원가율을 적용하여 시가(공사도급액)를 산출한 것과 관련하여 조세심판원은 청구법인이 2018 사업연도 및 2019 사업연도에 특수관계법인을 제외하고는 건설공사계약을 체결한 바 없고, 상가건물 건설업은 공사현장별로 수익률의 차이가 큰 점을 감안하여 위 시가는 공사도급액을 합리적으로 산정한 것으로 보인다고 결정하였다.

「법인세법」은 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 뺀 금액으로 하여 각 사업연도의 소득을 정하도록 하고(법인세법 제14조), 과세표준은 각 사업연도의 소득에서 이월결손금 등을 차감한 금액으로 하도록 정하고 있다( 법인세법 제13조). 「법인세법」이 2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전(이하 “구 법인세법”)에는 「법인세법」 제14조가 각 사업연도에서 공제되어야 하는 결손금을 “각 사업연도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액”이라고 정하고 있었고, 당시 판례는 “법인세 과세표준 결정이나 손금불산입 처분은 법인세 과세처분에 앞선 결정으로서 그로 인하여 바로 과세처분의 효력이 발생하는 것이 아니고 또 후일에 이에 의한 법인세 과세처분이 있을 때에 그 부과처분을 다툴 수 있는 방법이 없는 것도 아니므로, 법인세 과세표준 결정이나 손금불산입 처분은 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고는 할 수 없다”고 판시하고 있었다[(대법원95누12842, 1996.9.24.), (대법원2001두2652, 2002.11.26.) 판결]. 즉, 결손금은 각 사업연도소득에서 차감하여 처분의 전제인 과세표준을 계산하는 과정에서 반영되는 것에 불과하므로, 과세관청이 결손금을 다르게 경정하더라도 납세자로서는 이를 바로 다투지 못하고 이후 과세처분이 있을 때 다투어야 하였다. 그런데 「법인세법」이 2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되고 난 이후에는 결손금에 조건을 부가하여 “제60조(과세표준 등의 신고)에 따라 신고하거나 제66조(결정 및 경정)에 따라 결정ㆍ경정되거나 「국세기본법」 제45조(수정신고)에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것”이라는 규정을 추가하였다(법인세법 제13조 제1항 제1호 나목). 이후 대법원은 견해를 바꾸어 「법인세법」이 위와 같이 개정된 이후에는 “특별한 사정이 없는 한 납세의무자로서는 결손금 감액경정 통지가 이루어진 단계에서 그 적법성을 다투지 않는 이상 이후 사업연도 법인세의 이월결손금 공제와 관련하여 종전의 결손금 감액경정이 잘못되었다거나 과세관청이 경정한 결손금 외에 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 할 수 없다고 보아야 할 것이므로, 이러한 과세관청의 결손금 감액경정은 이후 사업연도의 이월결손금 공제와 관련하여 법인세 납세의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서, 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 봄이 타당하다”고 판시하고 있다(대법원2017두63788, 2020.7.9., 판결). 다시 말해서 이제 납세자에게 불리한 결손금의 감액통지가 있는 경우에 이후의 과세처분을 기다리지 않고 바로 항고소송이 가능하다는 것이다.

대상결정에서 조세심판원 단계에서는 심판청구의 적법성에 관하여 상대적으로 엄격하지 않은 조세심판청구의 특성으로 인하여 특별히 문제가 되지 않았다. 그러나 결손금 감액처분과 관련하여 생각해볼 쟁점이 있으므로, 이를 위해 과세관청의 처분을 좀 더 자세히 살펴보고자 한다. 과세관청은 청구법인이 2018년, 2019년 공사도급액을 특수관계법인에게 과다하게 지급하였다고 하면서 총 70억원을 손금불산입하였고, 이를 공사기간인 2년으로 안분하여 2018년에는 30억원, 2019년에는 40억원을 손금불산입하였다.³⁾ 청구법인은 2018년에는 양의 과세표준을 기록하고 있어서 30억원을 과세표준에 더한 결과 부과처분액이 늘어났기 때문에, 늘어난 부과처분액에 대하여 항고소송을 제기하면 된다. 그런데 청구법인은 2019년 음의 과세표준을 기록하고 있었고, 당시 과세관청은 공사도급액으로 40억원을 손금불산입하면서도, 동시에 30억원을 손금산입하여 총 10억원의 금액만 손금불산입하는 경정결정을 하였다. 「법인세법」 개정으로 결손금의 처분성에 대하여는 판례가 인정하는 방향으로 바뀌었지만 손금불산입과 관련하여서는 종전 판례가 유지되고 있으므로, 납세자가 결손금을 기록하고 있는 상황에서 손금불산입을 다투기 위해서는 결손금이 줄어든 만큼에 대해서는 불복하는 항고소송을 제기할 수 있으나, 결손금이 줄어들지 않은 만큼의 손금불산입에 대해서는 어떻게 처리해야 하는지에 관하여 의문이 생긴다. 이에 대하여 정리된 판례 법리는 없다고 보이는데, 우선 결손금의 처분성이 인정되었고, 법인세법이 결손금은 과세관청에게 신고되거나 과세관청이 경정ㆍ결정한 금액에 대해서만 인정된다고 규정하고 있으므로 과세관청이 경정청구를 하는 방법은 당연히 가능하다고 볼 것이다(대법원2007두21297, 2009.7.23., 판결)⁴⁾. 또 다른 가능한 불복 방법은 과세관청의 손금불산입 처분이 있은 이후 부과처분이 발생한 과세연도에 해당 손금불산입에 대해서 다투는 것이다. 이는 종래 결손금의 처분성이 인정되지 않았을 때 결손금 감액경정에 대해서 이루어져 왔던 것으로, 손금불산입 처분의 처분성에 대해서는 이후 별도로 판례가 바뀐 것이 아니므로 인정되어야 할 것으로 본다. 이에 대하여 현행 법령상 결손금은 반드시 신고되거나 과세관청이 경정ㆍ결정한 금액에 대해서만 인정되므로, 이후 사업연도에서 더 많은 결손금을 인정해달라고 하는 것은 불가능한 것은 아닌지 문제를 제기할 수 있으나,⁵⁾ 본래라면 손금불산입만큼 경정결정이 되면 해당액만큼 결손금이 감액경정되었어야 할 것이나 과세관청이 손금산입할 다른 항목이 있었기 때문에 결과적으로 결손금이 납세자가 다투는 손금불산입액만큼 감액경정되지 않은 경우에까지 위와 같이 볼 것은 아니라고 본다. 특히 총액주의에 따르고 있는 우리 세법의 태도와 소송경제 측면에서 보아도, 납세자가 다투려고 하는 손금불산입액 중 일부만이 결손금 감액경정처분이 되었다고 하여, 결손금 감액경정처분이 된 부분은 당해 소송에서 다투고 아닌 부분은 경정청구를 해야만 한다고 해석하는 것은 같은 쟁점을 다투기 위해서 불필요하게 납세자의 권익을 제한하는 지나치게 형식적 해석이라고 생각된다.

결손금 감액처분의 처분성과 관련한 논의는 「법인세법」 개정 후 판례의 입장이 변경되었으나, 아직 구체적인 사안에 대한 법리가 명확하게 정립되어 있지는 않다. 대상결정처럼 다투고자 하는 손금불산입 액수만큼 결손금 감액경정이 이루어지지 않은 경우가 대표적인 경우이다. 이런 경우, 지나치게 엄격한 형식적 해석을 하기보다는 납세자의 권익을 보장하는 방향으로 불복 범위를 넓혀주는 것이 바람직하다고 생각된다. 특히 같은 쟁점에 대해서 형식적인 문제로 별도로 수 개의 소송절차를 거쳐야 된다고 하는 것은 소송경제에 반한다. 따라서 납세자가 다투고자 하는 손금불산입 처분이 존재한다면 납세자는 해당액만큼 하나의 소송절차에서 결손금 감액처분 및 부과처분에 대한 불복으로 한꺼번에 진행할 수 있다고 보는 것이 타당하다.

부당행위계산부인이란 납세자가 특수관계인에게 정상적인 거래형식에 의하지 않고 경제적 이익을 분여함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감, 배제시키는 행위계산을 세법상 부인하는 것을 말한다.⁶⁾ 이때 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입하거나 시가보다 낮은 가액으로 양도하여 조세의 부담을 감소시키는 것이 대표적인 부당행위계산의 유형이다( 법인세법 제52조, 법인세법시행령 제88조 제1항 제1호 및 제3호). 따라서 부당행위계산부인에서 ‘시가’의 의미는 자주 다투어지는 문제이며, ‘시가’란 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가격을 의미하고(대법원94누8013, 1994.12.23., 판결), 그 주장ㆍ증명책임은 과세관청에 있다[(대법원2003두15287, 2005.5.12.), (대법원2013두10335, 2013.9.27.) 판결]. 그러므로 과세관청이 시가에 관하여 납세자가 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격에 해당한다는 증거를 제시하지 못하거나, 「법인세법 시행령」에서 정하는 시가에 해당하지 않는 계산방법으로 시가를 제시한 경우에는, 그에 기한 부당행위계산부인에 따른 부과처분은 위법하다[(대법원2012두14712, 2012.12.13.), (대법원2012두14279, 2012.10.25.) 판결]. 어느 것이 과연 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가격인지는 판단에 따른 문제일 수밖에 없는데, 「법인세법 시행령」은 시가가 불분명한 경우 시가로 보는 의제규정을 마련하고 있다( 법인세법시행령 제89조).

「법인세법 시행령」은 건설 용역을 제공하거나 제공받는 경우, ① 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격에 의하고( 법인세법시행령 제89조 제1항), ② 위와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 「법인세법시행령」 제89조 제2항 각 호에서 정한 방법(감정평가액)에 의하여 산정할 수 있으며( 법인세법시행령 제2항), ③ 이러한 방법에 의하여도 시가를 산정할 수 없는 경우에는 보충적으로 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 ‘원가’라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액에 의하도록 규정하고 있다( 법인세법시행령 제4항 제2호). 「법인세법시행령」 제89조 제4항 제2호는 2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개정하여 납세자가 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사 용역제공거래에서의 수익률뿐만 아니라, 특수관계인이 아닌 제3자 간의 일반적인 용역제공거래를 할 때의 수익률도 사용할 수 있도록 개정되었는데, 대상결정은 위 시행령이 개정되기 전 사안이다. 판례는 반드시 위 「법인세법 시행령」상의 규정을 따르지 않더라도 합리적인 보충적 평가 방법으로 시가를 산정하였다면 처분의 적법성을 인정하고 있는 것으로 보이나(서울행법2013구합9205, 2013.9.6., 판결), 그것이 합리적이라는 점에 대해서는 과세관청에 입증책임이 있으므로 시가로 의제되는 경우가 아니라면 시가의 입증이 쉽지는 않다.

대상결정은 청구법인과 특수관계법인 사이의 공사 용역 거래가 부당행위계산 적용대상이라고 판단하였다. 청구법인과 과세관청 사이에 이 부분에서도 다툼이 있는 것으로 보이나, 본 평석에서는 시가의 결정에 대해서만 다루고자 한다. 대상결정은 과세관청이 산정한 시가(직전연도 동종업종 평균 매출원가율을 반영하여 계산한 것)에 대하여 ‘청구법인이 2018 사업연도 및 2019 사업연도에 특수관계법인을 제외하고는 건설공사계약을 체결한 바 없고, 상가 건물 건설업은 공사현장별로 수익률의 차이가 큰 점을 감안하여 동종업종의 평균 매출원가율을 적용하여 시가 상당의 공사도급액을 합리적으로 산정한 것’으로 보인다고 결정하였다. 이는 당시 「법인세법 시행령」상 시가로 의제되는 금액이 아니기 때문에 그것이 합리적으로 입증된 것인지를 살펴보아야 할 것이다. 그런데 2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개정된 「법인세법시행령」 제89조 제4항 제2호에 의하더라도 ‘유사 용역제공거래’에 대한 제3자 사이의 일반적인 수익률을 반영하여야 한다. 그런데 건설공사 용역의 수익률은 지역별, 건설공사 규모별, 건설공사 유형별로 각기 다를 수 있기 때문에 건설공사를 영위하고 있는 전체 건설회사의 매출원가율로 수익률을 역산하기에는 다소 무리가 있다고 보인다. 특히 과세관청이 시가에 대한 입증책임을 부담하고 있음을 고려하여 본다면 일률적인 통계자료를 근거로는 합리적으로 ‘유사 용역제공거래’의 수익률을 입증하였다고 보기 어렵다고 생각된다. 대상결정은 2018 사업연도, 2019 사업연도에 특수관계법인과의 거래가 없기 때문에 평균 수익률을 적용하였다고 하고 있으나, 그보다는 오히려 문제된 공사 도급계약 이전에 있었던 예컨대 2016, 2017 사업연도에 청구법인이 다른 특수관계 없는 법인과 한 거래의 수익률을 적용하는 것이 더 시가에 부합하는 것일 수도 있을 것이다. 즉, 원칙적으로 ‘시가’란 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가격이라는 사실을 감안하여 보면, 대상결정이 ‘상가 건물 건설업은 공사현장별로 수익률의 차이가 큰 점’을 인정하고 있다는 사실은 단순히 동종업종의 평균 매출원가율을 시가로 보기 어려운 사정으로 인정해야 할 것으로 생각된다. 따라서 과세관청으로서는 최소한 청구법인과 유사한 공사현장에서의 수익률 평균을 사용하는 등의 입증 노력을 기울었어야 하고, 단순히 이런 시가는 산출하기 어렵다는 사정만으로 행정편의주의적인 처분을 내려서는 안 될 것이다. 더군다나 대상결정에서 특수관계법인은 공동수급체와 함께 용역을 진행하였고, 공동수급체가 지급한 원가는 어느 정도인지, 공동수급체 사이에서 이익은 어떻게 정산하였는지, 공동수급체의 대표인 특수관계법인이 공동수급체에게 하도급을 준 것으로 볼 수 있는지, 그렇다면 하도급에 따른 이익률은 어떻게 반영하여야 하는지 등 따져보아야 할 부분들이 있다. 따라서 대상결정은 시가 입증이 되지 않은 시가를 인정한 것으로서 위법하고, 더욱이 단순한 동종업계 평균치를 시가로 인정할 수 없는 사실(공사현장별로 수익률의 차이가 크다는 사실)을 인정하면서도 과세관청이 시가를 입증하였다고 보았다는 점에서 받아들이기 어려운 결정으로 보인다.