비상장주식의 평가는 시가를 원칙으로 하되, 시가 산정이 어려운 경우 보충적인 평가방법에 의한다. 현금흐름에 의한 평가도 도입되어 운영되고 있다. 비상장주식평가에 현금흐름할인 평가(Discounted Cash Flow, DCF)는 2017년에 도입되었지만 1년에 1 ~ 2건만 신청하는 것으로 나타났다. 현행 비상장주식의 평가방식은 기업의 과거실적을 토대로 일률적인 공식으로 평가하도록 규정해 과대평가되는 사례가 발생한다. 심지어는 보충적 평가방법을 기준으로 비상장주식을 거래했지만, 법원이 적정가액으로 인정하지 않아 기업의 이사가 민·형사상 책임을 부담하는 경우도 발생한다.

상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일 현재의 시가를 적용하는 것이 원칙이다(상증법 §60 ①). 따라서 비상장주식도 시가를 판단하는 것이 우선이다. 시가에 대하여는 앞에서 설명하였으니 그것을 참고하기 바란다. 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 법률 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다고 정하고 있다(상증법 §60 ③). 법 제63조의 보충적인 평가방법이 비상장법인 주식의 평가방법이므로 이에 의하여 평가한 것이 시가로 인정된다(상증법 §60 ① 후단). 따라서 이에 의한 평가가 시가를 적용할 때 결정적인 평가로 볼 수 있다. 일반적으로 감정가격도 시가로 인정받을 수 있다(상증법 §60 ②; 상증령 §49 ①). 그러나 상속세와 증여세 부과 목적으로는 주식에 대하여는 감정평가액을 적용하지 않는다(상증령 §49 ① 2호 괄호).

주식가액의 평가방법이 적정한지 여부는 결국 그 평가방법이 기업의 가치를 얼마나 적절히 반영하고 있는지에 달려 있다. 여기에는 「상속세 및 증여세법 시행령」에 따라 순손익가치와 순자산가치를 평균한 가액을 기준으로 산정하는 방법, 평가기준일 현재 기업이 보유하고 있는 자산의 가치를 평가하여 이를 기업 가치로 보는 자산 가치평가, 시장원리에 의하여 형성되는 가치를 기업의 가치로 보는 것으로서 평가대상 기업과 유사한 표준기업을 선정한 후 이와 비교하여 기업가치를 평가하는 시장가치법, 기업이 보유하고 있는 자산으로부터 향후 얼마의 수익과 현금흐름을 창출시킬 수 있는가를 평가하는 것으로 미래 주주의 입장에서 처분가능한 영업현금흐름을 예측하여 이러한 미래현금흐름에 적절한 자본비용을 적용하여 기업의 내재가치를 산출하는 미래현금할인법 등 여러 가지 평가방법이 있다[서울고등법원 2006.10.24. 선고 2004르1714, 2004르1721(병합) 판결]. 상속세와 증여세 부과목적이 아닌 상속재산의 평가나 상속재산의 분배목적으로는 감정평가가 인정될 수 있다. 객관적 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래의 실례가 없는 경우 법원이 적정하다고 인정하는 평가방법에 의하여 비상장주식의 가액을 평가하는 수밖에 없다. 법원으로서는 객관적으로 신뢰할 만한 전문가에 의하여 감정된 결과를 반영할 수밖에 없다. 따라서 감정전문가가 자산가치평가 방식으로 평가하였더라도 이를 수용할 수밖에 없다(서울가법 2004.9.16. 선고 2000느합61, 2002느합133 판결). 그러나 비상장주식의 가액평가에 관하여 상이한 수개의 감정결과 중 「상속세 및 증여세법 시행령」이 정한 방법에 의해 순자산가치와 순손익가치를 모두 고려하여 평가한 감정결과는 인정된다(대법원 2007.7.26. 선고 2006므2757, 2764 판결). 비상장주식은 평가기준일 현재의 시가에 의하고 그 시가의 범위에는 당해 주식에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액을 포함하되, 그 거래가액이 특수관계에 있는 자와의 거래 등으로 인해 시가산정이 어려운 경우에는 보충적 평가방법에 의하여 평가한 가액을 시가로 하도록 하고 있다. 매매 사실이 있는 경우에도 그 거래가액이 객관적인 합리성이 있어야 인정된다. 객관적인 평가절차 및 근거 없이 거래당사자 간의 합의만으로 주식의 거래가격을 결정하였고, 그 가액도 보충적 평가액과 현저한 차이가 있는 경우에는 공정한 시장가치를 반영한 합리적인 가격이라고 보기 어렵다(조심 2017중175, 2017.3.27.). 매매사례의 경우 증자 시의 기관투자가의 평가는 일반적으로 인정되지는 않는다. 즉 평가기준일로부터 3월 이내에 기관투자가가 유상증자에 참여하여 인수한 신주인수가액이 미래성장가능성을 감안하여 주식가치를 공정하게 객관적으로 평가하여 인수한 가액이므로 주식의 시가(매매사례가액)로 보기는 어렵다. 왜냐하면 일반법인의 유상증자 시 외부기관투자가에게 발행한 주식의 가액은 회사와 투자주체 사이의 배타적인 투자계약에 의하여 시가보다 할인된 가액으로 정하여지는 것이 일반적인 점에서 통상적인 시가의 범위로 보는 불특정다수인 사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 볼 수 없다(조심 2013중1621, 2013.7.2.). 또한 명의신탁주식의 거래가액으로 보충적 평가방법에 의한 평가액에 비해 현저히 차이가 나는 경우에는 시가로 인정하기 어렵다(조심 2013서2111, 2013.7.15.).

보충적 평가방법을 시가로 보는 주식에 대한 평가방법은 「상속세 및 증여세법」제63조에 규정되어 있다. 비상장주식은 순자산가치와 및 수익가치의 평균으로 계산한 보충적 평가방법에 의한 평가금액을 시가로 인정한다(상증법 §60 ③, §63 ① 1호 나목). 비상장주식 등에 관하여 보충적 평가방법을 규정하고 있는 것은, 상속재산 등의 평가에 있어 시가주의 원칙을 정한 세법의 규정을 보충하여 시가에 좀 더 근접한 가액을 산정하려는 취지(대법원 97누1679, 2000.6.23., 판결 등 참조)와 아울러, 시가산정이 어려운 경우 납세의무자에게 법적 안정성과 예측 가능성을 보장하고 과세관청에 조세행정의 획일성과 신속성을 가져다주기 위한 것이다(서울고법 2012누12268, 2012.12.27., 판결). 비상장주식은 기준일(상속과 증여는 상속일과 증여일, 양도의 경우 양도일) 현재의 손익가치와 순자산가치의 가중평균금액에 의하여 평가하는데 손익가치 또는 순자산가치가 0 이하인 경우에는 0으로 한다(상증령 §55 ①, §56 ①). 법인이 우선주 등 이익배당에 관하여 내용이 다른 수종의 주식을 발행한 경우에는 그 내용을 감안하여 적정한 가액으로 평가하여야 한다(상속세 및 증여세법 기본통칙 63－0…3).

일반법인인 경우 수익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균 한다(상증령 §54 ①). 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 80%를 곱한 금액보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 80%를 곱한 금액으로 한다(상증령 §54 ① 단서). 자기주식을 소각 등 감자 목적으로 보유한 경우에는 취득가액 상당액을 자산에 포함시키지 않고, 일시적 보유목적 등인 경우에는 취득가액 상당액을 자산에 포함하여 순자산을 계산한다(상속세 및 증여세법 집행기준 63－55－1). 1주당 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액보다 낮은 경우로서 당해 법인이 일시적으로 보유한 후 처분할 자기주식이 있는 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식 등의 가액으로 하여, 1주당 순자산가치는 다음 산식에 의하여 평가한다(재산세제과-616, 2023.4.26.).

부동산과다보유법인의 경우에는 1주당 수익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다. 부동산과다보유법인이란 자산총액 중 토지와 건축물이 차지하는 비율이 50% 이상인 법인을 말한다(상증령 §54 ①; 소득법 §94 ① 4호 다목). 마찬가지로 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 80%를 곱한 금액보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 80%를 곱한 금액으로 한다(상증령 §54 ① 단서). 그러나 당해 법인의 자산총액 중 부동산이 80% 이상인 법인으로 골프장·스키장 등 체육시설 및 「관광진흥법」에 의한 관광사업 중 휴양시설관련업과 부동산업·부동산개발업은 순자산가치만으로 평가한다(상증령 §54 ④ 4호; 소득법 §94 ① 4호 라목, 재산세과－279, 2012.7.30.).

순자산가치로만 평가하는 경우도 6가지가 있다(상증령 §54 ④). 첫째, 「상속세 및 증여세법」제67조 및 법 제68조의 규정에 의한 상속세 및 증여세 과세표준 신고기한 이내에 평가대상법인의 청산절차가 진행 중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식 또는 출자 지분이다(상증령 §54 ④ 1호). 청산 등 정상적인 영업활동이 이루어지지 않는 기업은 수익 능력 측정이 무의미하므로 순자산가치로만 평가하고, 영업권도 별도로 평가하지 아니한다(상속세 및 증여세법 집행기준 63－54－2). 비상장주식의 가액은 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 경우에는 순자산가치로만 평가할 수 있는 것이며, 골프장 부지의 수용으로 인하여 골프장사업의 허가가 취소된 법인이 주주 간의 분쟁으로 인하여 청산이 지연되는 경우로서 보유자산 및 경영상태 등으로 보아 소송이 종료된 후에는 청산할 것이 확실하다고 인정되는 경우에는 사업의 계속이 곤란한 경우로 볼 수 있다(서면4팀－1969, 2004.12.3.). 둘째, 사업개시 전의 법인, 사업개시 후 3년 미만의 법인과 휴·폐업 중에 있는 법인의 주식 또는 출자 지분이다(상증령 §54 ④ 2호). ‘사업개시 후 3년 미만의 법인’이란 당해 법인의 사업개시일부터 평가기준일까지 역에 의하여 계산한 기간이 3년 미만인 법인을 말한다. 이 경우 사업개시일은 업종변경 여부에 관계없이 당해 법인이 처음으로 재화 또는 용역의 공급을 개시한 때를 말한다(재산세과－447, 2010.6.28.). 「법인세법」제46조의 3, 제46조의 5 및 제47조의 요건을 갖춘 적격분할 또는 적격 물적 분할로 신설된 법인의 사업기간은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산한다(상증령 §54 ④ 2호 후단). 휴·폐업 등 정상적인 영업활동이 이루어지지 않는 기업은 수익 능력 측정이 무의미하므로 순자산가치로만 평가하고, 영업권도 별도로 평가하지 아니한다(상속세 및 증여세법 집행기준 63－54－2). 셋째, 법인의 자산총액 중 부동산 등의 합계액이 차지하는 비율이 80% 이상인 법인의 주식이다(상증령 §54 ④ 3호). 부동산 등이란 부동산, 부동산에 관한 권리, 법인이 보유한 다른 법인의 주식가액에 그 다른 법인의 부동산 보유비율을 곱하여 산출한 가액이 포함된다(상증령 §54 ④ 3호; 소득법 §94 ① 4호 다목 1·2). 넷째, 법인의 자산총액 중 주식 등의 가액의 합계액이 차지하는 비율이 80% 이상인 법인의 주식이다(상증령 §54 ④ 5호). 다섯 째, 법인의 설립 시 정관에 존속기한이 확정된 법인으로서 평가기준일 현재 잔여 존속기한이 3년 이내인 법인의 주식이다(상증령 §54 ④ 6호).