
1. 이 사건의 사실관계
- 가. 청구인은 2017.8.29. OOO서장에게 태양광설치 공사업(OOO, 건설업/전기공사업)에 대한 사업자등록 신청을 하였으나, 건설업 면허가 없다는 이유로 거부되었고, 이에 청구인은 위 사업자등록신청일 당일에 업종을 도매/전기자재업(상호 : AAA, 이하 “쟁점사업장”이라 한다)으로 하여 사업자등록증을 신청ㆍ교부 받아 사업을 영위하였다.
- 나. OOO서장은 2020년 1월경 ‘전자세금계산서 조기경보시스템’에 의해 쟁점사업장에 대한 현지확인을 실시하여, 청구인의 2019년 제2기 부가가치세 과세기간의 세금계산서 발행내역에 대한 매출 및 매입 등의 거래내역을 확인한 결과, 청구인이 실제 전기공사업(태양광설치공사)을 영위하고 있고, 세금계산서 발급내용은 정상 거래임을 확인한 후 청구인에게 사업자등록증상의 업종을 정정할 것을 권고(도소매/전기자재 → 건설업/전기공사업)하였는바, 청구인은 2020.2.6. 사업자등록 정정신고를 하여 조기경보 현장출장 담당공무원 확인을 거쳐 업종이 추가(건설업/일반전기공사업)된 사업자등록증을 교부(전기공사업 면허취득 여부를 사후관리)받았고, 한편 청구인은 2020.10.29. 전기공사업 면허를 보유한 BBB 주식회사를 설립하여 쟁점사업장에 대해서는 2021.6.30.자로 폐업신고서를 제출하였다.
- 다. 청구인은 2018ㆍ2020 ∼ 2021년 귀속 종합소득세 신고 시 조세특례제한법 제7조에 따른 중소기업에 특별세액감면(30%) 적용하여 관련 세액을 신고ㆍ납부하였고, 2019년 귀속 종합소득세 신고 시에는 조세특례제한법 제6조에 따른 창업중소기업 등에 세액감면(50%)을 적용하여 관련 세액을 신고ㆍ납부하였는바, OOO서장의 위 쟁점사업장 현지확인 후 청구인의 사업(업종)이 창업중소기업 등에 세액감면 대상이라는 이유로 2020.3.11. 처분청에 2018년 귀속 종합소득세에 대해 경정청구(세액감면율 30% → 50%)를 하였고, 처분청은 청구인이 당초 신고한 중소기업에 대한 특별세액감면(OOO원)을 창업중소기업 등에 대한 세액감면(OOO원)으로 경정하여 차액 OOO원을 환급 결정하였다.
- 라. 처분청은 2021년 12월경 청구인이 2019년 귀속 종합소득세 신고 시 창업중소기업에 대한 세액감면을 신청ㆍ적용한데 대한 적정 여부를 재검토하는 과정에서 2022.2.3. ‘청구인이 2017년 8월경 사업자등록 당시 세액감면 대상 업종(건설업)으로 등록하지 않았고, 전기공사 면허 없이 전기공사업을 영위한 경우로서 창업중소기업 세액감면 대상에 해당하는지 여부’에 대해 국세청장(법무과장)에게 과세기준자문 신청을 하였고, 국세청장은 2022.5.20. “조세특례제한법 제6조 적용 시 소득세법 제168조나 부가가치세법 제8조에 따라 사업자등록을 한 사업자인 기업(법인이 아닌 사업자)의 경우 창업일은 사업자등록일을 말하며, 조세특례제한법 제6조 제3항 각 호 중 어느 하나에 해당하는 업종으로 창업하지 않은 경우에는 창업중소기업 세액감면을 적용 받을 수 없는 것입니다”고 회신하였는바, 처분청은 2022.10.11. 청구인의 2018 ∼ 2019년 귀속 종합소득세에 대해 창업중소기업에 대한 세액감면을 부인하여 OOO원 및 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
- 마. 한편, 청구인은 2022.8.11. 2020 ∼ 2021년 귀속 종합소득세에 대해서도 세액감면액을 증액하는 경정청구(중소기업특별세액 감면을 창업중소기업 특면 세액감면으로 변경)를 하였으나, 처분청은 2022.10. 13. 위 내용과 동일한 이유로 거부통지를 하였다.
2. 쟁 점
청구인이 영위하는 사업이 창업중소기업에 대한 세액감면 적용 대상인지 여부
3. 관련 법령
(1) 조세특례제한법
제2조 【정의】
- ③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다. 다만, 한국표준산업분류가 변경되어 이 법에 따른 조세특례를 적용받지 못하게 되는 업종에 대해서는 한국표준산업분류가 변경된 과세연도와 그 다음 과세연도까지는 변경 전의 한국표준산업분류에 따른 업종에 따라 조세특례를 적용한다. (2010. 1.1. 개정)
- ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다) 중 2024년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)과 중소기업창업 지원법 제53조 제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 이 조에서 “창업보육센터사업자”라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.
- 1. 창업중소기업의 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 비율
- 가. 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 대통령령으로 정하는 청년창업중소기업(이하 “청년창업중소기업”이라 한다)의 경우: 100분의 100
- 나. 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업 및 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 50
- 2. 창업보육센터사업자의 경우: 100분의 50
- 1. 창업중소기업의 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 비율
- ③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.
- 1. 광업
- 2. 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다)
- 3. 건설업
(2) 통계법
제22조 【표준분류】
- ① 통계청장은 통계작성기관이 동일한 기준에 따라 통계를 작성할 수 있도록 국제표준분류를 기준으로 산업, 직업, 질병ㆍ사인(死因) 등에 관한 표준분류를 작성ㆍ고시하여야 한다. 이 경우 통계청장은 미리 관계 기관의 장과 협의하여야 한다.
- ② 통계작성기관의 장은 통계를 작성하는 때에는 통계청장이 제1항에 따라 작성ㆍ고시하는 표준분류에 따라야 한다. 다만, 통계의 작성목적상 불가피하게 표준분류와 다른 기준을 적용하고자 하는 때에는 미리 통계청장의 동의를 받아야 한다.
- ③ 통계청장은 표준분류의 내용을 변경하거나 요약ㆍ발췌하여 발간함으로써 표준분류의 내용이 사실과 다르게 전달될 우려가 있다고 인정되는 경우에는 그 발간자에 대하여 시정을 명할 수 있다.
(3) 한국표준산업분류(통계청 고시 제2017-13호, 2017.1.13.)
F 건설업(41 ~ 42)
- 1. 개요 계약 또는 자기계정에 의하여 지반조성을 위한 발파ㆍ시굴ㆍ굴착ㆍ정지 등의 지반공사, 건설용지에 각종 건물 및 구축물을 신축 및 설치, 증축ㆍ재축ㆍ개축ㆍ수리 및 보수 해체 등을 수행하는 산업활동으로서 임시건물, 조립식 건물 및 구축물을 설치하는 활동도 포함한다. 이러한 건설활동은 도급ㆍ자영 건설업자, 종합 또는 전문 건설업자에 의하여 수행된다. 직접 건설 활동을 수행하지 않더라도 건설공사에 대한 총괄적인 책임을 지면서 건설공사 분야별로 도급 또는 하도급을 주어 전체적으로 건설공사를 관리하는 경우에도 건설활동으로 본다.
- 41 종합 건설업 특정 부문에 대한 전문직별 공사업이 아닌 건물 및 토목 시설물 건설을 위한 종합적인 계획에 따라 관리되고 조성되는 건설업 부문을 나타낸다. 택지, 공장용지 등 지반 조성공사 및 토목 시설물의 건설공사를 수행하는 산업활동과 각종 건축물을 신축, 증축, 재축 및 개축에 관한 총괄적인 책임을 지고 건설활동을 수행하는 산업활동을 말한다. 토목 건설업과 건물 건설업이 함께 실시되는 경우에는 주된 산업활동에 따라 분류한다.
- 42 전문직별 공사업 수수료 또는 계약에 의하여 토목시설 및 건물 건설과 관련한 특정 부문의 공사를 전문적으로 수행하는 산업활동을 말한다.
- 423 전기 및 통신 공사업 토목 및 건축관련 전기 및 통신공사를 전문적으로 수행하는 산업활동을 말한다.
- 4231 전기공사업 전기공사를 전문적으로 수행하는 산업활동을 말한다.
4. 대상결정의 요지
조세특례제한법 제6조 제1항 및 제3항에서 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업이 소득세 등에 대한 특별세액감면을 받을 수 있는 업종으로 ‘건설업’ 등을 열거하면서, 같은 법 제2조 제3항에서 구체적인 업종의 분류는 통계법 제22조에 따른 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의하도록 규정하고 있고, 한국표준산업분류는 관련 사업의 면허ㆍ허가 취득 여부와 관계없이 생산단위(기업체, 사업체)1)가 실질적으로 수행하는 주된 산업활동에 따라 분류하고 있으므로 청구인이 건설업 면허를 보유하지 아니하였거나 또는 공사업의 등록 없이 전기공사업을 영위하였다고 하더라도 이러한 사실로 인해 청구인의 사업이 ‘건설업’이 아닌 것으로 보기 어려운 점, ㅇㅇ세무서장은 현장확인을 통해 쟁점사업장의 주된 사업이 전기공사업임을 확인한 사실이 있고, 세금계산서 등 발급 내용 및 거래처 등을 보면 청구인의 이 건 종합소득금액은 도매업이 아닌 건설업에서 발생한 소득으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 종합소득세 등을 부과한 처분과 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단하였다.
1) 통계기준과-1371호(2017.4.28.)
5. 대상결정에 대한 평석
가. 창업중소기업 등에 대한 세액감면의 입법 취지 및 감면 요건
조세특례제한법의 창업중소기업에 대한 세액감면은 중소기업의 설립을 촉진하고 성장 기반을 조성하여 중소기업의 건전한 발전을 통한 건실한 산업구조의 구축에 기여함을 목적으로 중소기업이 조세특례한법에서 열거하는 업종으로 창업한 경우 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 4년까지 발생한 소득의 50 ~ 100%를 감면하고 있는 제도이다. 창업중소기업 등에 대한 세액감면은 감면대상 업종으로 창업한 중소기업을 대상으로 하는바, 감면대상 업종의 경우 조세특례제한법 제6조 제1항 및 제3항에서 열거하고 있으며, 해당 업종은 조세특례제한법 제2조 제3항에 따라 통계법 제22조에 따른 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의하도록 규정하고 있다. 또한 창업의 정의는 조세특례제한법 제6조 제10항에서 정하고 있으며 구체적으로는 같은 법 집행기준 6-0-2에 따라 중소기업을 새로이 설립하는 것을 말하는 것으로서 법인의 경우 창업일은 법인설립등기일이고 개인사업자의 경우 소득세법 또는 부가가치세법에 따른 사업자등록을 한 날로 규정하고 있다.
나. 대상결정의 시사점
(1) 감면대상 업종으로 창업하였는지 여부를 실질에 따라 사실 판단
청구인은 당초 태양광설치 공사업(건설업/전기공사업)에 대한 사업자등록 신청을 하였으나, 건설업 면허가 없다는 이유로 거부되었고, 이에 청구인은 위 사업자등록신청일 당일에 업종을 도매/전기자재업으로 하여 사업자등록증을 신청ㆍ교부받아 사업을 영위하였다. 이후 관할 세무서장의 쟁점사업장 현장확인에 따라 청구인은 2020.2.6. 쟁점사업장에 대하여 업종(건설업/전기공사업)을 추가하는 사업자등록 정정신고를 하였고, 처분청은 쟁점사업장이 해당 업종에 대한 인ㆍ허가 요건을 불충족한 것에 대해 현장확인 담당공무원의 확인을 거쳐 사업자등록 사후관리대상자로 선정한 다음 사업자등록증을 정정 교부하였다. 위와 같은 사실관계에 대해 처분청은2) 조세특례제한법 제6조 적용 시 소득세법 제168조나 부가가치세법 제8조에 따라 사업자등록을 한 사업자인 기업(법인이 아닌 사업자)의 경우 창업일은 사업자등록일을 말하며, 같은 조 제3항 각 호 중 어느 하나에 해당하는 업종으로 창업하지 않은 경우에는 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용받을 수 없다는 주장을 하였다.
그러나 조세심판원은 청구인이 창업일 당시 사업자등록증상의 업종이 건설업이 아니었다는 점은 차치하고, 창업일 당시부터 감면대상 업종인 건설업을 실질적으로 수행하였는지에 대해 사실판단하였다. 즉, 법인등기부나 사업자등록증상의 형식적 기재가 아닌 실제 영위하는 사업의 실질적인 내용에 따라 판단하였음을 알 수 있다.3) 이는 최근 과세관청의 다수의 예규와 입장이 동일하다고 볼 수 있다.
3) (사전법규소득-307, 2023.5.25.)
(2) 한국표준산업분류에 따라 건설업 여부 판단
처분청은 청구인이 건설업 면허를 보유하지 아니한 상태로 사업을 영위하였고, 설령 청구인이 실제 도매업이 아닌 건설업(전기공사)을 영위하였다고 하더라도 공사 면허를 보유하지 않은 상태 또는 공사업의 등록 없이 한 공사수입에 대해 조세감면의 혜택을 부여하는 것은 불법에 조력하는 결과가 되므로 허용될 수 없어 이 건 조세감면을 부인한 종합소득세 부과처분 등은 정당하다고 주장하였다. 그러나 조세심판원은4) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바, 조세특례제한법 제6조 제1항 및 제3항에서 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업이 소득세 등에 대한 특별세액감면을 받을 수 있는 업종으로 ‘건설업’ 등을 열거하면서, 같은 법 제2조 제3항에서 구체적인 업종의 분류는 통계법 제22조에 따른 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의하도록 규정하고 있고, 한국표준산업분류는 관련 사업의 면허ㆍ허가 취득 여부와 관계없이 생산단위(기업체, 사업체)가 실질적으로 수행하는 주된 산업활동에 따라 분류하고 있으므로 청구인이 건설업 면허를 보유하지 아니하였거나 또는 공사업의 등록 없이 전기공사업을 영위하였다고 하더라도 이러한 사실로 인해 청구인의 사업이 ‘건설업’이 아닌 것으로 보기 어렵다고 판단하였다.
4) (대법원2008두11372, 2009.8.20.) 판결 등 참조
6. 결 어
조세특례제한법 제6조 창업중소기업 등 세액감면 관련 대다수의 예규판례는 창업 당시부터 감면대상 업종을 실질적으로 영위하였는지를 입증하는 것이 주된 쟁점이 된다. 그러나 대상결정은 관할세무서장이 과거 사업장 현장확인 후 건설업으로 사업자등록증상의 업종을 정정할 것을 권고한 사실이 있는 만큼 청구인이 창업 당시부터 감면대상 업종인 건설업을 실질적으로 영위하였는지에 대해서는 청구인과 처분청 간의 다툼이 없다. 그보다 ① 창업일 당시 사업자등록증에 감면대상 업종이 형식적으로 기재되어 있지 않음에도 불구하고 창업일 당시부터 감면대상 업종을 실질적으로 수행하였는지에 대해 사실판단 하였다는 점과 ② 건설면허 없이 불법으로 영위한 사업자는 조세의 감면대상이 될 수 없다는 처분청의 주장에도 불구하고 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다는 것을 근거로 조세특례제한법 제2조에서 업종의 분류에 대해 위임한 한국표준산업분류는 관련 사업의 면허ㆍ허가 취득 여부를 요구하지 아니하므로 청구인이 건설업 면허를 보유하지 아니함에도 불구하고 청구인의 사업을 ‘건설업’으로 판단하였다는 점에 의의가 있다.