법인의 국고보조금에 대한 세무처리

1. 국고보조금의 의의
국고보조금이란 정부가 기술개발, 투자촉진, 지방이전, 손실보전, 재해복구지원 등의 정책적 목적을 위하여 법령에 따라 법 소정의 요건을 갖춘 기업에 지원하는 금품을 말한다. 국고보조금은 그 성격이 자산수증이익과 같아서 법인의 순자산을 증가시키므로 「법인세법」상 익금에 해당한다.
2. 기업회계상 국고보조금의 회계처리
기업회계에서 정부보조금(기업회계에서는 “국고보조금”을 “정부보조금”이라고 부른다)은 다음 모두에 대한 합리적인 확신이 있을 때까지 인식하지 아니한다(K-IFRS 제1020호 문단 7, 일반기업회계기준 문단 17.2). ① 정부보조금에 부수되는 조건의 준수 ② 보조금의 수취 정부보조금은 다음과 같이 회계처리한다.
(1) 상환의무가 있는 정부보조금
상환의무가 있는 정부보조금은 기업이 국가로부터 무이자로 자금을 차입한 것이므로 상환금액을 추정하여 부채로 인식한다. 추후 상환의무가 없어지면 그때 채무면제이익으로 대체한다.
(2) 상환의무가 없는 정부보조금
구 분 | 내 용 |
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자산 관련 보조금 | 다음 두 가지 방법이 모두 인정된다. ① 이연수익법 : 재무상태표에 이연수익으로 표시하고 이연수익은 자산의 내용연수에 걸쳐 체계적인 기준으로 당기손익에 인식한다. ② 자산차감법 : 자산의 장부금액을 계산할 때 보조금을 차감하고, 보조금은 감가상각자산의 내용연수에 걸쳐 감가상각비를 감소시키는 방식으로 당기손익으로 인식한다. ※ 일반기업회계기준에서는 자산차감법만 인정하고 이연수익법은 인정하지 않음(일반기업회계기준 문단 17.5). |
수익 관련 보조금 | 다음 두 가지 방법이 모두 인정된다. ① 별도의 수익으로 처리하는 방법 ② 관련 비용에서 차감하는 방법 해당 보조금을 수익으로 표시하는 경우, 회사의 주된 영업활동과 직접적인 관련성이 있다면 영업수익으로, 그렇지 않다면 영업외수익으로 회계처리한다(일반기업회계기준 문단 17.7). |
3. 국고보조금의 익금귀속시기
「법인세법」은 국고보조금의 인식요건에 대한 별도의 규정을 두고 있지는 않다. 「법인세법」은 손익귀속시기에 대하여 권리의무확정주의에 따라 판단하는 것이 원칙이므로 익금이 확정되는 때를 익금의 귀속시기로 보아야 한다. 정부가 국고보조금을 지급하는 경우에는 교부통지를 받은 날을 익금의 귀속시기로 보아야 한다.
□ 포인트로 지급받은 국고보조금의 익금귀속시기
법인이 「중소기업 기술혁신 촉진법」에 의거 정부기관과 중소기업 기술개발 사업 협약을 맺고 과제를 수행하면서 2개 사업연도에 사용될 사업비(인건비, 재료비, 연구활동비 등)를 포인트(1포인트 = 1원)로 받는 경우가 있다. 교부받은 포인트는 기술개발 사업비 발생액만큼을 카드로 사용할 수 있는 조건으로 일시사용이나 현금사용은 할 수 없다. 이와 같이 정부로부터 기술개발에 소요되는 경비를 별도의 교부통지서 수령 없이 협약서에 의해 지급시기를 달리하여 순차적으로 지원받는 경우 그 출연금은 실제 지급받은 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입한다(서면2팀-299, 2006.2.6.).
□ 상환의무조건이 있는 국고보조금의 익금귀속시기
기술개발사업과 관련하여 정부 또는 정부출연기관으로부터 기술개발출연금을 받아 사용하되, 기술개발에 실패하면 상환의무가 없으나 기술개발에 성공하면 기술개발출연금의 일부(예를 들면 20%)를 상환해야 하는 경우가 있다. 이와 같은 성공 여부에 따라 상환의무가 있는 기술개발출연금의 익금 귀속시기가 출연받는 때인지, 아니면 기술개발의 성공여부가 확정되는 때인지에 대하여 논란이 있다. 기술개발 성공 여부에 따라 상환의무가 있는 정부출연금의 익금 귀속시기에 대한 예규는 2005년에 변경되었는데, 그 내용은 다음과 같다.
※ 기업회계에서는 정부보조금에 부수되는 조건을 준수할 것이고 보조금을 수취할 것이라는 조건이 충족되어야 정부보조금을 인식하므로 반환의무가 있는 정부출연금은 정부보조금으로 인식할 수 없다(일반기업회계기준 질의회신 GKQA11-0004).
변경 전 예규 | 변경 후 예규 |
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「중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률」제5조의 규정에 따라 중소기업청으로부터 기술개발에 필요한 자금을 지원받은 법인이 당해 기술혁신개발사업의 성공 여부에 따라 지원금의 반환 여부가 결정되는 경우 반환의무가 없는 지원금에 대하여는 그 성공 여부의 확정일이 속하는 사업연도의 소득금액계산 시 익금에 산입하는 것임(법인 46012-2377, 2000.12.15.). | 법인이 「기술개발촉진법」제8조의 규정에 따라 정부로부터 기술개발에 소요되는 경비를 출연금 명목으로 지원받은 경우, 동 출연금은 추후 기술개발의 성공 여부에 따른 출연금 일부의 반환의무 여부에 불구하고 출연금 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도에 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입하는 것이며, 익금에 산입한 출연금 중 기술개발의 성공으로 출연금 일부의 반환통지 또는 기술료의 납부통지를 받은 날이 속하는 사업연도에 반환할 금액을 익금에서 차감하거나 손금에 산입하는 것임(서면2팀-1497">서면2팀-1497, 2005.9.20.). |
※ 변경된 예규의 적용시기 : 2005.9.20.이 속하는 사업연도에 지원받는 출연금부터 적용함. |
4. 연구개발 관련 출연금 등의 과세특례
(1) 입법취지
2005년부터 정부로부터 받은 기술개발출연금은 추후 기술개발의 성공 여부에 따라 출연금의 일부를 반환하는 경우에도 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도의 익금으로 본다(서면2팀-1497">서면2팀-1497, 2005.9.20.). 연구개발출연금은 교부받은 후 수년간 연구개발에 사용하는 것이 일반적이므로 교부받은 사업연도에 출연금을 전액 익금에 산입하여 과세하면 미사용금액에 대하여 법인세가 과세되어 연구개발에 사용할 자금이 세금으로 유출되고, 회사에 자금이 부족한 경우 연구개발출연금 중 법인세로 납부한 금액은 연구개발에 사용할 수 없게 된다. 연구개발출연금을 사용하지 못하면 미사용금액을 정부에 반납해야 하는 문제가 발생한다.
연구개발출연금 교부통지 → 법인세 납부 → 자금부족 → 연구개발출연금 미사용 → 반납
이와 같이 연구개발출연금 교부통지를 받은 사업연도에 일시에 익금에 산입하면 미사용분에 대하여 법인세가 먼저 과세되면 연구개발에 사용할 재원이 줄어들고 이에 따라 연구개발 추진에 차질이 발생할 수 있으므로 2006.12.30.에 연구개발출연금을 수령한 사업연도에 익금불산입한 후, 추후 출연금을 비용으로 회계처리하는 사업연도에 익금산입할 수 있는 과세이연 제도를 도입하였다.
(2) 연구개발 관련 출연금 등의 익금불산입
내국법인이 연구개발 등을 목적으로 다음 중 어느 하나에 해당하는 법률에 따라 출연금 등의 자산(이하 “연구개발출연금 등”이라 한다)을 받은 경우로서 「법인세법」제113조를 준용하여 해당 연구개발출연금 등을 구분경리하는 경우에는 연구개발출연금 등에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다(조특법 §10의 2 및 조특령 §9의 2 ①, 조특칙 §7의 3).
① 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 ② 「산업기술혁신 촉진법」 ③ 「정보통신산업 진흥법」 ④ 「중소기업기술혁신 촉진법」 ⑤ 그 밖에 연구개발 등을 목적으로 출연금 등을 지급하도록 규정하고 있는 다음의 어느 하나에 해당하는 법률(조특칙 §7의 3) ㉮ 「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법」 ㉯ 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 ㉰ 「기초연구진흥 및 기술개발 지원에 관한 법률」
위에 열거된 법률에 따라 수령한 연구개발 관련 출연금만 과세특례 적용대상이므로 「신에너지 및 재생에너지 개발ㆍ이용 보급 촉진법」에 따라 지급받는 출연금과 「해양수산발전기본법」에 따라 받는 출연금은 과세특례적용대상이 아니다(조심 2011구484, 2011.8.9.; 재조특-169, 2011.2.25.).
(3) 익금불산입액의 익금산입
1) 연구개발 관련 출연금 등을 해당 용도에 사용한 경우
연구개발출연금 등 상당액을 익금에 산입하지 아니한 금액은 다음의 방법에 따라 익금에 산입하여야 한다(조특법 §10의 2 ② 및 조특령 §9의 2 ③). ① 연구개발출연금 등을 해당 연구개발비로 지출하는 경우에는 해당 지출액에 상당하는 금액을 해당 지출일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. ② 연구개발출연금 등으로 해당 연구개발에 사용되는 자산을 취득하는 경우에는 다음의 방법에 따라 익금에 산입한다. ㉮ 「법인세법 시행령」제24조에 따른 감가상각자산을 취득한 경우: 해당 사업연도의 소득금액 계산상 「법인세법 시행령」제25조에 따라 손금에 산입하는 감가상각비에 상당하는 금액을 익금에 산입한다. 다만, 해당 자산을 처분하는 경우에는 익금에 산입하지 아니한 금액 중 이미 익금에 산입하고 남은 잔액을 그 처분한 날이 속하는 사업연도에 전액 익금에 산입한다. ㉯ 위 “㉮” 외의 자산을 취득하는 경우에는 해당 자산을 처분한 날이 속하는 사업연도의 소득금액 계산에 따라 익금에 산입하지 아니한 금액 전액을 익금에 산입한다.

2) 연구개발출연금 등을 연구개발 목적 외의 용도로 사용한 경우
법인이 연구개발출연금을 연구전담부서의 연구원의 인건비 등 연구개발비 등으로 지출하지 않고 연구개발비에 해당하지 아니하는 복리후생비 및 소모품비 등으로 지출한 경우에는, 그 지출한 사업연도의 익금에 산입한다(조특법 §10의 2 ③, 법인-1411, 2009.10.15.).
3) 연구개발출연금 등을 연구개발에 사용하기 전에 폐업하거나 해산하는 경우
연구개발출연금 등에 상당하는 금액을 해당 연구개발에 사용하기 전에 폐업하거나 해산하는 경우, 그 사용하지 아니한 금액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 합병하거나 분할하는 경우로서 합병법인 등이 그 금액을 승계한 경우는 제외하며, 그 금액은 합병법인 등이 익금에 산입하지 아니한 것으로 본다(조특법 §10의 2 ③).
(4) 이자상당가산액의 납부
법인이 연구개발출연금 등을 연구개발 목적 외의 용도로 사용하거나, 연구개발에 사용하기 전에 폐업ㆍ해산하는 사유가 발생하여 연구개발출연금 등을 익금에 산입하게 된 때에는 다음의 계산식에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 법인세로 납부하여야 한다(조특법 §10의 2 ④).
이자상당가산액 = 법인세 차액*1 × 미납부일수*2 × 0.022%*3
*1 연구개발출연금 등을 익금불산입한 사업연도에 해당 연구개발출연금 등을 익금불산입함에 따라 발생한 법인세 차액 *2 연구개발출연금 등을 익금불산입한 사업연도 종료일의 다음 날부터 해당 연구개발출연금 등을 익금에 산입하는 사업연도 종료일까지의 기간 *3 이자율은 종전에 일 0.03%이었으나 납세자의 부담을 경감하기 위하여 2019.2.12.에 일 0.025%로, 다시 2022.2.15.에 일 0.025%에서 일 0.022%로 인하되었다. 개정 전에 발생한 사유로 개정 후에 세액을 납부 또는 부과하는 경우 개정규정 시행일 전일까지의 기간분은 개정 규정에도 불구하고 종전 규정에 따른다(2019.2.12. 조특령 개정부칙 §25, 2022.2.15. 조특령 개정부칙 §21). 이자율은 다음과 같이 적용한다.
구분 | 2019.2.11.까지의 기간 | 2019.2.12.부터 2022.2.14.까지의 기간 | 2022.2.15. 이후 기간 |
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이자율 | 일 0.03% | 일 0.025% | 일 0.022% |
5. 국고보조금의 과세이연
(1) 입법취지
내국법인이 자산 취득목적으로 받은 국고보조금도 「법인세법」상 익금이다. 그러나 자산취득에 사용할 국고보조금을 교부통지를 받은 사업연도에 일시에 과세하면 자산취득에 사용할 자금이 세금으로 유출되어 자산취득에 어려움이 생긴다. 이에 따라 일정한 법률에 따라 받은 국고보조금으로서 사업용자산을 취득한 경우에는 일시상각충당금(비상각자산은 압축기장충당금)을 설정하여 국고보조금으로 취득한 자산의 취득가액을 일시에 손금에 산입할 수 있다. 손금에 산입한 일시상각충당금은 감가상각비와 상계하고 자산처분 시 익금에 산입한다. 그러나 압축기장충당금은 비상각자산에 대한 것이므로 자산처분 시 익금에 산입한다. 일시상각충당금과 압축기장충당금은 기업회계에 위배되므로 신고조정을 허용하고 있다.
(2) 손금산입대상
내국법인이 다음의 법률에 따라 보조금 등(이하 “국고보조금 등”이라 한다)을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업용 유형자산과 무형자산1) 및 석유류(이하 “사업용자산”이라 한다)를 취득하거나 개량하는 데 사용한 경우 또는 사업용자산을 취득ㆍ개량하고 이에 대한 국고보조금 등을 사후에 지급받은 경우에는 해당 사업용자산의 가액2) 중 그 사업용자산의 취득ㆍ개량에 사용된 국고보조금 상당액을 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다(법법 §36 ① 및 법령 §64 ①). 1) 사업용자산에는 개발비가 포함되나(서이 46012-10700, 2003.4.3.), 건설업을 영위하는 법인이 장기간 건설을 요하는 재고자산에 해당하는 산업용지는 포함되지 아니한다(서면2팀-1180, 2005.7.21.). 2) 내국법인이 국고보조금 등을 금전 외의 자산으로 받아 사업에 사용한 경우에는 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용된 것으로 본다(법법 §36 ④). ① 「보조금관리에 관한 법률」 ② 「지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률」 ③ 「농어촌 전기공급사업 촉진법」 ④ 「전기사업법」 ⑤ 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 ⑥ 「한국철도공사법」 ⑦ 「농어촌정비법」 ⑧ 「도시 및 주거환경정비법」 ⑨ 「산업재해보상보험법」 ⑩ 「환경정책기본법」 따라서 위에 해당하지 아니하는 보조금을 수령하여 사업용자산을 취득한 경우에는 해당 보조금은 법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다(법인-3305, 2008.11.7.).
I 국고보조금 관련 사례 I
일시상각충당금(압축기장충당금) 설정대상 국고보조금 | 일시상각충당금(압축기장충당금) 설정대상이 아닌 국고보조금 |
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① 「지방재정법」에 따른 지원금(보조금)으로 무형자산인 영업권을 취득하는 경우 동 보조금 상당액(서면2팀-1858, 2005.11.21.) ② 내국법인이 전기에너지 절감을 위해 한국전력공사에서 인정하는 고효율 인버터를 설치하고 「전기사업법」제34조에 따라 전력산 업기반기금을 무상으로 받는 보조금(서면2팀-889, 2006.5.19.) ③ 지방으로 이전한 법인이 「국가균형발전특별법」에 따른 산업자원부 및 지방자치단체로부터 입지보조금을 받아 사업용자산을 취득하는 경우(법인-1127, 2010.12.3.; 서면2팀-2556, 2006.12.12.) ④ 시외버스운송사업자가 지방자치단체로부터 「지방재정법」에 따른 재정손실보조금을 지급받아 여객운송에 필요한 석유류 구입에 사용한 경우(서면2팀-609, 2008.4.4.) ⑤ 내국법인이 건물 대수선 목적으로 「보조금 관리에 관한 법률」에 따라 지급받은 국고보조금을 사업용 건물의 「건축법」제2조 제1항 제9호에 따른 대수선에 직접 사용한 금액(간접보조사업자에 게 재교부한 금액 제외)은 「법인세법」제36조 및 같은 법 시행령 제64조에 따라 손금에 산입할 수 있는 것임(사전법령법인-470, 2016.04.19.). | ① 공장이전을 위한 국고보조금이나 가격안정 또는 원가보상을 위하여 지급하는 국고보조금 등(법기통 36-0…1) ② 지방공기업 등에 의해 시의 금고에서 지급받은 보조금(심사법인 99-28, 1999.3.12.) ③ 사용수익기부자산의 건설비에 대하여 국고보조금을 지급받는 경우(제도 46012-12497, 2001.8.1.) ④ 법인이 한국산업기술평가원과 협약에 의하여 인터넷 기반 범용 포워더 물류관리시스템을 연구개발함에 있어서 정부로부터 출연받은 금액(서이 46012-10366, 2002.3.4.)과 법인이 지방노동청과 중소기업 직업훈련 컨소시엄사업에 관한 지원약정을 체결하고 당해 법인의 협력회사 직원을 대상으로 직업훈련을 실시함에 있어 지방노동청으로부터 운영비 등 직업훈련비를 지원받는 경우 당해 지원금(서이 46012-11548, 2003.8.25.) ⑤ 「기술개발촉진법」 등에 따라 정부로부터 받는 정부출연금(서이 46012-10700, 2003.4.3.) ⑥ 부동산임대업을 영위하는 법인이 「재래시장 육성을 위한 특별법」에 따라 지방자치단체로부터 재래시장 환경개선사업과 관련하여 사업용자산 취득에 사용될 보조금을 수령한 경우(서면2팀-362, 2005.3.2.) ⑦ 「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따라 시설물을 건설한 후 지방자치단체에 기부함과 동시에 해당 시설물에 대한 관리운영권을 획득한 경우로서, 해당 시설물의 건설비 상당액을 관리운영권 존속기간 동안 매기 균등한 금액으로 지급받기로 한 국고보조금(법인-364, 2010.4.12.) |
(3) 손금산입방법
1) 국고보조금 등의 수령 후 사업용자산을 취득한 경우
세법상 국고보조금 등으로 취득한 사업용자산3)에 대하여 손금에 산입하는 방법은 개별 사업용자산별로 해당 사업용자산의 가액 중 그 취득 또는 개량에 사용된 국고보조금 등에 상당하는 금액(법령 §64 ② 및 ⑥)을 다음의 구분에 따라 확정결산기준에 따라 일시상각충당금 또는 압축기장충당금을 손금으로 계상한다. ① 감가상각자산 : 일시상각충당금 ② 위 “①” 외의 자산 : 압축기장충당금 그러나 일시상각충당금과 압축기장충당금을 회계처리하는 것은 K-IFRS나 일반기업회계기준에 위배되므로 결산상 회계처리하지 아니하고 신고조정에 의하여 일시상각충당금 또는 압축기장충당금을 손금산입할 수 있도록 배려하고 있다(법령 §64 ③). 3) 금융리스로 구입한 사업용자산은 일시상각충당금을 설정할 수 없다(법인 22601-294, 1987.2.4.).
2) 사업용자산 취득 후 국고보조금을 수령하는 경우
사업용자산을 취득하거나 개량한 후 해당 사업용자산에 관련된 국고보조금 등을 지급받았을 때에는 지급일이 속한 사업연도 이전 사업연도에 이미 손금에 산입한 감가상각비에 상당하는 금액은 손금에 산입하는 금액에서 제외한다(법령 §64 ②).
(4) 세법상 국고보조금이 아닌 출연금 등의 세무처리
1) 시설물을 국가 등에 기부하고 관리운영권을 취득하여 건설비상당액을 국고보조금으로 받는 경우
「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따라 시설물을 건설한 후 지방자치단체에 기부함과 동시에 해당 시설물에 대한 관리운영권을 획득하고, 해당 시설물의 건설비 상당액을 관리운영권 존속기간 동안 매기 균등한 금액으로 지방자치단체로부터 지급받기로 한 경우 시설물을 기부하는 사업연도에 손금에 산입할 수 없다(법인-364, 2010.4.12.).
2) 일반보조금을 취득자산에서 차감표시하는 경우 세무처리
법인이 수령한 세법상 국고보조금에 해당하지 않는 일반국고보조금을 기업회계(국고보조금 등의 처리)에 따라 취득자산에서 차감하는 형식으로 장부상 표시한 경우에도 세무상 이를 익금산입(유보)하여야 하며, 또한 당해 자산의 내용연수에 걸쳐 감가상각비와 상계처리한 경우 상계처리한 동 상각비는 세무상 손금산입(△유보)하여 감가상각비 범위액을 계산하여야 한다(법인 46012-4167, 1998.12.30.).
(5) 손금귀속연도
1) 일반적인 경우
국고보조금 등의 익금산입의 귀속사업연도와 국고보조금 등에 대한 일시상각충당금 또는 압축기장충당금의 손금산입시기는 해당 국고보조금 등을 지급받은 날이 속하는 사업연도로 한다(법법 §36).
2) 경정청구에 의해 손금산입하는 경우
법인이 일시상각충당금 또는 압축기장충당금 설정대상이 되는 국고보조금 등을 수령하고 그 수령한 날이 속하는 사업연도에 이를 손금에 산입하지 아니하고 법인세과세표준 및 세액을 신고한 경우에는 「국세기본법」제45조의 2에 따라 법인세과세표준 및 세액신고의 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 국고보조금 등에 대한 일시상각충당금 또는 압축기장충당금을 단순신고조정에 의하여 손금산입하고 이에 대하여 경정청구할 수 있다(국기법 §45의 2 ①). 왜냐하면 일시상각충당금 또는 압축기장충당금의 손금산입은 확정결산기준에 의한 손금산입 이외에 단순신고조정에 의해 손금산입을 할 수 있기 때문이다.
(6) 사업용자산의 취득시한
법인이 국고보조금 등을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업용자산을 취득하거나 개량하지 아니한 내국법인이 그 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 1년 이내에 사업용자산을 취득하거나 개량하려는 경우에는 취득 또는 개량에 사용하려는 국고보조금 등의 금액을 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 허가 또는 인가의 지연 등 다음의 사유로 국고보조금 등을 기한 내에 사용하지 못한 경우에는 해당 사유가 끝나는 날이 속하는 사업연도의 종료일을 그 기한으로 본다(법법 §36 ②, 법령 §64 ⑦). ① 공사의 허가 또는 인가 등이 지연되는 경우 ② 공사를 시행할 장소의 미확정 등으로 공사기간이 연장되는 경우 ③ 용지의 보상 등에 관한 소송이 진행되는 경우 ④ 그 밖에 위 “①”부터 “③”까지의 규정에 준하는 사유가 발생한 경우4) 4) ○○항만공사가 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」에 따른 국고보조금을 지급받아 「항만법」제2조 제6호 가목의 항만시설공사(수역시설 개발)를 수행하고 그 수역시설에 대한 항만관리권을 취득하고자 하는 경우 그 국고보조금을 수령한 후 당해 공사의 설계부터 실시계획승인일까지의 기간이 8개월이 소요되고, 그 공사기간을 18개월로하여 「항만공사법」제22조에 따라 해양수산부장관의 승인을 받음으로써 현실적으로 당해 국고보조금을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일 또는 그 다음 사업연도 개시일로부터 1년 이내에 당해 국고보조금을 사용할 수 없는 때에는 「법인세법 시행령」제64조 제7항 제4호의 사유가 발생한 것으로 보아 같은 법 제36조 제2항 후단을 적용할 수 있는 것임(법규법인 2009-51, 2009.3.9.).
(7) 국고보조금 등에 대한 일시상각충당금 등의 익금산입
국고보조금 등에 대한 일시상각충당금의 익금산입방법은 다음과 같이 결산확정기준에 의한 익금산입방법과 단순신고조정에 의한 익금산입방법으로 구분할 수 있다.
1) 국고보조금 등을 사업용자산 등의 취득에 사용한 경우
국고보조금 등을 다음의 사업용자산 등의 취득에 사용한 경우로서 손금으로 계상한 일시상각충당금과 압축기장충당금은 다음의 자산별로 익금에 산입한다(법령 §64 ④). ① 유형자산과 무형자산인 경우 국고보조금 등으로 취득한 사업용자산과 관련하여 손금산입한 일시상각충당금 또는 압축기장충당금에 대하여는 다음의 방법에 따라 익금산입한다. ㉮ 감가상각자산인 경우 감가상각자산의 취득과 관련하여 손금에 산입한 일시상각충당금은 당해 사업용자산의 취득가액 중 당해 일시상각충당금에 상당하는 감가상각비5)6)를 결산조정7)에 따라 일시상각충당금과 상계하거나 신고조정에 따라 익금산입한다. 다만, 당해 자산을 처분하는 경우에는 상계하고 남은 잔액을 그 처분한 날이 속하는 사업연도에 전액 익금에 산입한다. 5) 법인세법 제37조의 공사부담금으로 취득한 고정자산가액의 손금산입 규정은 개별 사업용자산별로 당해 사업용자산의 가액 중 공사부담금 등에 상당한 금액을 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 계상하여 손금에 산입하는 것이며, 그 손금으로 계상한 일시상각충당금 등의 익금산입방법도 당해 사업용자산의 감가상각비와 상계하는 방법 등에 의하는 것임(서이46012-10138, 2002.1.23.). 6) 내국법인이 업무용승용차를 취득하면서 지급받은 국고보조금에 대하여 「법인세법」 제36조 제1항 및 같은 법 시행령 제64조 제3항에 따라 일시상각충당금을 설정한 경우에는 일시상각충당금과 상계하기 전 같은 법 시행령 제50조의 2 제3항에 따른 상각범위액을 기준으로 해당 업무용승용차 감가상각비 손금불산입 금액을 먼저 계산한 후 법인세법상 손금으로 인정되는 감가상각비를 기준으로 일시상각충당금 환입에 대한 세무조정을 하는 것임(서면법령법인-1435, 2020.06.12.). 7) 결산조정에 따라 일시상각충당금과 상계하거나 압축기장충당금을 익금산입하는 경우에는, 해당 법인이 일시상각충당금 또는 압축기장충당금을 재무상태표에 계상된 경우에 한한다. ㉯ 비상각자산인 경우 감가상각자산 외의 자산취득과 관련하여 손금에 산입한 압축기장충당금은 당해 사업용자산을 처분하는 사업연도에 압축기장충당금 전액을 결산조정에 따라 익금산입하거나 신고조정에 따라 익금산입한다. 이 경우 당해 사업용자산의 일부를 처분하는 경우의 익금산입액은 당해 사업용자산의 가액 중 일시상각충당금 또는 압축기장충당금이 차지하는 비율로 안분계산한 금액에 의한다(법령 §64 ⑤). ② 석유류인 경우 국고보조금 등으로 취득한 석유류와 관련하여 손금산입한 압축기장충당금에 대하여는 당해 석유류를 판매한 사업연도에 결산조정에 따라 익금산입하거나 신고조정에 따라 익금산입한다. 그리고 재고자산으로 계상하고 있는 비축석유류 중에 손금에 산입할 국고보조금 등으로 취득한 석유류가 포함되어 있는 경우에도 당해 재고자산에 대하여 관할 세무서장에게 신고하는 재고자산 평가방법에 의하여 평가하여야 한다.
2) 국고보조금 등을 사업용자산의 취득에 사용하지 않는 경우
국고보조금 등에 대한 일시상각충당금 등을 손금에 산입한 법인이 다음에 해당하는 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다(법법 §36 ③). ① 국고보조금 등을 사업용자산의 취득 또는 개량을 위하여 그 기한 내에 사용하지 아니한 때 ② 국고보조금 등을 사업용자산의 취득 또는 개량을 위하여 사용하기 전에 법인이 폐업 또는 해산한 때 다만, 합병하거나 분할하는 경우로서 합병법인 등이 그 금액을 승계한 경우는 제외하되, 이 경우 그 금액은 합병법인 등이 손금에 산입한 것으로 본다.
3) 일시상각충당금 또는 압축기장충당금을 임의환입한 경우
국고보조금 등에 대한 일시상각충당금 또는 압축기장충당금을 손금에 산입한 법인이 이를 임의로 환입하는 경우에는 이미 손금에 산입된 금액을 환입한 것이므로 환입한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산상 익금에 산입한다.
4) 사업용자산의 일부를 처분하는 경우 국고보조금 등의 익금산입
손금산입한 국고보조금 등으로 취득한 사업용자산의 일부를 처분하는 경우에는 해당 사업용자산의 가액 중 일시상각충당금 또는 압축기장충당금이 차지하는 비율로 안분계산한 금액을 익금에 산입한다(법집 36-64…3).
(8) 국고보조금 등으로 취득한 사업용자산에 대한 감가상각비를 과다 또는 과소하게 계상한 경우
국고보조금 등으로 취득한 사업용자산에 대한 일시상각충당금을 손금에 산입한 경우 국고보조금 등으로 취득한 사업용자산에 대한 감가상각비 중 익금에 산입할 금액은 해당 사업용자산에 대한 감가상각비의 세법상 손금산입범위액을 기준으로 계산한다. 따라서 법인이 국고보조금 등으로 취득한 사업용자산에 대한 감가상각비를 세법상 손금산입범위액을 초과하여 계상한 경우에는 먼저 사업용자산의 감가상각범위액을 초과하는 금액을 손금불산입하고, 그 다음 감가상각비 손금산입범위액을 기준으로 하여 익금에 산입할 일시상각충당금을 계산하여야 한다(서이 46012-10646, 2002.3.27., 법인 46012-173, 2002.3.27.). 이 경우 익금에 산입할 일시상각충당금은 다음과 같이 계산한다.
또한, 법인이 국고보조금 등으로 취득한 사업용자산에 대한 감가상각비를 세법상 손금산입범위액보다 부족하게 계상한 경우에는 다음과 같이 당해 법인이 손금으로 계상한 감가상각비를 기준으로 하여 익금에 산입할 일시상각충당금을 계산하여야 한다.
익금에 산입할 일시상각충당금 = 감가상각비 손금범위액 × | 국고보조금 |
국고보조금 등으로 취득한 사업용자산의 취득가액 |
익금에 산입할 일시상각충당금 = 법인이 손금계상한 감가상각비 × | 국고보조금 |
국고보조금 등으로 취득한 사업용자산의 취득가액 |
(9) 국고보조금에 관한 세무조정 사례
자산차감법으로 회계처리한 경우 다음은 제조업을 영위하는 ㈜대한(상장내국법인이며 중소기업이 아님)의 「보조금 관리에 관한 법률」에 따른 국고보조금 관련 자료이다. 국고보조금에 대하여 과세를 이연하는 경우의 세무조정을 하시오. 1. ㈜대한은 2023.3.1. 국고보조금 20,000,000원을 현금으로 수령하고 다음과 같이 회계처리하였다.
2. ㈜대한은 수령한 국고보조금으로 2023.4.30.에 취득가액 40,000,000원의 기계장치를 구입하여 사업에 사용하고 다음과 같이 회계처리하였다.
3. 2023.12.31. ㈜대한은 위 기계장치에 대해 감가상각을 하고 다음과 같이 회계처리하였다. 기계장치의 잔존가치는 없으며 신고내용 연수는 5년, 감가상각방법은 정액법으로 신고하였다.
4. ㈜대한은 2024.1.1. 위 기계장치를 25,000,000원에 처분하고 다음과 같이 회계처리하였다.
물음 ㈜대한의 법인세부담이 최소화되도록 제23기(2023.1.1. ∼ 2023.12.31.)와 제24기(2024.1.1. ∼ 2024.12.31.)의 세무조정을 하시오. 해답
해설
(차) | 예 금 | 20,000,000 | (대) | 국고보조금 | 20,000,000 |
(예금차감) |
(차) | 기계장치 | 40,000,000 | (대) | 예 금 | 40,000,000 |
(차) | 국고보조금 | 20,000,000 | (대) | 국고보조금 | 20,000,000 |
(예금차감) | (기계장치 차감) |
(차) | 감가상각비 | 6,000,000 | (대) | 감가상각누계액 | 6,000,000 |
국고보조금 | 3,000,000 | 감가상각비 | 3,000,000 |
(차) | 현 금 | 25,000,000 | (대) | 기계장치 | 40,000,000 |
감가상각누계액 | 6,000,000 | 유형자산처분이익 | 8,000,000 | ||
국고보조금 | 17,000,000 |


이연수익법으로 회계처리한 경우 다음은 제조업을 영위하는 ㈜민국(상장내국법인이며 중소기업이 아님)의 「보조금 관리에 관한 법률」에 따른 국고보조금 관련 자료이다. 국고보조금에 대하여 과세를 이연하는 경우의 세무조정을 하시오. 1. ㈜민국은 2023.3.1. 국고보조금 20,000,000원을 현금으로 수령하고 다음과 같이 회계처리하였다.
2. ㈜민국은 수령한 국고보조금으로 2023.4.30.에 취득가액 40,000,000원의 기계장치를 구입하여 사업에 사용하고 다음과 같이 회계처리하였다.
3. 2023.12.31. ㈜민국은 위 기계장치에 대해 감가상각을 하고 다음과 같이 회계처리하였다. 기계장치의 잔존가치는 없으며 신고내용 연수는 5년, 감가상각방법은 정액법으로 신고하였다.
4. ㈜민국은 2024.1.1. 위 기계장치를 25,000,000원에 처분하고 다음과 같이 회계처리하였다.
물음 ㈜민국의 법인세부담이 최소화되도록 제23기(2023.1.1. ∼ 2023.12.31.)와 제24기(2024.1.1. ∼ 2024.12.31.)의 세무조정을 다음 양식에 따라 작성하시오.
해답
해설
(차) | 예 금 | 20,000,000 | (대) | 이연국고보조금수익 | 20,000,000 |
(부채) |
(차) | 기계장치 | 40,000,000 | (대) | 예 금 | 40,000,000 |
(차) | 감가상각비 | 6,000,000 | (대) | 감가상각누계액 | 6,000,000 |
이연국고보조금수익 | 3,000,000 | 국고보조금수령이익 | 3,000,000 | ||
(부채) |
(차) | 현 금 | 25,000,000 | (대) | 기계장치 | 40,000,000 |
감가상각누계액 | 6,000,000 | ||||
유형자산처분손실 | 9,000,000 | ||||
(차) | 이연국고보조금수익 | 17,000,000 | (대) | 국고보조금수령이익 | 17,000,000 |
(부채) |


