겸용주택의 용도 구분은 공부상 용도와 관계없이 실제 사용하는 용도에 따라 판단하는 것이며, 그 사용 용도가 불분명한 경우에는 주택과 주택 이외의 면적 비율로 안분하여 계산한다. 여기서 사용 용도가 불분명한 경우란 실제 사용 용도를 모르는 경우뿐만 아니라 주택과 주택 이외의 건물에 공동으로 사용하는 경우로서 그 사용 용도를 구분할 수 없는 경우를 포함한다. 따라서 지하실, 계단 등이 주택과 상가 공용으로 사용되고 있는 경우로서 그 사용 용도를 구분할 수 없는 경우에는 건물의 연면적을 기준으로 안분계산한다는 점을 유의하여야 한다.

겸용주택과 그 부수토지를 함께 양도하는 경우 주택에 부수되는 토지는 전체 토지면적에 주택 부분의 연면적이 건물의 총연면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한다.

공부상 용도와 실제 용도가 다르지 않은 경우에는 건축물대장, 개별주택가격 확인서 등의 기본 자료만 확인하여 용도를 구분할 수 있지만, 공부상 용도와 실제 용도가 다른 경우에는 실측도면, 임대차계약서 등 추가 자료를 통해 실제 용도를 입증하여야 한다.

겸용주택의 양도가액이 12억원 이하인 경우로서 주택 부분이 주택 외 부분보다 큰 경우에는 건물 전체를 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정을 적용한다.

2022년 1월 1일 이후 양도분부터 양도가액이 12억원을 초과하는 고가 겸용주택의 경우에는 주택면적이 주택 이외의 면적보다 크더라도 주택 부분만 주택으로 보아 비과세한다.

주택 부분이 등기부등본, 건축물대장 등 공부상 다가구주택으로 등재되어 있더라도 주거용 옥탑으로 인해 실제 주택으로 사용하는 층수를 4개 층으로 보아 세법상 다세대주택으로 판정하여 1세대 1주택 비과세를 적용받지 못하고 다주택자 중과세율을 적용받는 사례가 빈번히 발생하고 있다. 따라서 주거용 옥탑의 존재 여부를 반드시 확인하여야 한다.

1세대 1주택인 고가주택의 양도차손 통산은 총 양도차손 중 고가주택 기준금액 초과분에 상당하는 양도차손에 대해서만 통산이 가능하다(사전법령재산377, 2015.12.11.).

겸용주택의 주택 부분이 주택 외 부분보다 큰 경우 전부를 주택으로 간주하는 것은 1세대 1주택 비과세 적용시에만 적용되는 규정이다. 따라서 1세대 1주택 비과세 대상이 아닌 경우에는 고가 겸용주택 여부를 따지지 않고 주택 부분만 주택으로 본다.

매매계약서상 토지와 건물 등의 가액이 구분 기재되어 있는 경우에는 그 구분된 가액을 각각 토지와 건물의 양도가액 또는 취득가액으로 한다. 다만, 매매계약서에 구분 기재한 토지와 건물 등의 가액이 감정평가액, 기준시가, 장부가액, 취득가액에 따라 안분계산한 가액과 30% 이상 차이가 나는 경우에는 그 가액 구분이 불분명한 경우로 보아 전체 거래가액을 안분한다는 점은 주의하자.

일괄 취득하거나 양도한 겸용주택과 그 부수토지의 전체 실지거래가액은 확인되나 자산별로 구분이 불분명한 경우에는 취득 또는 양도 당시의 감정평가액, 기준시가, 장부가액, 취득가액을 순차적으로 적용한 가액으로 안분계산한다.

일괄양도가액의 안분기준이 되는 기준시가란 공급계약일 현재의 기준시가를 의미하므로, 매매계약일과 잔금일의 기준시가가 다른 경우 계약일 현재의 기준시가에 따라 안분계산한다(재산세제과-1077, 2022.8.31.). 특히, 상반기에 매매계약을 체결하는 경우에는 계약일과 잔금일 사이에 주택기준시가와 토지의 기준시가가 새롭게 공시될 수 있으므로 주의하여야 한다.

겸용주택을 담보로 대출을 받은 경우에는 근저당권 설정 관련 감정평가가 이루어짐에 따라 해당 감정평가액이 일괄양도가액의 안분기준이 될 수 있다는 점 유의하여야 한다(조심2010서3472, 2011.6.9.). 근저당권 설정 여부는 건물 및 토지의 등기사항전부증명서(등기부등본)의 을구에서 확인할 수 있다.

겸용주택의 양도가 사업의 포괄양수도에 해당하는 경우에는 부가가치세 과세대상이 아니기 때문에 양도가액에서 부가가치세를 차감하지 않는다.

겸용주택의 양도가 사업의 포괄양수도가 아닌 경우 상가의 건물 부분에 대하여 부가가치세가 과세된다. 이 경우 양수인으로부터 거래징수하여 국가에 납부하는 부가가치세는 양도가액에 포함하지 않는 것이며, 매매계약서에 공급가액과 부가가치세액이 별도로 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 10에 상당하는 금액을 부가가치세로 볼 수 있다.다만, 간이과세자인 부동산임대업자가 임대용 건물을 양도하고 납부한 부가가치세는 양도가액에서 차감하지 않는다는 점은 주의하여야 한다.

취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우 “일괄취득가액의 안분”과 “취득 시 부담한 부가가치세의 취득가액 포함 여부”를 따져봐야 하는데 이는 앞서 살펴본 바와 같다. 또한, 겸용주택은 사업자의 사업용 자산으로서 장부에 기장하는 경우가 있는데 이 경우 도급계약서와 금융증빙, 종합소득세 신고내역 등을 고려하여 해당 장부가액을 실지거래가액으로 보아 취득가액으로 인정할 수 있는지를 판단하여야 한다. 즉, 취득가액을 장부에 기장한 경우에도 취득에 관한 제증빙서류 등에 의하여 확인되는 경우에 한하여 장부가액을 실지거래가액으로 인정한다는 점을 유의하자.

실지취득가액이 불분명한 경우 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액을 순차로 적용하여 취득가액을 산정한다. 겸용주택의 경우 매매사례가액이 존재하기가 어렵고, 소급감정가액은 취득가액으로 인정받기 어렵기 때문에 실무적으로 실지취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 대부분 환산취득가액으로 취득가액을 산정한다. 환산취득가액이란 다음의 법정 산식에 따라 계산한 가액을 말한다.

겸용주택의 보유기간 중 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 취득가액에서 차감하며, 이는 취득가액을 실지거래가액 또는 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액으로 산정하는 경우 모두 동일하다.

주택 임대소득에 대한 종합소득세 신고 시 소형주택 임대사업자 세액감면을 적용받는 경우 감가상각한 것으로 의제되며, 취득가액에서 차감된다(사전법령소득-269, 2021.03.09.).

환산취득가액 계산 시 기준시가 산정면적은 건축물대장의 연면적을 사용하고(사전법령재산-223, 2015.08.18.), 주택의 환산취득가액은 주택과 주택부수토지 각각의 양도가액이 확인되거나 안분한 양도실가를 계산할 수 있을지라도 합계금액을 개별주택가격 비율로 계산한 전체 환산취득가액으로 안분한다(심사양도2012-3, 2012.03.02.). 또한, 건물을 신축하고 그 신축한 건물의 취득일부터 5년 이내에 해당 건물을 양도하는 경우로서 환산취득가액으로 취득가액을 산정하는 경우에는 건물분 환산취득가액의 5%를 가산세로 적용한다.

겸용주택의 양도일 현재 보유기간이 3년 이상인 경우에는 다음의 소득세법 제95조 제2항에 따른 “표1” 또는 “표2(양도일 현재 1세대 1주택자로서 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 경우 적용)”의 공제율을 곱하여 장기보유특별공제액을 계산한다. 다만, 겸용주택이 미등기 양도자산에 해당하거나 조정대상지역 내 다주택자 중과세율을 적용받는 경우에는 보유기간이 3년 이상인 경우에도 장기보유특별공제를 적용받을 수 없다.

종전에는 겸용주택의 양도일 현재 1세대 1주택자인 경우로서 주택의 면적이 주택 외 면적보다 큰 경우 주택 외 부분도 소득세법 제95조 제2항의 “표2 공제율(20 ~ 80%)”을 적용할 수 있었으나, 2022년 1월 1일 이후 양도분부터는 실제 주택인 부분만 표2 공제율을 적용할 수 있으며, 주택 외 부분은 “표1 공제율(6 ~30%)”을 적용한다. 참고로, 주택에 부수되는 토지는 앞서 살펴본 바와 같이 전체 토지면적에 주택부분의 연면적이 건물의 총연면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하며, 국세청 예규에 따르면 건물에서는 양도차손이 발생하고, 토지에서는 양도차익이 발생한 경우 그 부수토지에 대한 장기보유특별공제액의 계산은 부수토지만의 양도차익에 대하여 계산할 수 있다고 답변하고 있으니 유의하기 바란다(서면4팀-560, 2005.4.12.).

주택에 부수되는 토지는 전체 토지면적에 주택부분의 연면적이 건물의 총연면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하며, 주택 건물이 정착된 면적에 지역별로 정하는 다음의 배율(3배, 5배, 10배)을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지는 비사업용토지로 판정한다.

겸용주택 중 주택 외 부분에 부수되는 토지는 전체 토지면적에 주택 외 부분의 연면적이 건물의 총연면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하며, 토지분 재산세가 종합과세되는 면적은 비사업용토지로 판정한다. 따라서 재산세 과세내역을 확인하여 주택 외 부수토지에 대한 비사업용토지 여부를 판정한다. 다만, 토지분 재산세가 종합합산과세되는 경우에도 재산세가 잘못 부과되었거나 소득세법에서 정한 예외 사유에 해당하여 사업용 토지로 판단하는 경우가 있다는 점을 주의하자. 참고로, 주택 외 부분 건축물의 바닥면적에 다음의 용도지역별 적용배율(3배, 4배, 5배, 7배)을 곱하여 산정한 범위의 토지는 재산세가 별도합산과세대상이다.

겸용주택의 주택 부분이 주택 외 부분보다 큰 경우 전부를 주택으로 간주하는 것은 1세대 1주택 비과세 적용 시에만 적용되는 규정이다. 따라서 겸용주택을 1년 이상 2년 미만 보유하고 양도하는 경우 주택부분과 상가부분을 구분하여 단기세율을 적용하는 것이며(서면부동산-4318, 2016.12.12.), 1세대 2주택 이상 중과 규정을 적용함에 있어 주택의 면적이 상가의 면적보다 크더라도 상가 부분(상가 부수토지 포함)에 대하여는 중과 규정이 적용되지 않는다(서면법규재산-8237, 2023.02.15.).

겸용주택의 주택 부분과 주택 외 부분에 대하여 각각 다른 세율이 적용되는 경우 “각 자산별 세율(기본세율, 단기양도세율, 중과세율)을 적용한 산출세액의 합계액”과 “모든 자산의 과세표준 합계액 × 기본세율”을 비교하여 둘 중 큰 값을 양도소득세 산출세액으로 한다. 다음과 같이 양도소득세 산출세액을 계산한다.