종전의 「법인세법」은 이익처분에 의하여 지급하는 주식기준보상 등은 일정한 요건을 구비한 경우 손금에 산입하도록 하였다. 그러나 기업회계에서는 이익처분에 의하여 인건비를 지급하는 것을 부당한 회계처리로 보므로 세법과 기업회계와의 차이를 해소하기 위하여 2018.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터는 주식기준보상 등을 비용으로 처리한 경우에만 손금으로 인정하도록 하였다. 이에 따라 「법인세법」은 일정한 요건을 갖춘 주식매수선택권과 우리사주매수선택권의 행사에 따른 주식결제형의 경우 주식의 시가와 행사가격의 차액을 행사시점의 손금으로 인정하며, 차액보상형의 경우에도 행사시점의 차액보상액을 손금으로 인정한다.

「상법」제340조의 2, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제16조의 3 또는 「소재·부품·장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법」제56조에 따른 주식매수선택권(이하 “주식매수선택권”이라 한다), 「근로복지기본법」제39조에 따른 우리사주매수선택권(이하 “우리사주매수선택권”이라 한다)을 부여받은 경우로서 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이를 손금으로 본다. 다만, 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위에서 부여하거나 지급한 경우로 한정한다. ① 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우의 해당 금액 ② 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 또는 우리사주매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액 (‘22년 개정시 우리사주매수선택권 추가) 종전에는 우리사주매수선택권의 행사차액은 손금산입대상이 아니었으나 2022.2.15. 이후 행사분부터 손금산입대상으로 추가하였다.

벤처기업 또는 벤처기업이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 인수한 기업의 임직원이 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 법 소정 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 “적격주식매수선택권”이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 적격주식매수선택권 행사 시 소득세를 과세하지 아니할 것을 신청한 경우에는 주식매수선택권 행사 시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 경우 그 차액(이하 “시가 이하 발행이익”이라 한다)에 대해서는 주식매수선택권 행사 시에 「소득세법」제20조 또는 제21조에 따라 소득세를 과세한다. 적격주식매수선택권 행사 시 소득세를 과세하지 않은 경우 적격주식매수선택권행사에 따라 취득한 주식(해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자본에 전입함에 따라 무상으로 취득한 주식을 포함한다)을 양도하여 발생하는 양도소득(「조세특례제한법」제16조의 2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대해서는 「소득세법」제94조 제1항 제3호 각 목에도 불구하고 주식등에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한다. 「조세특례제한법」제16조의 4【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우(주식매수선택권 행사 이후 소득세를 과세한 경우를 포함한다)에는 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용으로서 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액(다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 주식매수선택권의 경우에는 시가 이하 발행이익을 제외한 금액을 말한다)을 「법인세법」제19조, 제20조 및 제52조에도 불구하고 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다(조특법 §16의 4 ④; 조특령 §14의 4 ⑦). 종전에는 주식매수선택권의 행사가격을 부여 당시 시가보다 낮은 가액으로 하는 경우에는 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세이연 혜택을 주지 않았다. 그러나 시가 이하 발행 스톡옵션 관련 제도를 합리화하기 위하여 주식매수선택권의 행사가격을 부여 당시 시가 이하로 하는 경우 주식매수선택권의 행사이익 중 시가 이하 발행이익은 근로소득으로 과세하고, 시가초과분은 과세이연 혜택을 적용받을 수 있도록 하였다. 이와같이 시가 이하 발행이익에 대해 근로소득으로 과세하고, 시가초과분에 대하여 과세이연혜택을 받는 경우 주식매수선택권을 부여한 법인은 근로소득으로 과세되는 시가 이하 발행 이익부분을 손금에 산입할 수 있도록 하여 2022.1.1. 이후 부여분부터는 적용하도록 하였다(조특법 §16의 4; 조특령 §14의 4 ⑦).

K－IFRS에서는 임직원에게 근무조건에 따라 부여한 주식선택권은 공정가치를 측정하여 용역의 가득기간에 따라 비용으로 처리하도록 하고 있다(K－IFRS 1102호 문단 11·15). 「법인세법」은 일정한 요건을 갖춘 주식매수선택권과 우리사주매수선택권의 행사에 따른 차액 보상액과 신주발행 시 시가 미달 발행 시 매수가액과 시가와의 차액을 비용으로 처리한 경우에 손금으로 인정한다.

• ① 국세청의 예규 어떤 회사가 손금산입 요건을 갖춘 주식매수선택권을 부여한 후 주식매수선택권을 행사한 경우 세무조정을 어떻게 해야 하는지를 국세청에 질의하였다. 이에 대하여 국세청은 “내국법인이 신주발행형 주식매수선택권을 부여하여 손금산입을 하는 경우 기업회계기준에 따라 용역제공기간 동안 안분하여 계상한 주식보상비용은 손금불산입(기타) 처분하는 것이며, 해당 주식보상비용의 누적액을 잉여금의 처분으로 보아 주식을 발행하는 사업연도에 손금에 산입하는 것”이라고 회신하였다(서면－2018－법인－0854, 2018.6.21.). 앞의 사례에서 국세청의 예규에 따른 세무조정은 다음과 같다.
  
  이와 같이 세무조정하면 주식매수선택권 행사 시 손금산입액은 1,200,000원이 된다. 「법인세법」시행령 제19조 제19호의 2에서는 약정된 주식의 매수시기에 주식매수선택권을 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가와의 차액이 손금이라고 규정하고 있으므로 손금은 다음과 같이 산출해야 한다.
  (주식의 시가－실제 매수가격) × 매수주식수 = (12,000－7,000) × 400주 = 2,000,000
  K－IFRS에서는 주식결제형 주식매수선택권인 경우 행사 당시의 주식의 시가로 보상비용을 재측정하지 않으므로 누적주식보상비용은 1,200,000원이나, 매수 당시의 주가가 당초 추정액보다 상승하였으므로 세무상 손금산입액은 2,000,000원으로 누적주식보상비용과는 800,000원의 차이가 있다. 따라서 회계상 인식한 누적보상비용을 손금에 산입한다는 국세청의 예규는 주식의 실제 매수가액과 시가와의 차액이 손금이라는 「법인세법시행령」제19조 제19호의 2 규정에 위배되어 국세청 예규가 타당한지 실무상 논란이 많았다.
• ② 기획재정부의 새로운 예규 벤처기업이며 코스닥 상장법인인 A법인이 신주발행형 주식매수선택권을 부여하였으며, 연도별 회계처리 및 세무조정 내역은 다음과 같다.
  
  A법인은 기업회계기준에 따라 주식보상비용을 계상한 후 법인세 신고 시 해당 주식보상비용을 손금불산입(기타)하였으나 2017∼2018 사업연도의 법인세 신고 시 임직원의 주식매수선택권 행사와 관련한 별도의 세무조정을 하지 않았다. 그 후 A법인은 주식매수선택권 행사시점의 시가와 행사가액의 차액 전액이 손금산입 대상이라는 취지의 경정청구를 하였다. 국세청은 앞에 발표한 예규가 「법인세법시행령」과 달라서 문제가 있다는 것을 인지하였다. 국세청은 기획재정부에 “임직원에게 신주발행형 주식매수선택권을 부여한 경우로서 약정된 주식매수 시기에 임직원이 주식매수선택권을 행사함에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 회계상 상계된 주식보상비용 누적액을 손금산입하는 것인지, 아니면 행사시점의 시가와 행사가액의 차액을 손금산입하는 것인지”를 질의하였다. 기획재정부는 행사시점의 시가와 행사가액의 차액을 손금산입하는 것이 타당하다고 회신하였다(법인세제과-1204, 2020.09.04.). 2020.10.8. 국세청은 기획재정부의 새로운 예규와 상충되는 종전 예규(기준－2019－법령해석법인－0598, 2020.1.28.)를 국세법령정보시스템에서 삭제하였다. 앞의 사례에 기획재정부의 예규를 적용하면 다음과 같이 세무조정을 해야 한다.
  
  기획재정부의 예규를 적용하면 가득기간의 세무조정은 국세청 예규를 적용한 경우와 같으나, 행사시점의 손금산입액은 2,000,000원이므로 국세청 예규를 적용한 경우의 손금산입액 1,200,000원과 다르다.

주식매수선택권을 부여받은 임직원이 약정된 주식의 매수시기에 주식매수선택권을 행사하는 경우 법인은 약정된 금액으로 신주를 발행하거나 자기주식을 양도한다. 법인이 신주를 발행하는 경우의 세무조정방법에 대해서는 종전에 회계상 상계된 주식보상비용 누적액을 손금에 산입해야 하는지, 아니면 행사시점의 시가와 행사가액의 차액을 손금에 산입해야 하는지 논란이 있었으나 기획재정부가 행사시점의 시가와 행사가격의 차액을 손금에 산입한다고 해석(법인세제과-1204, 2020.9.4.)함에 따라 논란이 해소되었다. 그러나 주식매수선택권을 행사함에 따라 법인이 보유하던 자기주식을 약정된 금액에 양도하는 경우에 대한 세무조정과 관련된 예규나 판례가 없어서 자기주식 교부형 주식매수선택권에 대한 세무조정에 논란이 있었다.

법인이 임직원의 자기주식교부형 주식매수선택권 행사에 따라 시가 700, 행사가격 300, 장부가액 400인 자기주식을 임직원에게 양도하고 다음과 같이 회계처리하였다. 이 경우 자기주식처분손실은 손금이므로 법인은 다음과 같이 세무조정하였다. 「법인세법시행령」제19조 제19호의2에 따르면 자기주식의 시가 700과 행사가격 300의 차액인 400이 손금이나, 이미 결산상 계상된 자기주식처분손실 100을 손금산입하였으므로 추가로 300을 더 손금에 산입하여야 한다. 이 경우 자기주식을 시가에 양도한 것으로 보아 300을 자기주식처분이익으로 익금에 산입해야 하는지가 논란이 된다. (갑설) 자기주식을 시가에 양도한 것으로 보아 추가 손금산입액과 동일한 금액을 자기주식처분이익으로 익금에 산입 (을설) 자기주식을 행사가액에 양도한 것으로 보아 추가 익금산입 금액은 없음

【질의】 A법인은 「상법」제340조의 2에 따라 임직원에게 근로용역 제공에 대한 대가로 자기주식교부형 주식매수선택권을 부여하였으며 임직원의 주식매수선택권 행사시점의 회계처리 및 세무조정 내역은 다음과 같음(행사일의 주식 시가 700원, 행사가액 300원). 내국법인이 임직원의 자기주식교부형 주식매수선택권 행사에 따라 자기주식을 임직원에게 양도하는 경우 자기주식의 양도가액이 “시가”와 “행사가액” 중 어떤 것인지? (1안) 자기주식을 시가(700)에 양도한 것으로 봄 (2안) 자기주식을 행사가액(300)에 양도한 것으로 봄 A법인은 주식매수선택권 행사 시 법인세법상 손금산입 대상 금액이 시가와 행사가액의 차액인 400원(2안)이므로 당초 손금산입액 100원과의 차액인 300원이 추가 손금산입 대상이라는 취지의 경정청구를 하였음. 【회신】 귀 질의의 경우 제2안이 타당함.

현금결제형 주식매수선택권인 경우 가득기간 동안 계상한 주식보상비용을 손금불산입하여 유보로 처분하고, 행사 시 유보를 손금산입하여 △유보로 처분한다. 현금결제형 주식매수선택권의 회계처리와 세무조정 사례는 다음과 같다.