(부가가치세과-3, 2012.1.4.) 사업자가 「의료법」과 「관광진흥법」에 따라 외국인환자유치업자등록증과 관광사업등록증을 발급받아 외국인환자를 유치하여 국내 의료업자에게 소개(이하 “의료상품 판매”라 함)하여 주고 그 대가를 받는 경우, 의료상품 판매대금 중 알선수수료와 외국인환자가 부담하여야 하는 병원진료비를 구분 계약하고 그 대가를 받아 외국인환자를 대리하여 병원진료비를 의료기관에 대신 결제하여 주는 경우, 당해 병원진료비는 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것임.

여행사가 기업과 해외산업시찰에 대한 국외여행용역계약을 체결하였다. 동 계약서에 의하면 여행사의 알선수수료가 얼마인지 등 여행경비에 대한 항목별 경비가 구분되어 있지 않았다. 여행경비를 송금 받고 여행용역을 완료한 후 세금계산서는 여행경비를 받은 날이나 여행용역을 끝난 날이 아니라 정산을 완료한 날로 발행하였다. 관할 세무서는 공급한 날을 잘못 기재하였다고 가산세를 부과했다. 여행사는 용역제공과 내부정산 등의 절차가 완료된 날을 공급가액이 확정되는 때라고 보아 세금계산서를 발행했으므로 정당한 발행이라고 주장한다. 또한 이 여행사는 여행알선수수료만을 부가가치세 과세표준으로 신고하지 않고 항공료 등 전체여행경비를 공급가액으로 하여 이를 부가가치세 과세표준으로 신고하였다. 용역의 공급시기는 용역 공급이 완료되거나 공급가액이 확정되는 때를 공급시기로 본다. 동 여행사는 해외 여행용역에 대하여 용역의 대가를 용역을 제공하기 전에 수령하고 용역의 제공이 완료된 날이 확인되므로 그 날이 공급일로 보는 것이 타당하다고 본다. 여행사의 내부정산과정은 회사 내부의 회계업무처리과정의 하나일 뿐 여행경비를 정산한 것이 아니므로 내부 정산일을 용역의 공급일로 보기는 어렵다. 따라서 가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다. 한편 이 여행사는 수령한 여행경비 중에는 항공료, 숙박비 등 여행에 직접 소요된 경비는 부가가치세과세표준에서 제외되는 것임에도 이를 실수하여 금액 전체를 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고하였다고 주장한다. 따라서 여행사의 수입금액에 해당하는 알선수수료만을 과세대상으로 보아 부가가치세를 수정하여야 한다고 주장했다. 이에 대하여 세무서는 가산세를 부과할 때 이 문제 즉 과세표준에 대한 것은 없었으므로 이 여행사의 주장은 ‘처분의 부존재’에 해당하는 것으로서 각하되어야 한다는 주장하였다. 그러나 심판결정은 이 가산세 부과가 부가가치세신고내용에 대한 가산세를 부과 처분한 것이고, 당초의 신고내용을 기초로 한 증액경정처분에 해당되므로(대법원 97누2245, 1999.9.13., 판결, 같은 뜻임) 이는 불복청구의 대상으로 보는 것이 타당하다고 본다고 결정했다. 이에 따라 심판결정은 다음과 같다. 여행알선업자가 여행객으로부터 여행자가 부담하여야 할 비용의 종류별 금액과 여행알선수수료를 각각 구분하여 대가를 받는 경우에는 알선수수료에만 부가가치세가 과세되는 것이나, 이 여행사는 알선수수료만을 별도로 구분하여 받거나 수정세금계산서를 교부한 사실이 없으므로 신고금액을 과세표준으로 하여 부가가치세를 추징한 처분은 잘못이 없다(국심 2001서384, 2001.5.11.).