기획재정부는 2023년 3월 6일 다음과 같은 예규를 발표했다. 이와 관련한 세법을 정리하여 이해하고자 한다.

소득세 또는 법인세를 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 적용하지 아니하고, 청년등 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 청년등 상시근로자 공제를 적용하지 아니한다. 이 경우 해당 과세연도의 과세표준을 신고할 때 공제받은 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다(조특법 §29의 7②; 조특령 §26의 7 ⑤). 이 경우 최초로 공제받은 과세연도에 청년등 상시근로자에 해당한 자는 이후 과세연도에도 청년등 상시근로자로 보아 청년등 상시근로자 수를 계산한다(조특령 §26의 7 ⑥). 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 최초로 공제받은 과세연도보다 상시근로자 수 또는 청년등 상시근로자 수가 감소하는 경우는 다음과 같이 계산한다(해당 과세연도의 직전 1년 이내의 과세연도에 공제받은 세액을 한도로 한다)(조특령 §26의 7 ⑤ 1호). 상시근로자 수가 감소하고 청년등 상시근로자의 감소한 인원수가 상시근로자의 감소한 인원수 이상인 경우는 다음과 같이 계산한다[(조특령 §26의 7 ⑤ 1호 나목 1)]. 상시근로자 수가 감소하고 청년등 상시근로자의 감소한 인원수가 상시근로자의 감소한 인원수 미만인 경우는 다음과 같이 계산한다(조특령 §26의 7 ⑤ 1호 나목 2). 상시근로자 수는 감소하지 않았지만 청년등 상시근로자 수가 감소한 경우는 다음과 같이 계산한다[(조특령 §26의 7 ⑤ 1호 나목)]. 앞의 기간의 다음 날부터 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 최초로 공제받은 과세연도보다 상시근로자 수 또는 청년등 상시근로자 수가 감소하는 경우 다음에 따라 계산한다(앞에서 계산한 금액이 있는 경우 그 금액을 제외하며, 해당 과세연도의 직전 2년 이내의 과세연도에 공제받은 세액의 합계액을 한도로 한다)(조특령 §26의 7⑤ 2호). 상시근로자 수가 감소하고 청년등 상시근로자의 감소한 인원수가 상시근로자의 감소한 인원수 이상인 경우는 다음에 따라 계산한다[(조특령 §26의 7 ⑤ 2호 가목 1)]. 상시근로자 수가 감소하고 청년등 상시근로자의 감소한 인원수가 상시근로자의 감소한 인원수 미만인 경우는 최초로 공제받은 과세연도 대비 청년등 상시근로자 및 청년등 상시 근로자 외 상시근로자의 감소한 인원수(상시근로자의 감소한 인원수를 한도로 한다)에 대해 직전 2년 이내의 과세연도에 공제받은 세액의 합계액으로 한다(조특령 §26의 7 ⑤ 2호 가목 2). 시근로자 수는 감소하지 않으면서 청년등 상시근로자 수가 감소한 경우는 다음에 따라 계산한 금액으로 한다(조특령 §26의 7 ⑤ 2호 나목).

1차 연도에 청년등 상시근로자에 대한 세액공제를 받은 후 2차 연도에 1차 연도에 비하여 전체 상시근로자는 증가하였으나 청년등 상시근로자가 감소한 경우 2차 연도에 청년등 상시근로자에 대한 고용증대세액공제는 적용받을 수 없다. 그러면 2차 연도부터 잔여공제기간에 청년등 외 상시근로자에 대한 고용증대세액공제를 적용받을 수 있는지가 문제된다. 수도권 내 중소기업으로 근로자의 수는 다음과 같다. 청년등 상시근로자는 4명이 증가하였으나 전체 상시근로자는 3명이 증가하였으므로 상시근로자 증가인원수 3명을 한도로 고용증대세액공제를 적용받는다. 사업연도 3에는 청년등 상시근로자는 감소하였으나 전체 상시근로자는 증가하였다. 이에 대하여 국세청의 사전답변은 다음과 같다. 사업연도 3에 청년등 상시근로자에 대한 고용증대세액공제를 적용하지 아니하되, 청년등 외 상시근로자에 대한 고용증대세액공제는 사업연도 2에 ‘최초로 공제를 받은 세액’이 없으므로 사업연도 3에는 ‘추가로 공제를 받을 세액’이 없다고 답변하였다(사전법규법인-343, 2022.10.13.). 1차 연도에 청년등 상시근로자에 대한 고용증대세액공제를 적용받은 후 2차 연도에 전체 상시근로자는 증가하였으나 청년등 상시근로자가 감소한 경우 청년등 상시근로자에 대한 고용증대세액공제를 적용하지 않고, 청년등 외 상시근로자에 대한 고용증대세액공제도 적용하지 않는 경우 1차 연도부터 청년등 외 상시근로자에 대한 세액공제를 적용받는 경우보다 세액공제액이 감소하는 경우도 있어 납세자에게 억울한 사례가 발생한다. 그래서 기획재정부는 국세청의 사전답변을 뒤집는 새로운 예규를 발표하였다. 청년등 상시근로자 증가인원에 대해 세액공제를 적용받은 후 다음 과세연도에 청년등 상시근로자의 수는 감소(최초 과세연도에는 29세 이하였으나, 이후 과세연도에 30세 이상이 되어 청년 수가 감소하는 경우를 포함)하였으나 전체 상시근로자의 수는 유지되는 경우, 잔여 공제연도에 대해서는 청년등 외 상시근로자에 대해 공제액을 적용하여 공제가 가능하다(기획재정부, 조세특례제도과-215, 2023.3.6.). 이에 국세청은 2023.5.10. 국세법령정보시스템에서 기획재정부의 예규와 상충되는 기존의 예규를 삭제하였다. 기획재정부는 2차 연도부터는 청년등 외 상시근로자에 대해 적용받을 수 있도록 하여 납세자에게 억울한 사례가 생기지 않도록 배려한 것으로 보인다. 2차 연도에 적용받는 고용증대세액공제는 다음과 같다.