국고보조금 및 국가 등으로부터 위탁받은 사업과 관련된 법인세 실무
이번 원고에서는 법인이 받은 국고보조금과 국가 등으로부터 위탁받은 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세실무에 대하여 살펴보려고 한다. 이 원고가 세무대리인과 세무업무 담당자에게 도움이 되길 바란다.
Ⅰ. 국고보조금 세무실무
1. 국고보조금의 익금산입
(1) 영리법인
영리법인은 순자산증가설에 따라 자본 또는 출자의 납입 및 「법인세법」에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입의 금액을 익금으로 본다(법법 §15 ①). 국고보조금은 국가 등으로부터 자산을 무상으로 증여받는 것이므로 법인의 순자산을 증가시키므로 「법인세법」상 익금에 해당한다.
(2) 비영리법인
- 1) 비영리법인의 납세의무 비영리법인은 소득을 얻어도 공익을 위하여 사용하기 때문에 법인세의 납세의무가 없는 것이 원칙이다. 그러나 비영리법인이 영리법인과 유사한 사업을 하는 경우에 영리법인에만 과세하면 비영리법인과 영리법인 간에 공정경쟁을 유도할 수 없다. 이에 따라 비영리법인이 영리법인과 경쟁이 되는 사업을 하는 경우에는 그 사업에서 생긴 소득에 대하여 법인세를 부과해야 한다. 이에 따라 비영리법인의 수익사업소득에 대해서는 법인세를 과세하고 있다. 비영리법인이 업무와 직접 관계없이 타인으로부터 자산을 수증받은 경우에는 수익사업으로 열거되어 있지 않으므로 자산수증이익을 수익사업소득으로 보지 아니한다(법기통 4-3…3). 국고보조금은 자산수증이익과 성격이 같으므로 비영리법인이 받은 국고보조금도 수익사업소득이 아닌 것으로 보아야 한다. 다만, 비영리법인이 수익사업에 해당하는 재화나 용역을 판매하고 국고보조금으로 대가를 받은 경우에는 명칭만 국고보조금이고 실질은 수익사업의 매출액이므로 실질과세원칙에 따라 수익사업의 소득으로 보아야 할 것이다.
- 2) 비영리법인이 국고보조금으로 수익사업용 유형자산이나 무형자산을 취득한 경우 감가상각비의 손금산입 법문상 명시적인 규정은 없으나 유권해석에 따르면 비영리내국법인이 수령하는 국고보조금은 「법인세법」제3조 제3항 제1호에서 규정하는 “수익사업에서 생기는 소득”에 해당하지 아니하는 것이며, 해당 국고보조금을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우에는 「법인세법 시행규칙」제76조 제3항에 따라 자본의 원입으로 처리하고, 해당 자금을 원천으로 하여 취득한 유형자산 또는 무형자산에 대한 감가상각비는 「법인세법」제23조에 따라 손금에 산입하는 것으로 해석하고 있다(서면법령법인-6066, 2017.10.19., 등 다수).
2. 국고보조금의 귀속시기
(1) 법인세법상 손익귀속시기
법인세는 사업연도 단위로 과세한다. 익금이나 손금을 어느 사업연도에 귀속하든 법인 존속기간의 전체 소득금액은 같으나, 손익의 귀속시기를 잘못 적용하면 사업연도별 소득금액이 달라진다. 또한 국세부과의 제척기간의 기산점, 국세징수권 소멸시효의 기산점, 이월결손금공제와 결손금소급공제의 대상기간, 특례기부금과 일반기부금 한도초과액의 이월공제, 「조세범처벌법」상 조세포탈범의 기수시기 및 공소시효의 기산점 등을 달라진다. 따라서 익금과 손금의 귀속시기에 대한 세법 규정은 매우 중요하다. 「법인세법」상 손익의 귀속사업연도의 기본원리는 권리의무확정주의를 바탕으로 하고 있지만, 거래형태별로 규정하고 있는 손익의 귀속사업연도는 모두 권리의무확정주의와 일치하는 것은 아니므로 세법에서 규정한 법정기준(Legal Test)에 따라 손익의 귀속사업연도를 결정하여야 한다.
(2) 국고보조금의 손익귀속시기
- 1) 반환의무가 없는 국고보조금의 귀속시기 「법인세법」은 거래형태별 기준에 국고보조금의 귀속시기에 대한 별도의 규정을 두고 있지는 않으므로 국고보조금은 권리의무가 확정된 날을 익금 귀속시기로 보아야 한다. 「보조금 관리에 관한 법률」에 따른 국고보조금의 지급절차는 다음과 같다.
정부에서 국고보조금의 지급을 결정한 시점에 국고보조금은 확정되지만 법인에서는 교부통지서가 도착되기 전에는 국고보조금이 지급된다는 사실을 알 수 없으므로 국고보조금의 교부통지시점을 국고보조금의 익금 귀속시기로 보아야 한다. 과세당국도 “법인이 가격안정을 위하여 정부로부터 교부받은 국고보조금의 귀속시기는 동 국고보조금의 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도로 한다”고 해석(법기통 40-71…7)하고 있다. □ 교부통지 없이 협약서에 의하여 지급받은 국고보조금의 귀속시기 법인이 정부기관과 중소기업 기술개발 사업 협약을 맺고 과제를 수행하면서 국고보조금을 교부통지 없이 2개 사업연도에 사용될 사업비(인건비, 재료비, 연구활동비 등)를 지급시기를 달리하여 순차적으로 지급받은 경우 국고보조금의 귀속시기는 언제인가? 이에 대하여 국세청은 “정부로부터 기술개발에 소요되는 경비를 별도의 교부통지서 수령 없이 협약서에 의해 지급시기를 달리하여 순차적으로 지원받는 경우 그 출연금은 실제 지급받은 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입한다(서면2팀-299">서면2팀-299">서면2팀-299">서면2팀-299, 2006.2.6.)”고 해석하고 있다.
(서면법인-276, 2015.07.09.) 【질의】 당사는 「중소기업 기술혁신 촉진법」에 의거 정부기관과 중소기업 기술개발 사업 협약을 맺고 창업과제를 수행하면서 2013.12. ∼ 2014.11.까지 기간에 사용될 사업비(인건비, 재료비, 연구활동비 등)를 포인트(1포인트 = 1원)로 2013.12.에 정부출연금 2억원을 받았음. 이 포인트 금액은 기술개발 사업비 발생액만큼을 카드로 사용할 수 있는 조건으로 일시 사용 또는 현금사용은 불가함. 2013년 발생 사업비(인건비, 재료비 등)는 1천만원임. 2013년 정부출연금 2억원을 익금에 산입할 경우 2013년 발생 사업비 1천만원과 2014년 발생예상인 사업비 1억 9천만원을 해당 발생 사업연도에 손금산입 가능한지 문의함. 【회신】 귀 질의의 경우 기존 회신사례(서면2팀-299">서면2팀-299">서면2팀-299">서면2팀-299, 2006.2.6.)를 참고하기 바람. □ (서면2팀-299">서면2팀-299">서면2팀-299">서면2팀-299, 2006.2.6.) 【질의】 (서면2팀-1497">서면2팀-1497, 2005.9.20.) 예규 적용과 관련하여 다음과 같은 상황에서 익금산입 시기에 대하여 질의함(기본적인 상황은 예규내용과 같음. - 성공 여부에 따른 20％의 반환의무 등). (질의1) 출연금의 교부통지를 받은 날을 언제로 보아 익금산입하여야 하는지? 2005.11.31. 출연금 지급계획이 기재된 공문을 관계기관으로부터 수령함. 내용 : ○○프로젝트 정부출연금의 지급계획 협약기간 : 2005.11.31. ∼ 2007.11.31.(총3억) 1차연도분 지급예정일 : 2006.1.31.(1억) 2차연도분 지급예정일 : 2006.1.31.(2억) 〈갑설〉 출연금 교부통지일이란 출연금 수령계획 등이 기재된 공문의 수령일을 뜻하므로 총 3억원을 모두 2005년에 익금산입함. 〈을설〉 출연금 교부통지일이 2005.11.31.이더라도 출연금을 교부받기로 한 날은 각각 2006년과 2007년이 므로, 2006년에 1억을 익금산입하고, 2007년에 2억을 익금산입함. (질의2) 다음과 같은 국고보조금의 2차연도분 출연금 2억은 종전예규의 적용을 받는지, 바뀐 예규의 적용을 받는지? 2004.11.1. 출연금 지급계획이 기재된 공문을 관계기관으로부터 수령함. 내용 : ○○프로젝트 정부출연금의 지급계획 협약기간 : 2005.11.31. ∼ 2006.11.1.(총3억) 1차연도분 지급예정일 및 수령일 : 2004.12.30.(1억) 2차연도분 지급예정일 및 수령일 : 2005.12.30.(2억) 단, 2004년에 수령한 1차연도분 1억은 2004년 결산 시, 채무면제익으로 회계처리 후, 세무조정상 익금불산입(유보)처리하였음. (종전예규의 적용을 받으므로, 프로젝트 완료일인 2006년에 익금산입 예정임) 이때 2차연도분 수령액 2억의 처리방법은? 〈갑설〉 새로운 예규는 본 문서 시행일이 속하는 사업연도에 지원받는 출연금부터 적용하는 것이므로 2차연도분 수령액은 1차연도분과는 별개로 2005년 예규를 적용하여 2006년에 익금산입함. 〈을설〉 2차연도분도 2004년에 이미 지급이 통보된 금액이므로, 종전예규를 적용하여, 상환의무 확정일인 프로젝트 완료일에 익금산입함. 【회신】 귀 질의의 경우, 정부출연금의 익금 귀속시기를 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도로 본 유권해석(서면2팀-1497">서면2팀-1497, 2005.9.20.)을 적용함에 있어서 법인이 정부로부터 기술개발에 소요되는 경비를 별도의 교부통지서 수령 없이 협약서에 의해 지급시기를 달리하여 순차적으로 지원받는 경우, 당해 출연금은 실제 지급받은 날이 속하는 사업연도의 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입하는 것임. - 2) 반환의무가 있는 국고보조금의 귀속시기 종전에는 기술개발에 성공하면 상환의무가 있는 기술개발출연금의 「법인세법」상 익금 귀속시기를 출연금의 반환 여부가 확정되는 때인지, 아니면 출연금의 지급통지를 받은 때인지에 대하여 논란이 있었다. 처음에 국세청은 반환조건이 있는 경우 반환의무가 확정되는 때를 귀속시기로 보았으나(법인 46012－2377, 2000.12.15.), 2005년에 출연금의 귀속시기를 다음과 같이 ‘반환의무 여부에 불구하고 출연금 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도’로 변경하였다. □ 연구개발출연금 귀속시기에 대한 예규 변경
변경 전 예규 변경 후 예규 「중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률」제5조의 규정에 따라 중소기업청으로부터 기술개발에 필요한 자금을 지원받은 법인이 당해 기술혁신개발사업의 성공 여부에 따라 지원금의 반환 여부가 결정되는 경우 반환의무가 없는 지원금에 대하여는 그 성공 여부의 확정일이 속하는 사업연도의 소득금액계산시 익금에 산입하는 것임(법인 46012－2377, 2000.12.15.). 법인이 「기술개발촉진법」제8조의 규정에 따라 정부로부터 기술개발에 소요되는 경비를 출연금 명목으로 지원받은 경우, 동 출연금은 추후 기술개발의 성공 여부에 따른 출연금 일부의 반환의무 여부에 불구하고 출연금 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도에 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입하는 것이며, 익금에 산입한 출연금 중 기술개발의 성공으로 출연금 일부의 반환통지 또는 기술료의 납부통지를 받은 날이 속하는 사업연도에 반환할 금액을 익금에서 차감하거나 손금에 산입하는 것임(서면2팀－1497, 2005.9.20.). ※ 변경된 예규의 적용시기2005.9.20.이 속하는 사업연도에 지원받는 출연금부터 적용
3. 국고보조금 등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입
(1) 입법취지
내국법인이 자산취득 목적으로 국고보조금을 받는 경우에도 국고보조금은 교부통지를 받은 사업연도의 익금으로 본다. 그러나 자산취득에 사용할 국고보조금을 교부통지를 받은 사업연도에 전액 익금에 산입해서 과세하면 자산취득에 사용할 자금이 세금으로 유출되어 자산 취득에 어려움이 생긴다. 이에 따라 일정한 법률에 따라 받은 국고보조금으로 사업용자산을 취득한 경우에는 자산의 취득가액을 일시상각충당금(비상각자산은 압축기장충당금)을 설정하여 손금에 산입할 수 있도록 하고 있다. 손금에 산입한 일시상각충당금은 감가상각비와 상계하고 자산처분 시 익금에 산입하므로 감가상각이나 양도 시 법인세가 과세된다. 일시상각충당금을 손금에 산입하면 법인세가 감소하나 그 후 감가상각비를 일시상각충당금과 상계하므로 법인세가 증가한다. 따라서 일시상각충당금 제도는 국고보조금에 대한 과세를 감가상각이나 처분 시까지 이연하는 제도일 뿐 법인세 감면제도는 아니다.
(2) 국고보조금 등에 대한 일시상각충당금 등의 손금산입
- 1) 손금산입대상 내국법인이 다음의 법률에 따라 보조금 등(이하 “국고보조금 등”이라 한다)을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업용자산(사업용 유형자산 및 무형자산과 석유류를 말함)을 취득하거나 개량하는 데에 사용한 경우 또는 사업용자산을 취득하거나 개량하고 이에 대한 국고보조금 등을 사후에 지급받은 경우에는 해당 사업용자산의 가액 중 그 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용된 국고보조금 등 상당액을 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다(법법 §36 ①, 법령 §64 ①). 이 경우 내국법인이 사업용자산을 취득하거나 개량한 후 이에 대한 국고보조금 등을 지급받았을 때에는 지급일이 속한 사업연도 이전 사업연도에 이미 손금에 산입한 감가상각비에 상당하는 금액은 손금에 산입하는 금액에서 제외한다(법령 §64 ② 후단).
① 「보조금관리에 관한 법률」 ② 「지방재정법」 → 「법인세법 시행령」에는 「지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률」로 되어 있음. ③ 「농어촌 전기공급사업 촉진법」 ④ 「전기사업법」 ⑤ 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 ⑥ 「한국철도공사법」 ⑦ 「농어촌정비법」 ⑧ 「도시 및 주거환경정비법」 ⑨ 「산업재해보상보험법」 ⑩ 「환경정책기본법」위의 법률에 따른 보조금이 아닌 경우에는 보조금을 받아 사업용자산을 취득한 경우에도 일시상각충당금 또는 압축기장충당금을 손금에 산입할 수 없다(법인－3305, 2008.11.7.). 법인이 받은 보조금이 「보조금관리에 관한 법률」 또는 「지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률」의 적용대상 보조금인지 파악하기 어려운 경우에는 보조금을 지급한 주무부처에 문의하면 그 내용을 알 수 있다.
- 2) 손금산입방법 내국법인이 국고보조금 등을 지급받아 사업용자산의 취득에 사용한 경우 일시상각충당금(또는 압축기장충당금)을 손금에 산입하는 방법은 개별 사업용자산별로 사업용자산의 가액 중 그 취득 또는 개량에 사용된 국고보조금 등에 상당하는 금액을 다음의 구분에 따라 결산서에 일시상각충당금 또는 압축기장충당금을 손금으로 계상한다.
① 감가상각자산 : 일시상각충당금 ② 감가상각자산이 아닌 자산 : 압축기장충당금그러나 일시상각충당금과 압축기장충당금을 결산서에 계상하면 K－IFRS나 일반기업회계기준에 위배되므로 이를 결산상 회계처리하지 아니하고 신고조정에 의하여 손금산입할 수 있도록 하고 있다(법령 §64 ③).예제 국고보조금으로 취득한 자산 취득가액의 손금산입 ㈜한공은 20×1년 2월 1일 「보조금관리에 관한 법률」에 따라 국고보조금 1억원을 지급받아 기숙사 건물을 2억원에 취득한 경우 일시상각충당금으로 손금에 산입할 금액은 얼마인가? [해답] Min[국고보조금, 자산의 취득가액] =Min[1억원, 2억원] = 1억원□ 사업용자산 취득 후 국고보조금을 수령하는 경우 사업용자산을 취득하거나 개량한 후 해당 사업용자산에 관련된 국고보조금 등을 지급받았을 때에는 지급일이 속한 사업연도 이전 사업연도에 이미 손금에 산입한 감가상각비에 상당하는 금액은 손금에 산입하는 금액에서 제외한다(법령 §64 ②).예제 국고보조금으로 취득한 자산 취득가액의 손금산입 ㈜한공은 20×1년 1월 5일 기숙사를 2억원에 취득하여 사업에 사용하였다. ㈜한공은 기숙사에 대하여 내용연수 10년(상각률 0.1), 정액법으로 매년 20,000,000원씩 감가상각한다. ㈜한공이 20×2년 4월 5일에 기숙사에 취득과 관련하여 1억원의 국고보조금을 받은 경우 20×2년에 일시상각충당금으로 손금에 산입할 금액은 얼마인가? [해답] ① 국고보조금으로 취득한 자산의 취득가액 Min[국고보조금, 자산의 취득가액] =Min[1억원, 2억원] = 1억원 ② 국고보조금으로 취득한 자산의 취득가액에 대하여 이미 손금에 산입한 감가상각비 1억원 × 0.1 = 10,000,000 ③ 일시상각충당금 설정액 : ① － ② = 90,000,000
- 3) 일시상각충당금(또는 압축기장충당금)의 손금귀속연도 국고보조금 등으로 취득한 자산의 취득가액에 대한 일시상각충당금 또는 압축기장충당금을 설정하는 경우 손금산입시기는 해당 국고보조금 등을 지급받은 날이 속하는 사업연도이다(법법 §36). 법인이 지급받은 국고보조금을 기업회계기준에 따라 사업용자산의 취득자산에서 차감하는 형식으로 기장한 경우에도 세무상 국고보조금을 익금산입(유보)한 후, 일시상각충당금(또는 압축기장충당금)을 손금산입(△유보)할 수 있다.
- 4) 사업용자산의 취득시한 내국법인이 국고보조금 등을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업용자산을 취득하거나 개량하지 아니한 경우에도 그 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 1년 이내에 사업용자산을 취득하거나 개량하려는 경우에는 취득 또는 개량에 사용하려는 국고보조금 등의 금액을 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 법인세 과세표준 신고 시 국고보조금 등 사용계획서(법인세 시행규칙 별지 제36호 서식)를 제출하여야 한다(법령 §64 ⑧). 허가 또는 인가의 지연 등 다음의 사유로 국고보조금 등을 기한 내에 사용하지 못한 경우에는 해당 각호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 사유가 끝나는 날이 속하는 사업연도의 종료일을 그 기한으로 본다(법법 §36 ②, 법령 §64 ⑦).
(제1호) 공사의 허가 또는 인가 등이 지연되는 경우 (제2호) 공사를 시행할 장소의 미확정 등으로 공사기간이 연장되는 경우 (제3호) 용지의 보상 등에 관한 소송이 진행되는 경우 (제4호) 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 발생한 경우예제 국고보조금의 사용기간 연장 A법인은 ○○시와의 업무협약 및 보조금 신청서상 사업시행 예정기간(건축공사기간)은 착수예정일 3년이어서 국고보조금을 지급받은 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 1년 이내에 사용할 수 없다. 이 경우 국고보조금에 대한 사용기간을 연장할 수 있는가? [해답] 국고보조금이 당초부터 ○○시와 협의한 사업계획서상의 건축공사기간이 3년으로 정하여짐에 따라 현실적으로 해당 국고보조금을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일로부터 1년 이내에 사용할 수 없는 때에는 「법인세법 시행령」제64조 제7항 제4호의 사유가 발생한 것으로 보아 같은 법 제36조 제2항 후단을 적용할 수 있는 것임(서면법인-1842, 2020.09.29., 참조).
- 5) 국고보조금 등을 자산취득시한까지 사업용자산의 취득에 사용하지 못한 경우의 처리 일시상각충당금 또는 압축기장충당금을 손금에 산입한 내국법인이 손금에 산입한 금액을 기한 내에 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용하지 아니하거나 사용하기 전에 폐업 또는 해산하는 경우 그 사용하지 아니한 금액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 합병하거나 분할하는 경우로서 합병법인 등이 그 금액을 승계한 경우는 제외하며, 이 경우 그 금액은 합병법인 등이 「법인세법」제369조 제2항에 따라 손금에 산입한 것으로 본다(법법 §36 ③).
- 6) 법인세 신고 시 제출서류 국고보조금 등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입 규정을 적용하려는 내국법인은 법인세 과세표준 신고와 함께 국고보조금 등과 국고보조금 등으로 취득한 사업용자산의 명세서(사업용자산을 취득하지 못한 경우에는 국고보조금 등의 사용계획서)를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다(법법 §36 ⑤, 법령 §64 ⑧).
(3) 국고보조금 등에 대한 일시상각충당금 등의 익금산입
일시상각충당금을 손금에 산입한 유형자산과 무형자산에 대하여 감가상각을 한 경우 취득가액 중 일시상각충당금에 상당하는 감가상각비를 익금산입하고, 해당 자산을 처분하는 경우에는 일시상각충당금 잔액을 그 처분한 날이 속하는 사업연도에 전액 익금에 산입한다. 내국법인이 국고보조금에 대하여 일시상각충당금을 설정한 후 그 자산에 대한 감가상각비를 계상한 경우 ‘감가상각비 시부인 계산’과 ‘일시상각충당금과 감가상각비 상계’에 대한 세무조정을 해야 한다. 이 경우 세무조정순서에 대하여 다음과 같은 논란이 있을 수 있다.
「법인세법」에는 ‘감가상각비 시부인 계산’과 ‘감가상각비와 일시상각충당금의 상계에 대한 세무조정’의 순서에 대한 규정이 없다. 국세청은 갑설에 따라 ‘감가상각비 시부인 계산’을 먼저 한 후, ‘손금으로 인정되는 감가상각비와 일시상각충당금 상계에 대한 세무조정’을 한다고 해석하고 있다(서이 46012－10646, 2002.3.27.; 법인 46012－173, 2002.3.27.).
| 갑설 | ‘감가상각비 시부인 계산’을 먼저 한 후 ‘손금에 산입한 감가상각비와 일시상각충당금을 상계에 대한 세무조정’을 하는 방법 |
|---|---|
| 을설 | ‘감가상각비와 일시상각충당금의 상계에 대한 세무조정’을 먼저 한 후 ‘감가상각비 시부인 계산’을 하는 방법 |
| 익금에 산입할 일시상각충당금 = | 감가상각비손금범위액 × | 국고보조금 |
| 국고보조금 등으로 취득한 사업용자산의 취득가액 |
예제 A법인(1.1. ∼ 12.31.)은 20×1.1.2.에 「보조금관리에 관란 법률」에 따라 국고보조금 6억원을 받아 20×1.1.20.에 기계장치를 10억원에 취득하였다. 기계장치의 내용연수는 10년이며 감가상각방법은 정액법이다. A법인은 20×1 사업연도(1.1. ~ 12.31.) 세무조정 시 국고보조금으로 취득한 기계장치에 대하여 일시상각충당금 6억원을 손금에 산입하였으며, 기계장치에 대하여 3억원의 감가상각비를 계상한 경우 감가상각비와 일시상각충당금에 대한 세무조정을 하시오. [해답]
4. 국고보조금 등의 이월결손금 보전 충당
Ⅱ. 국가 등으로부터 위탁받아 운영하는 사업에서 발생하는 손익의 과세
| 구 분 | 내 용 |
|---|---|
| 위탁사업의 손익이 국가 등에 귀속되는 경우 | 내국법인이 국가 등으로부터 위탁받아 사업을 수행함에 있어 위험을 위탁자인 국가의 부담으로 수행하여 이익을 국가에 귀속시키고 위탁보수만 수취하는 경우에는 위탁사업의 손익은 국가 등에 귀속되므로 위탁보수만 법인세법상 내국법인의 익금으로 봄(사전법령법인-349">법인-349, 2020.9.10.). |
| 위탁사업을 자기 책임과 계산으로 수행하는 경우 | 내국법인이 국가 등으로부터 위탁받아 사업을 수행함에 있어 위험을 실질적으로 내국법인이 부담하는 등 자기의 책임과 계산으로 수행하는 경우에는 위탁사업에서 발생하는 수익과 비용을 내국법인의 익금과 손금으로 함(사전법령법인-349">법인-349, 2020.9.10.). |
【관련사례】 (1) 노인전문병원 의료사업(기획재정부, 법인세제과-188, 2009.3.5.) 【질의】 병원을 운영하는 A 의료재단은 ○○군으로부터 노인전문병원의 시설물관리·사용권리와 병원운영을 수탁받음. 의료재단은 노인전문병원을 독립채산제로 운영하되 운영비가 부족할 경우에는 경비를 부담하여야 하고, 진료비등 수입은 병원운영, 시설물 유지관리 등에 재투자하여야 함. 노인전문병원은 ○○도지사로부터 “노인전문병원설치허가증”을 교부받았으나 등기되지 아니하였으며, 관할세무서장으로부터 재단 이사장 개인명의로 고유번호를 부여받음. 「노인복지법」에 따라 설립된 “○○군립 노인전문병원”의 의료사업이 수익사업에 해당되는지 여부 【회신】 「노인복지법」제35조 제2항 단서 및 같은 법 시행규칙 제21조에 따라 설립된 “○○군립 노인전문병원”의 의료사업은 「법인세법 시행령」제2조 제1항의 수익사업에 해당하는 것임. (2) 노인일자리운영사업(사전법령법인-1214, 2021.10.26.) 【질의】 A시니어클럽(「국세기본법」에 따라 법인으로 승인받은 비영리법인)은 노인일자리전담기관의 운영을 위탁받고 2020년 12월 지방자치단체와 시장형 노인일자리사업(구립 도서관 구내식당 운영, 노인택배 배달사업, 커피숍, 이미용실 운영, 자동차 부품 조립 사업장 운영 등) 위탁계약을 체결하면서 각 사업별로 구분하여 지자체로부터 보조받은 보조금의 일부와 해당 위탁사업에서 발생한 수익을 합하여 각 사업에 참여한 어르신들에게 임금을 지급하고 있으며 각 사업에 참여한 어르신들의 근로계약서, 임금입금계좌내역, 임금관리대장, 참여자 출근부 등을 작성하는 한편 분기별 보조금의 정산 및 월별 사업추진 실적을 지방자치단체에 보고하기로 약정하였음. 위탁사업 결산 후의 잔여 사업비는 차기로 이월되며 위탁계약이 해약되는 경우 정산된 사업비 잔액은 지자체에 반납하기로 한 경우 위탁받은 노인일자리사업에서 발생한 소득에 법인세가 과세되는지 여부 【회신】 비영리내국법인이 「노인복지법」제23조의 2 제2항에 따라 국가 또는 지방자치단체(이하 “지방자치단체 등”)로부터 노인일자리전담기 관의 운영 전부 또는 일부를 위탁받아 노인일자리사업을 수행하면서 그 사업에서 발생하는 손익이 실질적으로 해당 지방자치단체 등에 귀속되는 경우, 해당 사업에서 발생한 소득은 「법인세법」제3조 제2항에 따라 법인세 과세대상에 해당하지 않는 것임.
□ 감염병 예방 조치에 따른 소상공인 손실보상금 익금불산입 특례 신설(조특법 §99의 13) 현행법은 코로나19 방역조치 등으로 인하여 피해를 본 법인 또는 개인사업자에게 지급된 방역지원금 및 손실보상금 등에 대하여 해당 법인 또는 개인사업자의 익금(개인사업자는 총수입금액)에 산입되는 수익으로 보아 법인세 또는 소득세를 과세할 수 있는 것으로 해석될 우려가 있어 현행 조문이 명확하지 않다는 지적이 제기되고 있다. 그러나 정부의 방역조치에 따른 피해를 지원하기 위한 방역지원금 및 손실보상금 등의 정책 목적을 고려할 때 방역지원금 및 손실보상금 등은 법인 또는 개인사업자의 익금에 산입하지 아니하도록 할 필요가 있다. 이에 내국법인과 거주자가 국가나 지방자치단체로부터 받은 방역지원금 및 손실보상금 등을 익금(거주자는 총수입금액)에 산입하지 아니하도록 법률상으로 명확히 규정하는 규정을 신설하였다(안 §99의 13 신설).
| 종 전 | 개정(2023.11.30. 기획재정위원회 통과) |
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| (신 설) | □ 손실보상금에 대한 과세특례 ㅇ (대상) 내국법인과 거주자가 「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」에 따라 감염병 예방을 위한 집합 제한 및 금지 조치*로 인해 지급받은 손실보상금 * 운영시간의 전부 또는 일부를 제한하는 조치, 이용자의 밀집도를 낮추기 위한 조치로서 손실보상 심의위원회가 심의ㆍ의결한 조치 ㅇ (특례) 손실보상금 익금불산입 |