재화 또는 용역의 공급시기가 지난 후에 세금계산서를 발급받은 경우 해당 매입세액은 원칙적으로 불공제 대상이었다. 그러다가 1999.12.31. 시행령 개정에 따라 공급시기가 지난 후라도 동일 과세기간 내에 세금계산서를 발급받은 경우에는 매입세액공제를 허용함으로써 납세자 편의를 도모하게 되었다. 이는 2000.1.1. 이후 최초로 공급받는 분부터 적용되었다. 2016.1.1. 이후 개시하는 과세기간에 공급받는 분부터는 그 대상이 더 확대되어, 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 세금계산서를 발급받은 경우에도 공제가 가능하게 되었다.

이 항목은 2019.2.12. 이후 공급받는 분부터 적용되는데, 그 당시에는 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한의 다음 날부터 6개월 이내에 발급받은 경우에만 공제가 가능하였다. 2022.2.15. 이후 공급받는 분부터는 확정신고기한의 다음 날부터 1년 이내에 발급받은 경우까지로 그 범위가 확대되었다. 그리고 이 항목은 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한이 지난 후에 세금계산서를 발급받았기에 확정신고 시에는 공제를 받을 수 없는 경우이므로, 수정신고 또는 경정청구와 함께 세금계산서를 제출하여 공제받거나, 결정 또는 경정 사유가 있어 납세자 관할 세무서장등이 결정ㆍ결정하는 경우에 공제를 받게 된다.

세금계산서를 공급시기 후에 발급받은 경우는 물론이고 공급시기 전에 발급받은 경우에도 사실과 다른 세금계산서에 해당되어 관련 매입세액은 원칙적으로 불공제 대상이다. 이 항목은 2019.2.12. 시행령 개정 시 신설되었는데, 재화 또는 용역의 공급시기 전에 미리 세금계산서를 발급받더라도 일정 기간 내 공급시기가 도래하는 경우에는 매입세액공제가 가능하게 되었다. 2019.2.12. 신설 당시(2019.2.12. 이후 공급분)에는 세금계산서 발급일로부터 30일 이내에 공급시기가 도래하는 경우에만 공제가능하였으나, 2022.2.15. 이후 공급분부터는 세금계산서 발급일로부터 6개월 이내에 공급시기가 도래하는 경우까지 공제를 받을 수 있게 되었다. 이 항목은 위 ‘(2)’와 달리 납세자의 수정신고 또는 경정청구를 통해 적용받을 수는 없고, “해당 거래사실이 확인되어 법 제57조에 따라 납세지 관할 세무서장등이 결정 또는 경정하는 경우”에만 적용된다. 이 항목과 관련해서는 다음과 같은 사항을 함께 고려할 필요가 있다. 첫째, 세금계산서 발급일을 공급시기로 인정하는 선발행 세금계산서(법 제17조)와의 차이를 명확히 구분할 필요가 있다. 이에 대해서는 다음 ‘(4)-2)’에서 살펴보겠다. 둘째, 세금계산서 발급일과 공급시기 사이의 간격이 길어질수록 발급일과 공급시기가 동일 과세기간에 있지 않을 가능성이 높다. 이러한 경우 발급일이 속하는 과세기간과 공급시기가 속하는 과세기간 중 어느 과세기간의 공제대상으로 하는지[다음 ‘(4)-1)’에서 살펴볼 가산세 부과대상 과세기간이 어느 과세기간인지] 여부가 불분명하다. 이와 관련된 유권해석도 찾아보기 어렵다. 아래와 같은 상황을 가정해 보면, 필자의 사견으로는 case2와 같이 처리하는 것이 “매입세액공제 요건 완화를 통한 납세자 권익 보호”라는 개정취지에 부합한다고 생각된다. 그렇지만 매입세액공제는 원칙적으로 공급시기가 속하는 과세기간에 이루어져야 한다는 입장에서는 충분히 case1과 같이 주장할 수 있다. 향후 유권해석 등을 통해 case1과 같이 처리하는 것이 타당하다고 확정된다면, 관할 세무서장등의 경정을 기다리는 것보다는 납세자 스스로 발급일이 속하는 과세기간 내에 수정세금계산서를 발급받아 처리하는것이 오히려 총세부담을 축소하는 방법이 될 것이다.

위 ‘(1) ~ (3)’ 3개의 항목에 대해서는 매입세액공제를 허용하는 대신 가산세가 부과된다. 또한, 위 ‘(3)’의 선발급 세금계산서는 세금계산서 발급일을 공급시기로 보는 선발행 세금계산서(법 제17조)와는 차이가 있다. 앞에서 살펴본 바와 같이 재화 또는 용역의 공급시기 전 또는 후에 발급/수취한 세금계산서에 의한 매입세액도 일정 요건을 갖춘 경우에는 매입세액공제가 가능하게 되었다. 그러나 세금계산서 수수질서 확립 차원에서 공급시기에 맞게 세금계산서를 발급/수취하는 경우와 동일하게 취급할 수는 없으므로, 이에 대해서는 가산세가 부과된다. 당초에는 법인 2%, 개인 1%의 가산세가 부과되었으나, 이후 2004.1.1. 이후의 과세기간부터는 법인, 개인 구분 없이 1%로 일원화되었고, 2017.1.1. 이후의 과세기간부터는 현행과 같이 0.5%의 가산세가 적용되고 있다. 공급시기 전에 미리 발급된 세금계산서의 경우, 발급일을 공급시기로 인정하는 경우도 있고(즉, 매입세액공제 허용 + 가산세 미부과), 위 ‘(3)’과 같이 매입세액공제는 허용하되 가산세를 부과하는 경우도 있다. 발급일을 공급시기로 인정하는 선발행 세금계산서는 법 제17조에 규정되어 있으며, 현재까지 여러 차례 개정이 있었다. 1976.12.22. 법률 제정 당시에는 공급시기 도래 전에 세금계산서를 발급하는 경우에는 발급한 때를 공급시기로 간주하였다. 그런데 이로 인해 공급시기 전에 세금계산서를 발급하여 공급자가 세금은 납부하지 않고 공급받는 자가 부당환급만 받는 사례가 많았다. 이에 따라, 2004.1.1. 이후 발급하는 분부터는 공급시기 이전에 대가(대가의 일부로 받는 계약금, 선수금 포함)를 미리 받는 경우에는, 대가를 받은 때에 받은 금액에 대해서만 세금계산서를 발급할 수 있도록 하였다. 이후 2007.2.28.이 속하는 과세기간에 공급하는 분부터는 상관행상 세금계산서가 대금청구서로 갈음되고 세금계산서 발급 후 일정기간 후에 대금결제가 이루어지는 점을 감안하여 다음과 같은 요건을 갖춘 경우에는 적법한 세금계산서로 인정하게 되었다. ① 대가를 받고 그와 동시에 받은 대가에 대해 세금계산서를 발급하는 경우 ② 세금계산서를 발급받은 날로부터 7일 이내에 대가를 지급하는 경우 ③ 세금계산서를 발급받은 날로부터 8 ~ 30일 이내에 대가를 지급하는 경우로서, 다음 요건을 모두 충족하는 경우 - 계약서ㆍ약정서 등에 대금청구시기와 지급시기가 별도로 기재될 것 - 대금청구시기에 세금계산서를 발급받고 공급받는 자가 이를 ERP에 보관할 것(이 요건은 2013.2.15. 시행령 개정 시 삭제됨) 그러다가, 2018.1.1. 이후 공급분부터는 허용 범위를 확대하여 다음과 같은 요건을 갖춘 경우 적법한 세금계산서로 인정하게 되었다. ① 대가를 받은 후 받은 대가에 대해 세금계산서를 발급하는 경우 * 유권해석을 법령화한 것임[대가를 받은 날과 세금계산서 발급일이 동일 과세기간이 아니더라도 허용(재경부부가-634, 2007.9.3.)] ② 세금계산서를 발급받은 날로부터 7일 이내에 대가를 지급하는 경우 ③ 세금계산서를 발급받은 날로부터 8 ~ 30일 이내에 대가를 지급하는 경우로서, 계약서ㆍ약정서 등에 대금청구시기(세금계산서 발급일)와 지급시기를 따로 적은 경우 ④ 세금계산서 발급 후 동일 과세기간(단, 조기환급을 받는 경우에는 30일 이내)에 대가를 지급받은 것이 확인되는 경우 2019.1.1. 이후 공급분부터는 위 ‘④’의 요건이 다음과 같이 적용되었다. ④ 세금계산서 발급 후 동일 과세기간(단, 조기환급을 받는 경우에는 30일 이내)에 공급시기가 도래하고 대가를 지급받은 것이 확인되는 경우 2022.1.1. 이후 공급분부터는 위 ‘④’의 요건이 다음과 같이 완화되었다. ④ 세금계산서 발급 후 동일 과세기간(단, 조기환급을 받는 경우에는 30일 이내)에 공급시기가 도래하는 경우 따라서 2022.1.1. 이후 공급시기 도래 전에 발급된 세금계산서에 대한 취급은 다음과 같은 순서로 검토되어야 할 것이다.

이 항목은 거래당사자가 선택한 거래의 형식(위탁매매 또는 일반매매)이 거래의 실질과 부합하지 않는 경우이다. 이 경우 매입세액공제를 받기 위해서는 다음 두 가지 요건이 모두 충족되어야 한다. ① 거래당사자 간 계약내용에 따라 세금계산서를 발급/수취할 것 ② 거래사실이 확인되고 각 거래당사자가 해당 납부세액을 신고ㆍ납부하였을 것 여기에서, “거래당사자 간 계약내용에 따라 세금계산서 발급/수취”의 의미는, 실질이 위탁매매에 해당되는 거래를 거래당사자 간에는 일반매매 방식으로 하기로 약정하였다면 일반매매 방식에 맞게 세금계산서를 발급/수취하여야 한다는 것이다. 따라서 일반매매 방식으로 거래하기로 약정하고도 세금계산서는 위탁매매 방식으로 발급/수취하는 등 고의로 세금계산서를 잘못 발급/수취한 경우에는 위장거래로 보아 공급자와 공급받는 자 모두에게 2%의 가산세가 부과되는 점에 주의할 필요가 있다. 이 항목은 2019.2.12. 시행령 개정에 따라 신설된 것으로 원칙적으로는 그 시행일(2019.2.12.) 이후 공급분부터 적용된다. 그렇지만, 그 이전에도 개별적인 유권해석이나 불복청구를 통해 매입세액공제가 가능한 것으로 인정된 사례가 다수 존재한다. 즉, 개정 규정의 취지는 부가가치세의 탈루나 거래단계의 왜곡이 없음에도 불구하고 위탁매매로 볼 수 있는 측면이 있다는 사정만으로 거액의 세금이 부과되어 어려움을 겪은 사례가 빈번하였기에 이러한 문제점을 해소하여 납세자의 권익을 보호하기 위한 것으로 이해될 수 있다.

이 항목은 거래의 실질이 용역의 주선ㆍ중개에 해당되는 거래를 용역의 직접공급으로 착오하거나 직접공급에 해당되는 거래를 주선ㆍ중개로 착오한 경우인데, 이 경우에도 다음 두 가지 요건이 모두 충족되어야 한다. ① 거래당사자 간 계약내용에 따라 세금계산서를 발급/수취할 것 ② 거래사실이 확인되고 각 거래당사자가 해당 납부세액을 신고ㆍ납부하였을 것 이 항목은 2022.2.15. 개정된 시행령에 포함된 것으로 그 시행일(2022.2.15.) 이후 공급분부터 적용된다

이 항목은 다른 사업자로부터 사업(용역을 공급하는 사업에 한정됨)을 위탁받아 수행하는 사업자(즉, 수탁자)가 위탁자의 사업비를 수탁자의 사업비로 착오하거나 수탁자의 사업비를 위탁자의 사업비로 착오한 경우이다. 이 경우에도 다음 두 가지 요건이 모두 충족되어야 한다. ① 거래당사자 간 계약내용에 따라 세금계산서를 발급/수취할 것 - (수탁자가 단순 대리집행한) 위탁자의 사업비를 (수탁자의 매입)공급가액에 포함하여 세금계산서를 발급받은 경우 - (수탁자가 단순 대리집행한 것이 아닌) 수탁자의 사업비를 (수탁자의 매입)공급가액에서 제외하여 세금계산서를 발급받은 경우 ② 거래사실이 확인되고 각 거래당사자가 해당 납부세액을 신고ㆍ납부하였을 것 이 항목도 2022.2.15. 시행령 개정 시 신설된 것으로 그 시행일(2022.2.15.) 이후 공급분부터 적용된다. 이 항목과 관련해서는 다음과 같은 사항을 고려할 필요가 있다. 마목의 경우, 위탁자 부담 사업비가 수탁자가 발급받은 세금계산서의 공급가액에 포함되어 있는 경우 수탁자가 매입세액공제를 받을 수 있다는 의미로 이해된다. 이를 뒤집어 생각하면, 바목은 수탁자 부담 사업비가 수탁자가 발급받은 세금계산서의 공급가액에 포함되어 있지 않은 경우로 볼 수 있겠다. 만약 바목의 의미가 위와 같다면, 수탁자는 수탁자 부담 사업비가 제외되어 있어 과소하게 적힌 금액으로 발급받은 세금계산서상의 매입세액을 공제받는 것이므로, 바목이 없더라도 아무런 문제가 없다. 반면, 바목의 의도가 수탁자 부담 사업비에 대해 착오로 수탁자가 아닌 위탁자 명의로 세금계산서를 발급받더라도 공제가 가능하다는 데 있다면, 그 의미가 명확히 전달되도록 입법적 보완이 필요하다고 생각된다. 참고로, 이 항목의 법문은 다음과 같이 되어 있어 그 의미를 이해하기가 쉽지 않다. - 마목 : “다른 사업자로부터 사업을 위탁받아 수행하는 사업자가 위탁받은 사업의 수행에 필요한 비용을 사업을 위탁한 사업자로부터 지급받아 지출한 경우로서 해당 비용을 공급가액에 포함해야 함에도 불구하고 거래 당사자간 계약에 따라 이를 공급가액에서 제외하여 세금계산서를 발급받은 경우” - 바목 : “다른 사업자로부터 사업을 위탁받아 수행하는 사업자가 위탁받은 사업의 수행에 필요한 비용을 사업을 위탁한 사업자로부터 지급받아 지출한 경우로서 해당 비용을 공급가액에서 제외해야 함에도 불구하고 거래 당사자간 계약에 따라 이를 공급가액에 포함하여 세금계산서를 발급받은 경우” 이에 대해서는 입법예고문(기획재정부 공고 제2022-5호)에 첨부된 문안을 보면 이해에 도움이 될 것이다.

이 항목은 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는 매출에누리와 포함되는 판매장려금을 착오한 경우이다. 이 경우에도 마찬가지로 다음 두 가지 요건이 모두 충족되어야 한다. ① 거래당사자간 계약내용에 따라 세금계산서를 발급/수취할 것 - 매출에누리를 판매장려금으로 착오하여 공급가액에서 차감하지 않고 세금계산서를 발급받을 것 ② 거래사실이 확인되고 각 거래당사자가 해당 납부세액을 신고ㆍ납부하였을 것 참고로, 판매장려금을 매출에누리로 착오한 경우에는 공급자에게 세금계산서 과소발급에 따른 문제가 발생할 뿐, 공급받는 자에게는 발급받은 세금계산서에 적힌 세액(과소하게 적힌 금액)에 대해서는 사실과 다른 세금계산서의 문제가 발생하지 아니한다. 이 항목은 2023.2.28. 개정 시행령에 포함된 것으로 그 시행일(2023.2.28.) 이후 공급분부터 적용된다.

공급자 또는 공급받는 자가 여러 개의 사업장을 가진 사업자인 경우로서, 실제로 재화나 용역을 공급하거나 공급받은 사업장이 아닌 다른 사업장을 적은 세금계산서를 발급받은 경우에도 다음 두 가지 요건이 충족되면 매입세액공제가 가능하다. ① 세금계산서에 적힌 사업장이 주사업장총괄납부자 또는 사업자단위과세사업자에 해당하는 사업장일 것 ② 실제로 그 재화나 용역을 공급한 사업자가 해당 과세기간에 대한 납부세액을 신고ㆍ납부하였을 것 이 항목은 2013.2.15. 시행령 개정 시 신설된 것으로, 그 시행일(2013.2.15.) 이후 공급분부터 적용된다.

이 항목은 위탁자(또는 수탁자)를 공급받는 자로 하여 발급된 세금계산서상의 세액을 수탁자(또는 위탁자)가 공제받으려는 경우이다. 이 경우에는 다음 두 가지 요건이 모두 충족되어야 한다. ① 「신탁법」제3조에 따라 설정된 신탁의 수탁자와 위탁자일 것 ② 거래사실이 확인되고 재화 또는 용역의 공급자가 해당 납부세액을 신고납부 하였을 것 이 항목은 2020년 말 신탁세제 개편에 따라 신설된 것으로, 2022.1.1. 이후 공급분부터 적용된다. 개편된 신탁세제에 따라, 2022년 이후 신탁설정분부터는 원칙적으로 수탁자가 부가가치세 납세의무자가 되는데, 예외적으로, 위탁자 명의로 재화 또는 용역을 공급하거나, 위탁자가 신탁재산에 대한 실질적 지배ㆍ통제권을 보유하고 있는 경우에는 위탁자가 부가가가치세를 납부할 의무가 있다. 즉, 실질적 지배ㆍ통제권 보유 여부 등에 따라 납세의무자가 달라질 수 있는 점 등을 고려하여, 위탁자(또는 수탁자) 명의로 발급받은 세금계산서상의 세액을 수탁자(또는 위탁자)가 공제받을 수 있도록 요건을 완화함으로써 납세편의를 도모하려는 취지로 볼 수 있다.

발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔더라도 나머지 필요적 기재사항이나 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 매입세액 공제 가능하다. 이 항목은 1978.12.30. 시행령 개정 시 신설된 것으로, 1979.1.1. 이후 최초로 확정신고하는 분부터 적용된다.

사업자등록을 신청한 사업자가 사업자등록증 발급일까지 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우의 매입세액도 공제 가능하다. 이 항목은 1982.12.31. 시행령 개정 시 신설된 것으로, 1983.1.1. 이후 최초로 신고하는 과세기간분부터 적용되어 왔다. 참고로, 부가가치세법 제39조 제1항 제8호에 따르면, “사업자등록을 신청하기 전의 매입세액”은 공제대상이 아니다. 해당 규정은 1976.12.22. 법률 제정 당시부터 있었던 조항으로 당시에는 “사업자등록을 하기 전의 매입세액”으로 규정된 관계로 “사업증등록증 발급일 이후의 매입세액”만 공제가 가능하였으나, 1982.12.31. 시행령 개정에 따라 “사업자등록은 등록신청일을 기준”으로 하도록 함으로써 공제 가능한 범위가 “사업자등록신청일 이후의 매입세액”으로 확대되었다. 그러다가, 사업자등록 신청 기한이 개업 후 20일 이내인 점을 고려하여 1998.12.28. 법률 및 1998.12.31. 시행령 개정이 이루어짐으로써 “등록신청일로부터 역산하여 20일 이내의 매입세액”까지 공제가 가능하게 되었고, 이후 2013.2.15. 시행령 개정에 따라 “공급시기가 속하는 과세기간이 지난 후 20일 이내에 등록신청한 경우에는 등록신청일로부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 이내의 것”까지 대폭 확대되었다. 등록증발급일 이전에 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 발급받은 세금계산서에 의한 매입세액 공제가 가능한 기간적 범위의 개정 연혁을 그림으로 정리해 보면 다음과 같다.

일정규모 이상 사업자의 전자세금계산서 의무발급 제도는 2008.12.26. 구법 제16조 제2항의 신설로 도입되어 2010.1.1. 이후 공급분부터 적용된다. 다만, 유예기간을 두어 법인사업자는 2010년 말까지, 개인사업자는 2011년 말까지는 전자세금계산서외의 세금계산서(종이세금계산서)도 발급할 수 있도록 허용하였다. 전자세금계산서를 발급한 경우에는 전자세금계산서 발급일의 다음 날(2012.6.30. 이전 발급분은 발급일이 속하는 달의 다음 달 15일)까지 전자세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송해야 한다. 이 경우, 전자세금계산서를 발급받았으나 국세청장에게 전송되지 않은 경우에도 발급사실이 확인되는 경우에는 매입세액 공제가 가능하다. 이 항목은 2009.2.4. 시행령 개정 시 신설된 것으로, 2010.1.1. 이후 공급분부터 적용된다.

유예기간 지난 후에도 전자세금계산서 의무발급 사업자가 전자세금계산서 대신 종이세금계산서를 발급하는 경우에는 공급자에게는 전자세금계산서 미발급 가산세(공급가액의 1%)가 부과된다. 그러나 이는 공급자의 귀책사유일 뿐이고 공급받는 자에게까지 그 책임을 묻기는 어려우므로, 다음 두 가지 요건이 충족되는 경우에는 매입세액공제가 가능하다. ① 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 세금계산서를 발급받을 것 ② 거래사실이 확인될 것 이 항목도 2009.2.4. 시행령 개정 시 신설된 것으로, 세금계산서 의무발급 제도와 마찬가지로 2010.1.1. 이후 공급분부터 적용된다. 당초에는 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급받을 것이 요구되었으나, 2016.1.1. 이후 공급분부터는 해당 과세기간의 확정신고기한까지로 요건이 완화되었다.