국가가 어려울 때 교육시설을 설립해 우리나라 교육발전에 공헌한 사학은 고등교육대상 총학생수의 80%가 넘는 학생들을 교육하고 있다. 이러한 우리나라의 사학은 국공립대학에 비해 학생 1인당 교육비는 많이 낮지만 취업률 등 여러 분야에서 높은 지표를 나타내고 있을 뿐만 아니라 우수한 양질의 교육으로 공헌하여 왔다. 대학은 지난 15년간 등록금의 인하 후 지속적인 동결과 학생 장학금 지급률 및 전임교수 확보율의 상향조정, 입학금의 연차적 폐지, 그리고 인구절벽으로 인한 학생 부족 등으로 대학의 수입은 급격히 감소하였고 지출은 급증할 수밖에 없었다. 이러한 재정적 어려움과 함께 출생인구의 급격한 감소현상이 가속화되어 입학생의 미달사태가 매년 증가하고 있다. 즉, 대학 입학 정원에 비하여 대학에 입학 가능 학생인 고등학교 졸업 학생이 매년 체감하는 수급불균형이 가속화되고 있기 때문에 국가세금으로 운영되는 국공립대학과는 달리 대다수 사립대학은 재정난 악화에서 벗어나지 못하는 상황에 처해 있다. 이러한 어려움 속에서도 사학법인의 수익용 자산은 설립자가 사립학교법에 제시된 규정에 따라 설립규모에 합당한 기본재산을 무상으로 기부 출연하였으나, 교육의 질적 향상을 위해서 수익용 자산에서의 수익금 중 80% 이상을 매년 학교에 전출금으로 보내야 한다고 사립학교법에 규정되어 있다. 여러 가지 악조건하에서도 교육의 사명감을 가지고 백년지대계를 위해 최선을 다하고 있는 사립대학을 지원하고 육성하여야 한다. 따라서 이 글¹⁾은 건국 이래 가장 어려운 대학의 교육환경 개선에 따른 교육경쟁력을 높이기 위해 불합리한 지방세제인 대학소유의 부동산이나 산학협력단의 지방세 일몰규정 및 취득세 문제, 민자사업에 대한 취득세ㆍ재산세 및 지역자원시설세 문제, 교육용 토지에 대한 재산세 및 지역자원시설세 문제, 학교법인토지의 합산과세 문제 등에 대한 개선책을 제시하면 다음과 같다. 1) 송동섭(2019)의 한국대학교육협의회 자문건의서와 한국전문대학법인협의회의 내부자료 및 저자의 기사내용 등을 인용하여 지방세법, 지방세특례제한법 및 지방세법 시행령 등을 활용하여 최근의 법령과 규정에 따라 심층적으로 분석ㆍ정리한 연구이다 첫째로. 대학소유의 부동산이나 산학협력단에 대한 지방세 일몰규정을 면제조항으로 개정하고, 산학협력단의 취득세도 면제조항으로 개정하여야 한다. 지방세특례제한법 제42조를 살펴보면 ① 한국사학진흥재단법 제19조 제4호 및 제4호의 2에 의한 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 해당 용도로 사용하는 부동산에 대해서는 재산세 및 주민세 사업소분을 2024년 12월 31일까지 면제한다. ② 교육기본법 제11조에 따른 학교를 설치ㆍ경영하는 자가 학생들의 실험ㆍ실습용으로 사용하기 위하여 취득하는 차량ㆍ기계장치ㆍ항공기ㆍ입목 및 선박에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 학생들의 실험ㆍ실습용으로 사용하는 항공기와 선박에 대해서는 재산세를 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다. ③ “산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 제25조에 의하여 설립된 산학협력단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 75/100를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 75/100를 2026년 12월 31일까지 각각 경감한다. 다만, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우와 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다.” 등으로 규정하고 있다. 이상에서 ‘산학협력’이라는 개념이 11년 전에 관련 법령에 규정되었고(2003.5.27. 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률 제2조 제1항) 산학협력사업에 대하여 세제를 지원하는 법령이 2003년에 신설되었다( 지방세법 제288조 제4항 → 현재는 세제개편으로 지방세특례제한법 제42조로 변경됨). 대학이 곧 ‘산업’이라는 국가정책이나 학교목적사업이 종전과 같이 단순히 교육사업에 한정되어 있는 것에서 산업과 결부된 각종 연구 및 개발사업 등으로 그 영역이 확대되어 가는 추세에 비추어 볼 때, 그동안 수차에 걸친 세법개정으로 산학협력단 고유사업에 대한 비과세 혜택이 반영된 바 있다. 2020년 12월 28일까지 적용된 지방세특례제한법 제42조(기숙사 등에 대한 감면) 제3항에서는 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」제25조에 따라 설립ㆍ운영하는 산학협력단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 각각 면제하였었다. 따라서 지방세특례제한법 제42조 제3항의 취득세 경감조항을 기존과 같이 면제조항으로 개정하여야 한다. 그리고 전술한 바와 같이 우리나라는 앞으로도 인구절벽 현상이 가속화되고 등록금의 실질 인상이 어렵기 때문에 대학 및 학교법인과 관련된 지방세는 현행 일몰규정에서 면제 조항 규정으로 개정되어야 한다. 둘째로. 민자사업에 대한 취득세, 재산세 및 지역자원시설세 등을 전면 비과세되어야 한다. 사립학교의 교육용 건물에 대하여서는 지방세법상의 취득세(구-등록세 통합) 등이 과세되지 않는다. 그렇다면 하나의 사례를 살펴보자. SPC가 직접적 교육용 시설이 아닌 편의시설(예컨대 푸드코트, 편의점 등)을 건축하여 사립대학에 기부하고, 사립대학이 SPC에게 임대료를 주면서 위 시설을 운영하는 경우에 기부건물에 대한 취득세가 비과세되는지에 대해서다. 현행 지방세특례제한법 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제)의 규정만으로는 사립대학이 BTL 방식에 의하여 건물을 취득하는 경우에 취득세(구-등록세 통합)가 비과세되는지 여부가 불분명하므로, 지방세법에서 민간투자방식에 의하여 취득하는 재산에 대한 지방세 비과세 제도를 새롭게 규정할 필요가 있다고 본다. 학교법인이 기숙사 등 민간투자유치사업과 관련하여 부가가치세 영세율 적용을 위하여 부가가치세의 비과세가 필요함을 강조한 바와 마찬가지로, 민간투자유치사업 방식에 의하여 기숙사 등을 민간투자자들로부터 소유권을 이전받을 때 민자 시설을 이용객들에게 시설이용료 형식으로 전가되는 문제점이 있기 때문에 자산 취득에 따른 취득세, 재산세 및 지역자원시설세 등도 모두 비과세되어야 한다. 학생들에게 최소한의 민자시설 이용료를 부담시킬 수 있도록 민간투자가가 민자시설을 준공한 후 사립대학에 기부ㆍ채납할 때, 국ㆍ공립대학과 같이 취득하는 민자시설에 대한 취득세, 재산세 및 지역자원시설세 등을 일몰규정이 아닌 모두 비과세될 수 있도록 적극적인 세제지원책이 강구되어야 한다. 셋째로, 교육용 토지(교지)에 대한 재산세 및 지역자원시설세는 비과세되어야 한다. 학교법인에서 교지확보를 위해 토지를 취득할 경우, 목적대로 사용하기 위해서는 도시계획시설변경결정이 필요하나, 도시계획시설변경결정(학교용지, 용도변경)에 장기간이 소요(2∼3년)되어, 완료 시까지 재산세가 부과되고 있다. 교육용으로 취득한 토지임에도 법정기한도 없이 직접 그 용도에 사용하지 않았다고 해서 재산세와 지역자원시설세를 부과하는 것은 학교 및 외국교육기관에 대한 면제( 지방세특례제한법 제41조)라는 지방세법의 근본 취지에 부합하지 않고, 국ㆍ공립학교와 동일한 교육과정으로 인재를 양성하는 학교를 설치ㆍ경영하는 학교법인에 국가에서는 재정지원도 없는 상태에서 국ㆍ공립학교에 적용하지 않는 세금을 학교법인에 부과하는 것은 형평성문제와 교육의 질 저하가 초래되고 있다. 학교법인에서 학교로 전출할 재원을 세금으로 납부함으로써 수업료 인상 요인이 되고, 학부모의 교육비 부담이 가중되는 문제가 있다. 취득일로부터 3년 이내에 취득목적대로 사용할 경우 재산세 및 지역자원시설세가 면제될 수 있도록 하기 위하여 관련 지방세의 개정이 이루어져야 한다. 따라서 교육용 토지에 대한 재산세 및 지역자원시설세는 법정기한에 관계없이 완전 비과세(면제)되어야 한다. 넷째로, 학교법인 토지는 합산과세에서 분리과세로 재전환되어야 한다. 학교법인의 교육용 토지에 대해서는 재산세, 취ㆍ등록세 등 각종 지방세가 면제되고 있었으나, 교육에 직접 활용하지 않는 교육용의 토지에 대해서는 면세혜택이 주어지지 않았으며, 그 대신 1995년 이전에 취득한 교육용외 토지에 대해서는 분리과세 혜택이 주어지고 있었다. 행정안전부는 학교법인 등 비영리사업자(종교단체, 사회복지법인 등)에 대해 주어지고 있던 분리과세 혜택을 2019년부터 폐지 추진하였으며, 다른 비영리사업자에 대한 분리과세 혜택을 2020년 6월에 우선 폐지하고, 학교법인에 대해서는 2021년 7월에 분리과세 혜택 폐지를 추진해 왔다. 행정안전부도 합산과세 전환으로 인해 학교법인들의 세 부담이 연간 500억원 증가할 것으로 예측하였고, 학교법인들이 과도한 세 부담 증가 예측에 따라 합산과세 전환에 대한 반대 의견을 제시하였으나 행정안전부는 학교법인들의 의견을 일부만 수용하여 2021년 12월 31일에 개정된 지방세법 시행령을 살펴보면 다음 <표>와 같이 2022년부터 단계적 합산과세로 확정하였다. 출처 : 지방세법시행령 제102조와 부칙 제6조, 한국전문대학법인협의회 내부자료 한국전문대학법인협의회에 의하면 2021.12.21.에 합산과세 전환에 대한 이견 조정을 감독관청 및 관련기관에 설명 진행하였고, 그 결과에 따라 합산과세 전환은 예정대로 추진하되, 학교법인이 대학설립ㆍ운영규정에 따라 수익용 기본재산을 보유하고 수익금을 학교로 전출할 의무를 부담(수익금액의 80%를 교비회계로 전출)하고 있다는 점을 감안하여 학교법인이 학교로 의무 전출하는 수익금에 대한 세금 감면 특례를 신설하는 것으로 감독관청인 행정안전부와 협의하고 학교법인들의 건의사항(① 학교법인이 학교로 의무 전출하는 수익금에 대한 세금 감면 특례 신설, ② 합산과세 정책을 전면 재검토하여 분리과세로 재전환)을 수용하여 제도개선을 협의 요청하였다. 이에 따라 교육부가 학교법인이 학교로 전출한 수익금을 재산세액에서 공제하는 방식의 특례 신설을 건의하였으나, 행정안전부는 교육용 토지에 대한 세금 감면액이 5천억원 정도로 규모가 크다는 점, 다른 비영리사업자(종교단체 등)와의 형평성 문제가 있다는 점, 전출금 규모를 학교법인이 정할 수 있다는 점 등이 반영되지 않았다고 하였다. 이후 2021년 10월 29일 행정안전부에서는 교육용 토지에 재산세를 부과하고 수익용 토지에도 합산과세하는 지방세법 시행령을 입법예고하였다. 즉 토지 중에서 교육에 직접 사용하고 있는 토지는 지금까지 면세하였으나 내년부터는 그 교지까지도 분리과세를 적용해 세금을 부과하고 비사용 교육용 토지와 수익용 토지는 분리과세에서 합산과세로 적용하여 사학에 세금을 대폭 부과하겠다는 내용이다. 본 시행령에 따라 전국 사립학교가 추가 납부해야 될 세금총액은 약 6,000억원이 증가할 것이고 큰 규모의 대학법인은 수십억원에서 100억원대까지 추가로 세금을 납부해야 한다고 한국사학연합회는 주장하였다. 이상에서와 같은 여건하에서 사립대학은 학교재정에 심각한 타격을 받음으로써 등록금 인상에 따른 학생부담 증가와 교육투자 감소라는 교육의 질 저하와 대학경쟁력 약화, 대학들의 반발과 학교 존폐위기 등 심각한 부작용이 초래될 뿐만 아니라 우리나라도 대학경쟁력을 높일 시기가 이미 지났고 고등교육의 경쟁력은 건전한 재정에서 비롯된다는 진리를 감안할 때 2022년부터 적용하고 있는 교육용 토지의 분리과세(재산세 부과)와 비사용 교육용 토지 및 수익용 토지의 합산과세하고 있기 때문에 학교법인의 교육용 토지는 면세하고 비사업용 교육용 토지와 수익용 토지는 분리과세하여야 한다.