2023년 귀속 법인세 신고를 위한 실무상 쟁점 체크리스트
1. 들어가며
매년 상반기는 세무적으로 각종 세금신고납부의 일정이 겹쳐 있고, 정해진 스케줄 이내에 제출해야 할 서류도 많으므로 회사 내ㆍ외부적으로 세무사사무실에서 바쁜 일정을 보내게 된다. 또한, 법인세 신고의 경우 12월말 결산법인이 전체 법인의 90% 이상을 차지하기 때문에 매년 3월 31일까지 신고납부하게 되므로 1월 부가가치세 신고, 2월 연말정산 이후 3월 법인세 신고는 상당히 부담이 될 수밖에 없다. 그럼에도 불구하고 12월 말 결산법인의 재무제표는 적어도 2월 말에서 3월 초까지 결산 완료 및 이사회 승인이 되어야 하는 경우가 많으므로 법인세 신고의 세무조정에 관련된 내용을 둘째치더라도 회계결산 단계에서 지켜야 할 내용들이 많다. 이번 호에서는 법인세 신고 및 공제감면에 관련된 놓치기 쉬운 내용을 주요 체크리스트를 통해 확인해 보고, 주요 판례 및 주요 해석사례를 함께 보도록하겠다.
2. 2023년 귀속 법인세 신고 시 유의할 사항
다음 내용은 법인세 신고내용 오류를 검증하는 주요 항목으로 법인세 신고 시 실수하거나 놓치는 일이 없도록 유의해야 한다.
가. 원가 과다계상
정규증빙 수취대상 계정과목에 대한 원가계상 적정 여부
재무상태표, 손익계산서, 부속명세서의 계정목 중 정규증빙 수취대상인 임차료, 수수료, 외주비 등에 대해 정규증빙 없이 과다하게 계상한 경우, 관련 비용에 대하여 손금 부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등 * 법인세법 제19조 【손금의 범위】
법인의 업무목적 이외 신용카드 등 사용 여부
법인신용카드ㆍ직불카드 등 사용 자료 중 피부미용실, 성형외과, 해외여행, 입시학원 등 업무와 관련 없는 경비를 복리후생비, 수수료 계정 등으로 회계처리한 비용이 있는 경우 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등 * 법인세법 제19조 【손금의 범위】
상품권 과다매입 후 법인의 업무목적 이외의 사용 여부
법인카드 등으로 상품권을 구입하여 업무목적 이외에 사용하고, 복리후생비, 수수료 계정 등으로 회계처리한 경우 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등 - 상품권을 접대의 목적으로 사용한 경우에는 접대비로 계상하고 한도액 시부인 계산하여 한도초과액은 손금불산입 기타사외유출 처분 * 법인세법 제19조 【손금의 범위】, 제25조 【접대비의 손금불산입】
실제 근무하지 않는 대표이사ㆍ주주의 가족에 대한 인건비 계상 여부
자료상 등 불성실 납세자와의 거래 적정 여부
실물 거래 없이 자료상, 세금계산서 발급위반자, 폐업자로부터 세금계산서 등을 수취하여 원가 등에 계상한 경우 관련 비용은 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등 * 법인세법 제19조 【손금의 범위】
법인 전환, 세무조사 후 원가 과다계상 여부
• 개인에서 법인으로 전환한 사업자로서 특별한 사유없이 신고소득률이 동종업종 대비 저조하거나 전년대비 감소한 원인이 원가의 과다계상 및 매출누락인 경우 손금부인 또는 익금산입 후 대표자 상여처분 등 • 세무조사를 받은 후 특별한 사유없이 신고소득률이 조사를 실시한 사업연도보다 하락한 경우 원가의 과다계상액에 대해 손금부인 후 대표자 상여처분 등 * 법인세법 제19조 【손금의 범위】
업무 목적 이외 사용한 경비를 사업소득 지급 등으로 처리 여부
기업자금을 업무 목적 이외의 용도로 유출하고 지급수수료 등으로 계상한 후 실제 용역을 제공하지 않은 친족 등에게 사업소득을 지급한 것으로 처리하여 사업소득 지급명세서를 제출한 경우 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등 * 법인세법 제19조 【손금의 범위】
수선비로 계상한 자본적 지출액의 상각범위액 적정 여부
법인이 감가상각 자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 손비로 계산한 경우 해당 사업연도 소득금액 계산 시 동 금액을 감가상각한 것으로 보아 상각범위액 계산(다만, 개별자산별 수선비 지출액이 600만원 미만, 직전 자산가액의 5% 미만, 3년 미만 단위 주기적 수선을 위한 경우 손비 인정) * 법인세법 제23조 【감가상각비의 손금불산입】
나. 조세특례제한법상 공제ㆍ감면세액
중소기업 요건 중 실질적 독립성 미충족
(자산총액 5천억원 이상 법인의 자법인) 직전 사업연도 자산총액 5천억원 이상인 법인이 주식 등을 30% 보유하고 최다출자자인 법인으로 실질적 독립성 요건을 갖추지 못하였음에도 중소기업 관련 공제ㆍ감면을 적용 - (사례) 2022사업연도 자산총액 6,500억원 A법인이 40%를 소유한 B법인이 2023사업연도에 중소기업특별세액감면을 적용 * 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】
중복지원 배제대상 공제ㆍ감면 중복 적용
• (세액감면과 세액공제 중복적용) 동일 사업연도에 중복지원을 받을 수 없는 공제감면을 동시에 적용 - (사례) 통합투자세액공제와 중소기업특별세액감면 동시에 적용 * 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】 • (동일 사업장 세액감면 중복적용) 동일 사업장에 중복지원이 안 되는 세액감면을 적용 - (사례) 중소기업특별세액감면과 수도권 밖 본사이전 감면을 동시에 적용 * 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】 • (당기순이익 과세법인의 공제ㆍ감면 적용) 당기순이익에 9%(12%)의 세율을 적용하여 법인세를 신고하는 신용협동조합 등 조합법인이 공제받을 수 없는 공제ㆍ감면을 적용 - (사례) 산립조합에서 통합투자세액공제를 적용 * 조세특례제한법 제72조 【조합법인 등에 대한 법인세 과세특례】
중소기업특별세액감면 적용 오류
• (감면소득 과다계산) 감면사업과 관련 없는 이자수익, 자산처분익 등을 감면소득에 포함하여 법인세 감면을 과다하게 적용 - (사례) 유형자산처분이익 3,150만원을 감면소득에 포함하여 감면 적용 • (감면사업 결손금을 감면소득에 미합산) 감면사업과 관련 없는 이자수익, 자산처분익 등을 제외한 감면소득에 감면사업의 결손금을 합산하지 않아 감면소득을 과다하게 계산 - (사례) 제조업ㆍ건설업 겸영 법인이 건설업 관련 결손을 감면소득에 합산하지 않아 감면소득을 과다하게 계산 • (감면업종 착오) 감면 업종을 영위하지 않으나 세액감면을 적용 - (사례) 음식점업을 영위하는 중소법인이 중소기업특별세액감면 신청 • (감면 한도 초과) 감면세액이 1억원을 초과하거나, 직전 연도 대비 고용이 감소하였으나 감면한도를 계산하지 않고 과다적용 - (사례) 2022년 대비 2023년 2명 감소로 한도액을 감액 계산(1억원 – 500만원 × 2명)하지 않고 감면 신청 * 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】; 기본통칙 6-0…2 【감면대상소득의 범위】
창업중소기업 등에 대한 세액감면 적용 오류
• (수도권과밀억제권역 기업 감면 착오 적용) 수도권 과밀억제권역 내 창업하였으나, 감면을 적용(2018.5.29. 이후 생계형창업이나 청년 창업인 경우 제외) - (사례) 2023년 10월 경기도에 일반 창업하였으나 감면 적용 • (창업 미해당) 법인전환, 폐업 후 재개업, 분할로 사업승계 등 창업에 해당하지 않으나 감면을 신청 - (사례) 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업(제조업/의류)을 폐업 후(2023.5월) 사업을 다시 개시(2023.7월)하면서 창업 감면 신청 • (감면 업종 착오) 감면 업종을 영위하지 않으나 세액감면을 적용 - (사례) 도ㆍ소매업을 영위하는 중소법인이 창업중소기업 감면 신청 • (감면소득 과다계산) 감면사업과 관련 없는 이자수익, 자산처분익 등을 감면소득에 포함하여 법인세 감면을 과다하게 적용 - (사례) 감면소득에 이자수익 500만원, 보험차익 2,600만원을 포함하여 감면 적용 • (감면기간 초과 적용) 최초로 소득금액이 발생한 사업연도를 포함하여 6년차(5년을 경과)에 감면을 신청하거나, 과거 6년 전에 이미 감면을 적용받은 이력이 있는 경우 등 감면기간을 초과하여 적용 - (사례) 2017사업연도에 창업 후 2018사업연도부터 최초 소득이 발생하여 2022사업연도까지 감면대상기간이나 2023사업연도를 감면 신청 • (청년창업감면법인 중 대표자 변경) 감면 신청법인 중 창업 이후 당초 청년이었던 대표자를 다른 대표자로 변경한 후 감면을 계속 적용 - (사례) 서울에 창업 후 청년 대표자 갑을 청년 을로 변경 후에도 감면 신청 • (감면 미해당 업종으로 변경 또는 추가) 감면 신청법인 중 감면업종이 아닌 업종으로 변경한 경우 등에도 감면을 계속 적용 - (사례) 창업 당시 제조업을 영위하다가 부동산임대업으로 업종 전환한 중소 법인이 창업중소기업 세액감면을 계속 적용 * 조세특례제한법 제6조; 조세특례제한법 시행령 제5조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】; 기본통칙 6-0 …2 【감면대상소득의 범위】
연구 및 인력개발비 세액공제 적용 오류
• (연구소ㆍ전담부서 인정취소된 법인의 세액공제) 휴ㆍ폐업 등으로 연구소 및 연구 전담부서의 인정이 취소되었으나, 인정취소일 이후 발생한 비용에 대해 세액공제를 계속 적용 - (사례) 2023.4월 인정취소되었으나 2023사업연도 발생한 연구개발비 전액을 세액공제 적용 • (지분 10% 초과ㆍ지배주주인 임원에게 지급한 인건비 공제) 법인 총발행주식의 10% 초과 보유한 주주이거나 지배주주인 임원에게 지급한 인건비에 대해 세액공제를 적용 - (사례) 연구업무에 종사하고 있으나 21.5%의 지분을 보유하고 있는 지배주주인 임원 갑에게 지급한 인건비에 대해 세액공제 적용 • (겸직 연구원에게 지급한 인건비 공제) 연구소 및 연구전담부서에 근무하고 있으나 행정사무 등 다른 업무를 겸직하는 직원에게 지급한 인건비에 대해 세액공제를 적용 - (사례) 행정업무를 겸직하고 있는 연구소장에게 지급한 인건비에 대해 세액공제 적용 • (연구소 인정이 직권취소) 연구소 요건미비 등으로 연구소 및 연구전담부서의 인정이 직권취소되었으나, 인정취소일이 속하는 과세연도에 발생한 비용에 대해 세액공제를 적용 - (사례) 2023.12.10. 직권취소되었으나 2023.1.1.부터 직권취소일까지 발생한 연구비에 대해 세액공제 적용 • (증가분 방식 적용 오류) 직전 4년간 R&D 비용이 발생하지 않아 당기분 방식에 따른 세액공제 적용대상에 해당하나, 증가분 방식에 따라 세액공제를 적용 - (사례) 2021년 개업한 법인으로 2022년까지 연구인력비가 발생하지 않았으나 2023년에 증가분 방식으로 세액공제 적용 • (사업운영 시스템 개발을 위한 위탁비용을 공제) 판매시점 정보관리 시스템, 전사적 기업자원 관리설비(ERP) 등 사업운영 시스템에 대한 위탁개발비용을 세액공제 적용 - (사례) 제조관리시스템 구입비에 대해 세액공제 적용 * 조세특례제한법 제10조; 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】, 별표 6
고용감소 법인의 세액공제 적용 오류
(고용이 감소 후 추가납부 미적용) 고용증대세액공제, 연구개발특구 등 지역특구 감면을 적용받은 법인 중 공제받은 사업연도 대비 공제받은 다음(다다음)사업연도에 고용이 감소하였으나 감면분 추가납부 미적용 - (사례) 2022사업연도 고용증대세액공제 받은 후 2023사업연도에 2022사업연도보다 3명 감소하였으나 감면분 추가납부하지 않음 * 조세특례제한법 제29조의 7 【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】, 제12조의 2【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면】, 제64조 【농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면】, 제121조의 8 【제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면】, 제121조의 9 【제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 법인세 등의 감면】, 제121조의 17 【기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면】 등
근로소득증대 세액공제 적용 오류
(고용유지 조건 미충족) 근로소득증대세액공제 당기발생액이 있는 법인 중 당해 대비 직전사업연도 고용이 감소하였음에도 세액공제를 적용 - (사례) 2022년 상시근로자 수가 88.3명이고 2023년 상시근로자 수가 85.2명이나 세액공제 신청 * 조세특례제한법 제29조의 4 【근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】
본사 등 지방이전 감면 적용 오류
(본사가 수도권인 기업 감면 착오 적용) 본사 지방이전 감면을 적용받은 법인 중 본사가 수도권(서울, 경기, 인천)에 소재함에도 감면을 적용 - (사례) 2022년 식료품 도소매 영위 법인(중소기업 아님)이 본사를 서울에서 경기도 평택으로 이전하였으나 2022, 2023년 본사이전 감면 신청 * 조세특례제한법 제63조의 2 【수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 등】
농업회사법인 감면 적용 오류
• (감면기간 초과 적용) 작물재배업 외의 소득 감면을 받은 법인 중 과거 5년 전에 작물재배업 외의 소득으로 감면받은 이력이 있는 경우 등 감면기간(5년)을 초과하여 적용 - (사례) 2017년에 설립된 법인이 2018년부터 최초로 작물재배업 외 소득이 발생하여 2022사업연도까지 감면대상기간이나 2023사업연도를 감면 신청 • (감면율 착오 적용) 감면율 50%(최저한세 적용) 적용대상인 작물재배업 외의 소득에 대해 감면율 100%(최저한세 적용 제외)를 적용 - (사례) 농산물 가공을 통해 발생한 소득에 대해 감면율 100%를 적용 • (보조금을 감면소득에 포함) 보조금 수취 법인으로 감면소득에서 보조금을 제외하지 않고 감면 적용 - (사례) 생산시설 현대화 보조금을 감면소득에 포함하여 감면 신청 • (유형자산처분이익을 감면소득에 포함) 유형자산처분이익을 계상한 법인으로 감면소득에 유형자산처분이익 포함하여 감면 적용 - (사례) 유형자산처분이익 720만원을 감면소득에 포함하여 감면 신청 * 조세특례제한법 제68조 【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】
고용증대세액공제 적용 오류
(청년 고용 감소) 고용증대세액공제 적용 후 청년 등 상시근로자의 고용을 유지하지 못하였으나, 2차, 3차 청년 등 상시근로자 세액공제를 신청 - (사례) 2022사업연도에 청년 수가 15명, 2023사업연도에 청년 수가 13명이나 2022사업연도 청년 등 2차분 세액공제를 적용 * 조세특례제한법 제29조의 7 【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】
다. 외국납부세액공제
외국납부세액공제 한도 초과액에 대한 공제 부인
• 과세표준을 계산할 때 손금에 산입된 금액으로서 국외원천소득에 직접 또는 간접으로 대응하는 금액을 국외원천소득에서 차감하지 않고 한도를 계산한 경우 재계산하여 외국납부세액공제 적용 부인 • 국외원천소득 중 조세특례제한법이나 그 밖의 법률에 따라 면제되거나 세액 감면을 적용받은 비율을 차감하지 않은 경우 외국납부세액 공제한도를 재계산하여 공제 과다금액 부인 * 법인세법 제57조 【외국 납부 세액공제 등】; 법인세법 시행령 제94조 【외국납부세액의 공제】
외국납부세액공제 적용 배제 대상
외국에서 납부한 세액이 초과이윤세, 기타 법인의 소득 등을 과세표준으로 하여 과세된 세액 등이 아닌 관세, 부가가치세, 영업세(중국) 등인 경우는 외국납부세액공제 대상에서 제외 - 또한, 국제조세조정에 관한 법률(이하 ‘국조법’) 제12조 제1항에 따라 내국법인의 소득이 감액 조정된 금액 중 국외특수관계인에게 반환되지 아니하고 내국법인에게 유보되는 금액에 대하여 외국정부가 과세한 금액도 공제대상에서 제외 * 법인세법 제57조 【외국 납부 세액공제 등】; 법인세법 시행령 제94조 【외국납부세액의 공제】
외국납부세액공제 한도 계산방식
2015.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 국가별 한도방식만 허용되며 시행령 개정 전 발생한 한도초과액(이월공제액)은 국가별 외국납부세액 또는 국외원천 소득에 따라 국가별로 안분한 후 국가별 한도방식에 따라 공제 * 법인세법 제57조 【외국 납부 세액공제 등】 ; 법인세법 시행령 제94조 【외국납부세액의 공제】
라. 특수관계인 거래
특수관계인에 대한 업무무관 가지급금 등 관련 손금부인
• 대여금, 기타채권 등으로 재무제표에 계상된 금액 중 특수관계인에 대한 대여금이 업무무관 가지급금에 해당하는 경우, 관련 인정이자를 익금산입 후 귀속자에 따라 소득처분하고, 지급이자는 손금불산입 기타사외유출 처분 • 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 업무무관 가지급금에 대하여 대손처리하거나 관련 인정이자ㆍ지급이자에 대하여 세무조정을 하지 않은 경우, 대손금 손금부인, 인정이자 익금산입 후 귀속자에 따라 소득처분하고 지급이자는 손금불산입 기타사외유출 처분 • 특수관계가 소멸되지 아니한 경우로서 가지급금의 이자를 이자 발생일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 경우, 인정이자 익금산입 후 귀속자에 따라 소득처분 • 대여금, 기타채권 등으로 계상된 금액은 합계표준대차대조표의 차변 합계액 전액에 대하여 업무무관 가지급금 해당 여부를 검토하여 소득처분 * 법인세법 제28조 【지급이자의 손금불산입】, 제52조 【부당행위계산의 부인】; 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】
마. 손익 귀속시기
유가증권평가손실에 대한 손금불산입
유가증권평가손실은 법인세법에서 별도로 규정한 경우(주식발행법인 파산 등) 이외는 미실현손실로 손금에 산입할 수 없는 것으로, 결산 시 계상한 유가증권평가손실에 대하여 손금불산입(유보) 세무조정 * 법인세법 제22조 【자산의 평가손실의 손금불산입】
전기오류수정손실에 대한 손금불산입
법인세법상 전기의 회계오류로 발생한 전기오류수정손실을 당기에 이익잉여금 처분계산서, 손익계산서에 계상한 경우, 손금불산입 유보처분 - 권리의무가 확정된 사업연도를 기준으로 손익의 귀속시기를 판단 * 법인세법 제40조 【손익의 귀속 사업연도】
바. 부동산 양도차익
고유목적사업에 사용하지 않은 부동산의 양도차익에 대한 법인세 납부
비영리법인이 부동산 등 유형자산 및 무형자산을 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령ㆍ정관에서 정한 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 경우 양도차익은 법인세 과세대상 소득임. * 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】
비사업용 토지 등을 양도한 경우 토지 등 양도소득에 대한 법인세 추가 납부
• 2016년부터는 중소기업도 일정 주택 및 비사업용토지(미등기 토지 등은 양도시기에 관계없이 과세)를 양도한 경우 각 사업연도 소득에 대한 법인세 이외에 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추가 납부하여야 함(2015.12.31. 중소기업 과세유예 일몰 종료). • 토지 등 양도소득에 대한 추가 법인세는 해당 사업연도에 결손금이 발생하거나 이월결손금 잔액이 있는 경우라도 추가 납부하여야 함. * 법인세법 제55조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】, 제4조 【과세소득의 범위】
주택 등을 양도한 경우 토지 등 양도소득에 대한 법인세 추가 납부
법령에 열거된 일정한 경우를 제외하고 법인이 주택, 조합원입주권 및 분양권을 양도한 경우 각 사업연도 소득에 대한 법인세 이외에 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추가 납부하여야 함. * 법인세법 제55조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】, 제4조 【과세소득의 범위】
사. 익금산입 및 손금불산입
자기주식 보유 및 처분이익에 대한 익금산입
• 상법을 위배하여 자기주식을 보유한 경우 업무무관 자산에 해당하므로 지급이자 손금불산입 세무조정 • 자기주식처분이익은 기업회계상 자본잉여금(기타자본잉여금)으로 처리하도록 하고 있으나, 법인세법상으로는 익금에 해당되는 것으로 자기주식처분이익에 대하여 익금산입 후 기타처분 * 법인세법 제15조 【익금의 범위】, 제28조 【지급이자의 손금불산입】
해산 등으로 인한 의제배당금액에 대한 익금산입
• 법인의 해산, 감자, 합병ㆍ분할 또는 잉여금의 자본전입 등으로 주주에게 귀속되는 이익은 의제배당으로 익금산입 후 배당처분 • 특히, 기업인수 등을 위한 주식취득 후 주식발행 법인의 불균등 감자 시 의제 배당 여부를 검토하여 익금산입 후 배당처분 * 법인세법 제16조 【배당금 또는 분배금의 의제】
국외특수관계인에게 지급한 이자 등에 대한 손금불산입
• 세무상 조정소득금액(감가상각비와 순이자비용을 차감하기 전 소득금액) 대비 국외특수관계인에 대한 순이자비용(이자지급총액과 이자수취총액의 차액)이 30%를 초과하는 경우 그 초과분은 손금불산입 후 기타사외유출 처분 • 국외특수관계인과 혼성금융상품(부채ㆍ자본 성격을 동시에 갖는 금융상품) 거래 시 비용공제된 지급이자가 적정기간 내 국외특수관계인이 소재한 국가에서 과세되지 않는 경우 손금 불산입 후 기타사외유출 처분 * 국조법 제24조 【소득대비 과다이자비용의 손금 불산입】, 제25조 【혼성금융상품 거래에 따라 발생하는 이자비용의 손금 불산입】
특허권 등 취득ㆍ대여ㆍ양도 관련 익금산입
• 법인이 특허권, 실용신안권, 디자인권, 상표권 등을 취득하기 위해 직접 사용된 금액(재료비, 노무비, 무체재산권 설정관련 비용)을 당기 손금으로 계상한 경우 무형자산의 취득에 해당하므로 익금산입 유보처분 • 특허권ㆍ상표권 등을 타인에게 대여하여 발생한 수입수수료 등(전용실시권료, 통상실시권료) 또는 양도금액은 익금에 해당하므로 계상 누락한 경우 익금산입 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등 * 법인세법 제15조 【익금의 범위】, 제41조 【자산의 취득가액】
주택 임대업을 영위하는 법인
• 주택을 임대하는 법인이 현금으로 수취한 임대 수입금액 계상을 누락한 경우 익금산입 후 소득귀속에 따라 소득처분 • 특수관계인에게 부동산을 무상임대하는 경우 부당행위계산부인 적용이 될 수 있음. * 법인세법 제15조 【익금의 범위】, 제52조 【부당행위계산의 부인】
아. 합병ㆍ분할
합병법인의 자산처분손실 등은 승계사업 소득에서 공제 불가
• 합병법인이 보유하던 자산의 처분손실(합병등기일 이후 5년 이내 발생)은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액에서 공제 불가(2012.1.1. 이후 적격합병 또는 적격분할합병법인에 한함) - 이 경우 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 자산 처분 시 각각 합병 전 해당법인의 사업에서 발생한 결손금으로 봄. • 적격합병의 경우 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업과 기타의 사업을 구분경리함에 있어 합병 전 이월결손금은 합병 전 사업부문에서 발생한 소득에서만 공제 - 즉, 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제함. * 법인세법 제45조 【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】
부동산 임대업을 주업으로 하여 분할하는 경우 적격분할 과세특례 적용 제외
부동산 임대업을 주업으로 하는 사업부문을 분할하는 경우, 적격분할 과세특례 적용대상에 해당되지 않으므로 양도손익에 대하여 법인세 납부(2014.2.21. 이후 분할분부터 적용) * 법인세법 제46조 【분할 시 분할법인등에 대한 과세】; 법인세법 시행령 제82조의 2 【적격분할의 요건 등】
자. 비영리법인
비영리법인의 수익사업 수입금액 누락 등에 대하여 익금산입
• 노인복지시설에서 제공하는 사회복지사업은 수익사업에 해당하지 않으나 노인전문병원 운영업은 수익사업에 해당함. • 사업서비스업 중 연구 및 개발업에서 발생하는 수입은 수익사업에 해당하지 않으나 계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 경우 수익사업에 해당함. • 비영리법인이 수익사업을 영위하면서 세금계산서, 계산서 등을 발행하거나 국고보조금 등을 수취한 경우 수익사업 수입금액은 법인세 과세대상에 해당함. * 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】
고유목적사업준비금 설정 한도 등
• 비영업대금의 이익이 있는 경우에는 고유목적사업준비금 설정 한도 50% 적용, 수익사업 소득금액의 50%를 초과하여 준비금을 설정한 법인이 지출한 인건비에 대해 총급여액 중 8천만원을 초과하는 금액은 원칙적으로 고유목적사업비에 해당하지 않음. • 2016년부터는 기타 수익사업에서 결손(④)이 발생한 경우 이자소득금액(①), 배당소득금액(②), 복지사업 관련 융자금에서 발생한 이자금액(③)에서 ‘④’를 차감한 금액을 한도[(① ＋ ② ＋ ③) － ④)]로 고유목적사업준비금 설정하여야 함. 다만, 특별법에 의하여 설립된 공제사업을 영위하는 비영리내국법인은 2017년부터 적용 * 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】; 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】
당기순이익 과세법인(조합법인 등에 대한 과세특례)의 세무조정
• 당기순이익은 법인세 등 차감전순이익을 말하며, 일반법인보다 낮은 세율을 적용하는 대신에 각 사업연도소득에 대한 조세특례제한법상 대부분의 조세 혜택은 배제 • 당기순이익 과세를 포기한 경우에는 그 이후 사업연도에 반드시 세무조정에 의하여 법인세를 신고하여야 하고, 접대비 등에 대해 영리법인과 동일하게 세무조정 * 조세특례제한법 제72조 【조합법인 등에 대한 법인세과세특례】; 조세특례제한법 시행령 제69조 【조합법인 등에 대한 법인세 과세특례】
차. 기타
업무용승용차 관련비용의 손금불산입
업무용승용차별로 임직원 전용 자동차보험에 가입하면 운행기록 등을 작성ㆍ비치하지 않아도 관련비용의 일정금액[1천5백만원(500만원) 한도]은 손금으로 인정되며 운행기록 등을 작성한 경우에는 업무사용 비율만큼 추가 인정받을 수 있음. - 임직원 전용 자동차보험에 미가입한 경우 관련비용 전액 손금불산입 * 법인세법 제27조의 2 【업무용승용차 관련비용의 손금불산입 등 특례】
업무용승용차 관련비용 명세서 불성실 작성
업무용승용차 관련비용 명세서를 작성하는 경우 다수의 차량을 통합하여 작성하지 않고 각각의 차량별로 차종, 취득가액, 관련비용 등을 기재하여 제출 * 법인세법 제27조의 2 【업무용승용차 관련비용의 손금불산입 등 특례】
업무무관가지급금, 구상채권 등에 대한 대손금 손금불산입
수정신고 또는 경정결정 후 이월결손금 등 과다 공제 부인
• 수정신고나 경정결정에 의하여 소득금액이 증가되거나 결손금이 감소된 경우 이후 사업연도의 과세표준을 계산할 때 수정신고 등으로 인하여 감소된 이월결손금은 각 사업연도 소득금액에서 공제 • 기부금한도초과 이월액 손금산입, 결손금 소급공제 및 기공제액, 결손 보전액이 있는 경우 차기 이후에 이월결손금 감소액 공제 부인 * 법인세법 제13조 【과세표준】
장애인고용부담금을 지출한 법인
2018.2.21. 이후 고용노동부장관에게 신고ㆍ납부하는 장애인고용부담금은 법인세법 제21조 제5호(법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금)에 따른 공과금에 해당되어 손금불산입 대상임. * 법인세법 제21조 【세금과 공과금의 손금불산입】
주주인 임원 등이 사용하는 사택의 관련 비용을 지출한 법인
3. 2023년 귀속 주요 판례 및 해석사례
| 법인세 신고관련 최근 주요 판례 | |||
|---|---|---|---|
| 1 | ▣ 제목 | 대표자가 배우자에게 주식을 증여하고 배우자가 그 주식을 주식발행법인에게 양도한 거래에 대해 과세한 사례 | 가지급금 |
| ➲ 요지 | 증여인이 주식을 직접 양도할 경우 의제배당에 따른 통상의 소득세율이 적용되는 것을 회피하기 위해 형식적으로 중간에 수증인들을 개재시킨 것이고, 이는 실질적으로 증여인이 주식발행법인에게 주식을 양도한 후 출자금을 회수한 금전으로 주식발행 법인에 대한 가지급금 채무를 변제하기 위한 거래를 가장한 것이므로 거래의 실질에 따라 소득세법상 의제배당소득을 계산하여야 함(창원지법2021구합51605, 2022.02.10, 판결). | ||
| 2 | ▣ 제목 | 대표자가 소유한 특허권의 실질 소유를 법인으로 보고 과세한 사례 | 가지급금 |
| ➲ 요지 | 원고가 대표이사로부터 특허권을 양수하기로 하는 특허권 양수도계약을 체결하면서 양수대금을 대표이사에 대한 가지급금과 상계한 건과 관련하여 쟁점특허권은 그 내용상 원고 내 설비 및 자원을 전혀 이용하지 않고 오직 대표이사의 아이디어만으로 완성된 발명이라고 보기 어렵고, 나아가 앞서 본 원고 내 기술인력 및 설비상황 등을 더하여 볼 때 대표자 개인이 단독으로 발명을 한 것이라고 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없음(창원지법2022구합50241, 2022.10.27., 판결). | ||
| 3 | ▣ 제목 | 특수관계인에게 이자를 수령하지 않은 대여금에 인정이자를 계산하여 익금산입한 처분은 적법한지 | 부당 행위 |
| ➲ 요지 | 특수관계 법인에게 대출금에 대한 무상담보제공 행위는 비정상적인 거래로 이익분여에 해당함(대법원2022두46053, 2022.09.29., 판결). | ||
| 4 | ▣ 제목 | 협의의 자기주식 처분이익이 합병차익에 해당하는지 | 익금 |
| ➲ 요지 | 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식(협의의 자기주식)은 피합병법인의 자산으로 합병차익을 산정하는 요소가 되기는 하지만 합병법인이 이를 처분하는 행위는 합병과는 구별되는 후속거래로 보아야 하는 점, 협의의 자기주식은 양도성과 자산성을 가질 뿐만 아니라 합병에 따라 자기주식을 취득하였다가 처분하여 이익을 얻는 것이 다른 사유로 자기주식을 취득하였다가 처분하여 이익을 얻는 것과 본질적으로 다르지 아니한 점 등에 비추어 순수한 자본거래에 해당한다고 보기 어려우므로 익금산입 처분은 정당함(대법원2018두54323, 2022.06.30., 판결). | ||
| 5 | ▣ 제목 | 조세회피목적의 분할ㆍ합병은 세법상의 실질과세원칙에 따라 그 효력을 부인할 수 있는지 | 익금 |
| ➲ 요지 | 이 사건 분할ㆍ합병은 사업상의 필요 등 다른 합리적인 이유가 없고, 이를 통해 부동산 장부가액을 높이는 등으로 세부담을 회피하기 위한 거래에 해당하므로, 구 국세기본법 제14조 제3항에 근거하여 거래의 실질에 따라 분할ㆍ합병 없이 직접 양도한 것으로 보고 과소신고한 부동산 양도차익을 익금산입한 처분은 적법함(대법원2017두41313, 2022.08.25., 판결). | ||
| 6 | ▣ 제목 | 특수관계인에게 이자를 수령하지 않은 대여금에 인정이자를 계산하여 익금산입한 처분은 적법 한지 | 부당 행위 |
| ➲ 요지 | 특수관계인에게 대여금 명목으로 선급금을 지급하고 이자를 수령하지 아니한 행위는 부당행위 계산부인에 해당함(대법원2021두56992, 2022.02.24., 판결). | ||
| 7 | ▣ 제목 | 현지법인이 수령한 배당금과 기술자문료를 원고 소득으로 볼 수 있는지 여부 | 익금 |
| ➲ 요지 | 현지법인은 배당금과 기술자문료를 수령한 후 원고에게 배당으로 지급할 수 있었음에도 이를하지 아니한 채 해외에 유보시킴으로서 조세회피결과를 초래하였는바, 조세회피목적으로 설립된 법인으로서 현지법인이 수령한 배당금과 기술자문료는 원고의 소득으로 보아야 함(대법원2021두45022, 2021.10.28., 판결). | ||
| 8 | ▣ 제목 | 매출총이익법을 적용함에 있어 당해 거래에서 매출총이익과 영업비용 사이의 상관관계 등을 엄격하게 분석하여야 함 | 손금 |
| ➲ 요지 | 매출총이익법은 매출총이익과 영업비용 사이의 상관관계를 엄격하게 분석하여 적용되어야 하는데, 여기에서의 영업비용은 해당 거래로 인한 매출총이익과 상관관계가 있는 것이어야 하고 다른 거래에도 함께 소요되는 영업비용의 경우에는 그 상관관계가 떨어진다고 볼 수 밖에 없음(대법원2021두42481, 2021.10.14., 판결). | ||
| 9 | ▣ 제목 | 업무무관 부동산 해당 여부 | 업무 무관 자산 |
| ➲ 요지 | 법인이 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위해 건설에 착공한 후 건설을 중단한 경우, 그 중단에 정당한 사유가 없는 한 그 법인이 당해 건설에 관련된 업무를 진행한 정황이 있더라도, 당해 토지는 업무 무관 부동산에 해당한다고 봄이 타당함(대법원2020두56667, 2021.03.25., 판결). | ||
| 10 | ▣ 제목 | 결손금 감액경정의 행정처분 해당 여부 | 결손금 |
| ➲ 요지 | 개정 법인세법 §13 ① 후문에서 공제가능한 이월결손금의 범위를 신고ㆍ경정 등으로 확정된 결손금으로 축소한 이상, 납세의무자는 결손금감액경정 통지를 받고 이를 곧바로 다투지 않으면 이후 사업연도에서 이월결손금 공제에 관해 종전 결손금 감액경정이 잘못 되었다는 주장을 할 수 없으므로, 과세관청의 결손금 감액경정은 행정소송의 대상이 되는 행정처분에 해당함(대법원2017두63788, 2020.07.09., 판결). | ||
| 11 | ▣ 제목 | 고유목적사업 지출금의 수익사업 손금해당 여부 | 손금 |
| ➲ 요지 | 비영리법인이 회원들로부터 부담금을 받아 수익사업을 운영한 후 그 이익을 부가금으로 가산하여 퇴직급여 등을 지급하는 공제사업을 영위한 경우, 부가금은 고유목적사업준비금 손금산입 한도 내에서만 손금으로 산입할 수 있을 뿐, 수익사업에 대응하는 이자비용으로 보아 전액을 손금산입할 수는 없음(대법원2018두32330, 2020.05.28., 판결). | ||
| 12 | ▣ 제목 | 기술사용료 채권포기의 부당행위계산 부인 해당 여부 | 부당 행위 |
| ➲ 요지 | 원고는 국외 특수관계자인 A에게 신기술을 제공하였으나, A가 기술사용료를 전혀 지급하지 않고 있음에도 불구하고 원고는 기술사용료 채권을 회계장부에 한 번도 계상하지 않았고, 10년 동안 A에게 기술사용료 지급 청구를 하지 않는 등 채권 회수를 위한 아무런 노력도 하고 있지 않고 있으므로 원고가 A에 대한 기술사용료 채권을 포기한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용한 처분은 적법함(대법원2018두56459, 2020.03.26., 판결). | ||
| 13 | ▣ 제목 | 법인이 직원들의 소득세를 대납하고, 이를 직원들에 대한 인정상여로 임의 계상한 경우 법인의 통상적 손금이 아님 | 손금 |
| ➲ 요지 | 법인이 직원들이 납부해야 할 소득세를 대납하고, 임의로 인정상여로 계상하여 법인의 손금으로 계상하였으나 현장성 경비를 보전하기 위하여 지급되었다고 볼 수 있는 증거가 없으므로 법인의 통상적 손금으로 인정될 수 없음(대법원2019두47315, 2019.11.14., 판결). | ||
| 14 | ▣ 제목 | 법인의 주식과 경영권을 함께 양도하는 경우 부당행위계산 부인 해당 여부 | 부당 행위 |
| ➲ 요지 | 원고회사와 원고회사의 임원들인 이 사건 이사들과 함께 AA법인의 주식 및 경영권을 일괄 양도하면서 양도가액을 주식수 비율대로 나누어 가진 경우, 경영권 프리미엄과 관련없는 이 사건 이사들 양도부분은 원고회사가 받았어야 할 경영권 프리미엄 중 일부를 분여한 것으로서, 법인세법상 부당행위계산 부인의 대상이 됨(대법원2016두54213, 2019.05.30., 판결). | ||
| 15 | ▣ 제목 | 외국법인에게 주식양도대금을 지급함에 있어서, 양도차손이 발생한 경우에도 지급명세서 제출 의무가 발생하는지 | 가산세 |
| ➲ 요지 | 외국법인이 국내주식 등을 양도함으로써 양도차익이 발생한 경우뿐만 아니라 양도차손이 발생한 경우에도 그 주식양도대금을 지급한 자에게 지급명세서 제출의무가 있으므로, 이를 제출하지 아니한 사실에 대하여 가산세를 부과한 이 사건 처분은 정당함(대법원2018두44746, 2018.8.30., 판결). | ||
| 16 | ▣ 제목 | 정규증빙미수취 가산세 대상금액은 부가가치세를 포함하지 않은 공급가액임 | 가산세 |
| ➲ 요지 | 법인세 과세표준과 관련이 없는 부가가치세 부분에 대하여도 가산세는 부과하는 것은 비례의 원칙에 반하므로 정규증빙미수취 가산세는 부가가치세를 포함하지 않은 공급가액을 기준으로 부과하는 것임(대법원2017두58717, 2017.12.07., 판결). | ||
| 17 | ▣ 제목 | 특수관계인으로부터 제3자배정방식으로 신주를 저가로 인수한 경우 법인세법상 익금에 해당하는지 여부 | 업무 무관 가지급금 |
| ➲ 요지 | 개인주주를 이익분여자로 보기 위해서는 자본거래로 인하여 개인주주에게 귀속될 이익이 있었음을 전제로 하므로, 이익의 분여자가 주식발행법인의 개인주주라하더라도 법인세법상 익금에 해당함(대법원2017두50980, 2017.10.26., 판결). | ||
| 18 | ▣ 제목 | 담합법인에게 지급한 입찰포기 대가의 손금 해당 여부 | 손금 |
| ➲ 요지 | 담합행위는 공정거래법 위반행위로, 지급한 담합사례금은 법인세법 제19조 제2항에서 규정한 사업관련 일반적으로 용인되는 통상적인 비용이라고 할 수 없고, 사업과 직접 관련된 비용도 아님(대법원2017두69750, 2017.10.26., 판결). | ||
| 19 | ▣ 제목 | 지급수수료 손금불산입 및 업무무관 가지급금 지급이자 손금불산입 | 손금 |
| ➲ 요지 | 법인이 리모델링 사업으로 얻은 수익을 주주에게 유상감자 방식으로 배분하면서, 기존의 주주에게 경영권확보 대가 등을 사업관련 수수료 명목으로 지급하였다고 하더라도, 그 수수료 성격이 단독주주로 남게 되는 주주가 부담할 비용의 성격이라면 법인의 손금에 산입할 수 없으며 대표자 상여처분은 정당함(대법원2016두56981, 2017.2.23., 판결). | ||
| 20 | ▣ 제목 | 가) 법인의 손금 해당 여부 | 손금 |
| ➲ 요지 | 피고가 사업과 관련 없는 비용으로 본 금융자문수수료는 원고는 사업 진행 초기단계에서 필요한 자금의 조달방법, 거래구조개발, 사업타당성 등에 대한 자문을 그 내용으로 하는 것으로, 원고의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 비용인 것인바 원고의 손금에 해당함(대법원2015두50146, 2016.03.10., 판결). | ||
| 21 | ▣ 제목 | 나) 임원 퇴직급여 지급규정에 의하여 특정 임원에게 과다하게 지급한 금액 손금산입 여부 | 퇴직 급여 |
| ➲ 요지 | 임원 퇴직급여 지급규정에 의하여 지급하더라도 퇴직급여의 형식을 빌려 특정 임원에게 법인의 자금을 분여하기 위한 목적으로 과다하게 지급할 경우에는 「법인세법 시행령」제44조 제4항 제2호의 규정에 따라 산정된 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입할 수 없음(대법원2015두50153, 2016.02.18., 판결). | ||