이 사건 원자력 사업부문의 가치를 공정하게 평가한 기업가치 평가액에서 순자산의 공정가치를 제외한 금액인 이 사건 영업권 가액은 양수도 대상 자산과는 별도로 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액이므로 세법상 영업권에 해당한다.

영업권은 그 기업의 전통, 사회적 신용, 그 입지조건, 특수한 제조기술 또는 특수거래관계의 존재 등을 비롯하여 제조판매의 독점성 등으로 동종의 사업을 영위하는 다른 기업이 올리는 수익보다 큰 수익을 올릴 수 있는 초과수익력이라는 무형의 재산적 가치를 말한다(대법원96누18697, 1997.5.28., 판결 등 참조). 앞서 인정한 사실에 의하면, 원고의 기업인수는 회사 지배 목적의 거래가 아니라 오랫동안 원자력 발전소 계측제어ㆍ설비ㆍ정비 등 사업분야에서 주된 사업자로 활동해 온 CC기업의 원자력 사업부를 인수하는 영업양수도거래이고, 이와 같은 거래의 경위 및 배경에 비추어 보면 원고는 이 사건 양수도거래를 통하여 CC기업이 보유하는 순자산가치를 취득하는 것보다는 1974년 설립된 이래 수십년간 축적되고 이미 형성되어 있는 CC기업의 원자력사업에 관한 기술정보, 노하우, 시장 내 지위, 거래처와의 관계, 수주잔고 등을 그대로 승계하는 장점을 거래의 주된 취지이자 핵심요소로 삼고 이들 요소를 장차 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하였음을 충분히 추단할 수 있으며, 실제로 원고는 CC기업이 기존에 가지고 있던 원자력발전 계측제어ㆍ설비ㆍ정비 등 사업에 관한 지적재산권, 고객정보, 영업비밀, 노하우, 기술정보 등을 장차 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하고 이를 이 사건 영업양수도계약에서 양도대상자산에 포함한 바 있으므로 원고가 이 사건 양수도거래 시 CC기업에게 순자산가액을 초과하여 지급한 금액은 감가상각의 대상이 되는 영업권의 대가라고 봄이 상당하고, 따라서 원고는 유상으로 영업권을 취득한 것으로 보아야 할 것이다.

구 법인세법 제23조는 고정자산에 대한 감가상각비를 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계상한 경우에 한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하도록 규정하면서 고정자산의 범위는 대통령령으로 정하도록 하고 있다. 이에 따라 감가상각자산의 범위를 규정한 법인세법 시행령 제24조 제1항은 제2호 가목에서 영업권(합병 또는 분할로 인하여 합병법인등이 계상한 영업권은 제외)을 감가상각자산의 하나로 규정하고 있고, 법인세법 시행규칙 제12조 제1항 제1호는 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 영업권에 ‘사업의 양도ㆍ양수과정에서 양도ㆍ양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액’이 포함되는 것으로 규정하고 있다. 즉 법인세법 시행규칙 제12조 제1항 제1호에서 말하는 ‘양도ㆍ양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가ㆍ인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용ㆍ명성 ㆍ거래처 등 영업상의 이점 등(이하 ‘영업상의 이점 등’)을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액’이라 함은 사업을 포괄적으로 양수하면서 영업상의 이점 등 시행규칙 제12조 제1항 제1호 소정의 초과수익력의 원인이 되는 여러 요소를 감안하여 양도ㆍ양수하는 다른 자산에 대한 평가와는 별도의 적절한 평가방법에 따른 평가를 거친 후 유상으로 취득한 금액을 의미한다고 할 것이며, ‘적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액’에 해당하는지 여부는 건전한 사회통념과 상관행에 비추어 정상적인 거래라고 인정될 수 있는 범위 내의 금액으로서 양도ㆍ양수하는 사업의 실질적 내용에 따라 구체적으로 판단하여야 한다(대법원2006두12722, 2008.11.13., 판결 참조). 한편 무형적 자산에 대한 가치평가액을 전체 합병대가에서 순자산가액을 공제한 금액으로 적절히 정하는 것이 가능하므로, 세법상 영업권으로 인정하기 위해서 반드시 합병대가 산정 시 별도의 적극적인 초과수익력 계산 과정이 수반되어야 하는 것은 아니고(대법원2017두54791, 2018.5.11., 판결 등 참조), 이는 영업양수도거래에서 무형적 자산에 대한 가치를 평가함에 있어서도 마찬가지라 할 것이다. 관련 법령과 위 법리에 비추어 이 사건을 보건대 ① 원고는 영업양수도의 방식으로 CC기업의 원자력 발전 계측제어ㆍ설비ㆍ정비 등 사업부를 인수한 점, ② CC기업이 원자력사업에 대한 각종 인허가 및 기술인력, 기술정보 등을 보유하면서 오랜기간 위 분야에서 사업을 영위하여 무형의 가치가 높은 회사였던 점, ③ 양수회사가 영업양수도거래에 따라 양도회사에게 지급하여야 할 영업권의 대가는 양도회사의 허가권이나 영업망, 신용도, 고용승계 등의 구체적인 항목에 따라 평가한 후 이를 산정함이 바람직할 것이나, 이러한 무형적 가치에 대한 평가방법이 확인되어 있는 것이 아니어서 자산의 각 항목에 따라 사업상 가치를 평가하여 그 결과를 영업권 가액으로 산정하는 것은 사실상 쉽지 아니할 뿐만 아니라 이 사건과 같이 양도회사인 CC기업이 가지는 여러 장점들을 전체로서 영업권으로 파악ㆍ평가하여도 기업거래 관행이나 회계원칙상 부당한 것으로 보이지 아니하는 점, ④ 원고가 제3의 객관적 평가기관을 통해 이 사건 원자력 사업부문의 기업가치를 평가한 후 이를 토대로 CC기업과의 협의 하에 결정한 금액을 이 사건 원자력 사업부문의 사업상 가치로 보기로 한 것은 당사자 사이의 제반 경제적 효과를 감안한 사적자치에 의한 결과로서 양 당사자 사이에 조세 회피 등의 불법적인 목적이 있다는 점이 드러나지 아니한 이상 원칙적으로 보호되어야 할 것인 점, ⑤ 원고와 CC기업은 상호 출자를 하거나 그 운영자가 친인척 등으로 구성된 이른바 특수관계에 있는 기업이 아니므로 특별한 사정이 없는 한 대등한 당사자로서 각 이익을 극대화하기 위하여 합리적인 의사결정을 할 것이므로 양수회사가 양도 대상 사업부문의 순자산가액을 초과하여 대가를 지급하였다면 위 사업부문에 그만큼의 기업가치가 있다고 판단하였을 것이라는 합리적 추론이 가능한 점, ⑥ 원고와 CC기업은 특수관계에 있는 기업이 아닌 점에서 원고가 이 사건 양수도 거래를 통해 CC기업에게 지급하거나 부담한 102,317,094,332원(부가가치세 부담액 제외)에서 이 사건 원자력 사업부문의 순자산가치 25,018,686,711원을 공제한 77,298,407,621원 모두를 영업권으로 인정한다 하더라도, 영업권에 대한 감가상각액을 과다하게 산정하여 조세를 회피하고자 하는 행위를 방지하려는 법인세법 시행규칙 제12조의 규정 취지에 반하는 것으로 보이지 않는 점 등을 종합적으로 고려하면, 원고가 지급한 위 77,298,407,621원은 법인세법 시행규칙 제12조 제1항 제1호 소정의 방식에 의하여 원고가 CC기업으로부터 양수한 영업권에 대한 적절한 평가방법에 의하여 유상으로 취득한 금액으로 봄이 타당하다. 이에 대하여 피고는, 원고가 주장하는 이 사건 영업권 가액은 단순히 이 사건 원자력 사업부문의 기업가치를 평가한 후 CC기업과의 협의 하에 취득대가를 산정하고 회계기준에 따라 위 취득대가에서 이 사건 원자력 사업부문의 순자산가치 상당액을 차감한 것에 불과하고, 양도 대상 사업부문에 대한 가치평가와는 별도로 초과수익력이라는 무형의 재산적 가치를 평가하여 유상으로 지급하였다고 볼 수 없으므로, 이를 세법상 영업권으로 볼 수 없다고 주장한다. 살피건대, 이 사건 영업권을 세법상 영업권으로 볼 수 있는지 여부의 판단에 있어 쟁점은 이 사건 원자력 사업부문에 관해 이루어진 기업가치평가를 실제 무형자산에 대한 사업상 가치를 평가한 것으로 볼 수 있는지 여부라 할 것이고 그와 같이 볼 수 있는 이상 세법상 감가상각자산인 영업권으로 인정할 수 있는 것이며, 무형적 자산에 대한 가치평가액의 계산은 양도 대상 사업의 사업적 가치, 즉 양수도대금에서 순자산가액을 공제한 금액으로 적절히 정하는 것이 가능하고 세법상 영업권으로 인정하기 위해서 반드시 별도의 적극적인 초과수익력 계산 과정이 수반되어야 하는 것은 아니므로, 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 이유 없다. 또한 피고는, CC기업은 이 사건 양수도거래 직전 사업연도의 매출이 크게 감소하였고, 2011년 387억원, 2010년 531억원의 당기순손실이 발생하여, 이 사건 원자력 사업부문이 당시 초과수익력을 가지고 있었다고 인정하기 어렵다고 주장한다. 그러나 CC기업이 비록 이 사건 양수도거래 무렵 위와 같은 손실이 있었다고 하더라도 그 원인이 반드시 이 사건 영업권이 이 사건 양수도거래 당시 초과수익력을 가지고 있지 않은 것에 기인하는 것이라고 단정하기 부족하고, 오히려 원고는 이 사건 양수도거래 후 매년 이 사건 영업권의 손상검사를 수행하였으나 2016년도까지 손상차손이 발생하지 아니하였으며, 2017년 발생한 손상차손도 정부의 원전축소정책에 따라 미래 사업계획이 수정되어 발생한 것인 점 등에 비추어 보면, 피고의 위 주장도 이유 없다. 나아가 피고는, 원고가 이 사건 원자력 사업부문의 금융기관 차입금인 부채를 인수하였으므로 이 사건 영업권은 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액, 즉 자산이 될 수 없으므로 세법상 영업권으로 볼 수 없다고도 주장하나, 양도 대상 사업부문에 초과수익력이라는 무형의 재산적 가치가 있고 그 가치에 대한 적절한 평가가 이루어진 이상 세법상 영업권에 해당한다 할 것이고, 양수회사가 양도 대상 사업부문의 부채를 양수한다거나 가치 평가를 토대로 결정된 양수도대금의 일부를 부채의 면책적 인수 방식으로 지급하였다고 하여 양수한 영업권에 대한 적절한 평가방법에 의하여 유상으로 취득한 금액이 아니라거나 그 가액이 달라진다고 볼 수 없다.