기업규모별 조세지원제도

서설
중소기업 등의 개념
조세특례제한법에서는 조세특례 지원대상을 중소기업으로 규정하는 다수의 규정이 있는데 경우에 따라서는 소기업에 좀 더 많은 지원을 하기도 하며 중견기업과 그 외의 기업의 경우에는 차등적용하거나 적용대상에서 제외하기도 한다. 기업의 규모별 지원을 살펴보기에 앞서 중소기업과 중견기업, 그리고 소기업의 규정을 먼저 살펴보기로 한다.
1. 중소기업
(1) 조세특례제한법상 중소기업 요건
다음의 요건을 모두 충족한 기업을 중소기업으로 규정하고 있다.
- ① 업종요건 다음의 소비성서비스업을 제외한 다른 업종을 주된 사업으로 영위하는 경우 업종요건을 충족한다. ※ 주의사항 : 다음의 ㉢ ~ ㉥ 업종은 2024.3.22. 이후 개시하는 과세연도부터 적용한다(기획재정부령 제1042호 부칙 제3조).
㉠ 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업은 제외한다) ㉡ 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 「식품위생법 시행령」제21조에 따른 단란주점 영업만 해당하되, 「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외한다) ㉢ 무도장 운영업 ㉣ 기타 사행시설 관리 및 운영업(「관광진흥법」제5조 또는 「폐광지역 개발 지원에 관한 특별법」 제11조에 따라 허가를 받은 카지노업은 제외) ㉤ 유사 의료업 중 안마를 시술하는 업㉥ 마사지업
- ② 규모요건 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 [별표 1]에 따른 규모 기준(“평균매출액등”은 “매출액”으로 본다) 이내이어야 한다.
- ③ 독립성요건 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제31조 제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 국내 계열회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사에 해당하지 않으며, 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호에 적합한 기업이어야 하는데 다음 3가지 중 어느 하나에 해당하는 경우 독립성 요건을 충족하지 못한 것으로 판단한다.
㉠ 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 ㉡ 자산총액 5,000억원 이상인 법인(외국법인 포함, 비영리법인 등 제외)이 30% 이상 지분을 직ㆍ간접적으로 소유하면서 최다출자자인 기업 ㉢ 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 출자 비율에 해당하는 평균매출액을 합산하여 업종별 규모기준을 충족하지 못하는 기업
- ④ 졸업요건 업종요건, 규모요건, 독립성요건을 갖추더라도 자산총액이 5천억원 이상인 기업은 중소기업으로 보지 않는다. 자산총액은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 재무상태표상의 자산총액으로 한다.
(2) 유예제도
중소기업이 자산총액이 5천억원 이상이 되거나 규모요건 또는 독립성요건 중 관계기업 요건을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는, 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 본다. 유예기간이 경과한 후에는 과세연도별로 매년 중소기업 해당 여부를 판정하여야 한다. 다만, 중소기업이 다음 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 해당 사유가 발생한 날(제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일로 한다)이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. ① 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우 ② 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우 ③ 실질적 독립성요건을 충족하지 못하는 경우[「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목의 규정(관계기업 매출액 합산)은 제외한다] ④ 창업일이 속하는 과세연도종료일부터 2년 이내의 과세연도종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
I 중소기업 졸업유예제도 적용예시 I
• 위의 사례에서 2023년 사업연도에 매출액이 규모요건을 초과한 경우 졸업유예제도를 적용하여 중소기업으로 인정하며, 향후 3개 사업연도(2023년 사업연도 ~ 2026년 사업연도)에는 규모요건 충족 여부와 상관없이 중소기업으로 의제한다. • 2027년 사업연도는 졸업유예기간이 경과한 사업연도이며, 규모요건을 초과하였으므로 중소기업이 될 수 없다. • 2028년 사업연도에 매출액이 규모요건을 충족하였으므로 중소기업으로 인정한다. • 2029년 사업연도에 매출액이 규모요건을 초과하였으며, 졸업유예제도는 적용하지 않는다. 졸업유예제도는 1회만 적용할 수 있고 향후 사업연도부터는 사업연도별로 중소기업 여부를 판정한다.
연도 | 2022년 | 2023년 | 2024년 | 2025년 | 2026년 | 2027년 | 2028년 | 2029년 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
매출액 규모 | 규모요건매출액 이하 | 규모요건매출액 초과 | 규모요건 검토 필요 없음(유예제도 적용으로 중소기업 의제) | 규모요건매출액 초과 | 규모요건매출액 이하 | 규모요건매출액 초과 | ||
중소기업여부 | 여 | 여(유예제도 적용) | 부 | 여 | 부 |
2. 중견기업
“중견기업”이란 다음 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다.
- ① 중소기업이 아닐 것
- ② 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」제2조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 기관*이 아닐 것 * 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」제2조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 기관은 「공공기관의 운영에 관한 법률」제4조에 따른 공공기관과 「지방공기업법」에 따른 지방공기업을 말한다.
- ③ 다음 어느 하나에 해당하는 업종을 주된 사업으로 경영하지 아니할 것. 이 경우 둘 이상의 서로 다른 사업을 경영하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.
㉠ 호텔업, 여관업, 일반유흥주점업, 무도유흥주점업, 단란주점업, 무도장 운영업, 기타 사행시설 관리 및 운영업, 유사 의료업 중 안마를 시술하는 업, 마사지업(중소기업배제업종) ㉡ 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」제2조 제2항 제2호 각 목의 업종 → 금융업, 보험 및 연금업, 금융 및 보험 관련 서비스업
- ④ 소유와 경영의 실질적인 독립성이 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」제2조 제2항 제1호에 적합할 것 실질적 독립성이 다음의 요건에 해당하지 않아야 한다.
㉠ 상호출자제한기업집단에 속하는 기업 ㉡ 자산총액이 5조원 이상인 기업 또는 법인이 해당 기업의 주식 또는 출자지분의 30% 이상을 직ㆍ간접적으로 소유하면서 최다출자자인 기업
- ⑤ 직전 3개 과세연도의 매출액(매출액은 조특령 제2조 제4항에 따른 계산방법으로 산출하며, 과세연도가 1년 미만인 과세연도의 매출액은 1년으로 환산한 매출액을 말한다)의 평균금액이 3천억원 미만인 기업일 것 매출액의 평균금액은 3천억원으로 규정하고 있지만, 연구인력개발비 세액공제 적용 시 중견기업의 매출액의 평균금액은 5천억원이다.
3. 소기업
소기업이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 [별표 3]을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. ▣ 소기업의 경우 매출액이 [별표 3]의 규모를 초과하는 경우 중소기업 판단의 경우처럼 유예제도를 적용하지 않음에 주의하여야 한다.
4. 실무자 주의사항
중소기업 규모요건의 기준이 되는 「중소기업기본법 시행령」 [별표 1]과 소기업 판단의 기준이 되는 「중소기업기본법 시행령」 [별표 3]의 분류 범주는 차이가 있으므로 실무자의 경우 항상 [별표 1]과 [별표 3]의 매출액 규모를 확인하도록 하여야 한다.
기업규모별 공제감면 적용사례
저자주 : 앞으로 서술하는 사례에서 법인의 사업연도는 매년 1월 1일 ~ 12월 31일을 전제로 하여 설명한다. 공제감면 개별조항 적용 시 기업규모별로 적용에 있어서 차이가 있으므로 주의를 요하는데 다음의 공제감면 규정을 구체적으로 살펴보기로 한다.
연구인력개발비 세액공제액은 당해연도 발생액 기준에 의하여 계산하는 것으로 한다.
• 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】 • 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】 • 제132조 【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】 • 제24조 【통합투자세액공제】 • 제29조의 8 【통합고용세액공제】
1. 중소기업특별세액감면 기업규모별 적용사례
(1) 기본감면율
산출세액에 대하여 다음의 감면율을 적용하는데 본점 또는 주사무소 소재지가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 감면율을 적용한다.
※ 통관 대리 및 관련 서비스업의 경우 위 감면율에 50%를 곱한 비율을 감면율로 적용한다. ※ 알뜰주유소의 경우 2023.12.31.까지 해당 석유판매업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 대하여 감면을 적용한다.
I 중소기업특별세액감면 감면율 I
소재지 구분 | 규모 구분 | 업종 구분 | 감면율 |
---|---|---|---|
수도권 내 | 소기업 | 도매 소매 의료업 | 산출세액의 10% |
그 외 해당업종 | 산출세액의 20% | ||
알뜰주유소 | 산출세액의 20% | ||
중기업 | 알뜰주유소 | 산출세액의 10% | |
수도권 외 | 소기업 | 도매 소매 의료업 | 산출세액의 10% |
그 외 해당업종 | 산출세액의 30% | ||
알뜰주유소 | 산출세액의 20% | ||
중기업 | 도매 소매 의료업 | 산출세액의 5% | |
그 외 해당업종 | 산출세액의 15% | ||
알뜰주유소 | 산출세액의 15% |
(2) 사례분석
㈜나라는 데스크톱 PC 도소매업을 영위하는 법인 사업자이다. 2024년 사업연도의 각 사업연도 소득금액 및 과세표준은 250,000,000원이며, 산출세액은 27,000,000원이다. 법인의 각 사업연도 소득금액은 전액 감면요건을 갖추었으며, 사업연도는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지이다. 매출액 규모요건 외에 중소기업 및 중견기업 요건은 모두 충족한다.
본점 소재지가 수도권에 소재하는 경우와 수도권외의 지역에 소재하는 경우로 구분하여 다음 각 사례의 감면세액을 계산하시오.
- ① 사례 1 2023년 매출액은 47억원이며, 2024년 매출액은 52억원이다.
본점 소재지 상황분석 감면세액계산 수도권 내 ① 「중소기업기본법 시행령」 [별표 3]의 도소매업 매출액 규모요건은 50억원 이하인 경우에 소기업으로 판정한다. ② 2024년 사업연도 매출액은 52억원으로 소기업 규모요건을 초과하며, 유예제도를 적용하지 않으므로 2024년 사업연도에는 소기업이 아닌 중기업에 해당한다. ③ ㈜나라는 중기업에 해당하고 본점이 수도권 내에 소재하므로 감면대상업종에 해당하지 않는다. 최종적으로 감면대상이 아니므로 2024년 사업연도에 중소기업특별세액감면 규정은 적용할 수 없으며 감면세액은 없다. 수도권 외 ① 「중소기업기본법 시행령」 [별표 3]의 도소매업 매출액 규모요건은 50억원 이하인 경우에 소기업으로 판정한다. ② 2024년 사업연도 매출액은 52억원으로 소기업 규모요건을 초과하며, 유예제도를 적용하지 않으므로 2024년 사업연도에는 소기업이 아닌 중기업에 해당한다. ③ ㈜나라는 중기업에 해당하고 본점이 수도권 외 지역에 소재하므로 감면대상업종에 해당한다. 본점이 수도권 외의 지역에 소재하며 중기업에 해당하므로 도소매업의 경우 5%의 감면율을 적용한다. 감면대상세액 = 27,000,000원 × 5% = 1,350,000원 - ② 사례 2 2023년 매출액은 997억원이며, 2024년 매출액은 1,052억원이다.
본점 소재지 상황분석 감면세액계산 수도권 내 ① 2023년 사업연도의 경우 중소기업 요건을 모두 충족하지만 2024년 사업연도의 경우 매출액 규모요건 초과로 중소기업 요건 중 규모요건을 충족하지 못한다. 2024년 사업연도와 2024년 2026년 2027년 사업연도까지는 유예제도를 적용받아 중소기업으로 판정한다. ② 2024년 사업연도 매출액은 중기업에 해당한다. ③ ㈜나라는 중기업에 해당하고 본점이 수도권 내에 소재하므로 감면대상업종에 해당하지 않는다. 최종적으로 감면대상이 아니므로 2024년 사업연도에 중소기업특별세액감면 규정은 적용할 수 없으며 감면세액은 없다. 수도권 외 ① 2023년 사업연도의 경우 중소기업 요건을 모두 충족하지만 2024년 사업연도의 경우 매출액 규모요건 초과로 중소기업 요건 중 규모요건을 충족하지 못한다. 2024년 사업연도와 2024년 2026년 2027년 사업연도까지는 유예제도를 적용받아 중소기업으로 판정한다. ② 2024년 사업연도 매출액은 중기업에 해당한다. ③ ㈜나라는 중기업에 해당하고 본점이 수도권 외 지역에 소재하므로 감면대상업종에 해당한다. 본점이 수도권 외의 지역에 소재하며 중기업에 해당하므로 도소매업의 경우 5%의 감면율을 적용한다. 감면대상세액 = 27,000,000원 × 5% = 1,350,000원
2. 연구인력개발비세액공제 및 최저한세 기업규모별 적용사례
(1) 연구인력개발비 세액공제율
신성장원천기술연구개발비와 국가전략기술연구개발비를 제외한 일반연구인력개발비의 세액공제율은 다음과 같다.
* “중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 다음 구분에 따른 비율”은 다음을 말한다.
※ 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우란 종소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도가 경과된 경우를 말한다.
구 분 | 직전연도 발생액 초과액 기준 | 당해연도 발생액 기준 | ||
---|---|---|---|---|
해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 초과발생액에 공제율 적용 | 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 공제율 적용 | |||
공제액 | 해당 과세연도 일반연구인력개발비 - 직전 과세연도 일반연구인력개발비 | 중소기업 50% | 해당 과세연도 일반연구 인력개발비 발생액 | 중소기업 25% |
중견기업 40% | 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 다음 구분에 따른 비율* | |||
그 외 기업 25% |
㉠ 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 | 15% |
---|---|
㉡ ‘㉠’의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 | 10% |
㉢ 중견기업이 ‘㉡’에 해당하지 아니하는 경우 | 8% |
㉣ ‘㉠’부터 ‘㉢’까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우 | Min(ⓐ, ⓑ) ⓐ 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 50% ⓑ 2% |
(2) 최저한세율
적용되는 최저한세율은 중소기업과 중소기업외의 법인 및 과세표준 구간별로 다음과 같다.
과세표준 구간 | 중소기업 | 중소기업 외의 법인 |
---|---|---|
100억원 이하 | 7% | 10% |
100억원 초과 1천억원 이하 | 12% | |
1천억원 초과 | 17% |
- ① 중소기업이 졸업요건, 규모요건, 독립성요건 중 관계기업 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우에는 해당 사유 발생한 과세연도와 다음 3개 과세연도 동안을 유예기간으로 하여 중소기업으로 보는데, 최저한세의 세율도 유예기간 중에는 7%를 적용한다.
- ② 중소기업 유예기간 이후에는 다음과 같이 최저한세율을 적용한다.
구분 적용 최저한세율 유예기간 사유발생연도 7% 사유발생 이후 3개 연도 7% 유예기간 이후 1 ~ 3년차 8% 유예기간 이후 4 ~ 5년차 9% 유예기간 5년차 이후 10 ~ 17%(중소기업 외의 법인과 동일)
(3) 사례분석
① ㈜나라는 데스크톱 PC 제조업을 영위하는 법인 사업자이다. 2024년 사업연도의 각 사업연도 소득금액 및 과세표준은 250,000,000원이며, 산출세액은 27,000,000원이다. 사업연도는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지이다. ② 매출액 규모요건 외에 중소기업 및 중견기업 요건은 모두 충족한다. 2024년 사업연도는 유예제도 적용 최종연도에 해당한다. ③ 매 사업연도에 이월결손금, 비과세소득, 소득공제 적용대상액은 발생하지 않았으며, 2030년 사업연도의 직전 3개년 평균매출액은 4,027억원이다.
소득금액과 연구인력개발비 발생액이 다음과 같다고 가정할 경우 위의 기본사항을 참고하여 사업연도별 연구인력개발비 세액공제액 대상액과 최저한세 적용 후 공제세액을 계산하시오.
구분 | 사업연도 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
연도 등 | 2024년 | 2025년 | 2026년 | 2027년 | 2028년 | 2029년 | 2030년 |
소득금액 | 250,000,000 | 240,000,000 | 270,000,000 | 300,000,000 | 220,000,000 | 202,000,000 | 235,000,000 |
연구인력 개발비 | 60,000,000 | 70,000,000 | 59,000,000 | 63,000,000 | 53,100,000 | 60,000,000 | 48,000,000 |
- ① 사업연도별 상황분석
- ㉠ 2024년 사업연도 • 유예제도 적용 최종연도이므로 중소기업에 해당하고 연구인력개발비 세액공제율은 25%를 적용한다. • 중소기업의 연구인력개발비 세액공제액에 대해서는 최저한세 규정을 적용하지 않는다.
- ㉡ 2025년 사업연도부터 2027년 사업연도 • 유예제도 적용 종료 후 첫 3개년에 해당하고 연구인력개발비 세액공제율은 15%를 적용한다. • 중소기업이 아니므로 연구인력개발비 세액공제액에 대해서는 최저한세 규정을 적용한다. • 최저한세율은 중소기업 유예제도 종료 첫 3개년 동안은 8% 세율을 적용한다.
- ㉢ 2028년 및 2029년 사업연도 • 유예제도 적용 종료 후 첫 3개년 경과 후 2개년 동안 연구인력개발비 세액공제율은 10%를 적용한다. • 중소기업이 아니므로 연구인력개발비 세액공제액에 대해서는 최저한세 규정을 적용한다. • 최저한세율은 중소기업 유예제도 종료 첫 3개년 경과 2개년 동안 9% 세율을 적용한다.
- ㉣ 2030년 사업연도 • 유예제도 적용 종료 후 첫 3개년 경과 후 2개년이 모두 경과하였으므로 연구인력개발비 세액공제율은 8%를 적용한다. • 중소기업이 아니므로 연구인력개발비 세액공제액에 대해서는 최저한세 규정을 적용한다. • 최저한세율은 유예제도 적용 종료 후 5개년 경과하였으므로 과세표준 구간별 세율을 적용하며, 2030년 사업연도 적용할 최저한세율은 과세표준이 100억원 이하이므로 10%이다.
- ② 사업연도별 과세표준, 산출세액, 공제세액 등
구분 사업연도 연도 등 2024년 2025년 2026년 2027년 2028년 2029년 2030년 소득금액 250,000,000 240,000,000 270,000,000 300,000,000 220,000,000 202,000,000 235,000,000 과세표준 250,000,000 240,000,000 270,000,000 300,000,000 220,000,000 202,000,000 235,000,000 산출세액 27,000,000 25,200,000 30,600,000 36,000,000 21,600,000 18,360,000 24,300,000 연구인력개발비 60,000,000 70,000,000 59,000,000 63,000,000 53,100,000 60,000,000 48,000,000 공제율 25% 15% 15% 15% 10% 10% 8% 공제대상세액 15,000,000 10,500,000 8,850,000 9,450,000 5,310,000 6,000,000 3,840,000 차감세액 12,000,000 14,700,000 21,750,000 26,550,000 16,290,000 12,360,000 20,460,000 최저한세율 7% 8% 8% 8% 9% 9% 10% 최저한세 17,500,000 19,200,000 21,600,000 24,000,000 19,800,000 18,180,000 23,500,000 공제배제액 - 4,500,000 - - 3,510,000 5,820,000 3,040,000 결정세액 12,000,000 19,200,000 21,750,000 26,550,000 19,800,000 18,180,000 23,500,000

3. 통합투자세액공제 기업규모별 적용사례
제24조(통합투자세액공제) 규정을 적용할 경우 제130조(수도권과밀억제권역의 투자에 대한 조세감면 배제) 규정을 함께 검토하여야 한다.
(1) 통합투자세액공제
공제금액은 기본공제금액과 추가공제금액의 합계액으로 한다.
통합투자세액공제액 = 기본공제액 + 추가공제액
- ① 기본공제 기본공제금액은 다음의 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.
기본공제금액 = 해당 과세연도 투자금액 × 공제율
구분 일반투자 신성장사업화 시설 투자 국가전략기술사업화 시설 투자 중소기업 10% 12% 25% 중견기업 5% 6% 15% 그 외 기업 1% 3% - ② 추가공제 추가공제금액은 다음의 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 다만, 추가공제금액이 ‘① 기본공제금액’을 초과하는 경우에는 기본공제금액의 2배를 그 한도로 한다.
추가공제금액 = (해당 과세연도 투자금액 - 직전 3년간 연평균 투자 또는 취득금액) × 3% (국가전략기술사업화시설투자 4%)
(2) 수도권과밀억제권역의 투자에 대한 조세감면 배제
1989년 12월 31일 이전 계속 사업 여부, 1990년 1월 1일 이후 사업개시 또는 사업장 이전 중소기업 여부 및 중소기업이 아닌 자에 따라 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산 중 다음의 증설투자에 대해 제24조(통합투자세액공제) 규정 적용이 배제되거나 증설투자 및 대체투자 전부에 대해 적용이 배제된다.
증설투자만 배제하는 경우 | 증설투자 및 대체투자 모두 배제하는 경우 |
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① 1989년 12월 31일 이전부터 수도권과밀억제권역에서 계속하여 사업을 경영하고 있는 내국인 ② 1990년 1월 1일 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 중소기업(이하 “1990년 이후 중소기업 등”이라 함) ③ 1990년 1월 1일 이후 수도권과밀억제권역에서 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치한 사업장을 포함)을 이전하여 설치하는 중소기업(이하 “1990년 이후 중소기업 등”이라 함) | ① 1990년 1월 1일 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 중소기업이 아닌 자 ② 1990년 1월 1일 이후 수도권과밀억제권역에서 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치한 사업장을 포함)을 이전하여 설치하는 중소기업이 아닌 자 |
예외(다음의 경우는 세액공제 적용) | 예외(다음의 경우는 세액공제 적용) |
다음의 각 경우에는 증설투자의 경우에도 제24조 통합투자세액 공제를 적용한다(조특령 §124 ②). ① 수도권과밀억제권역 안에 소재하는 다음의 산업단지 또는 공업지역에서 투자하는 경우 ㉠ 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의한 산업단지 ㉡ 「국토의 계획 및 이용에 관한 법」제36조 제1항 제1호의 규정에 의한 공업지역 및 동법 제51조 제3항의 지구단위계획구역 중 산업시설의 입지로 이용되는 구역 ② 다음의 사업용 고정자산을 취득하는 경우(조특령 §124 ③; 조특칙 §54) ㉠ 디지털방송을 위한 프로그램의 제작ㆍ편집ㆍ송신 등에 사용하기 위하여 취득하는 방송장비 ㉡ 「전기통신사업 회계정리 및 보고에 관한 규정」제8조에 따른 전기통신설비 중 같은 조 제1호부터 제3호까지 및 제5호에 따른 교환설비, 전송설비, 선로설비 및 정보처리설비 ㉢ 조특령 제21조 【통합투자세액공제】 제3항 제1호에 해당하는 자산 ㉣ 조특칙 제13조의 10 【설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례】 제3항 및 제4항 어느 하나에 해당하는 시설 ㉤ 조특칙 별표 11에 따른 의약품 품질관리 개선시설 | 다음의 사업용 고정자산을 취득하는 경우에는 제24조 통합투자세액공제를 적용한다(조특령 §124 ③; 조특칙 §54). ㉠ 디지털방송을 위한 프로그램의 제작ㆍ편집ㆍ송신 등에 사용하기 위하여 취득하는 방송장비 ㉡ 「전기통신사업 회계정리 및 보고에 관한 규정」제8조에 따른 전기통신설비 중 같은 조 제1호부터 제3호까지 및 제5호에 따른 교환설비, 전송설비, 선로설비 및 정보처리설비 ㉢ 조특령 제21조 【통합투자세액공제】 제3항 제1호에 해당하는 자산 ㉣ 조특칙 제13조의 10 【설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례】 제3항 및 제4항 어느 하나에 해당하는 시설 ㉤ 조특칙 별표 11에 따른 의약품 품질관리 개선시설 |
(3) 사례분석
<기본사항> • ㈜나라는 경기도 고양시에 본점을 둔 PC제조업을 영위하는 법인이다. 2011년 1월 7일 사업을 개시하여 계속하여 사업을 하고 있으며, 별도로 지점을 설치하지는 않았다. 지속적인 매출 성장으로 2024년 사업연도에 중소기업 유예제도 적용은 종료한다. 2025년 사업연도의 매출액은 1,215억원이다. 2012년에 취득한 제조설비는 노후화의 정도가 심하여 2024년도에 기존의 노후화된 기계장치를 철거하여 고철 매각하고 2024년 3월에 새로운 기계장치를 취득완료하였으며 취득가액 3억원은 전액 회사의 자금으로 취득하였다. 2025년 사업연도에는 기존의 무주택 종업원 임대용 주택의 규모가 협소하여 제조부문 근로자들의 복지증진을 위해 공장 인근의 국민주택 규모의 빌라를 매입하여 무주택 종업원에 한하여 임대를 하고 있다. 빌라의 매입가액은 15억원이다. • ㈜나라의 2024년과 2025년 각 사업연도 소득금액은 각각 8억원과 9억원이며, 이월결손금, 비과세소득, 소득공제액은 없다.
위의 기본사항을 참고로 2024년 사업연도와 2025년 사업연도의 통합투자세액 공제액 및 최저한세 검증과 농어촌특별세 납부액도 함께 계산하시오.
- ① 사업연도별 상황분석
- ㉠ 2024년 사업연도 • 2024년 사업연도는 중소기업 유예제도 적용 최종연도 이므로 중소기업으로 본다. • 2024년 사업연도에 기존의 기계장치를 처분하였더라도 사후관리 기간 경과 후의 처분이므로 기존의 공제세액의 추징은 적용하지 않는다. • 2024년 사업연도에 취득한 기계장치의 경우 대체투자에 해당하며, 수도권과밀억제권역 내(경기도 고양시)에서 취득한 경우 증설투자의 경우에는 통합투자세액공제의 적용을 배제하지만 대체투자의 경우에는 적용할 수 있다.
- ㉡ 2025년 사업연도 • 2024년 사업연도에 중소기업 유예적용은 종료하였으므로 2025년 사업연도부터는 중견기업으로 조세특례를 적용하여야 한다. • 2025년 사업연도에 취득한 종업원 임대용 주택의 경우 기존의 주택 외에 추가로 취득한 것이므로 증설투자에 해당하지만 이는 예외적으로 세액공제를 적용받을 수 있다[조특령 제21조 제3항 제1호에 해당하는 자산(무주택 종업원에게 임대목적으로 취득한 국민주택규모 이하의 주택)이므로 통합투자세액공제를 적용할 수 있다].
- ② 사업연도별 산출세액 등
구분 2024년 2025년 각 사업연도 소득금액 400,000,000 600,000,000 이월결손금 - - 비과세소득 - - 소득공제 - - 과세표준 400,000,000 600,000,000 산출세액 54,000,000 90,000,000 통합투자세액공제액 투자금액 300,000,000 1,500,000,000 공제율 10% 5% 공제대상세액 30,000,000 75,000,000 차감세액 24,000,000 15,000,000 최저한세 세율 7% 8% 세액 28,000,000 48,000,000 공제배제액 4,000,000 33,000,000 통합투자세액 공제액 26,000,000 42,000,000 결정세액 28,000,000 48,000,000 농어촌특별세 세율 20% 20% 세액 5,200,000 8,400,000
4. 통합고용세액공제 기업규모별 적용사례
통합고용세액공제는 상시근로자 증가분에 대한 세액공제, 정규직 근로자 전환 세액공제, 육아휴직 복귀자 세액공제로 구성되는데 이하에서는 상시근로자 증가분에 대한 세액공제에 한정하여 살펴본다.
(1) 상시근로자 증가분에 대한 세액공제
청년등상시근로자 증가분에 대한 공제세액과 청년등상시근로자 외 상시근로자 증가분에 대한 공제세액을 합산한 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제한다.
공제세액 = 청년등상시근로자 증가분 공제액 + 청년등상시근로자 외 상시근로자 증가분 공제액
- ① 청년등상시근로자 증가분 공제세액 공제세액은 다음에 따라 계산한 금액으로 한다.
공제세액 = 청년등상시근로자 증가 인원수 × 1인당 공제액I 증가한 인원수와 1인당 공제액 I
증가한 청년등상시근로자 수 1인당 공제액 증가한 상시근로자 인원수를 한도로 함 중소기업 수도권 내 1,450만원 수도권 외 1,550만원 중견기업 800만원 그 외 기업 400만원 - ② 청년등상시근로자 외 상시근로자 증가분 공제세액 공제세액은 다음에 따라 계산한 금액으로 한다.
공제세액 = 청년 등외 상시근로자 증가 인원수 × 1인당 공제액I 증가한 인원수와 1인당 공제액 I
증가한 청년등상시근로자 외 상시근로자 수 1인당 공제액 증가한 상시근로자 인원수를 한도로 함 중소기업 수도권 내 850만원 수도권 외 950만원 중견기업 450만원 그 외 기업 없음
(2) 1차연도 공제 적용 후 2차연도, 3차연도에 중소기업에서 중견기업으로 변경되는 경우 또는 중견기업에서 중견기업에 해당하지 않는 경우 공제액의 계산
- ① 1차연도 공제 적용 후 중소기업에 해당하지 않는 경우 이 경우 2차연도 또는 3차연도에 추가공제를 적용할 것인지, 적용할 경우 1인당 공제액의 적용은 어떤 금액으로 할 것인지 결정하여야 하는데 이에 대해 다음의 질의회신에서는 계속하여 공제를 적용하고 1차연도에 적용한 1인당 공제액을 계속하여 적용하는 것으로 해석하고 있다.
예규 (서면법령법인-1283, 2020.09.28.) 「조세특례제한법 시행령」제2조에 따른 중소기업에 해당하는 내국법인이 해당 과세연도의 상시근로자의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가하여 같은 법 제29조의7제1항 각 호에 따른 세액공제를 적용받은 후 다음 과세연도 이후에 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않더라도 같은 법 같은 조 제2항에 따른 공제세액 추징사유에 해당하지 않는 경우 해당 과세연도의 법인세에서 공제받은 금액을 해당 과세연도의 종료일로부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 법인세에서 공제하는 것임.
- ② 1차연도 공제 적용 후 중견기업에 해당하지 않는 경우 이 경우 2차연도 또는 3차연도에 추가공제를 적용할 것인지, 적용할 경우 1인당 공제액의 적용은 어떤 금액으로 할 것인지 결정하여야 하는데 이에 대해 다음의 질의회신에서는 계속하여 공제를 적용하고 1차연도에 적용한 1인당 공제액을 계속하여 적용하는 것으로 해석하고 있다.
예규 (서면법령법인-487, 2020.09.28.) 「조세특례제한법 시행령」제4조 제1항에 따른 중견기업에 해당하는 내국법인이 해당 과세연도의 상시근로자의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가하여 같은 법 제29조의 7 제1항 각 호에 따른 세액공제를 적용받은 후 다음 과세연도 이후에 규모의 확대 등으로 중견기업에 해당하지 않더라도 같은 법 같은 조 제2항에 따른 공제세액 추징사유에 해당하지 않는 경우 해당 과세연도의 법인세에서 공제받은 금액을 해당 과세연도의 종료일로부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 법인세에서 공제하는 것임.
(3) 사례분석
㈜나라는 PC제조업을 영위하는 법인사업자이다. 2023년 사업연도는 중소기업 유예적용 최종 사업연도이며, 2024년 사업연도에 중견기업에 해당한다. 2025년 사업연도의 경우 매출액의 급격한 증가로 중견기업에 해당하지 않는다. 법인의 소재지는 경기도 고양시이다.
상시근로자의 증감변동이 다음과 같을 경우 각 사업연도별로 통합고용세액공제(상시근로자 증가분) 규정을 적용할 경우 공제대상 세액을 계산하시오.
- ① 상시근로자 수 현황
2022년 2023년 2024년 2025년 근무인원현황 근무인원현황 증감현황 근무인원현황 증감현황 근무인원현황 증감현황 전체 7명 청년 3명 청년외 4명 전체 11명 청년 5명 청년외 6명 4명 증가 2명 증가 2명 증가 전체 15명 청년 6명 청년외 9명 4명 증가 1명 증가 3명 증가 전체 17명 청년 7명 청년외 10명 2명 증가 1명 증가 1명 증가 - ② 상황분석 2023년 사업연도는 중소기업 유예적용 최종 사업연도이며 2024년 사업연도는 중견기업에 해당하고 2025년 사업연도는 중견기업에 해당하지 않는다. 그러므로 각 사업연도별 공제적용 여부와 1인당 공제액 적용에 있어서 주의를 요한다.
- ㉠ 2023년 사업연도
1차연도(2023년) 공제액 • 중소기업에 해당하고 수도권(경기도 고양시)에서 청년과 청년외 상시근로자 수가 모두 증가하였으므로 세액공제를 적용하고 1인당 공제액은 수도권 지역 중소기업의 1인당 공제액을 적용한다. • 청년 1인당 공제액 1,450만원 청년외 1인당 공제액 850만원을 적용한다. - ㉡ 2024년 사업연도
1차연도(2024년 첫 적용) 공제액 2차연도(2023년 첫 적용) 추가공제액 • 중견기업에 해당하고 수도권(경기도 고양시)에서 청년과 청년외 상시근로자 수가 모두 증가하였으므로 세액공제를 적용하고 1인당 공제액은 수도권 지역 중소기업의 1인당 공제액을 적용한다. • 청년 1인당 공제액 800만원 청년외 1인당 공제액 450만원을 적용한다. • 2025년 사업연도는 중견기업에 해당하지만 2024년 사업연도에 1차 공제 적용 시 중소기업에 해당하여 2차연도 및 3차연도의 추가공제 적용 시에도 해당연도(2024년)에 공제한 금액을 그대로 공제한다. - ㉢ 2025년 사업연도
1차연도(2025년 첫 적용) 공제액 2차연도(2024년 첫 적용) 공제액 3차연도(2023년 첫 적용) 공제액 • 중견기업에 해당하지 않고 수도권(경기도 고양시)에서 청년과 청년외 상시근로자 수가 모두 증가하였으나 세액공제는 청년등상시근로자 증가분에 대해서만 적용하고 1인당 공제액은 수도권 지역 중소기업의 1인당 공제액을 적용한다. • 청년 1인당 공제액 400만원을 적용한다. • 2025년 사업연도에는 중견기업에 해당하지 않지만 1차연도(2024년) 공제 적용 시 중견기업에 해당하였으므로 2차연도, 3차연도에 상시근로자 수 감소로 인해 추가납부 사유가 발생하지 않는 이상 해당연도(2024년)에 공제한 금액을 그대로 적용한다. • 2025년 사업연도에는 중견기업 및 중소기업에 해당하지 않지만 1차연도(2023년) 공제 적용 시 중소기업에 해당하였으므로 2차연도, 3차연도에 상시근로자 수 감소로 인해 추가납부 사유가 발생하지 않는 이상 해당연도(2023년)에 공제한 금액을 그대로 적용한다.
- ㉠ 2023년 사업연도
- ③ 공제대상세액의 계산
2022년 2023년 2024년 2025년 근무인원현황 근무인원현황 증감현황 근무인원현황 증감현황 근무인원현황 증감현황 전체 7명 청년 3명 청년외 4명 전체 11명 청년 5명 청년외 6명 4명 증가 2명 증가 2명 증가 전체 15명 청년 6명 청년외 9명 4명 증가 1명 증가 3명 증가 전체 17명 청년 7명 청년외 10명 2명 증가 1명 증가 1명 증가 1차연도공제 ① 상황분석 ① 상황분석 ① 상황분석 직전연도(2022년) 대비 전체 상시근로자 수 증가(청년 증가, 청년외 증가) ⇒ 공제적용 중소기업이므로 중소기업 1인당 공제액 적용 직전연도(2023년) 대비 전체 상시근로자 수 증가(청년 증가, 청년외 증가) ⇒ 공제적용 중견기업이므로 중견기업 1인당 공제액 적용 직전연도(2024년) 대비 전체 상시근로자 수 증가(청년 증가, 청년외 증가) ⇒ 공제적용 중견기업에 해당하지 않으므로 청년 및 청년외 모두 증가하였지만 정년 증가분에 대해서만 공제 적용 ② 공제세액계산 ② 공제세액계산 ② 공제세액계산 청년 : 2 × 14,500,000 = 29,000,000 청년외 : 2 × 8,500,000 = 17,000,000 합계 : 46,000,000 청년 : 1 × 8,000,000 = 8,000,000 청년외 : 3 × 4,500,000 = 13,500,000 합계 : 21,500,000 청년 : 1 × 4,000,000 = 4,000,000 청년외 : 1 × 0 = 0 합계 : 4,000,000 ① 상황분석 ① 상황분석 최초공제연도(2023년) 대비 전체 상시근로자 수 감소하지 않았음(청년 증가, 청년외 증가) ⇒ 추가공제 적용 최초공제연도(2024년) 대비 전체 상시근로자 수 감소하지 않았음(청년 증가, 청년외 증가) ⇒ 추가공제 적용 ② 추가공제세액계산 ② 추가공제세액계산 청년 : 29,000,000 청년외 : 17,000,000 합계 : 46,000,000 청년 : 8,000,000 청년외 : 13,500,000 합계 : 21,500,0000 ① 상황분석 최초공제연도(2023년) 대비 전체 상시근로자 수 감소하지 않았음(청년 증가, 청년외 증가) ⇒ 추가공제 적용 ② 추가공제세액계산 청년 : 29,000,000 청년외 : 17,000,000 합계 : 46,000,000
결어
지금까지 중소기업, 중견기업, 그 외 기업으로 분류되는 경우 공제감면의 적용사례를 대표적인 내용으로 살펴보았다. 기업의 규모에 변동이 생기는 경우 이에 따라 조세특례제한법상의 공제 및 감면 규정의 적용에 있어 실무자는 주의를 기울여야 한다. 지면 관계상 대표적인 조항에 관한 것 그리고 공제대상세액과 최저한세 및 공제배제의 단순한 경우만 살펴보았으나 이를 참고하여 다른 공제 및 감면규정의 적용도 동일한 방법으로 적용하면 될 것이다.