연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제
목 차
1. 개요
기업이 연구개발(Research and development, R&D)을 통하여 새로운 제품과 서비스를 개발하고 창의적이고 혁신적인 신제품을 생산해야 우리나라 기업들이 세계 시장에서 경쟁력을 확보하고 성장해 나갈 수 있다. 기업의 연구개발을 촉진하기 위하여 연구ㆍ인력개발비발생액에 대하여 세액혜택을 주고 있다.
2. 세액공제 대상자
내국인1)에게 연구 및 인력개발을 위한 비용이 있는 경우에는 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득2) 에 대한 소득세를 말함) 또는 법인세에서 공제한다(조특법 §10 ①). 인력개발비에 대한 세액공제는 업종을 제한하지 않으므로 어떤 사업을 하든 관계없이 세액공제를 적용받을 수 있다. 1) “내국인”이란 「소득세법」에 따른 거주자 및 「법인세법」에 따른 내국법인을 말한다(조특법 §2 ① 1호). 2) 사업소득에는 「소득세법」제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득은 포함하지 아니한다(조특법 §7의 42 ①).
3. 연구ㆍ인력개발비의 범위
3.1 연구개발의 범위
연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고(조특법 §2 11호), 인력개발은 고용하고 있는 임직원을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말한다(조특법 §2 12호). 그러나 다음의 활동은 연구개발에 포함하지 아니한다(조특령 §1의 2). ① 일반적인 관리 및 지원활동 ② 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험 ③ 반복적인 정보수집 활동 ④ 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동 ⑤ 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무 ⑥ 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사ㆍ탐사하는 활동 ⑦ 위탁받아 수행하는 연구활동 ⑧ 이미 기획된 콘텐츠를 단순 제작하는 활동 ⑨ 기존에 상품화 또는 서비스화된 소프트웨어 등을 복제하여 반복적으로 제작하는 활동
3.2 연구ㆍ인력개발비의 범위
연구ㆍ인력개발비란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 조특령 [별표 6]의 비용을 말한다(조특령 §9 ①). 다만, 다음에 해당하는 비용은 연구ㆍ인력개발비에서 제외한다(조특령 §9 ①). ① 일정한 법률3)에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액 ② 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액 2023 개정 3) 일정한 법률은 다음의 법률을 말한다. ㉮ 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 ㉯ 「산업기술혁신 촉진법」 ㉰ 「정보통신산업 진흥법」 ㉱ 「중소기업기술혁신 촉진법」 ㉲ 「기초연구진흥 및 기술개발 지원에 관한 법률」 ㉳ 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 ㉴ 「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력 강화 및 공급망 안정화를 위한 특별조치법」
서비스 관련 연구개발비에 대한 특례 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용할 때 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 위하여 발생한 비용 중 과학기술분야와 결합되어 있지 아니한 금액에 대해서는 자체 연구개발을 위하여 발생한 것에 한정한다(조특법 §10 ⑤).
(1) 연구개발비
1) 자체연구개발비
※ 자체연구개발을 위한 비용에는 전담부서에서 사용하는 사무용품비등 소모품비와 복리후생비를 포함하지 아니한다(조기통 10-9…4). □ 연구인력에 대한 4대 보험료 사용자부담분을 세액공제대상에 포함
<개정이유> 4대 사회보험료의 공제대상 여부 명확화 <적용시기> 2024.2.29.이 속하는 과세연도분부터 적용
2) 위탁 및 공동연구개발비
4) 위탁ㆍ공동연구기관은 다음과 같다(조특령 별표 6 2호 나목). ㉮ 「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학 ㉯ 국공립연구기관 ㉰ 정부출연연구기관 ㉱ 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관 포함) ㉲ 「산업기술혁신 촉진법」제42조에 따른 전문생산기술연구소 등 기업이 설립한 국내외 연구기관 ㉳ 전담부서등(전담부서등에서 직접 수행한 부분으로 한정함) 또는 국외기업에 부설된 연구기관 ㉴ 영리를 목적으로 「연구산업진흥법」제2조 제1호 가목 또는 나목의 산업을 영위하는 기업 또는 영리목적으로 연구ㆍ개발을 독립적으로 수행하거나 위탁받아 수행하고 있는 국외 소재 기업 ㉵ 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단 ㉶ 한국표준산업분류표상 기술시험ㆍ검사 및 분석업을 영위하는 기업 ㉷ 「산업디자인진흥법」제4조 제2항 각 호에 해당하는 기관 ㉸ 「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합 3) 그 밖의 연구개발비
5) “기획재정부령으로 정하는 비용”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 산업기술에 관한 자문을 받고 지급하는 기술자문료를 말한다(조특칙 §7 ⑤). ① 과학기술분야를 연구하는 국ㆍ공립연구기관, 정부출연연구기관, 국내외 비영리법인(부설연구기관 포함), 「산업기술혁신 촉진법」제42조에 따른 전문생산기술연구소 등 기업이 설립한 국내외 연구기관, 전담부서등 또는 국외기업에 부설된 연구기관에서 연구업무에 직접 종사하는 연구원 ② 「고등교육법」제2조에 따른 대학(교육대학 및 사범대학을 포함함) 또는 전문대학에 근무하는 과학기술분야의 교수(조교수 이상인 자에 한함) ③ 외국에서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 산업분야에 5년 이상 종사하였거나 학사학위 이상의 학력을 가지고 해당 분야에 3년 이상 종사한 외국인기술자 ㉮ 영 별표 4의 산업 ㉯ 광업 ㉰ 건설업 ㉱ 영 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업 ㉲ 영 제5조 제7항에 따른 물류산업 ㉳ 시장조사 및 여론조사업, 경영컨설팅업 및 공공관계 서비스업, 사업시설 유지관리 서비스업, 교육관련 자문 및 평가업, 기타 교육지원 서비스업(교환학생 프로그램 운영 등으로 한정함), 비금융 지주회사, 기술 시험ㆍ검사 및 분석업, 측량업, 제도업, 지질조사 및 탐사업(광물채굴 목적의 조사 및 탐사를 제외한 지질조사 및 탐사활동으로 한정한다), 지도제작업, 전문디자인업, 그 외 기타 분류 안 된 전문ㆍ과학 및 기술 서비스업(지도제작, 환경정화 및 복원활동을 제외한 그 외 기타 분류 안 된 전문ㆍ과학 및 기술 서비스로 한정함), 기타 광업 지원 서비스업(채굴목적 광물탐사활동으로 한정함), 토양 및 지하수 정화업(토양 및 지하수 정화활동으로 한정함), 기타 환경 정화 및 복원업[토양 및 지하수 외의 환경 정화 활동(선박유출기름 수거운반을 제외함)으로 한정함] ㉴ 「연구산업진흥법」제2조 제1호 가목 및 나목의 연구산업 ㉵ 「조세특례제한법」제7조 제1항 제1호 허목의 의료업(「국가기술자격법 시행규칙」 별표 2의 국제의료관광코디네이터로 한정함)
| 구분 | 범 위 |
|---|---|
| 연구소 또는 전담부서에 근무하는 직원 등의 인건비 | 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 연구소 또는 전담부서*1에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외) 및 연구개발서비스업*2에 종사하는 전담요원으로서 전담부서 등에서 연구업무에 종사하는 연구요원(산업디자인전문회사*3의 경우 연구업무에 종사하는 「산업디자인진흥법 시행규칙」제9조 제1항 제1호에 따른 전문인력을 말함) 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원의 인건비.*4 다만, 주주인 임원으로서 다음에 해당하는 자는 제외한다(조특칙 §7 ③). ① 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 10%를 초과하여 소유하게 되는 자 ② 당해 법인의 주주로서 지배주주등(법령 §43 ⑦) 및 당해 법인의 총발행주식의 10%를 초과하여 소유하는 주주 ③ 위 ‘②’에 해당하는 자(법인 포함)와 「소득세법」 또는 「법인세법」에 따른 특수관계인. 이 경우, 「법인세법 시행령」제2조 제5항 제7호* (해당 법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 기업집단에 속하는 법인인 경우에는 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원)에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다. * 「법인세법 시행령」제2조 제5항 제7호는 제2항 제8항 제7호의 오타임. *1 연구소 또는 전담부서 : 다음 중 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서를 말함. ㉠ 「기초연구진흥 및 기 술개발지원에 관한 법률」제14조의 2 제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서 ㉡ 「문화산업진흥 기본법」제17조의 3 제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서 ㉢ 「산업디자인진흥법」제9조에 따른 산업디자인전문회사 *2 연구개발서비스업 : 「연구산업진흥법」에 따른 전문연구사업자가 영위하는 같은 법 제2조 제1호 가목의 연구산업 *3 산업디자인전문회사 : 「산업디자인진흥법」제9조 및 같은 법 시행규칙 제9조에 따라 산업통상자원부장관에게 신고하여 신고확인증을 발급받은 회사(서면법규법인-3918, 2023.03.08.) *4 인건비의 범위 : 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용. 다만, 다음의 인건비를 제외한다. ㉠ 퇴직소득(소법 §22)에 해당하는 금액 ㉡ 퇴직급여충당금(소법 §29; 법법 §33) ㉢ 「법인세법 시행령」제44조의 2 제2항에 따른 퇴직연금 등의 부담금(법법 §44의 2 ②) 및 퇴직연금계좌에 납부한 부담금(소령 §40의 2 ① 2호) |
| 사회보험료 사용자 부담금 | 인건비가 세액공제대상인 직원 및 전담요원이 가입한 다음의 사회보험에 대한 사용자 부담 사회보험료 상당액 2023 개정 (2024.2.29.이 속하는 과세연도분부터 적용) ① 국민연금 ② 고용보험 ③ 산업재해보상보험 ④ 국민건강보험 |
| 연구용으로 사용한 견본품 등 | 전담부서 등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비 포함) 및 소프트웨어(「문화산업진흥 기본법」에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정함)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비 |
| 연구ㆍ시험용 시설비용 | 전담부서 등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(조특령 §25의 3 ③ 2호 가목에 따른 시설을 말함)의 임차 또는 나목 1)에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용 |
| 종 전 | 2024.12.29. 개정 |
|---|---|
| □ R&D 세액공제 대상 인건비 ㅇ 4대보험 사용자부담분이 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제대상인지에 대한 명문규정은 없음. <예규> ① 다음의 비과세 근로소득 : 세액공제대상(서면법규과-752, 2014.7.17.) ② 국민연금 사용자부담금 : 세액공제대상(조심2016광1337, 2016.12.16., 조심2018중635, 2018.06.08.) ③ 산재보험료 : 세액공제대상 아님(조세정책과-695, 2023.3.20.) ④ 복리후생비 : 세액공제대상 아님(서면법인-2861, 2020.07.08.) | □ 4대 보험 사용자부담분 ㅇ 국민연금, 건강보험, 고용보험, 산재보험의 사용자부담분을 인건비 범위에 명시 [저자주] 노인장기요양보험료가 규정되어 있지 않음. 그러나 노인장기요양보험료도 「소득세법」제12조 제3호 너목에 비과세근로소득이고 예규에서도 세액공제대상으로 해석을 하였으므로 노인장기요양보험료만 제외할 합리적인 이유가 없음. 따라서 노인장기요양보험료를 별표6 개정 시 세액공제대상으로 하지 않은 것은 입법상 오류로 보이므로 입법상 보완이 필요한 것으로 보임. |
| [Q.1] | A법인은 2차전지를 구성하는 소재 및 제조공정에 적합한 특정 장비만을 새로이 개발, 제작하고 있으며, 장비 개발과정에서 축적된 Know-how에 대해서는 지속적으로 지적재산권을 등록하고 있다. 거래처에서 납품할 제품의 성능, 규격 등을 지정하여 납품요청을 하면 A법인은 납품의뢰받은 제품을 개발하기 위해 선행개발기술을 적용하여 납품조건에 맞도록 연구개발활동을 수행하고 있으며, 개발이 완료된 후에는 시제품을 거래처에 납품하여 납품조건 충족여부에 대한 검사를 받은 후 납품승인을 받는 경우 정식으로 제품을 납품함. 만일, A법인의 시제품이 고객사의 요구사항을 충족하지 못하여 검수에 통과하지 못하는 경우 고객사는 주문을 해제할 수 있는 권리를 가지게 되어 연구개발 실패에 따른 책임과 비용은 A법인이 전적으로 부담하게 되며, 성공할 경우 시제품을 거래처에 납품하고 그 대가를 수령하고 있다. ① 내국법인이 거래처의 납품조건을 충족하기 위하여 자기의 책임과 비용으로 제작한 시제품 제작비용이 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에 해당하는가? ② 납품업체가 자체연구개발에 따른 특허권 등을 소유ㆍ사용하면서 납품조건을 충족시키는 개발품(시제품)만을 공급하고 받은 대가는 연구ㆍ인력개발비에 해당하는 비용에서 차감하는가? |
| [A] | ① 내국법인이 거래처의 구매조건부 납품의뢰에 따라서 자기의 책임과 비용으로 자체기술에 의한 시제품 제작 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발 관련비용은 「조세특례제한법 시행령」 【별표 6】 제1호 연구개발란 가목의 자체 연구개발 비용에 해당하는 것임(사전법령법인-1658, 2021.11.23.). ② 납품업체가 자체연구개발에 따른 특허권 등을 소유ㆍ사용하면서 납품조건을 충족시키는 개발품(시제품)만을 공급하고 받은 대가는 연구ㆍ인력개발비에 해당하는 비용에서 차감하지 아니하는 것임(조세특례제도과-177, 2017.02.09.). |
| [Q.2] | (주)A는 웹툰을 제작하여 플랫폼을 통해 최종소비자에게 제공하는 전자출판물 제작업을 운영하는 중소기업으로 「문화산업진흥 기본법」제17조의 3 제1항에 따른 기업창작전담부서를 설치하고 2023.3.8. 인정받았다. 기업창작전담부서는 ① 웹툰 시나리오 개발 및 스토리보드 제작, ② 등장인물에 대한 캐릭터 디자인, ③ 스토리보드를 기반으로 작화 등의 문화산업 분야의 창작업무를 주요 업무로 하고 있고, 창작전담요원 2명과 보조원 1명으로 구성되어 있다. 창작전담요원은 웹툰의 창작업무를 전담하고 있고 보조원은 「문화산업진흥 기본법 시행령」제26조 제3항ㆍ제4항의 학력 등의 요건을 충족하지 못하여 보조원으로 연구원 현황에 등록하였으나 다른 업무를 겸직하지 아니하고 웹툰 창작업무를 전담하고 있다. 기업창작전담부서에서 근무하는 보조원의 인건비가 「조세특례제한법」제10조에 따른 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 비용에 해당하는가? |
| [A] | 기업창작전담부서에서 근무하면서 다른 업무를 겸하지 아니하고 창작개발 업무만을 전담하여 수행하는 보조원의 인건비는 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 비용에 해당함(서면법인-1004, 2023.06.14.). |
| [Q.3] | (주)A는 기업부설연구소를 운영 중에 있으며, 연구소장 이하 연구전담요원들로 구성되어 있는데 2014.7.1. 연구소장이 (주)A의 주식을 취득하여 10%를 초과 보유하게 되어 R&D세액공제 대상 전담요원에서 제외되었다. 이 경우 제외 사유 발생일 이전까지의 인건비는 R&D 세액공제 대상인가? |
| [A] | 법인의 전담부서에서 연구업무에 종사하는 연구요원이자 임원에 해당하는 자가 사업연도 중 당해 법인의 주식을 취득하여 그 소유지분이 총발행주식의 10%를 초과하게 되어 연구인력개발비 세액공제 대상 연구전담요원에서 제외되는 경우, 그 제외사유 발생일 이전 기간에 상당하는 인건비에 대해서는 연구인력개발비 세액공제를 적용할 수 있는 것임(서면법규과-1017, 2014.9.21.). |
| [Q.4] | (주)A는 소프트웨어개발을 주업으로 하는 법인으로 새로 설립하는 연구소의 소장으로 법인의 대표이사(지배주주에 해당함) 동생이나 동생의 아내, 혹은 연구개발전문가를 채용 검토하고 있다. 법인의 설립연구소에 연구소장을 채용하는 경우 ① 특수관계 없는 개인을 채용하며 10%의 주식과 임원직을 함께 제공하는 경우와 둘 중 하나만 제공하는 경우 연구소장의 인건비가 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는지 여부 ② 특수관계인인 법인의 대표이사의 동생을 채용하며 10%의 주식과 임원직을 함께 제공하는 경우와 사내이사직만을 제공하는 경우 각각 해당 인건비가 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는지 여부 ③ ‘질의 ②’의 답변이 법인의 대표이사의 동생의 아내(제수)를 연구소장으로 고용할 때에도 동일하게 적용되는지 여부 |
| [A] | ① 특수관계 없는 자를 연구소장으로 채용하면서 법인의 총발행주식의 10%와 임원(사내이사)직 중 어느 하나 또는 둘 모두를 제공하는 경우, 그 사람의 인건비는 연구인력개발비 세액공제대상임. ② 특수관계 있는 법인의 대표이사의 동생을 연구소장으로 채용하면서 법인의 총발행주식 10%와 임원직을 모두 제공할 시에는 주주인 임원으로서 지배주주등과 특수관계에 있는 자에 해당하여 그 사람의 인건비는 연구인력개발비 세액공제 대상에서 제외됨. ③ 법인의 대표이사의 동생의 아내는 3촌 이내의 인척으로 특수관계인에 해당하여 법인의 대표이사의 동생에 대한 규정이 동일하게 적용됨(참고 : 서면법인-1132, 2020.07.01.). |
| 구분 | 범 위 |
|---|---|
| 위탁 및 공동연구개발비 | ① 위탁ㆍ공동연구기관4)에 과학기술 및 산업디자인 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁 포함)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외함) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용 ② 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한정함)에게 과학기술분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용 |
| 구분 | 범 위 |
|---|---|
| 그 밖의 연구개발비 | ① 해당 기업이 그 종업원 또는 종업원 외의 자에 대한 직무발명보상금 지급으로 발생한 금액 ② 기술정보비(기술자문비 포함) 또는 도입기술의 소화개량비로서 기획재정부령이 정하는 것5) ③ 중소기업이 한국생산기술연구원과 전문생산기술연구소의 기술지도 또는 「중소기업진흥에 관한 법률」에 따른 기술지도를 받음에 따라 발생한 비용 ④ 중소기업에 대한 공업 및 상품디자인 개발지도를 위하여 발생한 비용 ⑤ 중소기업이 「산업재산 정보의 관리 및 활용 촉진에 관한 법률」제17조 제1항에 따라 지정된 산업재산진단기관의 특허 조사ㆍ분석을 받음에 따라 발생한 비용 |
(2) 인력개발비
| 구분 | 범 위 |
|---|---|
| 위탁훈련비 | 다음의 위탁훈련비(전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원에 한함) ① 국내외의 전문연구기관 또는 대학에의 위탁교육훈련비 ② 「국민 평생 직업 능력 개발법」에 따른 직업훈련기관에 위탁훈련비 ③ 「국민 평생 직업 능력 개발법」에 따라 고용노동부장관의 승인을 받아 위탁훈련하는 경우의 위탁훈련비 ④ 중소기업이 「중소기업진흥에 관한 법률」에 따른 기술연수를 받기 위하여 지출한 비용 ⑤ 그 밖에 자체기술능력향상을 목적으로 한 국내외 위탁훈련비로서 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원이 훈련을 목적으로 지출하는 다음 중 어느 하나에 해당하는 비용 ㉮ 국내외기업(국내기업의 경우에는 전담부서등을 보유한 기업에 한함)에의 위탁훈련비*1 ㉯ 한국생산성본부에의 위탁훈련비*2 *1 국외훈련에 따른 체류경비는 포함되지 아니한다(조기통 10-9…1 ②). *2 위탁훈련비에는 경리ㆍ인사ㆍ총무 등 관리부분에 종사하는 종업원에 대한 자체ㆍ위탁교육비 등은 포함되지 아니한다(조기통 10-9…1 ③). |
| 사내직업능력개발훈련 실시 등에 소요되는 비용 | 「국민 평생 직업 능력 개발법」 또는 「고용보험법」에 따른 사내직업능력개발훈련 실시 및 직업능력개발훈련 관련사업 실시에 소요되는 비용으로서 기재부령으로 정하는 것6) |
| 중소기업에 대한 인력개발 및 기술지도를 위하여 지출하는 비용 | 중소기업에 대한 인력개발 및 기술지도를 위하여 지출하는 다음의 비용(조특칙 §7 ⑩) ① 지도요원의 인건비 및 지도관련 경비 ② 직업능력개발훈련의 훈련교재비 및 실습재료비 ③ 직업능력개발훈련시설의 임차비용 ④ 중소기업이 「중소기업 인력지원 특별법」에 따라 중소기업 핵심인력 성과보상기금에 납입하는 비용. 다만 ‘㉮’에 해당하는 납입비용은 세액공제 대상에서 제외하고, ‘㉯’에 따른 환급받은 금액은 납입비용에서 뺀다. ㉮ 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자)와 그 배우자, 그 사람의 직계존비속(그 배우자 포함) 또는 그 사람과 친족(국기령 §1의 2 ①)에 따른 관계에 있는 사람에 대한 납입비용 ㉯ 중소기업 핵심인력 성과보상기금에 가입한 이후 5년 이내에 중도해지를 이유로 중소기업이 환급받은 금액(환급받은 금액 중 이전 과세연도에 빼지 못한 금액이 있는 경우에는 해당 금액을 포함함) ⑤ 내국인이 사용하지 아니하는 자기의 특허권 및 실용신안권을 중소기업(「법인세법」 및 「소득세법」에 따른 특수관계인이 아닌 경우에 한함)에게 무상으로 이전하는 경우 그 특허권 및 실용신안권의 장부상 가액 ⑥ 「산업발전법」제19조 제1항에 따른 지속가능경영과 관련한 임직원 교육 경비 및 경영수준진단ㆍ컨설팅 비용 |
| 생산성 향상을 위한 인력개발비 | 다음에 해당하는 생산성향상을 위한 인력개발비(다만, 교육훈련시간이 24시간 이상인 교육과정의 것에 한함)(조특칙 §7 ⑪) ① 품질관리ㆍ생산관리ㆍ설비관리ㆍ물류관리ㆍ소프트웨어관리ㆍ데이터관리ㆍ보안관리에 관한 회사 내 자체교육비로서 조특칙 제7조 제13항 각호의 비용에 준하는 것 ② 법 소정 품질관리훈련기관7)에 품질관리 등에 관한 훈련을 위탁하는 경우의 그 위탁훈련비. 다만, 「국민 평생 직업능력개발법」에 따른 위탁훈련비와 한국생산성본부에의 위탁훈련비를 제외한다. ③ 한국콘텐츠진흥원에 교육을 위탁하는 경우 그 위탁교육비용 ④ 「항공법」에 따른 조종사의 운항자격 정기심사를 받기 위한 위탁교육훈련비용 ⑤ 해외 호텔 및 해외 음식점에서 조리법을 배우기 위한 위탁교육훈련비용 |
| 사내기술대학(대학원 포함) 및 사내대학의 운영에 필요한 비용 | 기획재정부령으로 정하는 사내기술대학(대학원 포함) 및 사내대학8)의 운영에 필요한 비용으로서 다음의 것(조특칙 §7 ⑬) ① 교육훈련용 교재비ㆍ실험실습비 및 교육용품비 ② 강사에게 지급하는 강의료 ③ 사내기술대학 등에서 직접 사용하기 위한 실험실습용 물품ㆍ자재ㆍ장비 또는 시설의 임차비 ④ 사내기술대학 등의 교육훈련생에게 교육훈련기간 중 지급한 교육훈련수당 및 식비 |
| 산업수요맞춤형 고등학교 등 관련 비용 | ① 「 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 시행령」제2조 제1항 제3호 및 제4호에 따른 학교 또는 산업수요 맞춤형 고등학교 등과의 계약을 통해 설치ㆍ운영되는 직업교육훈련과정 또는 학과 등의 운영비로 지출한 비용 ② 산업수요 맞춤형 고등학교 등과 기획재정부령으로 정하는 사전 취업계약 등을 체결한 후, 직업교육훈련을 받는 해당 산업수요 맞춤형 고등학교의 재학생에게 해당 훈련기간 중 지급한 훈련수당, 식비, 교재비 또는 실습재료비(생산 또는 제조하는 물품의 제조원가 중 직접 재료비를 구성하지 않는 것만 해당함) ③ 현 장실습산업체가 교육부장관이 정하는 표준화된 운영기준을 준수하는 현장실습을 실시하는 산업교육기관 등과 사전 취업약정 등을 체결하고 해당 현장실습 종료 후 현장실습을 이수한 대학생을 채용한 경우 현장실습 기간 중 해당 대학생에게 같은 조 제3항에 따라 지급한 현장실습 지원비(생산 또는 제조하는 물품의 제조원가 중 직접 재료비를 구성하지 않는 것만 해당함) ④ 「 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」제2조 제2호 다목에 따른 대학과의 계약을 통해 설치ㆍ운영되는 같은 법 제8조 제2항에 따른 계약학과등의 운영비로 발생한 비용 2023 신설 |
3.3 신성장ㆍ원천기술연구개발비의 범위
신성장ㆍ원천기술연구개발비는 조특령 [별표 7]에 따른 신성장ㆍ원천기술의 연구개발업무를 위한 연구개발비를 말하며, 그 범위는 다음과 같다(조특령 §9 ③).
9) “기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서”란 영 별표 7에 따른 신성장ㆍ원천기술의 연구개발업무만을 수행하는 국내 소재 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업을 말한다. 다만, 일반연구개발을 수행하는 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업의 경우에는 다음의 구분에 따른 조직을 신성장ㆍ원천기술연구개발 전담부서등으로 본다. ① 신성장ㆍ원천기술연구개발업무에 관한 별도의 조직을 구분하여 운영하는 경우 : 그 내부 조직 ② ‘①’ 외의 경우 : 신성장ㆍ원천기술연구개발업무 및 일반연구개발을 모두 수행하는 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업 10) “기획재정부령으로 정하는 기관”이란 다음 중 어느 하나에 해당하는 기관을 말한다. 다만, 제4호부터 제7호까지의 기관에 신성장ㆍ원천기술연구개발업무 또는 영 별표 7의 2에 따른 국가전략기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 “국가전략기술연구개발업무”라 한다)를 위탁(재위탁을 포함한다)하는 경우(영 별표 7 제7호 가목 ‘6)부터 8)’까지의 규정에 따른 임상1상ㆍ임상2상ㆍ임상3상 시험, 영 별표 7의 2 제3호 나목부터 마목까지의 규정에 따른 비임상ㆍ임상1상ㆍ임상2상ㆍ임상3상 시험 및 같은 표 제7호 다목부터 바목까지의 규정에 따른 비임상ㆍ임상1상ㆍ임상2상ㆍ임상3상 시험의 경우는 제외한다)에는 국내에 소재한 기관으로 한정한다. ① 「고등교육법」제2조에 따른 대학 또는 전문대학 ② 국공립연구기관 ③ 정부출연연구기관 ④ 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ⑤ 「산업기술혁신 촉진법」제42조에 따른 전문생산기술연구소 등 기업이 설립한 국내외 연구기관 ⑥ 전담부서등(신성장ㆍ원천기술연구개발업무 또는 국가전략기술연구개발업무만을 수행하는 전담부서등에서 직접 수행한 부분에 한정한다) 또는 국외기업에 부설된 연구기관 ⑦ 「연구산업진흥법」제2조 제1호 가목 및 나목의 연구산업을 영위하는 기업 또는 영리목적으로 연구ㆍ개발을 독립적으로 수행하거나 위탁받아 수행하고 있는 국외 소재 기업 ⑧ 내국인이 의결권 있는 발행주식총수의 100분의 50 이상을 직접 소유하거나 100분의 80 이상을 직접 또는 간접으로 소유하고 있는 외국법인(외국법인에 부설된 연구기관을 포함한다) 일반연구개발을 수행하는 전담부서 등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업의 경우에는 다음의 구분에 따른 조직을 신성장ㆍ원천기술연구개발 전담부서등으로 본다(조특칙 §7 ②). ① 해당 업무에 관한 별도의 조직을 구분하여 운영하는 경우 : 그 내부 조직 ② 위 ‘①’ 외의 경우 : 해당 업무 및 일반연구개발을 모두 수행하는 전담부서 등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업
| 구분 | 범 위 |
|---|---|
| 자체연구개발비 | ① 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서9)에서 신성장ㆍ원천기술개발업무에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람의 인건비. 다만, 다음에 해당하는 사람의 인건비는 제외한다. ㉮ 주주인 임원으로서 다음에 해당하는 사람 ㉠ 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 10%를 초과하여 소유하게 되는 자 ㉡ 당해 법인의 주주로서 지배주주등(법령 §43 ⑦) 및 당해 법인의 총발행주식의 10%를 초과하여 소유하는 주주 ㉢ 위 ‘㉡’에 해당하는 자(법인 포함)와 「소득세법」 또는 「법인세법」에 따른 특수관계인. 이 경우 「법인세법 시행령」제2조 제5항 제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다. ㉯ 신성장ㆍ원천기술연구개발업무와 일반연구개발업무를 모두 수행하는 전담부서등 및 연구개발서비스업의 경우 신성장ㆍ원천기술연구개발업무와 일반연구개발업무를 동시에 수행한 사람 ② 신성장ㆍ원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비 및 소프트웨어(문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정함)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비 |
| 위탁 및 공동연구개발 | 기획재정부령으로 정하는 기관10)에 신성장ㆍ원천기술연구개발업무를 위탁(재위탁 포함)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외함) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용 |
3.4 국가전략기술연구개발비
국가전략기술연구개발비란 다음의 구분에 따른 비용을 말한다(조특령 §9 ⑦).
| 구분 | 범 위 |
|---|---|
| 자체연구개발비 | ① 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 [별표 7의 2]에 따른 국가전략기술의 연구개발업무에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 다음에 해당하는 사람에 대한 인건비는 제외한다. 2023 개정 ㉮ 주주인 임원으로서 다음에 해당하는 사람 ㉠ 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 10%를 초과하여 소유하게 되는 자 ㉡ 당해 법인의 주주로서 지배주주등(법령 §43 ⑦) 및 당해 법인의 총발행주식의 10%를 초과하여 소유하는 주주 ㉢ 위 ‘㉡’에 해당하는 자(법인 포함)와 「소득세법」 또는 「법인세법」에 따른 특수관계인. 이 경우 「법인세법 시행령」제2조 제5항 제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다. ㉯ 국가전략기술연구개발업무와 신성장ㆍ원천기술연구개발업무 또는 일반연구개발을 동시에 수행한 사람 ② 국가전략기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비 |
| 위탁 및 공동연구개발 | 기획재정부령으로 정하는 기관에 국가전략기술연구개발업무를 위탁(재위탁 포함)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외함) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용 |
4. 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제액의 계산방법
연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제액은 다음 “신성장ㆍ원천기술연구개발비에 대한 세액공제액”, “국가전략기술연구개발비에 대한 세액공제액”, “일반연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제액”을 합한 금액으로 한다. 이 경우 “신성장ㆍ원천기술연구개발비에 대한 세액공제”와 “국가전략기술연구개발비에 대한 세액공제액을 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 납세의무자의 선택에 따라 그중 하나만을 적용한다(조특법 §10 ①). 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 연구ㆍ인력개발비가 발생된 각 사업연도마다 적용하며, 연구ㆍ인력개발비를 자산계정으로 처리한 경우에도 세액공제를 적용한다(조특통 10－0…1 ②).
(1) 신성장ㆍ원천기술연구개발비에 대한 세액공제액
* 수입금액 : 기업회계기준(법법 §43)에 따라 계산한 매출액 (2) 국가전략기술연구개발비에 대한 세액공제액
(3) 일반연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 신성장ㆍ원천기술연구개발비 및 국가전략연구개발비에 해당하지 아니하거나 신성장ㆍ원천기술 연구개발비 및 국가전략연구개발비에 대한 세액공제를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(“일반연구ㆍ인력개발비”)의 경우에는 다음과 같이 세액공제액을 계산한다(조특법 §10 ① 3호).
신성장ㆍ원천기술연구개발비에 대한 세액공제액 = 신성장ㆍ원천기술연구개발비 당기 발생액 × 공제율*
* 공제율
| • 중소기업 : 30%＋ Min[ | 신성장ㆍ원천기술연구개발비 | × 3, 10%] |
| 해당 과세연도의 수입금액* |
| • 코스닥상장중견기업 : 25% ＋ Min[ | 신성장ㆍ원천기술연구개발비 | × 3, 15%] |
| 해당 과세연도의 수입금액* |
| • 그 밖의 기업 : 20% ＋ Min[ | 신성장ㆍ원천기술연구개발비 | × 3, 10%] |
| 해당 과세연도의 수입금액* |
국가전략기술연구개발비에 대한 세액공제액 = 국가전략기술연구개발비 당기 발생액 × 공제율*
* 공제율
| ① 중소기업 : 40%＋ Min[ | 국가전략기술연구개발비 | × 3, 10%] |
| 해당 사업연도의 수입금액 |
| ② 그 밖의 기업 : 30%＋ Min[ | 국가전략기술연구개발비 | × 3, 10%] |
| 해당 사업연도의 수입금액 |
- 1) 당기분방식만을 적용하는 경우 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 당기분방식으로 일반연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제액을 계산하여야 한다(조특법 §10 ① 3호 단서). ① 당기 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 않은 경우 ② 직전 사업연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 당기 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우. 이는 직전 과세기간의 연구ㆍ인력개발비를 적게 지출하는 방법으로 증가분방식에 따른 세액공제액을 조절시키는 것을 막기 위한 규정이다. 일반연구ㆍ인력개발비의 4년간 연평균 발생액의 계산은 다음의 계산식에 따른다(조특령 §9 ⑨).
11) 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 사업장별로 그 사업에 관한 권리(미수금 제외)와 의무(미지급금 제외)를 포괄적으로 현물출자를 받은 법인의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 현물출자를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자로부터 발생한 일반연구ㆍ인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인 등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우로서 합병 등을 하기 전에 피합병법인 등의 해당 승계사업에서 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 구분하기 어려운 경우에는 피합병법인 등에서 합병 등을 하기 전에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인 등에서 발생한 일반연구ㆍ인력개발비로 본다(조특령 §9 ⑩). 법령의 개정으로 최초로 세액공제대상이 되거나 제외되는 비용이 있는 경우 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 합계액은 해당 과세연도와 동일한 기준에 상응하는 연구 및 인력개발비를 포함하여 계산한다(조기통 10-9…2). 당기분 방식에 의한 일반연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제액은 다음과 같이 계산한다.
해당 사업연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액11) × 당기 사업연도의 개월 수 당기 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생한 사업연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다) 12 일반연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제액 = 당기 발생액 × 공제율** 공제율 ① 중소기업 : 25% ② 중소기업이 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우(중소기업 유예기간이 경과한 경우) : 3년 이내에 끝나는 사업연도까지 15%, 그 후 2년 이내에 끝나는 사업연도까지 10% ③ 중견기업이 ‘②’에 해당하지 아니하는 경우 : 8%④ 위에 해당하지 아니하는 경우： 일반연구ㆍ인력개발비 × 1 → 2% 한도 해당 사업연도의 수입금액 2 
- 2) 그 밖의 경우 : 당기분방식과 증가분방식 중 하나를 선택할 수 있음
일반연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 : ㉮와 ㉯ 중 선택 ㉮ 당기분방식 세액공제 = 당기 발생액 × 공제율 ㉯ 증가분방식 세액공제 = (당기 발생액 － 직전기 발생액) × 25%(중견기업* 40%, 중소기업 50%)* 중견기업 : 다음 요건을 모두 갖춘 기업(조특령 §9 ③) ① 중소기업이 아닐 것 ② 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」제2조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 기관12)이 아닐 것 2023 신설 ③ 다음 중 어느 하나에 해당하는 업종을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것. 이 경우 둘 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다. ㉮ 소비성서비스업 ㉯ 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」제2조 제2항 제2호 각목의 업종*을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것 * 금융업, 보험과 연금업, 금융 및 보험 관련 서비스업을 말함. ④ 소유와 경영의 실질적인 독립성이 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」제2조 제2항 제1호에 적합할 것 ⑤ 직전 3개 사업연도의 매출액의 평균금액이 5천억원 미만인 기업일 것. 이 경우 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업ㆍ분할ㆍ합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 사업연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다(조특칙 §2 ④). 12) 「공공기관의 운영에 관한 법률」제4조에 따른 공공기관(제1호)과 「지방공기업법」에 따른 지방공기업(제2호)을 말한다(중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령 §2 ①).
5. 구분경리
신성장ㆍ원천기술연구개발비 또는 국가전략기술 연구개발비에 대한 세액공제 규정을 적용받으려는 내국인은 일반연구ㆍ인력개발비, 신성장ㆍ원천기술연구개발비 및 국가전략기술연구개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리해야 한다(조특법 §9 ④). 이 경우 신성장ㆍ원천기술연구개발비, 국가전략기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비가 공통되는 경우에는 해당 비용을 다음과 같이 구분경리해야 한다(조특령 §8 ⑫; 조특칙 §7 ⑯).
- ① 인건비 및 위탁ㆍ공동연구개발비에 해당하는 공통비용의 경우 : 다음의 구분에 따른다. ㉮ 일반연구ㆍ인력개발비와 신성장ㆍ원천기술연구개발비 또는 국가전략기술연구개발비의 공통비용 : 전액 일반연구ㆍ인력개발비 ㉯ 신성장ㆍ원천기술연구개발비와 국가전략기술연구개발비의 공통비용 : 전액 신성장ㆍ원천기술연구개발비
- ② 인건비 및 위탁ㆍ공동연구개발비 외의 공통비용의 경우 : 다음 구분에 따른다. ㉮ 신성장ㆍ원천기술연구개발비 : 다음의 계산식에 따른 비용
* 신성장ㆍ원천기술연구개발비 중 인건비 + 국가전략기술연구개발비 중 인건비 + 일반연구개발비 중 인건비 ㉯ 국가전략기술연구개발비 : 다음의 계산식에 따른 비용
인건비 및 위탁ㆍ공동연구개발비 외의 공통비용 × 신성장ㆍ원천기술연구개발비 중 인건비 연구인력에 대한 인건비 합계* * 신성장ㆍ원천기술연구개발비 중 인건비 + 국가전략기술연구개발비 중 인건비 + 일반연구개발비 중 인건비 ㉰ 일반연구ㆍ인력개발비 : 인건비 및 위탁ㆍ공동연구개발비 외의 공통비용에서 ‘㉮’와 ‘㉯’를 제외한 비용인건비 및 위탁ㆍ공동연구개발비 외의 공통비용 × 국가전략기술연구개발비 중 인건비 연구인력에 대한 인건비 합계*
6. 연구ㆍ인력개발비의 세액공제 배제
자체 연구개발에 지출하는 연구개발비가 다음의 사유로 인하여 연구개발비에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 배제시점 이후에 지출하는 금액에 대하여 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용하지 아니한다(조특법 §10 ⑥; 조특령 §9 ⑱ㆍ⑲).
(1) 배제사유
① 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의 3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정이 취소된 경우 ② 「문화산업진흥 기본법」제17조의 3 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서의 인정이 취소된 경우
(2) 배제시점
① 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의 3 제1항 제1호 또는 「문화산업진흥 기본법」제17조의 3 제4항 제1호에 따라 인정이 취소된 경우 : 인정일이 속하는 사업연도의 개시일 ② 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의 3 제1항 제2호, 제3호, 제5호, 제6호 및 제8호에 따라 인정이 취소된 경우 : 인정취소일 ③ 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의 3 제1항 제4호ㆍ제7호 또는 「문화산업진흥 기본법」제17조의 3 제4항 제2호에 따라 인정이 취소된 경우 : 인정취소일이 속하는 사업연도의 개시일
7. 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제에 관한 그 밖의 규정
| 구분 | 범 위 |
|---|---|
| 감면과 중복지원 배제 여부 | 내국인이 동일한 과세연도에 조특법상 감면을 적용받는 경우 통합투자세액공제 등 일정한 세액공제가 동시에 적용되는 경우 그 중 하나만 선택하여 적용받을 수 있다. 그러나 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제는 감면과 중복지원의 배제규정이 적용되지 않으므로 감면과 같이 적용받을 수 있다(조특법 §127 ④). |
| 최저한세 적용 여부 | 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제에 대하여 최저한세를 적용하나, 중소기업에 대하여는 최저한세를 적용하지 않는다(조특법 §132 ① 3호). |
| 미공제분 이월공제 여부 | 해당 사업연도에 납부할 세액이 없거나 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 세액공제한다(조특법 §144 ①). |
| 농어촌특별세 과세 여부 | 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제는 농어촌특별세 과세대상이 아니다(농특세령 §4 ⑥ 1호). |
| 추계과세 시 세액공제의 적용배제 여부 | 추계하는 경우 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용하지 아니한다(조특법 §128 ①). |
8. 연구ㆍ인력개발비 세액공제 사후관리
연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받으려는 내국인은 해당 사업연도에 수행한 연구개발 과제별로 다음의 서류를 작성하여 해당 사업연도의 종료일부터 5년 동안 보관해야 한다(조특령 §9 ⑬; 조특칙 §7 ⑰).
| 구분 | 서류 | 관련 서식 |
|---|---|---|
| 신성장ㆍ원천기술연구개발비 | 연구개발계획서, 연구개발보고서 및 연구노트 | 조특칙 별지 제3호의 2 서식 |
| 국가전략기술연구개발비 | ||
| 일반ㆍ연구인력개발비 | 연구개발계획서, 연구개발보고서 |
9. 세액공제 신청
연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제 신청을 하여야 한다(조특법 §10 ③). 위임을 받은 대통령령에서는 “내국인은 과세표준신고를 할 때 세액공제신청서, 연구 및 인력개발비명세서 및 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다”(조특령 §9 ⑭)고 규정하고 있다.
| [Q.1] | 중소기업인 법인이 기업부설 연구소를 설치하여 운영하고 있으나 2023년 귀속분에 대한 법인세 신고 시 ‘연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제’를 신청하지 못한 경우 경정청구를 통하여 세액공제가 가능한가? |
| [A] | 이 규정은 납세의무자로 하여금 공제신청에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제는 요건만 충족되면 당연히 공제되는 것이고 공제신청이 있어야만 공제되는 것은 아니다(대법원 2000두 3115, 2002.1.22.). 따라서 경정청구를 하면 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있다(서면2팀-300, 2006.3.6.). |
| [Q.2] | 최저한세가 적용된 후 추가 세액공제가 가능한 중소기업의 연구 및 인력개발비 세액공제를 최저한세가 적용되는 것으로 잘못 알고, 당해연도에 추가 공제하지 아니한 경우에, 경정청구에 의하여 세액공제를 적용한 결과 납부할 세액이 없어서 공제받지 못한 세액공제는 이월공제할 수 있는가? |
| [A] | 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용받는 중소기업이 최저한세가 적용되는 것으로 잘못 알고 세액공제 대상 전액을 공제받지 않은 경우에는 경정청구를 통하여 추가로 세액공제 적용을 받을 수 있으며, 경정청구 결과 납부할 세액이 없는 경우 등으로 인하여 공제받지 못하는 세액은 이월공제 적용을 받을 수 있다(서면2팀-452, 2006.3.3.). |
10. 연구ㆍ인력개발비 세액공제 사전심사제도
연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용받으려는 내국인은 세액공제에 대한 신고를 하기 전에 지출한 비용이 연구ㆍ인력개발비에 해당하는지 여부 등에 관해 국세청장에게 미리 심사하여 줄 것을 요청할 수 있는데, 이를 연구ㆍ인력개발비 세액공제 사전심사제도라고 한다.
| 구분 | 내 용 | ||||||||||||||||
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| 신청인 | 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국인 | ||||||||||||||||
| 신청방법 | 우편, 전자(홈택스), 방문접수(세무서 민원봉사실, 지방청 법인세과) | ||||||||||||||||
| 신청대상 | • 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용, 전체 비용 중 일부 항목에 대한 신청도 가능하며, 금액의 제한도 없음. • 여러 연구과제 중 특정 연구과제만 선별하여 신청할 수 있고, 비용 확정 전이더라도 연구개발 활동 해당 여부(기술검토)만 신청할 수도 있음. | ||||||||||||||||
| 신청기한 | 법인세 과세표준 신고 전. 다만, 세액공제 신청 누락분은 경정청구, 수정신고, 기한후 신고 전에 신청 가능 | ||||||||||||||||
| 제출 서류 | 신청서 | 연구ㆍ인력개발비 세액공제 사전심사 신청서 | |||||||||||||||
| 첨부서류 | ① 연구개발보고서, ② 연구개발비 명세서 ③ 기타 연구개발 관련 서류 등 | ||||||||||||||||
| 검토 |
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| 혜택 | 신청인이 사전심사 결과에 따라 법인세를 신고한 경우 ① 신고내용 확인대상에서 제외하고 ② 심사결과와 다르게 과세처분된 경우에도 과소신고가산세를 면제함. 다만, 심사과정에서 부정확한 서류를 제출하거나 사실관계의 변경ㆍ누락 및 탈루 혐의가 있는 경우에는 제외함. | ||||||||||||||||