2024년 결산 시 반드시 알아야 할 개정세법, 판례 및 예규의 주요 내용(1)

2024년 세무조정 시 적용해야 할 개정세법, 판례 및 예규 중에서 실무자와 세무대리인이 반드시 알아야 할 핵심항목을 2회에 걸쳐 연재하는데, 이번이 1회분이다.본 원고가 회계담당자와 세무대리인의 실수를 방지하고 적법한 업무 수행에 도움이 되길 기대한다.
Ⅰ. 법인세법
1. 잉여금의 자본전입 시 과세범위 합리화(법령 §12)
종 전 | 개 정 |
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□ 상법상 자본준비금 자본 전입 시 과세 제외 ㅇ (예외) ➊ ~ ➍를 자본전입하는 경우에는 익금산입 ➊ 채무의 출자전환 시 채무면제이익 ➋ 자기주식 등 소각이익(소각 당시 시가가 취득가액을 초과하지 아니하는 경우로서 소각일로부터 2년 지난 후 전입하는 금액 제외) ➌ 적격합병 시 합병차익 중 피합병법인의 다음 금액(합병차익 한도) - 자산평가이익 - 의제배당대상 자본잉여금(1% 재평가적립금 등) - 이익잉여금 ➍ 적격분할 시 분할차익 중 분할법인의 다음 금액(분할차익 한도) - 자산평가이익 - 분할감자차익(1% 재평가 적립금 등) <추 가> | □ 과세되는 의제배당 범위 확대 ┓ ┃ ┃ ┃ ┃ ┃ ㅇ (좌 동) ┃ ┃ ┃ ┃ ┚ ➎ 이익잉여금으로 상환된 상환 주식*의 주식발행액면초과금** * 회사의 이익으로 소각하기로 예정되어 있는 주식 ** 발행가액 – 액면가액 |
상환주식에 대한 회계처리
위에서 밑줄 친 부분을 상계하면 이익잉여금 200이 주식발행초과금 100과 자본금 100으로 대체된 것과 같다. 이 경우 주식발행초과금 100을 자본전입하면 이는 이익잉여금 100을 자본전입한 것과 같으므로 의제배당으로 보도록 한 것이다.
구분 | 내용 | 기업회계기준에 따른 회계처리 |
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발행 시 | 액면가액 100인 주식을 200에 발행(200에 상환하기로 약정) | (차) 현 금 200 (대) 자본금 100 주식발행초과금 100 |
상환 시 | 주식을 200에 상환 | (차) 자기주식 200 (대) 현 금 200 |
자기주식 소각 시 | 자기주식을 이익으로 소각 | (차) 이익잉여금 200 (대) 자기주식 200 |
주발초 자본전입 시 | 주식발행초과금 100을 자본에 전입하여 무상주 발행 | (차) 주식발행초과금 100 (대) 자본금 100 |
2. 자본준비금을 감액하여 받는 배당의 과세대상 확대(법법 §18)
종 전 | 개 정 |
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□ 자본준비금의 감액배당을 받은 법인주주의 익금불산입(주식의 장부가액 한도) ㅇ (예외) ➊ ~ ➍에 해당하는 경우 익금산입(자본잉여금 중 의제배당 과세대상과 일치) ➊ 채무의 출자전환 시 채무면제이익 ➋ 자기주식 등 소각이익(소각 당시 시가가 취득가를 초과하지 아니하는 경우로서 소각일로부터 2년 지난 후 전입하는 금액 제외) ➌ 1% 재평가세가 과세된 재평가적립금 ❹ 적격합병 시 합병차익 중 피합병법인의 다음 금액 (합병차익 한도) - 자산평가이익 - 피합병법인 이익잉여금 - 의제배당대상 자본잉여금 (1% 재평가적립금 등) <추 가> ❺ 적격분할 시 분할차익 중 분할법인의 다음 금액 (분할차익 한도) - 자산평가이익 - 분할감자차익(1% 재평가적립금 등) <추 가> <추 가> | □ 익금불산입 범위 조정 ┓ ┃ ┃ ㅇ (좌 동) ┃ ┚ ➌ 1%, 3% 재평가세가 과세된 재평가 적립금 ┓ ┃ ┃ ㅇ (좌 동) ┃ ┚ - 3% 재평가세가 과세된 재평가 적립금 ┓ ┃ ┃ ㅇ (좌 동) ┚ - 3% 재평가세가 과세된 재평가 적립금 ❻ 상환주식의 주식발행액면초과액 |
개인주주인 경우 3% 재평가세가 과세된 재평가적립금의 감액배당 과세 여부 개인주주인 경우에는 2024년에는 「소득세법」이 개정되지 않아서 3% 재평가세가 과세된 재평가적립금의 감액배당을 2024년에는 배당소득으로 보지 않는다. 그러나 기획재정부는 3% 재평가세가 과세된 재평가적립금의 감액배당을 2025년부터 개인주주의 배당소득으로 과세하기 위하여 「소득세법 시행령」을 개정할 예정이라고 한다(기획재정부, 2025 세법개정안).
3. 수입배당금 익금불산입 규정 합리화(법법 §18의 2)
종 전 | 개 정 |
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□ 수입배당금 익금불산입 대상 ㅇ 이익의 배당금 또는 잉여금의 분배금(의제배당 포함) | □ 수입배당금 익금불산입 대상 ㅇ (좌 동) |
□ 다음의 수입배당금액은 익금불산입 대상에서 제외 ➊ 배당기준일 전 3개월 이내 취득한 주식등의 수입배당금 ➋ 지급배당 소득공제를 받은 유동화전문회사, 신탁재산 등으로부터 받은 배당금 ➌ 법인세 비과세ㆍ면세ㆍ감면 법인으로부터 받은 배당금 ┌ │ │ │ <추 가> │ │ │ │ │ └ | □ 수입배당금액 익금불산입 제외 대상 확대 ┐ │ ㅇ (좌 동) │ ┘ ➍ 자산재평가법 §28 ②을 위반하여 3% 재평가세가 과세된 재평가적립금을 감액하여 지급받은 수입배당금액 ➎ 적격합병 시 합병차익 또는 적격분할 시 분할차익 중 3% 재평가세가 과세된 재평가적립금 ❻ 자본의 감소로 주주등인 내국법인이 취득한 재산가액이 당초 주식등의 취득가액을 초과하는 금액 ➐ 법인이 자기주식 또는 자기출자지분을 보유한 상태에서 의제배당과세대상이 아닌 자본잉여금을 자본전입을 함에 따라 그 법인 외의 주주등인 내국법인의 지분 비율이 증가한 경우 증가한 지분 비율에 상당하는 주식등의 가액 |
4. 근로자 출산ㆍ양육 지원금액 손금ㆍ필요경비 인정 근거 마련(법령 §19)
종 전 | 개 정 |
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□ 손비 및 필요경비의 범위 ㅇ판매한 상품ㆍ제품에 대한 원료의 매입가액ㆍ부대비용 ㅇ 인건비 <추 가> | □ 근로자 출산ㆍ양육 지원금을 손비 및 필요경비에 추가 ┐ ㅇ (좌 동) ┘ ㅇ 임원 또는 직원의 출산 또는 양육 지원을 위해 임직원에게 공통적으로 적용되는 지급기준에 따라 지급하는 금액 * 근로자에게 공통 적용되는 지급기준에 따른 것에 한함. |
[참고] 기업의 출산지원금 근로소득세 비과세규정 신설 예정(소득세법 개정안 §12 3호) 정부는 저출산 문제 해소 및 양육비 부담 완화를 위하여 기업이 근로자 또는 그 배우자의 출산 시 그 출산과 관련하여 자녀의 출생일 이후 2년 이내에 최대 두 차례에 걸쳐 지급하는 급여(2021년 1월 1일 이후 출생한 자녀에 대하여 2024년 1월 1일부터 2024년 12월 31일 사이에 지급받은 급여를 포함함) 전액에 대해서는 비과세하는 소득세법 비과세 규정을 신설하여 2025.1.1. 이후 종합소득세 확정신고를 하거나 연말정산하는 경우부터 적용할 예정이라고 발표하고, 국회에 소득세법 개정안을 제출하였다.
5. 해외자회사 파견 임직원 인건비에 대한 손금 인정범위 확대(법령 §19)
〈개정이유〉 손금 인정범위 합리화 및 기업경쟁력 제고 〈적용시기〉 2024.2.29.이 속하는 사업연도에 지급하는 분부터 적용
6. 징벌적 손해배상금 범위의 현행화(법령 §23)
종 전 | 개 정 | |||
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□ 손해배상금 관련 비용의 손금불산입 ㅇ (대상) 다음 법률 또는 외국 법령에 따라 손해액을 초과하여 지급하는 손해배상금 <추 가> ㅇ (손금불산입액) 실제 발생한 손해액을 초과하는 배상금 - 다만, 실손해액이 불분명한 경우는 손해배상금의 2/3 | □ 징벌적 손해배상금 범위 현행화 ㅇ 다음 법률 또는 이와 유사한 그 밖의 법률의 규정 또는 외국 법령에 따라 손해액을 초과하여 지급하는 손해배상금 ┐ │ │ │ㅇ (좌 동) │ │ ┘
「남녀고용평등법」 「상표법」 「농수산물품질법」 「식물신품종법」 「대규모유통업법」 「실용신안법」 「상생협력법」 「자동차관리법」 「공정거래법」 「중대재해처벌법」 「디자인보호법」 「축산계열화법」 「부정경쟁방지법」 「특허법」 「산업기술보호법」 「환경보건법」
ㅇ (좌 동) - 실손해액이 불분명한 경우
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7. 업무용승용차 손금산입 시 전용번호판 부착요건 추가(법령 §50의 2; 법칙 §27의 2)
종 전 | 개 정 |
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□ 업무용승용차 손금산입 요건 ㅇ 업무전용보험가입 <추 가> | □ 손금산입 요건 강화 ㅇ (좌 동) ㅇ 국토교통부장관이 정하는 기준*에 따른 법인업무용 자동차번호판 부착 * 자동차 등록번호판 등의 기준에 관한 고시(국토부) - (대상) 취득가액 8,000만원 이상 - (요건) 연녹색 전용번호판 - (시행시기) 2024.1.1. 이후 등록 및 대여한 자동차부터 적용 |
8. 전통시장에서 지출하는 기업업무추진비 손금산입 한도 확대(조특법 §136)
종 전 | 개 정 |
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□ 기업업무추진비 손금산입 한도 ㅇ 기본한도 : 연 1,200만원(중소기업 3,600만원) ㅇ 수입금액별 한도 : 수입금액에 따라 0.3 ~ 0.03% ㅇ 추가 한도 특례 ➊ 문화 기업업무추진비 한도 추가 - Min[문화기업업무추진비, 일반기업업무추진비한도액 × 20%] - (적용기한) 2025.12.31. <신 설> | □ 손금산입 한도 확대 ┐ ┘ㅇ (좌 동) ㅇ 추가 한도 특례 신설 ┐ │ - (좌 동) ┘ ➋ 전통시장 기업업무추진비 추가 한도 신설 Min[전통시장에서 지출한 신용카드 등 사용금액에 해당하는 기업업무추진비,* 일반기업업무추진비한도액 × 10%] * 소비성 서비스업을 경영하는 법인 또는 사업자에게 지출한 것은 제외 - (적용기한) 2025.12.31. |
9. 프로젝트금융회사인 토지개발업자의 토지개발사업의 손익인식시기 보완(법령 §68)
종 전 | 개 정 |
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□ 손익의 귀속사업연도 ㅇ 상품 등 판매 : 인도일 ㅇ 상품 등 외의 자산 양도 : 대금청산일, 소유권 이전등기일, 인도일, 사용수익일 중 빠른 날 ㅇ 건설등 용역 제공 : 작업진행률 기준 * (예외) 중소기업의 1년 이내 건설, 인도기준 계상 시 인도기준 허용, 작업진행률 계산 곤란 시 인도기준 <신 설> | □ 토지개발사업의 손익인식 기준 보완 ┐ │ │ㅇ (좌 동) │ ┘ ㅇ 프로젝트금융투자회사가 기획재정부령으로 정하는 토지개발사업*의 수익 및 비용을 작업진행률에 따라 계상한 경우로서 해당 토지개발사업을 완료하기 전에 그 사업과 관련된 토지를 일부 양도한 경우에는 그 양도 대금을 해당 토지개발사업의 작업진행률에 따라 각 사업연도의 익금에 산입할 수 있음 * 기획재정부령으로 정하는 토지개발사업의 범위 • 「택지개발촉진법」에 따른 택지개발사업 • 「도시개발법」에 따른 도시개발사업 • 「혁신도시법」에 따른 혁신도시개발사업 • 「산업입지법」에 따른 산업단지개발사업 |
10. 금형 감가상각 내용연수 변경(법칙 별표 5)
종 전 | 개 정 |
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□ 자산별 기준내용연수 ㅇ 차량 및 운반구, 공구, 기구 및 비품 : 5년 ㅇ 선박 및 항공기 :12년 ㅇ 연와조, 블록조, 콘크리트조, 토조, 토벽조, 목조 등의 모든 건물과 구축물 : 20년 ㅇ 철골ㆍ철근콘크리트조, 연와석조 등의 모든 건물과 구축물 : 40년 | □ 금형에 대해 자산별 기준내용연수 적용 ㅇ 차량 및 운반구, 공구, 기구 및 비품, 금형*: 5년 * 종전에는 업종별 기준내용연수 적용 ┐ │ㅇ (좌 동) │ ┘ |
I 금형에 대한 감가상각제도 개정연혁 I
2019년까지 | 2020년부터 2023년까지 | 2024년부터 |
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금형은 공구에 포함함. 다만, 금형은 즉시상각할 수 있음 | 금형을 공구에서 제외하고 즉시상각의제 대상에서 제외함. 예규에서는 금형을 업종별자산으로 보아 【별표6】을 적용하도록 함* | 금형을 별표 5[건축물 등의 기준내용 연수 및 내용연수범위표]의 기준내용 연수 5년(4~6년)인 자산으로 봄 |
11. 업종별 감가상각 내용연수표 현행화(법칙 별표 6)
종 전 | 개 정 |
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□ 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표 ㅇ 방송업 : 5년(4 ~ 6년) ㅇ 보험 및 연금업 → 보험업 ㅇ 담배제조업 :12년 <단서 신설> | □ 한국표준산업분류 개정* 반영(개정 전ㆍ후 각 업종의 기준내용연수는 동일) * 11차 개정 시행일 : 2024.7.1 ㅇ 방송업 → 방송 및 영상ㆍ오디오물 제공 서비스업 ㅇ 보험 및 연금업 : 5년(4 ~ 6년) ㅇ (좌 동) - 다만, 니코틴이 함유된 전자담배 기기용 용액 제조*는 한국표준산업분류 개정 전과 동일하게 8년적용 * 표준산업분류 제11차 개정으로 중분류 “화학물질 및 화학제품 제조업”(기준내용연수 8년) → “담배제조업”(12년)으로 이동 |
12. 국고보조금 등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입 범위 확대(법령 §64)
종 전 | 개 정 |
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□ 국고보조금으로 취득한 자산가액 손금산입 ㅇ 다음의 법률에 따라 보조금을 지급받아 사업용자산 취득 시 보조금 상당액 손금산입 - 「농어촌 전기공급사업촉진법」, 「전기사업법」, 「사회기반시설 민간투자법」, 「철도공사법」, 「농어촌정비법」,「도시 및 주거환경정비법」, 「산업재해보상보험법」,「환경정책기본법」 <추 가> | □ 대상법률 추가 ┐ │ │ ㅇ (좌 동) │ ┘ - 「산업기술혁신촉진법」 |
13. 이월결손금 공제한도 적용제외 대상 추가(법령 §10)
종 전 | 개 정 |
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□ 이월결손금 공제한도 ㅇ (원칙) 각 사업연도 소득의 80% ㅇ (예외) 각 사업연도 소득의 100% - 중소기업 - 회생계획ㆍ기업개선계획 등을 이행 중인 법인 - 유동화전문회사 등 <추 가> | □ 공제한도 예외 대상 추가 ┐ │ │ ㅇ (좌 동) │ ┘ - 조특법 §74 중 수익사업 소득을 전액 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인* * [조특법 §74 ①] (1) 학교법인ㆍ산학협력단 등 (2) 사회복지법인 (3) 국립대학병원 등 (7) 국제경기대회 조직위원회 (8) 고유목적사업등 지출액 중장학금 비중이 80% 이상인 「공익법인법」상 공익법인 (9) 공무원연금공단 등 |
14. 외국납부세액 공제대상에 한-러 조세조약 위반 초과외국납부세액분 포함(소령 §117; 법령 §94)
종 전 | 개 정 |
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□ 외국납부세액 공제대상 세액 ㅇ 외국에서 납부하였거나 납부할 외국소득(법인)세액(가산세 제외) - 조세조약에 따른 비과세ㆍ면제 및 제한세율을 초과하여 과세한 세액은 제외 <단서 추가> | □ 러시아가 조세조약을 위반하여 제한세율을 초과 과세한 세액 포함 ┐ │ㅇ (좌 동) ┘ - 단, 러시아가 비우호국과 조세조약 이행을 중단하여 제한세율을 초과하여 과세한 세액 포함 |
15. 연결납세방식
15.1 연결납세 지분율 완화(법법 §2, 76의 8 등)
종 전 | 개 정 |
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□ 연결납세방식 적용대상 ㅇ 내국법인과 해당 내국법인이 완전지배하는 다른 내국법인* * ➊ 다른 완전자법인을 통해 간접적으로 전부 보유한 경우 포함 ➋ 자기주식 제외 ❸ 우리사주조합이 보유한 주식과 스톡옵션은 발행주식총수의 5% 이내 제외 | □ 적용대상 확대 ㅇ 내국법인과 해당 내국법인이 90% 이상 지배(연결지배)하는 다른 내국법인* * ➊ 90% 이상 지배하는 자법인을 통해 간접적으로 90% 이상 지배하는 경우 포함 ➋ (좌 동) ❸ 우리사주조합이 보유한 주식과 주식매수선택권의 행사에 따라 발행되거나 양도한 주식으로서 발행주식총수의 5% 이내의 주식은 해당 법인이 보유한 것으로 봄 |
□ 연결자법인 추가ㆍ배제 ㅇ 새로 완전지배하는 경우 완전 지배가 성립 된 날이 속하는 연결사업연도의 다음 연결 사업연도부터 연결자법인 추가 ㅇ 연결자법인을 완전 지배하지 않게 된 경우 그 연결사업연도부터 배제 | □ (좌 동) ㅇ 내국법인이 자법인을 새로 90% 이상 지배(연결지배)하는 경우 90% 이상 지배(연결지배)가 성립된 날이 속하는 연결사업연도의 다음 연결사업연도부터 연결자법인 추가 ㅇ 내국법인이 자법인을 90% 이상 지배하지 않게 된 경우 그 연결사업연도부터 배제 |
15.2 연결법인 해산 시 연결법인 변경신고 기한 합리화(법법 §76의 12 ④)
종 전 | 개 정 |
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□ 연결대상법인 변경 시 변경 신고기한 ㅇ 중간예납기간 종료일 또는 사업연도 종료일 중 빠른 날로부터 1개월 이내 | □ 해산 시 신고기한 추가 ㅇ 변경신고 사유가 발생한 날로부터 1개월 이내 |
15.3 연결납세방식의 조기 포기 허용 예외사유 신설(법률 제19193호 법인세법 개정 부칙 §15의 2)
종 전 | 개 정 |
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□ 연결납세방식의 포기 ㅇ (제한) 최초 연결납세방식 적용 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 4년 이내 포기 불가(5년 의무적용) <신 설> ㅇ (신고기한) 연결납세방식을 적용하지 않으려는 사업연도 개시일 3개월 전까지 <신 설> | □ 의무적용기간 예외 허용 ㅇ (좌 동) - (예외) 연결대상법인 확대에 따라 2024.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 완전자법인이 아닌 법인이 연결 납세 대상에 포함*된 경우 해당 사업연도에 포기 허용 * 2024.1.1. 이후 연결자법인이 새롭게 연결집단에 포함된 경우는 제외 ㅇ (좌 동) - (특례) 예외에 해당하는 경우 연결납세방식을 적용하지 않으려는 사업연도 개시 후 2개월 이내 |
15.4 연결법인 간 결손금 대가에 대한 정산규정 정비(법령 §120의 17 ④, §120의 22, §120의 26)
종 전 | 개 정 | |||
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<신 설> | □ 연결산출세액이 있는 경우 ➊ 결손금을 공제한 연결법인의 산출세액 = (연결법인별 연결조정 과세표준상당액 × 조정 연결세율)
■ 연결법인별 연결조정 과세표준상당액 각 연결법인의 연결조정 후 소득 – 각 연결법인의 연결조정 후 소득에서 공제된 해당 법인의 이월결손금등 ■ 연결조정 과세표준상당액 연결법인별 연결조정 과세표준상당액의 합계액 ■ 조정 연결산출세액 연결조정 과세표준상당액에 대해 법 제55조 제1항의 세율을 적용하여 계산된 금액 ■ 조정 연결세율 조정 연결산출세액 ÷ 연결조정 과세표준상당액
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<신 설> | □ 연결산출세액이 없는 경우 ➊ 연결모법인에 지급하는 정산금 = (연결법인별 연결조정 과세표준상당액 × 조정 연결세율)
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<신 설> | □ 정산금을 0으로 할 수 있는 경우 ㅇ 완전자법인*만으로 연결납세를 적용하는 경우 * 발행주식총수의 5% 이내로서 다음의 주식 제외 ① 우리사주조합을 통하여 근로자가 취득한 주식 ② 우리사주조합이 보유한 주식 ③ 주식매수선택권의 행사에 따라 발행되거나 양도된 주식(제3자에게 양도한 주식 포함) ㅇ 연결법인 외 주주가 동의하는 경우 |
15.5 연결법인 간 양도손익 이연대상 자산 범위 합리화(법령 §120의 18 ①)
종 전 | 개 정 |
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□ 연결법인 간 양도손익 이연대상 자산 범위 ㅇ 양도시점에 국내에 소재하는 자산 - 유형고정자산 및 무형고정자산 - 매출채권, 대여금 등 채권 - 자본시장법상 금융투자상품 - 토지와 건축물 <추 가> | □ 양도손익이연자산 범위에 국외자산 추가 ㅇ (좌 동) ┐ │- (좌 동) │ ┘ ㅇ 다른 연결법인에 전액 양도하는 외국법인의 주식등 |
Ⅱ. 조세특례제한법
1. 중소기업 유예기간 연장(조특령 §2 ②)
종 전 | 개 정 |
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□ 중소기업유예사유 ① 졸업기준(자산총액이 5천억원 이상)에 해당되는 경우 ② 중소기업기본법 시행령 [별표 1]의 규모기준을 초과하는 경우 ③ 독립성기준 중 관계기업 규정에 따라 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 | ┐ │ │- (좌 동) │ ┘ |
□ 중소기업유예기간 ㅇ 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 그 기간(“중소기업 유예기간”)이 경과한 후에는 과세연도별로 중소기업 해당 여부를 판정함. | □ 중소기업유예기간 연장 ㅇ 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 5개 과세연도(최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 종료일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일 현재 해당 기업이 유가증권시장 또는 코스닥시장에 상장되어 있는 경우에는 7개 과세연도)까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간이 경과한 후에는 과세연도별로 중소기업 해당여부를 판정함. |
사례1 2020년에 규모기준에 해당하지 않게 되어 중소기업에서 최초로 벗어나게 된 경우 중소기업으로 보는 과세연도는? 해답 2020년과 그 후 3년간(2021년, 2022년, 2023년)까지는 유예규정에 따라 중소기업으로 봄.

사례2 2020년에 최초로 중소기업에 해당하지 않게 되어 2020년부터 2023년까지 중소기업 유예기준을 적용함. 2024년부터 2026년까지의 과세연도 중 중소기업으로 보는 기간은?- 2024년 : 중소기업 규모 초과 - 2025년 : 중소기업 규모 2026 : 중소기업규모 초과 해답 중소기업 유예기간이 지난 후에는 과세연도별로 중소기업을 판단함. 따라서 2024년은 비중소기업, 2025년은 중소기업, 2026년은 비중소기업임.

사례3 (주)한공은 2017년(설립연도)부터 2020년까지는 중소기업이었으나, 2021년에 자산총액이 5천억원 이상인 A회사가 30% 이상을 소유한 최다출자자에 해당하여 최초로 중소기업에 해당하지 않게 되었으나 중소기업 유예가 적용 배제됨. 2022년에는 모회사가 B회사로 변경되었고 B회사는 자산총액이 5천억원 미만이어서 2022년부터 다시 중소기업에 해당하게 됨. 그러나 2024년에 매출액이 중기령 [별표 1]의 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 됨. 이와같이 독립성 기준 위반으로 중소기업에서 제외되고 유예기간을 적용받지 못한 법인이 중소기업에 해당하였다가 다시 매출액 규모기준을 초과하여 비중소기업이 된 경우 유예기간을 적용받을 수 있는가?
해답
기획재정부의 예규에 따르면 (주)한공은 2024년에 중소기업 유예를 적용받을 수 없으나, 조세심판원 결정에 따르면 2024년에 중소기업 유예를 적용받을 수 있음. 기획재정부와 조세심판원의 견해가 다르므로 기획재정부의 예규에 따라 중소기업 유예를 적용하지 않고 신고한 후 경정청구(거부하면 조세심판청구)를 하는 방법으로 접근할 필요가 있음.

기획재정부 예규 | 중소기업이었던 법인이 독립성 기준 미충족으로 유예 없이 비중소기업이 되었다가 다시 중소기업이 되었고, 이후 매출액 증가로 비중소기업이 된 경우 중소기업 졸업 유예기간(조특령 §2 ②)을 적용할 수 없음(조세특례제도과-371, 2024.5.3.). |
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조세심판원 결정 | 최초로 그 사유가 발생한 날은 종전의 중소기업 졸업횟수, 사유, 유예기간 적용배제와는 무관하게 법인 설립 후 1회의 중소기업 유예기간을 적용(유예기간의 재차적용은 불허)하도록 한 취지로 보이므로, 조특법 시행령 제2조 제2항 본문의 “최초로 그 사유가 발생한 날”은 최초로 중소기업 유예기간을 적용할 사유(매출액 규모기준 초과 등)가 발생한 때로 해석함이 타당함(조심2021광3262, 2022.4.25.), (조심2022중2851, 2024.2.14.), (조심2024중1912, 2024.7.8.). |
사례4 비상장중소기업이 2024년에 규모기준에 해당하지 않게 되어 최초로 중소기업에서 벗어나게 된 경우 중소기업으로 s보는 과세연도는? 해답 2024.11.12.이 속하는 과세연도에 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 발생하였으므로 개정규정에 따라 2024년과 그 다음 5개 과세연도까지 중소기업으로 봄.

2. 연구인력에 대한 4대 보험료의 R&D비용 세액공제 대상 명확화(조특령 별표 6)
종 전 | 개 정 |
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□ R&D 세액공제 대상 인건비 ㅇ 4대 보험 사용자부담분이 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제대상인지에 대한 명문규정은 없음. <예규> ① 다음의 비과세 근로소득 : 세액공제대상(서면법규과-752, 2014.7.17.) ② 국민연금 사용자부담금 : 세액공제대상(조심2016광1337, 2016.12.16.), (조심2018중635, 2018. 6. 8.) ③ 산재보험료 : 세액공제대상 아님(기획재정부 조세정책과-695, 2023.3.20.) ④ 복리후생비 : 세액공제대상 아님(서면법인-2861, 2020.7.8.) | □ 4대 보험 사용자부담분 ㅇ 국민연금, 건강보험, 고용보험, 산재보험의 사용자부담분을 인건비 범위에 명시 [저자주] 노인장기요양보험료가 규정되어 있지 않음. 그러나 노인장기요양보험료도 「소득세법」제12조 제3호 너목에 비과세근로소득이고 예규에서도 세액공제대상으로 해석을 하였으므로 노인장기요양보험료만 제외할 합리적인 이유가 없음. 따라서 노인장기요양보험료를 별표 6 개정 시 세액공제대상으로 하지 않은 것은 입법상 오류로 보이므로 입법상 보완이 필요한 것으로 보임. |
3. 영상콘텐츠 제작비용 세액공제 확대(조특법 §25의 6)
종 전 | 개 정 |
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□ 영상콘텐츠* 제작비용 세액공제 * 드라마ㆍ애니메이션ㆍ다큐멘터리 등 TV프로그램, 영화, OTT콘텐츠 ㅇ 세액공제율
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□ 공제율 상향 및 추가공제 신설 ㅇ 세액공제액 : 기본공제금액 + 추가공제금액
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4. 내국법인의 문화산업전문회사에의 출자에 대한 세액공제(조특법 §25의 7)
종 전 | 개 정 | |||
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<신 설> | □ 문화산업전문회사 출자를 통해 영상콘텐츠 제작에 투자한 금액에 대한 법인세 세액공제 ㅇ (적용대상) 중소기업 또는 중견기업 ㅇ (공제대상)
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5. 에너지절약시설에 대한 가속상각 특례 적용기한 연장(조특법 §28의 4)
종 전 | 개 정 |
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□ 에너지절약시설에 대한 가속상각 특례 ㅇ (지원내용) 기준내용연수의 50%(중소ㆍ중견기업 75%) 범위 내에서 신고한 내용연수 적용 ㅇ (대상자산) 에너지절약시설 ㅇ (적용기간) 2023.1.1. ∼ 2023.12.31. 취득분 | □ 적용기한 연장 ㅇ ~ 2024.12.31. 취득분 |