
1. 개요
투자세액공제를 단순화하여 기업의 투자를 활성화하기 위하여 2020년 말 종전의 중소기업 등 투자세액공제(조특법 §5), 특정 시설 투자 등에 대한 세액공제(조특법 §25), 의약품 품질관리개선시설 투자에 대한 세액공제(조특법 §25의 4), 신성장기술 사업화를 위한 시설 투자에 대한 세액공제(조특법 §25의 5), 초연결 네트워크구축을 위한 시설 투자에 대한 세액공제(조특법 §25의 7)를 통합하여 통합투자세액공제 제도를 신설하였다.
2. 통합투자세액공제 적용대상자
다음의 업종 외의 사업을 경영하는 내국인이 일정한 자산에 투자(중고품 및 조특칙 제3조의2에 따른 금융리스를 제외한 리스에 의한 투자는 제외함)한 경우에는 통합투자세액공제를 받을 수 있다(조특법 §24 ①; 조특령 §21 ①). ① 소비성서비스업 ② 부동산임대 및 공급업
3. 통합투자세액공제대상 자산
모든 사업용 유형자산을 통합투자세액공제대상 자산으로 하되, 건물, 구축물, 차량 및 운반구, 선박 및 항공기, 비품 등 일부 자산을 공제대상에서 제외하는 네거티브방식으로 공제대상 자산을 규정하였다. 다만, 건물, 구축물 등의 공제제외 대상 자산에 해당하더라도 종전 특정시설 또는 업종별로 사업에 필수적인 자산 등 기획재정부령으로 정하는 시설에 대하여는 예외적으로 공제를 허용하였다(조특집 24-21-2).
(1) 기계장치 등 사업용 유형자산
기계장치 등 사업용 유형자산은 모두 통합투자세액공제대상이나, 토지와 조특칙[별표 1]의 자산*은 제외한다(조특칙 §12 ①). * 별표 1의 자산은 차량 및 운반구, 공구, 기구, 비품, 선박, 항공기, 건물과 구축물임.
(2) 위 ‘(1)’에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 다음에 해당하는 자산
1) 다음 중 어느 하나에 해당하는 시설(조특칙 §12 ②)
구 분 | 내 용 | |
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① 연구ㆍ시험 및 직업훈련시설 | 연구ㆍ시험시설 | ㉮ 공구 또는 사무기기 및 통신기기, 시계ㆍ시험기기 및 계측기기, 광학기기 및 사진제작기기 ㉯ 「법인세법 시행규칙」 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산 |
직업훈련시설 | 「근로자직업능력 개발법」제2조 제3호에 따른 직업능력개발훈련시설(내국인이 중소기업을 위해 설치하는 직업훈련용 시설 포함)로서 위 ‘㉮’와 ‘㉯’에 해당하는 것(다만, 운휴 중인 것 제외) | |
② 에너지절약 시설 | 다음의 어느 하나에 해당하는 시설 ㉮ 에너지절약형 시설투자(에너지절약전문기업이 대가를 분할상환받은 후 소유권을 이전하는 조건으로 같은 법 제25조에 따라 설치한 경우를 포함한다) 및 에너지절약형 기자재 ㉯ 「물의 재이용 촉진 및 지원에 관한 법률」제2조 제4호에 따른 중수도 | |
③ 환경보전 시설 | 별표 2에 따른 환경보전시설 | |
④ 근로자복지 증진 시설 | 다음의 어느 하나에 해당하는 시설 가. 무주택 종업원(출자임원 제외)에게 임대하기 위한 국민주택 규모의 주택 나. 종업원용 기숙사 다. 장애인ㆍ노인ㆍ임산부 등의 편의 증진을 위한 시설 또는 장애인을 고용하기 위한 시설로서 별표 3에 따른 시설 라. 종업원용 휴게실, 체력단련실, 샤워시설 또는 목욕시설(건물 등의 구조를 변경하여 해당시설을 취득하는 경우 포함) 마. 종업원의 건강관리를 위해 개설한 부속 의료기관 바. 직장어린이집 | |
⑤ 안전시설 | 별표 4에 따른 안전시설 |
2) 다음 중 어느 하나에 해당하는 시설(조특칙 §12 ③)
구 분 | 내 용 |
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① 운수업을 주된 사업으로 하는 중소기업 | 차량 및 운반구(개소세법 제1조 제3항 제3호에 따른 자동차로서 자가용인 것 제외)와 선박 |
② 어업을 주된 사업으로 하는 중소기업 | 선박 |
③ 건설업 | 「지방세법 시행규칙」제3조에 따른 기계장비(예: 불도저, 굴삭기, 로더, 덤프트럭, 기중기, 타워크레인 등) |
④ 도매업ㆍ소매업ㆍ물류산업 | 별표 5에 따른 유통산업합리화시설(예: 저온보관고, 운반용화물차, 무인반송차, 물품 보관ㆍ저장ㆍ반출을 위한 창고 등) |
⑤ 「관광진흥법」에 따라 등록한 관광숙박업 및 국제회의기획업 | 건축물과 당해 건축물에 부착ㆍ설치된 시설물 중 「지방세법 시행령」제6조에 따른 시설물안전시설 |
⑥ 「관광진흥법」에 따라 등록한 전문휴양업 또는 종합휴양업 | 「관광진흥법 시행령」제2조 제1항 제3호 가목 또는 제5호 가목에 따른 숙박시설, 전문휴양시설(골프장 시설 제외) 및 종합유원시설업의 시설 |
⑦ 중소기업이 해당 업종의 사업에 직접 사용하는 소프트웨어 | 다만, 다음 중 어느 하나에 해당하는 소프트웨어는 공제대상에서 제외함. ㉠ 인사, 급여, 회계 및 재무 등 지원업무에 사용하는 소프트웨어 ㉡ 문서, 도표 및 발표용 자료 작성 등 일반 사무에 사용하는 소프트웨어 ㉢ 컴퓨터 등의 구동을 위한 기본운영체제(Operating System) 소프트웨어 |
3) 중소기업 및 중견기업이 취득한 다음의 자산(특수관계인*으로부터 취득한 자산은 제외)
① 내국인이 국내에서 연구ㆍ개발하여 「특허법」에 따라 최초로 설정등록받은 특허권 ② 내국인이 국내에서 연구ㆍ개발하여 「실용신안법」에 따라 최초로 설정등록받은 실용신안권 ③ 내국인이 국내에서 연구ㆍ개발하여 「디자인보호법」에 따라 최초로 설정등록받은 디자인권
* 「법인세법 시행령」제2조 제5항 및 「소득세법 시행령」제98조 제1항에 따른 특수관계인을 말한다. 이 경우 「법인세법 시행령」제2조 제5항 제2호의 소액주주등을 판정할 때 「법인세법 시행령」제50조 제2항 중 “100분의 1”은 “100분의 30”으로 본다.
[Q.1] | 제조업 영위 법인이 전기료 절감목적으로 설치한 태양광발전설비가 통합투자세액공제 대상 여부 (주)갑은 제조업을 영위하는 법인으로 2024년 3월 초에 전기료 절감을 목적으로 태양광 발전시설을 설치함. 태양광 발전시설에서 생산된 전기는 제조설비 가동에 사용되는 경우 태양광 발전설비가 통합투자세액공제대상인지 여부 | ||||
[A] | 예. 통합투자세액공제대상임. 국세청에서 자체 해석 변경(국세청의 기존해석을 변경하는 경우) | ||||
[Q.2] | 재활용폐자원 처리업을 하는 법인의 포크레인이 통합투자세액공제대상인지 여부 (주)갑은 폐기물관리법에 따른 폐기물 재활용업의 허가를 받고 재활용 폐자원을 수집 및 가공하여 판매하는 사업을 영위하고 있음. 2023년 1월 포크레인(굴착기)에 스크랩 운반용 집게를 설치한 후 해당 포크레인에 대한 구조변경을 완료함. 재활용폐기물 처리업체가 포크레인에 운반용 집게를 설치한 경우 통합투자세액공제 공제대상 자산인가? * 해당 포크레인은 2022년 10월 중에 취득함. | ||||
[A] | 재활용폐기물 처리업을 영위하는 법인이 포크레인에 운반용 집게를 설치한 경우로서 동 시설(운반용 집게가 설치된 포크레인을 말함)이 「자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률」에 따른 재활용시설에 해당하는 경우 「조세특례제한법」제24조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제21조 제3항 제1호에 따라 통합투자세액공제 적용대상 자산에 해당하는 것임(사전법규법인-160, 2024.06.20). | ||||
[Q.3] | 건설기초공사에 반복적으로 사용되는 H형강이 ‘통합투자세액공제대상 자산’에 해당하는지 여부 (주)갑은 토공사업을 주된 사업으로 영위하는 법인으로 토목공사 시 굴토작업을 하는 과정에서 지반이 붕괴되는 것을 막기 위해 임시로 H형강을 설치하는데, 하나의 공사가 완료되면 H형강을 회수하여 다른 공사현장에서 재사용하고 있음. (주)갑은 H형강을 건설용 장비로 계상한 후, 「법인세법 시행규칙」 [별표6]에 따른 업종별 내용연수를 적용하여 감가상각을 실시하고 있음. 건설공사에 반복적으로 사용되는 H형강이 통합투자세액공제대상 자산에 해당하는가? | ||||
[A] | 아니오. 건설공사에 반복적으로 사용되는 H형강은 조특법 §24에 따른 통합투자세액공제대상 자산에 해당하지 아니함(기획재정부 조세특례제도과-39, 2024.01.18.), (사전법규법인-155, 2024.01.24.).
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[Q.4] | 물류산업을 영위하는 법인의 냉동창고가 통합투자세액공제대상인지 여부 물류산업을 영위하는 (주)갑은 냉동창고를 신축 중에 있음. 해당 냉동창고는 온도 등을 자동으로 조절하는 자동화시스템이 탑재되어 있으며, 외부 창고건물은 온도유지기능이 탁월한 재질로 건축됨. (주)갑이 취득한 냉장ㆍ냉동보관시설의 외부 건물 중 ‘창고면적부분’이 통합투자세액공제대상에 해당하는가? | ||||
[A] | 예. 물류산업을 영위하는 내국법인이 물류산업에 직접 사용하기 위하여 별표 5의 유통산업합리화시설 중 제4호의 ‘창고시설’에 투자하는 경우 통합투자세액공제를 적용할 수 있으며, 해당 ‘창고시설’에는 물품의 보관ㆍ저장 및 반출을 위한 창고건축물이 포함되는 것임. 이 경우 ‘창고’는 「건축법 시행령」 별표 1 제18호 가목의 창고를 말하는 것임(서면법규법인-5578, 2023.08.25.). | ||||
[Q.5] | 의약품 품질관리 개선시설인 냉동창고가 통합투자세액공제대상인지 여부 바이오시밀러(biosimilar, 동등 생물의약품)를 개발하여 양산 후 판매하는 A법인은 단백질 항체의약품 위탁생산공장 건설에 착공하였고, 해당 공장에 바이오의약품 변질 방지 목적으로 저온의 온도로 보관ㆍ유통하는 장소인 냉동창고를 설치할 예정임. 의약품 품질관리개선 시설인 냉동창고 투자가 통합투자세액공제 대상인지 여부 | ||||
[A] | 아니오. 의약품 품질관리 개선시설인 냉동창고가 「조세특례제한법 시행규칙」 별표 1의 ‘건축물 등 사업용 유형자산’ 등에 해당하는 경우 「조세특례제한법」제24조의 통합투자세액공제 대상에서 제외됨(기획재정부 조세특례제도과-585,2022.8.24.). | ||||
[Q.6] | 자동화된 물류터미널이 통합투자세액공제대상인지 여부 자동화된 물류터미널이 「조세특례제한법」제24조 및 동법 시행령 제21조, 동법 시행규칙 제12조 제3항 제4호 별표 5에 따른 유통산업합리화시설에 해당하는가? | ||||
[A] | 예. 상품의 보관ㆍ저장 및 반출이 자동적으로 이루어질 수 있도록 시스템화된 창고시설은 유통산업합리화시설로 열거되어 있으므로, 해당 기능을 수행하는 쟁점 창고시설은 유통산업합리화시설에 해당함(기획재정부 조세특례제도과-875, 2024.10.8.). | ||||
[Q.7] | 음식점의 스무디 제조머신, 커피머신 등이 통합투자세액공제대상인지 여부 (주)갑은 수도권과밀억제권역 이외의 지역에서 음식점업을 영위하는 프랜차이즈 가맹업체이며, 주 메뉴는 햄버거 등임. (주)갑은 해당 사업에 직접 사용하기 위해 스무디 제조머신, 커피머신, 제빙기 등 주방장비와 테이블, 의자 등 비품을 구입하였으며, 이는 중고품에 의한 투자나 기존설비에 대한 보수 또는 자본적지출에 해당하지 아니함. (주)갑이 사업에 직접 사용하기 위하여 투자하는 스무디 제조머신, 커피머신, 제빙기 등 주방장비와 테이블, 의자 등 비품의 투자세액공제 대상 사업용 자산인가? | ||||
[A] | 음식점업을 영위하는 법인이 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 투자하는 스무디 제조머신, 커피머신 및 제빙기는 투자세액공제 대상 사업용 자산에 해당하나, 테이블 및 의자는 사업용 자산에 해당하지 아니하는 것임(사전법령법인-150, 2017.01.12.). [저자주] 이 예규는 중소기업등 투자세액공제에 대한 예규이나, 그 세액공제가 통합투자세액공제로 통합되었으므로 통합투자세액공제에서도 동일한 해석이 적용되어야 할 것임. | ||||
[Q.8] | 전기공급업을 영위하는 내국법인이 투자한 전선이 통합투자세액공제대상인지 여부 A법인은 전기공급업을 영위하는 내국법인으로 전기공급자산에는 전기설비 및 전선로로 구분되며, 전선로는 전선과 이를 지지ㆍ수용하는 구축물로 구분됨(전기사업법 §2 등). A법인은 해당 전선과 전선을 지지ㆍ수용하는 구축물을 모두 구축물로 회계처리하고 있음. A법인이 투자한 전선(전력선, 통신선)이 통합투자세액공제 적용 대상 자산인 기계장치에 해당하는가? | ||||
[A] | 아니오. 전기공급업을 영위하는 내국법인이 투자한 전선(전력선 및 통신선)은 「조세특례제한법 시행규칙」 별표 1 제3호에 따른 구축물에 해당하는 것임(서면법령법인-4608, 2021.11.29). | ||||
[Q.9] | 금형이 통합투자세액공제 적용 제외자산인지 여부 A법인은 알루미늄 주물주조 및 제조업을 영위하는 중소기업으로 제품을 제조하기 위해 금형을 매입함. 쟁점 금형은 사업용 유형자산에 해당함. 금형이 통합투자세액공제 대상에서 제외되는 공구에 해당되는가? | ||||
[A] | 예. 금형은 「조세특례제한법」제24조 제1호 가목 단서 및 같은 법 시행규칙 별표 1 제1호에 따른 공구에 포함되지 않는 것임(서면법규법인-355, 2022.04.07.). | ||||
[Q.10] | 무주택종업원에게 임대하기 위해 국민주택규모 이하의 오피스텔을 취득하는 경우 통합투자세액공제 대상인지 여부 컴퓨터 통신장비 등 제조업을 영위하는 A법인은 2021년 근로자복지 증진 목적으로 무주택 종업원에게 상시 주거용으로 무상 임대하기 위해 국민주택규모 이하의 오피스텔*을 구입하였음. 무주택종업원에게 상시 주거용으로 임대하기 위해 국민주택규모 이하의 오피스텔을 취득하는 경우 통합투자세액공제 대상에 해당하는지 여부 * 「주택법」에 따른 국민주택규모 이하임 | ||||
[A] | 예. 내국법인이 무주택 종업원(출자임원 제외)에게 상시 주거용으로 임대하기 위해 「주택법」에서 규정하는 국민주택 규모의 오피스텔을 취득하는 경우 「조세특례제한법」제24조에 따른 세액공제가 가능한 자산에 해당하는 것임(서면법령법인-7339, 2021.12.30.). | ||||
[Q.11] | 임대목적으로 취득한 사업용 자산의 투자세액공제 대상 여부 A법인은 건설 현장의 고소작업대 등 안전/건설장비, 산업용 로봇 등을 렌탈하는 사업(산업용 기계 및 장비 임대업)을 영위 중 수도권과밀억제권역 밖에서 매입한 임대용 유형자산에 대해 통합투자세액공제 대상에 해당한다고 보아 법인세 경정청구를 함. 산업용 장비 임대업을 영위하는 임대목적으로 취득한 자산도 통합투자세액공제 대상인가? | ||||
[A] |
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4. 통합투자세액공제액
(1) 통합투자세액공제액 : 기본공제금액 + 추가공제금액
구 분 | 내 용 |
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기본공제금액 | ■ 일반 투자분 : 해당 과세연도의 투자금액 × 1%(중견 5%, 중소 10% ) ■ 신성장ㆍ원천기술 사업화시설 투자분 : 해당 과세연도 투자금액 × 3%(중견 6%, 중소12%) ■ 국가전략기술사업화시설 투자분(2024.12.31.까지 투자분) : 해당 과세연도 투자금액 ×15%(중소 25%) |
추가공제금액 | Min[①, ②] ① [당해 과세연도 투자금액-직전 3년 평균 투자금액*] × 추가공제율(모든 기업 3%, 국가전략기술사업화시설은 4%) ② 추가공제액한도 : 기본공제금액의 2배 |
3년간 연평균투자액 = | 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 합계액 | × | 해당 과세연도의 개월 수 |
3 | 12 |
(2) 투자금액
투자금액은 ‘①’의 금액에서 ‘②’의 금액을 뺀 금액으로 한다(조특령 §21 ⑦). ① 총투자금액에 「법인세법 시행령」제69조 제1항에 따른 작업진행률에 의하여 계산한 금액과 해당 과세연도까지 실제로 지출한 금액* 중 큰 금액 * 지출한 금액 : 해당 과세연도 중 실제로 지출된 현금(어음지급분으로서 해당 과세연도 중에 결제된 것 포함) 지급분(선급금 제외)만을 말함(조특통 24-21…1). ② 다음의 금액을 더한 금액 ㉮ 해당 과세연도 전에 통합투자세액공제를 적용받은 투자금액 ㉯ 해당 과세연도 전의 투자분으로서 ‘㉮’의 금액을 제외한 투자분에 대하여 ‘①’을 준용하여 계산한 금액
(3) 통합투자세액공제 공제기간
투자의 개시시기가 속하는 과세연도부터 투자 완료일이 속하는 과세연도까지 각 과세연도에 투자한 금액에 대하여 통합투자세액공제를 적용해야 한다. 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐 이루어지는 경우 통합투자세액공제는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 적용하므로 투자완료일이 속하는 과세연도에 일괄 공제할 수 없다(조특법 §24 ②).
조특집 24-21-3 【재화구매 방식으로 투자한 경우 투자금액 산정방법】 내국법인이 기계설비를 수입하거나 매매계약에 의해 매입함에 따라 「조세특례제한법」제24조의 통합투자세액공제를 적용하는 경우 같은 법 시행령 제23조 제14항에 따른 투자의 개시시기가 속하는 과세연도부터 투자 완료일이 속하는 과세연도까지 같은 법 시행령 제21조 제7항에 따라 산정한 투자금액을 같은 법 제24조 제1항 제2호 가목 및 나목에 따른 ‘해당 과세연도에 투자한 금액’으로 보는 것이며, 투자가 완료된 경우에는 투자가 완료된 과세연도에 지출되지 아니한 금액 전부를 투자완료일이 속하는 과세연도에 투자한 금액으로 보는 것임.
1) 투자의 개시시기(조특령 §21 ⑩, §23 ⑭)
① 국내ㆍ국외 제작계약에 따라 발주하는 경우에는 발주자가 최초로 주문서를 발송한 때 ② ‘①’의 규정에 의한 발주에 의하지 아니하고 매매계약에 의하여 매입하는 경우에는 계약금 또는 대가의 일부를 지급한 때(계약금 또는 대가의 일부를 지급하기 전에 당해 시설을 인수한 경우에는 실제로 인수한 때) ③ 당해 시설을 수입하는 경우로서 승인을 얻어야 하는 경우에는 수입승인을 얻은 때 ④ 자기가 직접 건설 또는 제작하는 경우에는 실제로 건설 또는 제작에 착수한 때. 이 경우 사업의 타당성 및 예비적 준비를 위한 것은 착수한 때에 포함하지 아니한다. ⑤ 타인에게 건설을 의뢰하는 경우에는 실제로 건설에 착공한 때. 이 경우 사업의 타당성 및 예비적 준비를 위한 것은 착공한 때에 포함하지 아니한다.
2) 투자완료일(조기통 24-0…2)
“투자완료일”이라 함은 해당 시설을 그 목적에 실제로 사용한 날을 말한다.
예제 다음 자료로 x1년부터 x3년까지 통합투자세액공제액을 구하시오.중소기업의 일반투자분, 총투자예정금액 100, 직전 3년간 평균투자금액은 x1년 기준 60, x2년 기준 63, 세액공제율은 일반 10%, 추가 3%로 가정함.

구분 | x1년 | x2년 | x3년 |
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① 작업진행률에 따라 계산한 금액 | 70 | 100 | - |
② 실제지출누적액 | 60 | 90 | - |
③ 누적투자대상금액 | 70 | 100 | - |
④ 해당 과세연도 이전 누적투자대상금액 | - | 70 | - |
⑤ 해당 과세연도 투자금액 | 70 | 30 | - |
⑥ 기본공제율 | 10% | 10% | |
⑦ 기본공제액 | 7 | 3 | |
⑧ 추가공제액 | (70 - 60) × 3% = 0.3 | (30 - 63) × 3% = △0.09 → 0 | - |
⑨ 통합투자세액공제액 | 7.3 | 3 |
■ 조특통 24-0…1【투자금액의 범위】 법 제24조 및 제26조의 투자금액에는 해당 투자에 따른 건설자금이자를 포함한다. [저자주] 특정차입금이자는 투자금액에 포함됨. 그러나 국세청은 일반차입금이자는 투자금액에 포함되지 않는다는 입장임. 현재 이와 관련된 소송에는 1심에서 국세청이 승소하였고, 2심은 진행 중이다. ■ 조특통 24-0…3 【투자세액공제대상자산의 범위】 이 법의 투자세액공제 적용대상이 되는 투자에는 다음 각 호의 금액을 포함하지 아니한다. 2. 기존설비에 대한 보수 3. 기존설비에 대한 자본적지출 다만, 통칙 60-56…6(증설의 범위)에서 규정하는 증설*은 제외한다. * 증설에는 기존설비를 생산능력이 큰 설비로 개체하거나 생산능력이 현저히 증가되도록 기존설비를 확장하는 것을 포함하고 원상의 회복을 위한 부품의 개체는 제외함(조특통 60-56…6) ■ 조특통 24-0…4 【투자자산의 사용】 이 법의 투자세액공제는 시설에 투자한 내국인이 해당 시설의 사용자인 경우에 한하여 적용한다. 다만, 자기가 제품을 직접 제조하지 아니하고 투자세액공제 적용 시설을 수탁가공업체의 사업장에 설치하고 그 시설에 대한 유지ㆍ관리비용을 부담하면서 생산한 제품을 전량 인수하여 자기 책임하에 직접 판매하는 경우에는 해당 시설을 설치한 자가 사용한 것으로 본다. ■ 조특통 24-21…1【투자금액의 계산】 영 제21조 제7항 제1호에서 “지출한 금액”이라 함은 해당 과세연도 중 실제로 지출된 현금(어음지급분으로서 해당 과세연도 중에 결제된 것을 포함한다) 지급분(선급금을 제외한다)만을 말한다. ■ 조특통 24-21…2 【종업원용 기숙사의 범위】 규칙 제12조 제2항 제4호 나목에서의 종업원용 기숙사에는 기존건물을 증축 또는 개축하여 건립한 기숙사를 포함한다. ■ 조특통 24-21…3 【근로자복지증진을 위한 시설투자 세액공제 대상】 규칙 제12조 제2항 제4호 각목의 근로자복지증진을 위한 시설의 투자금액 또는 취득금액은 건축물의 장부가액(부속설비를 포함)으로 하며 토지가액, 집기, 비품 등은 제외한다.
[Q.1] | 2개 과세연도에 걸쳐 투자가 이루어지는 경우 투자금액 계산방법 반도체 제조업을 하는 (주)갑은 기계설비에 대한 투자를 진행하고 계약내용에 따라 대금을 2개 과세연도에 걸쳐 지급한다. 해당 과세연도의 투자금액 계산방법은? (1안) 실제 지출한 금액을 투자금액으로 산정하되, 투자 완료 시에는 지출하지 않은 금액 전부를 투자금액으로 산정 (2안) 기계설비 취득은 재화의 구매에 해당하므로 투자완료일에 취득가액 전액을 투자금액으로 산정 |
[A] | 내국법인이 기계설비를 수입하거나 매매계약에 의해 매입함에 따라 통합투자세액공제를 적용하는 경우 투자의 개시시기가 속하는 과세연도부터 투자 완료일이 속하는 과세연도까지 같은 법 시행령 제21조 제7항에 따라 산정한 투자금액을 같은 법 제24조 제1항 제2호 가목 및 나목에 따른 ‘해당 과세연도에 투자한 금액’으로 보는 것이며, 투자가 완료된 경우에는 투자가 완료된 과세연도에 지출되지 아니한 금액 전부를 투자완료일이 속하는 과세연도에 투자한 금액으로 보는 것임(서면법규법인-4013, 2024.07.25.). |
[Q.2] | 일반차입금이자가 투자세액공제대상 투자에 해당하는지 여부 (주)갑은 기계장치에 대한 일반차입금이자를 기계장치의 취득가액으로 자본화하였으나 통합투자세액공제 계산시 건설자금이자가 투자금액에 포함되지 아니하여 통합투자세액공제를 과소공제하였다는 취지로 경정청구를 하려고 함. 경정청구가 수용될 가능성이 있는가? |
[A] | 투자세액공제를 적용함에 있어 투자금액은 ‘해당 자산 매입가액 외에 동 자산 취득을 위해 “직접” 지출된 기타 부대비용 중 「법인세법 시행령」제72조 제2항의 규정에 따라 취득가액으로 계상되는 금액을 포함함(서이46012-10776, 2003.4.15.). 특정차입금이자에 대한 건설자금이자는 그 자산의 취득을 위한 차입금의 이자이므로 ‘직접’지출된 것에 해당하여 투자금액에 포함함(조특통 24-0…1). 일반차입금이자도 투자세액공제대상인지에 대하여 현재 행정소송이 진행 중인 사건이 있는데,1심(대구지법2022구합20992, 2023.10.18.)에서는 국세청이 승소하였고 2심은 진행 중임. |
(4) 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설
신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설은 다음의 시설을 말한다(조특령 §21 ④ 1호). ① 조특칙 별표 7에 따른 신성장ㆍ원천기술을 사업화하는 시설로서 제9조 제12항에 따른 신성장ㆍ원천기술심의위원회의 심의를 거쳐 기획재정부장관과 산업통상자원부장관이 공동으로 인정하는 시설(이하에서 “신성장사업화시설”이라 한다) ② 별표 7 제6호 가목 1) 및 2)의 기술이 적용된 5세대 이동통신 기지국(이와 연동된 교환시설을 포함한다)을 운용하기 위해 필요한 설비로서 「전기통신사업 회계정리 및 보고에 관한 규정」제8조에 따른 전기통신설비 중 같은 조 제1호, 제2호 및 제6호에 따른 교환설비, 전송설비 및 전원설비
(5) 국가전략기술사업화시설
국가전략기술사업화시설은 조특칙 별표 6의 2에 따른 국가전략기술을 사업화하는 시설(국가전략기술을 사용하여 생산하는 제품 외에 다른 제품의 생산에도 사용되는 시설을 포함한다)로서 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거쳐 기획재정부장관과 산업통상자원부장관이 공동으로 인정하는 시설을 말한다(조특령 §21 ④ 2호).
(6) 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설 중 해당 기술을 사용하여 생산하는 제품 외에 다른 제품의 생산에도 사용되는 시설에 대한 세액공제 적용 시 생산량 실적자료의 보관 및 제출
신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설 중 해당 기술을 사용하여 생산하는 제품 외에 다른 제품의 생산에도 사용되는 시설에 대하여 통합투자세액공제를 적용받으려는 자는 해당 시설에서 생산되는 모든 제품의 생산량을 다음과 같이 측정하여 생산량실적자료를 작성하여 측정기간 종료일부터 5년 동안 보관해야 하며, 투자완료일이 속하는 과세연도의 다음 3개 과세연도의 종료일까지의 기간 중 마지막 과세연도의 과세표준신고를 할 때 생산량 실적 자료를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다(조특령 §21 ⑭; 조특칙 §12의 2 ④). ① 해당 시설을 거쳐 저장ㆍ판매가 가능한 형태로 생산된 제품 또는 반제품(그 제품 또는 반제품을 사용하여 생산한 다른 제품 또는 반제품은 제외한다)을 측정 대상으로 할 것 ② 해당 시설의 투자완료일(투자완료일이 2022.4.1. 이전인 경우에는 2022.4.1.)부터 그날이 속하는 과세연도의 다음 3개 과세연도의 종료일까지 측정할 것 ③ 다음의 구분에 따른 단위로 측정할 것 ㉮ 고체류 : 개수 ㉯ 액체류 및 기체류 : 부피 단위 또는 해당 제품을 담은 동일한 부피의 용기 등의 개수
5. 세액공제의 신청
통합투자세액공제를 적용받으려는 자는 해당 과세연도의 과세표준신고서와 함께 통합투자세액공제신청서[조특칙 별지 제8호의 9 서식]를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다. □ 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설의 인정 신청 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설의 인정을 받을 것을 조건으로 그 인정을 받기 전에 세액공제를 신청하는 자는 투자완료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 기획재정부장관과 산업통상자원부장관에게 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설의 인정을 신청해야 한다. 다만, 동일한 과세연도에 완료된 둘 이상의 투자에 대하여 각각 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설의 인정을 받을 것을 조건으로 그 인정을 받기 전에 세액공제를 신청하는 경우에는 가장 늦게 완료된 투자의 투자완료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 인정을 신청할 수 있다(조특령 §21 ⑬; 조특칙 §13 ①). 이 규정에도 불구하고 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐 이루어지는 경우로서 그 투자가 이루어지는 과세연도(투자완료일이 속하는 과세연도는 제외한다)에 투자한 금액에 대하여 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설의 인정을 받을 것을 조건으로 그 인정을 받기 전에 세액공제를 신청하는 경우에는 해당 과세연도 종료일부터 3개월 이내에 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설의 인정을 신청해야 한다. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세연도의 다음 과세연도 종료일(다음 과세연도가 투자완료일이 속하는 과세연도인 경우에는 투자완료일이 속하는 달의 말일)부터 3개월 이내에 인정을 신청할 수 있다(조특칙 §13 ②). ① 투자개시일이 속하는 과세연도의 경우 ② 직전 과세연도에 투자한 금액에 대하여 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설의 인정을 받은 경우
6. 조세특례의 제한 등
구 분 | 내 용 | ||||||
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국고보조금 등을 받아 투자한 경우 | 국가 등으로부터 출연금 등을 받아 투자한 경우 투자액에서 출연금 등을 차감함(조특법 § 127 ①). | ||||||
수도권과밀억제권역 내 투자에 대한 감면배제 |
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감면과 중복적용배제 | 동일한 과세연도에 세액감면과 통합투자세액공제가 동시에 적용되는 경우에는 그중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있음(조특법 §127 ④). | ||||||
내국인이 조특법에 따라 투자한 자산에 대하여 제8조의 3 【상생협력을 위한 기금 출연 등에 대한 세액공제】 제3항, 제24조【통합투자세액공제】 및 제26조 【고용창출투자세액공제】가 동시에 적용되는 경우에는 각각 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있음(조특법 §127 ④). | |||||||
추계 시 적용배제 | 「소득세법」제80조 제3항 단서 또는 「법인세법」제66조 제3항 단서에 따라 추계(推計)를 하는 경우에는 통합투자세액공제를 적용하지 아니함(조특법 §128 ①). | ||||||
최저한세 적용 여부 | 통합투자세액공제는 최저한세대상임(조특법 §132 ① 3호) | ||||||
세액공제의 이월공제 | 통합투자세액공제는 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 세액공제는 그 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 과세연도의 법인세에서 공제함(조특법 §144 ①) | ||||||
농어촌특별세 과세 여부 | 통합투자세액공제는 농어촌특별세 과세대상임(농특세법 §4 11호의 3). |
7. 사후관리
(1) 추가납부
통합투자세액공제를 받은 자가 투자완료일부터 다음의 기간 내에 그 자산을 다른 목적으로 전용하는 경우에는 공제받은 세액공제액 상당액에 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 해당 세액은 「소득세법」제76조 또는 「법인세법」제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다(조특법§24 ③; 조특령 §21 ⑤).
이자상당가산액은 다음과 같이 계산한다(조특령 §21 ⑥).
구 분 | 대 상 | 사후관리기간 |
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건축물과 구축물 | ① 근로자복지증진 시설(조특칙 §12 ② 3호) ② 유통합리화시설 중 창고시설(조특칙 §12 ③ 4호) ③ 숙박시설, 전문휴양시설(골프장시설은 제외), 종합유원시설업의 시설(조특칙 §12 ③) | 5년 |
신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설 중 다른 제품 생산에도 사용되는 시설 | 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설 중 해당 기술을 사용하여 생산하는 제품 외에 다른 제품의 생산에도 사용되는 시설 | 투자완료일이 속하는 과세연도의 다음 3개 과세연도의 종료일까지의 기간 |
그 밖의 사업용 자산 | 2년 |
공제받은 세액상당액 × 일수* × 1일 0.022%
* 일수는 공제받은 과세연도의 과세표준신고일의 다음 날부터 추징 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고일까지의 기간을 말한다(조특령§21 ⑥ 1호).
(2) 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설을 다른 목적으로 전용한 것으로 보는 경우의 공제받은 세액상당액
신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설이 다음 중 어느 하나에 해당하면 다음에서 정한 기간이 끝나는 날에 그 시설을 다른 목적으로 전용한 것으로 본다. 다만, 천재지변으로 인한 시설의 멸실, 시설의 투자완료일부터 투자완료일이 속하는 과세연도의 다음 3개 과세연도의 종료일까지의 기간 중 화재 등으로 해당 시설이 파손되어 가동이 불가능한 경우에는 전용한 것으로 보지 않는다(조특령 §21 ⑩; 조특칙 §12의 2 ③). ① 신성장사업화시설의 경우 : 투자완료일(투자완료일이 2022.4.1. 이전인 경우에는 2022.4.1.)부터 투자완료일이 속하는 과세연도의 다음 3개 과세연도의 종료일까지의 기간 동안 해당 시설에서 생산된 모든 제품의 총생산량에서 신성장ㆍ원천기술을 사용하여 생산한 제품과 국가전략기술을 사용하여 생산한 제품의 생산량의 합이 차지하는 비율이 50% 이하인 경우 ② 국가전략기술사업화시설의 경우 : 투자완료일(투자완료일이 2022.4.1. 이전인 경우에는 2022.4.1.)부터 투자완료일이 속하는 과세연도의 다음 3개 과세연도의 종료일까지의 기간 동안 해당 시설에서 생산된 모든 제품의 총생산량에서 국가전략기술을 사용하여 생산한 제품의 생산량이 차지하는 비율이 50% 이하인 경우 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설을 다른 목적으로 전용한 것으로 보는 경우의 추징세액 계산 시 “공제받은 세액공제액 상당액”은 다음의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다(조특령 §21 ⑪). ① 신성장사업화시설의 경우 : 공제받은 세액공제액에서 해당 시설이 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설이 아닌 시설(이하 “일반시설”이라 한다)인 경우에 공제받을 수 있는 세액공제액을 뺀 금액 ② 국가전략사업화시설의 경우 : 공제받은 세액공제액에서 해당 시설이 일반시설인 경우에 공제받을 수 있는 세액공제액(해당 시설에서 생산된 모든 제품의 총생산량에서 신성장ㆍ원천기술을 사용하여 생산한 제품과 국가전략기술을 사용하여 생산한 제품의 생산량의 합이 차지하는 비율이 50%를 초과하는 경우에는 신성장사업화시설로서 공제받을 수 있는 세액공제액)을 뺀 금액