2024년 결산 시 반드시 알아야 할 개정세법, 판례 및 예규의 주요 내용(2)

2024년 세무조정 시 적용해야 할 개정세법, 판례 및 예규 중에서 실무자와 세무대리인이 반드시 알아야 할 핵심항목을 2회에 걸쳐 연재하는데, 이번이 2회분이다. 본 원고가 회계담당자와 세무대리인의 실수를 방지하고 적법한 업무수행에 도움이 되길 기대한다.
Ⅱ. 조세특례제한법
6. 정규직 근로자 전환기업 세액공제 적용기한 연장(조특법 §29의 8)
종 전 | 개 정 |
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□ 정규직 전환 세액공제 ㅇ (대상) 중소ㆍ중견기업 ㅇ (요건) ➊과 ➋를 모두 충족 ➊ 2022.6.30. 현재 비정규직 근로자를 2023.12.31.까지 정규직으로 전환 ➋ 전년대비 상시근로자 수 유지 ㅇ (공제금액) 정규직 전환인원당 중소 1,300만원, 중견 900만원 ㅇ (사후관리) 정규직 전환 후 2년 내 근로관계 종료 시 공제세액 추징 ㅇ (적용기한) 2023.12.31. | □ 적용기한 연장 ㅇ (좌 동) ㅇ (요건) ➊과 ➋를 모두 충족 ➊ 2023.6.30. 현재 비정규직 근로자를 2024.1.1.부터 2024.12.31.까지 정규직으로 전환 ㅇ (좌 동) ㅇ (좌 동) ㅇ 2024.12.31 |
7. 출산휴가자 대체인력의 통합고용세액공제 상시근로자 수 계산방법 보완(조특령 §26의 8)
종 전 | 개 정 |
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□ 상시근로자 수 계산방법 ㅇ 정규직 근로자* : 1명 - 출산휴가자*와 대체인력을 각각 1명으로 계산 * 4대보험료를 납입하는 출산휴가자는 상시근로자 수에 포함(보험료 납입의무가 없는 육아휴직자는 제외) | □ 상시근로자 수 계산방법 보완 ㅇ (좌 동) - 출산전후휴가를 사용 중인 상시근로자를 대체하는 상시근로자가 있는 경우 해당 출산전후휴가를 사용 중인 상시근로자는 상시근로자 수와 청년 등 상시근로자 수에서 제외함(통합고용세액공제의 추가공제 적용을 위한 상시근로자 수 계산에 한정하여 적용) |
ㅇ 1개월간 근로시간이 60시간 이상인 단시간근로자 : 0.5명 ㅇ 일정요건*을 갖춘 상용형 시간제근로자 : 0.75명 * ① 시간제근로자를 제외한 상시근로자 수가 전년도 대비 감소하지 않을 것 ② 계약기간이 정해져 있지 않을 것 ③ 상시근로자와 시간당 임금, 복리후생 등에서 차별이 없을 것 ④ 시간당 임금이 최저임금의 130% 이상 | ㅇ (좌 동) ㅇ (좌 동) |
8. 영어조합법인의 양식업 소득에 대한 법인세 면제 한도 상향(조특령 §64)
종 전 | 개 정 |
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□ 영어조합법인에 대한 법인세 면제 범위 ㅇ (연근해어업과 내수면어업) 3,000만원 × 조합원 수 × (사업연도 월수 ÷ 12) ㅇ (연근해어업, 내수면어업과 양식어업 소득) 3,000만원 × 조합원 수 × (사업연도 월수 ÷ 12) | □ 양식업 소득에 대한 법인세 면제 한도 상향 ㅇ (연근해어업과 내수면어업과 양식어업 소득) 1,200만원 × 조합원 수 × (사업연도 월수 ÷ 12) ㅇ (연근해어업, 내수면어업과 양식어업 외 소득) 1,200만원 × 조합원 수 × (사업연도 월수 ÷ 12) |
구 분 | 내 용 | 영어조합법인의 조합원 1인당 감면액 | |||
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종 전 | 개 정 | ||||
어로어업 | 해수면어업 | 원양어업 | 원양에서 어류, 갑각류, 연체동물, 해조류 및 기타 수산 동ㆍ식물을 채취 또는 포획하는 산업활동 | - | - |
연근해어업 | 연안 및 근해에서 어류, 갑각류, 연체동물, 해조류 및 기타 수산 동ㆍ식물을 채취 또는 포획하는 산업활동 | 3,000만원 | 3,000만원 | ||
내수면어업 | 강, 호수, 하천 등 내수면에서 어류 등의 각종 수산 동ㆍ식물을 채취 또는 포획하는 산업활동 | 3,000만원 | 3,000만원 | ||
양식어업 | 바다, 강, 호수, 하천 등에서 어류, 갑각류 및 연체동물 또는 해조류 등의 각종 수산 동ㆍ식물을 증식 또는 양식하는 산업활동 | 1,200만원 | 3,000만원 |
9. 농업회사법인 법인세 감면 대상소득 합리화(조특령 §65)
종 전 | 개 정 |
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□ 농업회사법인의 법인세 감면 소득 범위 ㅇ 식량작물재배업소득 : 전액 ㅇ 그 외 작물재배업 소득 : 50억원 × 소득률 ㅇ 작물재배업 외 소득 : 5년간 50% 감면 - 「농업식품기본법」에 따른 축산업ㆍ임업 소득 - 「 농어업경영체법」에 따른 농업회사법인 부대사업 소득 * ① 영농에 필요한 자재 생산ㆍ공급 ② 영농에 필요한 종자생산ㆍ종균배양 ③ 농산물 구매ㆍ비축 ④ 농업기계 등 장비 임대ㆍ수리ㆍ보관 ⑤ 소규모 관개시설 수탁ㆍ관리 - 「 농어업경영체법」에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행 소득 | □ 감면소득 범위 합리화 ┐ │ │ │ (좌 동) │ │ ┘ - 수입 농산물의 유통ㆍ판매소득은 제외 |
10. 감염병 예방 조치에 따른 소상공인 손실보상금 익금불산입 특례 신설(조특법 §99의 13)
종 전 | 개 정 |
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<신 설> | □ 손실보상금에 대한 과세특례 ㅇ (대상) 내국인이 「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」에 따라 감염병 예방을 위한 집합 제한 및 금지 조치*로 인해 지급받은 손실보상금 * 운영시간의 전부 또는 일부를 제한하는 조치, 이용자의 밀집도를 낮추기 위한 조치로서 손실보상 심의위원회가 심의ㆍ의결한 조치 ㅇ (특례) 손실보상금은 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니함 ㅇ 과세표준신고 시 손실보상금익금불산입명세서를 함께 제출 |
11. 투자상생협력세제 과세 합리화
11.1 임금증가금액 산정기준 합리화(조특령 §100의 32 ⑨)
종 전 | 개 정 |
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□ 상시근로자 임금증가금액 ㅇ 임금증가금액 산정방식 ➊ 상시근로자 임금증가한 경우 • 고용 증가 없음 : 임금증가액 • 고용 증가 : 기존근로자 임금증가액 × 1.5 + 신규근로자 임금증가액 × 2 ❷ 청년정규직 근로자 수가 증가한 경우 : 청년정규직근로자임금증가액 ❸ 정규직전환근로자가 있는 경우 : 정규직전환근로자(청년정규직근로자 제외)에 대한 임금증가액 ㅇ 상시근로자 수 - 해당 사업연도의 매월 말 기준 상시근로자 수의 평균 * 근로소득증대세액공제(조특법 §26의 4) 규정 준용 | □ 상시근로자 수, 임금증가액 산정기준 일원화 ┐ │ │ │ │ │ (좌 동) │ │ │ │ ┘ |
ㅇ 임금증가금액 - 직전사업연도 대비 해당 사업연도의 임금*지급액 증가액 * 「소득세법」상 근로소득 <신 설> | ㅇ 산정방식 구체화 - (좌 동) - 사업연도별 임금지급액은 매월 말 기준 상시근로자에 지급한 임금의 합계액 |
11.2 미환류소득 과세 시 기업소득 범위 정비(조특령 §100의 32 ④)
종 전 | 개 정 |
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□ 미환류소득* 에 대한 법인세 과세 시 기업소득 산정방법 : 각 사업연도 소득 + 가산항목 – 차감항목
* 미환류소득 : Ⓐ 또는 Ⓑ를 선택하여 산정 Ⓐ 투자포함방법 = [기업소득 × 70% - (투자액 + 임금증가액 + 상생협력 출연금액 × 300%)] Ⓑ 투자제외방법 = [기업소득 × 15% - (임금증가액 + 상생협력 출연금액 × 300%)]
ㅇ (기업소득 가산항목) 국세환급금 이자 익금불산입액, 기부금 한도초과이월액의 손금산입액 등 ㅇ (기업소득 차감항목) - 법인세 등 납부할 세금 - 법령상 의무적립금 - 이월결손금 - 기부금 손금한도초과액 등 - 외국기업지배지주회사의 외국 자회사 수입배당금액으로서 익금에 산입한 금액 |
□ 기업소득 산정 시 차감항목 합리화 ┐ │ │ │ │ (좌 동) │ │ │ │ ┘ <삭 제> |
12. 해외자원개발투자 세액공제 도입(조특법 §104의 15, §127; 조특령 §104의 15)
종 전 | 개 정 |
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<신 설> | □ 해외자원개발투자 세액공제 ㅇ (공제대상) 해외자원개발사업자가 해외자원개발을 위하여 2024.1.1.부터 2026.12.31.까지 다음 중 어느 하나에 해당하는 투자나 출자를 하는 경우 ① 광업권과 조광권을 취득하는 투자 ② 광업권 또는 조광권을 취득하기 위한 외국법인에 대한 출자로서 다음의 요건을 모두 갖춘 외국법인에 대한 출자로서 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율이 10% 이상이거나 해외자원개발사업자의 임직원을 외국법인의 임원으로 파견하는 경우의 출자 ㉮ 해외자원개발사업자가 신고한 사업의 광구에 대한 광업권 또는 조광권을 소유할 것 ㉯ 해당 광구의 개발과 운영을 목적으로 설립되었을 것 ③ 내국인의 외국자회사에 대한 해외직접투자로서 「외국환거래법」제3조 제1항 제18호 가목1)에 따른 다음의 투자. 다만, 내국인의 외국자회사가 ‘①’과 ‘②’의 방법으로 광업권 또는 조광권을 취득하는 경우로 한정함. ㉮ 내국인의 외국자회사(내국인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100%를 직접 출자하고 있는 외국법인을 말함)의 증자에 참여하는 투자 ㉯ 내국인의 외국자회사에 상환기간을 5년 이상으로 하여 금전을 대여하는 투자 ㉰ 해 외자원개발사업자가 ‘①’ 또는 ‘②’에 따른 내국인과 공동으로 내국인의 외국자회사에 상환기간을 5년 이상으로 하여 금전을 대여하는 투자 1) 외국법령에 따라 설립된 법인(설립 중인 법인을 포함한다)이 발행한 증권을 취득하거나 그 법인에 대한 금전의 대여 등을 통하여 그 법인과 지속적인 경제관계를 맺기 위하여 하는 거래 또는 행위로서 대통령령으로 정하는 것 ㅇ (공제율) 투자 또는 출자액의 3% ㅇ (공제시기) 투자 또는 출자가 이루어지는 과세연도 ㅇ (추 징) 세액공제를 적용받은 자가 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유 발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 해당 투자 또는 출자금액에 대한 세액공제액 상당액*1에 이자상당가산액*2을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 함. ① 투자일 또는 출자일부터 5년이 지나기 전에 투자자산 또는 출자지분을 이전하거나 회수하는 경우 ② 투자일 또는 출자일부터 3년이 되는 날까지 광업권 또는 조광권을 취득하지 못하는 경우 *1 세액공제액 상당액 - 투자자산 또는 출자지분 이전ㆍ회수한 경우 : 세액공제액 × ( 이전ㆍ회수된 투자자산 또는 출자지분 / 총 투자자산 또는 출자지분 ) - 광업권 또는 조광권을 취득하지 못한 경우 : 세액공제액 전액 *2 이자상당가산액 : 세액공제액 × 일수* × 1일 0.022% * 공제받은 과세연도의 과세표준신고일의 다음 날부터 추징사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고일까지의 기간의 일수 ㅇ (적용기한) 2026.12.31. |
□ 국가 등의 보조금 등을 통한 세제지원 배제 ㅇ (대상 세제지원) - 통합투자세액공제 - 상생협력 시설투자 세액공제 <추 가> | □ 배제 대상 세제지원 추가 ㅇ 배제 대상 추가 - 좌동 - 해외자원개발투자 세액공제 |
13. 해외진출 기업의 국내복귀(리쇼어링) 세제지원 강화(조특법 §104의 24; 조특령 §104의21)
종 전 | 개 정 |
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□ 해외진출기업 국내복귀 시 소득세ㆍ법인세 감면 ㅇ (감면대상) 2년 이상 경영한 국외사업장을 국내로 이전ㆍ복귀하는 기업 ㅇ (감면내용) 외국법령에 따라 설립된 법인(설립 중인 법인 포함)이 발행한 증권을 취득하거나 그 법인에 대한 금전의 대여 등을 통하여 그 법인과 지속적인 경제관계를 맺기 위하여 하는 거래 또는 행위로서 대통령령으로 정하는 것 ① 완전복귀* 또는 수도권 밖으로 부분복귀**하는 경우 : 5년간 100% + 2년 50% * 완전복귀 : 국외사업장 양도ㆍ폐쇄 ** 부분복귀 : 국외사업장 축소ㆍ유지 ② 수도권 안으로 부분복귀하는 경우 : 3년 100% + 2년 50% ㅇ (업종요건) ① 사업장을 국내로 이전 또는 복귀하는 경우 한국표준산업분류에 따른 세분류를 기준으로 이전 또는 복귀 전의 사업장에서 영위하던 업종과 이전 또는 복귀 후의 사업장에서 영위하는 업종이 동일한 경우 ② <신 설> ㅇ (적용기한) 2024.12.31. | □ 감면 폭ㆍ기간 확대 및 업종요건 완화 ㅇ (좌 동) ㅇ 감면 폭 및 기간 확대 ① 7년간 100% + 3년간 50% ② (좌 동) ㅇ 업종요건을 법률에 규정: 감면을 적용받으려는 내국인은 다음 중 어느 하나에 해당하여야 함 ① (좌 동) ② 「해외진출기업의 국내복귀 지원에 관한 법률」에 따른 국내복귀기업지원위원회에서 업종 유사성을 확인받은 경우 ㅇ (좌 동) |
14. 해외건설자회사 대여금에 대한 대손충당금 손금산입(조특법 §104의 33; 조특령 §104의 30)
종 전 | 개 정 |
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<신 설> | □ 해외건설자회사 대여금에 대한 대손충당금 손금산입 특례 ㅇ (적용대상) 해외건설자회사*를 둔 국내건설모회사 * 해외건설자회사의 요건: 다음 요건을 모두 갖춘 법인을 말함 - 「해외건설촉진법」에 따른 현지법인 - 국내건설모회사가 출자지분의 90% 이상* 보유 * 대여금을 지급한 법인이 물적분할로 신설된 경우 분할존속법인인 지주회사가 출자지분의 90%이상 보유하는 해외건설사 포함 ㅇ (적용요건) ➊ ~ ➍까지 모두 해당하는 경우 ➊ 해외건설자회사의 공사 또는 운영자금으로 사용되었을 것 ➋ 특수관계인에 대한 업무무관가지급금이 아닐 것 ➌ 2022.12.31. 이전에 지급한 대여금으로서 최초 회수기일부터 5년이 경과한 후에도 회수하지 못하였을 것 ➍ 해외건설사업자인 내국법인이 대손충당금을 손금에 산입한 사업연도 종료일 직전 10년 동안에 해외건설자회사가 계속하여 자본잠식(사업연도말 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액이 0이거나 0보다 작은 경우를 말함)인 경우 등 회수가 현저히 곤란하다고 인정되는 경우로서 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우일 것 ㉮ 대손충당금을 손금에 산입한 사업연도 종료일 직전 10년 동안 해외건설자회사가 계속하여 자본 잠식인 경우 ㉯ ‘ ㉮’와 유사한 경우로서 해외채권추심기관(한국무역보험공사와 같은 대외채권 추심 업무 수행에 관한 협약을 체결한 외국의 기관)으로부터 해외건설자회사의 대여금등의 회수가 불가능하다는 확인을 받은 경우 ㅇ (손금산입한도)
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15. 평화경제특구 창업기업 등 세액감면 신설(조특법 §121의 17, §121의 19)
종 전 | 개 정 |
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□ 지역특구 세액감면 제도 ㅇ (감면내용) 특구 내 창업 또는 사업장 신설 기업 등에 대해 일정 기간 소득ㆍ법인세를 감면 ㅇ (감면적용 특구) - 기업도시, 지역개발사업구역 등 <추 가> ㅇ (감면율) 3년 100% + 2년 50%(사업시행자는 3년 50% + 2년 25%) ㅇ (적용기한) 2025.12.31. | □ 평화경제특구 창업기업 세액감면 신설 ┐ │ (좌 동) │ ┘ - 평화경제특구* * 북한인접지역에 남북 경제교류와 경제공동체 실현을 목적으로 특구를 조성ㆍ운영 ㉮ 경기(김포ㆍ파주ㆍ연천ㆍ고양ㆍ동두천ㆍ양주ㆍ포천) ㉯ 강원(고성ㆍ양구ㆍ인제ㆍ화천ㆍ철원ㆍ춘천) ㉰ 인천(강화ㆍ옹진) ㅇ (좌 동) ㅇ (좌 동) |
16. 기회발전특구 창업기업 등 세액감면(조특법 §121의 33)
종 전 | 개 정 |
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<신 설> | □ 기회발전특구* 내 창업기업 세액감면 신설 * 「지방분권균형발전법」에 따른 기회발전특구 ㅇ (감면대상) 기회발전특구 내 제조업 등 대통령령으로 정하는 업종으로 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외하며, 기회발전특구로 지정된 기간에 창업하거나 사업장을 신설하는 경우로 한정함)하는 기업 ㅇ (감면율) 감면대상사업에서 발생한 소득에 대하여 소득발생 과세연도부터 5년간 100% + 이후 2년간 50% 소득세ㆍ법인세 감면 ㅇ (감면한도) 사업용 자산*투자누계액 50% + 상시근로자 수 × 1,500만원(청년ㆍ서비스업 2,000만원) * 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산, 건설 중인 자산, 무형고정자산(영업권, 특허권 등) ㅇ (최저한세) 50% 감면기간만 적용 ㅇ (적용기한) 2026.12.31. |
17. 기회발전특구 부동산 대체취득 시 과세특례 신설(조특법 §121의 34)
종 전 | 개 정 |
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<신 설> | □ 수도권 기업의 기회발전특구* 내 부동산 대체취득 시 과세특례 * 인구감소지역ㆍ접경지역이 아닌 수도권과밀억제권역 제외 ㅇ (요건) 수도권에서 3년(중소기업 2년) 이상 계속하여 사업을 한 내국인이 기회발전특구로 이전하기 위하여 수도권 내 사업용 부동산(본사, 공장, 기업부설연구소, 데이터센터를 말함)을 2026.12.31.까지 양도하고 기회발전특구 내 사업용 부동산 대체취득하는 경우* * ① 기회발전특구 내 사업용 부동산을 취득하여 사업 개시한 날부터 2년 내 수도권 내 사업용 부동산 양도하거나 ② 수도권 내 사업용 부동산을 양도한 날부터 3년 내 기회발전특구 내 사업용 부동산을 취득하여 사업 개시 ㅇ (과세특례) 양도차익상당액을 익금에 산입하지 아니함. 해당 금액은 기회발전특구에 있는 사업용 부동산 처분일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금산입하여야 함. ㅇ (과세이연 대상 양도차익)
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18. 제주투자진흥지구 입주기업 세액감면 대상 업종 확대(조특령 §116의 15 ①)
종 전 | 개 정 |
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□ 제주투자진흥지구 입주기업 소득ㆍ법인세 감면 대상 업종 ㅇ 투자금액 2천만달러 이상 - 관광호텔업ㆍ수상관광호텔업 - 국제회의시설업, 종합유원시설, 관광식당업, 마리나업 등 ㅇ 투자금액 500만달러 이상 - 문화산업, 노인복지시설, 국제학교, 청소년수련시설, 교육원, 의료기관 등 - 궤도사업, 신ㆍ재생에너지를 이용한 전기생산업 등 - 식료품제조업 ■ 동물성 및 식물성 유지 제조업, 곡물가공품ㆍ전분 및 전분제품 제조업, 기타 식품 제조업, 동물용 사료 및 조제식품 제조업 제외 - 음료제조업 ■ 알코올 음료 제조업 제외 | □ 세액감면 대상 업종 확대 ㅇ (좌 동) ㅇ 대상 확대 - (좌 동) - (좌 동) - (좌 동) ■ (삭 제) - (좌 동) ■ (삭 제) |
Ⅲ. 2025년 개정세법 중 조기적용분
1. 의료기술협력단을 기부금 손금산입 대상에 포함(법법 §24 ②; 법령 §39 ①)
종 전 | 개 정 |
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□ 특례기부금 단체 ㅇ 국가 및 지방자치단체 ㅇ 국립대학병원 ㅇ 서울대학교병원 ㅇ 사립학교가 운영하는 병원 <추 가> | □ 특례기부금 단체 추가 ┐ │ (좌 동) │ ┘ ㅇ 특례기부금 단체에 해당하는 병원이 설립하는 의료기술협력단 |
□ 일반기부금 단체 ㅇ 사회복지법인 ㅇ 어린이집, 유치원 ㅇ 의료법인 <추 가> | □ 일반기부금 단체 추가 ┐ │ (좌 동) ┘ ㅇ 일반기부금 단체에 해당하는 병원이 설립하는 의료기술협력단 |
2. 의료기술협력단에 대한 고유목적사업준비금 손금산입 특례 적용(조특법 §74 ①)
종 전 | 개 정 |
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□ 고유목적사업준비금손금산입 특례* * 수익사업 소득 전액을 고유목적사업 준비금으로 손금산입 가능 ㅇ (적용대상) - 사립학교 - 사회복지법인 - 국립대학병원 - 서울대학교병원 등 <추 가> | □ 적용대상 추가 ㅇ (좌 동) - 고유목적사업준비금 손금산입 특례를 적용받는 법인이 설립하는 의료기술협력단 |
Ⅳ. 주요 예규 및 판례
1. 바이럴마케팅 용역비의 손금불산입에 대한 판례
바이럴마케팅(Viral Marketing)은 잠정적인 소비자들 사이에 소문이나 여론을 조장하여 상품에 대한 정보가 끊임없이 전파되도록 유도하는 마케팅 전략의 일종이다. 바이럴(viral)은 바이러스(virus)의 형용사형이고, 바이럴마케팅(Viral Marketing)은 “바이러스가 전파되는” 것처럼 온라인에서 입소문을 타고 크게 확산되는 마케팅을 말한다. 그런데 실제 바이럴마케팅은 댓글부대를 동원하여 경쟁상대방에 대하여 허위 비방댓글을 달아 깎아 내리고, 자기 회사에 대하여는 허위 과장 댓글을 다는 경우가 많다. 법원에서는 바이럴마케팅 용역비가 사회질서에 위반하여 지출된 경우 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이 아니므로 손금불산입된다고 판결하였다.
*1 경쟁학원의 강사를 비방하는 허위댓글 조작을 위한 용역비 *2 자기학원 강사의 강의 수강을 유도하는 댓글을 작성하여 여러 온라인사이트에 게시하는 것을 위한 용역비
(서울행법2021구합85723, 2023.09.19.) | 서울고등법원 2023누62634, 2024.5.23. | (대법원2024두46606, 2024.10.08.) |
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일부 국승 | 국승 | 국승(심리불속행) |
바이럴마케팅 용역비*1는 손금불산입, 중등커뮤니티 용역비*2는 손금산입 | 바이럴마케팅 용역비와 중등커뮤니티 용역비 모두 손금불산입 | 2심과 같음 |
2. 2년 미만 재직한 비자발적 퇴직자가 행사한 주식매수선택권의 행사차액이 손금인지 여부
법인이 「상법」제340조의 2에 따라 부여한 주식매수선택권을 임직원이 행사하면 주식의 매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가와의 차액은 손금에 해당한다. 「상법」제340조의 4 제1항에서는 주식매수선택권은 주식매수선택권에 관한 사항을 정하는 주주총회결의일부터 2년 이상 재직하여야 이를 행사할 수 있다고 규정하고 있으나, 「상법」제542조의 3 제4항 및 동 시행령 제30조 제5항에서는 상장회사의 주식 매수선택권을 부여받은 자가 사망하거나 그 밖에 본인의 책임이 아닌 사유로 퇴직한 경우에는 주주총회결의일부터 2년 미만 재직하더라도 주식매수선택권을 행사할 수 있다고 규정하고 있다. 과세당국은 주식매수선택권을 부여받은 자가 2년 미만 근무한 후 비자발적인 사유로 퇴직한 경우에 주식매수선택권의 행사차익은 이 손금이 아니라고 해석(법인세제과484, 2023.9.12., 기준2022법무법인0172, 2023.9.14.)하였으나 조세심판원은 그 예규와 상반되게 주식매수선택권 행사차액을 손금에 산입한다고 결정(조심2023인10841">조심2023인10841, 2024.5.20.)하였다.
기획재정부 (법인세제과-484, 2023.9.12.) | 조세심판원의 합동회의 결정(조심2023인10841">조심2023인10841, 2024.5.20.) |
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【질의】 상장내국법인으로부터 주식매수선택권을 부여받은 임직원이 부여일로부터 2년 이내 비자발적인 사유로 퇴직하고 주식매수선택권을 행사하는 경우 상장내국법인이 동 행사로 인한 차액을 「법인세법 시행령」제19조 제19호의 2에 따라 손금산입할 수 있는지 여부 제1안 : 손금산입 가능 제2안 : 손금산입 불가능 【회신】 귀 질의의 경우 제2안이 타당함. | 「상법」제340조의 2의 주식매수선택권의 부여를 정하는 청구법인의 주주총회결의일로부터 2년 미만 근무한 자 중 비자발적 퇴직자가 행사한 주식매수선택권의 행사차액인 쟁점행사차액은 쟁점규정 등에 따라 손금에 산입하는 것이 타당하다고 판단됨. |
3. 건설기초공사에 반복적으로 사용되는 H형강이 통합투자세액공제대상인지 여부
토공사업을 영위하는 법인으로 토목공사 시 굴토작업을 하는 과정에서 지반이 붕괴되는 것을 막기 위해 임시로 H형강을 설치하는데, 공사가 완료되면 H형강을 회수하여 다른 공사현장에서 재사용한다. 종전에 국세청은 건설공사에 반복적으로 사용되는 H형강이 통합투자세액공제대상 자산에 해당한다고 해석하였으나 기획재정부는 H형강은 통합투자세액공제대상 자산에 해당하지 않는다는 예규(기획재정부 조세특례제도과-39)를 발표하였고, 국세청은 국세법령정보시스템에서 종전 예규를 삭제하였다.
건설회사는 건설공사를 할 때 H형강으로 흙막이 가시설을 설치하여 일정기간이 지나면 해체한다. 해체된 H형강은 다른 공사현장에서 재사용할 수 있으나, 일부 H형강은 공사 현장에 매몰되어 사장되기도 한다. 기획재정부는 가시설을 설치하는데 사용되는 H형강은 일반적으로 다른 사업용 자산보다 내용연수가 짧은 점, 공사현장에 매몰되어 회수가 되지 않아 공사원가에 포함되는 재고자산의 성격도 있는 점, 기계장치가 아닌 비품이나 공기구의 성격도 있는 점을 고려하여 H형강은 통합투자세액공제대상이 아니라고 해석한 것으로 보인다. H형강에 대한 투자세액공제 관련 예규가 달라졌으므로 세무조정할 때 H형강을 통합투자세액공제대상으로 보면 안 될 것이다.
국세청 예규(법규법인2009-110, 2009.04.23.) (삭제되기 전의 예규) | 기획재정부 예규(조세특례제도과-39, 2024.1.18.) |
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신청인의 주요사업인 흙막이 가시설공사와 관련하여 에이치 빔 등에 신청인이 보유한 특허공법 및 신기술을 적용하여 제작한 가시설 공사용 건설장비는 「법인세법 시행규칙」 별표6을 적용받는 자산으로서, 「조세특례제한법 시행규칙」제3조 제1항 제1호에 따른 사업용 자산에 해당함. | 【질의】 건설공사에 반복적으로 사용되는 H형강이 조특법 §24에 따른 통합투자세액공제대상 자산에 해당하는지 여부 (제1안) 공제대상 자산에 해당함. (제2안) 공제대상 자산에 해당하지 않음. 【회신】 제2안이 타당함. |
4. 사회적기업과 장애인표준사업장이 국가 등으로부터 받은 지원금이 감면소득인지 여부에 대한 예규의 변경
(서면법인-778, 2020.08.26.) | (조세특례제도과-86, 2024.1.29.) |
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「장애인고용촉진 및 직업재활법」에 따라 장애인 표준사업장으로 인증받은 내국법인이 국가 등으로부터 지원받는 장애인고용장려금, 장애인 고용관리비용 등은 「조세특례제한법」제85조의 6 제1항의 법인세가 감면되는 “해당사업에서 발생한 소득”에 해당되지 않는 것임. | 장애인 표준사업장 및 사회적기업이 「장애인고용촉진법 및 직업재활법」, 「사회적기업 육성법」에 따라 국가 등으로부터 받은 지원금은 「조세특례제한법」제85조의 6에서 규정하는 감면대상 소득에 해당하는 것임. |
5. 제조업 영위 법인이 전기료 절감목적으로 설치한 태양광발전설비가 통합투자세액공제 대상 여부
※ 종전 예규를 국세법령정보시스템에서 삭제함.
6. 중소기업유예 적용에 대한 예규와 심판례의 차이
[예제] (주)한공은 2017년(설립연도)부터 2020년까지는 중소기업이었으나, 2021년에 자산총액이 5천억원 이상인 A회사가 30% 이상을 소유한 최다출자자에 해당하여 최초로 중소기업에 해당하지 않게 되었으나 중소기업 유예가 적용 배제됨. 2022년에는 모회사가 B회사로 변경되었고 B회사는 자산총액이 5천억원 미만이어서 2022년부터 다시 중소기업에 해당하게 됨. 그러나 2024년에 매출액이 중기령 [별표 1]의 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 됨. 이와 같이 독립성 기준 위반으로 중소기업에서 제외되고 유예기간을 적용받지 못한 법인이 중소기업에 해당하였다가 다시 매출액 규모기준을 초과하여 비중소기업이 된 경우 유예기간을 적용받을 수 있는가?
기획재정부는 중소기업유예를 적용할 수 없다고 해석하였으나 조세심판원은 중소기업유예를 적용할 수 있다고 결정하였다.

(조세특례제도과-371, 2024.5.3.) | 조심 2021광3262, 2022.4.25. ; 조심 2022중2851, 2024.2.14.; 조심2024중1912, 2024.7.8. |
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중소기업이었던 법인이 독립성 기준 미충족으로 유예 없이 비중소기업이 되었다가 다시 중소기업이 되었고, 이후 매출액 증가로 비중소기업이 된 경우 중소기업 졸업 유예기간(「조세특례제한법 시행령」 제2조 제2항)을 적용할 수 없음. | 최초로 그 사유가 발생한 날은 종전의 중소기업 졸업횟수, 사유, 유예기간 적용배제와는 무관하게 법인 설립 후 1회의 중소기업 유예기간을 적용(유예기간의 재차적용은 불허)하도록 한 취지로 보이므로, 조특법 시행령 제2조 제2항 본문의 “최초로 그 사유가 발생한 날”은 최초로 중소기업 유예기간을 적용할 사유(매출액 규모기준 초과 등)가 발생한 때로 해석함이 타당함. |