전동흔/행정자치부 지방세정담당관실 행정사무관 [목차] Ⅰ. 의 의 Ⅱ. 쟁점사항별 1. 법인설립과 존속기간의 범위 2. 지점등기와 부동산등기의 중과세 3. 사용면적과 소유면적의 구분 4. 대도시 내 신설법인의 본점·지점설치 유형별 등록세 중과세 5. 법인 또는 지점의 대도시 내로의 전입(재전입)관련 부동산등기 중과세 6. 대도시 내 등록세 중과세 판단기준일：취득일과 등록일 7. 대도시 내 중과제외업종과 등록세 중과세범위 8. 중과제외업종의 중과세추징 Ⅲ. 대도시 내 본점 사업용부동산 취득과 중과세의 비교 1. 본점 사업용부동산의 범위 2. 임대용과 중과세 3. 중과세 판단시점 4. 법인설립 5년 경과 후 본점 사업용부동산의 취득세 중과
Ⅰ. 의 의
대도시 내 인구집중을 억제하고 공해 유발을 방지하기 위하여 대도시 내에서 법인 신설 또는 증설에 따른 중과세정책을 시행함으로써 대도시의 기능을 유지하고 활성화하는데 기여하는바, 이와 같은 대도시 내 법인 신·증설에 대한 등록세 중과세제도는 1971.12.28.에 시행되면서 5배 중과세하다가 1999년부터는 3배 중과세하도록 개정되었다. 그러므로 대도시 내 신설법인에 대한 중과세정책에 대하여 헌법재판소결정에서는 대도시 내에서 법인설립등기나 부동산을 취득할 정도의 재정능력을 갖춘 법인의 담세능력을 일반적으로 또는 절대적으로 초과하여 법인이 대도시 내에서 향유하여야 할 직업수행의 자유나 거주·이전의 자유가 형해화할 정도에 이르렀다고 볼 수 없다(헌재 97헌바79, 1998. 2.27)고 한바가 있다. 또한 본점사업용 부동산 취득에 대한 취득세 중과세도 당초에는 승계취득이나 원시취득에 불구하고 5배 중과세하였으나 1999년부터 3배로 조정하면서 중과세대상도 원시취득하는 분에 대하여만 중과세하는 것으로 변경되었다.
Ⅱ. 쟁점사항별
1. 법인설립과 존속기간의 범위
(1) 휴면법인과 법인의 존속성
법인설립일은 설립등기일에 해당하는 것이나 상법 제176조 제1항 제2호의 규정에 의거『회사가 정당한 사유없이 설립 후 1년 내에 영업을 개시하지 아니하거나 1년 이상 영업을 휴지하는 때』에는 법원은 이해관계인이나 검사의 청구에 의하여 또는 직권으로 회사의 해산을 명할 수 있는 바, 휴면법인의 경우 영업을 하지 아니한 기간을 지방세법 제138조 제1항의 규정에 의거 대도시 내 법인신설시 등록세를 중과세할 경우에 법인설립 후 5년 이내의 판단을 함에 있어서 그 5년의 범위에는 영업을 하지 아니한 기간을 제외하여야 하는 지 아니면 휴면법인이『영업을 재개하는 날』을 법인의 설립일로 의제하여야 하는지가 중과세 여부를 판단하는 것과 관련이 된다. 만약 법원의 명령에 의거 법인이 해산되었다면 당해 법인은 소멸되는 것인가? 첫째, 휴면법인이 영업활동을 하지 아니하였다고 하더라도 당해 법인의 법인격 자체가 소멸하는 것이 아니라 존속하면서 적극적인 대외활동을 하지 아니하는 것이므로 당해 법인의 설립일은 당초 법인등기일을 기준으로 등록세의 중과세 여부를 판단하여야 하는 것이다. 둘째, 휴면법인에 대하여 법원은 이해관계인이나 검사의 청구에 의하여 또는 직권으로 회사의 해산을 명하는 경우에는 해산을 하였다고 하더라도 청산종결등기를 경료하지 아니하는 한 당해 법인격은 존속하는 것으로 보아야 할 것이고 청산종결등기를 경료한 경우에는 당해 휴면법인의 법인격은 소멸하게 되는 것이다. [사례] 휴면법인과 설립일의 판단 1. 지방세법 제138조 제1항 제3호 및 동법시행령 제102조 제3항의 규정에 의거 대도시 내 법인설립 후 5년 이내 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기에 대하여 등록세를 5배 중과세하는 것이나, 법인 해산 후 청산법인이더라도 등기에 의해 법인이 소멸되지 아니하고 법인설립 후 5년이 경과한 경우라면 그 취득하는 부동산 등기에 대하여는 등록세가 중과세되지 아니함(내무부세정 13407－137, 1994. 6. 1). 2. 1981년 대도시 내에서 설립된 법인이 해산등기 후 청산 중에 상법 제229조의 규정에 의한 계속등기를 하는 경우이면 신설법인으로 볼 수 없으므로 1981년을 법인설립일로 봄(내무부도세 22670－2306, 1990. 7.12).
(2) 조직변경과 법인의 존속성
대도시 내에서 5년이 경과된 주식회사를 유한회사로 조직변경 후 유한회사로 법인설립등기를 한 후 5년 이내 취득하는 부동산등기에 대하여 중과세대상으로 하는가? 이에 대하여 첫째견해는 당초주식회사 설립일은 이미 5년이 경과되었고 그 법인을 조직변경하여 유한회사로 한 것은 종전 법인의 인격을 승계한 것에 지나지 아니함으로 유한회사로 조직변경을 하였다고 하더라도 조직변경일을 중과세대상으로 볼 수가 없는 것이므로 중과세대상에 해당되지 아니하는 것이고, 둘째견해는 등록세는 등기 형식에 의거 과세하는 세금으로서 비록 조직변경을 한 후라고 하더라도 비송사건절차법에 의거 주식회사는 해산등기를 하고 유한회사는 설립등기를 하는 것이므로 설립등기일을 당해 법인의 설립일로 보아 중과세대상으로 보아야 한다는 것이다. [사실관계]
┌───────────────────────────────────┐ │ 법인설립일(1982. 1. 4) 조직변경(2001. 1.17) 취득 5년 │ │───────┼───────────┼───────┼─────┼─│ │ (주식회사) (유한회사) ↑ │ │ 중과세판단 │ └───────────────────────────────────┘1) 조직변경 당시의 등기 회사의 조직변경은 상법에 의거 주식회사가 유한회사로 변경되거나 유한회사가 주식회사로 변경되는 것으로서 회사의 그 인격의 동일성이 유지되면서 법률상의 조직이 변경되어 다른 종류의 회사가 되는 것을 말하는 바, 그 과정에서 조직변경 전의 회사가 소유하고 있던 부동산을 조직변경 후의 회사명의로 변경되는 경우에 부동산 거래행위 즉, 취득행위가 있는 것인가를 검토하면 그 인격의 동일성을 유지하는 한 비록 조직변경 전의 회사가 해산등기를 하고 조직변경 후의 회사로 설립등기를 하여 새로운 법인격을 구비하는 즉, 취득행위가 없는 단순한 명의변경(예：상호 명칭변경)과 유사한 것이다. 또한 소득세법 제88조에서도 조직변경으로 주식수나 출자지분이 감소되는 것은 주식의 양도로 보지 않는 점을 고려할 때 취득행위가 없는 것으로 보아서 취득세 납세의무가 없는 것이며 조직변경에 따른 부동산 등록세의 경우 법인등기와 부동산등기를 구분하여 보면, 법인등기는 등록세의 본질이 등기형식에 따라 과세되는 점을 고려할 때 새로이 법인설립등기 형식을 갖추는 한, 법인설립으로 보아야 법인설립등기에 해당하는 1,000분의 4의 세율을 적용하여야 하나 부동산등기의 경우 실질적인 소유변동이 아닌 단순한 명칭변경이므로 기타등기의 세율(매건당 3,000원)을 적용하여야 할 것이다. 2) 조직변경 이후의 등기 조직변경 이후에 불입·증자하는 법인등기나 취득하는 부동산등기의 경우 법인설립일을 당초 조직변경 전 당초회사가 설립된 날로 볼 것인가, 아니면 조직변경에 따라 행하는 법인설립일로 볼 것인가가 쟁점인 바, 조직변경 전 당초 회사의 설립일로 보아야 한다는 견해에 대하여 조직변경의 성격이 당초법인의 인격을 승계한 점, 법인등기부상「회사설립연월일」을 당초회사의 설립일로 기재한다는 점을 들 수 있고 조직변경 후의 회사설립일로 보아야 한다는 견해는 조직변경은 실질적으로 법인격을 승계한 것이라고 하더라도 법인등기는 상법 제606조에 의거 주식회사가 본점 소재지에서는 2주 내, 지점소재지에서는 3주 내에 해산등기를 하고, 유한회사로 설립등기를 하도록 규정하고 있어서 설립등기의 형식을 갖추는 것이다(비송사건절차법 제199조). 이에 대하여 비송사건절차법 제218조 및 제197조의 규정에 의거 조직변경 후의 설립등기시 변경 전의 회사의 성립연월일도 함께 등기하도록 규정되어 있으며 다음과 같다.
┌────────────────────────────────────┐ │〔비송사건절차법〕 │ │ 제218조【유한회사로의 조직변경으로 인한 등기】 │ │ ① 주식회사가 유한회사로 조직을 변경한 경우에 변경 후의 회사에 관하여 │ │ 하는 설립등기의 신청서에는 다음 각호의 서류를 첨부하여야 한다. │ │ 1. 정관 │ │ 2. 제193조 제2호의 서면 │ │ 3. 회사에 현존하는 순재산액을 증명하는 서면 │ │ 4. 사채의 상환을 완료하였음을 증명하는 서면 │ │ 5. 제220조 제2항 제3호 및 동조 동항 제4호의 서면 │ │ ② 제197조와 제199조의 규정은 제1항의 경우에 이를 준용한다 │ │ 제197조【합자회사로의 조직변경으로 인한 등기의 등기사항】 │ │ ① 합명회사가 합자회사로 조직을 변경한 경우에 변경 후의 회사에 관하여 │ │ 하는 설립의 등기에 있어서는 변경 전의 회사의 성립년월일, 변경 전의 회사│ │ 의 상호와 조직을 변경한 뜻 및 그 연월일도 함께 등기하여야 한다. │ └────────────────────────────────────┘그리고 조직변경 이후 취득하는 부동산등기나, 증자등기에 대하여 부동산등기는 소유권등기 형식을 갖추므로 그에 따른 세율(예：유상승계취득시 1,000분의 30)을 적용하나 법인등기의 경우 출자에 따른 등록세 세율(예：영리법인의 경우 불입·증자금액의 1,000분의 4)을 적용하여야 한다. 그런데 대도시 내에서 조직변경 이후 5년 이내에 출자하는 법인등기나 부동산등기에 대하여 등록세 중과세 여부를 검토하면 당초 조직변경 전의 회사가 당초 설립일로부터 5년 이내에 조직변경을 하는 경우에는 그 조직변경 이후의 회사가 행하는 법인등기와 부동산등기에 대하여는 모두 중과세되는 데는 이견이 없다. 그러나, 조직변경 전의 회사가 당초 설립일로부터 5년이 경과된 이후에 조직변경을 하는 경우 그 조직변경 이후에 행하는 법인등기와 부동산등기에 대하여는 중과세 여부가 관점이 되며, 이 경우 당초 조직변경 전의 회사가 설립한 날을 기준으로 보게되면 법인설립 후 5년 이후에 행하는 법인등기 및 부동산등기는 중과세를 할 수 없고 조직변경 당시의 회사가 설립한 날을 기준으로 보게되면 그로부터 5년 이내에 행하는 법인등기 및 부동산등기는 중과세대상에 해당된다. 그에 대한 견해를 보면 다음과 같다. <제1설>：조직변경 전의 당초 회사의 설립일을 기준으로 함. －실질과세원칙에 의거 조직변경은 당초 법인의 인격을 그대로 승계한 것이므로 비록 설립등기를 하였다고 하더라도 당초 조직변경 전의 회사설립일로 하여야 함. <제2설>：조직변경 후의 회사설립일을 기준으로 함. －등록세의 과세원칙은 등기형식에 따라 과세하는 것이므로 상법에 의거 설립등기가 된 이상 조직변경 후의 회사설립일을 기준으로 함. 따라서 당해 조직변경의 회사의 법인격을 그대로 유지하여 존속한 것에 불과한 것이기 때문에 종전에 없었던 사무실을 새로이 설치하는 것이 아닌 이상 대도시 내 법인설립에 따른 중과세대상으로 볼 수가 없다(대판 92누12742, 1993. 5.25)를 고려하여 볼 때 중과세대상으로 볼 수가 없는 것이다. 〔사례〕 조직변경과 법인등기시의 중과세 판단 1. 주식회사를 유한회사로 조직변경하는 경우 법인설립등기에 해당되어 지방세법 제137조 제1항 제1호의 세율이 적용되며, 대도시 내에 본점을 둔 주식회사의 유한회사로의 조직변경시 유한회사 설립등기에 대한 중과 여부는 조직변경 전의 회사가 당초 설립일로부터 5년 이내에 조직변경을 하는 경우 그 조직변경에 따른 법인등기와 조직변경 이후의 회사가 행하는 증자등기 및 부동산등기는 등록세가 중과세되며, 조직변경 전의 회사가 당초 설립일로부터 5년이 경과된 이후에 조직변경을 하는 경우 그 조직변경에 따른 법인등기와 조직변경 이후의 회사가 행하는 증자등기 및 부동산등기는 등록세가 중과세되지 아니함(행자부세정 13407－856, 2002. 9.12). 2. 상법 제604조 규정에 의하여 주식회사가 유한회사로 조직변경한 경우의 법인등기에 따른 등록세는 지방세법 제131조 제1항 제6호 규정의 세율이 적용되며 지방세법 제138조 규정에 의한 중과대상에서 제외됨(내무부세정 13407－1276, 1997.10.13). 3. 유한회사를 주식회사로 조직변경하는 경우의 법인설립등기시 적용되는 등록세 세율은 지방세법 제137조 제1항 제1호의(1)목의 규정에 의거 불입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 이외의 출자가액의 1,000분의 4의 등록세율이 적용됨(행자부세정 13407－82, 1999. 1.22). 4. 1979.12.24. 본점소재지를 서울특별시로 하여 설립된 후 1993.12.31. H석유주식회사를 흡수합병하면서 서울특별시 내에 소재하는 소외회사 본점에 원고회사의 지점인 H석유지사를 설치하여 영업을 하였고, 1994. 6.30. 소외 K가스주식회사를 흡수합병하면서 역시 서울특별시 내에 소재하는 같은 소외회사 본점에 원고회사의 지점인 K가스지사를 설치하여 영업을 하였으며, 그로부터 5년 이내인 1996.10. 2. 대도시 내에 소재하는 이 사건 부동산을 위 합병과는 무관하게 경매를 통하여 취득한 후 1996.11.23. 원고명의로 소유권이전등기를 마친 사실을 인정한 다음, 위 H석유지사와 K가스지사는 원고회사가 대도시 내에 설치한 지점이라 할 것이고, 위 지점이 종래부터 존재하던 피합병법인의 본점사무실을 그 소속만 원고의 지점으로 바꾸어 그대로 유지·존속한 것이라 하여 이를 지점설치에 해당하지 않는다고 할 수 없으며, 원고가 이 사건 부동산취득등기는 제138조 제1항 제3호 후단 소정의 등록세 중과세대상에 해당함(대판 99두9995, 2001. 1.16). 5. 설립된지 5년이 경과한 법인간에 신설합병을 하고 합병 후 신설법인이 합병등기일부터 5년 내에 자본금을 증자하거나 부동산을 취득하는 경우 동 증자등기와 부동산등기에 대한 등록세는 지방세법 제138조 제1항의 규정에 의하여 중과됨(행자부세정 13407－223, 2001. 8.13). 〔사례〕 주식회사를 유한회사로 변경시 중과세대상 판단 1. 상법 제604조의 규정에 의하여 주식회사가 유한회사로 조직변경하는 경우의 법인등기에 따른 등록세는 지방세법 제131조 제1항 제6호의 규정에 의한 세율(매 1건당 23,000원)을 적용하며 지방세법 제138조 규정에 의한 중과대상에서 제외됨(내무부세정 13407－1276, 1997.10.13). 2. 상법 제607조의 규정에 의하여 유한회사가 주식회사로 조직변경한 경우로서 조직변경 전에 법인명의로 소유하고 있는 취득세 과세대상 물건을 조직변경 후의 법인 명의로 변경등기하는 때에는 취득한 것으로 볼 수 없어 취득세 납세의무가 없으나, 조직변경 전 법인소유의 영업용 승합자동차를 조직변경 후 주식회사로 명의변경시 등록세는 지방세법 제132조의2 제2항 제3호의 세율(매 1건당 7,500원)이 적용됨(행자부세정 13407－335, 1999.12.21). 3. 유한회사를 주식회사로 조직변경하는 경우에는 상법 제607조 제5항 및 제606조의 규정에 의거, 유한회사에 있어서는 해산등기를 주식회사에 있어서는 설립등기를 하도록 규정되어 있음. 따라서 유한회사를 주식회사로 조직변경하는 경우의 법인설립등기시 적용되는 세율은 지방세법 제137조 제1항 제1호의 (1)의 규정에 의거 불입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금이외의 출자가액의 1,000분의 4의 등록세율이 적용됨(행자부세정 13407－82, 1999. 1.22). 4. 1989. 1.21. 유한회사(갑)로 설립된 법인이 1992. 2.10. 주식회사(갑)로 조직변경한 경우 이 때의 당해 법인의 설립일은 당초 유한회사(갑)가 설립된 날(1989. 1.21)이 되는 것임(내무부세정 13407－274, 1996. 3.13).
(3) 법인합병과 법인의 존속성
법인의 합병으로 신설합병이 되거나, 흡수합병이라고 하더라도 소멸법인의 지점을 그 자리에 존속법인의 지점으로 변경하여 그 후에 취득하는 부동산등기에 대하여는 새로운 지점의 설치 이후의 부동산 등기로 보아 등록세를 중과세할 것인가? 1) 법인의 합병과 새로운 법인신설 법인의 합병이란 2 이상의 법인이 상법에 의하여 하나의 법인이 되어 청산절차를 그치지 아니하고 1개 이상의 법인이 소멸되거나 권리의무를 포괄적으로 이전하는 일체의 행위를 말하며, 법인의 합병에는 신설합병과 흡수합병의 두 가지 형태가 있고 합병의 시기는 법인의 본점 또는 주사무소 소재지에서 합병등기를 마친 때를 말하고 지방세법 제15조에서 법인이 합병을 하였을 경우 합병 후 존속하는 법인과 합병으로 인하여 설립된 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인의 합병 전 사실에 대하여 부과할 지방자치단체의 징수금 또는 피합병법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금을 납부할 의무를 진다라고 규정하고 있다. 이와 같은 지방세법상의 합병관련 규정을 볼 때에 합병으로 인하여 종전의 소멸법인의 권리의무를 포괄적으로 이전하는 일체의 행위형태로서 합병에 따라 존속법인의 지점으로 소속을 변경하여 설치하는 것은 새로운 지점의 설치로 볼 수가 없는 인격승계의 입장을 취하고 있는 것이다. 그러나 법인의 합병과 관련하여 합병에 따른 부동산 등기에 대한 등록세중과여부를 판단하는 경우『존속법인을 기준』으로 설립 또는 지점설치 5년경과에 따라 중과세 여부를 판단하는 것이기 때문에 존속법인이 기존법인(법인설립 후 5년이 경과한 법인)이라면 합병에 따른 부동산취득은 기존법인이 취득한 것이기 때문에 중과세대상에서 제외되고 합병 전 신설법인의 지점을 존속하는 기존법인이 소속을 변경하여 유지시킨 것이라면 새로운 지점의 설치로 볼 수가 없다고 사료된다. 〔사례〕 기존법인과 신설법인의 합병시 등록세 중과 여부 1972. 1. 1. 이전에 설립된 A법인(기존법인)과 1972. 1. 1. 이후에 설립된 B법인(신설법인)이 합병하는 경우 존속법인이 기존법인이면 중과대상이 되지 않으나 존속법인이 신설법인이면 합병에 따른 부동산취득등기에 대하여 등록세가 중과됨(내무부세정 1268－8501, 1982. 6.30). A법인＋B법인－A법인(흡수합병)······일반과세 A법인＋B법인－B법인(흡수합병)······중과세 A법인＋B법인－C법인(신설합병)······중과세 〔사례〕 합병과 등록세 중과세판단 합병으로 인하여 소멸법인의 지점용부동산을 취득등기한 경우 이는 그 부동산등기만이 대도시 내에 새로운 지점설치를 위하여 취득등기한 부동산으로 볼 수가 없기 때문에 등록세 중과세대상에서 제외된 것일 뿐 존속법인의 입장에서는 법률상 새로운 지점을 설치한 것이 되고 그러한 지점설치 후 5년 이내에 부동산을 추가로 취득등기하였다면 등록세 중과세대상에 해당된다고 보아야 할 것이고, 이렇게 보는 것이 대도시 내로의 인구 및 산업집중을 억제하기 위한 등록세 중과세의 입법취지에 비추어 볼 때에도 타당하다(행자부심사 99－366, 1999. 5.26). 이와 같이 첫째, 대도시 안에서 설립 후 5년이 경과한 법인(기존법인)이 다른 기존법인과 합병하는 경우에는 이를 중과세대상으로 보지 아니함으로 흡수합병은 물론 신설합병의 경우에도 중과세되지 아니한다. 둘째, 기존법인이 대도시 안에서 설립 후 5년이 경과되지 아니한 법인(신설법인)과 합병하는 경우에는 기존법인으로 흡수합병되는 경우에는 일반과세되고 신설법인으로 흡수합병되는 경우와 신설합병되는 경우에는 합병 당시 기존법인에 대한 자산비율에 해당하는 부분을 중과세대상으로 보지 아니하는 바, 자산비율은 자산을 평가하는 때에는 평가액을 기준으로 계산한 비율로 하고, 자산을 평가하지 아니하는 때에는 합병당시의 장부가액을 기준으로 계산한 비율로 한다. 이를 도표로 표시하면 다음과 같다.
┌────────┬─────────────────┬──────────┐ │ │ 흡수합병 │ │ │ 구 분 ├──────┬──────────┤ 신설합병 │ │ │기존법인기준│ 신설법인기준 │ │ ├────────┼──────┼──────────┼──────────┤ │기존－기존법인간│중과제외 │ 없음 │중과제외 │ ├────────┼──────┼──────────┼──────────┤ │기존－신설법인간│중과제외 │중과세 │중과세 │ │ │ │(신설법인 자산비율) │(신설법인 자산비율) │ └────────┴──────┴──────────┴──────────┘2) 법인 합병과 지점용 부동산 등기에 대한 중과세판단 영업양수도계약에 따라 종전 법인으로부터 영업 및 관련자산 일체를 양수하게 됨으로써 종전 법인의 영업을 위하여 설치된 지점이 사용하고 있던 부동산을 취득함과 동시에 지점 사무실을 분사무소 형태로 유지시킨 것이라면 종전에 없던 새로운 사무실을 설치한 것이 아니라 종전부터 존재하고 있던 지점 사무실을 소속만 존속회사의 지점으로 바꾸어 유지 존속시킨 것에 불과하기 때문에 대도시 내에서의 지점설치 이후의 부동산등기로서 등록세 중과세대상에 해당하지 아니하는 것(대판 92누12742, 1993. 5.25. 참조)으로 보고 있는바, 대법원 판례와 같은 영업양수도 방식이 아닌 법인의 합병방식으로 종전 소멸법인의 영업 및 관련자산 일체를 양수하게 됨으로써 종전 법인의 영업을 위하여 설치된 지점이 사용하고 있던 부동산을 취득함과 동시에 지점 사무실을 분사무소 형태로 유지시킨 것이라면 종전에 없던 새로운 사무실을 설치한 것이 아니라 종전부터 존재하고 있던 지점 사무실을 소속만 존속법인의 지점으로 바꾸어 유지 존속시킨 것에 불과하기 때문에 새로운 지점의 설치로 볼 수가 없는 것이다 〔판례〕 지점설치 이후의 부동산등기로서 등록세 중과대상인지 여부판단 1. 갑회사가 영업양수도계약에 따라 을회사로부터 항업부문 영업 및 관련자산 일체를 양수하게 됨으로써 항업부문 영업을 위하여 설치된 지점이 사용하고 있던 부동산을 취득함과 동시에 지점 사무실을 분사무소 형태로 유지시킨 것이라면 종전에 없던 새로운 사무실을 설치한 것이 아니라 종전부터 존재하고 있던 지점 사무실을 소속만 갑회사의 지점으로 바꾸어 유지 존속시킨 것에 불과하고, 이는 대도시의 인구집중억제를 위하여 마련된 지방세법 제138조 제1항의 규정취지에도 어긋나지 아니하므로 위 법 제138조 제1항 제3호가 정하는 "대도시 내에서의 지점설치 이후의 부동산등기"로서 등록세 중과세대상에 해당하지 아니한다(대판 92누12742, 1993. 5. 25). 2. 1979.12.24. 본점소재지를 서울특별시로 하여 설립된 후 1993.12.31. H석유주식회사를 흡수합병하면서 서울특별시 내에 소재하는 소외회사 본점에 원고회사의 지점인 H석유지사를 설치하여 영업을 하였고, 1994. 6.30. 소외 K가스주식회사를 흡수합병하면서 역시 서울특별시 내에 소재하는 같은 소외회사 본점에 원고회사의 지점인 K가스지사를 설치하여 영업을 하였으며, 그로부터 5년 이내인 1996.10. 2. 대도시 내에 소재하는 이 사건 부동산을 위 합병과는 무관하게 경매를 통하여 취득한 후 1996.11.23. 원고 명의로 소유권이전등기를 마친 사실을 인정한 다음, 위 H석유지사와 K가스지사는 원고회사가 대도시 내에 설치한 지점이라 할 것이고, 위 지점이 종래부터 존재하던 피합병법인의 본점 사무실을 그 소속만 원고의 지점으로 바꾸어 그대로 유지·존속한 것이라 하여 이를 지점설치에 해당하지 않는다고 할 수 없으며, 원고가 이 사건 부동산취득등기는 제138조 제1항 제3호 후단 소정의 등록세 중과세대상에 해당함(대판 99두9995, 2001. 1.16). 따라서 종전 소멸법인의 명의로 설치된 지점자리에 존속법인의 명의로 소속을 변경하여 그대로 존속법인의 지점으로 유지존속되는 것이라면 새로운 지점으로 볼 수가 없는 것이고 종전 소멸법인의 지점설치 연장선상에서 지점이 승계되어 존속법인의 소속 변경된 지점명의로 취득하는 부동산등기에 대하여 등록세를 중과세 제외대상으로 보는 것이 타당하다. 〔사례〕 법인합병과 새로운 지점설치 판단기준 1. 합병법인이 피합병법인의 부동산을 이전하는 것은 법인합병절차에 의한 것일 뿐, 부동산을 새로이 취득한 것으로 볼 수 없고, 합병과정에서도 새로운 시설의 신·증설과 업종변경 등이 없이 종래의 형태와 동일하게 운영되고 있다면 새로운 지점 등의 설치로 볼 수 없으므로 대도시 내 등록세 중과대상이 아님(내무부세정 13407－539, 1995. 6.15). 2. 설립된지 5년 경과 법인이 설립된지 5년 경과된 피합병법인 소유의 부동산을 흡수합병절차에 따라 이전등기하면서 동 부동산 소재지에 피합병법인의 사업자등록을 합병법인 명의로 재발급받았다면 이는 새로운 지점설치로 볼 수 없으므로 등록세 중과 제외됨(내무부세정 13407－143, 1996. 2. 8). 3. 합병으로 인하여 소멸법인의 지점용부동산을 취득등기한 경우 이는 그 부동산등기만이 대도시 내에 새로운 지점설치를 위하여 취득등기한 부동산으로 볼 수가 없기 때문에 등록세 중과세대상에서 제외된 것일뿐 존속법인의 입장에서는 법률상 새로운 지점을 설치한 것이 되고, 그러한 지점설치 후 5년 이내에 부동산을 추가로 취득등기 하였다면 등록세 중과세대상에 해당된다(행자부심사 99－66, 1999. 5.26). 〔사례〕 종전부터 존재하고 있던 지점을 흡수합병 후 부동산 중과판단 종전에 없던 새로운 사무소를 설치한 것이 아니라 종전부터 존재하고 있던 지점 사무실을 흡수합병하여 당해 법인의 지점으로 바꾸어 유지 존속시킨 경우에 대도시 내 지점설치 후 5년 이후에 지점용부동산을 취득하여 이전하는 경우에는 그러하지 아니함. 다만, 종전 사무소를 폐쇄하고 사실상 지점 등을 별도로 설치한 경우라면 등록세가 중과세되는 것이나 이에 해당 여부는 과세권자가 사실조사 후 판단할 사항임(내무부세정 13407－638, 1994. 9. 6). 3) 합병에 따른 부가가치세법상의 사업자등록과 중과세 판단 부가가치세법에 의거 부가가치세가 부과되는 사업을 하는 사업자는 사업장마다 사업자등록을 하여야 하는 바 이때 사업자가 사업자등록을 함으로써 사업자는 사업에 따른 등록번호 또는 고유번호를 부여받아 모든 거래를 명확히 할 뿐이며 사업자등록이 사업을 허용할 권리를 인정한 것이 아니라 단순히 사업활동 사실의 신고에 대한 수리행위이기 때문에 부가가치세법 제10조 제2항에 따라 법인인 사업자가 합병으로 인하여 소멸한 때에는 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인은 합병 후 소멸한 법인의 폐업사실을 그 소멸한 법인의 관할 세무서장에게 신고하는 것이며 소멸한 법인의 지점사업장에 존속법인의 사업장으로 소속을 바꾸는 것은 그 형태가『신규』로 사업장을 교부하더라도 실질적인 새로운 사업장으로 볼 수는 없는 것이다. 따라서 지방세법 제82조【국세기본법 등의 준용】, 국세기본법 제14조【실질과세】의 규정에 입각하여 볼 때 존속법인의 지점사업장에 사업자등록을 신규로 교부받았다고 하더라도 부가가치세법상의 절차나 형식에 기인된 것이지 실질적인 내용으로 볼 때에는 법인의 합병에 따라 소멸법인의 지점을 존속법인의 지점으로 변경하더라도 실질적인 지점의 신설로는 볼 수가 없는 것이기 때문에 이를 새로운 지점의 설치로 볼 수는 없는 것이다. 따라서 합병에 의거 존속법인의 사업장으로 소속을 변경하여 부가가치세법상의 사업자등록증을 신규로 교부하더라도 새로운 지점으로 볼 수 없음에도 이를 새로운 지점으로 보아 등록세를 중과세한 것은 실질과세원칙에 위배된다. 〔사례〕 합병으로 사업자등록증의 신규발급과 새로운 지점설치 여부 판단 설립된지 5년이 경과된 합병법인이 설립된지 5년이 경과된 합병법인 소유의 부동산을 흡수합병 절차에 따라 이전등기를 하게 되면 동 부동산 소재지에 피합병법인의 사업자등록을 합병법인의 명의로 재발급받았다면 이는 새로운 지점의 설치로 볼 수가 없으므로 등록세 중과세대상에서 제외되는 것임(내무부세정 13407－143, 1996. 2. 8). 〔사례〕 사업자등록증의 신규발급과 새로운 지점설치 여부 판단 지방세법시행규칙 제55조의2의 규정이 신설(1984. 5.12)시행되기 이전에 지점으로 인정할 만한 영업소를 갖추고 사업자등록을 교부받아 영업을 계속해 오다가 그 부속토지를 취득·등기한 후 타 지역에 설치한 신규영업소에 사업자등록을 이전해 주고 신규로 사업자등록을 교부받더라도 인적·물적설비를 갖추고 영업을 계속해 온 사실이 인정되고 지점(영업소) 설치일로부터 5년이 경과하여 그 부속토지를 취득·등기하였으므로 등록세 중과세대상이 아님(감사원 심사결정 제94－157호, 1994. 9.13).
(4) 법인분할과 법인의 존속성
법인분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시 내의 내국법인이 법인의 분할(법인세법시행령 제82조 제3항 제1호 내지 제3호의 요건을 갖춘 경우에 한한다)로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세대상으로 보지 아니한다.
┌─────────────────────────────────────┐ │ <법인분할의 요건> │ │ 1. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것 │ │ 2. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으 │ │ 로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 │ │ 자산과 부채 등으로서 재정경제부령이 정하는 것의 경우에는 그러하지 │ │ 아니하다. │ │ 3. 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다)만의 출자에 의하여 │ │ 분할하는 것일 것 │ └─────────────────────────────────────┘이 경우 분할되는 법인이 기존법인(법인설립 후 5년이 경과된 법인)이어야 함으로 기존법인의 일부사업을 분할하여 새로운 법인을 신설하였다고 하더라도, 종전 기존법인의 일부가 분리된 것으로 보아 기존법인으로 보아야 하나 분리되어 새로이 법인이 신설되는 경우에는 법인설립등기를 하게됨으로 신설법인에 해당하게 된다. 따라서 이 경우에는 법인설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기에 대하여 중과세 문제가 발생하게 됨으로 분리되는 법인이라고 하더라도 기존법인으로 보아 중과세대상에서 제외하여야 한다. 그러나 기존법인이 법인설립 후 5년 이내인 경우에는 새로이 설립되는 법인도 신설법인으로 보아야 하며, 또한 법인 분할의 요건이 법인세법시행령 제82조 제3항 제1호 내지 제3호의 요건을 모두 동시충족하지 아니한 경우에는 비록 기존법인이 법인분할하였다고 하더라도 중과세대상에 해당하는 것이다.