합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식(협의의 자기주식)은 피합병법인의 자산으로 합병차익을 산정하는 요소가 되기는 하지만 합병법인이 이를 처분하는 행위는 합병과는 구별되는 후속거래로 보아야 하는 점, 협의의 자기주식은 양도성과 자산성을 가질 뿐만 아니라 합병에 따라 자기주식을 취득하였다가 처분하여 이익을 얻는 것이 다른 사유로 자기주식을 취득하였다가 처분하여 이익을 얻는 것과 본질적으로 다르지 아니한 점 등에 비추어 순수한 자본거래에 해당한다고 보기 어려우므로 익금 산입 처분은 정당함 (대법원2018두54323, 2022.06.30.)

이 사건 분할·합병은 사업상의 필요 등 다른 합리적인 이유가 없고, 이를 통해 부동산 장부가액을 높이는 등으로 세부담을 회피하기 위한 거래에 해당하므로, 구 국세기본법 제14조 제3항에 근거하여 거래의 실질에 따라 분할·합병 없이 직접 양도한 것으로 보고 과소신고한 부동산 양도차익을 익금산입한 처분은 적법함 (대법원2017두41313, 2022.08.25.)

현지법인은 배당금과 기술자문료를 수령한 후 원고에게 배당으로 지급할 수 있었음에도 이를 하지 아니한 채 해외에 유보시킴으로서 조세회피결과를 초래하였는바, 조세회피목적으로 설립된 법인으로서 현지법인이 수령한 배당금과 기술자문료는 원고의 소득으로 보아야 함 (대법원2021두45022, 2021.10.28.)

주식의 취득시기에 대해 대금의 잔금청산일로 일률적으로 볼 것은 아니지만, 이 사건 주식매매계약에서 쟁점주식 취득의 효력을 발생시키기로 합의한 날은 매매대금의 잔금청산일이라고 할 것이므로 쟁점배당금은 배당기준일 전 3개월 이내에 취득한 주식등을 보유함으로써 발생한 수입배당금액에 해당하고, 가산세 면제사유인 정당한 사유가 있는지 여부의 판단기준시점은 원칙적으로 신고·납부기한이므로 신고·납부기한 이후에 이루어진 쟁점세무조사결과통지는 정당한 사유가 있는지 여부를 판단할 때 고려할 사항이 아님 (대법원2023두55405, 2024.01.11)

토지 및 건물의 매도가액을 구분하지 않고 일괄매도하는 방식으로 매매계약을 체결하였고, 토지에 관한 감정평가액만 있는 경우 이 사건 양도가액을 토지 및 주택의 기준시가로 비례안분하여 토지의 매도가액을 결정하고 이에 따라 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 한 부과처분은 적법함 (대법원2023두51618, 2023.11.30.)

매출총이익법은 매출총이익과 영업비용 사이의 상관관계를 엄격하게 분석하여 적용되어야 하는데, 여기에서의 영업비용은 해당 거래로 인한 매출총이익과 상관관계가 있는 것이어야 하고 다른 거래에도 함께 소요되는 영업비용의 경우에는 그 상관관계가 떨어진다고 볼 수 밖에 없음 (대법원2021두42481, 2021.10.14.)

비영리법인이 회원들로부터 부담금을 받아 수익사업을 운영한 후 그 이익을 부가금으로 가산하여 퇴직급여 등을 지급하는 공제사업을 영위한 경우, 부가금은 고유목적사업준비금 손금산입 한도 내에서만 손금으로 산입할 수 있을 뿐, 수익사업에 대응하는 이자비용으로 보아 전액을 손금산입할 수는 없음 (대법원2018두32330, 2020.5.28)

법인이 직원들이 납부해야할 소득세를 대납하고, 임의로 인정상여로 계상하여 법인의 손금으로 계상하였으나 현장성 경비를 보전하기 위하여 지급되었다고 볼 수 있는 증거가 없으므로 법인의 통상적 손금으로 인정될 수 없음 (대법원2019두47315, 2019.11.14)

담합행위는 공정거래법 위반행위로, 지급한 담합사례금은 법인세법 제19조 제2항에서 규정한 사업관련 일반적으로 용인되는 통상적인 비용이라고 할 수 없고, 사업과 직접 관련된 비용도 아님 (대법원2017두69750, 2017.10.26)

법인이 리모델링 사업으로 얻은 수익을 주주에게 유상감자 방식으로 배분하면서, 기존의 주주에게 경영권확보 대가 등을 사업관련 수수료 명목으로 지급하였다고 하더라도, 그 수수료 성격이 단독주주로 남게 되는 주주가 부담할 비용의 성격이라면 법인의 손금에 산입할 수 없으며 대표자 상여처분은 정당함 (대법원2016두56981, 2017.2.23)

피고가 사업과 관련 없는 비용으로 본 금융자문수수료는 원고는 사업 진행 초기단계에서 필요한 자금의 조달방법, 거래구조개발, 사업타당성 등에 대한 자문을 그 내용으로 하는 것으로, 원고의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 비용인 것인바 원고의 손금에 해당함 (대법원2015두50146, 2016.03.10.)

개인주주를 이익분여자로 보기 위해서는 자본거래로 인하여 개인주주에게 귀속될 이익이 있었음을 전제로 하므로, 이익의 분여자가 주식발행법인의 개인주주라하더라도 법인세법상 익금에 해당함 (대법원2017두50980, 2017.10.26)

법인이 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위해 건설에 착공한 후 건설을 중단한 경우, 그 중단에 정당한 사유가 없는 한 그 법인이 당해 건설에 관련된 업무를 진행한 정황이 있더라도, 당해 토지는 업무 무관 부동산에 해당한다고 봄이 타당함 (대법원2020두56667, 2021.3.25.)

임원 퇴직급여 지급규정에 의하여 지급하더라도 퇴직급여의 형식을 빌려 특정 임원에게 법인의 자금을 분여하기 위한 목적으로 과다하게 지급할 경우에는 「법인세법 시행령」 제44조 제4항 제2호의 규정에 따라 산정된 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입할 수 없음 (대법원2015두50153, 2016.02.18.)

개정 법인세법 §13①후문에서 공제가능한 이월결손금의 범위를 신고·경정 등으로 확정된 결손금으로 축소한 이상, 납세의무자는 결손금감액경정 통지를 받고 이를 곧바로 다투지 않으면 이후 사업연도에서 이월결손금 공제에 관해 종전 결손금 감액경정이 잘못 되었다는 주장을 할 수 없으므로, 과세관청의 결손금 감액경정은 행정소송의 대상이 되는 행정처분에 해당함 (대법원2017두63788, 2020.7.9.)

특수관계 법인에게 대출금에 대한 무상담보제공 행위는 비정상적인 거래로 이익분여에 해당함 (대법원2022두46053, 2022.09.29.)

특수관계인에게 대여금 명목으로 선급금을 지급하고 이자를 수령하지 아니한 행위는 부당행위계산부인에 해당함 (대법원2021두56992, 2022.02.24.)

특허권 양도대금은 이 사건 특허권에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 대표이사에 대한 가지급금 채무를 정산(면제)하기 위하여 대외적으로 대가의 형식을 취한 것에 불과하다고 판단된다. 따라서 이 사건 특허권 양도계약은 부당행위계산의 부인대상에 해당하고, 원고가 대표이사에게 지급한 양도대금은 이익처분으로서 손금불산입 대상임 (대법원2024두51646, 2024.07.12)

원고회사와 원고회사의 임원들인 이 사건 이사들과 함께 AA법인의 주식 및 경영권을 일괄 양도하면서 양도가액을 주식수 비율대로 나누어 가진 경우, 경영권 프리미엄과 관련없는 이 사건 이사들 양도부분은 원고회사가 받았어야 할 경영권 프리미엄 중 일부를 분여한 것으로서, 법인세법상 부당행위계산 부인의 대상이 됨 (대법원2016두54213, 2019.5.30)

원고의 상표를 자회사가 무상으로 사용하게 한 것은 경제적 합리성이 없어 부당행위계산부인대상에 해당하고, 그 적정 사용료를 감정평가액으로 산정한 것은 적법함(국승)·수탁자가 해당 분양계약의 당사자로서 부가세 납세의무자이므로 위탁자 겸 수익자인 원고에게 부과된 부가세 부과처분은 위법함(파기환송－국패취지) (대법원2018두33005, 2023.5.18.)

법인의 자금을 유용하는 행위는 애당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 금액에 대한 지출 자체로서 이미 사외유출에 해당하며, 그 사외유출금 중 대표이사 또는 실질적 경영자 등에게 귀속된 부분에 관하여 일단 소득세 납세의무가 성립하면 사후에 그 귀속자가 소득금액을 법인에게 환원시켰다고 하더라도 이미 발생한 납세의무에 영향을 미칠 수 없음 (대법원2023두50288, 2023.11.30.)

외국법인이 국내주식 등을 양도함으로써 양도차익이 발생한 경우뿐만 아니라 양도차손이 발생한 경우에도 그 주식양도대금을 지급한 자에게 지급명세서 제출의무가 있으므로, 이를 제출하지 아니한 사실에 대하여 가산세를 부과한 이 사건 처분은 정당함 (대법원2018두44746, 2018.4.25)

법인세 과세표준과 관련이 없는 부가가치세 부분에 대하여도 가산세는 부과하는 것은 비례의 원칙에 반하므로 정규증빙미수취 가산세는 부가가치세를 포함하지 않은 공급가액을 기준으로 부과하는 것임 (대법원2017두58717, 2017.12.07)