1. 수정세금계산서의 의의
수정세금계산서란 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정사유가 발생한 경우에 당초 기재내용을 수정하여 발급하는 세금계산서를 말한다(부법 §32 ⑦). 종이세금계산서를 잘못 발급한 후 신고 전에 수정사유가 발견된 경우 수정세금계산서를 발급해야 하나, 대부분의 경우 이미 발급된 종이세금계산서를 양자 간의 약속에 의해 폐기처분하고 정확한 세금계산서를 다시 발급하는 관행이 존재하였다. 그러나 전자세금계산서를 발급ㆍ전송한 경우에는 이를 삭제ㆍ폐기ㆍ정정할 수 없으므로 반드시 부가가치세법에 따라 수정세금계산서를 발급해야 한다.
2. 수정세금계산서 발급요건
수정세금계산서는 당초 세금계산서를 공급시기에 적법하게 발급한 경우에 발급할 수 있으므로 당초 세금계산서를 발급하지 않은 경우에는 수정세금계산서를 발급할 수 없다.
3. 수정세금계산서 발급사유
수정세금계산서는 일반적으로 사유발생일을 작성연월일로 하여 수정세금계산서를 발급하나, 세금계산서 필요적 기재사항 오류 및 이중발급 등 공급시기 이후에 특별한 사유가 발생하지 않았음에도 당초부터 잘못 작성 또는 발행으로 인하여 수정세금계산서를 발급하는 경우에는 당초 작성연월일을 수정세금계산서 작성연월일로 기재한다(부령 §70).
(1) 재화의 환입
공급한 재화가 환입된 경우에는 재화가 환입된 날을 작성일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급한다(부령 §70 ① 1호).
예제재화의 환입 사업자가 2024.12.27.에 상품을 10,000,000원(부가가치세 별도)에 공급하였으나, 하자로 인하여 2025.1.27.에 상품 중 3,000,000원이 환입된 경우 수정세금계산서 발급방법은? 해답 작성일자 2025.1.27., 공급가액 －3,000,000원, 세액 －300,000원 2025년 1기 부가가치세 신고 시 반영한다.
(2) 계약의 해제
계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우에는 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급한다(부령 §70 ① 2호). 계약의 해제란 이미 성립된 계약을 일방적 의사표시에 의해 소멸시켜 계약이 당초부터 존재하지 않았던 것과 같은 상태로 만드는 것을 말한다. 계약이 해제된 때에는 각 당사자는 그 상대방에 대하여 원상회복의 의무가 있다. □ 계약의 해제 시 부가가치세의 반환 여부 사업자가 공급계약을 체결하고 재화를 인도하기 전에 계약금 등을 지급받으며 부가가치세를 거래징수하고 세금계산서를 발급하였으나 공급계약이 취소된 경우에는 「부가가치세법 시행령」제70조의 규정에 의하여 계약이 취소된 때에 거래상대방에게 세금계산서를 수정하여 교부하고 당초 거래징수한 부가가치세를 되돌려 주어야 하는 것이나, 계약의 해제 시 당사자 간에 부가가치세의 귀속에 관한 특약이 있는 경우 그 특약에 따른다(서면-2017-부가-0777[부가가치세과-800], 2017.3.30.).
예제계약의 해제 사업자가 2024.12.27.에 상가를 100,000,000원(부가가치세 별도)에 매매하기로 하고 계약금 10,000,000원에 대한 세금계산서를 발급하였으나 2025.1.30.에 계약이 해제된 경우 수정세금계산서 발급방법은? 해답 작성일자 2025.1.30., 공급가액 －10,000,000원, 세액 －1,000,000원 2025년 1기 부가가치세 신고 시 반영한다.
(3) 계약의 해지
계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우에는 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(－)의 표시를 하여 발급한다(부령 §70 ① 3호). 계약의 해지는 임대차계약과 같이 계속적 계약관계에서 장래를 향하여 그 효력을 상실시키는 것을 말한다. 부가가치세가 과세되는 용역을 공급하는 사업자가 세금계산서를 발급한 후 용역계약이 해지된 경우에는 당초 교부한 세금계산서에 기재된 공급가액과 해지된 때까지의 용역제공대가(공급가액)와의 정산차액에 대하여 해지된 날을 작성일자로 하여 수정세금계산서를 발급하여야 한다(부가가치세과-87, 2013.1.29., 부가가치세과-208, 2010.2.22.). 만약 사업자가 세금계산서를 발급한 후 당초의 공급가액에 더하거나 빼는 금액이 발생한 경우 수정세금계산서를 발급하지 아니하거나 발급한 분에 대한 매출처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 때에는 가산세를 적용한다(부기통 60－108…2).
예제계약의 해지 광고업체가 2024.10.1.에 부동산업체와 6개월간 인터넷 광고를 하기로 계약하고 광고료 600,000원(세액 60,000원)을 받으면서 세금계산서를 발급했다. 2025.1.15.에 부동산업체가 광고계약을 해지함에 따라 광고기간 미경과분 250,000원(세액 25,000원)을 환불한 경우 수정세금계산서 발급방법은? 해답 수정세금계산서 1장 : 작성일자 2025.1.15., 공급가액 －250,000원, 세액 －25,000원 2025년 1기 부가가치세 신고 시 반영한다.
(4) 내국신용장의 사후개설
내국신용장은 원칙적으로 물품의 인도일 이전에 개설하도록 하고 있으나, 신용장이 사후에 개설되는 경우도 많아 이러한 현실을 감안하여 해당 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 25일(그날이 토요일 또는 일요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말함) 이내에 내국신용장 또는 구매확인서를 개설하는 경우에도 영세율이 적용된다. 따라서 해당 기간이 지난 후에 내국신용장이 개설되거나 구매확인서가 발급된 경우에는 영세율이 적용되지 아니하고 10%의 세율로 과세된다.
- ① 수정세금계산서 발급 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 25일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우에는 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일은 처음 세금계산서 작성일을 적고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 덧붙여 적어 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 발급하고, 추가하여 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 음(－)의 표시를 하여 작성하고 발급한다(부령 §70 ① 4호).
- ② 내국신용장이 사후 개설되었으나 수정세금계산서를 발급하지 않은 경우 사업자가 「관세법」제196조에 따른 보세판매장에 재화를 공급하고 10%의 세율이 기재된 세금계산서를 발급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 25일 이내에 「대외무역법」제18조에 따른 구매확인서를 발급받은 경우에는 「부가가치세법 시행령」제70조 제1항 제4호에 따라 0% 세율이 기재된 세금계산서로 수정 발급할 수 있다. 다만, 사업자가 구매확인서를 발급받았음에도 (영세율)수정세금계산서를 발급하지 아니한 경우로서 당초 발급한 세금계산서에 의해 「부가가치세법」제48조 또는 제49조에 따른 신고ㆍ납부를 이행한 경우에는 해당 거래에 대하여 「부가가치세법」제60조 제2항 및 제6항의 가산세를 적용하지 않는 것이며, 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 25일이 경과한 뒤에는 「부가가치세법 시행령」제70조 제1항 제4호에 따른 수정세금계산서를 발급할 수 없다(기획재정부, 부가가치세제과－585, 2017.11.16.).
예제1내국신용장 사후개설 … 세금계산서 발급기한까지 개설된 경우 사업자 A는 수출업자 B에게 2025.5.7.에 1억원의 원자재를 공급하였다. 이에 대해 수출업자 B는 2025.6.10.에 1억원에 대해 내국신용장을 개설하였다. 세금계산서 발급방법은? 해답 2025.6.10. : 영세율 세금계산서 발급(공급가액 100,000,000원, 부가가치세 0원) 세금계산서의 작성연월일을 2025.5.7.로 하여 영세율 세금계산서 1매만을 발급한다. 세금계산서 발급특례에서 관계증빙서류에 의하여 실제거래사실이 확인되는 경우에는 다음 달 10일까지 세금계산서 발급이 가능하므로 내국신용장 등이 개설된 때에 영세율 세금계산서 1장만을 발급할 수 있다.예제2내국신용장 사후개설 … 예정신고분에 대하여 확정신고기한까지 개설된 경우 사업자 A는 수출업자 B에게 2025.3.10. 1억원의 원자재를 공급하였다. 이에 대해 수출업자 B는 2025.7.25.에 1억원에 대해 내국신용장을 개설하였다. 세금계산서 발급방법 및 부가가가치세 신고는? 해답 (1) 세금계산서 발급방법 ① 2025.3.10. 10% 세금계산서 발급(공급가액 100,000,000원, 부가가치세 10,000,000원) ② 2025.7.25. ㉮ (－)세금계산서 발급(공급가액 △100,000,000원, 부가가치세 △10,000,000원) ㉯ 영세율 세금계산서 발급(공급가액 100,000,000원, 부가가치세 0원) 세금계산서의 작성연월일을 2025.3.10.(처음 세금계산서 작성일)로 수정세금계산서 2매 발급하고 비고란에 내국신용장 개설일자인 2025.7.25.을 기재한다. (2) 부가가치세 신고 ① 2025년 1기 예정신고 일반매출 세금계산서란에 100,000,000원, 부가가치세액 10,000,000원으로 기재 ② 2025년 1기 확정신고 ㉮ 일반매출 세금계산서란에 △100,000,000원, 부가가치세액 △10,000,000원으로 기재 ㉯ 영세율매출 세금계산서란에 100,000,000원, 부가가치세액 0원으로 기재 원칙적으로 공급자는 예정신고분에 대하여 경정청구(환급)하고, 공급받은 자(수출업자)는 예정신고분에 대하여 수정신고한다. 그러나 경정청구나 수정신고를 생략하고, 확정신고하는 때에 영세율 적용분으로 신고할 수 있다.
(5) 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우
필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우에는 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(－)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 다만, 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 수정세금계산서를 발급할 수 없다(부령 §70 ① 5호). ① 세무조사의 통지를 받은 경우 ② 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우 ③ 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우 ④ 그 밖에 위의 ‘①’부터 ‘③’까지에 따른 사항과 유사한 경우
예제필요적 기재사항의 착오기재 사업자 甲이 2025.6.12. 발주자에게 공사용역을 공급하고 공사대금을 정산하면서 하도급업자가 발주자로부터 직접 받은 공사대금(이하 “직불금”)을 포함한 금액을 공급가액으로 하는 세금계산서(공급가액 335백만원)를 발급하였어야 하나, 업무담당자의 착오로 인해 확정된 공사대금에서 직불금을 제외한 공사대금만을 기재한 세금계산서(공급가액 196백만원)를 발급한 사실이 확정신고 후에 발견하였다. 2025.9.12. 이를 시정하는 수정세금계산서를 발급(작성일자 : 2025.6.12.)하여 2025년 제1기분을 수정신고ㆍ납부하려고 한다. 당초 발급한 세금계산서의 공급가액이 착오로 과소기재되어 수정세금계산서를 발급하여 수정신고하는 경우 다음의 물음에 답하시오. (1) 수정세금계산서를 발급할 수 있는지 여부 (2) 수정세금계산서를 발급하는 것에 대하여 「부가가치세법」에 따른 가산세가 적용되는지 여부 (3) 제1기 과세기간에 대한 수정신고 시 과소신고가산세와 납부지연가산세 적용 여부 해답 (1) 수정세금계산서를 발급할 수 있는지 여부 공급가액의 착오기재이므로 확정신고기한이 지난 경우에도 수정세금계산서를 발급할 수 있다. (2) 수정세금계산서를 발급할 수 있는지 여부 처음에 발급한 세금계산서의 공급가액이 업무담당자의 착오로 과소하게 기재되어 필요적 기재사항 등의 착오기재 관련 규정에 따른 수정세금계산서를 발급하여 수정신고하는 경우, 해당 수정세금계산서에 대하여 「부가가치세법」제60조에 따른 가산세가 적용되지 아니한다(사전법령부가-60, 2017.06.20.). (3) 과소신고가산세와 납부지연가산세 적용 여부 법정신고기한 내에 부가가치세 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 신고하여야 할 과세표준에 미달하는 경우에는 과소신고ㆍ초과환급신고가산세를 적용하며, 납부하지 아니하거나 미달 납부한 세액이 있는 경우에는 납부지연가산세를 부과한다(징세과-1254, 2012.11.16.). 법정신고기한이 지난 후 1개월 초과 3개월 이내에 수정신고한 경우 과소신고ㆍ초과환급신고가산세의 75%를 감면한다.
- □ 판매후리스거래에 대한 수정세금계산서 발급 판매후리스거래에 대하여 리스회사로 세금계산서를 발급하였다가 확정신고기한으로부터 1년이 지난 후 리스이용자에게 수정세금계산서를 발급하고, 리스이용자를 그 세금계산서로 경정청구를 하는 경우가 있다. 관할 세무서에서 경정을 거부하면 심판청구를 하는데 조세심판원은 판매후리스의 경우 자기가 자기를 공급자와 공급받는 자로 적어 세금계산서를 발급하는 것은 매우 이례적인 것이므로 당초 세금계산서를 잘못 발행할 개연성이 높아 당초 세금계산서를 착오로 발급한 것으로 보아 수정세금계산서의 발급을 인정한 사례가 많다.
조세심판원의 결정내용은 대부분 유사하므로 그중 한 가지 사례를 살펴보자.
구분 결정 (조심 2021서2571, 2022.5.3.) 인용 (조심 2021광547, 2022.3.14.) 인용 (조심 2020광2780, 2022.1.10.) 인용 • (조심 2021서2571, 2022.5.3.) 「부가가치세법 시행령」제69조에 따른 리스거래에 대한 세금계산서 발급특례 제도는 리스이용자가 리스한 과세물품을 과세사업에 사용함에도 불구하고 부가가치세 매입세액을 공제받지 못하게 되는 불합리함을 해소하기 위한 것인 점, 판매후리스의 경우 일반적인 리스거래와 달리 자기가 자기 자신에게 세금계산서를 발행하는 매우 이례적인 형태로 일반 납세자는 단순히 재화의 소유권 이전 방향에 따라 세금계산서를 잘못 발행할 개연성이 높은 점, 경제적 합리성을 추구하는 영리법인의 특성상 본인에게 불리할 수 있는 당초 세금계산서 발급 행위는 본인의 의도와 다르게 착오로 발행되었을 여지가 큰 점, 이렇게 청구법인들에게 불리하게 착오로 발급한 세금계산서 내용을 수정하는 것은 제도 취지에 비추어 이를 용인할 여지가 충분한 점, 청구법인들이 쟁점차량을 매입할 때 이미 관련매입세액을 공제받았기 때문에 쟁점계약에 따라 쟁점차량을 리스회사에 공급하면서 부가가치세를 납부하고자 당초 세금계산서상 재화 공급을 받는 자를 착오로 리스회사로 기재한 것에 불과한 것으로 보이는 점, 청구법인들이 처분청의 경정통지 등 이전에 쟁점수정세금계산서를 작성ㆍ교부한 점 등에 비추어 이 건 쟁점 수정세금계산서 발행은 당초 착오에 의해 잘못 발행한 당초 세금계산서를 수정한 행위로서 적법한 것으로 보이므로, 처분청이 청구법인들의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. - □ 일반리스거래에 대한 수정세금계산서 발급 판매후리스가 아닌 리스를 하면서 공급자가 리스회사로 세금계산서를 발급하였다가 확정신고기한으로부터 1년(2022.2.14. 이전 공급분은 확정신고기한)이 지난 후 리스이용자에게 수정세금계산서를 발급하고, 리스이용자를 그 세금계산서로 경정청구를 하는 경우가 있다. 관할 세무서에서 경정을 거부하면 심판청구를 하는데, 조세심판원은 이러한 심판청구를 모두 기각하고 있다. 현재 행정소송이 진행 중인 사건이 여러 개가 있는데, 고등법원까지는 국세청이 승소하고 대법원에서 심리불속행 판결이 난 것이 한 건 있고, 여러 건의 소송이 진행 중에 있다.
위의 고등법원까지의 판결내용은 당초 세금계산서를 리스회사로 발급한 것은 선택의 문제이고 착오에 의해 발급한 것이 아니므로 확정신고기한으로부터 1년(2022.2.14. 이전 공급분은 확정신고기한)이 지난 후에는 수정세금계산서를 발급할 수 없다는 것이다.
조세심판원 행정소송 1심(지방법원, 행정법원) 2심(고등법원) 3심(대법원) (조심2020서2146, 2021.1.25.) 기각 (서울행법 2021구합56244, 2022.11.25., (국승) (서울고법 2023누30071, 2023.9.15., (국승) (대법원 2023두56552, 2024.1.25., (심리불속행) (조심 2019서4446, 2020.12.7.) 기각 (서울행법 2021구합57537, 2022.11.25., (국승) (서울고법 2022누72498, 2023.9.15., (국승) 진행 중 (조심 2020부2145, 2021.1.25.) 기각 (부산지법 2021구합21379, 2023.3.23., (국승) (부산고법 2023누21112, 2023.12.13., (국승) 진행 중
(6) 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우
필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우에는 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한의 다음 날부터 1년 이내(2022.2.14. 이전 공급분은 확정신고기한까지) 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(－)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 다만, 다음의 사유 중 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 수정세금계산서를 발급할 수 없다(부령 §70 ① 6호). ① 세무조사의 통지를 받은 경우 ② 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우 ③ 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우 ④ 그 밖에 위의 ‘①’부터 ‘③’까지에 따른 사항과 유사한 경우
I 필요적 기재사항이 잘못 적힌 경우 수정세금계산서 발급 비교 I
| 구분 | 필요적 기재사항이 착오로 잘못 적힌 경우 | 필요적 기재사항이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우 |
|---|---|---|
| 수정세금계산서 발급기한 | 제한 없음. | 확정신고기한의 다음 날부터 1년까지 |
| 발급방법 | 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(－)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성 | 좌 동 |
| 발급제한 | 경정할 것을 미리 알고 있는 경우에는 수정발급 금지 | 좌 동 |
[관련 사례]
- (1) 공급받는 자를 정정하여 수정세금계산서를 발급한 경우 사업자가 세금계산서를 발급한 후 공급받는 자가 잘못 적힌 경우에는 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지* 수정세금계산서를 발급할 수 있는 것이며, 이 경우 지연발급가산세 및 지연수취가산세를 적용하지 아니한다(부가가치세제과－538, 2014.9.5.). * 2022.2.15. 이후 공급분부터는 확정신고기한의 다음 날부터 1년 이내로 개정됨. [저자주] 종전에는 공급받는 자를 정정하여 확정신고기한까지 수정세금계산서를 발급하는 경우에는 지연발급가산세와 지연수취가산세를 부과한다고 해석(서면법규과－1255, 2013.11.14., 서면부가－875, 2016.4.20.)하였으나, 해석에 문제가 있어서 해당 예규를 삭제하고 가산세를 부과하지 않는다는 예규를 유지하였다.
- (2) 본지점 사업자가 공급자를 정정하여 세금계산서 재발급 시 지연발급가산세 부과 여부 본점과 지점에 대하여 각각 사업자등록을 한 법인이 지점 사업장의 건물을 양도하고 착오 또는 과실로 본점을 공급자로 하는 전자세금계산서를 발급(2016.2.26.)하였다가 부가가치세 예정신고기한 이전에 지점을 공급자로 하는 전자세금계산서를 재발급(2016.4.25.)한 경우로서 실제로 공급한 사업자가 「부가가치세법」제48조 및 제49조에 따라 해당 과세기간에 대한 부가가치세를 신고ㆍ납부한 경우에는 지점에서 발급(2016.4.25.)한 전자세금계산서에 대하여 「부가가치세법」제60조 제2항 제1호의 가산세를 적용하지 아니한다(부가가치세제과－228, 2017.4.26.). [저자주] 종전에는 둘 이상의 사업장을 가진 사업자가 세금계산서를 발급한 후 공급하는 자(본점과 지점)가 잘못 적힌 경우에는 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 수정세금계산서를 발급할 수 있는 것이며, 이 경우 해당 세금계산서에 대하여는 지연발급가산세와 지연수취가산세를 적용한다고 해석(서면부가－4168, 2016.6.20.)하였으나, 새로운 예규가 나옴에 따라 국세청에서는 2017년 4월 사례정비 시 종전 예규를 삭제하였다.
(7) 착오로 전자세금계산서 이중 발급
착오로 전자세금계산서를 이중으로 발급한 경우에는 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 음(－)의 표시를 하여 발급한다(부령 §70 ① 7호).
예제전자세금계산서 이중발급 시 수정세금계산서 사업자가 2024.12.27.에 상품을 10,000,000원(부가가치세 별도)에 공급하고 전자세금계산서를 중복 발급한 사실을 2025.1.27. 발견하여 2025.1.27.을 발급일자로 수정세금계산서를 발급하는 경우 작성일자, 공급가액, 세액 기재방법은? 해답 작성일자 2024.12.27., 공급가액 －10,000,000원, 세액 －1,000,000원 2024년 2기 부가가치세 경정청구한다.
(8) 면세 등 발급대상이 아닌 거래 등에 대하여 발급
면세 등 발급대상이 아닌 거래 등에 대하여 발급한 경우에는 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 붉은색 글씨로 쓰거나 음(－)의 표시를 하여 발급한다(부령 §70 ① 8호).
- ① 면세거래를 세금계산서로 발급받은 후 수정세금계산서 발급받은 경우 사업자가 부가가치세가 면제되는 재화를 공급받고 매입세금계산서를 발급받아 매입처별 세금계산서합계표에 제출한 후 공급자로부터 이를 수정한 세금계산서를 발급받아 제출하는 경우 매입처별 세금계산서합계표 가산세 부과대상에 해당하지 않는다(부가가치세과－875, 2013.9.26.).
- ② 면세거래를 영세율 세금계산서로 발급받은 경우 부가가치세가 면제되는 재화를 공급받고 매입세금계산서(영세율)를 발급받아서 매입처별 세금계산서합계표에 제출하면 매입처별 세금계산서합계표 불성실가산세를 부과할 수 없다(재소비－139, 2005.9.5.).
- ③ 과세거래를 계산서를 발급받은 경우 수정세금계산서 발급 가능 여부 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 계산서를 작성ㆍ교부한 경우에는 「부가가치세법 시행령」제59조의 규정에 의한 수정세금계산서를 교부할 수 없다(부가46015-2405, 1994.11.28.).
[저자주] 과세거래에 계산서를 발급한 경우 수정세금계산서를 발급할 수 없는 이유 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 수정사유가 발생하면 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서를 발급할 수 있다. 그런데 이 사례에서는 당초 세금계산서를 발급하지 않았으므로 수정세금계산서를 발급할 수 없다고 본 것이다.
(9) 세율을 잘못 적용하여 발급
세율을 잘못 적용하여 발급한 경우는 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(－)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 다만, 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우에는 제외한다(부령 §70 ① 9호). 예를 들어, 사업자가 영의 세율이 적용되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하면서 영세율 세금계산서를 발급한 경우에 당해 재화 또는 용역의 공급시기 이후에는 10%의 세율을 적용하여 수정세금계산서를 발급할 수 없었으나(부가가치세과－1138, 2012.11.20.,; 재소비 46015－380, 2000.12.26.), 2012.7.1. 이후 최초로 수정세금계산서 발급사유가 발생한 분부터는 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우에는 수정세금계산서 발급이 가능하다(부령 §70 ① 9호, 부가가치세과－181, 2013.2.21.).
(10) 과세유형이 전환된 후 전환 전 세금계산서 발급분에 대하여 수정세금계산서 발급사유가 발생한 경우
- ① 일반과세자에서 간이과세자로 전환된 경우 일반과세자에서 간이과세자로 과세유형이 전환된 후 과세유형 전환 전에 공급한 재화 또는 용역에 수정세금계산서 발급사유가 발생한 경우에는 처음에 발급한 세금계산서 작성일을 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 작성일로 적고, 비고란에 사유발생일을 덧붙여 적은 후 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(－)의 표시를 하여 수정세금계산서나 수정전자세금계산서를 발급할 수 있다(부령 §70 ②). ※ 수정세금계산서 발급사유가 발생하면 일반적으로 사유발생일을 작성일로 하여 세금계산서를 발급하지만 일반과세자에서 간이과세자로 과세유형이 전환된 후에 매출환입 등이 발생한 경우 당초 작성연월일을 작성일로 하여 수정세금계산서를 발급하여야 한다. 일반과세자와 간이과세자는 세액계산구조가 다르므로 당초 부담한 세액을 수정하기 위하여 수정세금계산서의 작성일을 처음에 발급한 세금계산서의 작성일로 적도록 한 것이다.
예제일반과세자에서 간이과세자로 전환된 후 수정세금계산서 발급사유가 발생한 경우 일반과세자인 A는 매출이 감소하여 2025.7.1.부터 간이과세자로 전환되었다. 사업자 A가 일반과세자이던 2025.6.27.에 10,000,000원(부가가치세 별도)에 공급한 상품이 2025.7.27. 반품된 경우 수정세금계산서 발급방법 및 부가가치세 신고기간은? 해답 작성일자 2025.6.27., 공급가액 －10,000,000원, 세액 －1,000,000원 2025년 1기 부가가치세 경정청구한다.
- ② 간이과세자에서 일반과세자로 전환된 경우 2021.7.1.부터 간이과세자도 신규사업자와 직전 연도 공급대가 4,800만원 미만인 경우를 제외하고는 세금계산서를 발급해야 한다. 간이과세자가 2021.7.1. 이후 세금계산서를 발급하였는데 간이과세자에서 일반과세자로 과세유형이 전환된 후 과세유형 전환 전에 공급한 재화 또는 용역에 수정세금계산서 발급 사유가 발생하는 경우가 있다. 이 경우에는 처음에 발급한 세금계산서 작성일을 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 작성일로 적고, 비고란에 사유발생일을 덧붙여 적은 후 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(－)의 표시를 하여 수정세금계산서나 수정전자세금계산서를 발급해야 한다(부령 §70 ③). ※ 종전에 간이과세자는 세금계산서를 발급할 수 없었으나, 2021.7.1.부터는 세금계산서 의무발급대상 간이과세자는 세금계산서를 발급하여야 한다. 간이과세자가 세금계산서를 발급한 후 일반과세자로 과세유형이 전환된 후에 수정세금계산서 발급사유가 발생하는 경우가 있다. 일반과세자와 간이과세자는 세액계산구조가 다르므로 당초 부담한 세액을 수정하기 위하여 수정세금계산서의 작성일을 처음에 발급한 세금계산서의 작성일로 적도록 한 것이다.
예제간이과세자에서 일반과세자로 전환된 후 수정세금계산서 발급사유가 발생한 경우 간이과세자인 A는 2025.7.1.에 일반과세자로 전환되었다. 간이과세자 A는 2025.6.20.에 상품을 10,000,000원(부가가치세 별도)에 공급하고 세금계산서를 발급하였으나 그 상품이 일반과세자로 전환된 후인 2025.7.30.에 반품된 경우 수정세금계산서 발급방법 및 부가가치세 신고기간은? 해답 작성일자 2025.6.20., 공급가액 －10,000,000원, 세액 －1,000,000원 2025년 1월 1일부터 6월 30일까지의 간이과세자의 부가가치세에 대한 경정청구를 한다.
(11) 환입(반품)시 공급받는 자 또는 공급자가 폐업한 경우
재화 또는 용역의 공급에 대하여 세금계산서를 발급하였으나 공급받는 자 또는 공급자가 폐업한 경우에는 거래상대방이 아닌 자로부터 반품받거나 반품한 것이므로 수정세금계산서를 발급할 수 없다고 보아야 한다. 수정세금계산서를 발급하지는 않았으나 「부가가치세 집행기준」 32－70-1과 같이 이미 공제받은 매입세액이나 납부한 매출세액은 납부세액에서 차가감하는 것이 타당하다.
예제간이과세자에서 일반과세자로 전환된 후 수정세금계산서 발급사유가 발생한 경우 ⑴ 2025.9.20. ㈜甲은 ㈜乙에게 1,000,000원(VAT 100,000원 별도)의 상품을 공급하고 2025.10.10.에 전자세금계산서를 발급함. ⑵ 2025.10.25. 제2기 부가가치세 예정신고 시 ㈜甲은 매출세액을 신고ㆍ납부하고 ㈜乙은 매입세액을 공제받음. ⑶ 2025.10.28.에 ㈜乙이 폐업함. ⑷ 2025.10.31. ㈜乙은 ㈜甲에게 상품을 반품함. 반품 시 수정세금계산서 발급과 부가가치세 신고는? 해답 (1) ㈜甲 ① 수정세금계산서 발급 여부 : 수정세금계산서 발급사유가 발생한 때에 공급받은 자 ㈜乙이 폐업한 상태이므로 수정세금계산서를 발급할 수 없음. ② VAT 신고 : 사업자 甲은 반품일이 속하는 제2기 확정신고기간의 VAT신고서의 기타매출에서 －금액으로 과세표준에서 차감하여 신고함.
(2) ㈜乙 ① 수정세금계산서를 발급받을 수 없음. ② 확정신고：10.1. ~ 10.25.(폐업일)의 기간에 대하여 11.25.까지 부가가치세 확정신고를 해야 함. 이때 폐업 시 잔존재화로 1,000,000원을 과세 기타란에 기재하고 매출세액 100,000원을 신고ㆍ납부하여야 함.
예제공급자가 폐업한 후 공급받은 자가 반품한 경우의 처리 ⑴ 2025.9.20. ㈜甲은 ㈜乙에게 1,000,000원(VAT 100,000원 별도)의 상품을 공급하고 2025.10.10.에 전자세금계산서를 발급함. ⑵ 2025.10.25. 제2기 부가가치세 예정신고 시 ㈜甲은 매출세액을 신고ㆍ납부하고 ㈜乙은 매입세액을 공제받음. ⑶ 2025.10.28.에 ㈜甲이 폐업함. ⑷ 2025.10.31. ㈜乙은 ㈜甲에게 상품을 반품함. 반품 시 수정세금계산서 발급과 부가가치세 신고는? 해답 (1) ㈜甲 ① 수정세금계산서 발급 여부 : 수정세금계산서 발급사유가 발생한 때에 공급자 ㈜甲이 폐업한 상태이므로 수정세금계산서를 발급할 수 없음. ② VAT 신고 : 甲은 사업자가 아니므로 반품에 대하여 부가가치세 신고의무가 없음. (2) ㈜乙 ① 수정세금계산서를 발급받을 수 없음. ② 확정신고：10.31. 반품에 대하여 수정세금계산서를 발급받을 수 없으나, 확정신고 시 반품액에 대한 매입세액 100,000원을 불공제해야 하므로 매입세액 불공제로 처리하여야 함.
(12) 매출에누리
사업자가 재화나 용역을 공급할 때 그 품질이나 수량, 인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그 밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아 주는 매출에누리액에 대하여는 과세표준에 포함하지 아니하는 것이며, 사업자가 사전약정에 의하여 판매실적에 따라 당초 공급단가를 조정하는 조건으로 재화를 공급하는 경우 약정내용에 따라 당초 공급단가를 변경시키는 조정사유가 발생한 때에는 그 사유발생일을 작성일자로 기재하여 수정세금계산서를 발급할 수 있다(부법 §29 ⑤ 1호, 부가 22601－1229, 1991.9.19.). ※ 매출에누리액의 발생시기는 재화 또는 용역의 공급시기 전에 한정되는 것은 아니다. 따라서 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 약정한 조건이 충족되어 당초의 공급가액에서 할인해 주는 금액도 매출에누리액에 해당한다(대법원 2001두6586, 2003.4.25.).
예제매출에누리 사업자가 2024.12.27.에 상품을 10,000,000원(부가가치세 별도)에 공급하고 2025.1.27. 매출에누리가 1,000,000원 발생한 경우 수정세금계산서 발급방법 및 부가가치세 신고기간은? 해답 작성일자 2025.1.27., 공급가액 －1,000,000원, 세액 －100,000원 2025년 1기에 부가가치세 신고한다. ※ 사업자가 거래처와의 사전약정에 따라 월별 또는 분기별로 그 거래처가 구매한 물량이 일정수량 이상이 되는 경우 당초 공급단가를 인하하는 조건으로 재화를 공급하기로 한 후 해당 사전약정에 따라 당초 공급단가를 변경시키는 조정사유가 발생한 때에는 수정세금계산서를 발급할 수 있는 것이며, 해당 사업자가 그 거래처에게 월합계 세금계산서를 발급하는 경우에는 해당 월의 총공급가액에서 계약조건에 따라 인하 조정된 가액을 차감한 금액으로 월합계 세금계산서를 발급한다(서면법규과－324, 2013.3.21.).
(13) 매출할인
매출할인이란 공급에 대한 대가를 약정기일 전에 받았다는 이유로 사업자가 당초의 공급가액에서 할인해 준 금액을 말한다. 매출할인은 공급가액에 포함하지 아니한다(부법 §29 ⑤). 매출할인이 발생하면 매출할인이 발생한 날을 작성일자로 하여 차감되는 금액을 붉은색 글씨로 쓰거나 음(-, 陰)의 표시를 하여 수정세금계산서를 발급하여야 한다(부령 §70 ① 3호).
거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 그 익월 10일까지 세금계산서를 발급하는 경우로서 당해 월중 매출할인이 발생한 경우에는 당해 월의 총공급가액에서 동 매출 할인액을 차감한 금액으로 월합계 세금계산서를 발급할 수 있다(부법 §29 ⑤ 6호, 서면3팀－1553, 2007. 5.22.,; 서면3팀－1279, 2007.4.30.). □ 중간지급 조건부로 공급한 경우 매출할인의 처리 사업자가 중간지급 조건부로 재화를 공급함에 있어서 계약 당사자 간의 사전약정에 의하여 대금의 각 부분을 계약서상의 지급일 이전에 납부하는 때에는 일정금액을 차감하여 준다는 내용을 계약서상에 명시하고 지급일 이전에 납부받음으로써 당해 금액을 차감해 준 경우에는 그 차감된 금액을 공급가액으로 하여 그 대금을 지급받는 때에 세금계산서를 교부하여야 한다(서면3팀-2038, 2007.7.23.).
｜ 매출할인에 대한 규정 비교 ｜
| 구분 | 기업회계 | 부가가치세 | 법인세 |
|---|---|---|---|
| 매출할인 | 매출액 차감(K-IFRS 1115호 문단 51, 일반기준 2.46) | 과세표준에서 차감(부법 §29 ⑤ 6호) | 매출액 차감(법령 §11 1호) |
예제매출할인 사업자가 2024.12.27.에 상품을 10,000,000원(부가가치세 별도)에 공급하고 2025.1.27. 매출할인액이 1,000,000원 발생한 경우 수정세금계산서 발급방법 및 부가가치세 신고기간은? 해답 작성일자 2025.1.27., 공급가액 －1,000,000원, 세액 －100,000원 2025년 1기에 부가가치세 신고한다. ※ 사업자가 거래처와의 사전약정에 따라 월별 또는 분기별로 그 거래처가 구매한 물량이 일정수량 이상이 되는 경우 당초 공급단가를 인하하는 조건으로 재화를 공급하기로 한 후 해당 사전약정에 따라 당초 공급단가를 변경시키는 조정사유가 발생한 때에는 수정세금계산서를 발급할 수 것이며, 해당 사업자가 그 거래처에게 월합계 세금계산서를 발급하는 경우에는 해당 월의 총공급가액에서 계약조건에 따라 인하 조정된 가액을 차감한 금액으로 월합계 세금계산서를 발급한다(서면법규과－324, 2013.3.21.).
4. 수정세금계산서 미발급 시 가산세
사업자가 세금계산서를 발급한 후 당초의 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우 수정세금계산서를 발급하지 아니하면 세금계산서미발급가산세를 적용한다(부집 60－0－10).
5. 수정세금계산서 발급에 따른 수정신고 여부
(1) 수정신고가 필요 없는 경우
일반적으로 수정세금계산서 발급 사유가 있는 재화의 환입, 계약의 해제ㆍ해지 등으로 인한 수정세금계산서는 사유발생일을 작성연월일로 기재하므로 사유발생일이 속하는 과세기간의 부가가치세 매출세액 또는 매입세액에서 가감하여 신고ㆍ납부하면 된다.
(2) 수정신고가 필요한 경우
수정세금계산서 발급 시 당초 세금계산서 발급일을 작성연월일로 기재한 경우에 해당하는 세금계산서 필요적 기재사항 오류, 전자세금계산서 이중발급, 내국신용장 사후개설, 면세 등 세금계산서 발급대상이 아닌 거래에 대해 발급한 경우, 세율을 잘못 적용한 경우, 일반과세자에서 간이과세자로 전환된 후에 수정세금계산서 발급사유가 발생한 경우 등은 수정세금계산서 작성연월일을 당초 작성 연월일로 하였기 때문에 반드시 수정신고나 경정청구에 의해서 납부 또는 환급을 받는다. ※ 내국신용장 사후개설은 수정신고나 경정청구하지 않고 동일 과세기간의 부가가치세 확정신고 시 포함하여 신고하면 적법한 신고로 본다.