
목 차
- 1. 개요
- 2. 중소기업 요건
- 3. 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 중소기업 유예규정
- 4. 중소기업기본법 별표의 개정으로 중소기업에 해당하게 되거나 해당하지 않게 된 경우
- 5. 조세특례제한법상 중소기업과 중소기업기본법상 중소기업의 비교
세법상 중소기업에 대한 세제지원이 많아서 세무조정을 할 때 해당 기업이 중소기업인지를 판단하는 것이 가장 먼저 해야 할 업무이다. 최근 중소기업의 범위에 대한 조세특례제한법 규정이 여러 차례 개정되어 본 원고를 집필하게 되었다. 이 원고가 세무대리인과 기업의 세무업무담당자에게 업무처리에 도움이 되길 기대한다.
1. 개요
기업을 규모에 따라 대기업, 중견기업, 중기업(中企業), 소기업(小企業)으로 분류하는데, 중기업과 소기업을 합해서 중소기업(中小企業)이라고 한다. 중소기업이 스스로의 노력으로 성장ㆍ발전하는 단계에서 대기업에 비하여 상대적으로 취약할 수밖에 없으므로 세제지원을 하고 있다.
2. 중소기업 요건
「조세특례제한법」상 중소기업이란 업종기준, 규모기준, 독립성기준, 상한기준을 모두 충족하는 기업을 말한다.
(1) 업종기준
소비성서비스업(조특령 §29 ③) 또는 부동산임대업을 주된 사업으로 영위하지 아니하고, 부동산임대업을 주업으로 하는 등 일정한 요건을 갖춘 특정법인에 해당하지 아니할 것1)(조특령 §2 ① 4호). 2025년 개정 1) 사업연도 개시일부터 해산등기일까지 매출액이 발생하지 않게 된 경우에는 해당 내국법인이 해산등기일 현재 목적사업을 완료하기 전의 주된 사업을 영위하고 있는 것으로 봄(사전2019법령해석법인-0620, 2019.11.8.).
2024.3.22. 전에 개시하는 과세연도까지 적용 | 2024.3.22. 이후 개시하는 과세연도부터 적용 | 2025.2.28. 이후 개시하는 과세연도부터 적용 |
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⑴ 소비성서비스업 ① 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업 제외) ② 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 「식품위생법 시행령」에 따른 단란주점 영업만 해당하되, 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외) | ⑴ 소비성서비스업 확대 ┐ │ │ (좌 동) │ │ ┘ ③ 무도장 운영업 ④ 기타 사행시설 관리 및 운영업(관광진흥법 제5조 또는 「폐광지역 개발 지원에 관한 특별법」제11조에 따라 허가를 받은 카지노업 은 제외) ⑤ 유사 의료업 중 안마를 시술하는 업 ⑥ 마사지업 | ⑴ 소비성서비스업 ┐ │ │ │ │ │ │ (좌 동) │ │ │ │ │ ┘ ⑵ 부동산임대업 ⑶ 부동산임대업을 주업으로 하는 등 일정한 요건을 갖춘 특정법인(법법§42 ②에 규정된 아래 ① ~ ③ 요건을 모두 갖춘 법인) ① 해당 사업연도 종료일 현재 내국법인의 지배주주등(법령 §43 ⑦)이 보유한 주식등의 합계가 해당 내국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 50%를 초과할 것 ② 해당 사업연도에 부동산 임대업을 주된 사업으로 하거나 다음 금액 합계가 기업회계기준에 따라 계산한 매출액(㉮부터 ㉰까지에서 정하는 금액이 포함되지 않은 경우에는 이를 포함하여 계산함)의 50% 이상일 것 ㉮ 부동산 또는 부동산상의 권리의 대여로 인하여 발생하는 수입금액(조특법 §138 ①에 따른 간주익금 포함) ㉯ 소득세법 제16조 제1항에 따른 이자소득의 금액 ㉰ 소득세법 제17조 제1항에 따른 배당소득의 금액 ③ 해당 사업연도의 상시근로자 수가 5명 미만일 것 |
□ 업종분류의 기준
「조세특례제한법」에서 사용되는 업종의 분류는 「조세특례제한법」에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「통계법」제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다. 다만, 한국표준산업분류가 변경되어 「조세특례제한법」에 따른 조세특례를 적용받지 못하게 되는 업종에 대해서는 한국표준산업분류가 변경된 과세연도와 그 다음 과세연도까지는 변경 전의 한국표준산업분류에 따른 업종에 따라 조세특례를 적용한다(조특법 §2 ③).

□ 둘 이상의 사업을 영위하는 경우 주된 사업의 판정
주된 사업이란 사업별 사업수입금액(기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액)이 큰 사업을 말한다(조특령 §2 ③).
[Q] | 둘 이상의 사업을 영위하는 경우 주된 사업의 판단 다음 자료로 제조업과 소비성서비스업을 겸영하고 있는 (주)갑의 주된 사업을 판정하면?
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[A] | 소비성서비스업의 매출액이 제조업의 매출액보다 크므로 소비성서비스업이 주된 사업임. ⇨ 소비성서비스업을 주된 사업으로 하므로 중소기업이 될 수 없음. |
(2) 규모기준
해당 과세연도의 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모기준 이내일 것. 중소기업기본법 시행령 [별표 1] (2017.10.17. 개정)
I 주된 업종별 평균 매출액 기준(「중소기업기본법 시행령」 별표 1) I
해당기업의 주된 업종 | 분류기호 | 평균매출액 등 |
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1. 의복ㆍ의복액세서리 및 모피제품 제조업 | C14 | 1,500억원 이하 |
2. 가죽ㆍ가방 및 신발 제조업 | C15 | |
3. 펄프ㆍ종이 및 종이제품 제조업 | C17 | |
4. 1차 금속 제조업 | C24 | |
5. 전기장비 제조업 | C28 | |
6. 가구 제조업 | C32 | |
7. 농업ㆍ임업 및 어업 | A | 1,000억원 이하 |
8. 광업 | B | |
9. 식료품 제조업 | C10 | |
10. 담배 제조업 | C12 | |
11. 섬유제품 제조업(의복 제조업 제외) | C13 | |
12. 목재 및 나무제품 제조업(가구 제조업 제외) | C16 | |
13. 코크스ㆍ연탄 및 석유정제품 제조업 | C19 | |
14. 화학물질 및 화학제품 제조업(의약품 제조업 제외) | C20 | |
15. 고무제품 및 플라스틱제품 제조업 | C22 | |
16. 금속가공제품 제조업(기계 및 가구 제조업 제외) | C25 | |
17. 전자부품ㆍ컴퓨터ㆍ영상ㆍ음향 및 통신장비 제조업 | C26 | |
18. 그 밖의 기계 및 장비 제조업 | C29 | |
19. 자동차 및 트레일러 제조업 | C30 | |
20. 그 밖의 운송장비 제조업 | C31 | |
21. 전기ㆍ가스ㆍ증기 및 공기조절공급업 | D | |
22. 수도업 | E36 | |
23. 건설업 | F | |
24. 도매 및 소매업 | G | |
25. 음료 제조업 | C11 | 800억원 이하 |
26. 인쇄 및 기록매체 복제업 | C18 | |
27. 의료용 물질 및 의약품 제조업 | C21 | |
28. 비금속 광물제품 제조업 | C23 | |
29. 의료ㆍ정밀ㆍ광학기기 및 시계 제조업 | C27 | |
30. 그 밖의 제품 제조업 | C33 | |
31. 수도, 하수 및 폐기물 처리ㆍ원료재생업(수도업제외) | E(E36제외) | |
32. 운수 및 창고업 | H | |
33. 정보통신업 | J | |
34. 산업용 기계 및 장비 수리업 | C34 | 600억원 이하 |
35. 전문ㆍ과학 및 기술 서비스업 | M | |
36. 사업시설관리, 사업지원 및 임대 서비스업(임대업 제외) | N(N76제외) | |
37. 보건업 및 사회복지 서비스업 | Q | |
38. 예술ㆍ스포츠 및 여가 관련 서비스업 | R | |
39. 수리(修理) 및 기타 개인 서비스업 | S | |
40. 숙박 및 음식점업 | I | 400억원 이하 |
41. 금융 및 보험업 | K | |
42. 부동산업 | L | |
43. 임대업 | N76 | |
44. 교육 서비스업 | P |
비고 1. 해당 기업의 주된 업종의 분류 및 분류기호는 「통계법」제22조에 따라 통계청장이 고시한 한국표준산업분류에 따름. 2. 위 표 제19호 및 제20호에도 불구하고 자동차용 신품 의자 제조업(C30393), 철도 차량 부품 및 관련 장치물 제조업(C31202) 중 철도 차량용 의자 제조업, 항공기용 부품 제조업(C31322) 중 항공기용 의자 제조업의 규모기준은 평균매출액 등 1,500억원 이하로 함.
※ 「중소기업기본법」은 직전 3년의 평균매출액을 기준으로 중소기업 여부를 판단하나, 「조세특례제한법」은 해당 과세연도의 매출액으로 중소기업 여부를 판단한다(조특령 §2 ① 1호).
□ 매출액(조특칙 §2 ④)
매출액 개념 | 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 해당 과세연도 손익계산서상의 매출액 |
기업회계기준 위배 시 | 매출액이 기업회계기준에 위반하여 계상되었다면 기업회계기준에 따라 수정된 매출액으로 함. |
과세연도가 1년 미만인 경우 매출액 산정방법 | - 창업ㆍ분할ㆍ합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업일)이 속하는 과세연도 매출액을 연간 매출액으로 환산*한 금액으로 함(조특칙 §2 ④). * 연매출액으로 환산하는 규정은 분할신설법인에 적용하고 분할법인에는 적용하지 않음. - 법인이 사업연도를 변경한 후 최초 사업연도의 매출액도 연간 매출액으로 환산한 금액을 기준으로 함(법인세과-208, 2011.3.23.). |
□ 둘 이상의 사업을 영위하는 경우 중소기업 규모기준
둘 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우 주된 사업을 기준으로 중소기업해당 여부를 판정함에 있어 중소기업 규모기준은 당해 법인 또는 거주자가 영위하는 사업 전체의 매출액을 기준으로 하여 판정한다(조특집 6-2-2 ②).
둘 이상 사업을 하는 경우의 중소기업 판정 순서 [step 1] 주된 사업의 판정 : 매출액이 큰 사업이 주된 사업으로 함. [step 2] 매출액 기준 확인 : 「중소기업기본법 시행령」 [별표 1]에서 주된 사업의 규모기준을 확인함. [step 3] 해당 법인 또는 거주자가 영위하는 사업 전체의 매출액의 합계액을 매출액 기준과 비교하여 중소기업 여부를 판정함(조특집 6-2-2 ②). 기업 전체의 매출액과 규모기준을 비교해야 하므로 주된 업종의 매출액과 규모기준을 비교하지 말 것.
(3) 독립성기준
중소기업이 되려면 다음 중 어느 하나에도 해당하지 않아야 한다. ① 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제31조 제1항에 따른 공시대상기업집단2)에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 국내 계열회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사 ② 실질적 독립성이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호에 적합할 것 2) 공정거래위원회는 자산총액이 5조원 이상인 기업집단을 공시대상기업집단으로 지정한다(공정거래법 §31). 공정거래위원회는 2025.5.1. 92개 기업집단(소속회사 3,301개)을 공시대상기업집단으로 지정ㆍ통지했다.
□ 중소기업기본법 시행령 제3조 【중소기업의 범위】 2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것 가. (삭제, 2020. 6. 9.) 나. 자산총액이 5천억원 이상3)인 법인(외국법인을 포함하되, 비영리법인 및 제3조의 2 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외함)이 주식등의 30% 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식 등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 제3항을 준용한다. 1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원 2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의 4에 따라 산정한 평균매출액(→조특법에서는 평균매출액을 매출액으로 봄)이 [별표 1]의 기준에 맞지 아니하는 기업
3) 모법인이 외국법인인 경우 중소기업기본법은 급격한 환율변동에 대비하여 직전 5개 사업연도 평균 환율을 적용한다. 조특법은 종전에 규정이 없었으나 기획재정부는 해당 과세연도 종료일 현재 재무상태표상 외화로 표시된 자산총액을 해당 과세연도 종료일 현재의 매매기준율 등을 적용한다(기획재정부, 조세특례제도과-584, 2019.9.3.)고 해석하였다. 법적 안정성을 제고하기 위하여 2024.3.22. 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 나목에 따른 외국법인의 자산총액은 해당 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 재무상태표상 외화로 표시된 자산총액을 해당 과세연도 종료일 현재의 매매기준율(기획재정부장관이 정하여 고시하는 외국환 거래에 관한 규정에 따른 매매기준율을 말한다)로 환산한 금액으로 한다는 규정을 신설하였다(조특칙 §2 ⑨). 1) 자산총액 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 비영리법인 및 제3조의 2 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자4)는 제외함)이 주식을 30% 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 법인 공시대상기업집단으로 지정된 기업집단이 아닌 경우에도 규모가 큰 기업집단이 있음. 이러한 대규모 기업집단에 속하는 회사를 중소기업에서 제외하기 위하여 자산총액 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 비영리법인 및 제3조의 2 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외함)이 30% 이상의 주식등을 직ㆍ간접적으로 소유하고 그 법인의 임원과 합하여 최다출자자인 경우에는 기업의 규모와 관계없이 중소기업으로 보지 않도록 함. 4) 「중소기업기본법 시행령」제3조의 2 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 1. 「벤처투자 촉진에 관한 법률」제2조 제10호에 따른 벤처투자회사 2. 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자 3. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 신기술창업전문회사 4. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력기술지주회사 5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지의 규정에 준하는 경우로서 중소기업 육성을 위하여 중소벤처기업부장관이 정하여 고시하는 자 2) 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의 4에 따라 산정한 평균매출액(→세법은 매출액*1) 등이 [별표 1]의 기준에 맞지 아니하는 기업 “관계기업”이란 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」에 따라 외부감사대상이 되는 기업이 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말함(중기령 §2 3호, §3의 3). 관계기업에서 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재(→세법은 해당 사업연도 말일 현재*2) 다른 국내기업을 다음 5가지 유형 중 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 “지배기업”이라 함)과 그 다른 국내기업(이하 “종속기업”이라 함)의 관계를 말함. *1 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 “평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업”은 “매출액이 「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 않는 기업”으로 봄(조특령 §2 ① 3호). *2 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 함(조특칙 §2 ⑤).
① 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 중 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 30% 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 ㉮ 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 30% 이상 소유하면서 최다출자자인 개인 ㉯ “㉮”에 해당하는 개인의 친족 ② 지배기업이 자회사(그 지배기업과의 관계가 “①”에 해당하는 종속기업을 말함)와 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 ①의 “㉮” 또는 “㉯”의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 30% 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 ③ 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 30% 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 ④ 지배기업과의 관계가 ①의 “㉮” 또는“㉯”에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 30% 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 ⑤ 주권상장법인으로서 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」제2조 제3호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업
그러나 다음 중 어느 하나에 해당하는 자가 다른 국내기업의 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 기업과 그 다른 국내기업은 관계기업 판정 시 지배기업과 종속기업의 관계로 보지 아니함(중기령 §3의 2 ③).
① 「벤처투자 촉진에 관한 법률」제2조 제10호에 따른 벤처투자회사 ② 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자 ③ 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 신기술창업전문회사 ④ 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력기술지주회사 ⑤ 그 밖에 ①부터 ④까지의 규정에 준하는 경우로서 중소기업 육성을 위하여 중소벤처기업부장관이 정하여 고시하는 자. 중소벤처기업부의 고시는 다음과 같다(중소벤처기업부고시 제2025-22호, 2025.3.5.) ㉮ 「자본시장 및 금융투자업에 관한 법률」제8조에 따른 금융투자업자(다만, 금융투자업자가 금융 및 보험업 이외의 업종을 영위하는 기업의 주식등을 소유한 경우로서 해당 기업과의 관계에 한정한다) ㉯ 「자본시장 및 금융투자업에 관한 법률」제9조 제19항에 따른 사모집합투자기구(같은 법 제279조에 따라 금융위원회에 등록한 외국 사모집합투자기구를 포함한다) ㉰ 「기업구조조정 촉진법」제2조 제3호에 따른 채권금융기관(다만, 채권금융기관이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업의 주식등을 소유한 경우로서 해당 기업과의 관계에 한정한다) ㉠ 「기업구조조정 촉진법」제2조 제7호에 따른 부실징후기업 ㉡ 채권금융기관으로부터 받은 신용 공여액(타인에게 빌려주어 쓰게 하는 금액)의 합계가 500억원 미만으로서 「기업구조조정 촉진법」을 준용하여 기업구조조정 중인 기업 ㉢ 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따라 법원으로부터 회생절차 개시의 결정을 받은 기업
<관계기업규정 적용 시 유의할 점> - 「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 제3호의 “평균매출액등이 별표1의 기준에 맞지 아니하는 기업”에서 별표 1의 규모기준을 판단하는 업종은 「중소기업기본법 시행령」제4조 제2항에 따른 평균매출액등이 큰 기업의 주된 업종임[단, 「조세특례제한법 시행령」제2조에서의 “평균매출액”은 “매출액”을 의미(2023 중소기업 세제 세정지원 제도, 국세청, p.5; 서면-2019-법인-2297[법인세과-1473], 2020.4.24. 참조)]. - 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 함(조특칙 §2⑧).
(4) 상한기준(또는 졸업기준)
과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 재무상태표상 자산총액이 5천억원 미만이어야 함(조특령 §2 ①; 조특칙 §5 ⑤). ⇨ 재무상태표상 자산총액이 5천억원 이상인 기업은 중소기업이 아님.
3. 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 중소기업 유예규정
구분 | 내 용 | ||||
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유예사유 | 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우 ① 졸업기준(자산총액이 5천억원 이상)에 해당되는 경우 ② 「중소기업기본법 시행령」 [별표 1]의 규모기준을 초과하는 경우 ③ 독립성기준 중 관계기업 규정에 따라 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 | ||||
유예기간 |
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유예 제외 사유 | 중소기업이 다음 중 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하고, 중소기업 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 해당 사유가 발생한 날(“②”에 따른 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일)이 속하는 과세연도부터 중소기업 유예기간을 적용하지 아니함(조특령 §2 ②). ① 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우 ② 중소기업 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우 ③ 독립성기준에 따라 중소기업에서 제외된 경우(다만, 관계기업기준에 따라 중소기업에서 제외된 경우에는 유예적용) ④ 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 ⑤ 주된 사업이 소비성서비스업으로 변경되어 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 |
예제 1 2020년에 규모기준에 해당하지 않게 되어 중소기업에서 최초로 벗어나게 된 경우 중소기업으로 보는 과세연도는? 해답 2020년과 그 후 3년간(2021년, 2022년, 2023년)까지는 유예규정에 따라 중소기업으로 봄.

예제 2 2020년에 최초로 중소기업에 해당하지 않게 되어 2020년부터 2023년까지 중소기업 유예기준을 적용함.2024년부터 2026년까지의 과세연도 중 중소기업으로 보는 기간은? 2024년 : 중소기업규모 초과, 2025년 : 중소기업규모, 2026 : 중소기업규모 초과 해답 중소기업 유예기간이 지난 후에는 과세연도별로 중소기업을 판단함. 따라서 2024년은 비중소기업, 2025년은 중소기업, 2026년은 비중소기업임.

예제 3 (주)한공은 2017년(설립연도)부터 2020년까지는 중소기업이었으나, 2021년에 자산총액이 5천억원 이상인 A회사가 30% 이상을 소유한 최다출자자에 해당하여 최초로 중소기업에 해당하지 않게 되었으나 중소기업 유예가 적용 배제됨. 2022년에는 모회사가 B회사로 변경되었고 B회사는 자산총액이 5천억원 미만이어서 2022년부터 다시 중소기업에 해당하게 됨. 그러나 2024년에 매출액이 중기령 [별표 1]의 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 됨. 이와 같이 독립성 기준 위반으로 중소기업에서 제외되고 유예기간을 적용받지 못한 법인이 중소기업에 해당하였다가 다시 매출액 규모기준을 초과하여 비중소기업이 된 경우 유예기간을 적용받을 수 있는가?
해답
기획재정부의 예규에 따르면 (주)한공은 2024년에 중소기업유예를 적용받을 수 없으나, 조세심판원 결정에 따르면 2024년에 중소기업 유예를 적용받을 수 있음. 기획재정부와 조세심판원의 견해가 다르므로 기획재정부의 예규에 따라 중소기업유예를 적용하지 않고 신고한 후 경정청구(거부하면 조세심판청구)를 하는 방법으로 접근할 필요가 있음.

기획재정부 예규 | 중소기업이었던 법인이 독립성 기준 미충족으로 유예 없이 비중소기업이 되었다가 다시 중소기업이 되었고, 이후 매출액 증가로 비중소기업이 된 경우 중소기업 졸업 유예기간(「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항)을 적용할 수 없음(조세특례제도과-371, 2024.5.3.). |
조세심판원 결정 | 최초로 그 사유가 발생한 날은 종전의 중소기업 졸업횟수, 사유, 유예기간 적용배제와는 무관하게 법인 설립 후 1회의 중소기업 유예기간을 적용(유예기간의 재차적용은 불허)하도록 한 취지로 보이므로, 조특법 시행령 제2조 제2항 본문의 “최초로 그 사유가 발생한 날”은 최초로 중소기업 유예기간을 적용할 사유(매출액 규모기준 초과 등)가 발생한 때로 해석함이 타당함(조심2021광3262, 2022.4.25., 조심 2022중2851, 2024.2.14., 조심2024중1912, 2024.7.8.). |
예제 4 비상장중소기업이 2024년에 규모기준에 해당하지 않게 되어 최초로 중소기업에서 벗어나게 된 경우 중소기업으로 보는 과세연도는? 해답 2024.11.12.이 속하는 과세연도에 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 발생하였으므로 개정규정에 따라 2024년과 그 다음 5개 과세연도까지 중소기업으로 봄.

4. 중소기업기본법 별표의 개정으로 중소기업에 해당하게 되거나 해당하지 않게 된 경우
중소기업이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호, [별표 1](주된 업종별 평균매출액등의 중소기업 규모기준) 및 [별표 2](관계기업의 평균매출액등의 산정기준)의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 봄(조특령 §2 ⑤).
※ 2024.11.12. 조특령 개정 시 이 규정의 유예기간은 개정되지 않아서 종전과 같이 3년인 점에 유의해야 한다.
[별표 1] 및 [별표 2]의 개정 | 내 용 |
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중소기업 ⇨ 비중소기업 | 중소기업 유예 적용 |
비중소기업 ⇨ 중소기업 | 사유 발생한 과세연도부터 중소기업으로 봄 |
예제중소기업 여부의 판정 다음 자료로 도매업과 소비성서비스업(호텔업으로 관광호텔이 아님)을 영위하고 있는 비상장법인인 ㈜한공이 2024 과세연도에 중소기업에 해당하는지 판단하시오. ㈜한공은 2023 과세연도까지는 중소기업 요건을 충족하였다. 2024 과세연도에 매출액이 2023 과세연도에 비하여 증가한 것은 합병 등에 의한 것은 아니다. ⑴ 해당 과세연도의 자산총액과 매출액
⑵ (주)한공은 소유 및 경영의 실질적인 독립성요건을 갖추고 있음. ⑶ 중소기업기본법 시행령 [별표 1]
해답 ⑴ 요건검토 [1단계] 주된 업종 충족 여부 판단 : 매출액이 큰 업종인 도매업이 주된 사업임 ⇨ 요건 충족 [2단계] 규 모기준 충족 여부 : 기업 전체의 매출액이 주된 업종에 대한 [별표 1]의 매출 이하인지 판단기업 전체매출액 1,010억원 > 도매업의 기준매출 1,000억원 ⇨ 요건 미충족 [3단계] 독립성기준 : 자료에 제시됨 ⇨ 요건 충족 [4단계] 상한기준 : 자산총액 380억원 < 상한기준 5,000억원 ⇨ 요건 충족 ⑵ 중소기업 여부의 판정 규모기준을 충족하지 못하므로 중소기업에 해당하지 않음. 그러나 2024년에 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우이므로 2024.11.12. 개정된 조특령에 따라 2024년과 그 다음 5개 과세연도 동안 중소기업으로 봄.
구 분 | 도매업 | 호텔업 | 합 계 |
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자산총액 | 180억원 | 200억원 | 380억원 |
매출액 | 830억원 | 180억원 | 1,010억원 |
구 분 | 도매업 | 숙박업 |
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규모기준 | 평균매출액 1,000억원 | 평균매출액 400억원 |
구분 | 중소기업기본법상 중소기업 | 조특법상 중소기업 |
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업종 | 모든 업종 | 소비성서비스업 등을 주된 사업으로 하지 말 것(조특령§2 ① 4호) |
비영리법인 포함 여부 | 비영리법인은 중소기업이 아님(단, 사회적기업, 법 소정협동조합은 중소기업 중소기업이 될 수 있음)(중기법 §2 ①) | 비영리법인도 중소기업이 될 수 있음(서면2팀-391, 2006.2.21.) |
주된 업종 | 3년 평균매출액이 큰 업종(중기령 §4 ①) | 해당 과세연도의 매출액이 큰 업종(조특령 §2 ① 1호) |
규모기준 | 3년 평균매출액이 「중소기업기본법 시행령」 [별표 1]의 업종별 기준에 해당해야 함(중기령 §3 ① 1호) | 해당 과세연도 매출액이 「중소기업기본법 시행령」[별표 1]의 업종별 기준에 해당해야 함 |
상한기준 | 직전 과세연도 말일 현재 재무상태표상 자산총액 5천억원 미만일 것(중기령 §3 1호 나목, §7의 2 ①) | 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 재무상태표상의 자산총액이 5천억 미만일 것(조특령§2 ① 단서; 조특칙 §2 ⑤) |
독립성기준 | • 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 공시대상기업집단의 소속회사로 편입ㆍ통지된 회사에 해당하지 아니할 것(중기법 §2 ① 단서) | 좌 동(조특령 §2 ① 3호) |
• 자산총액 5천억원 이상인 회사가 30% 이상의 지분을 직ㆍ간접적으로 소유하면서 최다출자자인 회사 제외 | 좌 동(간접소유비율 계산 시 집합투자기구를 통한 간접소유 비율은 제외)(조특령 §2 ① 3호) | |
• 관계기업 간에 합산한 3년 평균매출액이 업종별 규모기준을 초과하면 제외 | 관계기업 간에 합산한 해당 과세연도의 매출액이 업종별 규모기준을 초과하면 제외 | |
유예기간 | 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 과세연도의 다음 5년간(종전 : 3년간)은 중소기업으로 봄(최초 1회만 유예 적용) * 개정규정은 2024.8.21. 이후 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우부터 적용함(2024.2.20. 개정 부칙 §2) | 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업 에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 과세연도와 그 다음 5개 과세연도(최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 종료일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일 현재 해당 기업이 유가증권시장 또는 코스닥시장에 상장되어 있는 경우에는 7개 과세연도)(종전 : 3개 과세연도)까지 중소기업으로 봄(최초 1회만 유예 적용) |
유예사유 | ① 자산총액 5천억 이상 ② 평균매출액 [별표 1] 기준 초과 ③ 독립성 위배(자회사*, 관계기업) * 자산총액 5천억원 이상인 법인이 최다출자자로서 주식등의 30% 이상 인수한 경우에도 유예 가능(중기령 §9 2호) | ① 자산총액 5천억 이상 ② 매출액 [별표 1] 기준 초과 ③ 독립성 위배(관계기업) |
유예 제외 | ① 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우 | ① 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우 |
② 중소기업이 중소기업 유예기간 중에 있는 기업을 흡수합병한 경우(단, 잔여유예기간 동안 유예 인정)(중기령 §9 1호) | ② 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우(합병일이 속하는 과세연도부터 유예 배제) | |
③ 독립성기준에 따라 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 ㉮ 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 공시대상 기업집단의 소속회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 경우(중기령 §9 2호) | ③ 독립성기준에 따라 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 ㉮ 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 공시대상기업집단의 소속회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 경우 ㉯ 자산총액이 5천억원 이상인 회사의 자회사가 된 경우 → 유예 적용 불가 | |
④ 이미 유예를 적용받은 적이 있는 경우(유예는 최초 1회만 적용함) | ④ 이미 유예를 적용받은 적이 있는 경우(유예는 최초 1회만 적용함) | |
⑤ 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내 규모기준을 초과하는 경우 | ||
⑥ 주된 사업이 소비성서비스업으로 변경되어 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 | ||
⑦ 주된 사업이 부동산임대업으로 변경되어 중소기업에 해당하지 않게 된 경우(2025.2.×. 이후 개시하는 과세연도부터 적용) | ||
⑧ 부동산임대업을 주업으로 하는 등 일정한 요건을 갖춘 특정법인이 된 경우(2025.2.x. 이후 개시하는 과세연도부터 적용) |
□ 세법상 중소기업 규정의 적용
창업중소기업에 대한 감면, 중소기업에 대한 특별세액감면, 고용증대세액공제 우대, 결손금소급공제, 기업업무추진비 한도 우대, 대손요건 완화 등 세무상 중소기업에 대한 혜택을 받을 수 있는 중소기업은 대부분 「조세특례제한법」의 중소기업을 말함. 다만, 다음의 규정은 「중소기업기본법」상 중소기업에 대하여 적용함. ① 「중소기업 인력지원 특별법」제35조의 3 제1항 제1호에 따라 부담하는 기여금*이 손금산입되는 중소기업(법령 §19 20호) * 내일채움공제 기여금 ② 주식 양도 시 양도소득세율 10%(대주주 20%ㆍ25%) 적용대상인 중소기업(소령 §167의 8 ②) ③ 주식평가 시 최대주주의 주식에 대하여 할증평가를 하지 않는 중소기업(상증령 §53 ⑥) ④ 「국세기본법」상 의무위반 종류별 5천만원(비중소기업 1억원)을 한도로 가산세를 적용하는 중소기업(국기법§49 ①) ⑤ 중소기업취업자에 대한 소득세 감면대상 : 이 경우에는 「중소기업기본법」에 따른 중소기업(비영리법인을 포함함) 중 농업, 임업 및 어업, 광업, 제조업 등 조특령에 정하는 업종에 해당하는 기업에 취업한 경우로 한정함(조특법 §30 ①) ⑥ 고용유지중소기업 등에 대한 과세특례(조특법 §30의 3 ①).