법인은 사업연도마다 법인에 귀속되는 소득에 대하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세가 과세되며, 비사업용 토지, 주택(부수토지 포함)ㆍ별장용 건축물, 주택을 취득하기 위한 권리로서 조합원입주권 및 분양권(이하 “토지등”이라 한다)을 양도하는 경우에는 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추가로 납부하여야 한다. 즉, 법인이 다음의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함), 주택을 취득하기 위한 권리로서 조합원입주권 및 분양권을 양도한 경우에는 해당 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액에 세율을 적용하여 계산한 세액을 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 과세대상 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그중 가장 높은 세액을 적용한다.

추가과세 대상인 ‘토지등’의 구체적인 범위는 다음과 같다

「법인세법」제55조의 2 제1항 제2호 본문에서 규정하는 ‘대통령령으로 정하는 주택’이란 추가과세 대상이 되는 주택을 의미하며, 「법인세법 시행령」제92조의 2 제2항 각 호에서 열거하는 주택은 이러한 추가과세 대상에서 제외된다. 즉, 다음의 주택들은 법인이 양도하더라도 토지등 양도소득 추가과세(20%)가 적용되지 않는다.

법인이 양도한 토지가 「법인세법」상 비사업용 토지에 해당하는지 여부는 다음의 6단계 과정을 통해 종합적으로 판단한다. 이 판정 흐름은 「소득세법」상 비사업용 토지 판정 흐름과 유사하다. 「법인세법」상 비사업용 토지 여부를 판정하기 위한 첫 번째 단계는 해당 토지의 지목을 확정하는 것이다. 토지의 지목 판정은 시행령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 만약 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재 현황에 따른다. 「법인세법」제55조의 2에서는 비사업용 토지 판정 대상이 되는 토지를 크게 농지, 임야, 목장용지, 주택부수토지, 별장부속토지, 그리고 그 외의 토지로 구분하여 각각의 기준을 정하고 있다. 일정한 요건을 충족하는 토지는 기간 기준 등을 따지기 전에 비사업용 토지에서 제외된다. 「법인세법 시행령」제92조의 11 제3항 및 「법인세법 시행규칙」제46조의 2 제3항에 따라 다음의 토지는 비사업용 토지로 보지 않는다. 토지를 실제로 사업에 사용하지 못했더라도, 법령에서 정한 부득이한 사유가 있는 경우에는 해당 기간을 사업에 사용한 것으로 보아 기간 기준 판정 시 유리하게 적용한다. 「법인세법 시행령」제92조의 11 제1항 및 「법인세법 시행규칙」제46조의 2 제1항에 따른 주요 내용은 다음과 같다. 특정 사유로 토지를 양도하는 경우에는 실제 양도일이 아닌 법령에서 정한 특정일을 양도일로 보아 기간 기준을 적용한다. 즉, 양도일 의제 규정은 「민사집행법」에 따른 경매에 따라 양도된 경우처럼 토지를 사업에 사용하지 못하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 부득이한 사유가 발생한 날을 양도일로 간주하여 해당 사유발생일 이후 기간을 비사업용 토지 판정 시 기간기준에서 제외하는 규정이다. 「법인세법 시행령」제92조의 11 제2항 및 「법인세법 시행규칙」제46조의 2 제2항에 따른 주요 내용은 다음과 같다. 위 2 ~ 4단계를 거친 후에도 비사업용 토지에서 제외되지 않거나 의제 규정이 적용되지 않는 토지에 대해서는 1단계에서 판정된 지목별로 「법인세법」제55조의 2 제2항 각 호 및 관련 하위 법령에서 정하는 구체적인 기준(사용현황, 소재지, 면적 등)을 적용하여 해당 토지가 비사업용 토지의 정의에 부합하는지 판단한다.

「법인세법」제55조의 2 제1항 제2호 단서 및 같은 법 시행령 제92조의 10에 따르면, 법인이 소유한 별장이라도 다음 요건을 모두 갖춘 농어촌주택(그 부속토지 포함)에 해당하는 경우에는 토지등 양도소득 추가과세 대상인 ‘별장’에서 제외된다. 이렇게 별장에서 제외된 농어촌주택의 부속토지는 「법인세법」제55조의 2 제2항 제6호의 ‘별장의 부속토지’로서의 비사업용 토지에는 해당하지 않는다. 다만, 해당 농어촌주택의 부속토지가 다른 비사업용 토지 규정에 해당하는지 여부는 별도로 검토해야 한다.

다음 중 어느 하나에 해당하는 토지 등 양도소득에 대해서는 추가과세를 적용하지 않는다. 다만, 미등기 토지등에 해당하는 경우에는 무조건 추가과세(40%)를 적용한다.

토지등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 않고 양도하는 ‘미등기 토지등’은 위 ‘6. 과세 제외’ 규정 적용이 배제되며, 세율도 40%로 중과된다. 다만, 장기할부조건으로 취득하여 양도 당시 등기가 불가능했거나 법률상 등기가 불가능한 경우 등은 제외된다.

토지등 양도소득의 귀속사업연도, 양도시기 및 취득시기는 「법인세법 시행령」제68조를 준용하여 대금청산일, 소유권이전등기일, 인도일, 사용수익일 중 빠른날로 한다. 장기할부조건의 경우에도 동일 기준을 적용한다. 예약매출 시에는 계약일을 양도일로 본다.

최근 2025년 2월 28일 개정된 「법인세법 시행령」 (대통령령 제35350호)에 따라 토지등 양도소득 추가과세가 제외되는 임대주택의 범위에 새로운 유형의 단기민간건설임대주택(법령 §92의 2 ② 1호의 15)이 추가되었다. 이 규정의 시행일은 2025년 6월 4일이며, 경과 부칙에 따라 2025년 6월 4일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 민간임대주택으로 등록한 단기민간건설임대주택을 양도하는 경우부터 적용된다. 따라서 법인이 2025년 6월 4일 이후 새로 등록하는 단기민간건설임대주택이 법령에서 정한 규모(대지 298㎡ 이하, 연면적 149㎡ 이하, 2호 이상), 임대기간(6년 이상), 가액(기준시가 6억원 이하), 임대료 증액제한(5% 이내) 등의 요건을 모두 충족한다면 해당 주택을 양도할 때 토지등 양도소득에 대한 법인세 추가과세 대상에서 제외될 수 있다.