부가가치세 신고 시 가장 많이 발생할 수 있는 이슈가 바로 매출누락 이슈이다. 매출을 제대로 신고하지 못하고 누락하게 되면 이에 따라 부가가치세 과소신고로 연결될 수밖에 없기 때문이다. 세금계산서와 계산서 매출, 그리고 신용카드 및 현금영수증 매출의 경우 홈택스를 통해 확인할 수 있기 때문에 누락 여부 확인이 어렵지 않지만, 결제대행사 매출이나 기타 현금매출 등은 사업자의 확인이 없다면 누락될 확률이 높기 때문에 꼭 유의해야 한다. 이 중에서도 일반 개인으로부터 받은 현금이나 계좌이체 받은 금액이 부가가치세 신고 시 누락될 수 있는데 이러한 경우 가산세가 발생할 수 있으므로 신고과정에서 꼭 체크해야 한다. 또한 최근에는 오픈마켓이나 SNS마켓 등 다양한 채널을 통해 매출이 발생하게 되는데 이 부분 역시 사업자가 확인하여 신고하지 않을 경우 누락될 가능성이 높기 때문에 주의해야 한다. 매출누락과 반대로 중복매출 집계의 이슈도 발생할 수 있다. 특정 거래에 대해 세금계산서를 먼저 발행한 뒤 결제를 신용카드로 하게 된다면 매출이 중복하여 계상될 수 있다. 따라서 매출이 중복하여 계상하지 않도록 확인이 필요하며 이러한 거래는 해당 카드매출 부분을 매출 전체금액에서 제외하고 신고하면 중복 매출 계상을 피할 수 있다.

부가가치세 신고 시 자주 발생하는 또 다른 이슈는 매입세액 과다공제라고 할 수 있다. 부가가치세 부담을 덜기 위해 혹은 매입세액불공제 사유에 대한 착오로 인해 매입세액을 과다하게 받는 경우가 실무에서 자주 발생하는데, 이 또한 가산세가 발생할 수 있기 때문에 신고서 작성과정에서 꼼꼼히 살펴보고 신경써줘야 한다. 매출세액에서 공제되지 않는 매입세액은 결산 시 비용으로 반영하거나 자산으로 반영하면 된다. 부가가치세 매입세액불공제 사유는 다음과 같다.

과세사업과 면세사업을 동시에 영위하는 겸영사업자의 경우에는 부가가치세 신고 시 좀 더 신경을 써야 한다. 매출의 경우에는 매입에 비해 복잡하지 않다. 면세 재화와 용역은 세법에 열거가 되어 있기 때문에 매출 건별로 과세매출과 면세매출의 금액 파악이 상대적으로 어렵지 않기 때문이다. 반대로 매입의 경우에는 해당 재화나 용역에 대한 매입세액이 과세 혹은 면세사업에 사용될 것이 명확한 경우에는 실지 귀속에 따라 공제 혹은 불공제처리하면 되지만, 사용용도가 명확하지 않다면 공통매입세액을 안분하여 계산하는 과정을 거쳐야 하기 때문에 신경을 많이 써야 한다. 즉, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등을 적용하여 안분하여 계산하여야 한다.

개인사업자의 신용카드 혹은 현금영수증 매출에 대해서는 그 발행금액에 대해서 1.3%의 신용카드발행세액공제가 있으며, 연간 1,000만원을 한도로 공제받을 수 있다. 발행세액공제는 개인사업자 중 소비자를 상대하는 업종만 가능하니 공제대상 업종인지에 대한 확인이 필요하며, 공제액이 연간 한도인 1,000만원을 넘지 않도록 공제받는 것이 중요하다. 또한 직전 연도 공급가액이 10억원을 초과하는 경우 신용카드 발행세액공제를 적용할 수 없으니 특히 주의가 필요하다.

현재는 전자로 발급한 세금계산서와 종이로 발급한 세금계산서가 동시에 사용되고 있다. 전자세금계산서의 경우에는 홈택스에서 확인할 수 있지만 종이세금계산서는 발행한 사업자와 수취한 사업자만이 보유하고 있는 증빙이므로 홈택스에서 전자적 방법으로는 확인이 불가능하다. 따라서 사업자가 발급하거나 발급받은 종이세금계산서의 세금계산서의 경우 누락되지 않고 제대로 반영될 수 있도록 주의를 기울여 부가가치세 신고를 해야 한다. 또한 동일한 매입거래에 대하여 착오로 인해 전자세금계산서와 종이세금계산서를 동시에 수취하여 매입세액을 중복신고하는 경우도 발생할 수 있다. 이 경우에는 매입세액과다신고로 인해 추후 가산세를 납부하게 될 수 있으므로 주의하여야 한다.

특정 업종을 영위하는 경우 부가가치세 신고 시 추가로 첨부해야 할 서류들이 존재한다. 이러한 서류의 제출을 누락할 경우 가산세 부담이 있을 수 있기에 주의하여야 한다. 대표적인 업종별 첨부서류는 다음과 같다.

2020년까지는 간이과세자의 기준이 연매출 4,800만원 이하였으나 코로나19의 영향으로 연매출 8,000만원으로 상향조정되었고, 2024년 7월 1일부터는 매출기준이 1억 400만원으로 또 한 번 상향되었다. 이로 인하여 간이과세자 혜택을 받는 사업자들이 크게 늘어나게 되었다. 다만, 부동산임대업과 과세유흥장소를 경영하는 사업자의 경우에는 기존과 같은 4,800만원 기준이 적용된다. 간이과세자는 기본적으로 연 1회 신고하면 되기 때문에 이번 7월에 진행하는 제1기 확정신고 시에는 큰 이슈가 없을 것이다. 다만, 세금계산서를 발급하지 않았다면 예정신고가 생략되지만 세금계산서 발행대상 간이과세자로서 세금계산서를 발급하였다면 예정신고를 필수적으로 진행해야 한다는 점에 유의하여야 한다. 따라서 직전 연도 공급대가가 4,800만원 이상일 경우 세금계산서 발행대상 간이과세자에 해당하니 이번 7월 부가가치세 신고 시 예정신고를 진행하면 된다. 간이과세자는 일반과세자와 달리 업종별로 상대적으로 낮은 부가가치세율이 적용되지만 매입세액공제는 공급대가의 0.5%로 계산된다는 점도 놓치지 말자. 마지막으로 간이과세자의 납부의무면제 기준금액은 4,800만원이며, 이에 따라 1년간 총공급대가가 4,800만원에 미달한다면 부가가치세를 납부하지 않아도 된다.