피합병법인이 합병으로 해산하면, 세법상 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보아, 그 양도에 따라 발생하는 양도손익을 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 산입한다(법법 §44 ①). 양도손익을 계산할 때, 양도가액과 피합병법인 현재의 순자산 장부가액 계산방법은 다음과 같다. 1) 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액 구체적으로 양도가액은 합병교부주식의 시가, 금전이나 기타재산, 그리고 피합병법인의 세금대납액의 합으로 구성된다. 이러한 요소를 모두 더한 금액이 곧 피합병법인이 받은 양도가액이며, 이때 사용하는 주식이나 자산의 가치는 액면가가 아닌 ‘시가’를 기준으로 평가해야 한다는 점에 유의해야 한다(법령 §80 ① 제2호). 2) 피합병법인의 합병법인 현재의 순자산 장부가액 비적격합병이 이루어지는 경우, 세법상 피합병법인은 자산을 합병법인에 양도한 것으로 간주된다. 이때 양도손익을 계산하기 위해 핵심적으로 적용되는 기준이 바로 ‘순자산 장부가액’이다. 순자산 장부가액이란 피합병법인의 합병등기일 현재 자산의 총 장부가액에서 부채의 총장부가액을 차감한 금액을 의미하며, 여기에 환급받을 법인세액이 있다면 해당 금액도 순자산 장부가액에 포함된다(법령 §80 ②). 여기서 중요한 점은, 이 ‘장부가액’이 단순한 회계상 장부가액이 아니라는 것이다. 세법에서는 회계상 장부가액이 아닌, 세무조정이 반영된 ‘세무상 장부가액’을 기준으로 계산하도록 하고있다. 예를 들어, 유보사항이나 손금불산입 등 세무조정이 있었던 항목은 이를 반영해 순자산가액을 조정해야 한다. 다만 예외적으로, 퇴직급여충당금과 대손충당금에 대해서는 비적격합병이라 하더라도 합병 법인에 승계되는 항목이므로, 해당 항목은 세무조정을 반영하지 않고 회계상 장부가액 그대로 반영해야 한다. 실무적으로는, 승계되지 않는 항목은 양도손익 계산 후 반대 세무조정을 해야 하고, 승계되는 항목은 별도의 조정 없이 장부가액 그대로 반영하여 양도손익을 산정한다.

합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로 부터 합병등기일 현재의 시가로 양도받은 것으로 본다(법법 §44의 2 ①). 비적격합병의 경우 피합병법인의 퇴직급여충당금 또는 대손충당금을 합병법인이 승계한 경우에는 그와 관련된 세무조정사항을 승계하고 그 밖의 세무조정사항은 모두 합병 법인에 승계되지 아니한다(법령 §85 2호). 한편, 합병매수차익은 합병법인이 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재 순자산의 시가보다 낮을 경우 발생한다. 이 경우 차액에 해당하는 합병매수차익은 세무조정계산서에 계상하고, 합병등기일부터 5년간 균등분할하여 익금에 산입한다. 반면, 합병매수차손은 지급한 양도가액이 순자산 시가보다 큰 경우 발생한다. 단, 이 차손이 단순한 자산 초과 지급이 아니라 피합병법인의 상호, 거래관계, 영업비밀 등 무형적 자산에 대한 사업상 가치를 반영한 것으로 인정되는 경우에 한하여 손금산입이 가능하다. 해당 개념은 회계상 ‘영업권’과 비슷하지만 엄밀히 세법적 요건을 충족하는 경우에만 세법상으로 인정받을 수 있으며, 자세한 사항은‘3. 합병으로 발생하는 영업권의 세무’에서 설명한다. 또한, 비적격합병의 경우 피합병법인의 이월결손금과 세액공제·감면 혜택은 합병 법인에 승계되지 않는다. 다만 예외적으로, 퇴직급여충당금 및 대손충당금과 관련된 세무조정사항만은 합병법인이 승계할 수 있으며, 이는 「법인세법 시행령」제85조 제2호에 명시되어 있다. 그 외 일반 유보사항이나 미사용 공제는 모두 소멸되는 점을 유의해야 한다.

적격합병으로 인정받게 되면, 피합병법인의 자산 양도는 없는 것으로 간주되어 양도손익이 발생하지 않는다. 합병법인도 자산의 취득가액을 시가가 아닌 장부가로 인정받아 합병매수차손익이 존재하지 않게 되며, 피합병법인의 주주 역시 합병으로 인해 얻은 합병대가를 종전 장부가 기준으로 평가받음으로써 의제배당이 발생하지 않는다. 다시 말해, 양도손익, 합병매수차손익, 의제배당이 모두 ‘0’으로 처리되어 과세 자체가 발생하지 않는 것이다. 「법인세법」제44조 제2항은 적격합병의 성립 요건으로 다음 네 가지를 모두 충족 할 것을 요구한다.

적격합병의 경우, 피합병법인에게 지급한 양도가액과 순자산의 시가가 일치하지 않더라도 과세상 합병매수차손익이 발생하지 않는다. 이는 「법인세법」제44조의 3에 따른 특례로, 피합병법인의 순자산 시가와 양도가액을 모두 세무상 장부가액으로 간주함으로써 합병 시점에서 합병매수차익 또는 차손이 발생하지 않도록 과세를 이연하기 때문이다. 다만, 합병법인은 회계상으로는 자산을 시가로 인식하기 때문에, 세무상 장부가액과의 차이가 발생한다. 이 차이는‘자산조정계정’이라는 항목을 통해 조정되며, 세무회계와 기업회계 간의 괴리를 중립적으로 관리하기 위한 장치로 작동한다. 자산조정계정은 시가에서 장부가액을 차감하여 산출되며, 익금 또는 손금으로 각각 조정되고 감가상각 자산인지 여부에 따라 상계하거나 가산하며, 처분 시에는 잔액을 전액 익금 또는 손금으로 인식하게 된다. 예를 들어, 감가상각 대상 자산에서 자산조정계정이 양(+)이면 감가상각비와 상계하고, 음(-)이면 감가상각비에 가산하는 방식으로 조정된다. 반면 감가상각 대상이 아닌 자산의 경우에는 처분 시점에 전액 익금 또는 손금으로 처리하며, 자기주식 소각 시에는 조정 없이 계정이 소멸된다. 자산조정계정은 단순한 회계 기법을 넘어서, 적격합병 시 과세를 이연하면서도 자산 가액의 차이를 추적·관리할 수 있도록 하는 핵심 세무장치다. 특히 사후관리 요건 미충족 시에는 당초부터 비적격합병으로 간주되어 이연되었던 합병매수차손익이 과세될 수 있으므로, 실무에서는 자산조정계정의 계상과 후속 관리를 철저히 해야 한다.

적격합병의 요건을 충족하는 경우, 세법은 합병법인에 양도손익에 대해 과세하지 않고 이연하도록 허용하고 있다. 즉, 피합병법인이 받은 양도가액을 순자산 장부가액과 동일한 금액으로 간주함으로써, 실질적으로 양도손익이 없는 것으로 보아 법인세를 부과하지 않는 것이다. 예를 들어, 피합병법인의 순자산 장부가액이 100이고 시가는 200인 경우라도, 적격합병에 해당하면 합병법인이 지급한 양도가액을 100으로 보게 되므로 양도손익은 ‘100 - 100 = 0’이 되어 과세되지 않는다. 이는 형식상 법인이 소멸되더라도 실질적인 경제 주체와 사업 내용이 유지되는 경우, 세무상 자산 양도에 따른 소득을 과세 시점에서 제외하려는 조세중립 원칙에 따른 것이다. 다만, 과세이연이 최종 면제나 감면을 의미하는 것은 아니다. 합병 후 일정 기간 동안 유지해야 할 사후관리 요건을 위반할 경우, 해당 합병은 처음부터 비적격합병으로 간주되어 이연되었던 양도손익 전액이 합병법인에게 과세될 수 있다. 따라서 적격합병 요건뿐만 아니라, 이후 유지되는 사업의 연속성과 지분 구조, 고용의 승계 등 요건들도 지속적으로 충족되어야 이연 혜택을 온전히 유지할 수 있다.

비적격합병의 경우에는 피합병법인의 자산을 합병법인이 시가로 양수한 것으로 간주하므로, 합병법인이 피합병법인의 상호나 거래처, 영업상의 비밀 등 무형적인 가치에 대해 일정한 대가를 지급하였다면, 이 대가 중 순자산 시가를 초과하는 부분은 ‘합병매수차손’으로 볼 수 있다. 이 합병매수차손은 세무조정계산서에 계상하고, 합병등기일이 속하는 날부터 5년간 균등하게 나누어 손금에 산입할 수 있는 것이다(법법 §44의 2 ③; 법령 §80의 3 ②). 반면, 적격합병의 경우에는 피합병법인의 자산을 장부가액 기준으로 양수한 것으로 정하므로, 적격합병에서는 세무상 합병매수차손이 발생할 수 없다. 적격합병의 경우는 기업회계상으로는 합병매수차손(영업권)이 발생하더라도 피합병법인 단계에서 양도가액(주식가액)을 순자산가액으로 하여 양도손익이 발생하지 않는 것으로 한다면, 합병법인 단계에서는 순자산가액을 장부가액으로 승계해야 하고 양도가액도 순자산가액으로 해야 하므로 세무상으로는 합병매수손익이 발생하지 않기 때문이다. 다만, 영업권이 발생하는 기업회계와 합병매수차손이 발생하지 않는 세무회계의 차이가 발생하므로, 회계와 세무 간 차이를 조정하기 위한 세무조정은 필요하다. 또한, 법인 간 합병이 아닌 특정 사업부문만을 양수하면서 발생한 영업권은 ‘합병’에 해당하지 않기 때문에, 이 경우에도 그 초과액을 합병매수차손으로 보아 손금산입하는 것은 허용되지 않는 점도 유의해야 할 것이다.

합병매수차손(영업권)이 세무상 손금으로 인정되기 위해서는 단순히 사업상 가치가 있다는 이유만으로 대가를 지급한 사실이 존재하면 충분한지, 아니면 반드시 그 영업권에 대해 합리적인 평가 절차가 선행되어야 하는지에 관하여 과세관청과 법원의 해석이 시기나 사안에 따라 달라져 왔으므로, 합병매수차손의 손금인식에 대하여 실무적으로 유의할 필요가 있다. 먼저 과세관청은 합병매수차손의 요건인 ‘사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우’에 해당하는지는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항이라는 견해를 보이며 구체적인 예시나 조건을 명확화하고 있지는 않고 있다(서면-2022-법규법인-2187 등). 또한 지금까지 대부분의 합병영업권 판결은 영업권의 평가와 그 평가의 적정 여부에 따라 영업권으로 인정하기도 하고 부인하기도 하였으므로, 현재까지 확인되는 판례들의 사실관계 등을 참고하여 실무에 적용하여야 할 것이다