「법인세법」 상 비영리법인의 범위와 「상속세 및 증여세법」 상 공익법인의 범위 그리고 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」 상 공익법인의 범위는 상호 일치하지 않지만 이들의 공익적 활동이 사회후생에 미치는 영향이 점점 증대해지고 있는 실정이다. 따라서 세법에서는 일반 영리법인과 마찬가지로 이들 공익적 활동을 목적으로 설립된 공익법인에 대해서도 수익사업을 할 경우 납세의무를 부담하도록 하고 있으며, 재산을 무상으로 출연받은 경우에도 상속세나 증여세 납세의무를 부담하도록 하고 있다. 다만, 일정한 요건을 갖추거나 의무를 부담하는 것을 조건으로 납세의무를 경감하여 이들의 공익적 활동을 우회적으로 지원하는 한편, 탈세를 목적으로 운영되는 공익법인 등에 대하여는 경감한 세금을 추징하도록 하고 있다. 따라서 공익법인 등은 결산기를 맞아 이러한 의무나 납세협력의무 이행사항에 대하여 국세청에 보고하여야 하는 바, 구체적인 보고사항에 대하여 살펴보도록 하겠다.

공익법인의 사업연도는 사학기관을 제외하고는 대부분 정부의 회계연도를 따르도록 규정하고 있다. 이는 많은 공익법인이 정부보조금을 재원으로 운영되고 있기 때문인데, 이 때 정부의 회계연도는 「국가재정법」 제2조의 규정에 따라 매년 1월 1일에 시작하여 12월 31일에 종료하는 것으로 규정하고 있다. 다만, 사학기관은 학년도를 따르므로 매년 3월 1일부터 시작하여 다음연도 2월의 말일에 종료한다.

「법인세법」과 「상속세 및 증여세법」에 규정하고 있는 공익법인의 세무일정을 요약하면 다음과 같다. ※「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」(이하 “공익법인법”)의 적용을 받는 공익법인은 주무관청에 대하여 매 회계연도가 끝난 후에 사업실적과 결산을 보고를 회계연도 종료 후 3개월 이내에 실시하여야 하며, 다음의 서류를 제출하여야 한다(공익법인법 12 ②).

법인이 「부가가치세법」 및 「조세특례제한법」에 따라 부가가치세가 면제되는 사업을 하는 경우 재화나 용역을 공급받고 「부가가치세법」 제32조 제1항·제7항 및 제35조 제1항에 따라 세금계산서를 발급받은 경우에는 매면 2월 10일까지 매입처별 세금계산서합계표(「부가가치세법」 제54조에 따른 매입처별 세금계산서합계표를 말한다. 이하 같음)를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 「부가가치세법」 제54조 제5항에 따라 제출한 경우에는 그러하지 아니한다(법법 120의3).

법인이 재화나 용역을 공급하고 계산서나 영수증을 작성하여 발급하였거나 세관장으로부터 재화의 수입과 관련하여 발급받은 계산서가 있는 경우 그 매출·매입처별 계산서합계표를 매년 2월 10일까지 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 「부가가치세법」에 따라 세금계산서 또는 영수증을 작성·발급하였거나 매출·매입처별 세금계산서합계표를 제출한 분(分)에 대하여는 계산서 등을 작성·발급하였거나 매출·매입처별 계산서합계표를 제출한 것으로 본다(법법 121).

「법인세법」 제120조의3 제1항에 따른 매입처별 세금계산서합계표와 동법 제121조 제5항에 따른 매출·매입처별 계산서합계표를 매년 2월 10일까지 제출하지 아니한 경우 또는 제출하였더라도 그 매입처별 세금계산서합계표에 거래처별 사업자등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부를 적지 아니하거나 사실과 다르게 적은 경우 공급가액의 1천분의5(2017.12.31. 이전 제출기한 도래분은 1%)의 가산세를 법인세로 징수한다(법법 76 ⑨ 2호, 3호). 다만, 다음의 법인은 가산세 적용을 제외한다(법령 120 ②).

• ⑴ 국가 및 지방자치단체
• ⑵ 비영리법인(「법인세법」 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업과 관련된 부분은 제외)

수익사업에서 생기는 소득이 있는 공익법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일로부터 3개월 이내에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 법인세 과세표준과 세액을 신고하여야 한다.

비영리내국법은의 「법인세법」 상 과세대상 소득으로 열거된 소득(수익사업에 생긴 소득)에 대해서만 법인세 납세의무를 부담하게 된다. 즉, 영리법인의 과세대상 소득의 범위는 순자산증가설에 의하여 포괄주의에 따르지만, 비영리법인의 과세대상 소득의 범위는 소득원천설에 의하여 열거주의에 따르고 있다.

• ⑴ 사업소득(제조업, 건설업, 도매업·소매업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등)
• ⑵ 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득
• ⑶ 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득
• ⑷ 주식 등의 양도로 인하여 생기는 수입
• ⑸ 고정자산 등의 처분으로 인하여 생기는 수입(3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생긴 수입은 제외)
• ⑹ 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산(부동산에 관한 권리 및 기타자산)의 양도로 인하여 생기는 수입
• ⑺ 계속적 행위로 인하여 생기는 수입 중 채권매매익

비영리내국법인에 대한 법인세법과 조세특례제한법에서 규정하고 있는 특례를 열거하면 다음과 같다.

• ⑴ 수입배당금에 대한 익금불산입 적용 배제(법법 18의3)
  비영리내국법인의 경우 소득금액을 계산할 때 수입배당금에 대한 익금불산입 적용 배제함
• ⑵ 임대보증금 간주익금 익금산입 적용 배제(조특법 138)
  부동산임대업을 주업으로 하는 비영리내국법인의 경우 임대보증금 간주익금 가산 배제함
• ⑶ 고유목적사업준비금의 손금산입 특례(법법 29)
  수익사업에서 생기는 소득의 종류 및 비영리법인의 종류에 따라 100%, 80%, 50%를 손금산입 또는 신고조정할 수 있으며, 5년 이내 사용해야 함
• ⑷ 이자소득만 있는 비영리법인의 과세표준 신고 특례(법법 62)
  원천징수된 이자소득(비영업대금의 이익은 제외)에 대하여 과세표준 신고를 아니할 수 있음
• ⑸ 비영리법인의 자산양도소득에 대한 과세특례(법법 62의2)
  사업소득에 해당하는 수익사업이 있는 비영리내국법인을 제외하고 자산양도소득(수익사업 중 (4), (5), (6)의 소득을 말함)만 있는 경우 법인세 과세표준 신고를 하지 않고 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준을 동법에 따라 예정신고 및 자진납부할 수 있음
• ⑹ 과세표준 무신고 가산세 적용 배제(법법 60 ⑤)
  법인세 과세표준신고서에 첨부하는 재무상태표 등과 세무조정계산서를 첨부하지 않아도 무신고로 보지 않음. 다만, 사업소득과 채권매매익이 있는 비영리내국법인은 그러지 아니함.
• ⑺ 중간예납 제외(법법 63 ①)
  학교법인과 산학협력단 등은 중간예납의무에서 제외
• ⑻ 장부의 비치·기장의무 면제 및 무기장 가산세 면제(법법 112·72 ①)
  사업소득과 채권매매익이 있는 비영리법인을 제외한 비영리법인은 가산세가 면제되나 「상속세 및 증여세법」에 따른 가산세 규정이 있음
• ⑼ 계산서 불성실 가산세 적용 제외(법법 76 ⑨, 법령 120 ②)
  사업소득이 있는 비영리내국법인을 제외하고 가산세 적용이 제외됨
• ⑽ 적격증빙 수취·보관의무 면제 및 증빙불비가산세 면제(법법 116·76 ⑤)
  비영리법인의 사업소득에 해당하는 수익사업과 관련된 부분만 가산세 적용함
• ⑾ 기부금영수증 불성실 가산세(법법 76 ⑩)
  기부금영수증 관련 가산세와 기부자별 발급명세서 관련 가산세를 적용받음
• ⑿ 주주명부 등의 작성·비치 의무 면제(법법 118)
  비영리내국법인은 주주나 사원이 없어 동 명부작성의무에서 제외됨. 단, 관계 법령에 출연자 명단을 비치하도록 하고 있음.
• ⒀ 수익사업 개시 신고(법법 110)
  비영리내국법인이 새로 수익사업(사업소득과 채권매매익만 해당함)을 시작한 경우에는 그 개시일부터 2개월 이내에 수익사업개시 신고서를 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 함. 또한, 영업을 개시한 사업연도의 과세표준 신고기한까지 감가상각방법신고서와 재고자산 등 평가방법신고서를 제출하여야 함.

비영리내국법인이 과세대상 토지 등의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함)을 양도한 경우 발생한 양도소득에 대한 법인세 10%(미등기 양도인 경우 40%)를 각 사업연도 소득금액에 대한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

• ⑴ 국내에 소재하는 주택(부속토지 포함하며, 농어촌주택, 임대주택, 사택, 무상 제공 주택 등 제외)
• ⑵ 별장(휴양, 피서, 위락의 용도로 사용하는 건축물을 말하며, 부수 토지는 비사업용 토지로 과세됨. 농어촌주택에 해당할 경우 부속토지 포함하여 과세제외)
• ⑶ 비사업용 토지[농지(전, 답, 과수원), 임야, 목장용지, 기준초과 주택 부속토지, 별장의 부속토지 등을 포함하며, 「지방세법 시행령」 제22조에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지와 학교법인이 출연 또는 기부받은 토지 그리고 종중이 소유한 토지(2005.12.31.이전 취득분)는 제외함]

토지 등 양도소득은 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. 다만, 비영리 내국법인이 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 등 양도소득은 양도금액에서 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조와 같은 법 제61조 제1항에 따라 평가한 가액 중 큰 가액을 뺀 금액으로 할 수 있다.

다음의 기부금단체에 해당하는 공익법인은 사업연도 종료일의 다음 연도 3월 31일까지 기부금의 모금 및 그 활용실적을 법인 인터넷 홈페이지와 국세청 인터넷 홈페이지에 공개하여야 한다. 공개의무를 해태한 경우 지정기부금단체등록 또는 법정기부금단체등록이 취소되거나 재지정 되지 아니할 수 있다.

• ⑴ 「재외국민의 교육지원 등에 관한 법률」 제2조 제3호에 따른 한국학교
• ⑵ 사회복지사업, 그 밖의 사회복지활동의 지원에 필요한 재원을 모집·배분하는 것을 주된 목적으로 하는 비영리법인

• ⑴ 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인 중 주무관청의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정기부금단체로 지정한 법인
• ⑵ 「협동조합 기본법」 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합 중 주무관청의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정기부금단체로 지정한 법인

재산을 출연받은 재산이 있는 모든 공익법인은 다음에 해당하는 서류를 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다(상증법 48 ⑤, 상증령 41). 만약 제출하지 아니하였거나 제출된 보고서의 내용이 불분명한 경우(출연재산·운용소득 및 매각재산 등의 명세를 누락하거나 잘못 기재하여 사실을 확인할 수 없는 경우를 말함)에는 그 미제출분 또는 불분명한 부분의 금액에 상당하는 상속세액 또는 증여세액의 100분의1에 상당하는 금액(5천만원 한도, 중소기업이 아닌 경우 1억원 한도, 고의적 위반은 무제한)을 가산세로 부과한다(상증법 78 ③).

결산에 관한 서류는 공익법인법 및 그 밖의 법령에 따라 공익법인 등이 주무관청에 제출하는 대차대조표 및 손익계산서(손익계산서에 준하는 수지계산서)를 포함한다. 결산서는 공익목적사업부문과 기타사업부문을 각각 구분하여 표시하여야 하고 이를 통합한 결산서도 함께 제출하여야 한다.

공익법인 등이 재산을 출연받은 경우에는 그 출연받은 재산의 사용계획 및 진도에 관한 보고서[공익법인 출연재산 등에 관한 보고서(별지 제23호 서식)]에 다음의 첨부서류를 포함하여 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

• ⑴ 출연재산·운용소득·매각대금의 사용계획 및 진도내역서(별지 제24호 서식)
• ⑵ 출연받은 재산의 사용명세서(별지 제25호의2 서식)
• ⑶ 출연재산 매각대금 사용명세서(별지 제25호의3 서식)
• ⑷ 운용소득 사용명세서(별지 제25호의4 서식)
• ⑸ 주식(출자지분) 보유명세서 (별지 제26호 서식)
• ⑹ 이사 등 선임명세서(별지 제26호의2 서식)
• ⑺ 특정기업광고 등 명세서(별지 제26호의3 서식)
• ⑻ 출연재산을 3년 이내에 출연목적에 사용하지 못하고 그 사용에 장기간을 요하여 주무부장관이 이를 인정하는 경우에는 그 관련서류

※주무부장관이 없는 경우 관할 세무서장의 인정 필요(2013.2.15. 이후 주무부장관이 인정하는 분부터 적용)

다음 둘 중에 어느 하나에 해당하는 규모기준에 해당하는 공익법인은 사업연도 종료일부터 2개월 이내에 외부전문가로부터 세무확인을 받고 사업연도 종료일 후 3개월 이내에 공익법인 등의 세무확인서(별지 제32호 서식)를 제출해야 한다(상증법 50 ①).

• ⑴ STOCK 기준
  사업연도 종료일 현재 재무상태표상 총자산가액 5억원 이상인 경우
  • 부동산이 있는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제60조, 제61조, 제66조에 따라 평가한 가액과 재무상태표 가액 중 큰 금액으로 평가함
  • 고유목적사업과 수익사업 등에 사용된 모든 자산의 가액을 말함
• ⑵ FLOW 기준
  사업연도의 수입금액과 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 이상인 경우
  • 공익사업과 관련된 소득세법에 따른 수입금액 또는 법인세법에 따라 법인세 과세대상이 되는 수익사업과 관련된 수입금액을 말함
  • 출연받은 재산가액에는 보조금 관리에 관한 법률에 따라 지급받은 국고보조금은 포함하지 않음(재산세과-60, 2013.02.25).

자산규모나 사업의 특성에 따라 다음에 해당하는 공익법인은 세무확인을 받지 아니할 수 있다.

• ⑴ 자산규모 등이 1)의 규모기준에 미달하는 공익법인
• ⑵ 불특정다수인으로부터 재산을 출연받은 공익법인(출연자 1명과 그의 특수관계인이 출연한 출연재산가액의 합계액이 공익법인 등이 출연받은 총재산가액의 100분의5에 미달하는 경우로 한정함)
• ⑶ 국가 또는 지방자치단체가 재산을 출연하여 설립한 공익법인 등으로서 감사원의 회계검사를 받는 공익법인 등(회계검사를 받는 연도분으로 한정)
• ⑷ 외부회계감사를 받은 공익법인

세무확인을 수행하는 외부전문가는 공인회계사, 변호사, 세무사 자격을 가진 자로 2명 이상을 선임해야 한다. 다만, 당해 확인대상 공익법인의 출연자 또는 임직원이거나 재무적 이해관계가 있는 등 그 직무의 공정한 수행을 기대하기 어렵다고 인정되는 전문가는 선임 대상에서 제외되어야 한다(상증령 43 ①).

• ⑴ 출연받은 재산의 공익목적 사용 여부
• ⑵ 「상속세 및 증여세법」 제48조·동법 시행령 제37조 및 제39조에 따른 의무사항 이행 여부
• ⑶ 출연받은 재산의 운영 및 수익사업내역의 적정성 여부
• ⑷ 장부의 작성·비치의무의 준수 여부
• ⑸ 공익법인 등의 수혜자 선정의 적정성 여부

외부전문가의 세무확인을 받은 공익법인 등은 그 결과를 다음의 보고서를 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

• ⑴ 공익법인 등의 세무확인서[별지 제32호 서식]
• ⑵ 공익법인 등의 세무확인 결과 집계표 [별지 제32호 서식 부표 1]
• ⑶ 출연자 등 특수관계인 사용수익 명세서 [별지 제32호 서식 부표 2]
• ⑷ 수혜자 선정 부적정 명세서 [별지 제32호 서식 부표 3]
• ⑸ 재산의 운용 및 수익사업 내역 부적정 명세서 [별지 제32호 서식 부표 4]
• ⑹ 장부의 작성·비치 의무 불이행 명세서 [별지 제32호 서식 부표 5]
• ⑺ 보유부동산 명세서 [별지 제32호 서식 부표 6]
• ⑻ 공익법인 등의 결산서(재무상태표, 운영성과표)

공익법인이 외부전문가 세무확인에 대한 보고의무를 이행하지 않을 경우에는 다음 산식에 따라 산정한 가산세(5천만원 한도, 중소기업이 아닌 경우 1억원 한도, 고의적 위반은 무제한)를 납부해야 한다.

직전 사업연도 종료일의 대차대조표상 총자산가액(부동산인 경우 「상속세 및 증여세법」 제60조·제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 대차대조표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액)의 합계액이 100억원 이상인 공익법인 외부회계감사대상에 속한다. 다만, 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업, 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교, 「유아교육법」에 따른 유치원을 설립·경영하는 사업을 영위하는 공익법인은 규모기준 이상인 경우에도 외부회계감사대상에서 제외된다.

공익법인을 감사할 수 있는 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조에 따른 감사인은 다음과 같다.

• ⑴ 「공인회계사법」 제23조에 따른 회계법인
• ⑵ 「공인회계사법」 제41조에 따라 설립된 한국공인회계사회에 등록한 감사반

회계감사를 받은 공익법인 등은 감사인이 작성한 감사보고서를 해당 공익법인 등의 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 관할세무서장은 제출받은 감사보고서를 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다.

회계감사보고서 제출의무를 이행하지 않을 경우에는 다음의 가산세를 부과하게 되며, 또한 동일기업 주식출연·취득제한 완화(5% → 10%, 20%), 계열기업 주식보유제한 완화(30% → 50%) 규정을 적용받을 수 없는 불이익을 받게 된다.

의무공시대상 공익법인이 아니면서 공시를 원하는 공익법인은 사업연도 종료 후 4개월 이내에 국세청 인터넷 홈페이지[홈택스(www.hometax.go.kr)]에 다음의 서류를 공시할 수 있다(상증법 50의3).

• ⑴ 공익법인 결산서류 등의 공시[별지 제31호의2 서식]
• ⑵ 재무상태표, 운영성과표
• ⑶ 외부회계감사 대상 공익법인의 경우 감사보고서

의무공시대상 공익법인은 사업연도 종료후 4개월 이내에 국세청 인터넷 홈페이지[홈택스(www.hometax.go.kr)]에 공시대상서류를 공시하여야 한다.

• ⑴ 의무공시대상
  외부전문가 세무확인대상의 규모기준에 해당하는 공익법인 의무공시대상에 해당한다. 다만, 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업을 영위하는 공익법인은 규모기준에 해당한다 하더라도 의무공시대상에서 제외된다.
• ⑵ 공시대상서류
  • ① 공익법인 결산서류 등의 공시[별지 제31호 서식]
  • ② 재무상태표, 운영성과표
  • ③ 외부회계감사 대상 공익법인의 경우 감사보고서
  • ④ 기부금품의 모집 및 지출 명세서[별지 제31호 서식 부표 1]
  • ⑤ 주식 등의 출연·보유 및 처분 명세서[별지 제31호 서식 부표 2]
  • ⑥ 출연자 및 이사 등 주요 구성원 현황 명세서[별지 제31호 서식 부표 3]
  • ⑦ 외부감사를 받는 공익법인 등의 경우에는 출연받은 재산의 공익목적사용현황 [별지 제31호 서식 부표 4]
  • ⑧ 성실공익법인의 경우 “보유주식에 대한 의결권의 행사 결과”
• ⑶ 미공시할 경우 가산세
  공익법인 등이 결산서류 등을 공시하지 아니하거나 그 공시내용에 오류가 있는 경우에는 해당 공익법인 등에 대하여 국세청장은 1개월 이내의 기간을 정하여 공시하도록 하거나 오류를 시정하도록 요구할 수 있다. 그럼에도 불구하고 공시 또는 시정 요구를 지정된 기한까지 이행하지 아니하는 경우에는 공시하여야 할 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 그 공익법인 등의 자산총액의 1천분의5에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.

기부금영수증을 발급하는 법인은 해당 사업연도의 기부금영수증 총 발급 건수 및 금액 등이 적힌 “기부금영수증 발급명세서”(법칙 별지 제75호의3 서식)를 해당 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내에 관할 세무서장에게 제출하여야 한다(법법 112의2 ③).

• ⑴ 기부금액을 사실과 다르게 기재한 경우 : 기부영수증에 적힌 금액의 100분의2
• ⑵ 기부자 인적사항을 사실과 다르게 기재한 경우 : 기부영수증에 적힌 금액의 100분의2

기부자의 성명, 주소, 주민등록번호 및 기부금액이 포함된 기부자별 발급명세서를 작성하고 5년간 보관하지 아니한 금액의 1천분의2

이상으로 공익법인 등이 결산기를 맞아 국세청에 보고해야 하는 구체적인 보고사항에 대하여 살펴보았다. 그런데, 세법에서는 기부출연금에 대하여 「상속세 및 증여세법」에 따라 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 한 번, 「법인세법」에 따라 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내에 또 한 번, 총 두 번 제출하도록 규정하고 있고, 또한, 기부출연자(법인인 경우 기부액과 상관없이, 개인인 경우 50만원 이상)의 인적사항과 기부출연금에 대한 내용을 「상속세 및 증여세법」에 의한 “출연받은 재산의 사용명세서”와 「법인세법」에 의한 “기부자별 발급명세서”에 각각 작성하도록 하고 있어 과중한 납세협력의무를 부담지우고 있는 실정이라 세법의 개정이 필요하다 하겠다. 한편, 종교단체의 경우에는 외부전문가 세무확인대상과 외부회계감사 대상에서 제외하도록 있어 이에 대한 세법의 개정이 또한 필요하다 하겠다.