사회복지법인의 재산과 회계는 「사회복지법인 및 사회복지시설 재무·회계 규칙」(이하 “재무회계규칙”이라 함)에 따르도록 「사회복지사업법」 제23조 제4항에 규정하고 있다. 따라서 사회복지법인의 재무 및 회계 처리에 관하여 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 규칙이 정하는 바에 따라야 한다. 재무회계규칙은 1988.2.8. 처음 제정된 이후 그동안 22차례에 걸친 개정을 통해 최근 2023.1.1.부터 시행하는 보건복지부령 제928호에 이르렀으며 그 주요 구성은 다음과 같다.

사회복지법인의 회계의 구분과 각 구분회계 단위별 기장방법은 다음과 같다. 「법인세법」에서는 비영리법인의 수익사업 중 사업소득과 채권매매익에 대한 부분은 이중기록 방식의 정규 복식부기에 의해 기장하도록 강제(법법 §112)하고 있고, 또한 「상속세 및 증여세법」에서는 공익법인 등은 출연받은 재산의 보유 및 운용상태와 수익사업의 수입 및 지출내용의 변동을 이중으로 기록하는 복식부기 방식으로 하도록 하고 있다(상증령 §44). 따라서 법인회계와 수익사업회계는 복식부기에 의한 방법으로 장부를 기장해야 할 것으로 사료된다.

사회복지법인 및 시설의 회계연도는 정부의 회계연도에 따라 매년 1월 1일부터 12월 31일로 한다. 수입 및 지출의 발생과 자산 및 부채의 증감·변동에 관하여는 그 ‘원인이 되는 사실’이 발생한 날을 기준으로 하여 연도 소속을 구분한다. 다만, 그 사실이 발생한 날을 정할 수 없는 경우에는 그 사실을 ‘확인한 날을 기준’으로 하여 연도 소속을 구분한다. ‘원인이 되는 사실’이란 원인행위를 말하는데, 주로 지출결정(지출관련 품의 또는 지출결의서 작성)이나, 계약관련 품의가 이미 이루어진 건의 계약체결을 가리킨다. ‘확인한 날을 기준’이란 원인행위가 발생한 날을 확정시키기 곤란한 경우에는, 대금지급의 원인이 되는 행위를 최초로 인식한 날이 속하는 회계연도에 인식하는 것을 말한다. 법인 및 시설의 세입·세출의 출납은 회계연도가 끝나는 12월 31일까지 완결하도록 하고 있어 종전의 출납폐쇄기한을 2월 말까지 하던 것을 회계연도 말까지로 앞당기게 되었다.

사회복지법인의 회계는 예산회계를 근간으로 하고 있다. 따라서 모든 수입을 세입으로, 모든 지출을 세출로 정의하고, 세출예산은 정한 목적 외에 이를 사용하지 못하도록 하고 있다. 한편 세입과 세출은 예산총계주의 원칙에 따라 모두 예산에 계상하도록 하고 있어 순액으로 표시하거나 상계하여 표시하지 않도록 하고 있다. 예산편성은 대표이사가 법인 소재지를 관할하는 시장·군수·구청장이 정한 예산편성지침에 따라 예산을 편성하고 이사회의 의결에 따라 확정되면, 이 확정한 예산을 매 회계연도 개시 5일 전까지 관할 시장·군수·구청장에게 다음의 서류를 제출하여야 한다.

• ① 추가경정예산 법인의 대표이사는 예산이 성립한 후에 생긴 사유로 인하여 이미 성립된 예산에 변경을 가할 필요가 있을 때에는 추가경정예산을 편성하고 이사회 결의를 거쳐 확정한 다음 확정된 날로부터 7일 이내에 이를 시장·군수·구청장에게 제출하여야 한다.
• ② 준예산 회계연도 개시 전까지 법인 및 시설의 예산이 성립되지 아니한 때에는 법인의 대표이사 및 시설의 장은 시장·군수·구청장에게 그 사유를 보고하고 예산이 성립될 때까지 임직원의 보수, 법인운영의 필수적인 경비 또는 법령상 지급의무가 있는 경비는 전년도 예산에 준하여 집행할 수 있도록 하고 있다.
• ③ 예산의 전용 법인의 대표이사 및 시설의 장은 예산총칙에서 전용을 제한하고 있거나 이사회 및 시설 예산심의과정에서 삭감한 관·항·목을 제외하고는 관·항·목 간의 예산을 전용할 수 있다. 다만, 관 간 전용 또는 동일 관 내의 항 간 전용을 하려면 이사회의 의결 또는 시설운영위원회에의 보고를 거쳐야 하되, 법인이 설치·운영하는 시설인 경우에는 시설운영위원회에 보고한 후 법인 이사회의 의결을 거쳐야 한다. 예산전용 후 관할 시장·군수·구청장에게 결산보고서를 제출할 때에 과목 전용조서를 첨부하여야 한다.

사회복지법인의 대표이사는 법인회계와 시설회계의 세입·세출 결산보고서를 작성하여 각각 이사회의 의결 및 시설운영위원회에의 보고를 거친 후 다음 연도 3월 31일까지 시장·군수·구청장에게 제출하여야 하고, 법인 및 시설의 게시판과 인터넷 홈페이지에 20일 이상 공고하여야 한다. 이때 사회복지법인의 결산보고서에 첨부되는 재무제표 및 그 부속명세서는 다음과 같다.

재무회계규칙에서는 장부를 다음과 같이 두도록 하고 있으나, 이는 단식부기에 의한 장부만을 열거하고 있으며 복식부기에 의한 분개장(또는 전표)이 누락되어 있고, 그 보존 연한에 대하여 규정하고 있지 않다. 다만, 「국세기본법」, 「법인세법」, 「부가가치세법」은 5년간 장부와 증빙을 보관하도록 하고(국기법 §85조의 3, 법법 §112, 부법 §71), 상속세 및 증여세법에서는 10년간 보존(상증법 §51)하도록 하고 있다. 재산대장에 기록할 재산은 토지, 건물, 유가증권, 무형고정자산, 기계·기구류, 기채(부채)상황을 말하며, 비품관리대장에 기록할 비품은 품질 및 형상이 변하지 않고 내용연수가 1년 이상 계속적으로 사용할 수 있는 취득단가 10만원 이상 물품을 말하는 것으로, 그 성질이 사용함으로써 소모되거나 파손되기 쉬운 물품과 공작물 기타의 구성부분이 되는 것으로써 내용연수가 1년 미만이거나 취득단가 10만원 미만인 물품인 소모품과 구별되는 것을 말한다. 한편, 물품은 현금 및 유가증권을 제외한 동산을 말하는데, 연 1회 정기적으로 재물조사를 실시하도록 하고, 필요하다고 인정하는 때에는 정기재물조사 외에 수시 재물조사를 실시하도록 하고 있다. 재물조사의 목적은 주로 불용품(사용이 불가능하거나 수리하여 다시 사용할수 없게 된 물품을 말함)을 파악하여 이를 매각하고 매각대금을 세입에 편입시키는 데 있다 하겠다.

재무회계규칙에서 계약에 관한 사항을 규정하고 있으며, 「지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」(이하 “지방계약법”이라 함), 같은 법 시행령 및 같은 법 시행규칙을 준용하도록 규정하고 있다. 이에 따라 동 법률규정에서 위임된 사항을 정한 「지방자치단체 입찰 및 계약 집행기준」에서 규정하고 있는 수의계약(隨意契約) 운영요령에서 정한 유형별 구분은 다음과 같다. 지정정보처리장치는 행정안전부장관이 지정·고시한 국가종합조달시스템(www.g2b.go.kr), 교육기관전자조달시스템(www.s2b.kr), 단체급식식재료 전자조달시스템(www.eat.co.kr), 전자자산처분시스템(www.onbid.co.kr)을 말한다. 계약담당자는 금액 기준으로 2인 이상 견적서 제출 대상 이상의 계약을 하고자 할 때에는 입찰에 의한 방법으로 계약자를 선정해야 한다. 즉, 종합공사의 경우 예정가격이 2억원을 초과할 경우, 용역·물품의 구매 예정가액이 5천만원을 초과할 경우에는 입찰의 방법에 의하여야 한다. 금액기준에 따라 2인 이상 견적서 제출 대상 수의계약의 경우에는 예정가격 이하로서 예정가격 대비 견적가격을 공사는 87.745%, 용역·물품은 88%(추정가격 2천만원 이하인 용역·물품은 90%) 이상으로 제출한 자(다만, 「출판문화산업 진흥법」 제22조에 해당하는 간행물을 구매하는 경우에는 예정가격 대비 견적가격을 90% 이상으로 제출한 자) 중 최저가격을 제출한 자부터 순서대로 배제사유에 해당하지 아니한 자를 계약상대자로 결정한다. 금액기준에 따른 1인 견적서 제출 가능한 수의계약의 경우에는 당해 1인으로부터 제출된 견적가격이 거래실례가격, 통계작성 승인을 받은 기관이 조사·공표한 가격, 감정가격, 유사거래 실례가격 등과 비교 검토하여 가장 경제적인 가격으로 최종 계약금액을 결정한다.

사회복지법인은 후원금에 대하여 그 수입·지출 내용과 관리에 명확성과 투명성이 확보될 수 있도록 다음 사항을 준수해야 한다.

「사회복지사업법」에 의하여 설립된 사회복지법인은 「상속세 및 증여세법」상 공익법인에 해당하며 출연받은 재산에 대하여 과세가액불산입되어 상속세나 증여세를 면제받을 수 있으나 동법에 의한 각종 의무사항을 지켜야 한다.

「사회복지사업법」에 의하여 설립한 사회복지법인이 출연받은 현금으로 고용인이 거주할 아파트를 임차한 경우 당해 출연재산은 출연목적 외에 사용한 것으로 본다(재삼46014-702, 1995.3.21.). 또한, 사회복지법인이 출연받은 재산으로 특정 내국법인 발행주식의 100%를 매수하는 경우는 출연받은 자가 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다(재삼46014-3010, 1994.11.24.).

사회복지법인이 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용하는 것이란 정관상 고유목적사업에 사용하는 것을 말하며, 직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함하는바, 현금을 출연받아 금융기관에 예금하여 수입하는 이자(배당)소득으로 해당 공익법인의 정관상 고유목적사업의 수행에 직접 사용하는 경우에는 그 현금은 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 본다(재산세과-429, 2012.11.30.). 또한, 사회복지법인의 잔여재산을 당해 공익법인 등과 동일하거나 유사한 공익법인 등에 귀속시킨 때에는 그 잔여재산에 대하여 증여세가 과세되지 아니하는 것이며, 그 잔여재산은 그 유사한 공익법인에의 새로운 출연재산이 된다(재산상속46014-2156, 1999.12.27.).

「사회복지사업법」에 의하여 설립된 사회복지법인은 법인세법상 비영리법인에 해당하며 「법인세법」 제4조 제3항과 같은 법 시행령 제3조에서 한정적으로 열거한 수익사업에서 소득이 발생할 경우에는 법인세 납세의무가 있다.

「사회복지사업법」에 의한 사회복지사업을 영위하는 비영리 내국법인이 요양보호사교육기관을 운영하면서 수강생들에게 받는 수강료는 수익사업에서 생기는 소득에 해당하여 법인세가 과세된다(법인세과-406, 2009.4.8.). 또한, 비영리내국법인이 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용하지 않는 경우에는 당해 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 수익사업에 해당되어 법인세 과세대상이며, 매각 대상 임야가 비사업용 토지에 해당되는 경우에는 토지 등의 양도소득에 대하여는 추가로 법인세를 납부하여야 한다(법인세과-3108, 2008.10.27.). 반면, 「사회복지사업법」에 의하여 설립된 사회복지법인이 「노인복지법」 제32조 제1항 제3호에서 규정하는 유료양로시설을 설치하고 노인을 입소시켜 급식 기타 일상생활에 필요한 편의를 제공하고 이에 소요되는 비용을 입소자로부터 수납하는 경우에는 「법인세법 시행령」 제3조 제1항 제4호의 규정에 의하여 법인세가 과세되지 아니하는 것이나, 별도의 부대시설 등을 운영함으로 인하여 생기는 소득에 대하여는 법인세가 과세된다(서면2팀-931, 2004.05.03.). 한편, 사회복지법인이 영위하는 의료업이 「사회복지사업법」에 의한 사회복지사업에 해당하지 아니하는 경우 ‘비영리법인의 비수익사업’에 해당하지 아니하여 법인세가 과세된다(서면2팀-1651, 2004.8.9.). 또한, 사회복지법인이 운영하는 재활병원의 일반인에 대한 의료수입과 체육관시설을 일반인에게 이용하게 하고 받는 수입은 수익사업에서 발생한 소득에 해당하여 법인세 납세의무가 있다(법인46012-2403, 1997.09.12.).

「사회복지사업법」에 의해 설립된 사회복지법인에 「법인세법 시행령」 제39조 제3항에서 규정하는 고유목적사업비로 업무와 관련없이 무상으로 지출한 기부금은 기부금특별공제 대상이나, 사회복지법인의 회비, 임원회비, 찬조금이 이에 해당하는지 여부는 사회복지법인의 정관, 구체적인 사업활동 등을 고려하여 판단할 사항이다(서면1팀-775, 2004.06.08.). 한편, 사회복지법인이 아닌 단체가 운영하는 아동복지시설은 지정기부금 단체에 해당되지 아니한다(서면2팀-751, 2006.05.04.). 여기서 「사회복지사업법」에 의한 사회복지법인에 해당 여부는 보건사회부장관으로부터 사회복지법인인가를 받아 설립되었는지 여부에 따라 판단한다(서면2팀-878, 2006.05.18.).

「사회복지사업법」에 의하여 설립된 사회복지법인이 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역에 대하여는 부가가치세가 면세된다. 또한 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록되거나 신고된 비영리단체가 제공하는 교육용역에 대하여는 부가가치세가 면세된다.

주무관청의 허가를 받아 설립된 사회복지법인이 장애인직업재활시설로 주무관청에 신고된 장애인보호사업장을 운영하면서 직업재활훈련프로그램의 일환으로 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 실비로 받는 경우에는 부가가치세가 면제된다(법령해석과-2138, 2015.08.31.). 또한 사회복지법인이 노인전문병원에 간병용역을 제공하는 그 대가를 실비로 지급받는 경우에도 부가가치세가 면제된다(부가가치세과-125, 2014.02.17.). 사회복지법인 ○○재활센타가 장애인의 복지를 위한 재활치료 등 그 고유의 사업목적을 위하여 사회복지시설인 수영장을 장애인과 일반인에게 이용하게 하고 실비 또는 무상으로 그 대가를 받는 경우에는 부가가치세가 면제된다. 다만, 이 경우 일반인으로부터 받는 대가가 실비인지의 여부는 당해 사회복지시설의 운영실태 등을 종합하여 판단하여야 한다(부가46015-1786, 2000.07.26.).

주무관청에 등록된 종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역은 부가가치세가 면제되는 것이며, 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다(부가46015-2542, 1994.12.15.).

「사회복지사업법」에 의하여 설립된 사회복지법인이 해당사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세를 2025.12.31.까지 면제(지방세 감면특례의 제한으로 85%까지만 면제됨)하고, 다음에 해당하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다(지특법 §22 ①).

과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(건축물의 부속토지 포함)에 대해서는 재산세(재산세 도시지역분 포함) 및 지역자원시설세를 각각 2025.12.31.까지 감면(지방세 감면특례의 제한으로 85%까지만 면제됨)한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다(지특 §22 ③).

설립등기 및 합병등기에 대한 등록면허세와 같은 법에 따른 사회복지시설을 경영하는 자에 대하여 해당 사회복지시설 사업장에 과세되는 주민세 사업소분을 각각 2025.12.31.까지 면제한다(지특 §22 ⑦). 사회복지법인 등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대해서는 등록면허세를, 사회복지법인 등에 대해서는 주민세 사업소분 및 종업원분을 각각 2025.12.31.까지 면제한다(지특 §22 ⑤).

「사회복지사업법」에 따라 설립된 사회복지법인이 의료기관을 경영하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대해서는 상기 1)부터 3)까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호에 따라 취득세와 재산세를 각각 경감한다(지특 §22 ⑧).