「사립학교법」 및 「사학기관 재무회계규칙」에서 정한 재무회계의 주요한 기본 원칙은 다음과 같다.

예산에는 본예산, 준예산, 추가경정예산이 있으며 준예산은 본예산이 회계연도 개시 전까지 확정되지 아니하는 때에는 관할청에 그 사유를 보고하고 예산이 성립되는 때까지 교직원의 보수나 법률상 지급의무가 있는 경비 등을 전년도 예산에 준하여 집행하는 것을 말한다. 추가경정예산은 이미 성립된 예산에 변경을 가할 필요가 있을 때 편성하는 예산을 말하는 것으로 추가경정예산이 성립된 날로부터 15일 이내에 보고해야 한다. 예산을 집행하는 데 있어 다음과 같은 예산집행기준을 재무회계규칙에 정하고 있다.

사학기관의 수입과 지출의 업무는 각각 수입원과 지출원을 두어 업무를 분장해야 한다. 다만, 학교의 규모에 따라서 수입원과 지출원을 동일인으로 할 수 있다. 모든 수입금의 수납은 이를 금융회사에서 취급하게 하는 경우를 제외하고는 수입원이 아니면 수납하지 못한다. 수입원이 현금으로 수납한 수납금은 수납한 날에 금융회사에 예입하여야 한다. 지출은 금융회사의 수표로 하는 방법, 금융회사의 예금계좌에 입금하는 방법 또는 전산망을 통한 자금 이체의 방법으로 할 수 있으나, 상용의 소액지출을 위하여 100만원 이하의 소액현금을 보관하여 사용할 수 있다. 지출할 때 선금급을 할 수 있는 경비는 그 성질상 선금급을 하지 아니하면 사무 또는 사업에 지장을 초래할 우려가 있는 경비로서 사례금, 부담금, 보조금, 시험, 연구 또는 조사의 수임인에 대하여 지급하는 경비, 정기간행물의 대가, 외국에서 직접 구입하는 물품의 구입비, 외국에서 연구 또는 조사에 종사하는 자에 대하여 지급하는 급여 그리고 소속 직원 중 특별한 사정이 있는 자에 대한 급여의 일부분으로 할 수 있다. 또한 여비나 업무추진비, 소송비용, 국가 또는 지방자치단체의 기관 기타 공공단체에 대하여 지급하는 경비, 각종 부담금이나 보조금 등은 개산급으로 선지출하고 후정산할 수 있다. 한편 「사립학교법 시행령」 제13조에는 교비회계의 세입과 세출은 다음의 수입과 지출로 하도록 규정하고 있다.

사학기관은 노후교실의 개축·증축 등을 위한 건축적립금 기타 관할청이 특히 필요하다고 인정하는 적립금을 수익용 기본재산에서 발생한 수익금 중 사용하고 남은 잉여금을 재원으로 적립할 수 있다. 이 경우 적립금의 적립 및 사용계획을 사전에 관할청에 보고하여야 한다. 적립금은 그 상당액을 기금으로 예치하여 관리하여야 한다. 다만, 대학교육기관에서는 적립금의 2분의 1 한도에서 채무증권, 지분증권, 수익증권, 투자계약증권, 파생결합증권, 증권예탁증권 등을 취득할 수 있다. 학교법인 적립금이 목표에 달한 때에는 적립목적과 사립학교법 및 회계 관계 규정을 준수하여 적립금 처분허가를 득한 후 사용하여야 하고, 당해 결산서에 포함하여 사용결과를 보고하여야 한다.

사학기관이 물품을 구매하거나 용역을 제공받을 경우 수의계약이나 지명경쟁 또는 일반경쟁의 방법으로 계약을 체결할 수 있는데, 그 구체적인 기준은 다음과 같이 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」(이하 “국가계약법 시행령”이라 함)을 따르도록 규정하고 있다(재무회계규칙 §35). 사학기관이 3천만원을 초과하는 계약을 체결할 경우에는 계약서를 반드시 작성해야 하며, 계약상대자의 계약이행을 확인하기 위하여 계약서·설계서 기타 관계서류에 의하여 이를 검사하거나 소속직원 또는 전문기관으로 하여금 필요한 검사를 하게하고 검사조서를 작성하여야 한다. 경쟁입찰의 방법으로 계약자를 선정하는 경우 입찰참가자로 하여금 입찰보증금을 납부하게 하여야 하고, 계약을 체결할 경우에는 계약보증금을 수납해야 한다. 또한 공사계약의 경우에는 계약이행보증을 하게 하여야 한다. 입찰보증금, 계약보증금, 계약이행의 보증 등의 방법과 금액, 수납방법 등에 관하여는 국가계약법에 따르도록 하고 있다.

사학기관의 재산은 기본재산과 보통재산으로 구분하고 기본재산은 교육용 기본재산과 수익용 기본재산으로(사립학교법 시행령 §4), 보통재산은 법인용과 학교용으로 각각 구분하며, 법인의 재산 관리책임은 이사장이 지고, 학교에 속하는 교육용 기본재산과 학교용 보통재산의 운용책임은 학교의 장이 지도록 하고 있다. 법인이 재산을 취득한 때에는 그 법인의 이사장은 지체 없이 등기·등록 기타 권리확보에 필요한 절차를 이행하고 관할청에 증자보고를 하여야 하며, 재산을 처분한 때에는 관할청의 허가를 받아야 하고, 처분대금을 모두 수납하지 아니하고는 당해 재산의 소유권을 이전하지 못하도록 하고 있다.

사학기관의 물품은 현금·유가증권 및 부동산 이외의 것으로서 품질·형상의 변동 없이 비교적 장기간 사용할 수 있는 비품과 사용함으로써 소모되거나 파손되기 쉬운 물품과 공작물 기타 물품의 구성부분으로서 소모되거나 파손되기 쉬운 소모품으로 구분한다. 물품관리자는 2년마다 정기적으로 학년도 말을 기준으로 재물조사를 실시하여야 하고, 사용이 불능하거나 수리하여 다시 사용할 수 없게 된 물품에 대한 불용결정을 한 다음 당해 불용품을 매각하고 그 대금을 당해법인 또는 학교의 세입예산에 편입시켜야 한다.

학교법인의 이사장과 학교의 장은 재무회계규칙에 정한 장부와 증빙서류 등을 5년간 보존해야 한다. 다만, 장부 및 서류의 내용을 전산화하여 디스켓 또는 자기테이프 등과 함께 보존하는 경우에는 따로 장부 및 서류를 작성·비치하지 아니할 수 있다. 한편, 예산서와 결산서에 첨부할 서류의 목록은 다음과 같다.

상속재산 중 공익법인이 상속인이나 피상속인으로부터 출연받은 재산가액 또는 출연자로부터 공익법인이 무상으로 출연받은 재산의 가액은 상속세 또는 증여세 과세가액에 불산입하여 상속세 및 증여세 납세의무가 없다. 즉, 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교, 「유아교육법」에 따른 유치원을 설립·경영하는 사업은 공익법인에 해당한다. 따라서 학교법인이나 학교가 출연받은 재산가액에 대하여 상속세 및 증여세 납세의무가 없으나, 동 세법에서 정한 각종 납세 의무사항과 조세 협력의무를 이행해야 한다.

교육감은 일정 기준 이상의 요건을 갖춘 평생교육시설에 대하여는 이를 고등학교졸업 이하의 학력이 인정되는 시설로 지정할 수 있다(평생교육법 §31 ②). 이를 학교형태의 평생교육시설이라 한다. 개인이 「평생교육법」 제31조 제2항에 따라 설립한 학교형태의 학력인정 평생교육시설은 「상속세 및 증여세법」 제48조 및 같은 법 시행령 제12조 제2호의 규정에 따라 「초·중등교육법」에 의한 학교를 설립·경영하는 공익법인 등에 해당하지 아니하는 것으로 규정(서면법령재산-21431, 2015.04.10.)하고 있지만, 「평생교육법」 제31조 제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조 제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설은 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 제9호의 규정에 따라 공익법인 등에 해당하는 것으로 보고 있다(재산세과－439, 2010.06.25.).

「유아교육법」에 따른 유치원을 설립·경영하는 자는 공익법인 등에 해당하며, 그 공익법인 등이 출연받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하는 경우 증여세가 과세되지 아니하는 것이나, 유치원으로 사용되는 토지·건물이 개인 명의로 등기된 경우에는 공익법인 등에 출연한 재산으로 볼 수 없는 것으로 공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 규정을 적용하지 않는다(상속증여세과－457, 2013.08.08.). 또한, 「초·중등교육법」 제60조의 2에 따른 외국인학교를 설립·경영하는 공익법인 등이 출연받은 재산을 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하는 경우 그 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니하는 것이나, 개인 명의로 등기된 재산은 공익법인 등이 출연받은 재산에 해당하지 않는다(상속증여세과－176, 2013.06.04.).

학교법인이 해산하면서 잔여재산을 잔여재산처분계획서에서 정한 자에게 환원하는 경우 당해 학교법인에 대하여는 증여세를 추징하지 아니하나 환원받는 자에 대하여는 증여세가 부과된다(재산세과－293, 2011.06.17.). 이 경우 증여재산은 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가하는 것이며, 또한, 그 이전받은 재산을 국가 등에 양도하는 경우 양도소득세가 과세된다(서일46014－11739, 2003.12.02.).

교육서비스업 중 「유아교육법」에 따른 유치원, 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」에 따른 외국교육기관(정관 등에 따라 잉여금을 국외 본교로 송금할 수 있거나 실제로 송금하는 경우는 제외)과 「평생교육법」 제31조 제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조 제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설을 경영하는 사업은 「법인세법」에서 규정하는 수익사업 중 사업소득의 범위에서 제외된다(법령 §3 ① 3호). 따라서 사학기관에서 제공하는 고유목적 사업인 교육과정 서비스를 제공하고 수납하는 등록금 및 수강료 수입 등에 대하여는 법인세 납세의무가 없으나 대지료, 대가료 등 기본재산수입에 대하여는 부동산임대업에 속하므로 법인세 납세의무가 발생하는 것으로 보아야 한다. 한편, “「평생교육법」에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 경영하는 사업”이란 같은 법에 의한 교육과정에 따라 실시하는 교육서비스업을 말하는 것으로 「평생교육법」에 의한 학교부설 평생교육기관인 전산정보교육원 등의 운영과 관련된 교육서비스업은 이에 해당되지 아니한다(법통 4－3－6). 「사립학교법」 및 「고등학교 이하 각급 학교 설립·운영 규정」 또는 「대학설립·운영 규정」에서 규정한 수익사업회계는 수익용기본재산에서 발생하는 수입만을 규정하고 있지만, 「법인세법」에서는 이자소득과 배당소득, 고정자산처분이익 등 일시적·우발적 소득에 대해서도 과세소득에 포함하는 수익사업의 범위에 속한다. 따라서 이들 소득에 대해서도 법인세 납세의무가 있다. 다만, 사립학교의 경우 수익사업에서 발생한 소득 100%에 대하여 고유목적사업준비금을 결산조정 또는 신고조정에 의하여 손금에 산입할 수 있어 법인세 부담은 면제된다(조특법 §74). 한편, 대학교육기관에게는 학교법인이 수익용 기본재산을 양도하고 양도일부터 1년 이내에 다른 수익용 기본재산을 취득하는 경우 당해 수익용 기본재산 양도로 인하여 발생한 양도차익에 대한 법인세는 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도까지 과세이연된다(조특법 §104의 16).

「사립학교법」에 의하여 설립된 학교법인이 수익사업에 대한 각 사업연도 소득금액계산시 「법인세법」 제29조의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 비영리사업회계(교비회계)에 전출하는 경우에는 전출시점에서 고유목적사업에 사용한 것으로 본다(법인세과－616, 2011.08.25.). 다만, 학교법인이 수익사업회계에 속하던 자산을 비영리사업회계로 전출할 당시부터 자산을 수익사업에 사용할 목적이었고, 그 후 실제 자산을 수익사업에 사용한 경우에는 「법인세법」 제29조의 입법취지에 비추어 볼 때 수익사업회계에 속하던 자산을 비영리사업회계로 전출하였다는 이유만으로는 이를 손금에 산입할 수 없다(대법원2012두690, 2013.03.28.).

고등학교 이하 각급 학교 교원이 받는 연구비와 대학교의 교수나 연구원이 받는 연구비 등에 대하여 이를 근로소득으로 볼지 아니면 사업소득이나 기타소득으로 볼지 여부에 대하여 그 소득의 구분을 명확히 하고 원천징수해야 한다. 이에 대하여 「소득세법」에서 규정하고 있는 내용을 살펴보면 다음과 같다. 근로소득 중 「유아교육법」, 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교 및 이에 준하는 학교(특별법에 따른 교육기관 포함)의 교원이 받는 연구보조비 또는 연구활동비 중 월 20만원 이내의 금액은 실비변상적 급여로 비과세된다(소령 §12 12호). 다만, 학교 교원이 아닌 사무직원에게 지급하는 연구보조비(유사금액)는 비과세에 해당하지 않으며, 「초·중등교육법」에 따른 교육기관이 학생들로부터 받은 방과 후 학교 수업료를 교원에게 수업시간당 일정금액으로 지급하는 금액은 비과세대상 연구보조비에 해당하지 않는다(소득 집행기준 12－12－7). 사업소득 중 계약 등에 따라 그 대가를 받고 연구 또는 개발용역을 제공하는 것을 제외한 연구개발업은 소득세가 과세되지 않는다(소법 §19 ① 13호, 소령 §33). 따라서, 교수·기타 전문지식인 등(이하 “교수 등”이라 함)이 독립된 자격으로 자기책임 하에 학술연구용역 및 기술연구용역을 제공하고 지급받는 연구비에 대하여는 영 제33조의 규정에 의하여 소득세가 과세되지 아니하지만, 계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구개발용역을 제공하는 경우에는 사업소득에 해당한다 할 수 있다. 한편, 교수 등이 독립된 자격으로 자기의 책임하에 연구용역을 제공하지 아니하고 타인의 연구사업 수행을 보조하고 월정액의 급여 또는 수당을 받는 경우에는 영 제33조에 규정하는 연구개발업에 해당하지 아니하므로(소법 기본통칙 19－33－1) 근로소득이나 기타소득으로 보아야 하는데 대학이 자체 연구관리비 규정에 따라 대학에서 연구비를 관리하는 경우에 교수가 제공하는 연구용역은 기타소득 중 인적용역에 해당한다고 할 수 있다(소령 §41 ⑬). 즉, 대학이 연구주체가 되어 연구개발용역을 위탁받아 연구비를 직접 관리(중앙관리)하는 경우, 고용관계에 따른 근로제공과 관련없이 교수가 연구활동의 대가로 지급받는 금액은 기타소득에 해당하는 것이며, 연구목적으로 고용된 연구원 등이 고용관계에 따른 근로제공과 관련하여 연구용역을 제공하고 지급받는 대가는 근로소득에 해당하는 것이다(서면1팀－9, 2007.01.04.). 한편, 대학병원이 연구주체가 되어 연구개발용역을 위탁받아 연구비를 직접관리(중앙관리)하는 경우, 연구주체와의 고용관계에 따라 근로를 제공하고 지급받는 대가는 근로소득에 해당하며 근로제공과 관련없이 교수가 연구활동의 대가로 지급받는 금액은 기타소득에 해당하는 것이다(원천세과－316, 2010.04.15.).

고용관계 없이 다수인에게 강연을 하고 강연료 등의 대가를 받는 용역은 필요경비가 60% 인정되는 인적용역의 기타소득(소법 §21 ① 19호 가목)에 해당하며, 이 경우 기타소득금액이 건별로 5만원 이하일 경우 과세최저한(소법 §84)으로 소득세를 과세하지 않는다. 기타소득의 과세최저한은 당해 강의료의 발생근거 및 지급하는 개별적인 사유별로 판단하는 것으로서, 동일한 교육과정에 대해 각기 다른 날짜에 강의하고 매달의 강의료를 한꺼번에 지급하는 경우 동일교육과정 전체를 1건으로 보고 과세최저한 적용여부를 판단하여야 한다. 학교강사로 고용되어 지급받는 강사료 등은 그 지급방법이나 명칭여하를 불구하고 「소득세법」 제20조의 규정에 의하여 근로소득에 해당하는 것이고, 일시적으로 강의를 하고 지급받는 강사료 등은 기타소득에 해당하는 것인데, 고용관계가 있는지 여부의 판단은 근로제공자가 업무 내지 작업에 대한 거부를 할 수 있는지, 시간적·장소적인 제약을 받는지, 업무수행 과정에 있어서 구체적인 지시를 받는지, 복무규정의 준수의무 등을 종합적으로 판단해야 한다. 한편, 학교 등과의 근로계약에 의하여 정기적으로 일정한 과목을 부담하고 강의를 한 시간 또는 날에 따라 강사료를 지급받는 경우에는 동일한 학교에서 3월 이상 계속하여 강사료를 지급받는 경우에 한하여 일반급여자의 근로소득으로 보고, 3개월 미만 계속 강의한 경우에는 강의자의 성격에 따라 기타소득이나 사업소득으로 소득구분을 해야 한다(소법 기본통칙 20－0－2).

계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것은 「부가가치세법」상 과세되는 용역의 공급에 해당한다. 다만, 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록되거나 신고된 학교에 제공하는 교육용역은 부가가치세가 면제되며, 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각호의 어느 하나에 규정하는 사업을 하는 공익법인의 경우 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역에 대하여도 부가가치세가 면세된다(부령 §36·§45). 그런데, 주무관청에 등록된 공익법인의 경우에도 소유부동산의 임대 및 관리사업과 같이 계속적으로 운영·관리하는 수익사업과 관련하여 공급하는 재화 또는 용역에 대하여는 면세하지 아니한다. 따라서 학교시설을 직접 임대하여 관리를 하든, 위탁의 방법으로 위탁 운영하여 임대하는 경우든 모두 부가가치세 납세의무가 발생한다 하겠다. 다만, 학교운동장이나 강의실 또는 체육관 등을 일반인에게 일시적으로 임대하고 전기료·난방비·청소경비 등 실비를 수납하는 경우에는 부가가치세가 면세된다고 보아야 한다. 「초·중등교육법」 제2조 및 「고등교육법」 제2조에 따른 학교의 경영자가 학생의 복리후생을 목적으로 학교 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하는 음식용역(식사류로 한정함)과 「학교급식법」 제4조 각 호의 어느 하나에 해당하는 학교의 장의 위탁을 받은 학교급식공급업자가 같은 법 제15조에 따른 위탁급식의 방법으로 해당 학교에 직접 공급하는 음식용역은 2023년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서는 부가가치세를 면제한다(조특법 §106 ① 2호).

교육부장관의 추천이나 교육부장관이 지정하는 자의 추천을 받은 자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호의 방식을 준용하여 건설한 학교시설(「대학설립·운영 규정」 제4조 제1항에 따른 별표 2 교사시설 중 교육기본시설, 지원시설, 연구시설을 말함)에 대하여는 학교가 제공하는 시설관리운영권 및 그 추천을 받은 자가 그 학교시설을 이용하여 제공하는 용역에 대하여 2014년 12월 31일까지 실시협약을 체결한 것에 대하여는 부가가치세가 면세된다(조특법 §106 ① 8호). 교육인적자원부장관의 추천을 받은 사업자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호의 방식을 준용하여 국내 소재 대학교의 기숙사를 건축하여 그 소유권을 당해 대학교에 귀속시키고 그 대가로 일정기간 동안 당해 건물에 대한 시설관리운영권을 취득하는 경우 당해 건물의 소유권 이전(재화공급)과 당해 학교시설(기숙사)을 이용하여 제공하는 용역에 대하여는 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제8호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이다(서면3팀－1440, 2006.07.13.). 사업자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호 이외의 방식으로 국내 소재 대학교의 기숙사를 건축하여 소유권을 이전하는 경우에 있어 당해 소유권 이전은 재화의 공급으로서 과세되며, 학교가 사업자에 부여하는 시설 관리운영권은 용역의 공급(부동산임대)에 해당되어 과세되는 것이다(서면3팀－2364, 2007.08.23.).

「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(지방세특례제한법 제42조 제1항에 따른 BOT, BTO, BTL방식의 기숙사 제외)에 대해서는 취득세와 재산세 및 지역자원시설세를 2024년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징하고(지특법 §41), 재산세와 지역자원시설세의 경우에는 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.

「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교가 BOT, BTO, BTL 등의 방식으로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 해당 용도로 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액 포함) 및 「지방세법」 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를, 해당 학교에 대해서는 주민세 재산분을 각각 2024년 12월 31일까지 면제(취득세와 재산세는 감면 최저한 규정 때문에 85% 면제)한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다(지특법 §42 ①). 「교육기본법」 제11조에 따른 학교를 설치·경영하는 자가 학생들의 실험·실습용으로 사용하기 위하여 취득하는 차량·기계장비·항공기·입목(立木) 및 선박에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 학생들의 실험·실습용으로 사용하는 항공기와 선박에 대해서는 재산세를 각각 2024.12.31.까지 면제(취득세와 재산세는 감면 최저한 규정 때문에 2019.1.1.부터 85% 면제)한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 면제된 취득세를 추징한다(지특법 §42 ②).

「고등교육법」 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2024년 12월 31일까지 취득세의 100분의 30(감염병전문병원의 경우에는 100분의 40)을 경감하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 재산세의 100분의 50(감염병전문병원의 경우에는 100분의 60)를 경감한다(지특법 §41 ⑦).