사회복지법인의 시설회계는 단식부기에 의한다.

시설장은 예산을 편성하여 운영위원회에 보고를 거쳐 확정한다. 다만, 법인이 설치·운영하는 법인시설의 경우에는 시설운영위원회에 보고한 후 법인 이사회의 의결을 거쳐 예산을 확정한다. 확정한 예산은 매 회계연도 개시 5일 전까지 관할 시장·군수·구청장에게 제출한다. 시설회계의 결산은 세입·세출 결산보고서를 작성하여 시설운영위원회에의 보고를 거친 후 다음 연도 3월 31일까지 시장·군수·구청장에게 제출한다. 다만, 법인시설인 경우에는 시설운영위원회에 보고한 후 법인 이사회의 의결을 거쳐 제출하여야 한다. 시설장은 당해 시설의 게시판과 인터넷 홈페이지에 20일 이상 세입·세출결산서를 공고하여야 한다.

「사회복지사업법」에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업의 경우에는 공익법인의 범위에 속한다. 따라서 법인시설은 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조에서 규정한 공익법인에 속한다. 다만, 미신고시설이나 「사회복지사업법」의 규정에 의해 설립된 사회복지법인이 운영하는 시설이 아닌 경우에는 상속세 및 증여세 납세의무가 발생하는 것으로 보아야 한다. 다만, 공익법인법의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 경우에는 공익법인에 해당한다 할 수 있다. 또한 「민법」상 비영리법인 또는 사회적협동조합이 운영하는 경우에는 「법인세법 시행령」 제39조 제1항 제1호 바목의 각 요건을 모두 충족하면 공익법인에 해당하므로 이 경우 상속세 및 증여세 납부의무는 없다.

법인으로 보는 법인격 없는 단체가 운영하는 사회복지시설의 경우에도 「법인세법」 상 비영리법인에 속한다. 따라서 「법인세법」 제4조 제3항과 같은 법 시행령 제3조에서 한정적으로 열거한 수익사업에서 소득이 발생할 경우에는 법인세 납세의무가 있다. 다만, 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업은 법인세를 부과하는 사업소득의 범위에서 제외된다(법령 §3 ① 4호).

• 가. 「사회복지사업법」 제34조에 따른 사회복지시설 중 사회복지관, 부랑인·노숙인 시설 및 결핵·한센인 시설
• 나. 「국민기초생활보장법」 제15조의 2 제1항 및 제16조 제1항에 따른 중앙자활센터 및 지역자활센터
• 다. 「아동복지법」 제52조 제1항에 따른 아동복지시설
• 라. 「노인복지법」 제31조에 따른 노인복지시설(노인전문병원 제외)
• 마. 「노인장기요양보험법」 제2조 제4호에 따른 장기요양기관
• 바. 「장애인복지법」 제58조 제1항에 따른 장애인복지시설
• 사. 「한부모가족지원법」 제19조 제1항에 따른 한부모가족복지시설
• 아. 「영유아보육법」 제10조에 따른 어린이집
• 자. 「성매매방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제6조 제2항 및 제10조 제2항에 따른 지원시설 및 성매매피해상담소
• 차. 「정신건강증진 및 정신질환자 복지서비스 지원에 관한 법률」 제3조 제6호 및 제7호에 따른 정신요양시설 및 정신재활시설
• 카. 「성폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제10조 제2항 및 제12조 제2항에 따른 성폭력피해상담소 및 성폭력피해자보호시설
• 타. 「입양특례법」 제20조 제1항에 따른 입양기관
• 파. 「가정폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제5조 제2항 및 제7조 제2항에 따른 가정폭력 관련 상담소 및 보호시설
• 하. 「다문화가족지원법」 제12조 제1항에 따른 다문화가족지원센터
• 거. 「건강가정기본법」 제35조 제1항에 따른 건강가정지원센터

주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 비영리법인의 사업으로서 종교, 자선, 학술, 구호, 사회복지, 교육, 문화, 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역에 대하여는 부가가치세가 면세된다(부령 §45 1호). 따라서 미신고 또는 미인가 시설은 부가가치세가 과세되는 것으로 보아야 한다. 즉, 주무관청의 허가 또는 인가를 받지 아니하거나 등록되지 아니한 단체가 제공하는 용역은 부가가치세가 과세된다(서면3팀-19, 2008.1.3.). 반면에 주무관청의 허가·신고된 장애인보호사업장을 운영하면서 직업재활훈련프로그램의 일환으로 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 실비로 받는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것이다(부가가치세과-1956, 2015.11.18.).

「아동복지법」 제52조 제1항 제8호에 따른 지역아동센터를 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 지역아동센터로 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함)를 각각 2023.12.31.까지 면제한다(지특법 §19의 2). 여기서 지역아동센터는 지역사회 아동의 보호·교육, 건전한 놀이와 오락의 제공, 보호자와 지역사회의 연계 등 아동의 건전육성을 위하여 종합적인 아동복지서비스를 제공하는 시설을 말한다. 아동복지시설의 종류는 지역아동센터 외에도 아동보육시설, 아동일시보호시설, 아동보호치료시설, 공동생활가정, 자립지원시설, 아동상담소, 아동전용시설, 아동보호전문기관, 가정위탁지원센터 등이 있는데 동 복지시설은 감면대상이 아니다.

「노인복지법」 제31조에 따른 노인복지시설을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2023.12.31.까지 감면한다(지특법 §20).

• ① 다음의 무료 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 노인복지시설에 직접 사용(종교단체의 경우 해당 부동산의 소유자가 아닌 그 대표자 또는 종교법인이 해당 부동산을 노인복지시설로 사용하는 경우 포함. 이하 같음)하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 노인의 여가선용을 위하여 과세기준일 현재 경로당으로 사용하는 부동산(부대시설 포함)에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액 포함) 및 같은 법 제146조 제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다.
  「노인복지법」 제31조에 따른 노인여가복지시설·노인보호전문기관·노인일자리지원기관·노인주거복지시설·노인의료복지시설 또는 재가노인복지시설로서 다음 중 어느 하나에 해당하는 시설을 말한다.

  • 1. 입소자의 입소비용(이용비용 포함)을 국가 또는 지방자치단체가 전액 부담하는 시설
  • 2. 노인복지시설 이용자 중 「노인장기요양보험법」에 따른 재가급여 또는 시설급여를 지급받는 사람과 「국민기초생활 보장법」 제7조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 급여를 지급받는 사람이 연평균 입소 인원의 100분의 80 이상인 시설로서 행정안전부령으로 정하는 기준에 적합한 시설
• ② 위 ‘①’ 외의 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 경감하고, 과세기준일 현재 제1호 외의 노인복지시설에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 경감한다.

• (1) 취득세 감면 「사회복지사업법」에 따른 사회복지시설을 설치·운영하는 다음의 법인 또는 단체가 해당 사회복지사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2025년 12월 31일까지 취득세의 100분의 25를 경감한다. 다만, 사회복지시설의 입소자 및 이용자가 입소 및 이용에 대한 비용을 부담하지 아니하는 사회복지시설의 경우에는 취득세를 면제한다(지특 §22 ① 2호).
  • ① 「민법」 제32조에 따라 설립된 비영리법인
  • ② 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 단체 가. 단체의 조직과 운영에 관한 일반 규정(規程)이 있을 것 나. 단체의 대표자나 관리인이 있을 것 다. 단체 자신의 명의와 계산으로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리하고 있을 것 라. 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 않을 것
  다만, 취득세를 감면받은 법인 또는 단체가 다음의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
  • ① 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우
  • ② 정당한 사유 없이 부동산의 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
  • ③ 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 부동산을 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
  지방자치단체의 장은 취득세를 감면하는 경우 해당 지역의 재정 여건 등을 고려하여 100분의 50의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다(지특 §22 ④).
• (2) 재산세 감면 상기 (1)의 사회복지시설을 설치·운영하는 법인 또는 단체가 과세기준일 현재 해당 사회복지사업에 직접 사용(종교단체의 경우 해당 부동산의 소유자가 아닌 그 대표자 또는 종교법인이 해당 부동산을 사회복지사업의 용도로 사용하는 경우를 포함)하는 부동산(건축물의 부속토지를 포함)에 대해서는 재산세를 2025년 12월 31일까지 각각 100분의 25를 경감한다. 다만, 사회복지시설의 입소자 및 이용자가 입소 및 이용에 대한 비용을 부담하지 아니하는 사회복지시설의 경우에는 재산세의 100분의 50을 경감한다(지특 §22 ③ 2호). 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정 여건 등을 고려하여 100분의 50의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 한편, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 감면하지 아니한다.
• (3) 등록면허세 등 감면 상기 (1)의 사회복지시설을 설치·운영하는 법인 또는 단체가 그 사회복지사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대해서는 등록면허세를, 동 법인 또는 단체(「장애인활동 지원에 관한 법률」에 따른 활동지원기관을 설치·운영하는 법인·단체 중 대통령령으로 정하는 법인·단체를 포함한다)에 대해서는 주민세 사업소분(「지방세법」 제81조 제1항 제2호에 따라 부과되는 세액으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다) 및 종업원분을 각각 2025년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 관계되는 주민세 사업소분 및 종업원분은 면제하지 아니한다(지특 §22 ⑤).