Ⅰ. 개 요 Ⅱ. 유형 및 근거 Ⅲ. 비과세, 감면요건 Ⅳ.취득유형별 과세표준의 범위 1. 비과세·감면대상 납세자 2. 성립요건 판단시기와 추징요건 판단시기 3. 목적사업 4. 직접사용 5. 수익사업：범위와 제외대상 6. 비과세·감면의 대상 7. 추징요건과 유예기간의 종료일 8. 비과세·감면의 중복적용 9. 추징요건과 중과세 추징적용 10. 연부취득과 비과세·감면 범위 11. 해석의 변경과 추징 판단시기 Ⅴ. 과점주주의 비과세·감면적용 Ⅵ. 신뢰보호의 원칙적용과 비과세·감면규정의 개정 1. 의 의 국세와 마찬가지로 지방세에 있어서 지방자치단체의 재정수요를 충당하기 위하여 조세법률주의에 의거 모든 납세자에게 지방세를 부과징수하고 있는 것이며 이는 국민개세주의에 의거 납세의무를 부담하고 있는 것이다. 그러나 특정한 정책목적을 수행하거나 조세실질이 아닌 경우까지도 과세하는 것은 오히려 과세불형평과 조세반발을 야기시키는 요인으로 작용하는 것이므로 일정한 경우에 과세권을 포기하거나 납세자의 세부담을 제외시켜주는 경우가 발생하게 되는 것이다. 지방세의 비과세는「과세제외 또는 과세금지」라고도 하는데 이는 지방자치단체의 의사 여하를 불문하고 과세할 수 없는 것이다. 따라서 비과세는 지방세법에 의거 당해 재산에 대하여 과세권자가 과세권을 행사할 수 없는 경우를 의미하므로 일단 납세의무가 성립되고 그 이후 과세권을 행사하지 아니하는 경우라 하겠다. 그러므로 과세요건이 성립되지 아니하여 과세권을 행사할 수 없는「무세」개념과는 차이가 있는 것이다. 【사례】비과세와 무세와의 비교 －암소를 1마리 취득한 경우의 취득세 납세의무：「무세」 －국가가 APT 1동을 취득한 경우의 취득세 납세의무：「비과세」 상기 사례에서 암소는 과세대상이 아니므로 납세의무가 성립되지 아니함으로「무세」개념에 해당되는 것이며, 국가가 APT를 취득한 때에는 그 취득시점에서 납세의무가 성립되나, 지방세법에서 과세권자가 과세권을 행사하지 못하도록「과세금지」토록 규정하고 있으므로 과세권을 행사할 수 없는 것이다. 
2. 비과세, 감면, 면세점 및 소액부징수 판단시점 지방세의 경우 납세의무의 성립여부에 대하여는 사실요건과 관계법률이 정한 바에 따라서 판단하여야 할 것이므로 과세요건을 구성하는 사실요건이 지방세법에서 정한대로 요건을 구성한 것인가를 판단하여야 할 것이다. 이 판단은 지방세법 제29조에 따라 납세의무 성립시점에서 판단하되 지방세 비과세, 감면, 면세점 및 소액부징수에 해당 여부에 대하여도 관련법령의 규정에 따라 비과세 등인지를 다시 판단하여야 할 것이다. 지방세비과세는 과세권자가 과세요건이 성립하였음에도 특정한 사유요건에 기하여 과세권을 행사하지 아니하거나 금지함으로써 납세자에게 과세를 하지 아니하는 것이라 할 것이다. 이 경우는 지방세법령상 과세권자인 자기 또는 다른 과세권자에게 과세하는 것을 금지하는 경우나 과세실질이 아닌 경우에 과세하는 형식적인 경우에 비과세 하거나 천재지변, 기타 종교 등 비영리사업자의 지원을 위해 비과세하는 경우가 이에 해당하는 것이라고 볼 수가 있는 것이다. 지방세 감면은 납세자에게 세부담을 하지 아니한다는 측면에서 비과세와 동일한 효과가 있으나 감면은 비과세와는 달리 납세의무의 전부 또는 일부 면제하는 것으로서 납세자측면에서 특정한 사유로 과세권 행사를 유보하는 경우도 이에 해당하는 것이다. 즉 지방세 감면은 주로 정책목적을 지원하기 위하여 지방세의 전부 또는 일부를 면제하는 것으로서 지방세법, 조세특례제한법, 시·도 및 시·군·구 감면조례 및 기타 관련법령에서 감면을 하고 있는 것이다. 지방세 면세점과 소액부징수는 비과세나 감면과는 달리 과세권을 행사하여 산출세액을 확정하였으나 과세물건이 열악하거나 그 납부세액이 소액이어서 징세비를 감안할 때 비효율적인 경우 과세하지 아니하는 것을 의미하는 것이다. 예를 들면, 취득세 과세물건의 과세표준이 50만원 이하인 경우에는 면세점에 해당되고, 재산세, 종합토지세, 자동차세 등의 경우 납부세액이 2000원 이하인 경우에는 소액부징수대상에 해당하게 되는 것이다. 이와 같은 소액부징수대상을 판단함에 있어서 농어촌특별세나 교육세도 소액부징수대상으로 함께 판단하는 것인가? 예를 들면 종합토지세 납부세액이 5000원이면 교육세가 1,000원이므로 교육세 1,000원은 소액부징수대상인가? 교육세법 제10조 제4항에서 지방세에 부과되는 교육세의 경우『지방세 부과징수예에 의하여 이를 부과 징수하는 것』이므로 판단기준은 지방세납부세액이 소액부징수대상일 때 지방세분 교육세가 소액부징수대상에 해당한다는 의미가 되는 것이다. 따라서 소액부징수대상을 판단함에 있어서 교육세액이나 농어촌특별세액을 기준으로 판단하여서는 아니되며 농어촌특별세나 교육세의 경우 소액부징수제도가 없기 때문에 지방세를 기준으로 판단하는 것이 타당하다. 【사례】교육세의 소액부징수 판단 교육세법 제10조 제4항에서 종합토지세액에 부과되는 교육세는 시장·군수 또는 그 위임을 받은 공무원이 지방세 부과·징수의 예에 의하여 이를 부과·징수한다고 규정하고 있으며 지방세법 제234조의20에서 종합토지세로 징수할 세액이 고지서 1매당 1,000원 미만인 경우에는 당해 종합토지세를 징수하지 아니한다고 규정하고 있는 바 귀문의 경우 종합토지세액이 고지서 1매당 1,000원 이상인 경우에는 종합토지세액에 부과되는 교육세가 1,000원이더라도 납세의무가 있음(행자부 세정 13407－아1136, 1998.12.17.). －1998년 당시의 소액부징수액은 1000원이나 1999년 이후부터 2000원으로 조정되고 자동차세만은 2000년부터 2000원으로 조정됨. 지방세법 개정과 관련하여 소액부징수금액의 적용은 납세의무성립일을 기준으로 적용하는 것이기 때문에 부과하는 시점을 기준으로 하면은 아니 된다. 따라서 1998년 당시 종합토지세의 납부세액이 1800원이나 이 당시에 부과누락으로 2000년도에 추징·부과할 경우에는 비록 지방세법상 소액부징수액이 2000원이지만 납세의무성립당시의 적용할 법에 의거하여 소액부징수 여부를 판단하기 때문에 1800원은 소액부징수대상에 해당되지 아니하는 것이다. 그러나 1999년 이후 법개정으로 소액부징수액이 인상되었으므로 그 이후에 납세의무가 성립된 경우에는 2000원으로 적용하여야 하는 것이다. 3. 비과세· 감면과 부과조정 이미 성립한 납세의무를 납세의무자 또는 과세관청에서는 지방세 납세의무를 확정시키기 위하여 신고납부 또는 부과고지를 하여야 한다. 따라서 지방세를 부과조정을 한 후에 비과세·감면 할 것인가 또는 지방세법에 비과세·감면 요건을 구성한 경우에는 부과조정을 하지 아니할 것인가를 판단하여야 할 것이나 실제에 있어서는 납세자에게 지방세가 부담이 되지 아니한다는 점에서 그 효과는 감면과 동일한 것이다. 따라서 지방세법에 비과세·감면 요건을 구성한 경우에 비과세·감면를 위한 부과조정은 실무적으로는 불필요하겠으나, 각종 지방세액의 비과세·감면 관련 통계 및 일부감면의 경우 감면세액의 산정 등을 위하여 비과세·감면세액을 파악할 필요가 있는 것이다. Ⅱ. 유형 및 근거 1. 대물적 비과세· 감면과 대인적 비과세· 감면 지방세법에서는 지방세를 비과세·감면함에 있어서는 과세정책목적에 따라 그 구분을 하고 있으나 비과세·감면대상별로 구분할 경우에는『납세자를 기준』으로 당해 납세자가 비과세·감면요건을 구성할 경우에 비과세·감면하는 대인적 비과세·감면이 있는가 하면,『과세대상물건 기준』으로 당해 과세물건을 기준으로 비과세·감면 요건을 구성할 경우에 비과세·감면하는 대물적 비과세·감면으로 크게 구분할 수가 있는 것이다. ① 대인적 비과세·감면 지방세 비과세·감면 판단시 취득의 주체가「누가 취득하는가」에 따라 취득세 등 지방세의 비과세·감면을 판단하는 것으로 지방세법에서 정한 기준이 국가 등이 취득하는 경우 비과세하도록 규정하고 있는바, 동일한 과세대상물건을 국가가 취득하면 취득세를 비과세할 경우 대인적 비과세에 해당하는 것이다. 따라서 대인적 비과세·감면은 취득의 주체가 누구인가에 따라 비과세·감면 여부를 판단하는 것이므로「특정 납세자」에 대한 비과세·감면이므로「상대적 비과세·감면」이라는 점에서 대물적 비과세·감면과 차이가 있는 것이다. ② 대물적 비과세·감면 대물적 비과세·감면은 과세대상물건을 누구든지 과세대상 물건을 취득하게 되면 비과세·감면하는 것이므로 절대적 비과세·감면에 해당하는 것이다. 따라서 대물적 비과세·감면은 취득자의 입장이 아니라 취득물건에 대한 비과세·감면이라는 점에서 차이가 있는 것이다. 그러므로 지방세 과세대상물건을 취득시에 지방세법에 규정한 비과세·감면 요건에 부합되는 것이라면 누구든지 취득하더라도 비과세·감면하는 것이 타당하다. 예를 들면 임시흥행장 등 존속기간이 1년을 초과하지 아니하는 가설건축물 취득시에 누구든지 취득하더라도 취득세를 비과세하는 것이 이에 해당하는 것이다. 2. 지방세법상의 비과세· 감면규정과 조건부 비과세· 감면 지방세법령, 시·도 및 시·군·구감면조례, 조세특례제한법, 자산재평가법, 국세징수법령 등에서 특정의 정책목적 수행 등을 위하여 지방세를 비과세·감면을 하도록 하고 있으나 비과세·감면만 규정하고 사후 추징규정이 없는 경우와 사후 추징규정이 있는 경우가 있으므로 사후 추징규정이 있는 경우에는 조건부 비과세·감면에 해당하는 것이다. 이를 구분하는 실익은 추징규정이 없을 경우 비과세 또는 감면을 한 후 다른 목적으로 사용하더라도 추징을 할 수가 없는 문제가 발생하게 되는 것이다. (1) 비과세·감면 추징규정이 없는 경우 통상 지방세를 비과세·감면하는 경우『…에 대하여는 취득세를 감면한다』라는 형식으로 하고 있으므로 추징 단서조항이 없는 것이다. 따라서 비과세·감면을 받은 후 다른 목적의 용도로 사용하더라도 추징하지 못하는 결과가 초래되는 것이다. 또한 비과세·감면세액을 추징하게 되는 사유가 법인의 비업무용토지가 되거나 그 밖의 중과세 사유에 해당되더라도 중과세를 할 수 없게 된다. 이와 같은 입법례를 살펴보면, 다음과 같다. 제262조【농기계류 등에 대한 감면】① 주로 농업용(영농을 위한 농산물 등의 운반에 사용하는 경우를 포함한다)에 직접 사용하기 위한 자동경운기 등 농업기계화촉진법에 의한 농기계류에 대하여는 취득세와 자동차세를 면제한다. ② 20톤 미만의 소형어선에 대하여는 취득세·등록세·재산세 및 공동시설세를 면제한다. ③ 농업용수의 공급을 위한 관정시설에 대하여는 취득세를 면제한다. (2) 비과세·감면 추징규정이 있는 경우(조건부 과세권유보) 지방세를 비과세·감면하는 경우라고 하더라도 추징 단서조항을 두고 있는 경우가 대부분이다. 이는 국세기본법 제17조(조세감면의 사후관리)에서『제1항은 정부는 국세를 감면한 경우에 그 감면의 취지를 성취시키거나 국가정책을 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 세법이 정하는 바에 의하여 감면한 세액에 상당하는 자금 또는 자산의 운용범위를 정할 수 있다. 제2항은 제1항의 규정에 의한 운용범위에 따르지 아니한 자금 또는 자산에 상당하는 감면세액은 세법이 정하는 바에 의하여 감면을 취소하고 징수할 수 있다』라고 그 원칙을 정하고 있는 것이다. 『…에 대하여는 취득세를 감면한다. 다만, …한 경우에는 이를 추징한다』라는 형식으로 하고 있으므로 감면을 하되 정책목적을 수행하기 위하여 사후관리를 하는 것이며, 비과세·감면을 받은 후 당초의 감면 목적의 용도로 사용하지 아니하면 추징하게 되는 결과가 발생되는 것이다. 따라서 비과세·감면세액을 추징하게 되는 사유가 법인의 비업무용토지가 되거나 그 밖의 중과세 사유에 해당되더라도 중과세를 할 수 있게 된다. 이와 같은 입법례를 살펴보면, 다음과 같다. 제261조【자경농민의 농지 등에 대한 감면】① 대통령령이 정하는 바에 의하여 농업을 주업으로 하는 자로서 2년 이상 영농에 종사한 자·농어민후계자 또는 농업계열학교 또는 학과 이수자 및 재학생(이하 이 조에서 "자경농민"이라 한다)이 대통령령이 정하는 기준에 따라 직접 경작할 목적으로 취득하는 농지(전·답·과수원 및 목장용지를 말한다. 이하 이 절에서 같다) 및 관계법령의 규정에 의하여 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 임야를 취득하여 2년 이내에 농지를 조성하지 아니하는 경우에는 경감된 취득세와 등록세를 추징한다. ② 자경농민이 농업용으로 사용하기 위하여 취득하는 양잠 또는 버섯재배용 건축물, 축사, 고정식온실, 축산폐수 및 분뇨처리시설, 창고(저온·상온 및 농기계보관용창고에 한한다) 및 농산물 선별처리시설에 대하여는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 농업용으로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다. Ⅲ. 비과세·감면요건 1. 비과세· 감면대상 납세자 (1) 비영리사업자의 범위 영리성과 비영리성의 판단은 각 개별 법령 등에서 달리 정하는 것이며 비영리사업자에 대한 범위도 달리 구분하여 정하고 있는 것이다. 따라서 국세인 법인세법이나 소득세법에서 비영리사업자의 범위와 지방세법상에서 규정하고 있는 범위도 달리할 뿐만 아니라 지방세법 내라고 하더라도 세목별로도 서로 상이한 것이다. 예를 들면 취득세에서 비영리사업자의 범위를 지방세법시행령 제76조에서 열거를 하고 있지만, 지방세법 제137조에서 법인등기시 등록세의 세율을 적용하는 비영리법인의 범위는 별도 그 범위를 정하고 있지 아니하기 때문에 취득세와는 달리 구분되어야 하는 것이다. 그러하다면 영리법인과 비영리법인의 구분 기준은 무엇으로 적용하는 것이며, 그 범위는 무엇인가? 지방세법기본통칙 137－2(비영리법인의 정의)에서『지방세법 제137조 제1항 제2호에서「비영리법인」이라 함은 민법 제32조에서 규정한 사단·재단법인과 이익금을 당해 법인의 임직원 등 특정인에게 배당하지 않고 불특정다수인에게 환원하거나 공공복리에 투자하는 법인을 말한다』라고 규정하고 있으며, 영리법인은 비영리법인에 대한 반대해석을 함으로서 이익을 법인의 주주 또는 구성원에게 배분되는 법인을 의미한다고 할 수가 있다. 이와 같은 관련규정을 보더라도 영리법인과 비영리법인의 판단은 법인의 이익에 대한 배분을 누가 혜택을 갖게 되는가에 판단이 되는 것이다. 따라서 등록세 법인등기시의 비영리 법인의 범위는 민법상 사단법인, 재단법인, 의료법인이 이에 해당하게 된다. 【사례】의료법인이 비영리법인 해당 여부 판단 의료법에 의한 법인설립허가를 받고, 같은 해 12.30. 법인설립등기를 하였으며, 1996. 1.15. 출연재산에 대한 소유권이전등기를 하고, 같은 해 1.17. 출자액 증가에 따른 변경등기를 하였음이 제출된 법인등기부등본, 법인설립허가증 등에서 알 수 있다. 의료법인은 의료법 등의 규정에 비추어 볼 때 재단법인으로서의 성격을 갖추고 있고, 영리를 목적으로 하는 재단법인은 민법상 인정되지 않으므로 비영리법인으로 보아야 할 것이다. 그러므로 처분청이 청구인의 법인설립등기 및 출자액 변경등기에 대하여 영리법인에 대한 등록세율을 적용하여 추징한 처분은 잘못이 있다(행자부 심사 99－227, 1999. 3.31.). -의료법인은 민법 제32조에 의해 설립된 법인에 해당 안되고 비영리사업자에도 해당되지 않으므로 출연재산 소유권이전등기에 대한 등록세율은 1.5％임. 【사례】비영리사업자의 판단기준 지방세법 제137조 제1항 제2호에서「비영리법인」이라 함은 민법 제32조에서 규정한 사단·재단법인과 이익금을 당해 법인의 임직원 등 특정인에게 배당하지 않고 불특정다수인에게 환원하거나 공공복리에 투자하는 법인을 말하는바, 사내근로복지기금법에 의거 설립된 사내근로복지기금은 비영리법인인 민법의 재단법인의 규정을 준용하고 있으며 정관에서 동 기금의 해산시 잔여재산을 특정인이나 정관으로 정하는 자가 없이 근로자에게 미지급한 임금, 퇴직금, 기타 근로자에게 지급할 의무가 있는 금품을 지급하는데 우선적으로 사용하고 그 잔여재산은 법령이 정하는 바에 따라 민법상의 청산에 관한 규정을 준용하도록 되어있는 것으로 보아 지방세법 제137조 제1항 제2호 비영리법인의 세율을 적용함이 타당함(행자부 세정 13407－1169, 2000.10. 5.). 그러나 취득세에서 비영리사업자의 범위는 그 범위를 동법시행령에 열거하였기 때문에 열거되지 아니한 경우에는 비록 비영리성이 있다고 하더라도 비과세대상이 되는 비영리사업자에 해당되지 아니한다. 이와 같은 비영리사업자의 범위와 구분하여 보아야 할 법인 및 단체는 지방세법 제290조 제1항 제18호에 규정한 법인 및 단체로서『정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립되거나 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체』는 취득세 비과세 대상에 해당하는 비영리사업자는 아니나 감면대상 법인이나 단체에 해당되고 등록세의 법인등기의 세율을 구분 적용하는 비영리법인에 해당하는 것이다. 또한, 비영리사업자의 범위를 법인 또는 단체로 한정하여 규정되어 있다면 개인은 이에 해당되지 아니 하는 것이므로 이를 구분하여 비과세·감면대상 여부를 판단하여야 하는 것이다. 【사례】종교용 부동산에 대한 비과세 범위 지방세법시행령 제79조 제1호의 규정에서 종교를 목적으로 하는 단체를 비영리사업자로 규정하고 있으므로 개인명의의 종교용 부동산으로 취득하는 경우에는 과세대상에 해당함(내무부 세정 13407- 1396, 1997, 11. 6) 【사례】목사 명의의 종교용 부동산에 대한 비과세 범위 종교단체의 명의가 아닌 목사 개인명의로 취득·등기되어진 부동산은 지방세법시행령 제79조 제1호의 규정에 의하여 비과세 대상이 아님(내무부 세정 13407－56, 1997. 2.26.). (2) 비영리사업자와 사용의 범위 비영리법인 등이 직접 취득한 부동산 등을 목적사업에 사용할 수는 있으나 그 종사자로 하여금 사용하는 경우도 발생하게 된다. 특히 종교단체 등의 종사자가 사용하는 경우에 이에 대한 판단이 중요한바, 어느 종사자까지 사용하여야 이를 인정할 것인가 하는 문제와 그 사용 범위를 어떻게 판단하는 가에 대하여 관건이 된다. 그럼, 첫째『사용의 범위』에 대하여 살펴보면 사업장과 동일한 1구내에 소재하면서 이를 사용하는 경우가 있고 동일한 1구 이외의 장소에 소재하는 경우가 있을 것이므로 어느 범위까지 떨어져 있어야 이를 인정할 것인가? ① 동일한 1구내에 소재하는 경우 사업장과 동일한 1구내에 소재하고 있으면서 그 종사자가 숙소 등으로 사용하는 경우에는 당해 법인이 직접 사용하는 것으로 의제할 수가 있기 때문에 비과세 또는 감면으로 하고 있다. 예를 들면 교회 내 성직자 사택을 두는 경우가 이에 해당하는 것이며 이에 대하여는 이론이 없다. 【사례】동일 구내의 부동산에 대한 비과세 판단 종교를 목적으로 하는 단체의 소유 부동산으로서 교회 경내지 내에 있는 성직자 및 관리직원의 주거용 사택은 종교용에 직접 사용으로 보아 취득세, 재산세 등이 비과세 대상임(내무부 세정 13407－863, 1996. 7.24.). 【사례】동일 구내의 공장의 기숙사에 대한 감면 판단 기숙사 등 종업원의 후생복지시설용 부동산이 지번에 관계없이 1구내(경계구역 내)라면 공장용 부동산에 포함되어 감면대상에 해당함(내무부 세정 13407－851, 1996. 7.23.). ② 동일한 1구내에 소재하지 아니하는 경우 사업장과 동일한 1구내에 소재하지 아니하면서 종사자가 사용하는 경우가 있는 바, 이는 당해 법인이 직접 목적사업에 사용하는 것으로 보기 곤란하기 때문에 원칙적으로 비과세 또는 감면 대상으로 할 수가 없는 것이다. 다만, 동일한 1구내에 소재하지 아니하더라도 판례에서는 이를 인정하고 있는 사례가 있으므로 합리적인 범위 내에서 판단하여야 할 것이다. 【인근지역에 소재한 경우로서 비과세 또는 감면을 인정한 사례】 ① 의료법인이 간호사 등의 기숙사로 사용하고자 아파트를 취득하여 그 용도로 사용하고 있는 이상 법인의 목적사업에 직접 사용하는 재산으로서 지방세법 소정의 취득세 비과세대상에 해당한다(대판 92누7351, 1992. 9.22.). ② 교육을 목적으로 하는 학교법인 및 재단법인이 취득하는 학교기숙사는 위치가 학교구내·외 여부에 관계없이 지방세법 제107조 제1호의 규정에 의한 취득세와 등록세가 비과세 되는 것임(내무부 도세 13421－130, 1993. 2.23.). ③ 장학업무와 학술연구업무를 주된 목적사업으로 하는 법인으로서 그 목적사업 수행에 따라 학교구내에 위치한 해외유학생 및 대학원생 기숙사용 부동산을 취득하는 경우라면 지방세법 제290조 제1항 제18호 규정에 의하여 취득세·등록세 면제대상이다(행자부 세정 13407－909, 2000. 7.14.). 【인근지역에 소재한 경우로서 비과세 또는 감면을 부정한 사례】 ① 지방세법 제290조 제2항에서는 국립공원관리공단이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 면제한다고 규정하고 있으므로 국립공원의 공원자원의 보호, 국립공원시설의 설치·관리 등을 목적사업으로 하고 있는 청구인의 경우 공원자원의 보호나 국립공원시설의 관리용으로 취득한 부동산은 동 규정에 의한 감면대상에 해당된다 하겠으나, 이 건 부동산과 같이 관리사무소에서 17km나 떨어진 ○○읍내에 위치한 직원숙소용 아파트의 경우까지 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 해당된다고 볼 수는 없음(행자부 심사 2000－181, 2000. 3.29.). ② 농업협동조합으로 부터 300ｍ떨어진 농협직원의 주차장은 당해 농업협동조합건축물의 부속토지로 볼 수 없어 종합토지세가 면제되지 아니함(행자부 세정 13407－668, 2000. 5.24.). ③ 지방세법 제107조 제1호 규정에 의하여 교육기본법에 의한 학교를 경영하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산 취득의 경우에는 취득세 비과세 대상이나, 교원의 기숙사용 아파트를 취득하는 경우에는 비과세대상에 해당되지 아니함(행자부 세정 13407－115, 1999. 1.27.). ④ 지방세법 제107조 제1호의 규정에 의하여 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하나 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과하는 것이므로 교회건축을 목적으로 취득한 토지를 나대지 상태로 방치하였다가 매각한 경우에는 보유기간에 관계없이 취득세와 등록세가 추징되며, 토지취득일부터 3년 이내에 교회주차장(교회건물 경내에 있는 경우에 한함)으로 사용하는 경우에는 해당 토지 취득일부터 3년이 지난 후에 매각한다면 취득세와 등록세 추징대상이 아니며 종합토지세도 비과세되나, 교회 경외에 있는 주차장인 경우라면 취득세와 등록세가 추징되며, 종합토지세 또한 비과세 대상이 아님(행자부 세정 13407－1148, 2000. 9.26.). 둘째, 비영리법인의 종사자 중 어느 범위까지 사용하는 경우에 이를 인정하여야 하는 것인가? 비영리법인의 종사자 중 목사 등 성직자에 대하여는 목사·부목사·담임목사 전도사 등이 있으나 이를 모두 인정하게 되면 이들의 구외숙소도 비과세하여야 하는 것이나 그 범위를 일정 부분으로 한정하게 되면 비과세 대상이 줄어들게 되는 결과가 초래되는 것이다. 이에 대하여 동일한 1구의 구내에 소재 하지 아니한 숙소인 경우에 기본적으로 비과세 제외대상으로 하면서 단지 그 사용에『필수 불가결한 부분인지를 기준』으로 예외적으로 인정하여야 할 것이다. 예를 들면 교회의 담임목사의 숙소 등이 이에 해당하고 학교의 학생기숙사가 구외에 있는 경우 등이 이에 해당한다고 할 것이다. 【사례】비영리 사업자의 종사자 범위 비영리 사업자인 교회가 소유 토지 중 일부 지상의 주택 철거시까지 이를 교회 소속 부목사들의 사택으로 사용하였다고 하더라도, 부목사는 교회의 필요에 따라 당회장인 위임목사를 보좌하기 위하여 수시로 노회의 승낙을 받아 임명되어 임의로 시무하는 목사라는 점에서 그 교회의 종교활동에 필요불가결한 중추적인 지위에 있다고는 할 수 없으므로, 토지의 일부가 부목사들의 사택용으로 사용되는 것은 그 목적사업에 직접 사용되는 것이라고 할 수 없어 지방세법 제234조의12 제2호에 의한 종합토지세의 비과세 대상에 해당하지 않는다(대판 97누14644, 1997.12.12.). 【사례】교회성직자의 주거용 사택의 감면판단 기준변경(예)
(3) 소유자와 사용자에 대한 비과세·감면대상판단 비과세·감면대상 법인이 취득하고 보유하는 경우에는 취득세 등 지방세가 비과세·감면대상에 해당하는 것이나, 취득 후 타인에게 사용하게 하는 경우에도 비과세·감면대상으로 할 것인가 하는 문제와 취득당시에는 비과세·감면대상이 아니지만 보유당시에는 비과세·감면대상법인이나 단체에게 사용하게 하는 경우에는 재산세 등이 감면되는 것인가?
①의 경우：취득세, 등록세와 재산세, 종합토지세 비과세대상 비영리법인이 제사, 종교 등의 목적에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 취득 후에도 계속하여 목적사업에 사용하는 경우에는 취득세, 등록세 및 재산세, 종합토지세 비과세 대상에 해당하는 것이다. ②의 경우：취득세, 등록세 추징 및 재산세, 종합토지세 과세대상 비영리법인이 취득한 부동산을 비영리목적으로 사용하지 아니하고 목적사업에 유예기간 내에 사용하지 아니하면 기 비과세받은 취득세 등이 추징되는 것이며, 과세기준일 현재 제사, 종교 등의 목적에 사용하지 아니하는 경우에는 재산세 등이 비과세 되지 아니하는 것이다. 다만, 유예기간경과 후에 목적사업에 사용하지 아니하는 경우에는 기 비과세 받은 취득세 등은 추징되지 아니하는 것이다. ③의 경우：취득세, 등록세 과세대상 및 재산세, 종합토지세 비과세대상 취득당시에는 과세대상이나 이를 종교단체 등 비영리법인 등으로 하여금 사용하게 하는 경우에는 재산세와 종합토지세가 비과세 되는 것이다. 이는 당해 부동산이 어떤 용도로 제공되는지 여부에 따라서 재산세 등 보유과세의 비과세 여부를 판단하는 기준으로 삼고 있기 때문에 과세기준일 현재 당해 부동산이 비영리사업에 사용여부를 기준으로 비과세 여부를 판단하여야 하는 것이다. ④의 경우：취득세, 등록세, 재산세, 종합토지세 과세대상 【사례】부부공동명의의 유치원에 대한 비과세 판단 유치원용 부동산이 부부공동명의로 등기되었다면 그 중 인가받은 자의 지분비율에 대하여만 취득세, 등록세가 비과세 되는 것임(내무부 세정 13407－71, 1997. 1.24.). 【사례】무상사용 유치원 부동산 비과세 대상판단 부부가 공동으로 소유하는 부동산(건축물·토지)에 아내명의로 유치원 설립인가를 받아 아내가 유치원을 직접 운영하면서 남편소유 지분의 부동산을 무상으로 사용하고 있다면 남편 소유 부동산도 지방세법 제184조 제1호 및 같은법 제234조의12 제2호의 규정에 의하여 재산세, 종합토지세가 비과세됨(행자부 세정 13407－143, 2000. 2. 3.). 【사례】타인소유의 부동산을 교회로 사용시 비과세판단 지방세법 제184조 제1호 및 같은법 제234조의12 제2호, 같은법시행령 제136조 및 제194조의6 규정에서 교회 등 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세와 종합토지세를 비과세하도록 규정하고 있으므로 다른 사람 명의의 부동산을 무료로 교회로 사용하는 경우라면 재산세 및 종합토지세 비과세대상에 해당하는 것임(행자부 세정 13407－630, 2000. 5.18.). (4) 주된 사업과 비과세·감면법인의 판단 비영리법인이나 단체 여부를 판단함에 있어서 법인이나 단체의 주요사업을 살펴보아서 그 법인이나 단체가 1가지의 비영리사업만을 하고 있는 것이라면 다른 사업은 비영리 사업이 아닌 사업을 영위하더라도 이를 인정할 것인가? 통상 법인이나 단체는 1가지의 사업만을 영위하는 것은 거의 드물고 대개 여러 개의 상업을 영위하는 법인이나 단체 등이 대부분이다. 그러면 이와 같이 여러 개의 사업을 영위하는 법인이나 단체의 경우 비영리법인이나 단체 등에 해당 여부를『주된 사업성』으로 하는 지 여부에 따라 판단하여야 하는 것으로 하고 있다. 이 때 주된 사업의 여부는 사업 내용을 보아 개별적으로 판단하되 보조적인 사업이 비영리 사업, 학술연구사업, 기술진흥사업 등을 영위하기 위하여 취득하는 경우에는 이에 해당되지 아니한다고 보아야 할 것이다. 물론 실무적으로 비영리사업, 학술연구사업, 기술진흥사업 등을『주된 사업성』으로 판단하는 기준을 설정함에 있어 어려움이 있으나 인허가를 한 주무부 장관의 사업취지 등을 감안하여 판단하여야 한다. 그러나, 민법 제32조에서 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있고 제34조에서 법인은 법률의 규정에 좇아 정관으로 정한 목적의 범위 내애 권리와 의무의 주체가 되기 때문에 비영리법인은 주무부 장관이 설립취지를 감안하여 비영리여부를 판단하게 되는 것이다. 따라서 해당 법인 등의 비영리성을 세무부서에서 판단하는 것은 어려움이 있으나, 사단 또는 재단의 설립허가서, 정관 목적사업 등을 고려하여 판단하고 나아가 실제로 취득한 부동산을 비영리목적 등에 사용하는지 여부를 확인하여 비과세 또는 감면하는 것이 타당할 것이다. 【사례】학술연구단체의 범위 판단 학술 또는 기술연구업무가 주된 목적이 아니고 부대사업의 하나에 불과한 경우 당해 단체는 학술 또는 기술연구단체에 해당 안됨(행자부 세정 13407－599, 1999. 5.18.). 【사례】종중의 비영리사업자 여부 판단 선조의 제사의 집례 및 종중재산의 유지관리 등을 목적으로 조직된 종친회 등 종중은 종교 및 제사를 목적으로 하는 비영리사업자에 해당하지 않음(감심 2000－33, 2000. 2.22.). 【사례】교육단체에 대한 감면판단 귀 재단이 서울특별시교육감으로부터 허가를 받아 설립된 단체로서 장학금 학자금의 지급, 연구비의 지급 등이 그 주된 목적사업인 경우에는 장학단체에 해당되어 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세가 면제됨(행자부 세정 13407－1130, 2000. 9.21.). 【사례】학술연구단체의 범위 판단 지방세법 제290조 제1항 제18호의 규정의 "학술연구단체"라 함은 학술의 연구와 발표를 그 주된 목적으로 하는 단체를 의미하는 것이므로 귀 재단이 학술의 연구와 발표를 그 주된 목적으로 하고 정부로부터 허가 또는 인가를 받아 설립되었다면 학술연구단체로서 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제함(행자부 세정 13407－1151, 2000. 9.26.). 【사례】문화예술단체의 범위 판단 귀 재단이 문화체육부장관으로부터 허가를 받아 설립된 단체로서 다도문화에 대한 조사 및 학술연구, 민속자료 연구개발 등 한국의 전통문화유산과 다도문화 계승발전이 그 주된 목적사업인 경우에는 문화예술단체에 해당되어 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세가 면제됨 (행자부 세정 13407－1127, 2000. 9.20.). (5) 미등록 비영리단체에 대한 비과세·감면대상판단 미등록 비영리 단체에 대하여는 비영리성 여부를 어떻게 판단할 것인가? 이에 대하여 특히, 종교단체의 경우 미등록단체가 많이 있는 데 이는 종교의 자유라는 측면에서 허가나 인가를 하지 아니하기 때문에 미등록 단체가 많이 있는 것이다. 따라서 목적 사업성을 기준으로 비영리, 단체 등을 판단하여야 하며 반드시 등록되어야 비과세, 감면대상으로 보아서는 아니되는 것이다. 【사례】미등록종교단체의 취득 부동산에 대한 비과세 판단 종교를 목적으로 하는 미등록 단체가 종교용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득 후 1년 이내에 종교단체가 직접 사용하는 경우에는 취득세가 비과세 되는 것임(내무부 도세 13421－11, 1993. 1. 7.). 2. 성립요건 판단시기와 추징요건 판단시기 지방세의 비과세·감면의 판단은 납세의무 성립시기를 기준으로 판단하여야 하는 것이므로 지방세법 제29조의 규정에 의거 판단하여야 할 것이다. 따라서 납세의무 성립당시의 해당 법률을 적용하여 비과세여부를 판단하고 비과세 또는 감면한 사항에 대하여 추징을 판단하는 경우에도 추징요건 성립당시의 해당법률을 적용하여 판단하는 것이다 
(1) 법령개정으로 인한 비과세·감면판단시점 지방세법령, 감면조례, 조세특례제한법령 등의 개정으로 납세의무 성립당시에 이미 개정된 경우에는 개정된 법률에 의거 비과세·감면을 판단하는 데는 이견이 없으며 비과세·감면의 범위가 축소 또는 확대조정되거나 유예기간이 연장되거나 하는 경우에는 이에 따라 비과세·감면을 판단하여야 하는 것이기 때문이다. 예를 들면 창업중소기업에 대한 감면을 함에 있어서 감면율을 75%에서 전액 감면으로 확대되었다면 취득당시의 법률을 적용하여 판단하여야 하는 것이기 때문에 전액감면대상으로 하는 것이다. 
【사례】감면과 추징요건의 판단 지방세법 제29조 제1항 제1호와 구 지방세법(1997. 8.30., 법률 제5406호) 부칙 제6조 일반적 경과조치의 규정에 의하여 취득세의 납세의무 성립일(취득세 과세물건을 취득하는 때) 당시의 지방세법령에 따라 취득세의 부과 또는 감면 여부를 결정하는 것이므로, 토지에 대한 취득세는 납세의무성립일(토지 취득일) 당시의 법령인 구 지방세법 제290조 제2항을 적용하는 것이 타당함(행자부 세정 13407－1058, 2000. 9. 4.). (2) 법령개정에 따른 비과세·감면 추징판단 지방세를 납세의무 성립당시에 비과세·감면을 받은 다음, 관련 법령이 개정된 경우 추징사유가 발생한다면 비과세·감면당시의 관련 규정을 적용하여 추징요건 여부를 판단할 것인가 아니면 추징사유가 발생될 당시의 관련법령을 적용할 것인가? 
납세의무 성립당시에 종전 법령에 의거 납세의무가 비과세·감면되었으나, 관련 규정의 개정으로 추징사유가 발생된 경우 추징당시의 관련사실에 기인하여 관련규정을 적용하여야 함으로 비과세·감면당시의 추징사유 및 요건에 따라 관련 규정을 적용하여 비과세·감면추징 여부을 판단하는 것이 타당하다. 따라서 개정 전 종전 법률에 의거 비과세·감면을 받았으나 불리하게 개정된 경우 신의 성실의 원칙을 적용하여 종전 규정을 적용하여야 하고 유리하게 개정된 경우에는 개정된 법령의 규정에 의거 판단하여야 하는 것이다. 예를 들면, 비과세·감면법인의 추징유예기간을 1년에서 3년으로 연장을 하였다면 추징시점은 비록 비과세·감면당시 법령에서 1년으로 적용하도록 그 조건을 정하였지만 3년을 유예기간으로 적용하여 추징 여부를 판단하여야 하는 것이다. 그러나 불리하게 개정된 경우에는 신뢰보호원칙을 따라 종전 규정을 적용하여야 합리적이다.
2. 비과세, 감면, 면세점 및 소액부징수 판단시점 지방세의 경우 납세의무의 성립여부에 대하여는 사실요건과 관계법률이 정한 바에 따라서 판단하여야 할 것이므로 과세요건을 구성하는 사실요건이 지방세법에서 정한대로 요건을 구성한 것인가를 판단하여야 할 것이다. 이 판단은 지방세법 제29조에 따라 납세의무 성립시점에서 판단하되 지방세 비과세, 감면, 면세점 및 소액부징수에 해당 여부에 대하여도 관련법령의 규정에 따라 비과세 등인지를 다시 판단하여야 할 것이다. 지방세비과세는 과세권자가 과세요건이 성립하였음에도 특정한 사유요건에 기하여 과세권을 행사하지 아니하거나 금지함으로써 납세자에게 과세를 하지 아니하는 것이라 할 것이다. 이 경우는 지방세법령상 과세권자인 자기 또는 다른 과세권자에게 과세하는 것을 금지하는 경우나 과세실질이 아닌 경우에 과세하는 형식적인 경우에 비과세 하거나 천재지변, 기타 종교 등 비영리사업자의 지원을 위해 비과세하는 경우가 이에 해당하는 것이라고 볼 수가 있는 것이다. 지방세 감면은 납세자에게 세부담을 하지 아니한다는 측면에서 비과세와 동일한 효과가 있으나 감면은 비과세와는 달리 납세의무의 전부 또는 일부 면제하는 것으로서 납세자측면에서 특정한 사유로 과세권 행사를 유보하는 경우도 이에 해당하는 것이다. 즉 지방세 감면은 주로 정책목적을 지원하기 위하여 지방세의 전부 또는 일부를 면제하는 것으로서 지방세법, 조세특례제한법, 시·도 및 시·군·구 감면조례 및 기타 관련법령에서 감면을 하고 있는 것이다. 지방세 면세점과 소액부징수는 비과세나 감면과는 달리 과세권을 행사하여 산출세액을 확정하였으나 과세물건이 열악하거나 그 납부세액이 소액이어서 징세비를 감안할 때 비효율적인 경우 과세하지 아니하는 것을 의미하는 것이다. 예를 들면, 취득세 과세물건의 과세표준이 50만원 이하인 경우에는 면세점에 해당되고, 재산세, 종합토지세, 자동차세 등의 경우 납부세액이 2000원 이하인 경우에는 소액부징수대상에 해당하게 되는 것이다. 이와 같은 소액부징수대상을 판단함에 있어서 농어촌특별세나 교육세도 소액부징수대상으로 함께 판단하는 것인가? 예를 들면 종합토지세 납부세액이 5000원이면 교육세가 1,000원이므로 교육세 1,000원은 소액부징수대상인가? 교육세법 제10조 제4항에서 지방세에 부과되는 교육세의 경우『지방세 부과징수예에 의하여 이를 부과 징수하는 것』이므로 판단기준은 지방세납부세액이 소액부징수대상일 때 지방세분 교육세가 소액부징수대상에 해당한다는 의미가 되는 것이다. 따라서 소액부징수대상을 판단함에 있어서 교육세액이나 농어촌특별세액을 기준으로 판단하여서는 아니되며 농어촌특별세나 교육세의 경우 소액부징수제도가 없기 때문에 지방세를 기준으로 판단하는 것이 타당하다. 【사례】교육세의 소액부징수 판단 교육세법 제10조 제4항에서 종합토지세액에 부과되는 교육세는 시장·군수 또는 그 위임을 받은 공무원이 지방세 부과·징수의 예에 의하여 이를 부과·징수한다고 규정하고 있으며 지방세법 제234조의20에서 종합토지세로 징수할 세액이 고지서 1매당 1,000원 미만인 경우에는 당해 종합토지세를 징수하지 아니한다고 규정하고 있는 바 귀문의 경우 종합토지세액이 고지서 1매당 1,000원 이상인 경우에는 종합토지세액에 부과되는 교육세가 1,000원이더라도 납세의무가 있음(행자부 세정 13407－아1136, 1998.12.17.). －1998년 당시의 소액부징수액은 1000원이나 1999년 이후부터 2000원으로 조정되고 자동차세만은 2000년부터 2000원으로 조정됨. 지방세법 개정과 관련하여 소액부징수금액의 적용은 납세의무성립일을 기준으로 적용하는 것이기 때문에 부과하는 시점을 기준으로 하면은 아니 된다. 따라서 1998년 당시 종합토지세의 납부세액이 1800원이나 이 당시에 부과누락으로 2000년도에 추징·부과할 경우에는 비록 지방세법상 소액부징수액이 2000원이지만 납세의무성립당시의 적용할 법에 의거하여 소액부징수 여부를 판단하기 때문에 1800원은 소액부징수대상에 해당되지 아니하는 것이다. 그러나 1999년 이후 법개정으로 소액부징수액이 인상되었으므로 그 이후에 납세의무가 성립된 경우에는 2000원으로 적용하여야 하는 것이다. 3. 비과세· 감면과 부과조정 이미 성립한 납세의무를 납세의무자 또는 과세관청에서는 지방세 납세의무를 확정시키기 위하여 신고납부 또는 부과고지를 하여야 한다. 따라서 지방세를 부과조정을 한 후에 비과세·감면 할 것인가 또는 지방세법에 비과세·감면 요건을 구성한 경우에는 부과조정을 하지 아니할 것인가를 판단하여야 할 것이나 실제에 있어서는 납세자에게 지방세가 부담이 되지 아니한다는 점에서 그 효과는 감면과 동일한 것이다. 따라서 지방세법에 비과세·감면 요건을 구성한 경우에 비과세·감면를 위한 부과조정은 실무적으로는 불필요하겠으나, 각종 지방세액의 비과세·감면 관련 통계 및 일부감면의 경우 감면세액의 산정 등을 위하여 비과세·감면세액을 파악할 필요가 있는 것이다. Ⅱ. 유형 및 근거 1. 대물적 비과세· 감면과 대인적 비과세· 감면 지방세법에서는 지방세를 비과세·감면함에 있어서는 과세정책목적에 따라 그 구분을 하고 있으나 비과세·감면대상별로 구분할 경우에는『납세자를 기준』으로 당해 납세자가 비과세·감면요건을 구성할 경우에 비과세·감면하는 대인적 비과세·감면이 있는가 하면,『과세대상물건 기준』으로 당해 과세물건을 기준으로 비과세·감면 요건을 구성할 경우에 비과세·감면하는 대물적 비과세·감면으로 크게 구분할 수가 있는 것이다. ① 대인적 비과세·감면 지방세 비과세·감면 판단시 취득의 주체가「누가 취득하는가」에 따라 취득세 등 지방세의 비과세·감면을 판단하는 것으로 지방세법에서 정한 기준이 국가 등이 취득하는 경우 비과세하도록 규정하고 있는바, 동일한 과세대상물건을 국가가 취득하면 취득세를 비과세할 경우 대인적 비과세에 해당하는 것이다. 따라서 대인적 비과세·감면은 취득의 주체가 누구인가에 따라 비과세·감면 여부를 판단하는 것이므로「특정 납세자」에 대한 비과세·감면이므로「상대적 비과세·감면」이라는 점에서 대물적 비과세·감면과 차이가 있는 것이다. ② 대물적 비과세·감면 대물적 비과세·감면은 과세대상물건을 누구든지 과세대상 물건을 취득하게 되면 비과세·감면하는 것이므로 절대적 비과세·감면에 해당하는 것이다. 따라서 대물적 비과세·감면은 취득자의 입장이 아니라 취득물건에 대한 비과세·감면이라는 점에서 차이가 있는 것이다. 그러므로 지방세 과세대상물건을 취득시에 지방세법에 규정한 비과세·감면 요건에 부합되는 것이라면 누구든지 취득하더라도 비과세·감면하는 것이 타당하다. 예를 들면 임시흥행장 등 존속기간이 1년을 초과하지 아니하는 가설건축물 취득시에 누구든지 취득하더라도 취득세를 비과세하는 것이 이에 해당하는 것이다. 2. 지방세법상의 비과세· 감면규정과 조건부 비과세· 감면 지방세법령, 시·도 및 시·군·구감면조례, 조세특례제한법, 자산재평가법, 국세징수법령 등에서 특정의 정책목적 수행 등을 위하여 지방세를 비과세·감면을 하도록 하고 있으나 비과세·감면만 규정하고 사후 추징규정이 없는 경우와 사후 추징규정이 있는 경우가 있으므로 사후 추징규정이 있는 경우에는 조건부 비과세·감면에 해당하는 것이다. 이를 구분하는 실익은 추징규정이 없을 경우 비과세 또는 감면을 한 후 다른 목적으로 사용하더라도 추징을 할 수가 없는 문제가 발생하게 되는 것이다. (1) 비과세·감면 추징규정이 없는 경우 통상 지방세를 비과세·감면하는 경우『…에 대하여는 취득세를 감면한다』라는 형식으로 하고 있으므로 추징 단서조항이 없는 것이다. 따라서 비과세·감면을 받은 후 다른 목적의 용도로 사용하더라도 추징하지 못하는 결과가 초래되는 것이다. 또한 비과세·감면세액을 추징하게 되는 사유가 법인의 비업무용토지가 되거나 그 밖의 중과세 사유에 해당되더라도 중과세를 할 수 없게 된다. 이와 같은 입법례를 살펴보면, 다음과 같다. 제262조【농기계류 등에 대한 감면】① 주로 농업용(영농을 위한 농산물 등의 운반에 사용하는 경우를 포함한다)에 직접 사용하기 위한 자동경운기 등 농업기계화촉진법에 의한 농기계류에 대하여는 취득세와 자동차세를 면제한다. ② 20톤 미만의 소형어선에 대하여는 취득세·등록세·재산세 및 공동시설세를 면제한다. ③ 농업용수의 공급을 위한 관정시설에 대하여는 취득세를 면제한다. (2) 비과세·감면 추징규정이 있는 경우(조건부 과세권유보) 지방세를 비과세·감면하는 경우라고 하더라도 추징 단서조항을 두고 있는 경우가 대부분이다. 이는 국세기본법 제17조(조세감면의 사후관리)에서『제1항은 정부는 국세를 감면한 경우에 그 감면의 취지를 성취시키거나 국가정책을 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 세법이 정하는 바에 의하여 감면한 세액에 상당하는 자금 또는 자산의 운용범위를 정할 수 있다. 제2항은 제1항의 규정에 의한 운용범위에 따르지 아니한 자금 또는 자산에 상당하는 감면세액은 세법이 정하는 바에 의하여 감면을 취소하고 징수할 수 있다』라고 그 원칙을 정하고 있는 것이다. 『…에 대하여는 취득세를 감면한다. 다만, …한 경우에는 이를 추징한다』라는 형식으로 하고 있으므로 감면을 하되 정책목적을 수행하기 위하여 사후관리를 하는 것이며, 비과세·감면을 받은 후 당초의 감면 목적의 용도로 사용하지 아니하면 추징하게 되는 결과가 발생되는 것이다. 따라서 비과세·감면세액을 추징하게 되는 사유가 법인의 비업무용토지가 되거나 그 밖의 중과세 사유에 해당되더라도 중과세를 할 수 있게 된다. 이와 같은 입법례를 살펴보면, 다음과 같다. 제261조【자경농민의 농지 등에 대한 감면】① 대통령령이 정하는 바에 의하여 농업을 주업으로 하는 자로서 2년 이상 영농에 종사한 자·농어민후계자 또는 농업계열학교 또는 학과 이수자 및 재학생(이하 이 조에서 "자경농민"이라 한다)이 대통령령이 정하는 기준에 따라 직접 경작할 목적으로 취득하는 농지(전·답·과수원 및 목장용지를 말한다. 이하 이 절에서 같다) 및 관계법령의 규정에 의하여 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 임야를 취득하여 2년 이내에 농지를 조성하지 아니하는 경우에는 경감된 취득세와 등록세를 추징한다. ② 자경농민이 농업용으로 사용하기 위하여 취득하는 양잠 또는 버섯재배용 건축물, 축사, 고정식온실, 축산폐수 및 분뇨처리시설, 창고(저온·상온 및 농기계보관용창고에 한한다) 및 농산물 선별처리시설에 대하여는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 농업용으로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다. Ⅲ. 비과세·감면요건 1. 비과세· 감면대상 납세자 (1) 비영리사업자의 범위 영리성과 비영리성의 판단은 각 개별 법령 등에서 달리 정하는 것이며 비영리사업자에 대한 범위도 달리 구분하여 정하고 있는 것이다. 따라서 국세인 법인세법이나 소득세법에서 비영리사업자의 범위와 지방세법상에서 규정하고 있는 범위도 달리할 뿐만 아니라 지방세법 내라고 하더라도 세목별로도 서로 상이한 것이다. 예를 들면 취득세에서 비영리사업자의 범위를 지방세법시행령 제76조에서 열거를 하고 있지만, 지방세법 제137조에서 법인등기시 등록세의 세율을 적용하는 비영리법인의 범위는 별도 그 범위를 정하고 있지 아니하기 때문에 취득세와는 달리 구분되어야 하는 것이다. 그러하다면 영리법인과 비영리법인의 구분 기준은 무엇으로 적용하는 것이며, 그 범위는 무엇인가? 지방세법기본통칙 137－2(비영리법인의 정의)에서『지방세법 제137조 제1항 제2호에서「비영리법인」이라 함은 민법 제32조에서 규정한 사단·재단법인과 이익금을 당해 법인의 임직원 등 특정인에게 배당하지 않고 불특정다수인에게 환원하거나 공공복리에 투자하는 법인을 말한다』라고 규정하고 있으며, 영리법인은 비영리법인에 대한 반대해석을 함으로서 이익을 법인의 주주 또는 구성원에게 배분되는 법인을 의미한다고 할 수가 있다. 이와 같은 관련규정을 보더라도 영리법인과 비영리법인의 판단은 법인의 이익에 대한 배분을 누가 혜택을 갖게 되는가에 판단이 되는 것이다. 따라서 등록세 법인등기시의 비영리 법인의 범위는 민법상 사단법인, 재단법인, 의료법인이 이에 해당하게 된다. 【사례】의료법인이 비영리법인 해당 여부 판단 의료법에 의한 법인설립허가를 받고, 같은 해 12.30. 법인설립등기를 하였으며, 1996. 1.15. 출연재산에 대한 소유권이전등기를 하고, 같은 해 1.17. 출자액 증가에 따른 변경등기를 하였음이 제출된 법인등기부등본, 법인설립허가증 등에서 알 수 있다. 의료법인은 의료법 등의 규정에 비추어 볼 때 재단법인으로서의 성격을 갖추고 있고, 영리를 목적으로 하는 재단법인은 민법상 인정되지 않으므로 비영리법인으로 보아야 할 것이다. 그러므로 처분청이 청구인의 법인설립등기 및 출자액 변경등기에 대하여 영리법인에 대한 등록세율을 적용하여 추징한 처분은 잘못이 있다(행자부 심사 99－227, 1999. 3.31.). -의료법인은 민법 제32조에 의해 설립된 법인에 해당 안되고 비영리사업자에도 해당되지 않으므로 출연재산 소유권이전등기에 대한 등록세율은 1.5％임. 【사례】비영리사업자의 판단기준 지방세법 제137조 제1항 제2호에서「비영리법인」이라 함은 민법 제32조에서 규정한 사단·재단법인과 이익금을 당해 법인의 임직원 등 특정인에게 배당하지 않고 불특정다수인에게 환원하거나 공공복리에 투자하는 법인을 말하는바, 사내근로복지기금법에 의거 설립된 사내근로복지기금은 비영리법인인 민법의 재단법인의 규정을 준용하고 있으며 정관에서 동 기금의 해산시 잔여재산을 특정인이나 정관으로 정하는 자가 없이 근로자에게 미지급한 임금, 퇴직금, 기타 근로자에게 지급할 의무가 있는 금품을 지급하는데 우선적으로 사용하고 그 잔여재산은 법령이 정하는 바에 따라 민법상의 청산에 관한 규정을 준용하도록 되어있는 것으로 보아 지방세법 제137조 제1항 제2호 비영리법인의 세율을 적용함이 타당함(행자부 세정 13407－1169, 2000.10. 5.). 그러나 취득세에서 비영리사업자의 범위는 그 범위를 동법시행령에 열거하였기 때문에 열거되지 아니한 경우에는 비록 비영리성이 있다고 하더라도 비과세대상이 되는 비영리사업자에 해당되지 아니한다. 이와 같은 비영리사업자의 범위와 구분하여 보아야 할 법인 및 단체는 지방세법 제290조 제1항 제18호에 규정한 법인 및 단체로서『정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립되거나 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체』는 취득세 비과세 대상에 해당하는 비영리사업자는 아니나 감면대상 법인이나 단체에 해당되고 등록세의 법인등기의 세율을 구분 적용하는 비영리법인에 해당하는 것이다. 또한, 비영리사업자의 범위를 법인 또는 단체로 한정하여 규정되어 있다면 개인은 이에 해당되지 아니 하는 것이므로 이를 구분하여 비과세·감면대상 여부를 판단하여야 하는 것이다. 【사례】종교용 부동산에 대한 비과세 범위 지방세법시행령 제79조 제1호의 규정에서 종교를 목적으로 하는 단체를 비영리사업자로 규정하고 있으므로 개인명의의 종교용 부동산으로 취득하는 경우에는 과세대상에 해당함(내무부 세정 13407- 1396, 1997, 11. 6) 【사례】목사 명의의 종교용 부동산에 대한 비과세 범위 종교단체의 명의가 아닌 목사 개인명의로 취득·등기되어진 부동산은 지방세법시행령 제79조 제1호의 규정에 의하여 비과세 대상이 아님(내무부 세정 13407－56, 1997. 2.26.). (2) 비영리사업자와 사용의 범위 비영리법인 등이 직접 취득한 부동산 등을 목적사업에 사용할 수는 있으나 그 종사자로 하여금 사용하는 경우도 발생하게 된다. 특히 종교단체 등의 종사자가 사용하는 경우에 이에 대한 판단이 중요한바, 어느 종사자까지 사용하여야 이를 인정할 것인가 하는 문제와 그 사용 범위를 어떻게 판단하는 가에 대하여 관건이 된다. 그럼, 첫째『사용의 범위』에 대하여 살펴보면 사업장과 동일한 1구내에 소재하면서 이를 사용하는 경우가 있고 동일한 1구 이외의 장소에 소재하는 경우가 있을 것이므로 어느 범위까지 떨어져 있어야 이를 인정할 것인가? ① 동일한 1구내에 소재하는 경우 사업장과 동일한 1구내에 소재하고 있으면서 그 종사자가 숙소 등으로 사용하는 경우에는 당해 법인이 직접 사용하는 것으로 의제할 수가 있기 때문에 비과세 또는 감면으로 하고 있다. 예를 들면 교회 내 성직자 사택을 두는 경우가 이에 해당하는 것이며 이에 대하여는 이론이 없다. 【사례】동일 구내의 부동산에 대한 비과세 판단 종교를 목적으로 하는 단체의 소유 부동산으로서 교회 경내지 내에 있는 성직자 및 관리직원의 주거용 사택은 종교용에 직접 사용으로 보아 취득세, 재산세 등이 비과세 대상임(내무부 세정 13407－863, 1996. 7.24.). 【사례】동일 구내의 공장의 기숙사에 대한 감면 판단 기숙사 등 종업원의 후생복지시설용 부동산이 지번에 관계없이 1구내(경계구역 내)라면 공장용 부동산에 포함되어 감면대상에 해당함(내무부 세정 13407－851, 1996. 7.23.). ② 동일한 1구내에 소재하지 아니하는 경우 사업장과 동일한 1구내에 소재하지 아니하면서 종사자가 사용하는 경우가 있는 바, 이는 당해 법인이 직접 목적사업에 사용하는 것으로 보기 곤란하기 때문에 원칙적으로 비과세 또는 감면 대상으로 할 수가 없는 것이다. 다만, 동일한 1구내에 소재하지 아니하더라도 판례에서는 이를 인정하고 있는 사례가 있으므로 합리적인 범위 내에서 판단하여야 할 것이다. 【인근지역에 소재한 경우로서 비과세 또는 감면을 인정한 사례】 ① 의료법인이 간호사 등의 기숙사로 사용하고자 아파트를 취득하여 그 용도로 사용하고 있는 이상 법인의 목적사업에 직접 사용하는 재산으로서 지방세법 소정의 취득세 비과세대상에 해당한다(대판 92누7351, 1992. 9.22.). ② 교육을 목적으로 하는 학교법인 및 재단법인이 취득하는 학교기숙사는 위치가 학교구내·외 여부에 관계없이 지방세법 제107조 제1호의 규정에 의한 취득세와 등록세가 비과세 되는 것임(내무부 도세 13421－130, 1993. 2.23.). ③ 장학업무와 학술연구업무를 주된 목적사업으로 하는 법인으로서 그 목적사업 수행에 따라 학교구내에 위치한 해외유학생 및 대학원생 기숙사용 부동산을 취득하는 경우라면 지방세법 제290조 제1항 제18호 규정에 의하여 취득세·등록세 면제대상이다(행자부 세정 13407－909, 2000. 7.14.). 【인근지역에 소재한 경우로서 비과세 또는 감면을 부정한 사례】 ① 지방세법 제290조 제2항에서는 국립공원관리공단이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 면제한다고 규정하고 있으므로 국립공원의 공원자원의 보호, 국립공원시설의 설치·관리 등을 목적사업으로 하고 있는 청구인의 경우 공원자원의 보호나 국립공원시설의 관리용으로 취득한 부동산은 동 규정에 의한 감면대상에 해당된다 하겠으나, 이 건 부동산과 같이 관리사무소에서 17km나 떨어진 ○○읍내에 위치한 직원숙소용 아파트의 경우까지 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 해당된다고 볼 수는 없음(행자부 심사 2000－181, 2000. 3.29.). ② 농업협동조합으로 부터 300ｍ떨어진 농협직원의 주차장은 당해 농업협동조합건축물의 부속토지로 볼 수 없어 종합토지세가 면제되지 아니함(행자부 세정 13407－668, 2000. 5.24.). ③ 지방세법 제107조 제1호 규정에 의하여 교육기본법에 의한 학교를 경영하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산 취득의 경우에는 취득세 비과세 대상이나, 교원의 기숙사용 아파트를 취득하는 경우에는 비과세대상에 해당되지 아니함(행자부 세정 13407－115, 1999. 1.27.). ④ 지방세법 제107조 제1호의 규정에 의하여 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하나 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과하는 것이므로 교회건축을 목적으로 취득한 토지를 나대지 상태로 방치하였다가 매각한 경우에는 보유기간에 관계없이 취득세와 등록세가 추징되며, 토지취득일부터 3년 이내에 교회주차장(교회건물 경내에 있는 경우에 한함)으로 사용하는 경우에는 해당 토지 취득일부터 3년이 지난 후에 매각한다면 취득세와 등록세 추징대상이 아니며 종합토지세도 비과세되나, 교회 경외에 있는 주차장인 경우라면 취득세와 등록세가 추징되며, 종합토지세 또한 비과세 대상이 아님(행자부 세정 13407－1148, 2000. 9.26.). 둘째, 비영리법인의 종사자 중 어느 범위까지 사용하는 경우에 이를 인정하여야 하는 것인가? 비영리법인의 종사자 중 목사 등 성직자에 대하여는 목사·부목사·담임목사 전도사 등이 있으나 이를 모두 인정하게 되면 이들의 구외숙소도 비과세하여야 하는 것이나 그 범위를 일정 부분으로 한정하게 되면 비과세 대상이 줄어들게 되는 결과가 초래되는 것이다. 이에 대하여 동일한 1구의 구내에 소재 하지 아니한 숙소인 경우에 기본적으로 비과세 제외대상으로 하면서 단지 그 사용에『필수 불가결한 부분인지를 기준』으로 예외적으로 인정하여야 할 것이다. 예를 들면 교회의 담임목사의 숙소 등이 이에 해당하고 학교의 학생기숙사가 구외에 있는 경우 등이 이에 해당한다고 할 것이다. 【사례】비영리 사업자의 종사자 범위 비영리 사업자인 교회가 소유 토지 중 일부 지상의 주택 철거시까지 이를 교회 소속 부목사들의 사택으로 사용하였다고 하더라도, 부목사는 교회의 필요에 따라 당회장인 위임목사를 보좌하기 위하여 수시로 노회의 승낙을 받아 임명되어 임의로 시무하는 목사라는 점에서 그 교회의 종교활동에 필요불가결한 중추적인 지위에 있다고는 할 수 없으므로, 토지의 일부가 부목사들의 사택용으로 사용되는 것은 그 목적사업에 직접 사용되는 것이라고 할 수 없어 지방세법 제234조의12 제2호에 의한 종합토지세의 비과세 대상에 해당하지 않는다(대판 97누14644, 1997.12.12.). 【사례】교회성직자의 주거용 사택의 감면판단 기준변경(예)
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(지침) 종교단체의 성직자의 사택에 대한 비과세의 범위는 다음과 같다. - 카톨릭 : 신부, 수녀, 수사 －구세군：사관 －교회：목사, 부목사, 전도사 －천도교：교역자 －불교：승려, 법사 －대순진리회：선감, 교감, 보정 - 전도관 : 관장, 부관장, 전도사 (내무부 세정 13430－58, 1996. 2. 6.) |
(사례) 경외 부목사 등의 사택에 대한 감면판단 * 지방세법 제 107조의 규정에 의하여 경외에 위치하고 있는 성직자의 사택은 종교용에 직접 사용된다고 볼 수 없어 취득세 등이 비과세되지 아니하나 당해 교회의 필요불가결한 중추적인 존재인 담임목사의 사택에 한하여 취득세 등이 비과세 됨 (행자부 세정 13407-815, 2000, 6, 26.) |
| 구분 | 비과세대상자 취득시 | 과세대상자 취득시 |
| 비영리사업에 사용 | 1 | 3 |
| 비영리사업에 미사용 | 2 | 4 |
(1) 법령개정으로 인한 비과세·감면판단시점 지방세법령, 감면조례, 조세특례제한법령 등의 개정으로 납세의무 성립당시에 이미 개정된 경우에는 개정된 법률에 의거 비과세·감면을 판단하는 데는 이견이 없으며 비과세·감면의 범위가 축소 또는 확대조정되거나 유예기간이 연장되거나 하는 경우에는 이에 따라 비과세·감면을 판단하여야 하는 것이기 때문이다. 예를 들면 창업중소기업에 대한 감면을 함에 있어서 감면율을 75%에서 전액 감면으로 확대되었다면 취득당시의 법률을 적용하여 판단하여야 하는 것이기 때문에 전액감면대상으로 하는 것이다. 【사례】감면과 추징요건의 판단 지방세법 제29조 제1항 제1호와 구 지방세법(1997. 8.30., 법률 제5406호) 부칙 제6조 일반적 경과조치의 규정에 의하여 취득세의 납세의무 성립일(취득세 과세물건을 취득하는 때) 당시의 지방세법령에 따라 취득세의 부과 또는 감면 여부를 결정하는 것이므로, 토지에 대한 취득세는 납세의무성립일(토지 취득일) 당시의 법령인 구 지방세법 제290조 제2항을 적용하는 것이 타당함(행자부 세정 13407－1058, 2000. 9. 4.). (2) 법령개정에 따른 비과세·감면 추징판단 지방세를 납세의무 성립당시에 비과세·감면을 받은 다음, 관련 법령이 개정된 경우 추징사유가 발생한다면 비과세·감면당시의 관련 규정을 적용하여 추징요건 여부를 판단할 것인가 아니면 추징사유가 발생될 당시의 관련법령을 적용할 것인가? 납세의무 성립당시에 종전 법령에 의거 납세의무가 비과세·감면되었으나, 관련 규정의 개정으로 추징사유가 발생된 경우 추징당시의 관련사실에 기인하여 관련규정을 적용하여야 함으로 비과세·감면당시의 추징사유 및 요건에 따라 관련 규정을 적용하여 비과세·감면추징 여부을 판단하는 것이 타당하다. 따라서 개정 전 종전 법률에 의거 비과세·감면을 받았으나 불리하게 개정된 경우 신의 성실의 원칙을 적용하여 종전 규정을 적용하여야 하고 유리하게 개정된 경우에는 개정된 법령의 규정에 의거 판단하여야 하는 것이다. 예를 들면, 비과세·감면법인의 추징유예기간을 1년에서 3년으로 연장을 하였다면 추징시점은 비록 비과세·감면당시 법령에서 1년으로 적용하도록 그 조건을 정하였지만 3년을 유예기간으로 적용하여 추징 여부를 판단하여야 하는 것이다. 그러나 불리하게 개정된 경우에는 신뢰보호원칙을 따라 종전 규정을 적용하여야 합리적이다.