법인의 합병에 대하여는 크게 나누어 아래와 같다.   ①피합병법인의 주주에 대한 의제배당 법인세과세   ②합병법인의 합병평가차익에 대한 익금산입   ③합병에 의하여 취득한 영업권의 손금산입 1.합병대가의 의제배당  (1)의제배당액 산식   피합병법인의 주주가 합병법인으로부터 그 합병으로 인하여 취득하는 주식 등의 가액과 금전 기타 재산가액의 합계액 즉 합병대가가 그 피합병법인의 주식 등을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액을 의제배당으로 한다(법법 제16조 제1항 5호)   [합병대가 - 피합병법인주식취득가액 = 피합병법인 주주의 의제배당액]  (2)합병대가인 주식의 평가   1)액면가액에 의하는 경우     다음의 요건을 모두 갖춘 경우에는 합병대가인 주식을 액면가액으로 평가한다(법령제14조제1항제1호가목).     가.법인세법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖출 것       ①합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것       ②피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동 합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 95 이상일 것     나.주식의 시가가 액면가액보다 큰 경우일 것

[예시]   합병에 의하여 피합병법인의 주주가 취득한 주식의 액면가액이 150,000,000원이고 시가가 700,000,000원이며 피합병법인의 주식을 취득하는데 소요된 비용이 150,000,000원인 경우   [합병대가 - 피합병법인주식취득가액 = 피합병법인 주주의 의제배당액]인 산식 적용상 합병대가는 150,000,000원이고 피합병법인의 주식취득가액은 150,000,000원이므로 피합병법인의 의제배당액은 150,000,000 - 150,000,000 = 0이 된다.

  즉 다음의 요건을 갖춘 합병의 경우에는 비록 승계에 의한 합병이라 하더라도 합병전후에 피합병법인의 계속성을 인정하여 합병시점에 의제배당이 실현되지 아니하는 것으로 하고 있는 제도이다.   가.법인세법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖출 것     ①합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것     ②피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동 합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 95 이상일 것   나.주식의 시가가 액면가액보다 큰 경우일 것     따라서 이러한 경우의 합병에 의하여 합병법인의 주식을 취득한 피합병법인의 주주는 당해 합병법인의 주식을 양도하는 시점에 가서야 비로소 법인세의 과세를 하는 것이므로 과세이연의 취지를 가진 규정이다.   2)주식의 시가에 의하는 경우     ①합병으로서 기타의 경우에는 취득당시 법인세법 제52조의 규정에 의한 시가를 합병대가로 한다. 다만, 제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 특수관계자로부터 분여받은 이익이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 금액으로 한다(법령제14조제1항제1호다목).     ②따라서 위의 액면가액에 의하여 평가하는 경우를 제외하고는 합병대가 산정시 주식은 시가로 평가한다.

[예시]   합병에 의하여 피합병법인의 주주가 취득한 주식의 액면가액이 150,000,000원이고 시가가 700,000,000원이며 피합병법인의 주식을 취득하는데 소요된 비용이 150,000,000원인 경우   [합병대가 - 피합병법인주식취득가액 = 피합병법인 주주의 의제배당액]인 산식 적용상 합병대가는 700,000,000원이고 피합병법인의 주식취득가액은 150,000,000원이므로 피합병법인의 의제배당액은 700,000,000 - 150,000,000 = 550,000,000이 된다.

    즉 다음의 요건을 하나도 갖추지 아니한 합병의 경우에는 승계에 의한 합병을 개별자산의 양도로 인식하는 것이고 합병전후에 피합병법인의 계속성을 인정하지 아니하는 것이므로 합병시점에 의제배당이 실현되는 것으로 하고 있는 제도이다.   가.법인세법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖출 것     ①합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것     ②피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동 합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 95 이상일 것   나.주식의 시가가 액면가액보다 큰 경우일 것     따라서 이러한 경우의 합병에 의하여 합병법인의 주식을 취득한 피합병법인의 주주는 당해 합병시점에 자산을 양도한 것으로 보아 법인세를 과세하는 것이고 과세이연의 지원을 하지 아니하는 취지를 가진 규정이다.  (3)합병대가인 주식을 액면으로 평가하는 취지   법인세법이 의제배당소득계산규정에서 합병대가인 주식을 액면가액으로 평가하는 규정을 두는 취지는 합병이 비록 자산을 평가하여 승계하는 경우에 해당하더라도 계속성을 인정하는 경우에는 합병사건을 과세의 대상으로 하지 아니하는데 있다.   그러나 이는 과세를 완전히 배제하는 것은 아니고 합병시점이 아닌 당해주식의 양도시점에 양도차액에 대하여 과세를 하는 것이므로 과세이연의 이익을 주는데 ‘액면가액평가’의 의도가 있는 것이다. 2.합병평가차익의 익금산입   합병차익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.다만, 대통령령이 정하는 합병평가차익을 제외한다(법법 제17조). 대통령령이 정하는 합병평가차익 즉 합병법인의 익금에 산입하는 합병평가차익이라 함은 법인세법시행령 제12조 제1항 제1호 및 동조 제3항의 규정에 의하여 계산한 금액을 말하는 바(법령제15조제2항), 구체적으로 살펴보면 다음과 같다.  (1)합병대가인 주식을 액면가액에 의하여 평가하는 경우   피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 중에서 합병대가인 주식을 액면가액에 의하여 평가하는 경우에는 승계한 자산의 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분의 가액을 합병평가차익으로 한다.

[산식]   합병평가차익 = 승계한 자산가액 - 피합병법인의 장부가액   합병대가인 주식을 액면으로 평가하는 경우라 함은 다음의 요건을 모두 충족한 경우의 합병을 말한다.

  가.법인세법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖출 것     ①합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것     ②피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동 합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 95 이상일 것   나.주식의 시가가 액면가액보다 큰 경우일 것

[예시]   합병법인이 승계한 자산가액이 다음과 같을 때(주식시가700,000,000원임) 차)승계한 자산 900,000,000 대)자본금 150,000,000 주식발행초과금 550,000,000 합병차익 100,000,000 승계한부채 100,000,000   피합병법인의 장부가액이 850,000,000원이라면 합병평가차익은   900,000,000 - 850,000,000 = 50,000,000(≤합병차익100,000,000이어야 함)

  따라서 합병시 합병법인은 50,000,000의 합병차익을 익금산입하여야 한다.   이는 비록 승계에 의한 합병이기는 하나 법인의 계속성이 인정되는 경우의 합병이므로 피합병법인의 장부가액을 초과하여 승계하는 가액은 자산의 임의 평가증에 해당하는 것이고 추후 당해 초과액은 합병법인에서 손금인정의 기회를 갖게 되는 것이므로 이에 대한 대응으로 익금산입을 하는 것이다.  (2)기타의 경우   피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 중에서 법인세법시행령 제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 합병의 경우, 즉 합병대가인 주식을 시가에 의하여 평가하는 경우에는 그 가액 중 피합병법인의 장부가액에 법인세법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액에서 [승계한 피합병법인의 자산의 장부가액과 부채의 차액]을 차감한 금액을 가산한 가액을 초과하는 부분의 가액을 합병평가차익으로 한다.

[산식]   자산승계가액 - {피합병법인의 자산의 장부가액 + 합병대가의 총합계액   - (승계한 피합병법인의 자산의 장부가액 -부채의 가액)} = 합병평가차익

[예시]   합병법인이 승계한 자산가액이 다음과 같을 때(주식시가700,000,000원임) 차)승계한 자산 900,000,000 대)자본금 150,000,000 주식발행초과금 550,000,000 합병차익 100,000,000 승계한부채 100,000,000   피합병법인의 장부가액이 850,000,000원이라면 합병평가차익계산의 산식 즉,   ‘합병평가차익 = 자산승계가액 - {피합병법인의 자산의 장부가액 + 합병대가의 총합계액 - (승계한 피합병법인의 자산의 장부가액 -부채의 가액)} ‘의 적용상,    900,000,000 - {850,000,000 +(700,000,000 - (900,000,000 - 100,000,000)} = 100,000,000(산술치는 150,000,000이나 합병차익100,000,000한도내이어야 하므로 100,000,000임)

  시가에 의하여 자산을 매수하는 거래와 동일한 이 합병에 있어서 합병평가차익은 합병법인이 저가로 인수한 가액을 의미하는 것이고 따라서 익금산입을 하는 것이다. 3.합병에 의하여 취득한 영업권의 손금산입  (1)합병에 의하여 취득한 영업권의 손금인정범위   영업권 중 합병의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인 또는 분할법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다(법령제24조 제4항).  (2)사업양수도에 의하여 취득한 영업권의 손금인정범위   사업의 양도·양수과정에서 양도·양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가·인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용·명성·거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액은 영업권에 포함하는 것으로 한다(법칙제12조)  (3)영업권의 취득가액   합병에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액으로 하되, 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외한다(법령제72조)   1)시가의 범위(법령제89조)     가.당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.     나.시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.       ①감정가액       ②상속세및증여세법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액 - 동법 제64조에 의한 영업권 평가액을 시가로 할 것임   2)적용     평가에 의하여 승계하는 합병의 경우에 취득한 영업권은 승계가액으로 평가하되 다만 시가를 초과하는 것은 시가로 하도록 하고 있으므로 상속세법의 규정에 의한 평가액의 범위내의 것은 세법상 영업권으로 인정되고 이를 초과하는 분은 법인세법상 부인되는 결과가 된다.  (4)사례연구   1)피합병법인의 이월결손금은 합병법인의 영업권으로 할 수 없음   (법인46012-928,1998.4.15.)   법인이 상법에 의하여 합병을 하는 경우 피합병법인의 이월결손금은 합병법인이 영업권으로 계상할 수 없는 것이나, 피합병법인의 상호·거래관계·영업상의 비결 등이 사업상의 가치가 있어 피합병법인으로부터 승계한 순자산가액을 초과하여 유상으로 취득한 금액은 합리적으로 계산되었다고 인정되는 범위 내에서 영업권으로 계상할 수 있는 것임.   2)피합병법인의 상호·거래관계·영업상의 비결 등이 사업상의 가치가 있어 피합병법인으로부터 승계한 순자산가액을 초과하여 유상으로 취득한 금액은 합리적으로 계산되었다고 인정되는 범위 내에서 영업권으로 계상할 수 있는 것임.   3)피합병법인의 부채초과액은 영업권으로 볼 수 없음   (법인46012-3029,1998.10.16.)   합병법인이 합병으로 소멸하는 법인의 부채가 자산을 초과하여 그 초과한 금액을 영업권으로 계상하고 이를 법인세법시행규칙 제27조 제1항 제2호의 규정에 의해 상각하여 손금에 산입한 경우에는 당해 영업권은 없는 것으로 보며 각사업연도소득금액계산시 동 상각액을 손금불산입하는 것임.   4) 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산인 영업권으로 하는 것임   (제도46012-12076, 2001.07.12.)

【질의】   당사(결산월 12월)는 상장회사로 2000.6. 말일자로 B회사(동일인이 합병회사와 피합병회사를 각각 50% 보유하고 있음)를 기업회계상 매수법으로 흡수합병하였음. 합병분개를 예시하면 다음과 같음. 차) 제자산 1,000,000,000 대) 제부채 1,500,000,000 토지(*) 5,000,000,000 자본금 5,000,000,000 영업권 7,000,000,000 주식발행초과금(**)6,500,000,000     (*) 토지는 평가하여 승계한 것으로서 평가 전 금액은 1,000,000,000원임.     (**) 합병기준일 현재의 종가를 합병시 발행가액으로 함.   이 경우 세무상 영업권평가에 관하여 질의함.     [갑설] 회사가 회계상 계상한 영업권은 합리적인 평가방법에 따라 평가·결정된 합병비율에 따라 결정된 것이므로 법인46012-2599, 1999.7.8.에 따라 피합병법인의 상호·거래관계와 타영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 이를 적절한 평가에 의하여 유상으로 취득한 것으로 볼 수 있는바, 회사가 발행한 합병대가는 합병기준일 현재의 시가인 11,500,000,000원이며 회사가 계상한 영업권은 전액 세무상 영업권으로 볼 수 있고 추가적인 세무조정사항은 없음.     [을설] 법인세법시행령 제12조 제1항 제2호의 규정에 따라 합병대가로 주식을 발행하는 경우에는 액면가액으로 평가한 금액을 합병대가로 보는바 세무상 합병대가는 5,000,000,000원이 됨. 따라서 세무상 영업권은 500,000,000원만 인정됨. (세무조정 예시)       - [손금산입] 6,500,000,000 (△유보)       - [익금산입] 6,500,000,000 (기타)   【회신】      1. 합병법인이 "기업인수·합병등에관한회계처리준칙"에 따라 계상한 영업권의 경우에도 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산인 영업권으로 하는 것이며,     2. 법인세법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의하여 취득한 재산 중 금전 외의 재산의 가액은 같은법시행령 제14조의 규정에 의하는 것임   (해석)   위의 회신 내용 중 1.의 내용에 의하면 대가를 지급한 것이면 이를 감가상각대상자산인 영업권으로 인정하는 것이다.대가에 관한 규정은 달리 법인세법에 정하지 아니하나 사업양수도에 의하여 취득한 영업권대가를 금전으로 지급하는 것과 비교하면 합병의 경우에는 교부한 주식의 시가평가액이 대가인 것이고 기업회계기준에서도 확인되는 내용이다.   2.의 내용은 합병에 대한 피합병법인주주의 의제배당소득계산시 주식을 받은 경우 주식평가를 액면가액으로 하는 경우를 설명하고 있는 것이고 영업권의 취득가액과 관련한 규정에 대한 회신이 아니므로 설령 합병에 의하여 취득한 영업권의 경우라고 하더라도 액면가액상당액 범위내에서 영업권을 인정한다는 뜻이 아니다. 취득가액에 관한 법인세법의 규정에서, 합병에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액으로 하되, 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외한다(법령제72조)는 규정이 있으므로 혹 상속세및 증여세법에 의한 평가액을 시가로 보아 그 시가의 범위내에서 승계가액을 취득가액으로 인정하는 대상이 될 것이다.