朴 晶 民/재정경제부 세제실 소득세제과 [Contents] Ⅰ.연구활동비 비과세의 개요 Ⅱ. 연구활동비 비과세 연혁 Ⅲ. 연구활동비에 대한 비과세 내용 Ⅳ. 연구활동비 비과세 실무처리 Ⅴ. 연구기관 지원업무 종사자의 연구활동비 비과세 여부 Ⅵ. 맺음말 중소기업.벤처기업 연구전담직원의 연구활동비에 대한 비과세는 기존의 특정 연구기관 연구원 및 대학 등의 교원이 지급받는 연구활동비.연구보조비에 대한 비과세제도에서 비과세 대상을 확대하여 적용하는 것이므로 기본적으로 기존제도에서 운영되는 것과 동일하다. 따라서 비과세규정을 적용함에 있어 앞의 설명 중 몇가지 유의해야 할 점들을 제외하고는 기존의 예규 또는 해석례를 참고하면 크게 어려움이 없을 것으로 예상된다. Ⅰ. 연구활동비 비과세의 개요 근로자가 근로를 제공하고 그 대가로 사용자로부터 받는 대가는 근로소득세를 부담한다. 근로소득 중에는 이러한 근로소득세를 부담하는 과세대상소득과 근로소득세를 부담하지 않는 비과세소득으로 나눌 수 있는데 대부분의 근로소득의 경우 소득세를 부담하는 과세대상소득이다. 그러나 소득세법, 조세특례제한법 등에서는 별도로 정하고 있는 특정소득에 대해서는 조세정책적 목적으로 소득세를 과세하지 않는다. 그 중 소득세법시행령 제38조 제1항 가목의 규정에서 정하는 연구기관에 종사하고 있는 자가 받는 연구활동비의 일정 부분에 대해서는 연구종사자의 연구의욕 고취 등을 위하여 현재 소득세를 비과세하고 있다. 비과세되는 소득은 소득세의 과세대상소득에서 제외됨으로써 소득세를 과세하지 않으므로 그만큼 비과세소득을 지급받는 근로자의 소득세부담이 줄어들게 되는 것이다. Ⅱ. 연구활동비 비과세 연혁 2003년 12월 30일 개정 공포된 소득세법시행령 개정법률에서 2004년 이후 발생하는 중소기업.벤처기업부설 연구소 연구전담직원의 연구활동비에 대하여 소득세를 비과세하게 된다. 종전에는 대학.전문대학 및 이에 준하는 대학의 교원, 특정연구기관육성법의 적용을 받는 연구기관, 특별법에 의하여 설립된 정부출연연구기관 및 지방자치단체출연연구원의설립및운영에관한법률에 의하여 설립된 지방자치단체출연연구원의 연구종사자가 받는 연구보조비.연구활동비에 대해서만 비과세를 하였으나 이번에 소득세법시행령 개정시 중소기업.벤처기업부설 연구소의 연구전담직원도 비과세대상에 추가된 것이다. 연구활동비에 대한 비과세는 급여합계액에 일정비율을 곱한 금액을 한도로 비과세하고 있는 바, 이 비율은 다른 근로소득자와의 과세형평성을 고려하여 다음 표와 같이 점차적으로 축소해왔으며 앞으로도 이 비율을 축소시켜 2004년에는 15%, 2005년에는 10%, 2006년에는 5%로 조정하여 마침내 2007년도에는 아쉽게도 연구활동비에 대한 비과세제도를 폐지할 예정이다(所令 부칙(2003.12.30, 대통령령 제18173호) 제21조 참조). ※ 연구활동비 비과세한도비율 연혁 및 계획

연도	1991～1992	1993	1994～1995	1996	1997	1998	1999～2003	2004	2005	2006
비과세한도	50%	45%	40%	35%	30%	25%	20%	15%	10%	5%

*연구활동비의 연도별 비과세한도는 급여합계액(연구활동비를 제외한 총급여액에 연구활동비를 합한 금액)에 당해 연도의 비율을 각각 곱한 금액임. 연구활동비에 대한 비과세제도 폐지는 중소기업.벤처기업부설 연구소의 연구전담직원에 대한 비과세 적용 이전에 이미 결정된 사항으로 특정연구기관육성법의 연구기관 등에 대한 연구활동비 비과세를 규정하고 있던 재정경제부 고시(2003. 5. 1, 제2003－9호)에서도 발표된 바 있다. 2003년까지는 연구기관 연구종사자의 연구활동비에 대한 비과세한도는 매년 재정경제부 장관이 결정하여 고시하였으나, 2003년 12월 30일 소득세법시행령 개정시 종전 고시사항을 소득세법시행령 및 시행규칙으로 옮겨 규정함으로써 법적 근거를 더욱 확실히 한 바 있다. 따라서 2004년부터는 연구활동비의 비과세에 관한 사항을 재정경제부에서 별도로 고시하지 않는다. Ⅲ. 연구활동비에 대한 비과세 내용 1. 관련규정 1) 소득세법시행령 규정(제38조 제1항 제8호, 동조 제3항) 8. 기술수당, 보건수당, 연구수당 기타 이와 유사한 성질의 급여. 다만, 다음 각목의 1에 의한 금액을 제외한다. 가. 대학.전문대학 및 이에 준하는 학교(이하 이 호에서 ‘대학 등’이라 한다)의 교원이 받는 연구보조비와 특정연구기관육성법의 적용을 받는 연구기관, 특별법에 의하여 설립된 정부출연연구기관, 지방자치단체출연연구원의설립및운영에관한법률에 의하여 설립된 지방자치단체출연연구원 또는 기술개발촉진법시행령 제15조 제1항 제1호.제3호의 중소기업.벤처기업의 기업부설연구소(이하 이 호에서 ‘중소기업.벤처기업부설연구소’라 한다)에서 연구활동에 직접 종사하는 자(대학교원에 준하는 자격을 가진 자에 한하되, 중소기업.벤처기업부설연구소에 종사하는 자는 그러하지 아니하다)가 받는 연구활동비로서 급여합계액(연구보조비.연구활동비를 제외한 총급여액에 연구보조비 또는 연구활동비를 합한 금액을 말하며, 대학 등의 교원이 대학 등의 부속병원에 근무함으로써 추가로 지급받는 금액을 제외한다)에 100분의 20을 적용하여 계산한 금액을 한도로 한 금액 ③ 원천징수의무자는 제1항 제8호 가목의 규정을 적용받는 소속근로자가 있는 경우에는 다음 각호의 증빙서류를 다음연도 2월 10일까지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 1. 당해 기관의 연구보조비지급규정 또는 연구활동비지급규정 2. 재정경제부령이 정하는 연구보조비.연구활동비지급액총괄표 3. 재정경제부령이 정하는 개인별연구보조비.연구활동비지급조서 2) 소득세법시행령 부칙 규정(2003.12.30. 대통령령 제18173호) 제7조【근로소득에서 제외되는 연구보조비.연구활동비에 관한 적용례】① 제38조 제1항 제8호 가목(중소기업.벤처기업부설연구소에 관한 사항을 제외한다)의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용하고, 중소기업.벤처기업부설연구소에 관한 사항은 이 영 시행 후 발생하는 소득분부터 적용한다. ② 제38조 제3항의 개정규정은 이 영 시행 후 제출하는 분부터 적용한다. 제21조【근로소득에서 제외되는 연구보조비.연구활동비에 관한 적용특례 등】① 제38조 제1항 제8호 가목의 개정규정은 2006년까지의 과세연도에 대하여 적용하되, 2004년 1월 1일부터 2006년 12월 31일까지의 기간동안의 근로소득에서 제외되는 연구보조비.연구활동비의 한도를 계산하는 비율에 대하여는 다음 표상 각각의 과세기간에 해당하는 비율을 적용한다.

과 세 기 간	비 율(%)
2004. 1. 1 ∼ 2004. 12. 31.	15
2005. 1. 1 ∼ 2005. 12. 31.	10
2006. 1. 1 ∼ 2006. 12. 31.	5

② 제38조 제3항의 개정규정에 불구하고 2003년도에 지급한 연구보조비 또는 연구활동비의 증빙서류는 2004년 5월말일까지 제출하여야 한다. 3) 기술개발촉진법시행령【제15조】 제15조【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】① 법 제7조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”라 함은 다음 각호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다. 1. 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 설립한 기업부설연구소：5인 이상 2. 국외에 있는 기업부설연구소：5인 이상 3. 과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조의 규정에 의한 벤처기업이 설립하는 기업부설연구소 ：2인 이상(창업일부터 5년간에 한한다) 2. 연구활동비 비과세 대상자 2003년 12월 30일 소득세법시행령 개정시 연구활동비 비과세 대상에 포함된 중소기업?벤처기업부설 연구소는 기술개발촉진법시행령 제15조 제1항 제1호?제3호에 규정된 기업부설 연구소를 말한다. 기술개발촉진법시행령 제15조 제1항 제1호?제3호에 규정된 기업부설 연구소는 중소기업 또는 벤처기업에서 운영하는 기업부설기술개발촉진법시행령에서 정하는 바와 같이 연구전담요원 및 독립된 연구시설 등 일정한 요건을 갖추고 과학기술부장관의 인정을 받은 기업부설연구소를 말하는 것이므로 여기에 해당되지 않는 대기업, 또는 일반 중소기업?벤처기업의 기업부설연구소는 비과세규정의 적용대상에 해당하지 않는다. 또한 특정연구기관육성법의 적용을 받는 연구기관, 특별법에 의하여 설립된 정부출연연구기관 및 지방자치단체출연연구원의설립및운영에관한법률에 의하여 설립된 지방자치단체출연연구원의 연구종사자의 경우에는 대학교원에 준하는 자격을 가진 자에 한하여 비과세규정을 적용받을 수 있으나, 중소기업?벤처기업부설 연구소에 종사하는 연구종사자는 이러한 제한없이 비과세규정을 적용받을 수 있다는 점을 유의하여야 한다. 3. 연구활동비의 비과세한도 비과세대상 연구활동비(중소기업?벤처기업부설 연구소의 경우 2004년 1월 1일 이후 발생하는 분부터)에 대하여 “Ⅱ. 연구활동비 비과세 연혁”에서 언급한 바와 같이 급여합계액(연구활동비를 제외한 총급여액에 연구활동비를 합한 금액)에 연도별 비과세한도 비율(2004년도는 15%)을 각각 곱한 금액을 한도로 소득세를 과세하지 않는다. 연구활동비 비과세 한도 금액 ＝ 급여합계액 × 비과세한도 비율 비과세되는 연구활동비는 당해 연구기관 또는 기업의 연구활동비 지급규정에 따라 일정하게 지급되는 연구활동비로서 연구활동비 지급규정이 없거나 연구활동비 지급규정이 있더라도 지급규정과 달리 연구기관 또는 기업이 임의로 지급하는 연구활동비는 비과세 규정을 적용받을 수 없다. 연구활동비의 비과세한도에 대해서는 실제 계산사례를 통하여 알아보도록 한다. [계산사례]

1. 연구원 홍길동의 급여지급 사항 ◇기본급：2,400만원 ◇상 여：800만원 ◇연구활동비：600만원 ◇식대：150만원(월 12만5천원) ◇급여합계액：3,950만원 2. 연구활동비 비과세 금액 산정(2004년도) ◇급여합계액 ＝ 2,400만원(기본급) ＋ 800만원(상여) ＋ 30만원*(식대 중 비과세금액) ＋ 600만원(연구활동비) ＝ 3,830만원 * 식대는 월 10만원까지 비과세하므로 비과세식대는 급여합계액 산정시 제외한다. ◇비과세한도 ＝ 3,830만원 × 15% ＝ 574.5만원 ◇비과세금액 ＝ Min(600만원, 574.5만원) ＝ 574.5만원 ◇연구원 홍길동은 연구활동비 600만원 중 574.5만원을 비과세하게 되므로 급여합계액 3,950만원 중 3,255.5만원(3,950만원 － 120만원 － 574.5만원)이 소득세 과세대상소득에 해당한다. 매월분 근로소득세에 대한 소득세를 원천징수하는 때에는 과세대상급여에서 제외되는 연구활동비는 당해 월에 지급하는 급여합계액을 기준으로 위의 규정을 적용한다. Ⅳ. 연구활동비 비과세 실무처리 연구활동비를 비과세하는 각 연구기관은 소속연구종사자의 연구활동비 지급과 관련한 다음의 각 증빙서류를 과세연도 다음해 2월 10일까지 원천징수관할세무서장에게 제출하여야 한다.「나. 연구보조비?연구활동비지급액총괄표, 다. 개인별 연구보조비?연구활동비지급조서서식」은 소득세법시행규칙에서 앞으로 신설될 예정이나 거의 변동없이 기존의 재정경제부에서 고시되었던 서식을 약간 수정해서 정해질 것이다. 가. 연구활동비지급규정(연구활동비 규정에는 연구원의 직급, 호봉, 직책 등에 따른 연구활동비의 지급규정에 관한 사항이 구제적으로 명사되어야 한다) 나. 연구보조비.연구활동비지급액총괄표 다. 개인별 연구보조비.연구활동비지급조서 Ⅴ. 연구기관 지원업무 종사자의 연구활동비 비과세 여부 특정연구기관육성법의 적용을 받는 연구기관 또는 특별법에 의하여 설립된 정부출연연구기관, 지방자치단체출연연구원의설립및운영에관한법률에 의하여 설립된 지방자치단체출연연구원에서 직접적으로 연구업무를 지원하는 업무를 하는 자가 지급받는 연구활동비에 대해서는 월 20만원 한도로 소득세를 비과세하나 중소기업?벤처기업부설 연구소에서 연구업무에 종사하는 직원의 경우에는 비과세하지 않는 점을 유의해야 한다. Ⅵ. 맺음말 2003년 12월 30일 개정공포된 소득세법 및 동법시행령에 의하여 소득세가 비과세되는 근로소득의 범위에 포함된 중소기업.벤처기업부설 연구소 연구전담직원의 연구활동비의 비과세 제도에 대하여 관심있는 분들이 궁금해 하고 있는 사항에 대하여 이렇게 지면으로나마 설명할 수 있는 기회를 가지게 된 데 대하여 기쁘게 생각한다. 중소기업.벤처기업 연구전담직원의 연구활동비에 대한 비과세는 기존의 특정 연구기관 연구원 및 대학 등의 교원이 지급받는 연구활동비.연구보조비에 대한 비과세제도에서 비과세 대상을 확대하여 적용하는 것이므로 기본적으로 기존제도에서 운영되는 것과 동일하다. 따라서 비과세규정을 적용함에 있어 앞의 설명 중 몇가지 유의해야 할 점들을 제외하고는 기존의 예규 또는 해석례를 참고하면 크게 어려움이 없을 것으로 예상된다. 이 점 독자 여러분의 이해를 구하는 바이다.