대학교 산하 산학협력단은 외부로부터 특정연구 관련 연구과제 관련하여 국고보조금을 수령하고, 수령된 보조금을 사용 예산에 따라 사용하게 됩니다. 사용내역 중 연구주체가 되는 교수(대학교 소속)와 본교 박사과정에 있는 대학원생이나 졸업생 등 외부인력을 연구보조원 하여 인건비를 지급하고 있을 것입니다. 이 경우 통상 연구기간은 통상 연구프로젝트별로 1년 이내도 있고, 1년을 초과하는 경우 장기프로젝트도 있을 수 있는바, 연구개발용역에 연구보조원으로 참여한 대학생 및 대학원생, 졸업생 등에게 총 금액을 연구기간에 안분하여 월단위로 지급한 연구보조참여인력의 인건비 원천징수 방법에 대해서는 다음의 요건을 살펴보아야 할 것입니다. 첫째, 원천징수 대상인 근로소득, 일용근로소득에 대한 구분을 정확히 이해할 줄 알아야 합니다. 근로소득이란, 사업주와의 고용관계에 의해 근로를 제공하고 그 대가로서 지급받는 급여를 말하며, 근로자가 종속적인 지위에서 근로를 제공하고 받는 대가를 말하는 것으로 매달 급여를 지급할 때 간이세액조견표에 의해 원천징수하며 연말정산을 통하여 납부해야 할 세액을 계산하여 정산하는 것입니다. 일용근로자란 사업주와의 고용관계에 의해 근로를 제공한 날 또는 시간에 따라 근로대가를 계산하거나 근로성과에 따라 급여를 계산하여 받는 자로서 동일 고용주에게 3월 이상 계속하여 고용되어 있지 않은 자를 말하는 것입니다. 즉, 근로자와 일용근로자는 사업주와의 고용관계가 있는 경우 구분되는 소득으로 여기서, 반드시 알아야 하는 사항인“고용관계가 있는지에 대한 판단”은 근로제공자가 업무 또는 작업에 대한 거부를 할 수 있는지, 시간적․장소적인 제약을 받는지, 업무수행과정 중에 구체적인 지시를 받는지, 복무규정의 준수의무 등에 의하여 종합적으로 판단할 사항입니다. 사업주와의 고용관계에 따른 근로자를 판단하는 구체적인 사항은 다음과 같습니다.　　

• ❶ 업무의 내용이 사용자에 의하여 정해지는지 여부
• ❷ 취업규칙 또는 복무(인사)규정 등의 적용을 받는지 여부
• ❸ 업무 수행 과정에 있어서도 사용자로부터 구체적, 개별적인 지휘 감독을 받는지 여부
• ❹ 사용자에 의하여 근무시간과 근무 장소가 지정되고 이에 구속 받는지 여부
• ❺ 기본급이나 고정급이 정하여져 있는지 여부 등 보수에 관한 사항
• ❻ 다른 법령에 의하여 근로자로서의 지위를 인정받는지 여부 등

이에 따라 근로자란 “사업주와의 고용관계에 의해 근로를 제공하고 그 대가로서 지급받는 자”를 말하며, 근로자가 종속적인 지위에서 “임금을 목적으로 근로를 제공하는 자”를 말하는 것으로 법에서 규정하고 있습니다. 둘째, 원천징수 대상인 사업소득, 기타소득,에 대한 구분을 정확히 이해할 줄 알아야 합니다. 사업소득이란 용역을 제공하는 자가 고용관계가 없이 독립된 자격으로 계속적, 반복적으로 용역을 제공하고 성과에 따라 지급받는 금액을 말하는 것으로 지급 자는 소득금액을 지급하는 때에 사업소득의 3.3%(주민세 포함) 원천징수하는 것이며, 소득자는 종합소득세 확정 신고를 통하여 소득을 신고하고 이때 원천징수 된 세액은 기 납부세액으로 공제받는 것입니다. 기타소득이란 용역을 제공하는 자가 고용관계가 없이 독립된 자격으로 일시적, 우발적으로 용역을 제공하고 받는 수당 등은 기타소득에 해당하는 것으로 지급하는 자는 기타소득에 80%를 필요경비로 공제한 기타소득금액의 22%(주민세별도)를 원천징수하며 소득자는 사업소득과 마찬가지로 기타소득에 대하여 다음해 5월 종합소득세 확정 신고를 하여야 하나, 연간 기타소득금액이 3백만원 이하인 경우 납세자의 선택에 의하여 종합소득세 확정 신고를 하여도 되고 원천징수만으로 납세의무가 종결되는 분리과세를 선택할 수 있습니다. 따라서, 대학원생, 졸업생 등인 연구보조원이 연구주체인 교수가 연구목적으로 고용한 연구원 등이 받는 인건비에 해당하는 경우에는 근로소득으로 과세하는 것이며, 연구목적의 고용관계 없는 연구보조원 등이 받는 연구비인 경우에는 기타소득으로 과세하는 것입니다. 대학이 연구비를 직접 관리하는 경우 연구보조원에 지급하는 연구보조비의 과세여부에 대한 국세청 유권해석은 다음과 같습니다. 대학이 연구주체가 되어 연구비를 직접 관리하는 경우, 연구소와 고용관계가 없는 연구보조원(대학생)이 일시적으로 연구보조업무를 수행하고 받는 금액은「소득세법」제21조 제1항 제19호의 과세대상 기타소득에 해당하는 것입니다. 다만, 대학원생 등을 연구업무에 직접 참여시키지 않고 시장조사 등 단순업무를 매일 매일의 필요에 의하여 맡기고 시간급 또는 일당을 지급하는 경우에는 일용근로자로 보아 원천징수를 할 수 있으며, 이 경우에도 3개월을 초과하여 계속 근무하는 경우에는 일반근로자와 동일하게 근로소득으로 보아 원천징수 하여야 하는 것임. (법인46013-3593, 1998.11.23.) 즉, 대학교 산하 산학협력단이 외부로부터 특정연구 관련 연구과제 관련하여 보조금을 수령하고, 연구주체가 되는 교수(대학교 소속)가 산학협력단과 근로계약을 체결하지 않은 대학원생이나 졸업생 등 외부인력을 연구보조원으로하여 인건비를 지급하는 경우에는, 연구보조원의 경우 ❶ 업무의 내용이 산학협력단에 의하여 정해지기 보다는 연구책임자인 교수에 의하여 정해지고, ❷ 산학협력단의 취업규칙 또는 복무(인사)규정 등의 적용을 받지는 않을 것이며, ❸ 업무 수행 과정에 있어서도 산학협력단으로부터 구체적, 개별적인 지휘 감독을 받지 않을 것이며, ❹ 기본급이나 고정급이 정하여져 있는지도 않으며, ❺ 다른 법령에 의하여 근로자로서의 지위를 인정받지는 않을 것입니다. 결국, 일시적으로 연구용역을 제공하고 고용관계 없이 수당 또는 이와 유사한 성질의 대가를 지급받는 소득세법 제21조에 따른 기타소득에 해당하는 것이므로 졸업생 등 외부 참여연구원에게 지급하는 연구활동비, 연구수당, 출장비 등은 그 명칭여하에 불구하고 전부 기타소득으로 보아 원천징수대상 소득으로 보아야 할 것입니다. 이와 유사하여 대학교비와 외부수탁연구비에서 재원을 마련하여 대학원생에게 조교장학금을 제정하여 매월 일정금액을 지급하는 조교장학금에 대한 과세여부에 대한 국세청 유권해석은 다음과 같습니다. 외부수탁과제로 재원을 마련하여 매월 대학원생에게 지급한 연구비가 당해 대학의 장학금지급에 관한 규정에 의하여 사실상 장학금으로 지급된 금액으로서 사회통념상 타당하다고 인정되는 것은 과세대상소득에 해당하지 아니하는 것이나 , 이에 해당되지 아니하는 경우로서 지급기관과 대학원생 사이에 고용관계가 있는 경우에는 근로소득에 해당되는 것이며, 고용관계가 없는 경우에는 기타소득에 해당되는 것입니다. (원천세과-712, 2009.9.1.) 결론은, 산학협력단과 근로계약을 체결하지 않은 대학원생이나 졸업생 등 외부인력을 연구보조원으로하여 인건비를 지급하는 경우에는 전부 기타소득으로 보아 원천징수대상 소득으로 보아야 할 것입니다.