인지세법 제3조 제3호의 도급에 관한 문서는「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」제11조 또는 "지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률" 제14조에 따라 작성하는 도급문서로서 종이계약서, 전자문서 구분없이 전자문서에 대하여도 2011.1.1일부터 인지세를 과세하도록 하고 있는 바, 개정 인지세법에 따라 조달청 나라장터 시스템을 통하여 이루어지는 계약에도 인지세가 부과되고 있습니다. 다만,「인지세법」제6조에서는 국가나 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함)가 작성하는 증서에 대하여는 비과세문서에 해당하여 인지세를 납부하지 않는 것으로 규정하고 있습니다. 「인지세법」제6조 “비과세문서”에서 규정하고 있는 내용은 다음과 같습니다. 　　

• 1. 국가나 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)가 작성하는 증서 또는 통장 10. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 적용을 받는 토지 등을 국가, 지방자치단체 또는 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인에 양도하는 경우 그 양도 절차상 필요하여 작성하는 증서

국립대학은 기본적으로 국가 공무원이 근무하는 각종 관서이므로 원칙적으로 비과세 대상으로서 인지세를 납부하지 않아도 무방하나, 국립대학교의 산학협력단과 사립대학은 특별법에 의해 설립된 법인으로 다른 순수한 국가기관과 차이가 있으며,“국가나 지방자치단체”에 해당하지 않으므로 인지세가 과세되는 것입니다. 인지세법 기본통칙 6-0…1 “국가 및 지방자치단체의 의의”에서 규정하고 있는 내용은 다음과 같습니다. 「인지세법」제6조 제1호 및「인지세법」제7조에서 “국가”란 헌법에서 규정하는 각종 국가기관 및 법령에 따라 국가공무원이 근무하는 각종 관서를 말하며, “지방자치단체”란 지방자치법 등 법령에 따라 지방공무원이 근무하는 각종 관서를 말한다. 결국, 인지세 과세여부는 국립대학교의 산학협력단과 사립대학 등 특별법인을 국가나 지방자치단체와 동일시 할 수 있는지가 쟁점이나, 국립대학교의 산학협력단이「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」제11조 또는 「지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」제14조에 따라 작성하는 도급문서 또는 위임에 관한 증서는 비과세문서에 해당하지 아니므로 국립대학교의 산학협력단과의 연구용역계약 체결시에는 인지세를 납부해야 하는 것입니다. 여기서,「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」제11조 또는 지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 제14조에 따라 작성하는 도급문서"를 해석함에 있어, 국가나 지방자치단체가 아닌 정부투자기관 및 특별법에 설립된 법인 등이 체결하는 경우도 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률의 적용을 받는 것으로 해석하고 있습니다. 다만, 정부투자기관이나 특별법인 등에 대해서는 예외적으로 해당 기관의 정관에서 도급과 관련해서 국가계약법(국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률)따르기로 하겠다고 “정관에 규정이 명시된 경우” 및 “당해 기관의 정관에 의하여 위임받은 회계원칙”에서 규정한 경우에만 국가계약법을 적용하여 인지세를 납부하는 것입니다. 특별법에 의해 설립된 법인의 도급계약서가 인지세 과세대상인지 여부 및 미첩부된 과세문서의 인지세 납부방법에 대한 과세관청의 유권해석은 다음과 같습니다. 정부투자기관이나 특별법인 등은 당해 기관의 정관에서 “국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률”을 준용하는 경우에 한하여 「인지세법 시행령」제2조의 3 제4호의 규정을 적용하는 것이며, 당해 기관의 정관에서 위임받은 회계원칙에서 “국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률”을 준용하는 경우를 포함하는 것입니다. (소비세과-1520, 2008.7.9.) 따라서, 국립대학교의 산학협력단이 작성하는 문서가 산학협력단의“정관에 규정이 명시된 경우”및“당해 기관의 정관에 의하여 위임받은 회계원칙”에 의하여 도급과 관련해서 국가계약법(국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률)을 준용한다고 명시되어 있는 경우에는 인지세법에 따른 과세대상 문서로 취급되어 인지세를 납부해야 될 것이나, 만약 정관에 국가계약법을 준용하는 규정이 없다면 과세대상 문서에 포함되지 않으므로 인지세를 납부할 필요가 없을 것입니다.