국세법에는 기준시가에 관한 규정이 많이 있다.이 규정들이 동일한 거래에 대하여도 각각 개별 조세법률의 규정이 달리 적용되는 점을 유의하여야 한다. 1.기준시가규정의 요약 (1)법인세법과 부가가치세법의 부당행위계산부인시의 시가규정 법인세법과 부가가치세법의 부당행위계산부인시의 시가규정은 다음의 순차에 의하는 것이고 이 중 기준시가는 주로 상속세및 증여세법의 규정을 인용한다. ① 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격 ② 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다. ③ 상속세및증여세법 제38조 내지 상속세및증여세법 제39조의 2 및 상속세및증여세법 제61조 내지 상속세및증여세법 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액 (2)소득세법의 기준시가 소득세법이 적용하는 기준시가는 다음과 같이 규정의 용도에 따라 각각 달리 적용되어야 한다. 1)사업소득 등 부당행위계산 부인의 기준시가 사업소득·부동산소득 및 산림소득의 부당행위계산부인시에 적용하는 기준시가는 위 법인세법의 부당행위계산부인시의 시가규정과 결과적으로 동일하다. ‘시가 감정가액 기준시가(상속세및증여세법의 보충적평가가액)’의 순차에 의한 가액을 시가로 적용한다. 2)기준시가에 의하여 양도소득세계산시의 기준시가 양도소득세계산시의 기준시가는 소득세법의 양도소득세편에 따로 규정한 기준시가 규정에 의하는 것으로서 위의 사업소득의 시가규정과 다르다. 가.자산의 양도가액을 기준시가에 의하여 산정하는 경우(소득세법 제99조) 소득세법상 자산의 양도가액을 기준시가에 의하여 산정하는 경우에 기준시가는 다음과 같다. ①토 지 - 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가 ②건 물 - 건물(공동주택은 제외)의 신축가격·구조·용도·위치·신축연도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액 ③상장 또는 등록주식 - 상속세및증여세법 제63조 제1항 제1호 가목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 동목 중 "평가기준일 이전·이후 각 2월"은 각각 "양도일·취득일 이전 1월"로 본다. ④비상장주식의 평가 - 다음의 산식에 의하여 평가한 순손익가치와 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의한다. 다만, 부동산과다보유법인(소득세법시행령 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다. (2003.12.30. 개정) 1주당 가액＝1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액÷금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율(순손익가치환원율 상속세및증여세법의 규정과는 달리 양도소득세계산시의 기준시가규정에서는 순손익가치는 직전 사업연도의 순손익액에 의하여 평가하고, 순자산가치는 직전 사업연도종료일 현재 당해 법인의 장부가액(토지의 경우에는 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 기준시가)에 의한다. 나.양도소득과세표준과 세액의 결정·경정하는 경우 위 ‘가.자산의 양도가액을 기준시가에 의하여 산정하는 경우(소득세법 제99조)’의 기준시가와 동일하다. 다.양도소득의 부당행위 계산 상속세및증여세법 제60조 내지 상속세및증여세법 제64조와 상속세및증여세법시행령 제49조 내지 상속세및증여세법시행령 제59조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 이 경우 상속세및증여세법시행령 제49조 제1항 본문 중 "평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간"은 "양도일 또는 취득일 전후 각 6월의 기간"으로 본다. ①토 지 - 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가 ②건 물 - 건물(공동주택은 제외)의 신축가격·구조·용도·위치·신축연도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액 ③상장 또는 등록주식 - 상속세및증여세법 제63조 제1항 제1호 가목의 규정을 준용하여 평가한 가액. ④비상장주식의 평가 - 순손익가치는 평가기준일 이전 3개사업연도의 가중평균 순손익(직전사업연도순손익이 아님)에 의하여 평가하고, 순자산가치는 평가기준일 현재의 가액(직전 사업연도종료일 현재 당해 법인의 장부가액이 아님)에 의한다. 2.기준시가들의 적용시 유의 위 요약된 내용에 의하면, ①법인세와 부가가치세 - 법인세법의 부당행위계산부인,부가가치세법의 부당행위계산부인의 경우에는 동일한 기준시가의 규정이 적용되므로 법인의 특수관계자간의 거래에 대하여는 동일한 기준시가에 의하여 법인세와 부가가치세의 부당행위계산을 한다. 법인세와 부가가치세의 부당행위계산부인규정에 동일하게 적용되는 기준시가 중에는 상속세및증여세법 제38조 내지 상속세및증여세법 제39조의 2 및상속세및증여세법 제61조 내지 상속세및증여세법 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액이 준용되는 경우가 있는 바, 이중 특히 건축물의 기준시가산정시에 적용하는 재경부고시는 ‘상속세및증여세법에의한건물기준시가고시 국세청고시 제2003-39호, 2003년 12월 31일) 에 의하며 이 고시에 의한 건물신축가격기준액은 ㎡당 460,000원으로 한다. 또한 법인세법의 기준시가는 주로 상속세법의 기준시가규정을 인용하는 것이나 법인세법의 규정이 상속세및 증여세법의 규정과 특히 다른 점은,상속세및증여세법은 실지거래가액등을 시가로 인용하는데는 6월이내에 발생한 거래시례가액에 한하여 기준시가로 인용하도록 규정함에 비하여 법인세법은 ‘6월이내’인 제약이 없다는 점이다. ②사업소득세와 부가가치세 - 사업소득세에 대한 소득세법의 부당행위계산부인,부가가치세법의 부당행위계산부인의 경우에는 동일한 기준시가의 규정이 적용되므로 사업소득의 특수관계자간의 거래에 대하여는 동일한 기준시가에 의하여 소득세와 부가가치세의 부당행위계산을 한다. ③상속세및 증여세법상의 기준시가 - 이 법에 의한 기준시가는 재산의 상속·증여 또는 증여의제의 경우에 대하여 적용한다. ④양도소득세의 부당행위 계산부인 - 이 경우에는 기준시가를 상속세법에 의한 기준시가로 적용하는 것이고 아래의 양도소득세경정시의 기준시가에 의하는 것이 아니다.실지거래가액에 의한 양소득세의 신고내용을 기초로 실지거래가액이 시가로 적합한 것인지 아니면 저가양도인지를 가리는 데에는 상속세 및 증여세법에 의한 평가액에 의한다.예를 들어 비상장주식의 기준시가평가시 순손익가치는 평가기준일 이전 3개사업연도의 가중평균 순손익(직전사업연도순손익이 아님)에 의하여 평가하고, 순자산가치는 평가기준일 현재의 가액(직전 사업연도종료일 현재 당해 법인의 장부가액이 아님)에 의한다. ⑤양도소득세 추계 경정시의 기준시가 - 양도소득세의 과세표준을 추계 경정함에 있어서의 기준시가는 상속세 및 증여세법에 의한 기준시가가 아니고 소득세법 자체의 규정에 의한 기준시가를 적용한다.예를 들어 비상장주식의 평가시, 순손익가치는 직전 사업연도의 순손익액에 의하여 평가하고, 순자산가치는 직전 사업연도종료일 현재 당해 법인의 장부가액(토지의 경우에는 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 기준시가)에 의한다. 또한 건축물의 기준시가 산정시에 적용하는 재경부 고시는 위의 상속세법의 규정에 의한 고시와는 다른 ‘소득세법에의한건물기준시가고시 국세청고시 제2003-38호, 2003년 12월 31일)’를 적용하는 것이다. 즉 양도소득세관련 소득세법이 정하는 기준시가는 실지거래가액에 대한 증빙 등이 확인되지 아니하여 실지거래가액을 알 수없는 경우에 적용하는 기준시가이다.