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(2) 특수지역 지방이전 감면

기회발전특구로 본점 및 공장 이전 감면 ① 감면 범위 지특법(§80의2②)의 규정에 의거 과밀억제권역에서 본점 또는 주사무소를 설치하거나 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 기업이 해당 본점이나 주사무소 또는 공장을 폐쇄하고 수도권 외의 기회발전특구로 이전하는 경우 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 사업용 부동산에 대하여 다음에 따라 지방세를 감면한다. 이 경우 수도권내라도 산업단지나 인구감소지역 또는 「접경지역 지원 특별법」 제2조제1호에 따른 접경지역은 수도권의 범위에서 제외한다. 『기회발전특구』는 개인 또는 법인의 대규모 투자를 유치하기 위하여 관계 중앙행정기관과 지방자치단체의 지원이 필요한 곳으로 산업통상자원부장관이 지정·고시하는 지역을 말한다.(산업통상자원부 고시 제2024-112호, 2024.6.25.참조) (1) 취득세 : 50% 경감 (2) 재산세 : 최초로 성립한 날부터 5년간 재산세 면제 (3) 조례감면 : 취득세 감면시 100분의 50의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감, 재산세를 감면시 5년간 감면기간을 연장하여 100분의 50의 범위에서 조례로 감면 ② 감면 대상 부동산의 범위 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제23조에 따라 지정된 기회발전특구로 본점 또는 주사무소를 이전한 기업이 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산의 범위는 법인의 본점 또는 주사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산으로서 다음의 요건을 모두 갖춘 것으로 한다. (1) (취득시기 요건) 수도권 외의 기회발전특구로 이전하기 위하여 취득한 본점 또는 주사무소용 부동산으로서 사업을 시작하기 이전에 취득한 것일 것 (2) (사업실적 요건) 수도권(법 제75조의5에 따른 인구감소지역 또는 「접경지역 지원 특별법」 제2조제1호에 따른 접경지역을 제외) 내의 본점 또는 주사무소를 수도권 외의 기회발전특구로 이전하기 위하여 사업을 중단한 날까지 6개월(임차한 경우에는 2년을 말함) 이상 사업을 한 실적이 있을 것 (3) (이전전 본점 폐쇄요건) 수도권 외의 기회발전특구에서 그 사업을 시작한 날부터 6개월 이내에 수도권(법 제75조의5에 따른 인구감소지역 또는 「접경지역 지원 특별법」 제2조제1호에 따른 접경지역을 제외) 내에 있는 종전의 본점 또는 주사무소를 폐쇄할 것 ③ 공장이전 감면 요건 기회발전특구로 이전하는 공장의 범위, 업종, 규모는 「지방세법 시행규칙」 별표 2에서 규정하는 업종의 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함)이 200제곱미터 이상인 것으로 한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장 경계구역 안에 설치되는 종업원의 후생복지시설 등 각종 부대시설(수익사업용으로 사용되는 부분은 제외)을 포함한다. 또한 기회발전 특구로 이전하는 공장의 경우 감면 대상이 되는 공장용 부동산은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것이어야 한다. (1) (취득시기 요건) 이전한 공장의 사업을 시작하기 이전에 취득한 부동산일 것 (2) (사업실적 요건) 공장시설을 이전하기 위하여 수도권(법 제75조의5에 따른 인구감소지역 또는 「접경지역 지원 특별법」 제2조제1호에 따른 접경지역을 제외) 내에 있는 공장의 조업을 중단한 날까지 6개월(임차한 공장의 경우에는 2년을 말함) 이상 계속하여 조업한 실적이 있을 것. 이 경우 「물환경보전법」 또는 「대기환경보전법」에 따라 폐수배출시설 또는 대기오염물질배출시설 등의 개선명령·이전명령·조업정지나 그 밖의 처분을 받아 조업을 중단하였을 때의 그 조업 중지기간은 조업한 기간으로 본다. (3) (이전전 공장 폐쇄요건) 기회발전특구에서 그 사업을 시작한 날부터 6개월(시운전 기간은 제외) 이내에 수도권(법 제75조의5에 따른 인구감소지역 또는 「접경지역 지원 특별법」 제2조제1호에 따른 접경지역을 제외) 내에 있는 해당 공장시설을 완전히 철거하거나 폐쇄할 것 ④ 감면 추징요건 수도권 외의 기회발전특구로 본점이나 주사무소 또는 공장을 이전에 따른 감면 후 다음에 해당하는 경우 감면한 취득세와 재산세를 추징한다. (1) 본점이나 주사무소 또는 공장을 이전하여 지방세를 감면받고 있는 기간에 수도권에서 이전하기 전에 하던 사업과 동일한 사업을 수행하는 본점, 주사무소, 공장을 수도권에 다시 설치하는 경우 (2) 본점이나 주사무소 또는 공장을 이전하여 취득한 날부터 5년 이내에 해당 사업을 폐업한 경우 (3) 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 용도로 사용하는 경우 (4) 해당 사업에 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 인구감소지역으로 지방이전 감면 ① 감면 범위 지특법(§75의5①)의 규정에 의거 「인구감소지역 지원 특별법」에 따라 지정된 인구감소지역([별첨] : 89개 시군구)에서 제58조의3제4항 각 호의 업종(=중소기업창업업종)을 창업하기 위하여 취득하는 부동산이나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우를 포함)하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 다음에 따라 지방세를 감면한다. 여기서 사업장 신설은 중소기업창업에 해당하는 업종을 영위하기 위해 신설(기존 사업장을 이전하는 경우를 포함)하는 사업장을 말한다. 이 경우 기존 사업장을 이전하여 설치하는 사업장은 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외)에서 이전하는 사업장으로 한정한다. (1) 취득세 : 면제 (2) 재산세 : 과세기준일 현재 해당 용도로 직접 사용하는 부동산(2023년 1월 1일부터 2025년 12월 31일까지 취득한 부동산만 해당함)에 대해서는 재산세 납세의무가 최초로 성립한 날부터 5년간 재산세를 면제하며, 그 다음 3년간은 재산세의 100분의 50을 경감. ② 감면추징요건 지방세를 감면받은 자가 다음에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다. (1) 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 (2) 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(3) 이전공공기관의 지방이전 감면

지특법(§81①)의 규정에 의거 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」에 따른 이전공공기관이 같은 법 제4조에 따라 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 50%, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 50%를 각각 경감하고 이전공공기관의 법인등기에 대해서는 등록면허세를 면제한다. 여기서 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산은 승인받은 부동산으로 보아야 한다[(대법원2020두33589, 2020.5.14.) 참조]. [판례] 지방이전공공기관에 대한 감면요건(대법원2020두33589, 2020.5.14.) 지방이전계획은 인적 자원의 이전을 위한 사항뿐 아니라 물적 요소에 관한 사항까지 포함하고 있으므로, 지방이전계획이 변경승인 등을 거쳐 최종적으로 구체화된 시점에는 이전계획에 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대한 사항이 포함되어 있어야 함. 따라서 구 지특법 제81조 제1항의 요건을 「승인을 받아 이전할 목적으로 취득한 부동산」으로 해석하는 것은 「승인을 받은 부동산」으로 해석하는 것과 실질적으로는 그 결과가 다르지 아니함.

(4) 기업의 지방이전 유형별 감면요건 비교

3. 지방이전 감면의 중복적용시 특례배제

지특법(§180)의 규정에 의거 동일한 과세대상의 동일한 세목에 대하여 둘 이상의 지방세 특례 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면되는 세액이 큰 것 하나만을 적용한다. 다만, 지특법(§66①, §73, §74의2①, §92 및 §92의2) 규정과 다른 지방세 특례 규정이 함께 적용되는 경우에는 해당 특례 규정을 모두 적용하되, 지특법(§66①, §73, §74의2①, §92 및 §92의2) 규정 간에 중복되는 경우에는 그 중 감면되는 세액이 큰 것 하나만을 적용한다. 이는 두 개 이상의 감면규정을 모두 적용할 경우 발생할 수 있는 조세부담의 불공평성을 방지하면서 과다한 조세지원을 조절하여 세수를 확보하고 조세감면의 체계적인 관리를 유지하기 위한 것이다[(대법원96누1337, 1996.10.11.) 참조]. 그러므로 기업의 지방이전 감면을 적용함에 있어서 일반적인 본점이전 요건을 충족하면서 인구감소지역으로 이전하는 경우 취득하는 부동산에 대하여 납세자는 유리한 규정을 선택 적용하여 감면을 신청할 수가 있다. 예를 들면 본점 사업장 이전시에는 지특법(§79) 적용이 유리하고 본점이외 사업장이전시에는 지특법(§75의5①) 적용이 유리한 것이다[(조심2013지851, 2014.2.13.) 참조]. [사례] 중복감면의 적용기준(조심2022지60, 2023.8.29.) 쟁점건축물의 취득이 지방세특례제한법 제32조 제1항의 소규모 공동주택의 취득에 대한 감면요건과 같은 법 제31조 제1항의 임대주택의 취득에 대한 감면요건을 모두 충족하므로, 같은 법 제180조의 중복감면배제규정을 적용하여 두 감면규정 중 감면율이 높은 임대주택의 취득에 대한 감면의 적용대상에 해당함.

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[사례] 비과세 및 중복감면규정의 적용방법(행자부 지방세특례제도과－1199, 2014.8.1.) 동일한 과세대상인 하나의 사업지구 토지에 대하여 두 개의 조문(제31조 및 제85조의 2)을 선택적으로 중복 적용하는 것은 지특법 제96조의 입법취지 및 조세공평성에 배치되는 것으로 타당하지 아니함. 다만, 기부채납에 의한 비과세의 경우 지법에서 별도로 규정하고 있어 지특법상의 중복감면의 배제 규정 대상에 해당하지 않으므로, 사업지구 전체 토지 면적 중 기부채납 부분에 대하여는 우선적으로 비과세 규정을 적용한 후 나머지 토지에 대하여는 감면율이 높은 하나의 조항만을 적용함.

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[사례] 중복감면적용대상에 대한 추징대상 범위(조심2013지851, 2014.2.13.) 조세의 감면은 당해 과세대상의 납세의무성립시에 소정의 감면요건을 충족하였는지에 따라 그 적용 여부가 결정되는 것이고, 동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 그 규정에 따른 감면에 대해서는 추징규정이 없거나 추징사유가 발생하지 아니하였다면 나머지 다른 감면규정에 부속된 추징사유가 발생하여 그 규정에 따른 추징처분은 가능하게 되었다고 하더라도 원래의 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다고 할 것임[(대법원2010두26414, 2012.01.27.) 참조]. 공동주택을 취득할 당시 임대주택 감면요건과 주택유상거래 감면요건을 모두 충족하여 이 중 임대주택 감면을 선택한 후 임대의무기간(5년) 이내에 이 건 공동주택을 매각하여 추징사유가 발생하였으나, 여전히 주택유상거래에 대한 감면사유가 존재하므로 주택유상거래에 대한 취득세 감면을 배제하고 취득세 등 감면세액 전체를 추징한 처분은 부당함[(조심2013지78, 2013.4.25.) 참조].

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[판례] 유통산업에 대한 중과세배제특례와 중복감면(대법원2022두66125, 2023.3.16.) 취득세 세액감면에 대하여 규정한 구 지방세특례제한법 제57조의 2 제3항 제3호와 중과세율 배제에 관하여 규정한 제180조의 2 제1항 제1호는 모두 같은 법 제180조 본문에서 그 중복적용을 배제하고 있는 「감면 규정」에 해당하므로, 이를 동시에 적용하는 것은 같은 법 제180조 본문이 제한하고 있는 중복감면에 해당한다고 판단됨. 따라서 위 각 규정 중 감면율이 높은 구 지방세특례제한법 제57조의 2 제3항 제3호만을 적용함이 타당함. ※행안부 유권해석(행안부 지방세특례제도과-249, 2020.2.6.)에서도 「중과세율 적용 배제 특례가 감면에 해당한다」는 취지임.

4. 결어(유의점)

정부의 지역개발정책의 일환으로 수도권 인구집중을 억제하고 지방분산을 촉진하기 위하여 수도권소재 기업들이 수도권이외 지역으로 이전하는 경우 지방세제상의 지원을 마련하고 있다. 이미 지방이전에 따른 지방세제차원에서의 감면은 본점·주사무소의 지방이전에 따른 감면과 공장의 지방이전시 감면이 있으나 이와 더불어 기회발전특구, 인구감소지역 등으로 본점이나 공장 등을 이전하는 경우에도 지방세감면 등 특례를 적용하도록 추가 신설하였다. 그런데 지방이전에 따른 감면요건과 범위에 대하여 지방이전 유형별로 다소 차이가 있다. 그러므로 납세자의 입장에서는 사업장을 지방이전을 하는 경우 감면을 받을 수 있는 유리한 규정이 적용되는지 여부를 우선적으로 판단하여야 할 것이다. 왜냐하면 동일한 과세대상의 동일한 세목에 대하여 둘 이상의 지방세 특례 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면되는 세액이 큰 것 하나만을 적용하기 때문이다. 이 경우 감면 추징을 받는 경우에도 두 이상의 감면 추징규정이 적용되더라도 추징요건이나 추징액이 작은 것을 선택할 수가 있는 것이다. 그러므로 납세자는 사업장 지방이전시 이전하는 지역이 어느 지역에 해당하는지 여부를 확인하고 지방이전에 따른 감면 요건에 부합하는지 여부를 선제적으로 검토한 다음 이전전 사업장 폐쇄, 이전일정, 이전할 지역의 부동산 취득과 사업개시 등 추후 일정을 신중하게 마련하여야 할 것이다.(끝)

[별첨] 인구감소지역의 범위

「인구감소지역 지원 특별법」에 따라 지정된 인구감소지역(89개 시군구)은 인구감소로 인한 지역 소멸이 우려되는 시(특별시는 제외하고 광역시, 특별자치시 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따른 행정시는 포함)·군·구를 대상으로 출생률, 65세 이상 고령인구, 14세 이하 유소년인구 또는 생산가능인구의 수 등을 고려하여 정하는 지역을 말한다. 행정안전부에서 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제2조에 의거 인구감소지역을 아래 [표]과 같이 2021년 89개 시군구를 인구감소지역으로 지정·고시하였다. 전국 생활인구¹⁾ 감소지역 지정 현황을 연계하여 보면 전남, 경북, 전북, 경남, 강원, 충북 충남순으로 인구감소가 심각한 지역으로 나타나고 있는 것으로 분석된다. 1) 생활인구 = 등록인구(주민등록, 등록외국인) + 체류인구(월 1회, 하루 3시간 이상 체류) [표] 인구감소지역 현황(89개시군구)

부산(3)	동구 서구 영도구	대구(3)	남구 서구 군위군
인천(2)	강화군 옹진군	경기(2)	가평군 연천군
강원(12)	고성군 삼척시 양구군 양양군 영월군 정선군 철원군 태백시 평창군 홍천군 화천군 횡성군	충북(6)	괴산군 단양군 보은군 영동군 옥천군 제천시
충남(9)	공주시 금산군 논산시 보령시 부여군 서천군 예산군 청양군 태안군	전북(10)	고창군 김제시 남원시 무주군 부안군 순창군 임실군 장수군 정읍시 진안군
전남(16)	강진군 고흥군 곡성군 구례군 담양군 보성군 신안군 영광군 영암군 완도군 장성군 장흥군 진도군 함평군 해남군 화순군	경북(15)	고령군 문경시 봉화군 상주시 성주군 안동시 영덕군 영양군 영주시 영천시 울릉군 울진군 의성군 청도군 청송군
경남(11)	거창군 고성군 남해군 밀양시 산청군 의령군 창녕군 하동군 함안군 함양군 합천군

※ 행정안전부 보도자료 (2024.3.19.)에서 발췌하여 인용함