1. 의의

농어촌특별세는 농어업의 경쟁력강화와 농어촌 산업기반시설의 확충 및 농어촌지역 개발사업에 필요한 재원을 확충하기 위하여 징수하는 목적세이다. 농어촌특별세 부과징수의 근거가 되는 농어촌특별세법은 1994.7.1. 최초 시행된 후 2024.6.30.까지 30년간 효력을 가진다. 이러한 농어촌특별세법에 따라 취득세 및 등록분 면허세감면세액을 과세표준으로 하여 20%, 취득세 및 레저세 과세분에 대하여 10%를 지방세분 농어촌특별세로 부과하게 된다. 이 때 농어촌특별세법(=농특세법§2①)에 의거 농어촌특별세(=농특세) 과세대상이 되는 취득세 등 감면은 「지방세법」 또는 「지방세특례제한법(=지특법)」에 따라 취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 아래에 해당하는 것을 말한다. (1) 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 (2) 「지방세법」 제15조제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용 지특법상 감면에 대하여 별도 정의 규정을 두고 있지 아니하나, 지특법(§2①제6호)상 『지방세특례』의 범위를 정하고 있는바, 그 범위는 『세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등』 으로 열거하고 있다. 지방세특례는 ①직접적인 감면효과(세율경감, 세액감면, 세액공제)와 ②간접적 감면효과(중과세배제 및 과세대상구분전환)로 나뉘며, 지특법(§4①본문)상 지방세 감면의 범위를 『지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제(이하 이 조 및 제182조에서 "지방세 감면"이라 한다)』라고 규정하고 있어서 중과세배제, 과세구분은 이에 포함되지 아니하다. 또한 지특법(§177의2①)에서 취득세가 면제(세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 세율 전부를 감면하는 것)되는 경우에는 85% 감면율을 적용하고 15%(=최저한세)에 대하여 과세하게 된다. 이와 같이 농특세법상의 감면범위와 지특법의 감면범위에 대하여 차이가 있으므로 지방세분 농특세의 과세대상인 감면의 범위를 지특법상의 특례를 기준으로 볼 것인지 아니면 농특세법상 감면의 범위에 한정하고 과세대상여부를 판단할 것인지가 쟁점이다. 또한 취득세 감면시 농특세 비과세되는 경우 최저한세에 대하여도 농특세 비과세를 적용할 것인지 여부 등이 쟁점이다. 이에 여기서는 지방세분 농특세의 과세범위, 지특법상 면제되는 취득세의 최저한세에 대한 농특세 비과세대상 등에 대하여 고찰하고자 한다.

2. 지방세분 농어촌특별세의 과세대상과 징수방법

(1) 지방세분 농특세 과세대상과 『감면』의 범위

농특세법(§5①)에 따라 지방세분 농특세는 본세인 취득세, 등록분등록면허세 감면세액과 취득세, 레저세 과세분을 과세표준으로 하고 해당 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 「지방세 감면」의 범위와 「지방세 특례」 적용은 지특법상 「지방세 특례(법 §2 ① 6호)」와 「지방세 감면(법 §4 ①)」에서 각각 별도로 규정하고 있으며 그 범위도 상이하다. 지방세 특례는 「세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등」으로 개념규정을 두는 반면 지방세 감면은 「지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제(이하 이 조 및 제182조에서 “지방세 감면”이라 한다)」으로 규정하고 있기 때문에 지방세 감면에는 지방세중과세와 과세구분전환은 포함되지 아니하는 것으로 볼 수가 있는 것이다. 그러나 농특세법상 감면의 범위인 「지방세법」 또는 「지특법」에 따라 취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 『부과되지 아니하거나 경감되는 경우』에는 중과세세액 감면도 포함되는 것이므로, 중과세배제는 농특세법상 감면의 범위에 해당한다(행자부 세정과-1612, 2004.6.15., 참조). 예를 들어 중과세 적용대상에서 배제하는 지특법(§180의2①각호)의 조문에 따라 수도권 과밀억제권역내 부동산투자회사등의 부동산 취득시 취득세 중과세적용 배제된 경우 중과세경감액을 농특세 과세표준으로 하기 때문이다. [사례] 농어촌특별세의 등록면허세 과세표준 범위(행자부 세정과-1612, 2004.6.15.) ｢지방세법｣ 제138조 제1항의 규정에 의거 대도시 내에서의 법인의 설립과 그 설립 이후의 부동산등기에 대한 세율은 같은법 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하도록 되어 있으므로, ｢조세특례제한법｣ 제119조 제1항 제17호에 의거 감면을 받는 등록세는 중과세액이 되는 것이며 ｢농어촌특별세법｣ 제5조의 규정에서 농어촌특별세의 과세표준은 감면을 받는 등록세의 감면세액으로 규정하고 있으므로 등록세중과세액이 과세표준이 되는 것임(행자부 세정13407-516, 2000.4.18.) 지특법(§4 ①)에서 지방세 감면의 개념을 「지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제(이하 이 조 및 제182조에서 “지방세 감면”이라 한다)」라고 정의하고 있는데, 이에 해당하지 않는 중과세 배제가 구 지특법(§180)의 중복감면 배제의 적용대상에 해당되는지 여부가 쟁점이었다. 이와 관련하여 행안부 유권해석은 부동산투자회사가 현물출자로 취득하는 재산에 대하여 지특법(§57의2③제3호)의 규정에 따른 취득세 감면과 같은 법(§180의2)의 지방세 중과세율 적용 배제가 동시에 적용될 경우에는 중복감면 배제대상에 해당된다고 보았다(행안부 지방세특례제도과-249, 2020.2.6., 참조). 지방세특례와 지방세감면의 차이에 따른 이와 같은 혼선을 방지하고자 2023년 지특법(§180)의 규정을 『중복감면의 배제』에서 『중복특례의 배제』로 개정하면서, 동일한 과세대상의 동일한 세목에 대하여 둘 이상의 『지방세 특례 규정』이 적용되는 경우에는 그 중 감면되는 세액이 큰 것 하나만을 적용하도록 개정하였다. [사례] 감면규정과 중과세 배제규정의 중복감면의 적용가능성 지방세 감면에 대한 정의 규정이 없는 상황에서 ｢지방세특례제한법｣ 제180조의 중복감면 배제 조항의 중복감면에 대도시내 취득세 중과세율 적용 배제도 포함할 것인지에 대하여는 첫째, “감면”의 개념을 사전적 의미로 해석하더라도 중과세율 적용 배제를 통하여 조세부담을 덜어주는 것으로 감면의 범주로 볼 수 있는 점, 둘째, 구 조세특례제한법에서 규정하고 있던 감면 조항이 ｢지방세특례제한법｣으로 이관되면서 취득세 감면규정은 일몰로 종료하고 취득세 중과세율 적용 배제 규정만 존치하게 된 점, 셋째, ｢지방세특례제한법｣ 제180조의2 외에 개별조항에서도 중과세율 적용 배제 규정이 존재하고 있으므로 동일하게 적용되어야 하는 점 등 ｢지방세특례제한법｣ 제180조의2 중과세율 적용 배제 규정만 특별히 같은 법 제180조(중복 감면 배제) 규정을 적용받지 아니하여야 할 사유를 찾아볼 수 없음. 따라서, 부동산투자회사가 현물출자로 취득하는 재산에 대하여 ｢지방세특례제한법｣ 제57조의2제3항제3호의 규정에 따른 취득세 감면과 같은 법 제180조의2 지방세 중과세율 적용 배제가 동시에 해당될 경우에는 같은 법 제180조에 따른 중복감면 배제 대상에 해당되므로 감면율이 높은 감면 규정을 적용함이 타당함(행안부 지방세특례제도과-249, 2020.2.6.) [사례] 프로젝트금융회사의 대도시내 부동산매각과 추징배제 「지특법」제180조의2 제1항 본문 및 제3호에서 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대해「지법」제13조 제2항 본문 및 같은 조 제3항의 세율을 적용하지 아니한다고 규정하였는바, 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대하여는 대도시 내 부동산에 대한 취득세 중과세 규정뿐만 아니라 그 사후관리 규정도 적용하지 않겠다고 보는 것이 타당한 점,「지특법」제178조 제1항 본문에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고 해당 규정을 적용한다고 규정하고 있는데, 같은 법 제180조의2 제1항은 이에 대한 특별한 규정으로 볼 수 있으므로 이 건 증축분 건축물에 대하여는 일반적 추징 규정인 같은 법 제178조 제1항을 적용할 수는 없다고 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 청구법인이 증축분 건축물을 해당 용도로 2년 이상 직접 사용하지 않고 매각하였다 하더라도 이에 대하여는「지법」제13조 제2항에서 규정하고 있는 취득세 중과세율을 적용할 수는 없음(조심2022지1472, 2023.1.9.)(조심2023지547, 2023.4.6.)

(2) 지방세분 농특세 부과징수 방법

농특세법(§5① 제1호)의 규정에 의거 농어촌특별세는 지방세법 및 지방세특례제한법에 따라 감면받는 취득세 감면세액의 20%를 적용하여 부과하고 과세분에 대하여는 지방세법 제11조 및 제13조의 표준세율(2%)로 적용하여 지방세법에 따라 산출한 취득세액의 10%를 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 부과징수하는 것이다. 그런데 지방세특례제한법에 따라 취득세를 감면받아 감면분 농특세를 납부한 후 사후관리규정에 의거 취득후 1년이내 직접 사용하지 못함에 따라 추징하는 경우에는 이미 취득세 감면에 따라 납부한 농어촌특별세는 환급대상이나 추징시 기납부한 농어촌특별세를 고려하여 차액분에 대하여 추징한다. [사례1] 150억원이 취득가액인 경우에는 농어촌특별세는 150억원 × 2% × 10%한 결과 0.3억원이 납부세액이고 지방교육세는 150억원 × (2.8－2)% × 20%한 결과 0.24억원이 납부세액임 [사례2] 건축물을 신축하면서 지방세특례제한법에 의거 취득세 75% 감면(과세분 25%)받는 경우 취득세 2.8%에 75%를 곱한 세율 (2.1%)를 적용함. → (감면분 농어촌특별세) : 취득세 감면분(2.1%)의 20%를 곱한 세율(0.42%) → (취득세 과세분 농어촌특별세) : 취득세 2%의 25%를 적용한 세율(0.5%)의 10%를 적용한 세율(0.05%) → 지방교육세 : 2.8%－2%= 0.8%에 10%를 곱한 0.08%에 25%를 적용한 세율(0.02%)적용 [사례3] 대도시내에서 신설한 비영리법인이 미술관용으로 신축한 건물에 대하여 일부 주용도로 사용하고 일부 주사무소용으로 사용하며 일부는 임대하는 경우 농어촌특별세 등 세율 적용방법은?

구분	미술관용으로 직접 사용 부분		미술관이외 임대(카페 등)	비고
	미술관 전시실 등	사무실,회의실등
취득세 감면시	2.8% × (1 - 85%) = 0.42%	(2.8% + 4%) × (1 - 85%) = 1.02%	2.8% × 3 = 8.4%(감면 배제)
취득세 중과세	(본점사무실 중과제외)(대도시 중과제외업종)	(본점 중과만 적용)(대도시 중과배제)	(중과적용)	§13① 적용
농어촌 특별세	비과세(0%)	비과세(0%)	(과세분의 10%)8.4% × 10% = 0.84%
지방 교육세	(2.8% - 2%) × 20% = 0.16%0.16% × (1 - 85%) = 0.024%(§151①1호 다목 (1))	1.02% × 20% = 0.204%(§151①1호 다목 (1))	0.16% × 3 = 0.48%(§151①1호 가목)
합계	0.444%	1.224%	9.72%

(3) 지방세분 농특세 납부지연가산세 적용범위

농어촌특별세는 본세를 과세표준으로 하는 부가세(surtax)이기 때문에 본세를 확정할 때 동시에 확정된다. 또한 농어촌특별세는 ｢당해 본세의 부과·징수의 예에 따라 부과·징수한다｣라고 규정하고 있으므로 그 부과·징수방법도 본세의 부과징수방법에 따라야 하는 것이다. 지방세에 부과되는 농어촌특별세의 경우 ｢당해 본세의 부과·징수의 예｣에 따라 부과·징수하는 적용범위는 지방세 부과징수 절차상의 적용규정일 뿐이며, 지방세분 농어촌특별세는 국세이므로 국세부과기준에 따라 납부지연가산세를 적용하여 부과·징수하는 것이 원칙이다(행자부 세정과-1653, 2004.6.18., 참조). [지침] 지방세분 농어촌특별세 납부지연가산세 적용요령(행자부 세정과-1653, 2004.6.18.) 지방세에 부과되는 농어촌특별세의 경우 ｢당해 본세의 부과·징수의 예｣에 따라 부과·징수하는 적용범위는 지방세 부과징수 절차상의 적용규정이므로 지방세분 농어촌특별세는 국세이므로 국세기준에 따라 납부지연가산세 적용은 아래와 같이 부과·징수함. - 납부지연가산세 적용률：3% - 적용대상：농어촌특별세액이 50만원 이상인 경우 적용( 구 국징법 §22 ② 국세징수법(법률 제7116호, 2004.01.29)제22조【중가산금】 ① 체납된 국세를 납부하지 아니한 때에는 납부기한이 경과한 날로부터 매 1월이 경과할 때마다 체납된 국세의 1천분의 12에 상당하는 가산금(이하 이 조에서 "중가산금"이라 한다)을 제21조에 규정하는 가산금에 가산하여 징수한다. 이 경우 중가산금을 가산하여 징수하는 기간은 60월을 초과하지 못한다. ② 제1항의 규정은 체납된 국세가 50만원 미만인 때에는 이를 적용하지 아니한다. (83.12.19. 개정) 참조) 그런데 국세기본법(§47의4)의 규정은 동법 부칙(법률 제16097호, 2018. 12. 31) 제1조에 의거 『「농어촌특별세법」 제5조제1항제1호·제6호 및 제7호에 따른 취득세·등록면허세 또는 레저세를 본세로 하는 농어촌특별세에 대한 제47조의4의 개정규정은 2022년 2월 3일부터 시행』하도록 하고 있다. 이에 따라 취득세를 본세로 하는 농어촌특별세의 납부지연가산세 시행일은 2022년 2월 3일이므로 농어촌특별세 납부지연가산세 계산은 2022년 2월 3일부터 지방세분 농특세의 납부지연가산세의 부과징수결정까지의 일수로 계산하는 것이다. [사례] 취득세(10억원)가 본세이며 취득세분 농특세 10%을 곱하여 계산한 금액이 세액임 - 취득세의 법정납부기한은 2021년 09월 12일 (취득일 : 2021년 07월 15일) - 취득세 신고 및 납부는 하지 않았으며, 납부일은 22년 4월 5일 (법정신고기한 6개월 초과로 인해 가산세 감면대상이 아님, 농특세 납부지연가산세 적용기간 2.3~4.5일(총61일간)) ※ 납부지연가산세 0.022% 이자율 적용(시행일: 2022년 02월 15일) ○ 납부지연가산세 계산방식 ※ 근거 : 지방세기본법 제55조 제1항 제1호 및 국세기본법 제47조의4, 국세기본법 부칙(법률 제16097호) 제1조 → [납부지연가산세의 계산] : 아래와 같음

(10억 × 204일 × 0.025%)	+	(1억 × 12일 × 0.025%)	+	(1억 × 49일 × 0.022%)
취득세 납부지연가산세		농특세 납부지연가산세		농특세 납부지연가산세

3. 지방세분 농어촌특별세의 비과세범위

농특세법(§4)에 의거 다음에 열거하고 있는 감면분과 과세분에 한정하여 농어촌특별세를 부과하지 아니한다. 예를 들면 농특세법(§4 9호,11호)의 규정에 의거 서민주택에 대한 취득세감면분 및 취득세 과세분 농어촌특별세를 부과하지 아니하는바, 여기서 서민주택은 「주택법」 제2조제6호에 따른 국민주택 규모(「건축법 시행령」 별표 1 제1호다목에 따른 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 함) 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지를 말하기 때문에 전용면적 85㎡이하 장기임대주택 건축용 토지를 취득할 경우에는 과세분과 감면분 전체 농어촌특별세를 비과세하는 것이다. 그러므로 감면사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하나, 농어촌특별법상 비과세규정에는 해당되지 아니하거나 전용면적 85제곱미터 초과 주택을 취득하는 경우에는 별도 농어촌특별세 비과세 규정을 두고 있지 아니하므로 부과하여야 한다. 1. 국가(외국정부를 포함)ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 대한 감면 2. 농어업인(「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제2호의 농업인과 「수산업ㆍ어촌 발전 기본법」 제3조제3호의 어업인을 말함) 또는 농어업인을 조합원으로 하는 단체(「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인, 농업회사법인 및 영어조합법인를 포함)에 대한 감면으로서 아래에서 정하는 것 (1) 「지방세특례제한법」 제6조제1항ㆍ제2항 및 제4항, 제7조부터 제9조까지, 제10조제1항, 제11조, 제12조, 제14조제1항부터 제3항까지 및 제14조의2에 따른 감면 (2) 지방자치단체 조례에 의한 감면중 아래에서 열거한 감면 [행정안전부고시 제2023-34호, 2023. 5. 11.] 가. 지역특산품생산단지 등에 대한 감면 나. 인천국제공항건설 등 사업지원을 위한 감면 다. 시각장애인 소유자동차에 대한 감면 라. 제주국제자유도시 종합계획사업을 위한 감면 마. 시장정비사업에 대한 감면 바. 기업도시에 대한 감면 사. 선박등록특구의 국제선박 등 지원을 위한 감면 아. 여수세계박람회 사후활용 지원을 위한 감면 3. 「지방세특례제한법」 제58조의3제1항ㆍ제3항에 따른 세액감면 4. 「지방세법」과 「지방세특례제한법」에 따른 형식적인 소유권의 취득, 단순한 표시변경 등기 또는 등록, 임시건축물의 취득, 천재지변 등으로 인한 대체취득 등에 대한 취득세 및 등록면허세의 감면으로서 아래에 정하는 것 「지방세특례제한법」 제4조제4항, 제57조의2제2항ㆍ제6항, 제66조제1항ㆍ제2항, 제68조제1항ㆍ제3항(「대외무역법」에 따른 무역을 하는 자가 수출용으로 취득하는 중고자동차로 한정), 제73조제3항, 제74조제4항ㆍ제5항, 제92조, 「지방세법」 제9조제3항부터 제5항까지, 제15조제1항제1호부터 제4호까지, 제7호 및 제26조제2항제1호ㆍ제2호에 따른 감면 5. 서민주택[서민주택이란 「주택법」 제2조제6호에 따른 국민주택 규모(「건축법 시행령」 별표 1 제1호다목에 따른 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 함) 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지(국가, 지방자치단체 또는 「한국토지주택공사법」에 따라 설립된 한국토지주택공사가 해당 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지를 포함한다)로서 주택바닥면적(아파트ㆍ연립주택 등 공동주택의 경우에는 1세대가 독립하여 구분ㆍ사용할 수 있도록 구획된 부분의 바닥면적을 말함)에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말함]에 대한 취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면 6. 「지방세특례제한법」 제6조제1항의 적용대상이 되는 농지 및 임야에 대한 취득세 7. 「지방세법」 제124조에 따른 자동차에 대한 취득세 8. 「지방세특례제한법」 제35조제1항에 따른 등록면허세의 감면 9. 「지방세법」 제15조제1항제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 취득세 10. 「지방세특례제한법」 제8조제4항에 따른 취득세 11. 서민주택 및 농가주택[농가주택이란 영농에 종사하는 자가 영농을 위하여 소유하는 주거용 건물과 이에 부수되는 토지로서 농지의 소재지와 동일한 시ㆍ군ㆍ구(자치구를 말함) 또는 그와 연접한 시ㆍ군ㆍ구의 지역에 소재하는 것을 말함. 다만, 「소득세법 시행령」 제156조에 따른 고가주택을 제외]에 대한 취득세 12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 아래에서 정하는 것 (가) 「한국철도공사법」에 의하여 설립되는 한국철도공사가 현물출자 받은 국유재산에 대한 취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면 (나) 「방송광고판매대행 등에 관한 법률」 제24조에 따라 설립되는 한국방송광고진흥공사에 대한 「지방세특례제한법」 제57조의2제3항제1호에 따른 감면 (다) 「농업협동조합법」 제161조의2 또는 제161조의10에 따라 설립되는 농협경제지주회사 또는 농협금융지주회사에 대한 「지방세특례제한법」 제57조의2제5항제3호에 따른 감면 (라) 법률 제10522호 농업협동조합법 일부개정법률 부칙 제6조에 따라 농협경제지주회사가 농업협동조합중앙회로부터 경제사업을 현물출자로 이관받은 경우에 대한 「지방세특례제한법」 제57조의2제3항제3호에 따른 감면 (마) 「한국자산관리공사 설립 등에 관한 법률」에 따른 한국자산관리공사와 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사가 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」 제43조에 따라 종전부동산을 매입한 경우에 대한 「지방세특례제한법」 제13조제2항제5호 및 제57조의3제2항에 따른 취득세의 면제 (바) 「지방세법」 제9조제2항, 「지방세특례제한법」 제13조제2항제1호의2, 제15조제2항, 제16조제1항, 제17조, 제17조의2, 제19조, 제20조, 제21조제1항, 제22조제1항ㆍ제4항ㆍ제7항ㆍ제8항, 제22조의2제1항ㆍ제2항, 제22조의3, 제23조, 제28조제1항, 제29조, 제30조제3항, 제31조제1항부터 제3항까지, 제31조의4, 제33조제1항ㆍ제2항, 제34조, 제36조, 제37조, 제38조제1항, 제40조, 제40조의3, 제41조제1항ㆍ제5항ㆍ제7항, 제42조제2항ㆍ제3항, 제43조제1항, 제44조제1항, 제44조의2, 제45조제1항, 같은 조 제2항제1호, 제46조, 제50조제1항, 제52조제1항ㆍ제2항, 제53조, 제54조제5항, 제57조의2제1항(「법인세법」 제44조제2항 각 호의 요건을 충족하거나 같은 조 제3항에 해당하여 양도손익이 없는 것으로 한 합병의 경우로 한정), 제57조의2제3항제2호, 같은 조 제9항, 제58조의2, 제60조제4항, 제63조, 제64조제1항, 제66조제3항ㆍ제4항, 제67조제1항ㆍ제2항, 제72조제1항, 제73조제1항ㆍ제2항, 제73조의2, 제74조제1항ㆍ제3항, 제76조제1항, 제79조, 제80조, 제81조제1항ㆍ제2항, 제83조제1항ㆍ제2항, 제85조제1항, 제85조의2, 제88조, 제89조 및 제90조제1항에 따른 감면 [사례] 노인복지시설 서민주택의 농특세 비과세 판단(행심2006-229, 2006.05.29.) 노인복지시설 분양취득은 감면대상 건축주인 주택건설사업자가 분양을 목적으로 건축한 사실상의 공동주택을 분양받아 취득한 것으로 보아야 하겠고, 취득당시 다른 주택을 소유하고 있지도 아니하였으므로, 구서울특별시세감면조례 제12조 제2항 제2호의 규정에 의한 취득세 등의 경감대상에 해당된다 할 것이며, 또한, 구농어촌특별세법 제4조 제9호, 같은법시행령 제4조 제4항 및 구주택건설촉진법시행령 제30조 제1항 단서의 규정에 의하여 85㎡ 이하의 서민주택을 취득하면서 감면받은 취득세 또는 등록세에 대한 농어촌특별세는 비과세하도록 규정하고 있는바, 청구인이 분양취득한 당해 노인복지시설의 전용면적은 85㎡ 이하인 55.22㎡로서 이에 해당된다 하겠으므로, 청구인이 이 사건 취득세 등을 분할하여 신고납부하자 처분청이 이를 수납하여 징수결정한 처분은 잘못임.

4. 지방세감면 최저한세 농어촌특별세의 비과세 쟁점

(1) 취득세관련 농어촌특별세의 부과징수

취득세분 농어촌특별세를 부과함에 있어서 농어촌특별세법상 취득세 감면분의 20%와 과세분의 10%(아래 6호)를 부과하는 것이 원칙이나 예외적으로 일정한 요건에 해당하는 경우에는 취득세분 농어촌특별세를 비과세하고 있다. 취득세가 전액(100%) 면제되는 부분에 대하여는 취득세 면세액을 기준으로 농어촌특별세가 20% 부과되고, 일부감면의 경우 감면분에 대하여는 취득세 감면세액의 20%, 취득세 과세분에 대하여는 10%의 농어촌특별세가 과세된다. 나아가 지방세특례제한법 제177조의2 제1항 제2호의 규정에 의거 취득세가 전액(100%) 면제되더라도 최저한세 적용대상에 해당하는 경우 85% 취득세가 감면되고 나머지 15%는 과세분으로 전환되기 때문에 85% 감면분 취득세액에 대한 20%의 농어촌특별세를, 15% 과세분 취득세액에는 10%의 농어촌특별세를 부과하게 된다.

(2) 농어촌특별세법상 조문형식 차이에 따른 농어촌특별세 비과세 구분

최저한세 적용대상인 박물관에 관하여 지특법(§44의2①)에서는 『박물관에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제』하고 있으며 같은 법(§177의2①본문)에서 『취득세의 면제규정에도 불구하고 제44조의2에 대하여는 85%에 해당하는 감면율』을 적용하고 15%에 대하여는 최저한세인 취득세를 과세하도록 규정하고 있다. 이에 박물관에 대한 취득세분 농어촌특별세는 85% 감면분과 15% 과세분이 각각 부과대상이지만, 농어촌특별세법(§4 제12호)의 규정에서 『기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우』에는 시행령으로 위임하여 비과세를 적용한다. 농어촌특별세법시행령(§4⑦ 제5호)에서는 『「지방세특례제한법」 제44조의2에 따른 감면』에 대하여 농어촌특별세 비과세대상으로 열거하고 있으므로 박물관 취득에 따른 취득세 면제분(85% 감면분과 최저한세 15% 과세분)에 대한 농어촌특별세는 비과세 적용대상에 해당되는 것이다. 만약 농어촌특별세법(§4조 제11호)와 같이 『대통령령으로 정하는 서민주택 및 농가주택에 대한 취득세』 라고 기재된 조문에 대해서만 농어촌특별세 비과세대상으로 한정한다고 해석하는 경우에는 농어촌특별세법(§4조 제12호)와 같이 『「지방세특례제한법」 ----. 제44조의2. ---에 따른 감면』형식으로 입법된 조문에 대하여는 감면이 배제되는 문제가 발생하게 된다. 지특법 제44조의2 자체가 감면이고 지특법상 최저한세의 취득세를 부과하고 있는 것과는 다른 것이기 때문이다. 이처럼 농어촌특별세법상 『「지방세특례제한법」 ----. 제44조의2. ---에 따른 감면』형식의 조문에 대하여도 농어촌특별세 비과세 대상에 해당한다. 농어촌특별세법(§4조 제12호)에 근거하여 위임된 농어촌특별세법시행령(§4⑦ 제5호)에서 『「지방세특례제한법」 ----, 제74조제1항ㆍ제3항, ---에 따른 감면』에 대하여도 농어촌특별세를 비과세하고 있고 있는 사례에서도 농어촌특별세법(§4조 제11호)이 아니더라도 비과세대상에 해당하는 것을 확인할 수 있다. (조심2021지5791, 2023.03.28., 참조) [사례] 최저한세와 농어촌특별세 비과세 범위 (조심2021지5791, 2023.03.28.) (가) 「지방세특례제한법」제74조 제1항에서 「도시개발법」에 따른 도시개발사업 등에 따른 관리처분계획에 따라 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 「농어촌특별세법」제4조에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하면서 그 제12호에서 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 것을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제4조 제6항에서 법 제4조 제12호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면을 말한다고 규정하면서 그 제5호에서 「지방세특례제한법」 제74조 제1항 등을 각각 규정하고 있다. (나) 청구법인이 이 건 체비지분 취득세 등에 대하여 「지방세특례제한법」제74조 제1항에 따른 면제대상이라고 주장하며 2019.10.31. 심판청구를 제기한 것에 대하여 우리 원은 2023.3.2. 인용결정을 한 사실이 확인되는바, 「도시개발법」상 사업시행자인 청구법인이 취득한 이 건 체비지는 「지방세특례제한법」제74조 제1항에 따라 취득세 등이 면제되었으므로 이에 부가되는 쟁점농어촌특별세에 대한 환급을 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(3) 일부 감면과 일부 과세분 농어촌특별세 비과세 범위

상기 예시와 같이 지방세특례제한법(§44의2①)에 의거 『박물관에 사용하기 위하여 취득하는 부동산』에 대하여 취득세 면제시 과세분과 감면분에 각각 농어촌특별세가 부과되는 경우 일부 과세분과 일부 감면분 농어촌특별세가 모두 비과세 적용대상에 해당하는지 여부가 쟁점이다. 농어촌특별세법(§4조 각호)에 열거된 이상 감면분 뿐만 아니라 과세분에 대한 농어촌특별세도 전부 비과세 되는 것이므로, 지방세특례제한법상 최저한세가 적용되어 전액 감면이 아니라 85% 감면과 15% 과세분이 혼재되어 있는 경우라도 엄격해석의 법리상 비과세 대상에 해당하는 것이다. 나아가 지방세특례제한법(§32①)에서 『소규모 공동주택용 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세의 100분의 50을 경감한다』라고 규정하고 있는바 이 경우에도 50% 과세분과 50% 감면분에 대한 농어촌특별세를 비과세함에 있어 취득세 과세분과 감면분 모두에 대하여 농어촌특별세를 비과세하는 것이다(조심2020지3406, 2021.06.03., 참조). 동일한 논거로 최저한세가 적용되는 박물관에 대한 취득세 감면분(85%)과 과세분(15%) 모두 농어촌특별세 비과세 적용대상에 해당하는 것이다. [사례] 일부감면과 과세분 취득세분 농어촌특별세 비과세 범위(조심2020지3406, 2021.06.03) 농특세법 제4조 제9호 및 제11호에서 서민주택에 대한 취득세의 감면분 및 과세분에 대한 농어촌특별세 비과세 규정을 모두 두고 있으면서 중복 적용을 배제하는 규정은 두고 있지 아니한 점, 취득세를 면제하는 경우 및 전부 과세하는 경우에는 농어촌특별세를 비과세하면서 취득세를 일부 감면하는 경우에만 납세의무가 발생한다면, 동일한 서민주택에 대한 취득세에 대하여 그 감면 여부 및 감면율에 따라 농어촌특별세 납세의무가 달리 성립하게 되어 형평에 어긋나는 측면이 있는 점 등에 비추어 서민주택에 대한 취득세 감면분 및 과세분 모두 농어촌특별세 비과세 대상에 해당한다고 보는 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

5. 결어

농어촌특별세법상(§2 ①)의 규정에 의거 ｢감면｣이란 지방세법 또는 지특법에 따라 취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제 및 취득세 특례세율의 적용을 말한다. 그런데 농어촌특별세의 적용시 유의점으로 첫째, 세액감면의 일종에 해당되는 대도시내 신설법인에 대한 취득세 중과세 적용배제는 농어촌특별세 과세대상으로 적용되는 것이다(행안부 지방세특례제도과-249, 2020.2.6., 참조). 그러나 지특법상 지방세특례의 범위에는 ｢중과배제｣가 포함되고 이는 농어촌특별세법상 과세대상인 ｢감면｣으로 보고 있어서 지특법에 따라 중과세 배제되어 감면받은 취득세 감면세액의 20%를 농어촌특별세로 징수하여야 하는지 여부가 쟁점이다 이에 대하여 기재부 유권해석(2022.10.18.)은 지특법 제180조의 2 제1항에 따른 중과세율의 적용 배제는 농특세법 제2조 제1항에 따른 감면에 해당하지 않는다고 보고 있어 차이가 있으므로 적용상 유의하여야 한다. 둘째, 국세기본법(§47의4)의 규정은 동법 부칙(법률 제16097호, 2018. 12. 31) 제1조에 의거 『「농어촌특별세법」 제5조제1항제1호ㆍ제6호 및 제7호에 따른 취득세ㆍ등록면허세 또는 레저세를 본세로 하는 농어촌특별세에 대한 제47조의4의 개정규정은 2022년 2월 3일부터 시행』하도록 규정하고 있다. 이에 취득세를 본세로 하는 농어촌특별세의 납부지연가산세 시행일은 2022년 2월 3일이므로 농어촌특별세 납부지연가산세 계산은 2022년 2월 3일부터 지방세분 농특세의 납부지연가산세의 부과징수결정까지의 일수로 계산하여야 한다. 셋째, 지방세특례제한법 제177조의2 제1항 제2호의 규정에 의거 취득세가 전액(100%) 면제되더라도 최저한세 적용대상에 해당하는 경우 85% 취득세가 감면되고 나머지 15%는 과세분으로 전환되기 때문에 85% 감면분 취득세액에 대한 20%의 농어촌특별세를, 15% 과세분 취득세액에 10%의 농어촌특별세를 부과하게 된다. 그런데 농특세를 비과세하도록 하고 있는 경우 최저한세(취득세) 납부분에 대하여도 농특세 비과세를 적용할 것인지 여부가 쟁점이다. 이에 농특세법상 비과세 대상에 해당하는 감면일 경우에는 최저한세도 감면대상으로 보아야 한다. 지특법상 전액 100% 면제대상에 대하여 일부 최저한세의 취득세를 부과하고 있는 것은 면제하는 것이지만 이는 일부를 부담한다는 의미이지 농어촌특별세법상 비과세를 적용하는 것과는 다른 것이기 때문이다.(끝)