입주권 비과세를 받고 싶다면 꼭 알아야 할 세금이슈(최근 기재부 반대해석 포함)
BY 이환주 2024.05.20
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1. 입주권의 1세대 1주택 비과세 (소득세법 제89조 제1항 제4호)
조합원입주권은 주택이 아니기에 입주권 자체를 양도할 경우 비과세가 적용되지 않는 것이 원칙입니다. 다만, 1세대 1주택 비과세 요건을 충족한 주택이 재개발 • 재건축되어 조합원입주권이 된 상태에서 양도한 경우로써 다음 요건을 모두 충족할 경우에는 예외적으로 해당 입주권의 양도에 대해서도 양도소득세를 과세하지 않고 있습니다. 관리처분계획인가 당시 1세대 1주택 요건을 갖춘 주택이 입주권으로 전환된 것으로(일시적 2주택이어도 요건 충족시 인정) (1) 입주권 양도당시 다른 주택이 없거나 (2) 1조합원 입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 1주택을 취득한 날로부터 3년 이내에 입주권을 양도할 것(3년 경과 후 입주권을 양도하거나 일반주택을 먼저 양도시 과세됨) ※ 관리처분계획인가 당시 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 주택이 조합원 입주권으로 전환이 되고, 해당 입주권 양도 당시 ① 다른 주택이 없거나 ② 대체주택을 취득하고 그날로부터 3년 이내에 입주권을 양도한 경우
2. 1 주택과 1 입주권을 소유한 경우 1세대 1주택 특례
(1) 종전주택 + 입주권 취득 (소득세법 시행령 제156조의 2 ③, ④)
현재 재건축 중인 아파트로 이사하기 위해 입주권을 승계취득하는 경우에는 입주권을 대체주택으로 보아 입주권 승계취득 후 3년 이내에 종전주택 양도 시 1세대 1주택 비과세 대상으로 규정하고 있습니다. 간혹 공사가 불가피하게 분쟁 등으로 3년 이내에 마무리 되지 못할 수도 있기 때문에, 이러한 경우에는 입주권 취득 후 3년이 경과하였더라도 완공 후 3년 내에 종전주택을 양도할 때에도 비과세 적용을 허용하는데, 그 대신 세대원 전원이 신축주택으로 이사하여 1년 이상 계속 거주하여야 하는 사후관리 요건이 있습니다. 1) 입주권 취득시기 : 종전주택 취득 후 1년이 경과하고 조합원입주권을 취득 2) 종전주택 양도시기 ① 조합원입주권 취득 후 3년 이내 종전주택 양도시 - 조합원입주권을 대체주택으로 보아 종전주택 비과세 적용 - (주의) 입주권을 먼저 양도하는 경우에는 과세 ② 조합원입주권 취득 후 3년 경과한 경우 - 입주권 주택 준공(사용승인) 후 3년 이내에 종전주택 양도시 종전주택 비과세 적용 - 신축주택 주택이 완성된 후 3년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사&1년 이상 계속 거주 (취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함)
(2) 종전주택 입주권 전환 + 대체주택 취득 (소득세법 시행령 제156조의 2 ⑤)
종전주택이 입주권으로 전환되어 잠시 거주할 목적으로 대체주택을 취득하는 경우, 나중에 신축주택이 완공되어 대체주택을 양도할 때 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 있도록 규정하고 있습니다. 이는 대체주택에 대하여 1세대 1주택 비과세 요건인 보유기간과 거주기간의 제한을 받지 않는 혜택을 주는 것이므로 신축주택에 세대 전원이 이사하여 1년 이상 거주하여야 하는 사후관리 요건이 있습니다. 이 경우에는 거주사실을 따로 확인하는 경우가 꽤 있으므로 사후관리규정을 반드시 준수하셔야 내 돈을 지킬 수 있습니다.- 1) 대체주택 취득시기 : 재개발(재건축, 소규모재건축) 주택의 사업시행인가 후 취득
- 2) 대체주택에서의 거주기간 : 최소 1년 이상 거주
- 3) 대체주택의 양도시기 : 재개발(재건축) 신축주택이 준공되기 전에 양도 or 신축주택 준공일로부터 3년 이내에 양도
- 4) 사후관리 : 대체주택을 먼저 양도하여 비과세를 적용받은 경우 다음의 사후관리 준수신축주택 준공 후 3년 이내에 세대전원이 신축주택으로 이사 & 1년 이상 계속하여 거주할 것

3. 대체주택을 취득하여 1년 이상 거주하지 아니하고 양도하는 경우 대체주택 비과세 특례 적용가능할까?
(1) 대체주택 취득 후 거주하지 않고 상생임대주택 요건 충족시, 2년 거주로 보아 비과세 해줄까?
(서면부동산-2813, 2023.01.25)를 사례로 들어 자세히 살펴보도록 하겠습니다.
(2) 대체주택이 내가 신축한 주택이라도 비과세 해줄까?
만일 이렇게 취득하는 대체주택이 내가 신축한 주택이라면, 이것도 인정을 해줄까요? (서면부동산-654, 2017.03.29) 1. 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른(대체)주택을 취득한 경우로서 「소득세법 시행령」제156조의 2 제5항 각 호의 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용하는 것입니다. 2. 위 1을 적용할 때 대체주택에는 자가건설 주택도 포함하는 것입니다. (서면4팀-206, 2008.01.23) 자가건설한 주택이 대체주택에 해당하는지 여부 주택재건축사업의 조합원이 주택재건축사업 사업시행기간 전에 건설에 착공(자가건설)하여 주택재건축 사업시행기간 중 완공한 주택(주택재건축 사업시행인가전에 취득한 그 부수토지를 포함)도 대체주택 비과세 특례 규정이 적용됨(3) 대체주택을 취득하여 1년 이상 거주할 수 없는 부득이한 사유가 발생한다면?
이번에는 (서면부동산-3704, 2023.01.16)를 사례로 살펴보겠습니다.
4. 최근 이슈가 된 대체주택 비과세 사례(기재부에서 국세청의 종전해석과 반대되는 해석 발표)
(1) 종전 국세청 유권해석 : 사전법령재산-713, 2019.12.24
아래의 사례처럼 재개발/재건축 주택을 보유한 자가 사업시행인가일 이후 여러 채의 주택을 구입했다가 그중 1채를 제외한 다른 주택을 먼저 모두 양도하고 남은 주택에서 1년 이상 거주하면 대체주택 비과세가 가능할까요?
(사전법령재산-713, 2019.12.24) 재건축사업 사업시행인가 된 1주택을 취득한 경우 「소득세법 시행령」제156조의2제5항에 따른 1세대1주택 특례를 적용 받을 수 있는지 여부 주택을 소유하지 않은 1세대가 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업의 사업시행인가일 이후 관리처분계획인가일 이전 종전주택(A)을 취득한 후 다른주택(B·C·D·E)을 취득하여 B·C·D주택을 먼저 양도하고 1년 이상 거주한 E주택을 양도하는 경우1세대 1주택 특례가 적용되는 것임 위 사례는 재개발이 진행 중인 A주택을 보유한 자가 이후 B,C,D,E 4채의 주택을 취득하고 이후 B,C,D주택은 먼저 양도한 다음 남은 E주택에서 1년 이상 거주하고 양도한 경우입니다. 국세청은 대체주택을 구입할 당시 다른 주택(B,C,D주택)을 보유하고 있었더라도 대체주택을 양도할 당시 1주택이고, 다른 요건을 충족했다면 비과세가 가능한 것으로 해석해 왔습니다.
(2) 기획재정부 해석 변경 : 재산세제과-1270, 2023.10.23
(대체주택 취득 당시 1주택자에 한 해 특례가 적용되며, 대체주택 구입 당시 다주택자였다면 특례 적용 불가(2023.10.23. 이후 결정분부터)) 국세청은 대체주택을 구입할 당시 다른 주택을 소유하고 있었더라도 대체주택을 양도할 당시 다른 주택을 모두 처분했다면 특례가 적용된다고 해석해왔지만, 대체주택 비과세를 규정한 소득세법시행령 제156조의2 제5항에서는 대체주택 비과세를 아래와 같이 규정하고 있습니다. "국내에 1주택을 소유한 1세대가" 그 주택에 대한 공사기간 중 거주하기 위하여 대체주택을 취득한 경우로서 일정한 요건을 갖춘 경우 비과세를 적용한다. 기재부 세제실에서는 "1주택을 소유한 1세대가" 대체주택을 구입해야 특례가 적용된다고 규정하고 있으므로 대체주택을 구입할 당시 재개발/재건축 대상 주택 외의 다른 주택을 가진 자가 대체주택을 구입하면 특례가 적용되지 않는 것으로 기존 국세청 해석을 변경하였습니다. 물론 입법취지를 감안한다면 기존주택이 멸실되어 거주할 집이 없어졌기 때문에 새로운 거주지로 구입한 대체주택에 대한 비과세를 적용해주는 것이 맞지만, 그렇다면 3주택자의 경우에는 어떠한 경우에도 일시적 2주택 비과세를 해주면 안됩니다. 하지만, 3주택 또는 4주택자가 양도차익이 적은 것을 먼저 팔고, 나머지 2개의 주택을 일시적 2주택으로 만들어 비과세를 받는 것은 흔히 많이 쓰고 있는 절세법 중에 하나이고, 이와 유사한 해석사례는 많이 존재하고 있습니다. (부동산거래관리과-166, 2011.02.18) 3주택자의 경우 일시적 2주택 비과세 3주택을 소유하던 1세대가 1주택을 먼저 처분하고 나머지 2주택 중 새로운 주택의 취득일부터 2년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우 양도하는 주택이 비과세 요건을 충족한 경우 비과세되는 것임 (서면4팀-130, 2008.01.15) 3주택 중 2주택을 양도하는 경우 중과 및 일시적 2주택 비과세 판정 3주택 중 먼저 양도하는 1주택은 1세대 3주택 중과 규정이 적용(일정 요건 충족시 중과 배제)되며, 나머지 2주택 중 새로운 주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 일시적 2주택 비과세 특례 규정이 적용됨 그럼에도 불구하고, 유독 재개발, 재건축에 대해서만 엄격한 잣대를 대고 있는 것은 형평성이나 일관적이지 못한 해석이라고 개인적으로는 생각합니다. 하지만, 현실은 냉엄합니다. 아무리 그렇다하더라도 현재 기재부에서 반대되는 해석을 내놓은 이상, 이제는 재개발, 재건축으로 입주권을 갖고 있는 상태에서 대체주택 비과세를 받기 위해서는 입주권 외 다른 주택이 있어서는 안됩니다. 다만 기존 국세청 유권해석에 따라 대체주택 비과세를 적용받은 분들의 경우에, 기획재정부 유권해석이 나오기 전에 이미 양도세를 신고한 분들은 종전 국세청 해석대로 처리하고, 변경된 기획재정부 유권해석은 2023.10.23. 이후 경정결정분부터 적용됩니다. (재산세제과-1270, 2023.10.23) 소득령 제156조의2 제5항의 특례는 대체주택 취득일을 기준으로 1주택을 소유한 1세대인 경우에 적용되는 것이며, 귀 질의와 같이 대체주택 취득일 현재 2주택 이상을 소유한 경우에는 해당 특례규정이 적용되지 않는 것입니다. 동 해석은 회신일 이후 결정·경정하는 분부터 적용함 그렇다면, 아래와 같이 기재부의 새로운 해석이 나오기 전에 대체주택 취득시점에 이미 다주택인 경우, 이 경우는 새로운 해석이 나오기전에 이미 매입한 것들이니 다른 주택을 매도하여 대체주택 비과세 요건을 갖춘다면, 비과세를 여전히 인정해 줄까요? (사전법규재산-221, 2024.04.29)를 사례로 살펴보겠습니다.
(사전법규재산-221, 2024.04.29) 「소득세법 시행령」제156조의2제5항에서 “1주택을 소유한 1세대”의 판단 시점 귀 사전답변의 사실관계와 같이, 「소득세법 시행령」 제156조의2제5항을 적용함에 있어 기획재정부 새로운 해석(재산세제과-1270, 2023.10.23.) 이전에 취득한 대체주택의 경우에도 대체주택 취득일 현재 2주택을 소유한 경우에는 해당 특례규정이 적용되지 않는 것입니다. 국세청과 기재부의 다른 해석이 나오는 부분은 정말로 주의하지 않으면, 생각지도 못하게 세금을 많이 낼 수 있습니다. 특히 이번 사례처럼 비과세냐, 아니냐에 따른 세금차이는 몇 억 원에서 몇 십억 원까지 차이가 날 수 있으니 꼭 매도의사를 결정하기 전에 세무전문가의 조언을 받으시기를 권고드립니다.
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